陳 冉, 郭 棟,2, 何汝堅(jiān), 殷 霞, 范 軍*, 章偉光*
(1. 華南師范大學(xué)化學(xué)學(xué)院, 廣州 510006; 2. 廣州研創(chuàng)生物技術(shù)發(fā)展有限公司, 廣州510663)
手性異構(gòu)體的物理化學(xué)性質(zhì)相同,但其生物活性、毒理、代謝和降解等性質(zhì)在手性環(huán)境下差異顯著[1]。例如S-萘普生的抗炎、鎮(zhèn)痛和解熱效果是R-萘普生的28倍[2];S-華法林對(duì)血栓栓塞性疾病的預(yù)防和治療效果是R-華法林的4倍以上,這歸因于2種異構(gòu)體與細(xì)胞色素酶(CYP2C9)的作用差異[3]。因此,研究手性藥物分子與蛋白的立體選擇性作用具有重要意義。
目前,UV-Vis吸收光譜、熒光光譜、電子圓二色光譜和分子對(duì)接技術(shù)被廣泛應(yīng)用在各種小分子與蛋白質(zhì)的結(jié)合特性研究中[4-6]。YUAN等[7]采用多譜學(xué)技術(shù)和分子對(duì)接技術(shù)研究乳酸與人血清蛋白(HSA)的相互作用,發(fā)現(xiàn)了L-乳酸更易于與HSA結(jié)合。CUI等[8]研究發(fā)現(xiàn)D-胞嘧啶與HSA的相互作用強(qiáng)于L-胞嘧啶,兩者的相互作用主要為疏水力。本課題組[9]采用紫外光譜和熒光光譜研究了R,S-1-(3-甲氧基苯)乙胺、R,S-1-(4-甲氧基苯)乙胺、R,S-四氫萘胺、R,S-2-辛醇和R,S-乳酸甲酯與血清蛋白的作用,血清蛋白與這些化合物表現(xiàn)出立體選擇性。
烯唑醇是一種廣譜三唑類殺菌劑,被廣泛應(yīng)用在小麥、水果、蔬菜和茶樹等抗菌[10]。烯唑醇有一個(gè)手性中心和一對(duì)對(duì)映異構(gòu)體。研究表明:R-烯唑醇的抗真菌活性顯著高于S-烯唑醇[10-11];在生物積累時(shí)兩者表現(xiàn)為立體選擇性,S-烯唑醇在人工土壤[12]中和黃粉蟲幼蟲體內(nèi)[13]優(yōu)先積累;兩者的藥代動(dòng)力學(xué)差異顯著,給兔靜脈注射烯唑醇對(duì)映體后,在血漿中S-烯唑醇的清除率是R-烯唑醇的1.57倍[14]。然而,它們未能揭示2種烯唑醇對(duì)映異構(gòu)體表現(xiàn)出立體選擇性的作用機(jī)制。在本研究中,采用UV-Vis吸收光譜法、熒光光譜法和分子對(duì)接技術(shù)研究了烯唑醇對(duì)映體與HSA或BSA的結(jié)合差異,為烯唑醇的立體選擇性作用機(jī)制提供理論參考。
人血清蛋白(HSA,純度≥96%,A1653)購(gòu)自上海西格瑪奧德里奇貿(mào)易有限公司。牛血清蛋白(BSA,純度≥98%,A104912)購(gòu)自上海阿拉丁生化科技股份有限公司。R-烯唑醇和S-烯唑醇(e.e.>98%)由廣州研創(chuàng)生物技術(shù)發(fā)展有限公司提供,結(jié)構(gòu)如圖1所示。磷酸二氫鈉和磷酸氫二鈉(分析純)購(gòu)自天津市大茂化學(xué)試劑廠。
圖1 烯唑醇對(duì)映異構(gòu)體的分子結(jié)構(gòu)
精密稱取9.98 mg HSA置于100 mL的容量瓶中,加入PBS(pH 7.4)緩沖溶液溶解,配制成濃度為1.5 μmol/L的溶液。向HSA溶液(3 mL,1.5 μmol/L)中依次加入一定體積的R-烯唑醇(600 μmol/L)后搖勻,使R-烯唑醇的濃度分別為 0、1.0、2.0、3.0、4.0、5.0、6.0、7.0、8.0 μmol/L。將R-烯唑醇和HSA混合液在25 ℃的水浴中保持5 min后在紫外可見分光光度計(jì)(UV-2700,日本島津)上記錄了這一系列溶液在200~400 nm波長(zhǎng)范圍內(nèi)的紫外吸收光譜。S-烯唑醇與HSA作用實(shí)驗(yàn)與R-烯唑醇類似,以S-烯唑醇替代R-烯唑醇。
BSA與R-烯唑醇和S-烯唑醇相互作用實(shí)驗(yàn)與HSA類似,BSA的濃度為1.5 μmol/L,烯唑醇對(duì)映體在BSA溶液中的濃度分別為0、1.0、2.0、3.0、4.0、5.0、6.0、7.0、8.0 μmol/L。
