郭甜馨,MuhammadMoaaz Ali,顏喜璽,李 雪,簡麗觀,彭金彬,陳歆妍,趙錦河,彭俊賢,陳發(fā)興 *
(1.福建農(nóng)林大學(xué)園藝學(xué)院,福建 福州 350002;2.泉州市泉美生物科技有限公司,福建 泉州 362000;3.泉州市洛江區(qū)林業(yè)局技術(shù)推廣站,福建 泉州 362000;4.泉州市洛江區(qū)市政公用事業(yè)管理中心,福建 泉州 362000;5.安溪縣林業(yè)局,福建 泉州 362400;6.泉州市洛江區(qū)自然資源局,福建 泉州 362000)
【研究意義】白鶴芋(Spathiphyllum kochiiEngl.& K.Krause)是天南星科(Araceae) 白鶴芋屬(Spathiphyllum) 的多年生草本植物,別名白掌,是從南美地區(qū)引進(jìn)的一種花葉俱美的陰生花卉[1]。自80年代以來,白鶴芋作為觀賞草本植物被大量引進(jìn)中國,并迅速在中國觀葉植物產(chǎn)業(yè)得到推廣[2]。白鶴芋對凈化室內(nèi)甲醛、苯系物等有害物質(zhì)具有積極作用,且作為優(yōu)良室內(nèi)觀葉植物,其佛焰苞最具觀賞價值[3?4]。白鶴芋種質(zhì)資源開發(fā)工作開展至今,已發(fā)現(xiàn)原生種41個,經(jīng)雜交育種、體細(xì)胞無性系變異等育種手段培育出的栽培品種也已上百,其中有60多個申請美國植物專利[5?7]。目前國內(nèi)白鶴芋市場進(jìn)口品種較多,但引進(jìn)時單位間缺乏溝通與協(xié)調(diào),品種往往出現(xiàn)重復(fù)與交叉,加上組培技術(shù)應(yīng)用于其大規(guī)模生產(chǎn),導(dǎo)致白鶴芋品種固化、優(yōu)良性狀單一,不利于白鶴芋的商業(yè)化發(fā)展。因此,開發(fā)適宜的技術(shù)對鑒定白鶴芋種質(zhì)資源、分析其遺傳多樣性尤為重要?!厩叭搜芯窟M(jìn)展】簡單重復(fù)序列區(qū)間(Intersimple sequence repeat,ISSR)在植物遺傳多樣性分析中應(yīng)用較為普遍,通過人工合成ISSR引物,在SSR 5′或3′端加錨2~4個核苷酸的重復(fù)序列,重復(fù)4~8次,使引物長度達(dá)20 bp左右[8]。ISSR分子標(biāo)記具有多態(tài)性強(qiáng)、不受環(huán)境限制、穩(wěn)定性好等優(yōu)點,與SSR相比,因其無需預(yù)知基因組序列,可極大提高操作效率,在遺傳多樣性分析中得到較廣泛的應(yīng)用[9]。目前對于白鶴芋的研究多集中于組培體系的構(gòu)建[10?11]、觀賞價值的開發(fā)及栽培管理技術(shù)的應(yīng)用[1?13]等,在國內(nèi)僅劉小飛等[14?15]采用 SSR 和 SRAP標(biāo)記對部分白鶴芋品種進(jìn)行親緣關(guān)系的鑒定[14?15]?!颈狙芯壳腥朦c】使用ISSR技術(shù)對白鶴芋進(jìn)行遺傳多樣性分析的研究鮮見報道?!緮M解決的關(guān)鍵問題】本研究利用ISSR分子標(biāo)記技術(shù)對14份栽培品種和7份雜交品系共21份白鶴芋種質(zhì)進(jìn)行親緣關(guān)系和遺傳多樣性分析,同時使用NTsys、TBtools軟件進(jìn)行聚類分析、相關(guān)性分析和主成分分析,擬探討白鶴芋種質(zhì)資源的親緣關(guān)系及遺傳多樣性,為其種質(zhì)資源的開發(fā)、利用與保護(hù)提供理論依據(jù)。
