吳佳鴻 黃金寶 劉梅等
摘要 由葡萄座腔菌科Botryosphaeriaceae真菌引起的葡萄潰瘍?。˙otryosphaeriadieback)是葡萄上的主要枝干病害之一,嚴(yán)重影響葡萄產(chǎn)業(yè)的健康發(fā)展。其中,致病力最強(qiáng)的為可可毛色二孢Lasiodiplodia theobromae。糖轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白在調(diào)節(jié)植物對(duì)病原菌的免疫過程中起著至關(guān)重要的作用,關(guān)于葡萄中糖轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白參與植物免疫機(jī)制的研究尚未見報(bào)道。本試驗(yàn)從‘無核白葡萄葉片中克隆得到蔗糖轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白VvSUC27基因,其開放閱讀框全長(zhǎng)1515bp,預(yù)測(cè)蛋白質(zhì)分子量為54kD,理論等電點(diǎn)(pI)為9.58。生物信息學(xué)預(yù)測(cè)該蛋白含有12個(gè)跨膜結(jié)構(gòu)。實(shí)時(shí)熒光定量PCR(qRTPCR)分析表明:氨基環(huán)丙烷羧酸和脫落酸處理后VvSUC27的表達(dá)水平持續(xù)上調(diào);水楊酸和茉莉酸甲酯處理后,VvSUC27的表達(dá)呈現(xiàn)上調(diào)表現(xiàn)但無規(guī)律的變化特征;激發(fā)子chitin和flg22處理后,VvSUC27基因信號(hào)響應(yīng)快速且明顯;感病品種‘夏黑接種可可毛色二孢后,VvSUC27被迅速誘導(dǎo),3h時(shí)表達(dá)量達(dá)到最高,而后逐漸減弱。本研究將為今后闡明可可毛色二孢與葡萄互作的分子機(jī)制提供參考依據(jù)。
關(guān)鍵詞 葡萄潰瘍病; 可可毛色二孢; 蔗糖轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白基因; 基因克隆; 表達(dá)分析
中圖分類號(hào): S663.1 文獻(xiàn)標(biāo)識(shí)碼: A DOI: 10.16688/j.zwbh.202016
葡萄犞犻狋犻狊狏犻狀犻犳犲狉犪集鮮食與加工于一身,是全球廣泛栽培的重要經(jīng)濟(jì)果樹之一。葡萄枝干病害(grapevinetrunkdiseases,GTDs)是由多種病原真菌引起的危害葡萄枝干的病害統(tǒng)稱。由葡萄座腔菌科Botryosphaeriaceae真菌引起的葡萄潰瘍?。˙otryosphaeriadieback)是葡萄主產(chǎn)區(qū)最常見的枝干病害之一,病原菌主要通過傷口或自然孔口侵入,導(dǎo)致樹干變色壞死、果實(shí)枯萎腐爛,嚴(yán)重的整株植株枯死。近年來該病引起我國(guó)浙江、江蘇、廣西、湖南、河北等地葡萄減產(chǎn)30%~50%。在我國(guó)葡萄產(chǎn)區(qū),本研究團(tuán)隊(duì)對(duì)引起葡萄潰瘍病的真菌進(jìn)行了形態(tài)觀察及分子鑒定,發(fā)現(xiàn)了包括葡萄座腔菌Botryo-sphaeria dothidea、Diplodia seriata、可可毛色二孢Lasiodiplodia theobromae、小新殼梭孢Neofusicoccum parvum、Lasiodiplodia、pseudo-theobromae和Neofusicoccum mangiferae在內(nèi)的6種葡萄座腔菌科真菌。其中,L.theobromae和B.dothidea是主要優(yōu)勢(shì)種群,L.theobromae是致病力最強(qiáng)的一種。葡萄潰瘍病已成為我國(guó)葡萄健康發(fā)展的重大障礙,但目前對(duì)該病害的致病機(jī)理還不明晰,生產(chǎn)上也還沒有建立起對(duì)應(yīng)的高效防控措施。糖類不僅是植物生長(zhǎng)發(fā)育的必要因素,也是病原菌從宿主細(xì)胞吸收的主要碳源和能源物質(zhì)。