溶液配制方法與1.2節(jié)相同,HSA和BSA的濃度均為1.5 μmol/L,R-烯唑醇和S-烯唑醇的濃度分別為0、6.1、15.3、30.7、46.0和61.3 μmol/L。將混合溶液分別在293、303和313 K下孵育30 min后,使用熒光分光光度計(jì)(F-4600,日本日立)記錄這一系列血清蛋白溶液在300~530 nm波長(zhǎng)范圍內(nèi)的熒光光譜,激發(fā)波長(zhǎng)為280 nm,狹縫寬度為5 nm。
BSA和HSA晶體結(jié)構(gòu)的PDB ID分別為3V03和1HA2。首先,使用Pymol 2.3軟件除去蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)中所有配體和水分子,并以pdb格式保存;使用Autodock 4.2軟件對(duì)HSA進(jìn)行加氫和電荷計(jì)算操作,設(shè)置為剛性對(duì)接模式。同時(shí),將R-烯唑醇和S-烯唑醇的穩(wěn)定異構(gòu)體模型文件保存為pdb格式,對(duì)其加氫和加電荷處理。然后,調(diào)整網(wǎng)格框12.6 nm×12.6 nm×12.6 nm,間距參數(shù)為0.058 6 nm,使用Autodock 4.2軟件對(duì)HSA和R-烯唑醇進(jìn)行了對(duì)接,得到了R-烯唑醇在HSA中最可能的結(jié)合位點(diǎn)范圍。為了進(jìn)一步精確模擬烯唑醇與HSA間的相互作用,將網(wǎng)格距離和間距參數(shù)分別縮小為7 nm×7 nm×7 nm和0.037 5 nm。S-烯唑醇與HSA對(duì)接的網(wǎng)格距離和間距參數(shù)和R-烯唑醇與HSA對(duì)接的網(wǎng)格距離和間距參數(shù)一致。上述計(jì)算均使用Lamarckian遺傳算法。最后,基于能量最低原理,找到了R-烯唑醇和S-烯唑醇與HSA最有利的對(duì)接模型,使用Auto Dock Tools 1.5.6軟件包進(jìn)行分析。
R-烯唑醇和S-烯唑醇與BSA的分子對(duì)接方法與之類似,網(wǎng)格距離和間距參數(shù)分別為7 nm×7 nm×7 nm和0.037 5 nm。
圖2為血清蛋白在滴加R-烯唑醇和S-烯唑醇前后的紫外吸收光譜圖。隨著R-烯唑醇和S-烯唑醇的濃度從0增大至8 μmol/L,HSA和BSA在波長(zhǎng)280 nm附近的吸收峰強(qiáng)度增加,說(shuō)明R-烯唑醇和S-烯唑醇與血清蛋白作用形成了復(fù)合物;而在波長(zhǎng)250 nm附近的吸收峰歸屬于烯唑醇CC鍵、CN鍵和苯環(huán)n→π*和π →π*躍遷,隨烯唑醇濃度增大,吸收峰強(qiáng)度不斷增強(qiáng)。隨烯唑醇濃度的進(jìn)一步增大,血清蛋白在波長(zhǎng)280 nm處的特征吸收峰發(fā)生藍(lán)移,這歸因于加入R-烯唑醇和S-烯唑醇使得血清蛋白的肽鏈伸展,色氨酸和酪氨酸殘基上疏水基團(tuán)暴露后疏水作用減弱,親水作用增強(qiáng),n→π*和π →π*躍遷增強(qiáng)。最終,加入烯唑醇對(duì)HSA和BSA的構(gòu)象產(chǎn)生影響[15]。
圖2 不同烯唑醇對(duì)映體的濃度對(duì)HSA和BSA紫外吸收光譜的影響
藥物與血清蛋白間的結(jié)合常數(shù)(KA)可以反映兩者的結(jié)合能力。通過(guò)修正的Hildebrand-Benesi方程可得KA[16]:
(1)
通過(guò)式(1)計(jì)算可知,R-烯唑醇和S-烯唑醇與HSA作用的紫外結(jié)合常數(shù)KA分別為8.85×103mol/L和4.02×103mol/L,而兩者與BSA作用的紫外結(jié)合常數(shù)KA分別為9.14×103mol/L和3.94×103mol/L,這說(shuō)明R-烯唑醇與血清蛋白的結(jié)合更穩(wěn)定。