1.1.1 供試白鶴芋 供試的白鶴芋材料共21份,均由泉州泉美生物技術(shù)有限公司提供,具體信息見表1,主要包括栽培種9份、雜交種5份、雜交品系7份,其佛焰苞性狀見圖1。采集時選取新鮮健康的嫩葉2~3片,用冰盒保存并立即帶回實驗室,用超純水清潔后,放入?80 ℃冰箱保存?zhèn)溆谩?/p>
圖1 供試白鶴芋的佛焰苞Fig.1 Spathes of the different cultivars of Spathiphyllum
表1 供試白鶴芋信息Table 1 Spathiphyllum information of participants in the trial
1.1.2 試驗試劑與儀器 試驗試劑:DNA緩沖液參考李金璐的研究結(jié)果提前配置[16];無水乙醇(國藥集團(tuán)化學(xué)試劑有限公司);β-巰基乙醇(上海麥克林生化科技有限公司);氯仿-異戊醇(北京索萊寶科技有限公司);2 ×TaqMaster Mix 混合液、ddH2O(北京天根科技有限公司);瓊脂糖(北京鑒聯(lián)科技有限);ISSR引物采用加拿大哥倫比亞大學(xué)(University of British Columbia, Set No.9, No.801-900)提供的序列,并由上海生工生物工程有限公司合成。
試驗儀器:Retsch MM400冷凍混合研磨儀(上海弗爾德儀器設(shè)備有限公司),精宏DK-500S水浴鍋(山東博科再生醫(yī)學(xué)有限公司),SCILOGEX MX-S渦旋振蕩器(上海凈信實業(yè)發(fā)展有限公司),IMS-50全自動雪花制冰機(jī)(常熟市雪科電器有限公司),Eppendorf 5804R冷凍臺式離心機(jī)(上海土森視覺科技有限公司),WIX-EP300基礎(chǔ)電泳儀(北京韋克斯科技有限公司),BIO-RAD PCR儀 T100(上海伯樂生命醫(yī)學(xué)產(chǎn)品有限公司),BIO-RAD Gel Doc XR 凝膠成像儀(上海伯樂生命醫(yī)學(xué)產(chǎn)品有限公司)。
1.2.1 DNA 的提取及質(zhì)量檢測 按照李金璐等[16]的CTAB法進(jìn)行DNA的提取,并根據(jù)白鶴芋的特性略作改動,其中使用研磨儀替代傳統(tǒng)研缽研磨葉片,可獲得較細(xì)植物粉末,以用于提取高質(zhì)量DNA[17]。
制作1.5%的瓊脂糖凝膠,用瓊脂糖凝膠電泳檢測DNA質(zhì)量,通過與DNA marker相比較以推斷DNA分子質(zhì)量;根據(jù)電泳結(jié)果的條帶表現(xiàn)推斷DNA的純度與濃度,若是一條集中條帶與DNA marker分子質(zhì)量大小相當(dāng),則表明DNA完整可靠,質(zhì)量較高;若電泳條帶出現(xiàn)脫尾、彌散現(xiàn)象,則表明出現(xiàn)DNA降解。用微量分光光度計檢測DNA濃度與純度,根據(jù)OD值分析純度,以1.8左右為宜。
1.2.2 ISSR-PCR擴(kuò)增反應(yīng) 采用正交設(shè)計優(yōu)化出適宜的白鶴芋ISSR-PCR反應(yīng)體系,PCR擴(kuò)增程序參考張晨光等[18]的方法并略作改動。PCR反應(yīng)體系總體積20.0 μL, 其 中 含 20 ng·μL-1的 DNA 模 板 2.0 μL,2×TaqMaster Mix 添加量 10.0 uL,引物濃度為 0.8 μmol·L?1,剩余體積由 ddH2O 補(bǔ)充。PCR 反應(yīng)程序為 94 ℃ 變性 5 min,94 ℃ 預(yù)變性 30 s,不同引物最佳退火溫度下退火 30 s,72 ℃ 延伸 90 s,循環(huán) 40次,最后 72 ℃ 延伸 10 min,4 ℃ 保存。
