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Hsa_circ_0045943 靶 向 miR-106a 對 胃 癌 細 胞生物學特性的影響

2022-07-11 07:07馬經(jīng)偉盧新蘭張志勇任牡丹
關(guān)鍵詞:外顯子劃痕靶向

馬經(jīng)偉,張 寧,朱 萌 ,盧新蘭,張志勇 ,任牡丹

(1. 寧夏醫(yī)科大學總醫(yī)院腫瘤外二科,寧夏銀川 750004;2. 寧夏醫(yī)科大學總醫(yī)院病理科,寧夏銀川 750004;3. 寧夏醫(yī)科大學基礎(chǔ)醫(yī)學院,寧夏銀川 750004;4. 西安交通大學第一附屬醫(yī)院消化內(nèi)科,陜西西安 710061)

胃癌是世界范圍內(nèi)發(fā)病率第5 位和死亡率第3 位的惡性腫瘤[1]。胃癌的流行病學趨勢顯示,早期胃癌的預(yù)后很好,但進展期胃癌臨床占比依然很高,多種類型轉(zhuǎn)移的出現(xiàn)預(yù)示著5 年生存率不足30%[2];胃癌的發(fā)病具有廣泛的地域差異,我國是胃癌高發(fā)區(qū);由于癌癥的自我感知較低,胃癌呈現(xiàn)年輕化趨勢,且年輕患者往往呈現(xiàn)印戒細胞癌和低分化癌,預(yù)后較差。因此,迫切需要深入研究胃癌發(fā)生發(fā)展的分子機制。研究顯示,非編碼RNA 參與調(diào)控胃癌的發(fā)生發(fā)展。微小RNA(miRNA)是一類非常重要的非編碼RNA,通過轉(zhuǎn)錄后抑制mRNA 而調(diào)節(jié)基因表達。環(huán)狀RNA(circRNA)是一類新的非編碼RNA,基本來源于其親本基因的外顯子[3-4],外顯子環(huán)狀RNA 結(jié)構(gòu)使其在組織中穩(wěn)定存在,許多RNA 轉(zhuǎn)錄本與miRNA 共享結(jié)合位點,通過蛋白質(zhì)海綿、翻譯和miRNA 海綿[3-5],尤以miRNA 海綿作用而參與到許多腫瘤的發(fā)病機制中。目前,關(guān)于circRNA 靶向miRNA 對胃癌細胞生物學特性的影響尚少見報道。本課題組前期研究顯示,miR-106a 在胃癌中異常表達,可能參與調(diào)控胃癌細胞的生物學行為[6]。然而,miR-106a 異常表達的原因及調(diào)節(jié)機制并不清楚。為進一步探索,本研究從circRNA 對miRNA 作用入手,數(shù)據(jù)庫篩選hsa_circ_0045943,檢測其表達水平對胃癌細胞生物學特性的影響,以期與miR-106a 共同揭示胃癌發(fā)生發(fā)展的分子機制。

1 材料與方法

1.1 主要試劑及設(shè)備

胎牛血清(Gibco, Cat. No.10099-141),RPMI-1640 培養(yǎng)基(Hyclone,Cat.No.SH30809.01B),青鏈霉素,PBS 緩沖液,胰酶(Genview,Cat.No.9002-07-7),Lipofectamine? 3000(Invitrogen,Cat.No.L3000075),CCK-8 檢測試劑盒(Dojindo, Cat. No. CK04),Transwell 小 室(Costor, Cat. No. 3422),Matrigel 基 質(zhì)(Corning, Cat. No. 356234),一步法 TUNEL 檢測試劑盒(Beyotime),Trizo(lTakara),Bestar?qPCR RT kit(DBI Bioscience),Bestar?SybrGreen qPCR Master Mix(DBI Bioscience)。Stratagene Real time PCR儀(Agilent),酶聯(lián)免疫監(jiān)測儀(Thermo Fisher),倒置熒光顯微鏡(Leica),倒置顯微鏡(Motic)。

