馬經(jīng)偉,張 寧,朱 萌 ,盧新蘭,張志勇 ,任牡丹
(1. 寧夏醫(yī)科大學總醫(yī)院腫瘤外二科,寧夏銀川 750004;2. 寧夏醫(yī)科大學總醫(yī)院病理科,寧夏銀川 750004;3. 寧夏醫(yī)科大學基礎(chǔ)醫(yī)學院,寧夏銀川 750004;4. 西安交通大學第一附屬醫(yī)院消化內(nèi)科,陜西西安 710061)
胃癌是世界范圍內(nèi)發(fā)病率第5 位和死亡率第3 位的惡性腫瘤[1]。胃癌的流行病學趨勢顯示,早期胃癌的預(yù)后很好,但進展期胃癌臨床占比依然很高,多種類型轉(zhuǎn)移的出現(xiàn)預(yù)示著5 年生存率不足30%[2];胃癌的發(fā)病具有廣泛的地域差異,我國是胃癌高發(fā)區(qū);由于癌癥的自我感知較低,胃癌呈現(xiàn)年輕化趨勢,且年輕患者往往呈現(xiàn)印戒細胞癌和低分化癌,預(yù)后較差。因此,迫切需要深入研究胃癌發(fā)生發(fā)展的分子機制。研究顯示,非編碼RNA 參與調(diào)控胃癌的發(fā)生發(fā)展。微小RNA(miRNA)是一類非常重要的非編碼RNA,通過轉(zhuǎn)錄后抑制mRNA 而調(diào)節(jié)基因表達。環(huán)狀RNA(circRNA)是一類新的非編碼RNA,基本來源于其親本基因的外顯子[3-4],外顯子環(huán)狀RNA 結(jié)構(gòu)使其在組織中穩(wěn)定存在,許多RNA 轉(zhuǎn)錄本與miRNA 共享結(jié)合位點,通過蛋白質(zhì)海綿、翻譯和miRNA 海綿[3-5],尤以miRNA 海綿作用而參與到許多腫瘤的發(fā)病機制中。目前,關(guān)于circRNA 靶向miRNA 對胃癌細胞生物學特性的影響尚少見報道。本課題組前期研究顯示,miR-106a 在胃癌中異常表達,可能參與調(diào)控胃癌細胞的生物學行為[6]。然而,miR-106a 異常表達的原因及調(diào)節(jié)機制并不清楚。為進一步探索,本研究從circRNA 對miRNA 作用入手,數(shù)據(jù)庫篩選hsa_circ_0045943,檢測其表達水平對胃癌細胞生物學特性的影響,以期與miR-106a 共同揭示胃癌發(fā)生發(fā)展的分子機制。
胎牛血清(Gibco, Cat. No.10099-141),RPMI-1640 培養(yǎng)基(Hyclone,Cat.No.SH30809.01B),青鏈霉素,PBS 緩沖液,胰酶(Genview,Cat.No.9002-07-7),Lipofectamine? 3000(Invitrogen,Cat.No.L3000075),CCK-8 檢測試劑盒(Dojindo, Cat. No. CK04),Transwell 小 室(Costor, Cat. No. 3422),Matrigel 基 質(zhì)(Corning, Cat. No. 356234),一步法 TUNEL 檢測試劑盒(Beyotime),Trizo(lTakara),Bestar?qPCR RT kit(DBI Bioscience),Bestar?SybrGreen qPCR Master Mix(DBI Bioscience)。Stratagene Real time PCR儀(Agilent),酶聯(lián)免疫監(jiān)測儀(Thermo Fisher),倒置熒光顯微鏡(Leica),倒置顯微鏡(Motic)。
人胃癌細胞系MKN-45、AGS 和胃黏膜上皮細胞GES-1購自于中國科學院上海細胞庫,在含100 mL/L胎牛血清的RPMI-1640 培養(yǎng)基中于37℃50 mL/L CO2培養(yǎng)箱中常規(guī)培養(yǎng)。構(gòu)建circ_0045943 的沉默載體,通過腺病毒載體將靶向circ_0045943 的短發(fā)夾RNA(sh-circRNA)和陰性對照(sh-NC)導入受體細胞;構(gòu)建circ_0045943 的過表達載體(OE-circRNA)和陰性對照(OE-NC)。以上購自上海吉凱生物技術(shù)有限公司。采用Lipofectamine?3000 進行細胞轉(zhuǎn)染,瞬時轉(zhuǎn)染48 h 后用于后續(xù)實驗。細胞功能實驗分組:OE-NC、OE-circRNA、sh-NC、sh-circRNA。