2.2.1 烯唑醇對(duì)血清蛋白的熒光猝滅 熒光光譜研究可以獲得小分子與蛋白的結(jié)合位點(diǎn)、結(jié)合常數(shù)和結(jié)合機(jī)理等信息。HSA/BSA的熒光歸因于血清蛋白中色氨酸、酪氨酸和苯丙氨酸殘基的熒光發(fā)射。圖3為293 K下加入烯唑醇對(duì)映體后HSA/BSA溶液的熒光譜圖,隨著R-烯唑醇濃度從0增加至61.3 μmol/L,HSA的熒光發(fā)射顯著降低,說(shuō)明了R-烯唑醇與HSA的相互作用是HSA的內(nèi)源性熒光猝滅。同時(shí),HSA的最大發(fā)射峰波長(zhǎng)從350 nm藍(lán)移到347 nm,說(shuō)明加入R-烯唑醇后,HSA中的色氨酸殘基微環(huán)境發(fā)生了改變。圖3B中給出了S-烯唑醇對(duì)HSA熒光的影響,變化規(guī)律與R-烯唑醇的一致。對(duì)于BSA,隨R-烯唑醇和S-烯唑醇濃度的升高,其熒光強(qiáng)度顯著下降,最大發(fā)射峰發(fā)生微小藍(lán)移。
圖3 HSA和BSA在加入烯唑醇對(duì)映體前后的熒光光譜
2.2.2 熒光猝滅類型確定 熒光猝滅分為靜態(tài)猝滅和動(dòng)態(tài)猝滅。動(dòng)態(tài)猝滅是由猝滅劑與激發(fā)態(tài)分子間的碰撞引起的熒光猝滅;靜態(tài)猝滅是指猝滅劑和基態(tài)分子形成無(wú)熒光的復(fù)雜化合物,溫度升高可能導(dǎo)致結(jié)合較弱的復(fù)合物解離發(fā)生熒光猝滅。靜態(tài)猝滅常數(shù)也具有溫度依賴性,溫度升高會(huì)使靜態(tài)猝滅常數(shù)降低。然而,當(dāng)溫度升高引起的熒光增強(qiáng)程度大于分子碰撞引起熒光猝滅程度,即出現(xiàn)靜態(tài)猝滅常數(shù)增大的反常現(xiàn)象[17]。猝滅類型可以通過(guò)Stern-Volmer方程來(lái)判斷:
(2)
其中,F(xiàn)0和F對(duì)應(yīng)于加入猝滅劑(烯唑醇)前后血清蛋白的熒光強(qiáng)度,KSV是Stern-Volmer 猝滅常數(shù),Q是猝滅劑的濃度,kq是生物大分子的猝滅速率常數(shù),τ0為生物大分子內(nèi)源性熒光壽命,對(duì)于HSA或BSA,τ0約為1×10-8s。繪制F0/F與Q的曲線如圖4所示,F(xiàn)0/F與Q間具有良好的線性關(guān)系,說(shuō)明烯唑醇對(duì)血清蛋白的熒光猝滅是單一靜態(tài)猝滅或動(dòng)態(tài)猝滅[18]。表1中,kq均在1013數(shù)量級(jí),遠(yuǎn)大于各種猝滅劑對(duì)生物大分子的最大碰撞速率常數(shù)(約2.0×1010L/(mol·s)),說(shuō)明烯唑醇對(duì)血清蛋白的猝滅類型屬于靜態(tài)猝滅。猝滅常數(shù)KSV隨溫度升高而增大。因此,KSV和kq隨溫度的變化規(guī)律都表明烯唑醇對(duì)血清蛋白的熒光猝滅行為屬于靜態(tài)猝滅機(jī)理[19]。
圖4 不同溫度下烯唑醇與HSA、BSA的Stern-Volmer圖
表1 不同溫度下HSA和BSA與烯唑醇對(duì)映體的結(jié)合常數(shù)(Ka)、結(jié)合位點(diǎn)數(shù)(n)和熱力學(xué)參數(shù)
2.2.3 手性結(jié)合常數(shù)和結(jié)合位點(diǎn)數(shù)n采用雙對(duì)數(shù)方程得到烯唑醇與血清蛋白作用的結(jié)合常數(shù)(Ka)和結(jié)合位點(diǎn)數(shù)(n)[20]:
lg[(F0-F)/F]=lgKa+nlgQ。
(3)
表1中,隨溫度升高,Ka逐漸減小,說(shuō)明烯唑醇對(duì)血清蛋白的熒光猝滅屬于靜態(tài)猝滅。在3個(gè)溫度下,R-烯唑醇與血清蛋白的結(jié)合常數(shù)均大于S-烯唑醇與血清蛋白的結(jié)合常數(shù)。n在0.95~1.66范圍內(nèi)變化,表明烯唑醇與血清蛋白結(jié)合達(dá)到穩(wěn)定時(shí),血清蛋白上有1個(gè)結(jié)合位點(diǎn)被烯唑醇占據(jù)。