1.2 細胞培養(yǎng)與轉(zhuǎn)染

人胃癌細胞系MKN-45、AGS 和胃黏膜上皮細胞GES-1購自于中國科學院上海細胞庫,在含100 mL/L胎牛血清的RPMI-1640 培養(yǎng)基中于37℃50 mL/L CO2培養(yǎng)箱中常規(guī)培養(yǎng)。構(gòu)建circ_0045943 的沉默載體,通過腺病毒載體將靶向circ_0045943 的短發(fā)夾RNA(sh-circRNA)和陰性對照(sh-NC)導入受體細胞;構(gòu)建circ_0045943 的過表達載體(OE-circRNA)和陰性對照(OE-NC)。以上購自上海吉凱生物技術(shù)有限公司。采用Lipofectamine?3000 進行細胞轉(zhuǎn)染,瞬時轉(zhuǎn)染48 h 后用于后續(xù)實驗。細胞功能實驗分組:OE-NC、OE-circRNA、sh-NC、sh-circRNA。

1.3 Real-time PCR 檢測 circ_0045943、miR-106a表達

采用Real-time PCR 法檢測胃癌細胞中circ_0045943、miR-106a 的相對表達量。Trizol 法提取總RNA。RNA 模板量 2 μg,配置反應(yīng)液 10 μL。逆轉(zhuǎn)錄:取上述反應(yīng)液 7.0 μL,5×RT 緩沖液 2.0 μL,miRNA RT 0.25 μL,U6 R 0.25 μL,RT逆轉(zhuǎn)錄酶0.5 μL,總體系 10 μL。37 ℃ 15 min,98 ℃ 5 min,合成 cDNA 第一鏈。PCR擴增:cDNA 1 μL,Bestar?SybrGreen qPCR Master Mix 10 μL,PCR Forward Primer(10 μmol/L)0.5 μL,PCR Reverse Primer(10 μmol/L)0.5 μL,ddH2O 8 μL,總體系 20 μL。置于熒光定量 PCR 儀Mx3000P 進行如下反應(yīng):95 ℃ 2 min,94 ℃ 20 s,58 ℃20 s,72 ℃ 20 s,40 個循環(huán)。miR-106aRT:CTCAACTGGTGTCGTGGAGTCGGCAATTCAGTTGAGCTACCTGC;miR-106a F:ACACTCCAGCTGGGAAAAGTGCTTACAGTGCA;circ_0045943 F:CATAGAAAGTGAATTTTGTAG;circ_0045943 R:GCATGATGTTGTAAATACTTA。每組3 個復(fù)孔,按照 2-△△Ct方法處理數(shù)據(jù)。

1.4 CCK-8 檢測胃癌細胞增殖

采用CCK-8 法檢測過表達或抑制circ_0045943后AGS 細胞的增殖變化。胃癌細胞AGS 接種于96孔板,細胞密度1×105/mL,每孔100 μL。于接種后0、24、48、72 h 檢測,檢測前每孔加入 100 μL CCK-8檢測工作液,繼續(xù)培養(yǎng)4 h,酶聯(lián)免疫監(jiān)測儀450 nm處測定吸光度值。

1.5 TUNEL 檢測胃癌細胞凋亡

采用TUNEL 法檢測過表達或抑制circ_0045943后AGS 細胞的凋亡變化。胃癌細胞AGS 接種于置有載玻片的6 孔板,細胞密度5×105/mL,每孔2 mL,細胞貼附于載玻片上,40 g/L 多聚甲醛固定60 min,0.1% Triton?X-100 冰浴 2 min;制備 TUNEL 反應(yīng)混合液:20 μL rTdT+480 μL 熒光標記液+500 μL TUNEL 檢測液混勻,每孔 50 μL,37 ℃避光孵育60 min;浸入 10 μL DAPI 工作液,37 ℃避光 10 min染色;用抗熒光淬滅封片劑封片,倒置熒光顯微鏡觀察熒光信號。

1.6 Transwell 檢測胃癌細胞遷移、侵襲

采用Transwell 法檢測過表達或抑制circ_0045943 后 AGS 細胞的遷移、侵襲變化。AGS 細胞饑餓培養(yǎng)12 h 后接種于24 孔培養(yǎng)板transwell 小室中,遷移實驗不鋪膠,侵襲實驗鋪Matrigel 基質(zhì)膠(稀釋倍數(shù):1∶50)。細胞密度 2×105/mL,每孔 100 μL,下室加入完全培養(yǎng)基,常規(guī)培養(yǎng)48 h,40 g/L 多聚甲醛固定20 min,1 g/L 結(jié)晶紫染色5 min,置于光學顯微鏡下計數(shù)互不重疊的6 個高倍視野下穿膜細胞平均數(shù)。

