內(nèi)蒙古自治區(qū)農(nóng)牧業(yè)科學(xué)院農(nóng)畜產(chǎn)品加工研究所先后與內(nèi)蒙古科爾沁右翼中旗特牧牧業(yè)開發(fā)有限公司（掛牌動物福利示范基地）、內(nèi)蒙古牧名食品有限責(zé)任公司（掛牌地方特色乳制品加工研發(fā)合作基地）、內(nèi)蒙古大啟食品有限公司（掛牌高原紅蔥加工研發(fā)基地）、內(nèi)蒙古食全食美股份有限公司（掛牌科研成果轉(zhuǎn)化合作基地）、內(nèi)蒙古朝日農(nóng)業(yè)科技有限公司（掛牌科研合作單位）、內(nèi)蒙古蘇太食品有限責(zé)任公司、科右前旗恒佳果業(yè)有限公司、正鑲白旗蒙盛肉類有限責(zé)任公司、開魯縣魯豐實業(yè)投資有限公司、內(nèi)蒙古額爾敦羊業(yè)股份有限公司、內(nèi)蒙古薩霖乳業(yè)有限公司、赤峰市巴林左旗孟和奶食品有限公司、內(nèi)蒙古準(zhǔn)露山野食品有限公司等建立了長期合作關(guān)系。

此外，先后與中國農(nóng)業(yè)科學(xué)院農(nóng)產(chǎn)品加工研究所、吉林農(nóng)科院農(nóng)產(chǎn)品加工研究所、遼寧農(nóng)科院食品與加工研究所、黑龍江農(nóng)科院食品加工研究所、中國農(nóng)業(yè)科學(xué)院果樹研究所、廣東農(nóng)科院蠶業(yè)與農(nóng)產(chǎn)品加工研究所、云南農(nóng)科院農(nóng)產(chǎn)品加工研究所、江蘇農(nóng)科院農(nóng)產(chǎn)品加工研究所和廣西農(nóng)科院農(nóng)產(chǎn)品加工研究所等科研院所和中國農(nóng)業(yè)大學(xué)、西北農(nóng)林科技大學(xué)、南京農(nóng)業(yè)大學(xué)食品科學(xué)技術(shù)學(xué)院等高等院校建立了業(yè)務(wù)聯(lián)系。

在國際合作交流方面，該所與蒙古國農(nóng)業(yè)大學(xué)畜牧業(yè)與生物科學(xué)學(xué)院、蒙古國達(dá)爾罕農(nóng)業(yè)科學(xué)院、蒙古國KAYSER Fleischerei有限責(zé)任公司、美國密西西比州立大學(xué)、匈牙利圣伊斯特萬大學(xué)花卉栽培與樹木學(xué)院等建立了長期友好的合作關(guān)系。