采用Real-time PCR 法檢測胃癌細胞中circ_0045943、miR-106a 的相對表達量。Trizol 法提取總RNA。RNA 模板量 2 μg,配置反應(yīng)液 10 μL。逆轉(zhuǎn)錄:取上述反應(yīng)液 7.0 μL,5×RT 緩沖液 2.0 μL,miRNA RT 0.25 μL,U6 R 0.25 μL,RT逆轉(zhuǎn)錄酶0.5 μL,總體系 10 μL。37 ℃ 15 min,98 ℃ 5 min,合成 cDNA 第一鏈。PCR擴增:cDNA 1 μL,Bestar?SybrGreen qPCR Master Mix 10 μL,PCR Forward Primer(10 μmol/L)0.5 μL,PCR Reverse Primer(10 μmol/L)0.5 μL,ddH2O 8 μL,總體系 20 μL。置于熒光定量 PCR 儀Mx3000P 進行如下反應(yīng):95 ℃ 2 min,94 ℃ 20 s,58 ℃20 s,72 ℃ 20 s,40 個循環(huán)。miR-106aRT:CTCAACTGGTGTCGTGGAGTCGGCAATTCAGTTGAGCTACCTGC;miR-106a F:ACACTCCAGCTGGGAAAAGTGCTTACAGTGCA;circ_0045943 F:CATAGAAAGTGAATTTTGTAG;circ_0045943 R:GCATGATGTTGTAAATACTTA。每組3 個復(fù)孔,按照 2-△△Ct方法處理數(shù)據(jù)。
采用CCK-8 法檢測過表達或抑制circ_0045943后AGS 細胞的增殖變化。胃癌細胞AGS 接種于96孔板,細胞密度1×105/mL,每孔100 μL。于接種后0、24、48、72 h 檢測,檢測前每孔加入 100 μL CCK-8檢測工作液,繼續(xù)培養(yǎng)4 h,酶聯(lián)免疫監(jiān)測儀450 nm處測定吸光度值。
采用TUNEL 法檢測過表達或抑制circ_0045943后AGS 細胞的凋亡變化。胃癌細胞AGS 接種于置有載玻片的6 孔板,細胞密度5×105/mL,每孔2 mL,細胞貼附于載玻片上,40 g/L 多聚甲醛固定60 min,0.1% Triton?X-100 冰浴 2 min;制備 TUNEL 反應(yīng)混合液:20 μL rTdT+480 μL 熒光標記液+500 μL TUNEL 檢測液混勻,每孔 50 μL,37 ℃避光孵育60 min;浸入 10 μL DAPI 工作液,37 ℃避光 10 min染色;用抗熒光淬滅封片劑封片,倒置熒光顯微鏡觀察熒光信號。
采用Transwell 法檢測過表達或抑制circ_0045943 后 AGS 細胞的遷移、侵襲變化。AGS 細胞饑餓培養(yǎng)12 h 后接種于24 孔培養(yǎng)板transwell 小室中,遷移實驗不鋪膠,侵襲實驗鋪Matrigel 基質(zhì)膠(稀釋倍數(shù):1∶50)。細胞密度 2×105/mL,每孔 100 μL,下室加入完全培養(yǎng)基,常規(guī)培養(yǎng)48 h,40 g/L 多聚甲醛固定20 min,1 g/L 結(jié)晶紫染色5 min,置于光學顯微鏡下計數(shù)互不重疊的6 個高倍視野下穿膜細胞平均數(shù)。
采用劃痕實驗檢測過表達或抑制circ_0045943后AGS 細胞的遷移變化。胃癌細胞AGS 接種于6 孔板,細胞密度 5×105/mL,每孔 1 mL,培養(yǎng) 48 h 后用吸頭筆直劃痕,每孔至少劃5 條痕跡,PBS 洗滌細胞3 次,去除劃下的細胞,加入無血清培養(yǎng)基,繼續(xù)培養(yǎng)24 h 后置于倒置顯微鏡下觀察,IPP 軟件統(tǒng)計。劃痕愈合率=(T0width-Ttwidth)/T0width×100%。