1.7 劃痕實驗檢測胃癌細胞遷移

采用劃痕實驗檢測過表達或抑制circ_0045943后AGS 細胞的遷移變化。胃癌細胞AGS 接種于6 孔板,細胞密度 5×105/mL,每孔 1 mL,培養(yǎng) 48 h 后用吸頭筆直劃痕,每孔至少劃5 條痕跡,PBS 洗滌細胞3 次,去除劃下的細胞,加入無血清培養(yǎng)基,繼續(xù)培養(yǎng)24 h 后置于倒置顯微鏡下觀察,IPP 軟件統(tǒng)計。劃痕愈合率=(T0width-Ttwidth)/T0width×100%。

1.8 統(tǒng)計學分析

實驗數(shù)據(jù)采用SPSS 22.0 統(tǒng)計軟件進行分析。計量資料的統(tǒng)計描述采用表示,樣本均數(shù)比較的統(tǒng)計分析采用單因素方差分析(analysis of variance,ANOVA),當總體均數(shù)不等時,采用多個樣本均數(shù)間的多重比較LSD-t檢驗,以P<0.05 為差異有統(tǒng)計學意義。統(tǒng)計圖采用GraphPad Prism(version 5.0)制作直條圖表示不同樣本總體均數(shù)的差異,線圖表示吸光度值隨時間變量變化而變化的趨勢。

2 結(jié) 果

2.1 circ_0045943 在胃癌細胞中的表達

首先檢測circ_0045943 在人胃癌細胞中的表達。Real-time PCR 顯 示 ,circ_0045943 在 胃 癌 細 胞MKN-45 中相對表達量為 0.617±0.038,AGS 中相對表達量為0.520±0.020,與胃黏膜上皮細胞GES-1 相比,circ_0045943 在3 種細胞中表達量的總體均數(shù)不等(F=172.458,P<0.001),可以認為 circ_0045943在胃癌細胞中表達降低,尤以AGS 為低(圖1)。

圖1 Real-time PCR 檢測circ_0045943 在胃癌細胞中的表達Fig. 1 Real-time PCR for detection of circ_0045943 expression in gastric cancer cells

2.2 circ_0045943 對胃癌細胞增殖的影響

為確定低表達的circ_0045943 是否對胃癌細胞生物學特性產(chǎn)生影響,選用AGS 細胞檢測其增殖、凋亡、遷移和侵襲能力變化。CCK-8 檢測顯示,AGS細胞增殖吸光度A 值在過表達和沉默circ_0045943 后出現(xiàn)明顯變化(F24h=15.497,P<0.05;F48h=55.726,P<0.001;F72h=70.656,P<0.001),可以認為不同時間點4個處理組AGS 細胞吸光度值總體均數(shù)均不等。兩兩比較顯示,OE-circRNA 組A 值低于sh-circRNA(P24h<0.05,P48h<0.001,P72h<0.001),可以認為過表達circ_0045943 抑制AGS 細胞增殖,沉默circRNA促進AGS 細胞增殖(圖2)。

圖2 CCK-8 法檢測AGS 細胞增殖Fig.2 CCK-8 method for detection of AGS cells’proliferation ability

2.3 circ_0045943 對胃癌細胞凋亡的影響

已檢測到circ_0045943 影響AGS 細胞增殖,此處檢測其凋亡情況。TUNEL 檢測顯示,AGS 細胞凋亡隨circ_0045943 的過表達和沉默而發(fā)生變化,過表達circ_0045943 后細胞凋亡數(shù)增多,表現(xiàn)為陽性熒光信號增多,沉默circ_0045943 后凋亡數(shù)明顯減少,表現(xiàn)為陽性熒光信號減少(圖3)。

圖3 TUNEL 法檢測AGS 細胞凋亡Fig.3 TUNEL method for detection of AGS cells’apoptotic ability,bar=100 μm

