陳帥,劉軍艦,尚海濤,張井虹,李忠廉
(1.天津醫(yī)科大學(xué)研究生院,天津300070;2.天津市中西醫(yī)結(jié)合醫(yī)院肝膽胰第二外科,天津300100)
阻塞性黃疸(obstructive jaundice,OJ)是指由膽道內(nèi)或膽道鄰近部位的良、惡性病變阻礙膽汁經(jīng)由膽道流入十二指腸引發(fā)膽道內(nèi)壓力增高,膽汁由肝細(xì)胞和毛細(xì)膽管逆流入血竇、竇周,使血中結(jié)合膽紅素水平升高引起的黃疸[1]。阻塞性黃疸可以引起機(jī)體發(fā)生炎癥、內(nèi)毒素血癥、肝臟血流動(dòng)力學(xué)改變、氧自由基增多等,從而造成肝損傷[2-3]。目前利用外科手段積極處理病因是西醫(yī)治療的首要方法,但中藥方劑對(duì)保守治療、術(shù)前減黃及解除梗阻后加快黃疸消退、改善肝功能有較大作用[4]。茵陳蒿湯由茵陳、大黃、梔子三味藥組成,是治療濕熱黃疸的常用方。氧化應(yīng)激是肝損傷病理過程中的一個(gè)重要因素,眾多研究證實(shí)茵陳蒿湯可以改善OJ引起的肝損傷,但對(duì)其作用機(jī)制缺乏系統(tǒng)的研究。網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)能夠系統(tǒng)觀察藥物對(duì)疾病網(wǎng)絡(luò)的干預(yù)與影響,這與復(fù)方中藥多成分、多途徑和多靶點(diǎn)協(xié)同作用的原理殊途同歸[5]。
1.1 茵陳蒿湯的有效成分及靶點(diǎn)的收集與篩選 通過TCMSP數(shù)據(jù)庫搜索茵陳蒿湯中藥物(茵陳、大黃、梔子)的化學(xué)成分,并以口服生物利用度(OB)≥30%和類藥性(DL)≥0.18為篩選標(biāo)準(zhǔn),得到茵陳蒿湯的有效化學(xué)成分及其對(duì)應(yīng)的靶點(diǎn)蛋白。
1.2 疾病靶點(diǎn)獲取 通過Gene Cards數(shù)據(jù)庫檢索關(guān)鍵詞“obstructive jaundice”,得到OJ的相關(guān)靶點(diǎn)。
1.3 茵陳蒿湯和OJ的靶點(diǎn)交集 運(yùn)用Excel中VLOOKUP函數(shù)以及UniProt數(shù)據(jù)庫對(duì)茵陳蒿湯中化學(xué)成分的靶點(diǎn)蛋白的基因名稱進(jìn)一步規(guī)范。利用R4.0.2軟件將茵陳蒿湯的作用靶點(diǎn)與OJ的靶點(diǎn)進(jìn)行交集分析,獲得茵陳蒿湯和OJ的交集靶點(diǎn),并繪制Venny圖。并通過Cytoscape軟件,對(duì)茵陳蒿湯中有效成分和交集靶點(diǎn)進(jìn)行拓?fù)鋵傩苑治觥?/p>
1.4 交集靶點(diǎn)蛋白相互作用(protein protein interaction,PPI)網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建 將交集靶點(diǎn)導(dǎo)入STRING數(shù)據(jù)庫,將蛋白種屬設(shè)置為“Homo sapiens”,去除孤立的靶點(diǎn)蛋白,其余參數(shù)均保持默認(rèn),獲得茵陳蒿湯與OJ交集靶點(diǎn)的蛋白相互作用關(guān)系網(wǎng)絡(luò)數(shù)據(jù)。通過Cytoscape軟件進(jìn)行網(wǎng)絡(luò)可視化及網(wǎng)絡(luò)拓?fù)鋵傩苑治觥?/p>
1.5 GO功能與KEGG通路富集分析 將Bioconductor數(shù)據(jù)庫導(dǎo)入R軟件,利用R軟件對(duì)茵陳蒿湯與OJ的交集靶點(diǎn)進(jìn)行GO功能富集分析和KEGG通路富集分析,并將其結(jié)果繪制成柱狀圖與氣泡圖進(jìn)行可視化。