實驗數(shù)據(jù)采用SPSS 22.0 統(tǒng)計軟件進行分析。計量資料的統(tǒng)計描述采用表示,樣本均數(shù)比較的統(tǒng)計分析采用單因素方差分析(analysis of variance,ANOVA),當總體均數(shù)不等時,采用多個樣本均數(shù)間的多重比較LSD-t檢驗,以P<0.05 為差異有統(tǒng)計學意義。統(tǒng)計圖采用GraphPad Prism(version 5.0)制作直條圖表示不同樣本總體均數(shù)的差異,線圖表示吸光度值隨時間變量變化而變化的趨勢。
首先檢測circ_0045943 在人胃癌細胞中的表達。Real-time PCR 顯 示 ,circ_0045943 在 胃 癌 細 胞MKN-45 中相對表達量為 0.617±0.038,AGS 中相對表達量為0.520±0.020,與胃黏膜上皮細胞GES-1 相比,circ_0045943 在3 種細胞中表達量的總體均數(shù)不等(F=172.458,P<0.001),可以認為 circ_0045943在胃癌細胞中表達降低,尤以AGS 為低(圖1)。
圖1 Real-time PCR 檢測circ_0045943 在胃癌細胞中的表達Fig. 1 Real-time PCR for detection of circ_0045943 expression in gastric cancer cells
為確定低表達的circ_0045943 是否對胃癌細胞生物學特性產(chǎn)生影響,選用AGS 細胞檢測其增殖、凋亡、遷移和侵襲能力變化。CCK-8 檢測顯示,AGS細胞增殖吸光度A 值在過表達和沉默circ_0045943 后出現(xiàn)明顯變化(F24h=15.497,P<0.05;F48h=55.726,P<0.001;F72h=70.656,P<0.001),可以認為不同時間點4個處理組AGS 細胞吸光度值總體均數(shù)均不等。兩兩比較顯示,OE-circRNA 組A 值低于sh-circRNA(P24h<0.05,P48h<0.001,P72h<0.001),可以認為過表達circ_0045943 抑制AGS 細胞增殖,沉默circRNA促進AGS 細胞增殖(圖2)。
圖2 CCK-8 法檢測AGS 細胞增殖Fig.2 CCK-8 method for detection of AGS cells’proliferation ability
已檢測到circ_0045943 影響AGS 細胞增殖,此處檢測其凋亡情況。TUNEL 檢測顯示,AGS 細胞凋亡隨circ_0045943 的過表達和沉默而發(fā)生變化,過表達circ_0045943 后細胞凋亡數(shù)增多,表現(xiàn)為陽性熒光信號增多,沉默circ_0045943 后凋亡數(shù)明顯減少,表現(xiàn)為陽性熒光信號減少(圖3)。
圖3 TUNEL 法檢測AGS 細胞凋亡Fig.3 TUNEL method for detection of AGS cells’apoptotic ability,bar=100 μm
由于本課題組前期研究發(fā)現(xiàn)miR-106a 具有調(diào)控胃癌侵襲轉(zhuǎn)移的能力,此次從circRNA 和miRNA作用機制角度探討circ_0045943 是否與miR-106a 通過位點互作而調(diào)控胃癌細胞表型。Transwell 檢測顯示,AGS 細胞遷移和侵襲在過表達和沉默circ_0045943 后發(fā)生變化,遷移實驗穿膜細胞數(shù)為OE-NC=71.17±7.627,OE-circRNA=45.50±3.017,sh-NC=73.17 ± 8.159,sh-circRNA=108.83 ± 4.401(F=106.139,P<0.001)。