1.2.3 ISSR-PCR 反應(yīng)引物篩選 利用選定的 PCR 反應(yīng)體系與程序,對100條ISSR引物進(jìn)行篩選,以條帶清晰明亮、多態(tài)性較好為選擇標(biāo)準(zhǔn);并在所選引物Tm±5 ℃的范圍內(nèi),篩選引物最佳的退火溫度。
1.2.4 ISSR-PCR 產(chǎn)物電泳檢測 制作 1.5% 的瓊脂糖凝膠,用瓊脂糖凝膠電泳對PCR產(chǎn)物進(jìn)行質(zhì)量檢測,設(shè)置100 V電泳40 min;電泳結(jié)束后,使用紫外凝膠成像系統(tǒng)拍照觀察記錄。
1.2.5 數(shù)據(jù)統(tǒng)計與分析 因ISSR為顯性標(biāo)記,同一引物下PCR產(chǎn)物電泳遷移率一致的條帶具有同源性[9]。根據(jù)同一位點條帶的有無記錄電泳結(jié)果,有帶的為擴(kuò)增陽性,記為1,無帶的為擴(kuò)增陰性,記為0。將所得數(shù)據(jù)輸入Excel表格,構(gòu)建0-1數(shù)據(jù)矩陣。為反映各ISSR標(biāo)記的多態(tài)性,計算各引物的多態(tài)條帶百分率(Percentage of polymorphic bands,PPB)。并根據(jù)以下公式,計算ISSR標(biāo)記位點的多態(tài)性信息含量(Polymorphism information content,PIC)[19]:
式中Pi、Pj分別為群體中第i、j個等位基因頻率,n為等位基因數(shù)。
在此基礎(chǔ)上,利用NTsys 2.10進(jìn)行數(shù)據(jù)分析,計算品種間遺傳相似系數(shù),并進(jìn)行非加權(quán)組平均法(Unweighted pair-group method with arithmetic mean,UPGMA)遺傳相似度聚類分析,繪制品種間親緣關(guān)系樹狀圖。并使用TBtools進(jìn)行相關(guān)性分析、主成分分析。
使用CTAB法提取21份白鶴芋種質(zhì)基因組DNA,經(jīng)1.5%瓊脂糖凝膠電泳檢測,獲得的條帶清晰明亮、完整無污染,經(jīng)微量紫外分光光度計測得其濃度為 400~700 ng·μL?1,OD 值為 1.7~2.0,質(zhì)量完好。
從100個ISSR引物中篩選適合白鶴芋ISSR-PCR反應(yīng)的候選引物。經(jīng)過初篩、次篩,最終篩選出穩(wěn)定性強(qiáng)、多態(tài)性好的9個ISSR引物。并根據(jù)各引物熔解溫度(Tm值)優(yōu)化出適宜的退火溫度,以用于基因組DNA的擴(kuò)增。具體引物信息如表2所示。
表2 篩選出的9條引物信息Table 2 Information of nine selected primers
9個ISSR引物共擴(kuò)增出133個位點,多態(tài)性位點有120個,多態(tài)位點百分率為90.23%。其中,擴(kuò)增條帶數(shù)最多的是引物UBC-900,擴(kuò)增位點20個,其中多態(tài)性位點20個,多態(tài)位點比率為100.00%;擴(kuò)增條帶數(shù)最少的是引物UBC-876,擴(kuò)增位點8個,其中多態(tài)性位點7個,多態(tài)位點比率為87.50%。
各引物的多態(tài)性擴(kuò)增結(jié)果如表3所示,引物UBC-895、UBC-899擴(kuò)增電泳圖譜如圖2所示。
圖2 引物UBC895、899對21份白鶴芋種質(zhì)的擴(kuò)增電泳圖譜Fig.2 Electrophoretic patterns of 21 Spathiphyllum germplasm samples amplified with primer UBC895 and UBC899
表3 9條引物多態(tài)性信息Table 3 Polymorphism information of 9 primers