1.6 分子對(duì)接驗(yàn)證 從TCMSP數(shù)據(jù)庫中導(dǎo)出茵陳蒿湯主要成分的分子結(jié)構(gòu),保存為mol2格式,利用Autodock Tools4.2.6軟件調(diào)整電荷、判定配體的root、選擇配體可扭轉(zhuǎn)的鍵,并保存為pdbqt格式。從PDB數(shù)據(jù)庫中獲得eNOS和iNOS的蛋白結(jié)構(gòu),通過PyMol2.4.1軟件去除水分子及原配體,然后利用Autodock Tools給蛋白加氫、計(jì)算電荷、添加原子類型,并保存為pdbqt格式。再通過Autodock Tools獲得活性位點(diǎn)中心及盒子大小等對(duì)接信息,默認(rèn)設(shè)置為energy_range=3,exhaustiveness=100。最后運(yùn)用Autodock-vina1.1.2執(zhí)行分子對(duì)接計(jì)算,通過PyMol軟件實(shí)現(xiàn)對(duì)接結(jié)果可視化,建立分子對(duì)接模式圖。
1.7 免疫組化實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證
1.7.1 藥材、試劑 依據(jù)《傷寒論》中茵陳蒿湯劑量組成折合:茵陳180 g,梔子150 g,大黃60 g,共計(jì)390 g中藥購于天津市南開醫(yī)院中藥制劑室,取2次煎煮液濃縮至390 mL,每mL含生藥量1 g。
免疫組化試劑:4%多聚甲醛、多聚賴氨酸、抗原修復(fù)液、山羊血清封閉液、一抗:NOS3(A-9):sc-376751,NOS2(C-11):sc-7271(購自SANTA CRUZ生物公司);二抗:IgG;辣根酶標(biāo)記鏈霉卵白素工作液(S-A/HRP);DAB顯色試劑盒;蘇木素等。
1.7.2 動(dòng)物模型制備及分組給藥 成年Sprauge-Dawley(SD)大鼠36只,體重200~230 g,雄性,SPF級(jí),購自北京華阜康生物科技股份有限公司(實(shí)驗(yàn)動(dòng)物使用許可證號(hào):SCXK京2014-0004;動(dòng)物倫理委員會(huì)通過編號(hào):NKYY-DWLL-2019-081)。應(yīng)用隨機(jī)數(shù)字表法將大鼠分為假手術(shù)組(A組)、模型組(B組)、茵陳蒿湯組(C組),每組12只。B組和C組于大鼠膽總管中上1/3行雙重結(jié)扎,手術(shù)3 d后觀察大鼠小便顏色變黃即說明OJ模型建立成功。A組游離上段膽總管后關(guān)腹。大鼠自建模后第3天起C組每日給予茵陳蒿湯劑3.6 mL/kg(相當(dāng)于生藥1 g/mL)灌胃,A組和B組每日給予等量生理鹽水灌胃。于術(shù)后10 d處死大鼠,并留取肝組織進(jìn)行IHC檢測(cè)。
1.7.3 免疫組化 取A組、B組、C組大鼠肝組織,磷酸鹽緩沖液(phosphate buffered saline,PBS)洗,取少量組織塊;用4%多聚甲醛進(jìn)行固定,多級(jí)脫水、包埋成石蠟組織塊,按5μm切片,附于經(jīng)多聚賴氨酸附膜的載玻片上,60℃過夜;將切片經(jīng)二甲苯及多級(jí)乙醇脫蠟;放入抗原修復(fù)液、正常山羊血清封閉液,進(jìn)行eNOS及iNOS免疫組化,最后加入DAB試劑和蘇木素染色,顯微鏡下觀察,進(jìn)行400×的顯微照相,選擇有意義的組織相進(jìn)一步分析。
1.7.4 統(tǒng)計(jì)學(xué)處理 實(shí)驗(yàn)結(jié)果采用SPSS26.0軟件進(jìn)行分析,采用單因素方差分析進(jìn)行多組間比較,且符合方差齊性就采用LSD檢驗(yàn)方法,實(shí)驗(yàn)結(jié)果以±s及柱狀圖表示,P<0.05為差異具有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義。
