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玉米ZmGly2基因的生物學功能與表達特性

2022-03-16 04:39王春曉裴玉賀于秋鴻宋希云
貴州農(nóng)業(yè)科學 2022年2期
關鍵詞:谷胱甘肽結構域位點

王春曉, 李 楠, 裴玉賀, 于秋鴻, 宋希云, 李 軍

(青島農(nóng)業(yè)大學 農(nóng)學院, 山東 青島 266109)

0 引言

【研究意義】近年來,作物生長季頻繁發(fā)生的高溫熱害已成為全球重大自然災害之一[1]。研究發(fā)現(xiàn),21世紀的全球地表平均氣溫比20世紀升高1.4~5.8℃,且溫度每升高1℃,玉米將減產(chǎn)10%~20%[2],高溫期間往往伴隨干旱,給玉米生產(chǎn)造成的危害更加嚴重[3]。【前人研究進展】WANG等[4]研究發(fā)現(xiàn),玉米幼苗在遭受熱激處理時體內(nèi)會積累大量的甲基乙二醛(MG)。MG是一類有毒的醛酮類代謝物,對多種細胞成分具有高度反應活性,導致其不可逆地修飾進而形成加合物和交聯(lián)[5]。MG的降解途徑有2條:一是依賴GSH(還原型谷胱甘肽)的途徑,包括乙二醛酶1(GLY1)和乙二醛酶2(GLY2);二是不依賴GSH的途徑,如乙二醛酶3(GLY3)。乙二醛酶在動物細胞中研究得比較清楚,參與細胞增殖、胚胎發(fā)生、成熟和細胞死亡等生物過程[6-7]。植物乙二醛酶系統(tǒng)首次在花旗松針中報道[8],之后在單、雙子葉植物中均有報道[9-14]。ZmGly2編碼產(chǎn)物是羥酰谷胱甘肽水解酶,參與MG降解的第二步反應[15]。過表達Gly1和Gly2的轉(zhuǎn)基因煙草、水稻和擬南芥均表現(xiàn)出較強的耐鹽和抗旱能力[16-18]。【研究切入點】然而,迄今對玉米ZmGly2的表達特性和生物學功能還缺乏深入的研究?!緮M解決的關鍵問題】為此,利用生物信息學和qRT-PCR方法的方法對ZmGly2蛋白的結構、理化性質(zhì)和表達差異等進行分析,找出該基因在干旱、高溫脅迫應答中的可能作用,為將來通過CRISPR-Cas9基因編輯技術培育抗旱耐熱玉米新種質(zhì)提供可利用的基因資源。

1 材料與方法

1.1 材料

1.1.1 植物 玉米品種為鄭單958,購自河南金博士種業(yè)股份有限公司。

1.1.2 試劑 RNA提取試劑盒購自Takara公司,反轉(zhuǎn)錄試劑盒和熒光定量試劑盒購自南京諾唯贊生物科技有限公司,引物由上海派森諾生物科技股份有限公司合成(表1)。

表1 qRT-PCR用引物

1.2 玉米根莖葉的獲取

將玉米種子播于含有營養(yǎng)土和蛭石(3∶1)的花盆(1粒/盆)中,置于青島農(nóng)業(yè)大學智能溫室內(nèi)(25℃)生長。待幼苗長至三葉期時分別進行干旱(20% PEG600)和高溫(37℃)處理,在處理0 h、12 h、24 h、36及48 h后選取玉米的根、莖和葉,快速置于液氮中保存?zhèn)溆谩C總€處理含5棵幼苗, 3次重復。

1.3 生物信息學分析

根據(jù)文獻[15],從NCBI網(wǎng)站(https://preview.ncbi.nlm.nih.gov)檢索到ZmGly2(登錄號:XM_008652743);利用ProtParam tool(https://web.expasy.org/protparam)分析ZmGly2編碼蛋白的理化性質(zhì);使用TMHMM Server 2.0進行蛋白跨膜結構預測;利用SWISS-MODEL進行蛋白質(zhì)高級結構分析;利用MEGA 7.0對ZmGly2進行系統(tǒng)進化樹分析。

1.4 總RNA提取、cDNA合成及表達模式分析

利用RNA提取試劑盒說明提取總RNA;按照反轉(zhuǎn)錄試劑盒說明合成cDNA;用qRT-PCR分析表達模式,以玉米Actin作為內(nèi)參基因。

2 結果與分析

2.1 ZmGly2蛋白的理化性質(zhì)

經(jīng)分析發(fā)現(xiàn),ZmGly2基因的cDNA序列為1 014 bp,編碼337個氨基酸,理論分子量為34.4 KD,等電點為7.66。對氨基酸組成分析發(fā)現(xiàn),帶負電荷的氨基酸(Asp+Glu)殘基總數(shù)為32個,帶正電荷的氨基酸(Arg + Lys)殘基總數(shù)為33個,Leu含量最高,占10.6%;Trp含量最少;占0.6%。蛋白不穩(wěn)定系數(shù)較低,為35.9,屬于穩(wěn)定蛋白。疏水性較低,為-0.279,表明其為親水性蛋白。利用NCBI數(shù)據(jù)庫中的CD-Search分析發(fā)現(xiàn),ZmGly2蛋白有2個結構域,一是N端的金屬-β-內(nèi)酰胺酶結構域;二是C端的羥酰谷胱甘肽水解酶結構域(圖1a)。經(jīng)TMHMM Server分析,該蛋白不含跨膜結構域,可能為細胞質(zhì)蛋白(圖1b)。