2.4.1 聚類分析 聚類分析結(jié)果如圖3所示,供試白鶴芋種質(zhì)中14個栽培品種的遺傳相似系數(shù)為0.58~0.81,變動幅度為0.23。其中SPAT10與SPAT29的相似系數(shù)最大,為0.81,表明它們的親緣關(guān)系最近;SPAT01與SPAT24間的相似系數(shù)最小,為0.59,表明它們的親緣關(guān)系最遠(yuǎn)。相似系數(shù)為0.67處按照種質(zhì)來源將14份種質(zhì)分為3組,第Ⅰ組主要包含8種栽培品種:SPAT10、24、29、30、33、34、37、38;第Ⅱ組主要包含5種由栽培種雜交選育的品種:SPAT52、50、51、53、70;第Ⅲ組僅有1種SPAT01,未與其他白鶴芋資源聚在一起,這表明SPAT01與其他品種之間親緣關(guān)系較遠(yuǎn),并且在形態(tài)上表現(xiàn)出株型緊湊、整體較矮,可在生產(chǎn)上用于雜交育種以開發(fā)性狀,進(jìn)一步豐富白鶴芋的種質(zhì)資源。第Ⅰ組的8個栽培品種,雖來源廣泛(美國、澳洲、中國等),但品種間遺傳相似系數(shù)變動幅度較窄、親緣關(guān)系較近,符合白鶴芋起源地集中于南美地區(qū)的客觀事實。在遺傳相似系數(shù)0.70處,按照植株株型及肉質(zhì)花序形態(tài)可對第I組、第Ⅱ組進(jìn)一步分組。在第Ⅰ組的栽培品種中,亞組1包含6個品種:SPAT10、29、30、33、34、37,表現(xiàn)中等株型、明顯的肉質(zhì)花序凸起;亞組2包含2個品種SPAT24、38,表現(xiàn)株型偏大、花序凸起較明顯等性狀。在第Ⅱ組利用栽培品種雜交選育出的5個雜交種中,亞組1包含3種:SPAT52、50、51,統(tǒng)一表現(xiàn)出株型緊湊茂密,但肉質(zhì)花序凸起不明顯;亞組2包含SPAT53、70,表現(xiàn)出株型較稀,肉質(zhì)花序凸起明顯、表面光滑。聚類分析結(jié)果表明,從種質(zhì)來源及株型、花序形態(tài)等方面將14份栽培品種有效區(qū)分。
圖3 14個白鶴芋栽培品種ISSR擴(kuò)增條帶的UPGMA聚類結(jié)果Fig.3 UPGMA clustering results of ISSR amplification bands of 14 cultivars of Spathiphyllum
2.4.2 主成分分析 利用 TBtools對 14 個栽培品種的ISSR標(biāo)記數(shù)據(jù)矩陣進(jìn)行主成分分析,檢測品種間的相關(guān)性,結(jié)果如圖4所示。圖4-A表明相關(guān)性結(jié)果與基于遺傳相似系數(shù)的聚類分析大體一致,其中SPAT10與SPAT29的相關(guān)性最高,為0.62;SPAT01與SPAT24之間的相關(guān)性最低,為0.17。圖4-B顯示所有品種均聚集在F1中,第一主成分的貢獻(xiàn)率43.037%(特征值為6.03),表明第一主成分足以說明14個栽培品種的相關(guān)性。14個栽培品種被分為兩大類,一為聚集在F1上象限的SPAT30、29、24、33、10、37、34,另一為SPAT52、50、38、51、58、70和01聚在同一因子的相反象限。可以看出PCA結(jié)果與聚類分析結(jié)果相同,但較之聚類分析結(jié)果,主成分分析更為直觀地展示出14個栽培品種之間親緣關(guān)系的遠(yuǎn)近,可作為聚類分析結(jié)果的印證與補(bǔ)充。