糖轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白不僅介導(dǎo)植物細(xì)胞內(nèi)、細(xì)胞間糖的攝取與釋放,也介導(dǎo)植物病原體中糖的分配,其在植物質(zhì)膜上的分配是植物生長(zhǎng)發(fā)育和應(yīng)對(duì)生物及非生物脅迫時(shí)最重要的過程之一。植物中糖轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白主要分成單糖轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白(MSTs)和蔗糖轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白(sucrose transporters/sucrose carriers,SUTs/SUCs)兩類,這兩類糖轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白都屬于MFS蛋白超家族(Majorfacilitatorsuperfamily)。蔗糖轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白(SUTs/SUCs)包含SUT1、SUT2、SUT3、SUT4和SUT55個(gè)亞族。已知的SUTs其氨基酸序列高度保守,為疏水性蛋白,包含由12個(gè)α螺旋組成的保守跨膜結(jié)構(gòu)域,中間面向胞質(zhì)的親水胞質(zhì)環(huán)將蛋白分為兩部分,每部分含6個(gè)跨膜結(jié)構(gòu)域,伸展的N 端序列也定位于胞質(zhì)。SUTs基因家族成員在植物的不同生長(zhǎng)階段和不同部位表達(dá),行使多種生物學(xué)功能,參與多種信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)途徑。植物能夠調(diào)節(jié)糖轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白,將糖從感染部位重新分配出去,改變病原菌獲得營(yíng)養(yǎng)物質(zhì)的途徑,消除病原體的能量來源,來限制它們的擴(kuò)散。玉米黑粉菌蔗糖轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白(UmSRT1)對(duì)蔗糖高度親和,寄主植物的ZmSUT1與其競(jìng)爭(zhēng)蔗糖,病原菌通過直接吸收蔗糖來避免利用葡萄糖,進(jìn)而誘導(dǎo)防御機(jī)制。犝犿犛犚犜1 的缺失或ZmSUT1的上調(diào)表達(dá)都會(huì)造成病原菌毒力大大降低。馬鈴薯中過表達(dá)蔗糖轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白SoSUT1導(dǎo)致叢枝菌根(arbuscularmycorrhizae,AM)真菌的定殖率增大。
迄今為止,預(yù)測(cè)葡萄基因組中有3個(gè)蔗糖轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白基因:VvSUC11,VvSUC12,VvSUC27,這3個(gè)基因均可在果實(shí)中表達(dá),并且具有轉(zhuǎn)運(yùn)蔗糖的功能。但對(duì)于葡萄中蔗糖轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白參與免疫機(jī)制的調(diào)控目前還未見報(bào)道。前期的試驗(yàn)中以可可毛色二孢菌株CSS01s、高感葡萄‘夏黑為研究對(duì)象,對(duì)可可毛色二孢侵染的‘夏黑葡萄進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組分析,隨后通過差異表達(dá)基因的比對(duì)注釋,系統(tǒng)分析了侵染初期感病葡萄對(duì)可可毛色二孢防御反應(yīng)相關(guān)基因的表達(dá),發(fā)現(xiàn)蔗糖轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白基因VvSUC27在感病樣品中存在差異表達(dá)。