2.4 circ_0045943 對胃癌細胞遷移、侵襲的影響

由于本課題組前期研究發(fā)現(xiàn)miR-106a 具有調(diào)控胃癌侵襲轉(zhuǎn)移的能力,此次從circRNA 和miRNA作用機制角度探討circ_0045943 是否與miR-106a 通過位點互作而調(diào)控胃癌細胞表型。Transwell 檢測顯示,AGS 細胞遷移和侵襲在過表達和沉默circ_0045943 后發(fā)生變化,遷移實驗穿膜細胞數(shù)為OE-NC=71.17±7.627,OE-circRNA=45.50±3.017,sh-NC=73.17 ± 8.159,sh-circRNA=108.83 ± 4.401(F=106.139,P<0.001)。侵襲實驗穿膜細胞數(shù)為OENC=52.83±7.139,OE-circRNA=29.83±2.137,sh-NC=51.50±6.317,sh-circRNA=91.50±1.643(F=160.967,P<0.001)??梢哉J為4 個不同處理組AGS細胞遷移、侵襲的總體均數(shù)均不等。兩兩比較得出OE-circRNA 組細胞穿膜數(shù)低于sh-circRNA,P<0.001,可以認為過表達 circ_0045943 后 AGS 細胞遷移侵襲能力受到抑制,而沉默circRNA 促進AGS細胞轉(zhuǎn)移(圖4)。劃痕實驗顯示,劃痕愈合率為OENC=39.678±2.973,OE-circRNA=16.952±3.234,sh-NC=42.776±2.040,sh-circRNA=47.491±0.671(F=92.368,P<0.001)。可以認為 4 個不同處理組AGS 細胞的劃痕愈合不全相同。過表達circ_0045943后AGS 細胞遷移能力最低,沉默circ_0045943 后遷移較高(圖5)。

圖4 Transwell 法檢測AGS 細胞遷移和侵襲Fig.4 Transwell assay for detection of AGS cells’migration and invasion abilities

圖5 劃痕法檢測AGS 細胞遷移Fig.5 Wound healing assay for detection of AGS cells’migration ability

2.5 miR-106a 在胃癌中的表達及其與circ_0045943的關(guān)系

考慮到circRNA 與miRNA 的潛在相關(guān)性,本研究采用starbase 數(shù)據(jù)庫檢索到circ_0045943 和miR-106a具有互補結(jié)合序列(圖6)。Real-time PCR 檢測miR-106a在胃癌細胞MKN-45、AGS中的表達量與GES-1的總體均數(shù)不等(F=108.891,P<0.001),可以認為miR-106a 在胃癌細胞中表達增高(圖7)。隨后檢測circ_0045943 的表達及轉(zhuǎn)染circ_0045943 后miR-106a的表達變化,real-time PCR 顯示circ_0045943 在不同處理組中表達量不全相等(F=222.203,P<0.001)。與Control 相比,過表達后circ_0045943 升高,沉默后circ_0045943 降低(P均<0.001);miR-106a 在不同處理組中表達量亦不全相等(F=125.282,P<0.001)。與 Control 相比,過表達 circ_0045943 后 miR-106a表達下降,沉默circ_0045943 后miR-106a 表達回升(P均<0.001)??梢钥闯觯殡S circ_0045943 表達升高和下降,miR-106a 表達出現(xiàn)相反變化(圖8)。

圖6 miR-106a 與circ_0045943 的結(jié)合位點示意圖Fig.6 Schematic diagram of binding site between circ_0045943 and miR-106a

圖7 Real-time PCR 檢測miR-106a 在胃癌細胞中的表達Fig.7 Real-time PCR for detection of the expression of miR-106a in gastric cancer cells

圖8 Real-time PCR 檢測過表達或沉默circ_0045943 后circ_0045943 和miR-106a 的表達Fig.8 Real-time PCR for detection of the expressions of circ_0045943 and miR-106a after overexpression or silencing of circ_0045943