圖4 14個白鶴芋栽培品種ISSR擴(kuò)增條帶的相關(guān)性分析、主成分分析Fig.4 Correlation analysis and principal component analysis results of ISSR amplification bands of 14 cultivars
以SPAT33為母本、SPAT51為父本,共獲得7個雜交品系,分別記為Z1~Z7。聚類分析結(jié)果如圖5所示,親本與后代共9個個體的遺傳相似系數(shù)為0.60~0.81,變動幅度為0.21。以0.670為閾值,可分為2類,第Ⅰ類為偏母本類(包括SPAT33、Z3、Z4、Z5、Z6、Z7),第Ⅱ類為偏父本類(包括SPAT51、Z1、Z2)。從外觀形態(tài)上,亦可印證聚類結(jié)果,主要表現(xiàn)為:偏母本類中雜交品系個體之間株型等與母本相近;偏父本類中雜交品系個體 之間肉質(zhì)花序短粗且呈白或綠的顏色,與父本性狀相近。偏母本類可在相似系數(shù)0.6992處又分為2組,一組與母本關(guān)系較近(包含Z3~Z5),另一組表現(xiàn)為與母本關(guān)系稍遠(yuǎn),這反映了Z6、Z7的佛焰苞發(fā)生明顯變異,尤其是Z7出現(xiàn)一花序兩苞片的現(xiàn)象(圖6)。
圖5 7個雜交品系與親本間ISSR擴(kuò)增條帶的UPGMA聚類分析Fig.5 UPGMA clustering of ISSR amplification bands between 7 hybrid strains and their parents
圖6 Z7 雙苞片變異Fig.6 Z7 double bract variation
ISSR分子標(biāo)記技術(shù)因其具有穩(wěn)定可靠、操作簡便、多態(tài)性強(qiáng)等優(yōu)點在鑒定植物遺傳多樣性的研究中應(yīng)用廣泛。與其他的分子標(biāo)記技術(shù)相比,它結(jié)合了SSR和RAPD的優(yōu)點,比SSR和RAPD能更多地揭示多態(tài)性,提供較多的植物基因組信息[20]。本試驗中,利用篩選的9個擴(kuò)增清晰、多態(tài)性較好ISSR引物分別對14份白鶴芋品種和7個雜交品系進(jìn)行分析,共擴(kuò)增出133個位點,多態(tài)性位點有120個,多態(tài)位點百分率為90.23%,顯示在白鶴芋的基因組中微衛(wèi)星含量豐富,具有較強(qiáng)的多態(tài)性,也表明ISSR分子標(biāo)記技術(shù)是適合白鶴芋品種鑒定的有效途徑。
基于14個栽培品種與7個雜交品系間可比性較低,本試驗分別對栽培品種之間以及雜交品系與其兩親本之間進(jìn)行聚類,繪制親緣關(guān)系樹狀圖。14份栽培品種兩兩之間的遺傳相似系數(shù)為0.58~0.81,變動幅度為0.23,從分子層面顯示出白鶴芋起源單一,遺傳基礎(chǔ)狹窄。在遺傳相似系數(shù)為0.67處按照種質(zhì)來源將14份種質(zhì)分組,第Ⅰ組為栽培品種類,第Ⅱ組為由栽培品種雜交選育的品種類,第Ⅲ組僅有一種SPAT01。在進(jìn)一步對第Ⅰ、Ⅱ組分析時,則依據(jù)各品種的形態(tài)差異進(jìn)行分類,結(jié)果表明從株型、佛焰苞的形態(tài)可有效區(qū)分白鶴芋品種。這也印證了岑彩嫻[21]應(yīng)用層次分析法得出的結(jié)論,即決定白鶴芋品質(zhì)的性狀主要為株型緊湊性、葉片和葉色、佛焰苞形態(tài),符合白鶴芋作為室內(nèi)觀葉植物的基本特性。2親本與其7個雜交品系共9份種質(zhì)的聚類分析結(jié)果顯示,兩兩之間的遺傳相似系數(shù)為0.60~0.81,變動幅度為0.21。以0.67為閾值,可分為2類,第Ⅰ類為偏母本類,第Ⅱ類為偏父本類,聚類結(jié)果同樣可從外觀表型的差異上加以解釋。總之在聚類分析時,從種質(zhì)來源、形態(tài)學(xué)差異上可以有效地將不同白鶴芋品種區(qū)分開來,符合聚類結(jié)果的分析規(guī)律,也表明不同來源及不同的植物學(xué)表現(xiàn)是白鶴芋品種間的主要差別。