2.1 茵陳蒿湯有效成分篩選 通過在TCMSP數(shù)據(jù)庫中檢索,根據(jù)OB≥30%、DL≥0.18的標(biāo)準(zhǔn)進(jìn)行篩選,獲得44個(gè)有效成分。茵陳、大黃、梔子分別篩選到13、16、15種有效成分(表1),其中β-谷甾醇(beta-sitosterol)為茵陳、大黃、梔子三者的共有成分,槲皮素(quercetin)為茵陳和梔子的共有成分。
表1 茵陳蒿湯主要有效成分及相關(guān)參數(shù)Tab 1 Main effectivecomponentsand related parametersof Yinchenhao Decoction
2.2 茵陳蒿湯和OJ的靶點(diǎn)交集分析 將茵陳蒿湯中41個(gè)化學(xué)成分及其對(duì)應(yīng)的靶點(diǎn)蛋白,運(yùn)用Excel中VLOOKUP函數(shù)以及UniProt數(shù)據(jù)庫剔除重復(fù)項(xiàng)并規(guī)范基因名稱,得到29個(gè)化學(xué)成分及對(duì)應(yīng)的177個(gè)靶點(diǎn)。通過在GeneCards數(shù)據(jù)庫中檢索OJ相關(guān)靶點(diǎn),共得到2 183個(gè)疾病相關(guān)靶點(diǎn)。將茵陳蒿湯的作用靶點(diǎn)與OJ的靶點(diǎn)進(jìn)行交集分析,得到123個(gè)交集靶點(diǎn)基因,如圖1。將茵陳蒿湯化學(xué)成分和交集靶點(diǎn)導(dǎo)入Cytoscape軟件進(jìn)行網(wǎng)絡(luò)拓?fù)鋵傩苑治?,篩選出前5個(gè)主要化合成分,見表2。
表2 前5個(gè)與交集靶點(diǎn)對(duì)應(yīng)的主要化合物Tab 2 The first five main compounds corresponding to the intersection targets
圖1 茵陳蒿湯和OJ的交集靶點(diǎn)韋恩圖Fig 1 Venny diagram of intersection target of Yinchenhao Decoction and OJ
2.3 交集靶點(diǎn)PPI網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建 將交集靶點(diǎn)導(dǎo)入STRING數(shù)據(jù)庫,獲取蛋白互作信息(其中有1個(gè)蛋白未參與互作)。將蛋白互作信息導(dǎo)入到Cytoscape軟件進(jìn)行網(wǎng)絡(luò)拓?fù)鋵傩苑治?,得到茵陳蒿湯和OJ交集靶點(diǎn)PPI網(wǎng)絡(luò)(圖2)。在PPI網(wǎng)絡(luò)中,一個(gè)節(jié)點(diǎn)的度(Degree)表示網(wǎng)絡(luò)中和節(jié)點(diǎn)相連的路線條數(shù),該網(wǎng)絡(luò)由122個(gè)節(jié)點(diǎn)組成,其中節(jié)點(diǎn)的大小與Degree成正比,Degree越大顏色越紅,表示靶點(diǎn)作用途徑更多。根據(jù)節(jié)點(diǎn)的Degree繪制出前15個(gè)關(guān)鍵靶點(diǎn)的條形圖(圖3)。
2.4 GO功能與KEGG通路富集分析 為進(jìn)一步探討茵陳蒿湯作用于OJ的機(jī)制,對(duì)交集靶點(diǎn)進(jìn)行GO功能富集分析和KEGG通路分析。根據(jù)P<0.05,確定了135個(gè)GO條目和162個(gè)KEGG通路,分別將靶點(diǎn)富集個(gè)數(shù)前20的GO條目和KEGG通路繪制成條形圖(圖4)和氣泡圖(圖5),并利用Cytoscape軟件繪制主要通路-靶點(diǎn)-化合物的網(wǎng)絡(luò)圖(圖6)。通過對(duì)圖6分析發(fā)現(xiàn)靶點(diǎn)蛋白NOS3和NOS2參與氧化應(yīng)激過程中的多條通路,并與茵陳蒿湯中多個(gè)化合物有關(guān)(圖7)。