3 討 論

惡性腫瘤細胞在進化的過程中將逐漸獲得不斷的自我更新能力、遷移和侵襲、抵抗凋亡,以及區(qū)域擴張和遠處播散能力。然而,這些惡性行為獲得的原因并不清楚[7]。本課題組之前的研究發(fā)現(xiàn)miR-106a 的異常表達具有調(diào)控胃癌細胞轉(zhuǎn)移的能力,但具體機制仍不清楚[8]。本研究探索circRNA 與miR-106a 的關(guān)聯(lián),發(fā)現(xiàn)circ_0045943 在胃癌中表達下調(diào),結(jié)合之前研究發(fā)現(xiàn)miR-106a 在胃癌中高表達,提示二者可能具有潛在的反向關(guān)系,circ_0045943 可能作為腫瘤抑制因子減輕miR-106a 的促腫瘤行為。細胞水平進一步證實,過表達circ_0045943 后胃癌細胞增殖能力下降,凋亡增多,遷移和侵襲減少,惡性生物學行為的趨勢有所緩和;反方向亦證明,當沉默circ_0045943 后,以上這些趨于緩和的惡性行為得以重新恢復(fù),胃癌細胞表現(xiàn)為增殖加速,凋亡的抵抗和遷移侵襲的增強。此種表型的改變表明,circ_0045943 可能對胃癌細胞的生物學特性具有抑制作用。

CircRNA 最早發(fā)現(xiàn)于 20 世紀 70 年代[9],但直到2012 年,對circRNA 的研究才開始集中于闡明其對包括癌癥在內(nèi)的人類疾病的影響[10]。大量研究表明,circRNA 的不同作用機制、高穩(wěn)定性以及在可獲得體液中的存在使其成為生物標記物和治療干預(yù)的潛在靶點[11]。大多數(shù)circRNA 由蛋白質(zhì)編碼基因承載,RNA 聚合酶Ⅱ負責轉(zhuǎn)錄,其生物發(fā)生由剪接體介導。外顯子序列組成的circRNA 是由一種稱為“反向剪接”的機制產(chǎn)生,其中一個外顯子下游5′剪接位點連接到另一個外顯子上游3′剪接位點。這一機制的結(jié)果是產(chǎn)生共價封閉的環(huán)狀轉(zhuǎn)錄本和跳過外顯子的選擇性剪接線性RNA[12]。circRNA 參與基因表達的功能多數(shù)被認為是一種miRNA 海綿發(fā)揮競爭性內(nèi)源RNA 作用,吸附這些miRNA 并抑制其活性;另外,circRNA 還有RNA 結(jié)合蛋白隔離劑及轉(zhuǎn)錄調(diào)節(jié)因子的功能[13-14]。本研究采用定量檢測證實,過表達circ_0045943 對應(yīng)miR-106a 表達降低,沉默circ_0045943后miR-106a 表達升高,表明了二者的反向關(guān)系。結(jié)合細胞功能實驗的結(jié)果,circ_0045943 對胃癌細胞增殖凋亡平衡的約束作用,以及遷移侵襲能力獲得的抵抗作用,將有可能是通過miRNA 海綿機制競爭性調(diào)節(jié)靶基因表達。

因此,本研究使用circinteractome 檢索circ_0045943 的宿主,發(fā)現(xiàn)宿主基質(zhì)金屬蛋白酶抑制物TIMP2,而此宿主恰好是miR-106a 直接靶基因之一。本課題組以往的研究表明,miR-106a 可能通過直接靶向TIMP2 而促進胃癌的發(fā)生發(fā)展[8]。有研究顯示,來源于 TIMP2 的 circRNA 通過靶向 miR-185-5p 促進椎間盤中央髓核細胞的細胞外基質(zhì)分解代謝并抑制合成,加速椎間盤退變的進展[15]。另有研究顯示,低表達的circ_0001649 可能通過負向調(diào)控Wnt/βcatenin 信號通路影響直腸癌的發(fā)生發(fā)展[16]。本研究所觀察到的circ_0045943 對胃癌轉(zhuǎn)移的影響也有可能是通過靶向miR-106a 影響下游TIMP2 等靶位點,進而使得細胞外基質(zhì)完整性破壞調(diào)節(jié)重塑[17]。

總之,本研究至少在細胞水平證明,circ_0045943調(diào)控胃癌細胞增殖、凋亡、遷移和侵襲,其機制可能為靶向miR-106a 而發(fā)揮的miRNA 海綿作用。

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