圖1 ZmGly2蛋白保守區(qū)分析(a)和跨膜結構域預測(b)

2.2 ZmGly2蛋白的結構

ZmGly2蛋白的空間結構有Fe2+和Zn2+2個金屬結合位點(圖2)。其中,F(xiàn)e2+的結合位點在His252、His142、Asp141和Asp241處,Zn2+的結合位點在His137、His139、His195和Asp214處,說明ZmGly2蛋白是一種金屬酶。

圖2 ZmGly2蛋白質(zhì)空間結構模型(a)和金屬結合位點(b)

2.3 ZmGly2蛋白的系統(tǒng)進化樹

從NCBI數(shù)據(jù)庫中檢索到與ZmGly2蛋白同源的其他植物氨基酸序列,選取氨基酸序列同源性≥60%的13種植物進行進化樹分析表明,ZmGly2蛋白與南荻MlGly2同源性為97.11%,親緣關系最近;與三裂葉薯ItGly2同源性為67.54%,親緣關系最遠(圖3)。

注:TuGly2為烏拉爾圖小麥;MlGly2為南荻;ZmGly2為玉米;SbGly2為高粱;PhGly2為黍;PvGly2為柳枝稷;SvGly2為狗尾草;DeGly2為福尼奧小米;EcGly2為彎葉畫眉草;ObGly2為短花藥野生稻;PdGly2為海棗;CsGly2為亞麻薺;ItGly2為三裂葉薯;McGly2為博落回。

2.5 ZmGly2基因的組織特異性表達

如圖4所示,ZmGly2基因在葉片中的相對表達量最高,莖次之,根中最低。ZmGly2基因在葉中的表達量分別是根和莖中表達量的8.1倍和5.3倍。

圖4 ZmGly2在不同組織的相對表達量

2.6 ZmGly2基因在高溫和干旱逆境脅迫下的表達量

如圖5所示,ZmGly2基因?qū)Ω邷睾透珊得{迫應答呈現(xiàn)出先升高后降低的趨勢。ZmGly2基因在高溫處理24 h后表達量達最高,是處理前的3.5倍,在處理48 h后其相對表達量略有降低,是處理前的2.0倍。ZmGly2基因在干旱處理36 h后表達量達最高,是處理前的5.9倍,在處理48 h后其相對表達量降低,約是處理前的1.8倍。

注:**表 示差異達極顯著(P<0.01)水平。

3 討論

在干旱、熱害等逆境脅迫條件下,植物細胞內(nèi)會積累大量的有毒物質(zhì)如甲基乙二醛(MG)等,乙二醛酶系統(tǒng)在清除過量MG、維持其在細胞內(nèi)的動態(tài)平衡中發(fā)揮重要作用[19]。在依賴GSH的降解途徑中,乙二醛酶Ⅰ(GLYⅠ)和乙二醛酶Ⅱ(GLYⅡ)協(xié)同作用,以GSH為輔因子,將MG降解為無毒的乳酸。研究發(fā)現(xiàn),Gly1是一類依賴金屬離子如Ni2+或Zn2+的蛋白酶[20]。利用生物信息學的方法分析玉米Gly2蛋白(ZmGly2)的理化性質(zhì)和結構特點發(fā)現(xiàn),ZmGly2含有337個氨基酸,分子量為34.41 KD,為穩(wěn)定的親水性蛋白。由于該蛋白缺乏跨膜結構,猜測ZmGly2可能定位于細胞質(zhì)中。結構域分析發(fā)現(xiàn),ZmGly2的N端為金屬-β-內(nèi)酰胺酶結構域,而C端為羥酰谷胱甘肽水解酶結構域。對13種植物的Gly2蛋白氨基酸同源序列分析發(fā)現(xiàn),ZmGly2與南荻MlGly2同源性為97.11%,親緣關系最近;與Gly1相類似,也是一種金屬酶,含有Fe2+和Zn2+2個結合位點。

已有證據(jù)表明,Gly2基因參與了植物對逆境脅迫的應答。MUDALKAR等[21]發(fā)現(xiàn),麻風樹(JatrophacarcasL.)具有較強的抗旱和耐鹽能力,與其自身存在較高的乙二醛酶活性有關。NAHAR等[22]研究,多胺處理綠豆幼苗發(fā)現(xiàn),幼苗中乙二醛酶2的活性顯著增加且耐鹽能力明顯提高。YADAV等[23]發(fā)現(xiàn),高溫和低溫均誘導水稻Gly2基因的表達,導致內(nèi)源MG含量降低,耐受溫度脅迫的能力加強。ZmGly2基因在不同組織器官中的表達水平存在很大差異,在葉片中的表達量最高,且相對表達量受干旱和高溫的強烈誘導,表現(xiàn)出先升高后降低的趨勢,與YADAV等[23]結果一致。

4 結論

ZmGly2為含有Fe2+和Zn2+2個金屬結合位點的非跨膜金屬酶,且含有N端的金屬-β-內(nèi)酰胺酶結構域和C端的羥酰谷胱甘肽水解酶結構域,與南荻MlGly2的親緣關系最近。且ZmGly2在葉片中的表達受高溫和干旱的強烈誘導,參與玉米對干旱和高溫的脅迫應答,為下階段利用CRISPR-Cas9基因編輯技術深入解析其生物學功能奠定了基礎。

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