本研究從葡萄的cDNA中克隆獲得葡萄蔗糖轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白VvSUC27基因,利用生物信息學(xué)和實(shí)時(shí)熒光定量PCR方法對(duì)其進(jìn)行結(jié)構(gòu)和表達(dá)分析,研究結(jié)果為進(jìn)一步闡明VvSUC27基因的生物功能奠定了基礎(chǔ),同時(shí)也為解析其參與免疫反應(yīng)的調(diào)控機(jī)制提供參考。
1材料與方法
1.1 試驗(yàn)材料
試驗(yàn)于2019年9月在北京市農(nóng)林科學(xué)院植物保護(hù)環(huán)境保護(hù)研究所進(jìn)行。葡萄‘夏黑枝條由北京市農(nóng)林科學(xué)院林果所提供。葡萄品種‘無核白組培苗由中國(guó)農(nóng)業(yè)科學(xué)院興城果樹研究所董雅鳳研究員提供。
可可毛色二孢菌株CSS01s由本實(shí)驗(yàn)室分離并保存。LA Taq DNA 聚合酶、pMD18T 載體、SYBRPremixExTaqTM購(gòu)自寶生物工程有限公司。反轉(zhuǎn)錄酶SuperScript Ⅲ購(gòu)自Invitrogen公司。E.coli Trana5α感受態(tài)細(xì)胞購(gòu)自北京全式金生物技術(shù)有限公司。其他常規(guī)化學(xué)藥品均為分析純。農(nóng)桿菌EHA105菌株和SuperGFP植物表達(dá)載體由本實(shí)驗(yàn)室保存。flg22(鞭毛蛋白N端含保守的22個(gè)氨基酸的多肽:QRLSTGSRINSAKDDAAGLQIA,純度>95%)由艾博抗(上海)貿(mào)易有限公司合成。幾丁質(zhì)chitin(C9752)購(gòu)自Sigma公司。植物激素,水楊酸(SA)、脫落酸(ABA)、茉莉酸甲酯(MeJA)、氨基環(huán)丙
烷羧酸(ACC)購(gòu)自SigmaAldrich公司。
1.2 試驗(yàn)方法
1.2.1 接種處理
葡萄‘夏黑休眠枝條種植于北京市農(nóng)林科學(xué)院溫室,將生根枝條以20cm×20cm 的間距移栽至25cm×25cm 的花盆中培養(yǎng)3 個(gè)月。接種按照Yan等方法稍作修改:將可可毛色二孢菌株CSS01s在PDA 培養(yǎng)基上于28℃培養(yǎng)2d;半木質(zhì)化新生嫩枝用70%乙醇進(jìn)行表面消毒后,在莖中間用打孔器制造2mm 深的傷口,取直徑為4mm 的菌餅接種到傷口上并使用封口膜稍作固定,對(duì)照組接種無菌PDA 培養(yǎng)基塊;接種后的葡萄苗置于26~28℃、光周期L∥D=12h∥12h、相對(duì)濕度為85%~95%的植物接種室中;接種0、1、3、6、12h和24h時(shí)以傷口為中心截取4cm 范圍內(nèi)全部韌皮組織,采集的樣品在液氮中速凍,-80℃冰箱保存?zhèn)溆谩?/p>
1.2.2 激素及激發(fā)子處理
參照J(rèn)iao等的方法,將生長(zhǎng)情況一致的‘無核白組培苗移栽至26~28℃人工氣候室,光周期L∥D=16h∥8h下培養(yǎng)3個(gè)月后,對(duì)材料進(jìn)行激素及激發(fā)子處理:將100μmol/L水楊酸、100μmol/L脫落酸、100μmol/L茉莉酸甲酯、100μmol/L氨基環(huán)丙烷羧酸、1μmol/Lflg22和10μg/mL幾丁質(zhì)分別噴施在葡萄葉片上,噴施量為(1.5±0.1)mL/株,同時(shí)以等體積滅菌ddH2O處理為對(duì)照;暗培養(yǎng)并分別在處理0、1、3、6、12h和24h時(shí)采集葉片,每種處理設(shè)置3組重復(fù)。采集的葡萄葉片用液氮速凍后,保存于-80℃冰箱備用。
1.2.3 RNA 提取及cDNA 合成