2.2.4 烯唑醇與血清蛋白相互作用力類型預(yù)測(cè) 熱力學(xué)參數(shù)可以確定藥物與血清蛋白間的相互作用力種類,如范德華力、氫鍵、靜電作用和疏水相互作用等。通過(guò)范特霍夫方程來(lái)計(jì)算烯唑醇和血清蛋白作用過(guò)程的熱力學(xué)參數(shù)ΔH、ΔS和ΔG:
(4)
其中,K是不同溫度下的結(jié)合常數(shù),R為理想氣體常數(shù)(8.314 J/(mol·K))。
ΔH和ΔS的符號(hào)和大小是判斷蛋白質(zhì)與小分子結(jié)合形式的重要依據(jù)。若ΔH<0且ΔS<0,則氫鍵和范德華力占主導(dǎo)作用[21]。表1中,R-/S-烯唑醇與HSA作用的ΔH分別為-91.4 kJ/mol和-94.0 kJ/mol,而兩者與BSA作用的ΔH均為-74.9 kJ/mol。R-烯唑醇和S-烯唑醇與血清蛋白作用的ΔS在-199.98~-269.44 J/(mol·K)范圍內(nèi)。ΔH和ΔS均為負(fù)值,說(shuō)明了烯唑醇與血清蛋白作用時(shí),范德華力和氫鍵占主導(dǎo)地位。同時(shí),ΔG均小于零,說(shuō)明烯唑醇與血清蛋白的結(jié)合是自發(fā)進(jìn)行的。
采用分子對(duì)接技術(shù)模擬HSA或BSA和烯唑醇對(duì)映體的結(jié)合。圖5為R-烯唑醇和S-烯唑醇與HSA(A、B)和BSA(C、D)間相互作用的最優(yōu)狀態(tài),形成復(fù)合物時(shí)涉及的氨基酸殘基見表2。
圖5 HSA-烯唑醇和BSA-烯唑醇復(fù)合物的分子對(duì)接結(jié)果
R-烯唑醇與HSA的ARG117、ILE142和TYR161形成疏水相互作用,與氨基酸殘基ARG117、LEU182、ARG186形成了4個(gè)氫鍵 (距離分別為0.252、0.232、0.201、0.322 nm),還與ARG117形成了弱的π-陽(yáng)離子相互作用;S-烯唑醇與HSA中氨基酸殘基ILE142、PHE157和ARG186存在疏水作用,與TYR161(0.219 nm)、LEU185(0.185 nm)、GLY189(0.337 nm)形成了3個(gè)氫鍵。這說(shuō)明烯唑醇與血清蛋白間通過(guò)疏水作用、氫鍵和π-陽(yáng)離子相互作用結(jié)合,氫鍵對(duì)增強(qiáng)復(fù)合物的穩(wěn)定性具有重要作用。同時(shí),R-烯唑醇-HSA復(fù)合物的對(duì)接能量為-26.4 kJ/mol,S-烯唑醇-HSA復(fù)合物的對(duì)接能量為-23.6 kJ/mol,說(shuō)明R-烯唑醇-HSA復(fù)合物更穩(wěn)定。
烯唑醇與BSA的氨基酸殘基間存在氫鍵和疏水相互作用。R-烯唑醇和S-烯唑醇與BSA作用的對(duì)接能量分別為-27.6 kJ/mol和-23.3 kJ/mol,說(shuō)明R-烯唑醇與BSA的結(jié)合更穩(wěn)定。
表2 HSA-烯唑醇和BSA-烯唑醇復(fù)合物的分子對(duì)接參數(shù)Table 2 The molecular docking parameters for binding between HSA- and BSA-diniconazole complexes
采用UV-Vis吸收光譜、熒光光譜和分子對(duì)接技術(shù)研究了烯唑醇對(duì)映體與血清蛋白的結(jié)合差異。血清蛋白與烯唑醇結(jié)合時(shí)表現(xiàn)出立體選擇性,與R-烯唑醇的結(jié)合更強(qiáng)。加入烯唑醇后,血清蛋白的構(gòu)象發(fā)生改變,其特征吸收峰藍(lán)移,熒光猝滅。分子對(duì)接的結(jié)果表明R-烯唑醇和S-烯唑醇與HSA和BSA之間的作用力主要是范德華力和氫鍵。研究結(jié)果為進(jìn)一步研究烯唑醇在生物體內(nèi)的代謝和降解行為提供了理論參考。
華南師范大學(xué)學(xué)報(bào)(自然科學(xué)版)2022年2期