圖4 茵陳蒿湯治療OJ作用靶點(diǎn)的GO富集條形圖Fig 4 Bar graph of GO enrichment of targetsof Yinchenhao Decoction in thetreatment of OJ
圖5 茵陳蒿湯治療OJ作用靶點(diǎn)的KEGG富集氣泡圖Fig 5 Bubblechart of KEGG enrichment of targetsof Yinchenhao Decoction in thetreatment of OJ
圖6 主要通路-靶點(diǎn)-化合物網(wǎng)絡(luò)Fig 6 Main pathway-target-compound network
圖7 NOS2、NOS3相關(guān)化合物及通路網(wǎng)絡(luò)Fig 7 Network of compoundsand pathwaysrelated to NOS2 and NOS3
2.5 分子對(duì)接驗(yàn)證 通過Autodock_vina軟件將目的蛋白NOS3(eNOS)和NOS2(iNOS)分別與槲皮素、山奈酚、異鼠李素進(jìn)行分子對(duì)接。分子對(duì)接結(jié)果示eNOS和iNOS與槲皮素、山奈酚、異鼠李素的最低結(jié)合能均<-5.0 kcal/mol(表3),且分子對(duì)接模式圖中這些化學(xué)成分與eNOS和iNOS蛋白上多個(gè)氨基酸殘基相結(jié)合(圖8)。
圖8 eNOS和iNOS與主要化合物的分子對(duì)接模式圖Fig 8 Molecular docking patternsof eNOSand iNOSwith major compounds
表3 eNOS和iNOS與主要化合物的最低結(jié)合能(kcal/mol)Tab 3 The lowest binding energies of eNOSand iNOSwith major compounds(kcal/mol)
2.6 茵陳蒿湯對(duì)大鼠肝組織中NOS3(eNOS)和NOS2(iNOS)蛋白表達(dá)的影響 IHC結(jié)果顯示:與假手術(shù)組相比,模型組肝組織中eNOS平均光密度值降低,而iNOS平均光密度值升高(P<0.05);與模型組相比,茵陳蒿湯組肝組織中eNOS平均光密度值升高,iNOS平均光密度值降低(P<0.01),見圖9、10。
圖9 各組大鼠肝組織中eNOS和iNOS表達(dá)(免疫組化,400×)Fig 9 Expression of eNOSand iNOSin liver tissueof ratsin each group(IHC,400×)
圖10 各組大鼠肝組織中eNOS、iNOS蛋白平均光密度值比較(±s)Fig 10 Comparison of the AODof eNOSand iNOSproteinsin liver tissueof ratsin each group(±s)
中醫(yī)認(rèn)為黃疸發(fā)病有濕、熱、寒、血瘀、脾虛等多種不同的病機(jī),其中以濕邪為主。辨證分型以濕熱蘊(yùn)結(jié)為常見,治療均以化濕邪、利小便為治療大法,對(duì)癥選用清熱利濕、溫中補(bǔ)虛、化瘀等治法[6]。茵陳蒿湯由茵陳、大黃、梔子三味藥組成,方中重用茵陳為君藥,以其善能清熱利濕退黃,為治黃疸之主藥。臣以梔子清熱降火,通利三焦,助茵陳引濕熱從小便而去。佐以大黃瀉熱逐瘀,通利大便,導(dǎo)瘀熱由大便而下。三藥合用,以利濕與泄熱相伍,使二便通利,前后分消,濕熱得行,瘀熱得下,則黃疸自退。