取上述激素處理、激發(fā)子處理和接種處理后的植物組織,采用多糖多酚/復(fù)雜植物RNA 快速提取試劑盒(北京艾德萊生物科技有限公司)提取樣品總RNA,瓊脂糖凝膠電泳檢測(cè)RNA 的質(zhì)量及完整性。NanoDrop2000(Thermo)對(duì)RNA 進(jìn)行定量后,利用SuperScriptⅢ反轉(zhuǎn)錄試劑盒(Invitrogen)反轉(zhuǎn)錄合成cDNA,-20℃保存?zhèn)溆谩?/p>
1.2.4 VvSUC27基因ORF的克隆及生物信息學(xué)分析
根據(jù)VvSUC27 序列(GenBank 登錄號(hào):AF021810.2)設(shè)計(jì)特異性引物:上游引物SUC27F:5′ATGGAGTTAGCCAAGCCTTCTTCAG3′,下游引物SUC27R:5′AGACGACGGCTGAGTCCTCTCATCC3′。以葡萄‘無核白cDNA 為模板,進(jìn)行PCR擴(kuò)增,反應(yīng)體系(50μL):10×PCRbuffer5μL;2.5mmol/LdNTPs2μL;10μmol/L上游和下游引物各1μL;LA Taq0.4μL;cDNA 模板2μL;補(bǔ)水至50μL。反應(yīng)程序:94℃預(yù)變性5min;94℃變性30s,60℃退火30s,72℃延伸90s,32個(gè)循環(huán);72℃延伸10min。PCR產(chǎn)物經(jīng)1.5%瓊脂糖凝膠電泳檢測(cè)后,用膠回收試劑盒(Qiagen)回收目的片段,連接到pMD18T載體上,定名為SUC27T,轉(zhuǎn)化大腸桿菌Trans5α感受態(tài)細(xì)胞,單克隆鑒定為陽(yáng)性后送北京擎科新業(yè)生物技術(shù)有限公司測(cè)序。采用DNAMAN6.0、ProtParam等軟件對(duì)其蛋白序列進(jìn)行生物信息學(xué)分析;利用MEGA7構(gòu)建系統(tǒng)進(jìn)化樹。
1.2.5 基因表達(dá)分析
根據(jù)VvSUC27 基因序列設(shè)計(jì)實(shí)時(shí)熒光定量PCR特異引物,上游引物qS27F:5′ATCACCTACAGCATTCCAT3′,下游引物qS27R:5′CTACCGACACCATCATCT3′。以1.2.3制備的cDNA作為模板,每個(gè)樣品設(shè)3 次重復(fù),用VvEF1γ(AF176496)作為內(nèi)參基因。參照TaKaRa說明書,采用SYBRGreenI染料法進(jìn)行熒光定量PCR,反應(yīng)在ABI7500 RealtimePCR 檢測(cè)系統(tǒng)上進(jìn)行。PCR 反應(yīng)體系:SYBR Premix ExTaqTM10μL;10μmol/L上游和下游引物各0.5μL;ROXReferenceDyeⅡ0.4μL;cDNA 模板0.5μL;補(bǔ)ddH2O至20μL。反應(yīng)程序?yàn)椋?5℃預(yù)變性30s;95℃變性5s,60℃ 退火34s,40 個(gè)循環(huán);熔解曲線為95℃15s,60℃60s,95℃30s,60℃15s。VvSUC27基因的相對(duì)表達(dá)水平用2-△△α犆狋法計(jì)算。
2 結(jié)果與分析
2.1 葡萄VvSUC27基因的克隆
以葡萄品種‘無核白cDNA為模板,SUC27F/R為引物擴(kuò)增得到1條1500bp左右的片段,測(cè)序并通過DNAMAN軟件將得到的序列與‘黑比諾參考序列(PN40024)進(jìn)行比對(duì)發(fā)現(xiàn),其開放閱讀框(ORF)序列長(zhǎng)度一致,為1515bp;第164位核苷酸與參考序列存在差異,‘黑比諾中該位置為T,對(duì)應(yīng)氨基酸為亮氨酸(Leu);‘無核白中為A,對(duì)應(yīng)氨基酸為組氨酸(His)(圖1)。
2.2 VvSUC27蛋白的生物信息學(xué)分析
2.2.1 VvSUC27蛋白的理化性質(zhì)分析
VvSUC27基因編碼505個(gè)氨基酸,包含22個(gè)酸性氨基酸(Asp+Glu),36個(gè)堿性氨基酸(Arg+Lys),編碼蛋白相對(duì)分子量為54kD,理論等電點(diǎn)(pI)為9.58。VvSUC27蛋白包含44.36%的α 螺旋(al pha helix)、14.65% 的延伸鏈區(qū)(extendedstrand)、4.16%的β轉(zhuǎn)角(beta turn)和36.83%的無規(guī)則卷曲(randomcoil)。應(yīng)用在線工具(http:∥wlab.ethz.ch/protter/start/)預(yù)測(cè)VvSUC27蛋白含有12個(gè)跨膜區(qū)(圖2)。