侵襲實驗穿膜細胞數(shù)為OENC=52.83±7.139,OE-circRNA=29.83±2.137,sh-NC=51.50±6.317,sh-circRNA=91.50±1.643(F=160.967,P<0.001)??梢哉J為4 個不同處理組AGS細胞遷移、侵襲的總體均數(shù)均不等。兩兩比較得出OE-circRNA 組細胞穿膜數(shù)低于sh-circRNA,P<0.001,可以認為過表達 circ_0045943 后 AGS 細胞遷移侵襲能力受到抑制,而沉默circRNA 促進AGS細胞轉(zhuǎn)移(圖4)。劃痕實驗顯示,劃痕愈合率為OENC=39.678±2.973,OE-circRNA=16.952±3.234,sh-NC=42.776±2.040,sh-circRNA=47.491±0.671(F=92.368,P<0.001)。可以認為 4 個不同處理組AGS 細胞的劃痕愈合不全相同。過表達circ_0045943后AGS 細胞遷移能力最低,沉默circ_0045943 后遷移較高(圖5)。
圖4 Transwell 法檢測AGS 細胞遷移和侵襲Fig.4 Transwell assay for detection of AGS cells’migration and invasion abilities
圖5 劃痕法檢測AGS 細胞遷移Fig.5 Wound healing assay for detection of AGS cells’migration ability
考慮到circRNA 與miRNA 的潛在相關(guān)性,本研究采用starbase 數(shù)據(jù)庫檢索到circ_0045943 和miR-106a具有互補結(jié)合序列(圖6)。Real-time PCR 檢測miR-106a在胃癌細胞MKN-45、AGS中的表達量與GES-1的總體均數(shù)不等(F=108.891,P<0.001),可以認為miR-106a 在胃癌細胞中表達增高(圖7)。隨后檢測circ_0045943 的表達及轉(zhuǎn)染circ_0045943 后miR-106a的表達變化,real-time PCR 顯示circ_0045943 在不同處理組中表達量不全相等(F=222.203,P<0.001)。與Control 相比,過表達后circ_0045943 升高,沉默后circ_0045943 降低(P均<0.001);miR-106a 在不同處理組中表達量亦不全相等(F=125.282,P<0.001)。與 Control 相比,過表達 circ_0045943 后 miR-106a表達下降,沉默circ_0045943 后miR-106a 表達回升(P均<0.001)??梢钥闯觯殡S circ_0045943 表達升高和下降,miR-106a 表達出現(xiàn)相反變化(圖8)。
圖6 miR-106a 與circ_0045943 的結(jié)合位點示意圖Fig.6 Schematic diagram of binding site between circ_0045943 and miR-106a
圖7 Real-time PCR 檢測miR-106a 在胃癌細胞中的表達Fig.7 Real-time PCR for detection of the expression of miR-106a in gastric cancer cells
圖8 Real-time PCR 檢測過表達或沉默circ_0045943 后circ_0045943 和miR-106a 的表達Fig.8 Real-time PCR for detection of the expressions of circ_0045943 and miR-106a after overexpression or silencing of circ_0045943