本研究通過網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)方法,獲得茵陳蒿湯的41種有效化學(xué)成分,經(jīng)過篩選規(guī)范,共收集到29個(gè)有效化學(xué)成分及對(duì)應(yīng)的177個(gè)靶點(diǎn),并對(duì)這些有效成分及靶點(diǎn)進(jìn)行分析。槲皮素的作用靶點(diǎn)最多,它也是茵陳、梔子共有的化學(xué)成分;其次是山奈酚,以及異鼠李素、蘆薈大黃素、β-谷甾醇等。研究表明,槲皮素是一種黃酮類化合物,具有多重生物活性,如抗氧化、抗炎、減輕肝毒性、預(yù)防肝纖維化等作用[7-8]。山奈酚是一種黃酮類化合物,通過發(fā)揮抗炎和抗氧化作用,在各種化學(xué)誘導(dǎo)的肝損傷模型中發(fā)揮保護(hù)作用[9]。另外,山奈酚可以降低谷草轉(zhuǎn)氨酶(AST)和谷丙轉(zhuǎn)氨酶(ALT)水平,減輕肝細(xì)胞損傷和凋亡[10]。β-谷甾醇在抗氧化、抗炎、免疫調(diào)節(jié)、抗腫瘤等方面表現(xiàn)出良好的藥理作用[11]。此外,現(xiàn)代藥理研究表明,茵陳蒿湯的茵陳色原酮、Artepillin A、蘆薈大黃素等成分具有促進(jìn)膽汁分泌和排泄的作用[11]。通過藥物與疾病靶點(diǎn)交集得到123個(gè)交集靶點(diǎn)。其中蛋白激酶B(Akt)1、TP53、白細(xì)胞介素(IL)-6、血管內(nèi)皮生長(zhǎng)因子(VEGF)A、CASP3、腫瘤壞死因子(TNF)、Jun、絲裂原活化蛋白激酶(MAPK)8是關(guān)鍵靶點(diǎn)蛋白。AKT1基因編碼的是絲氨酸/蘇氨酸蛋白激酶,參與PI3K、EGFR等多個(gè)通路,在炎癥、細(xì)胞增殖、遷移和纖維形成的肝損傷過程中起著獨(dú)特的作用[13]。IL-6是一種多功能細(xì)胞因子,可以激活多種細(xì)胞內(nèi)信號(hào)通路,在肝細(xì)胞凋亡、抗炎、氧化應(yīng)激中起著重要作用[14-15]。VEGFA是具有高度內(nèi)皮細(xì)胞特異性的有絲分裂原,在血管發(fā)生和形成過程中起著主要的調(diào)控作用。VEGF的表達(dá)可以促進(jìn)血管形成,在肝臟再生和肝損傷的修復(fù)中起著重要作用[16]。
通過對(duì)交集靶點(diǎn)的GO富集結(jié)果分析,預(yù)測(cè)茵陳蒿湯治療OJ可能涉及DNA結(jié)合轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合、信號(hào)受體激活劑活性、細(xì)胞因子受體結(jié)合、泛素樣蛋白連接酶結(jié)合、氧化還原酶活性等生物過程。通過KEGG通路富集分析,發(fā)現(xiàn)茵陳蒿湯中多種成可以通過Hepatitis B、流體剪應(yīng)力與動(dòng)脈粥樣硬化、MAPK、PI3K-Akt、腫瘤壞死因子、IL-17、肝細(xì)胞癌、低氧誘導(dǎo)因子1(HIF-1)等信號(hào)通路作用于OJ。MAPK是生物體內(nèi)重要的信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)系統(tǒng)之一,參與介導(dǎo)細(xì)胞生長(zhǎng)、分裂、分化、死亡以及細(xì)胞間的功能同步等多種生理過程。其中c-Jun氨基末端激酶(JNK)信號(hào)通路是MAPK中重要的通路之一,Wang等[17]發(fā)現(xiàn)大黃酸誘導(dǎo)的活性氧簇(ROS)激活了JNK/Jun/caspase-3信號(hào)通路,進(jìn)而誘導(dǎo)肝癌細(xì)胞凋亡。PI3K/Akt信號(hào)通路是細(xì)胞內(nèi)抑制細(xì)胞凋亡的關(guān)鍵性信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)通路。研究證明,PI3K/Akt通路激活可以抑制氧化應(yīng)激、炎癥和細(xì)胞凋亡,對(duì)肝損傷具有保護(hù)作用[18]。