2.2.2 VvSUC27蛋白三 級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)
用SWISSMODEL對(duì)VvSUC27編碼氨基酸的三級(jí)結(jié)構(gòu)進(jìn)行預(yù)測(cè),結(jié)果如圖3所示。葡萄VvSUC27蛋白的三級(jí)結(jié)構(gòu)域呈現(xiàn)復(fù)雜彎曲的交叉螺旋狀結(jié)構(gòu),有12個(gè)明顯的α螺旋。
2.2.3 VvSUC27蛋白的系統(tǒng)進(jìn)化樹
通過同源性比對(duì)分析表明,葡萄VvSUC27蛋白與煙草NtSUC1a(CAA57727)蛋白和擬南芥AtSUC5(AEE35248)同源性最高分別為63.92% 和61.43%,說明其親緣關(guān)系最近(圖4)
2.3 VvSUC27基因的表達(dá)分析
激素處理后,VvSUC27基因表達(dá)量發(fā)生變化(圖5):水楊酸(SA)處理后,VvSUC27基因表達(dá)量呈先上升后下降的趨勢(shì),處理12h后表達(dá)量最高,約為對(duì)照的2 倍;茉莉酸甲酯(MeJA)處理后,VvSUC27基因表達(dá)量呈先上升后下降的趨勢(shì),處理6h后表達(dá)量最高,約為對(duì)照的2倍;乙烯前體氨基環(huán)丙烷羧酸(ACC)處理后,犞狏犛犝犆27基因在1h時(shí)表達(dá)量最低,低于對(duì)照的1/2;處理12h后基因表達(dá)量上調(diào)。脫落酸(ABA)處理后,VvSUC犆27基因表達(dá)量有所下降,6h后恢復(fù)為與對(duì)照相當(dāng)水平,而后不斷上升,處理24h后達(dá)到峰值。
如圖6所示,在chitin誘導(dǎo)下,VvSUC27基因信號(hào)響應(yīng)十分快速且明顯,表達(dá)量在3h時(shí)達(dá)到峰值,約是對(duì)照的6倍,而后表達(dá)量逐漸降低;在flg22處理下,VvSUC27基因表達(dá)量升高,其中12h時(shí)表達(dá)量最高,約為對(duì)照的4倍,處理24h后表達(dá)量則基本恢復(fù)至與對(duì)照水平相當(dāng)。
接種可可毛色二孢后,VvSUC27表達(dá)量先升高,3h時(shí)達(dá)到峰值,約為對(duì)照的2.5倍;隨后表達(dá)量開始下降,接種12h時(shí)最低,約為對(duì)照的2倍(圖7)
3 討論
蔗糖轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白(SUTs/SUCs)是植物中特有的一類跨膜蛋白,在植物中廣泛存在,負(fù)責(zé)蔗糖經(jīng)韌皮部從源到庫(kù)的運(yùn)輸以及庫(kù)組織的蔗糖供給,還參與蔗糖在庫(kù)組織的貯存。蔗糖轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白是一個(gè)十分龐大的家族,他們的共同特點(diǎn)是具有12個(gè)跨膜區(qū)的蛋白質(zhì),在12個(gè)跨膜區(qū)域中,氨基酸是極為保守的,其中的疏水氨基酸幾乎完全不變,而N 端與C端為高變異區(qū)。最保守的跨膜區(qū)為第1、2和11跨膜區(qū),但不同植物或相同植物的不同基因存在功能上的差異。Davies等于1999年從葡萄果實(shí)中克隆得到了3個(gè)推測(cè)可能是葡萄蔗糖轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白的基因。張雅麗等研究發(fā)現(xiàn):VvSUC27在葡萄的根、幼葉以及果實(shí)等庫(kù)器官中大量表達(dá),而在葉片中表達(dá)量很少,與Davies結(jié)果一致,初步認(rèn)為該基因很可能編碼特異性存在于庫(kù)組織中的蔗糖轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白;于菲等2011年對(duì)VvSUC27啟動(dòng)子進(jìn)行了初步的功能預(yù)測(cè)分析。