惡性腫瘤細胞在進化的過程中將逐漸獲得不斷的自我更新能力、遷移和侵襲、抵抗凋亡,以及區(qū)域擴張和遠處播散能力。然而,這些惡性行為獲得的原因并不清楚[7]。本課題組之前的研究發(fā)現(xiàn)miR-106a 的異常表達具有調(diào)控胃癌細胞轉(zhuǎn)移的能力,但具體機制仍不清楚[8]。本研究探索circRNA 與miR-106a 的關(guān)聯(lián),發(fā)現(xiàn)circ_0045943 在胃癌中表達下調(diào),結(jié)合之前研究發(fā)現(xiàn)miR-106a 在胃癌中高表達,提示二者可能具有潛在的反向關(guān)系,circ_0045943 可能作為腫瘤抑制因子減輕miR-106a 的促腫瘤行為。細胞水平進一步證實,過表達circ_0045943 后胃癌細胞增殖能力下降,凋亡增多,遷移和侵襲減少,惡性生物學行為的趨勢有所緩和;反方向亦證明,當沉默circ_0045943 后,以上這些趨于緩和的惡性行為得以重新恢復(fù),胃癌細胞表現(xiàn)為增殖加速,凋亡的抵抗和遷移侵襲的增強。此種表型的改變表明,circ_0045943 可能對胃癌細胞的生物學特性具有抑制作用。
CircRNA 最早發(fā)現(xiàn)于 20 世紀 70 年代[9],但直到2012 年,對circRNA 的研究才開始集中于闡明其對包括癌癥在內(nèi)的人類疾病的影響[10]。大量研究表明,circRNA 的不同作用機制、高穩(wěn)定性以及在可獲得體液中的存在使其成為生物標記物和治療干預(yù)的潛在靶點[11]。大多數(shù)circRNA 由蛋白質(zhì)編碼基因承載,RNA 聚合酶Ⅱ負責轉(zhuǎn)錄,其生物發(fā)生由剪接體介導。外顯子序列組成的circRNA 是由一種稱為“反向剪接”的機制產(chǎn)生,其中一個外顯子下游5′剪接位點連接到另一個外顯子上游3′剪接位點。這一機制的結(jié)果是產(chǎn)生共價封閉的環(huán)狀轉(zhuǎn)錄本和跳過外顯子的選擇性剪接線性RNA[12]。circRNA 參與基因表達的功能多數(shù)被認為是一種miRNA 海綿發(fā)揮競爭性內(nèi)源RNA 作用,吸附這些miRNA 并抑制其活性;另外,circRNA 還有RNA 結(jié)合蛋白隔離劑及轉(zhuǎn)錄調(diào)節(jié)因子的功能[13-14]。本研究采用定量檢測證實,過表達circ_0045943 對應(yīng)miR-106a 表達降低,沉默circ_0045943后miR-106a 表達升高,表明了二者的反向關(guān)系。結(jié)合細胞功能實驗的結(jié)果,circ_0045943 對胃癌細胞增殖凋亡平衡的約束作用,以及遷移侵襲能力獲得的抵抗作用,將有可能是通過miRNA 海綿機制競爭性調(diào)節(jié)靶基因表達。
因此,本研究使用circinteractome 檢索circ_0045943 的宿主,發(fā)現(xiàn)宿主基質(zhì)金屬蛋白酶抑制物TIMP2,而此宿主恰好是miR-106a 直接靶基因之一。本課題組以往的研究表明,miR-106a 可能通過直接靶向TIMP2 而促進胃癌的發(fā)生發(fā)展[8]。有研究顯示,來源于 TIMP2 的 circRNA 通過靶向 miR-185-5p 促進椎間盤中央髓核細胞的細胞外基質(zhì)分解代謝并抑制合成,加速椎間盤退變的進展[15]。另有研究顯示,低表達的circ_0001649 可能通過負向調(diào)控Wnt/βcatenin 信號通路影響直腸癌的發(fā)生發(fā)展[16]。本研究所觀察到的circ_0045943 對胃癌轉(zhuǎn)移的影響也有可能是通過靶向miR-106a 影響下游TIMP2 等靶位點,進而使得細胞外基質(zhì)完整性破壞調(diào)節(jié)重塑[17]。
總之,本研究至少在細胞水平證明,circ_0045943調(diào)控胃癌細胞增殖、凋亡、遷移和侵襲,其機制可能為靶向miR-106a 而發(fā)揮的miRNA 海綿作用。