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基于rbcL序列對貓人參及其近緣種的分子鑒定研究

2022-11-22 12:14:52張曉芹毛佳樂王慧玉雷后興
山東中醫(yī)藥大學學報 2022年6期
關(guān)鍵詞:近緣種間堿基

張曉芹,毛佳樂,王慧玉,雷后興,藍 艷

(浙江中醫(yī)藥大學附屬麗水中醫(yī)院,浙江 麗水 323000)

貓人參為獼猴桃科植物對萼獼猴桃(鑷合獼猴桃)(Actinidia valvataDunn.)或大籽獼猴桃(Actinidia macrospermaC.F.Liang)的干燥根及粗莖,收載于2015年版《浙江省中藥炮制規(guī)范》,具有解毒消腫、祛風濕的功效,臨床常用于深部膿腫、骨髓炎、風濕痹痛、瘡瘍腫毒等疾?。?]。藥理研究表明,貓人參對胃癌[2-3]、肝癌[4]、肺癌[5]等具有較好療效,臨床應(yīng)用廣泛。

近年來,隨著野生貓人參的不斷消耗,貓人參資源日益短缺,市場上貓人參混偽品開始出現(xiàn),以其近緣種較為多見。調(diào)研發(fā)現(xiàn)市場上常用作貓人參使用的還有黑蕊獼猴桃(Actinidia melanandraFranch.)及中華獼猴桃(Actinidia chinensisPlanch.)。對萼獼猴桃、大籽獼猴桃、黑蕊獼猴桃為獼猴桃屬凈果組植物,中華獼猴桃為獼猴桃屬星毛組植物,雖然其親緣關(guān)系較近,然而在藥理活性上具有較大差異。體外抗腫瘤活性研究表明,對萼獼猴桃和大籽獼猴桃對于胃癌和肺癌具有較好的抑制作用,而黑蕊獼猴桃和中華獼猴桃抑制效果較差[6-8]。因此在臨床應(yīng)用中,應(yīng)將貓人參與其混偽品進行區(qū)分。

有學者基于性狀鑒定對貓人參及其近緣種進行了鑒定,認為草酸鈣結(jié)晶(皮部有亮星)、紫色斑(貓爪印)及根據(jù)貓是否愛吃等特點可對貓人參進行物種鑒定[9],然而該方法依靠經(jīng)驗性較強,且同屬其他物種植物也多有此類特征;另有學者采用熒光、紫外、紅外、指紋圖譜等方法對貓人參及其近緣種進行鑒定[8,10],但前處理復雜,需要根據(jù)貓人參不 同極性提取物分類鑒定,鑒定結(jié)果依靠檢索表確認,耗時較長;基于脫氧核糖核酸(DNA)條形碼的獼猴桃屬系統(tǒng)發(fā)育學分析表明,獼猴桃屬植物可根據(jù)其基因序列進行初步區(qū)分,然而前期主要對其屬內(nèi)不同亞組的劃分規(guī)律進行了研究[11],尚缺乏對貓人參的物種鑒定分析。

葉綠體核酮糖-1,5-二磷酸酯羧化酶基因(rbcL)序列具有易擴增、保守性強、單性遺傳、進化路線獨立等優(yōu)點,被廣泛應(yīng)用于藥用植物的分子鑒定及系統(tǒng)發(fā)育學研究,對于種間植物具有較好的鑒定優(yōu)勢[12-13]。綜上,本研究基于rbcL序列對貓人參及其近緣種進行鑒定研究,以期為貓人參的用藥安全及質(zhì)量控制提供參考。

1 儀器與材料

1.1 儀器

微量移液器(德國Eppendorf公司),2-16R離心機(湖南恒諾儀器設(shè)備有限公司),BIO-RAD T100聚合酶鏈式反應(yīng)(Polymerase Chain Reaction,PCR)儀(美國伯樂公司),JY-SP型電泳儀(北京君意東方電泳設(shè)備有限公司),NanoDropOne微量核酸定量儀(美國Thermo公司),GenoSens1850凝膠成像分析系統(tǒng)(上海勤翔科學儀器有限公司),IMS-50全自動雪花制冰機(常熟市雪科電器有限公司)。