本研究克隆了葡萄VvSUC27 基因,利用生物信息學(xué)方法對(duì)該蛋白的理化性質(zhì)、三級(jí)結(jié)構(gòu)進(jìn)行了預(yù)測(cè)分析。結(jié)果表明其cDNA 全長(zhǎng)為1515bp,編碼505個(gè)氨基酸,VvSUC27蛋白具有12個(gè)跨膜結(jié)構(gòu),與煙草蔗糖轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白NtSUC1a的親緣關(guān)系最近,為63.92%,VvSUC27基因與許多已經(jīng)驗(yàn)證功能的糖轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白基因都有很高的同源性,具有糖轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白的活性。
目前糖轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白在生理以及非生物脅迫方面的作用已經(jīng)有了較深入的研究。植物中經(jīng)光合作用產(chǎn)生的糖分需要其運(yùn)輸調(diào)控以保證自身各部分的營(yíng)養(yǎng)供應(yīng),非生物脅迫條件下糖轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白也會(huì)參與以適應(yīng)逆境。在玉米、小麥、馬鈴薯等植物中發(fā)現(xiàn)了參與植物與病原菌互作過程相關(guān)的糖轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白基因。本研究通過對(duì)葡萄受可可毛色二孢侵染后不同時(shí)間VvSUC27基因表達(dá)量的檢測(cè),證實(shí)病菌侵染誘導(dǎo)寄主植株VvSUC27 基因的表達(dá)量增加,推測(cè)VvSUC27基因參與了寄主對(duì)可可毛色二孢的調(diào)控。水楊酸、脫落酸、茉莉酸以及乙烯是植物免疫相關(guān)的激素,在不同病原菌侵染過程中,其在寄主體內(nèi)通過信號(hào)分子積累的改變來調(diào)節(jié)植物的免疫反應(yīng)。本研究結(jié)果表明,SA 和MeJA 處理6h即可誘導(dǎo)VvSUC27上調(diào)表達(dá);而ABA 和ACC 處理24h后,VvSUC27基因才出現(xiàn)誘導(dǎo)表達(dá)。在病原菌與寄主的互作過程中,寄主植物細(xì)胞表面的模式受體(patternrecognitionreceptors,PRR)通過識(shí)別病原菌保守的病原相關(guān)分子模式(pathogenassociatedmolecularpatterns,PAMPs)激發(fā)PAMPs誘導(dǎo)的免疫(PAMPtriggeredimmunity,PTI),其中細(xì)菌的鞭毛蛋白(flagellin)、真菌的幾丁質(zhì)(chitin)、肽聚糖(peptidoglycan,PGN)等都是常見的病原菌保守組分。VvSUC27受flg22和chitin的誘導(dǎo)表達(dá),推測(cè)其參與寄主植物的PTI反應(yīng)。
本文克隆了VvSUC27基因并分析了其在接種可可毛色二孢后以及不同激素和激發(fā)子處理下的表達(dá)情況。下一步將開展基因編輯、蛋白互作等工作,對(duì)葡萄中蔗糖轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白的功能及作用機(jī)理進(jìn)行深入研究。通過探索VvSUC27基因在可可毛色二孢與葡萄互作中的作用機(jī)制,為葡萄中其他蔗糖轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白調(diào)控機(jī)制研究提供一個(gè)新的切入點(diǎn),為葡萄的遺傳改良提供理論參考。