使用TBtools針對14個栽培品種的親緣關(guān)系作相關(guān)性分析和主成分分析,分析所得與聚類結(jié)果相近,但從結(jié)果的呈現(xiàn)方式來看,主成分分析更能直觀地顯示各種質(zhì)之間的關(guān)系,可與聚類分析結(jié)果相互印證與補(bǔ)充。劉小飛等[14]結(jié)合使用聚類分析和主成分分析后發(fā)現(xiàn),系統(tǒng)聚類分析可以對親緣關(guān)系較近的種質(zhì)進(jìn)行分析,但對親緣關(guān)系較遠(yuǎn)的種質(zhì)分析效果不理想,而主坐標(biāo)分析方法可有效解決該問題。在本試驗中也證實了這個觀點,由于研究對象間遺傳相似系數(shù)變動幅度較小,品種間親緣關(guān)系較近,所以主成分分析的作用并不明顯。今后在物種遺傳多樣性分析中,應(yīng)掌握品種間遺傳距離或遺傳相似系數(shù),判斷品種間親緣關(guān)系的遠(yuǎn)近,在此基礎(chǔ)上再決定是否進(jìn)行主成分分析,提高分析效率。
一直以來,為適應(yīng)大規(guī)模商業(yè)化生產(chǎn),組培技術(shù)在白鶴芋生產(chǎn)上應(yīng)用較廣,但長期以來觀賞植物白鶴芋品種固化、優(yōu)良性狀單一,不利于白鶴芋的產(chǎn)業(yè)發(fā)展。探索雜交育種、倍性育種、誘變育種、生物技術(shù)育種等育種方式,以產(chǎn)生優(yōu)良變異,培育新品種,豐富白鶴芋的遺傳多樣性。如劉小飛等[22]誘導(dǎo)無性系變異,經(jīng)多年研究,選育出性狀穩(wěn)定、植株分蘗多、植株小、株型緊湊的銀心梭品種;劉金梅等[23]探索了不同白鶴芋屬植物雜交授粉和結(jié)實特性,建立雜交選育群體,對13個白鶴芋種進(jìn)行組合授粉雜交試驗,得出品種內(nèi)易雜交,而種間雜交困難的結(jié)論,為雜交育種選育優(yōu)良株系提供理論依據(jù);周輝明等[24]以品種美酒的組培愈傷組織為材料,采用秋水仙素浸泡處理的化學(xué)誘變方法,選育出葉片增厚、葉色加深、莖桿變粗、葉柄變粗、花梗變粗、肉質(zhì)花序變粗的四倍體白鶴芋新品種綠萌。由此可見,科學(xué)的育種手段有利于打破長久商業(yè)化模式下白鶴芋品種固化的危機(jī)局面,有利于豐富白鶴芋的種質(zhì)資源。
在本研究中,將優(yōu)良性狀互補(bǔ)的兩品種SPAT33和SPAT51的雜交品系也納入試驗,目的在于從分子層面鑒定雜交品系的優(yōu)良變異,以輔助選育表型優(yōu)良的新品種。ISSR對雜交品系的聚類中,Z7明顯與其他個體分開,且有較大的性狀變異,這表明分子層面的鑒定足以篩選出白鶴芋雜交中變異較大的個體,同時也證明ISSR分子標(biāo)記具有輔助白鶴芋育種、豐富白鶴芋遺傳多樣性的潛力。
本試驗研究對象主要集中于銷量較高、流通較廣的部分品種,并未大范圍覆蓋白鶴芋物種,因此仍需進(jìn)一步加強(qiáng)收集種質(zhì)、擴(kuò)大研究范圍,以更加科學(xué)地全盤分析鑒定白鶴芋的遺傳多樣性。當(dāng)下缺乏白鶴芋種質(zhì)的統(tǒng)一鑒定標(biāo)準(zhǔn),而且引種引苗現(xiàn)象混亂,因此從分子層面對當(dāng)前流通較廣的白鶴芋品種進(jìn)行分類具有重要意義。在掌握品種間的親緣關(guān)系后,科學(xué)地選擇雜交親本,開展雜交試驗,有利于發(fā)掘新的優(yōu)良變異,進(jìn)一步豐富白鶴芋的遺傳多樣性。