HIF-1是低氧濃度或缺氧應(yīng)答中關(guān)鍵的轉(zhuǎn)錄因子,通過激活下游靶基因,參與細(xì)胞的增殖、凋亡、血管生成、能量代謝等環(huán)節(jié)。研究發(fā)現(xiàn)蕨麻多酚可能在血管內(nèi)皮細(xì)胞缺氧時(shí)通過下調(diào)HIF-1α,進(jìn)而抑制內(nèi)皮素(ET)-1的合成和分泌;上調(diào)eNOS,下調(diào)iNOS,調(diào)控一氧化氮(NO)的合成和分泌;調(diào)節(jié)NO和ET-1的動(dòng)態(tài)平衡,發(fā)揮抗缺氧保護(hù)作用[19]。上述研究,體現(xiàn)了茵陳蒿湯多成分、多靶點(diǎn)的特點(diǎn),其可能通過促進(jìn)膽汁分泌排泄、抗炎、抑制肝纖維化、抗氧化、減輕肝細(xì)胞損傷和凋亡等多個(gè)生物過程及作用通路,起到治療OJ的作用。
通過對(duì)KEGG富集結(jié)果分析發(fā)現(xiàn),靶點(diǎn)蛋白NOS3(eNOS)和NOS2(iNOS)參與流體剪應(yīng)力與動(dòng)脈粥樣硬化、PI3K-Akt、HIF-1等多條通路,并與茵陳蒿湯中多個(gè)化合物有關(guān),因此將eNOS和iNOS作為目的蛋白進(jìn)行分子對(duì)接和免疫組化實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證。兩者均是合成NO的關(guān)鍵酶,NO在OJ肝損害中具有雙重作用。在疾病發(fā)展早期,機(jī)體NO水平相對(duì)較低,可擴(kuò)張血管,抑制血小板聚集,改善肝臟血流;NO還具有抗氧化作用,可以與超氧陰離子等自由基結(jié)合,產(chǎn)生低毒性自由基,減輕肝損傷。隨著疾病的發(fā)展,內(nèi)毒素等各種刺激因子引起iNOS表達(dá)增加,生成大量的NO,過量的NO具有細(xì)胞毒性,加重肝損傷[20]。上述結(jié)果表明茵陳蒿湯中與交集靶點(diǎn)有關(guān)的化學(xué)成分主要有槲皮素、山奈酚、異鼠李素等,因此將eNOS和iNOS蛋白分別與這些化學(xué)成分進(jìn)行分子對(duì)接,發(fā)現(xiàn)對(duì)接的最低結(jié)合能均≤-5.0 kcal/mol,且通過分子對(duì)接模式圖可知這些化學(xué)成分可能與蛋白上多個(gè)氨基酸殘基相結(jié)合,表示eNOS、iNOS和茵陳蒿湯中的主要化合物槲皮素、山奈酚、異鼠李素有較好的結(jié)合能力。通過對(duì)大鼠肝組織免疫組織化學(xué)研究發(fā)現(xiàn),與假手術(shù)組相比,模型組肝組織中iNOS蛋白表達(dá)升高,而eNOS蛋白表達(dá)降低;與模型組相比,茵陳蒿湯組肝組織中iNOS蛋白表達(dá)降低,eNOS蛋白表達(dá)升高。這可能是OJ發(fā)生時(shí),機(jī)體炎癥和內(nèi)毒素等刺激因子引起肝組織中iNOS水平迅速增加,產(chǎn)生大量NO,造成肝損傷;而茵陳蒿湯通過調(diào)節(jié)eNOS和iNOS,從而降低NO的過量表達(dá),維持一定生理量,使其產(chǎn)生抗氧化、改善肝臟微循環(huán)的作用。
本研究通過網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)方法研究茵陳蒿湯治療OJ的有效成分、作用靶點(diǎn)及通路,體現(xiàn)了茵陳蒿湯多成分、多靶點(diǎn)、多途徑的作用特點(diǎn),系統(tǒng)性分析了茵陳蒿湯治療OJ的可能作用機(jī)制,并通過分子對(duì)接技術(shù)證實(shí)茵陳蒿湯中的多種活性成分可作用于eNOS、iNOS蛋白。免疫組化實(shí)驗(yàn)證實(shí)茵陳蒿湯對(duì)OJ氧化應(yīng)激的調(diào)節(jié)可能與改變eNOS、iNOS蛋白的表達(dá)有關(guān),這為進(jìn)一步研究茵陳蒿湯提供了思路和理論依據(jù)。