1.2 試劑

Ezup柱式植物基因組DNA抽提試劑盒、Taq酶、DNA分子量標準標記物(Marker)(100~2000 bp)、脫氧核糖核苷三磷酸(deoxy-ribonucleoside triphosphate,dNTP)(5 mmol/L)、5×PCR Buffer、氯化鎂(MgCl2)(25 mmol/L)、瓊脂糖均購自上海生工生物工程股份有限公司。引物由上海生工生物工程股份有限公司合成,所用試劑均為分析純。

1.3 材料

同科水東哥屬植物水東哥(Saurauia tristylaDC.)的基因序列下載自美國國立生物技術(shù)信息中心(National Center for Biotechnology Information,NCBI)數(shù)據(jù)庫,另外9種獼猴桃屬植物為野外采集獲得的樣品,共計110份,分別來源于浙江麗水市、福建省南平市共計11個采樣地點,每個采樣點采集葉片10份用于基因序列測定;其余35條用于分析的基因序列下載自NCBI數(shù)據(jù)庫(Genbank)。野外采集樣品經(jīng)麗水市中醫(yī)院主任中藥師林娜鑒定為相應(yīng)獼猴桃屬植物。見表1。

2 方法

2.1 DNA提取

取各樣品的新鮮葉片約20 mg,經(jīng)液氮研磨粉碎后,根據(jù)Ezup柱式植物基因組DNA抽提試劑盒使用說明提取DNA,微量核酸定量儀檢測所得DNA質(zhì)量。

2.2 PCR擴增

PCR擴增引物序列為r-F:5′-ATGTCACCACAA ACAGAGACTAAAGC-3′,r-R:5′-GTAAAATCAAGTC CACCRCG-3′。采用50 μL反應(yīng)體系:5×PCR Buffer 5 μL,dNTP 5 μL,MgCl24 μL,引物各2 μL,模板DNA 1 μL,Taq酶0.5 μL,ddH2O補足至50 μL。

PCR反應(yīng)程序:94℃預變性5 min;94℃變性30 s,56℃退火45 s,72℃延伸1 min,循環(huán)數(shù)35;72℃延伸10 min。

2.3 測序分析

擴增產(chǎn)物經(jīng)1.00%瓊脂糖凝膠電泳分析,凝膠成像儀檢驗。PCR產(chǎn)物由上海生工生物工程有限公司進行測序分析。每個樣品均采用正反雙向測序。

2.4 序列比對及ML系統(tǒng)聚類樹的建立

DNA序列采用ContingExpress及DNAman軟件進行拼接及序列比對,采用Editseq及MEGA-X軟件對序列長度、變異位點、保守位點以及堿基組成進行分析,并計算種間及種內(nèi)遺傳距離,構(gòu)建ML系統(tǒng)聚類樹。DNA二級結(jié)構(gòu)采用DNAman軟件生成。

3 結(jié)果

3.1 rbcL基因擴增結(jié)果

擴增產(chǎn)物用1.00%瓊脂糖凝膠電泳分析,凝膠成像儀檢驗,110份野生樣品均在600 bp左右處出現(xiàn)單一、明亮、清晰的條帶。

3.2 rbcL序列分析

除大籽獼猴桃外,同一物種獼猴桃的rbcL序列具有高度保守性,種內(nèi)差異為0。測序結(jié)果進行堿基修正后得到rbcL序列長度約為507 bp。9種獼猴桃樣品中鳥嘧啶+胞嘧啶(G+C)含量整體差異較小,為43.39%~44.38%。見表2。

表2 9種獼猴桃科樣本rbcL序列堿基組成

3.3 遺傳距離分析

9種獼猴桃種間遺傳距離為0.0%~1.8%,其中中華獼猴桃、毛花獼猴桃、浙江獼猴桃、長葉獼猴桃的種間以及軟棗獼猴桃、黑蕊獼猴桃種間遺傳距離為0,對萼獼猴桃、黑蕊獼猴桃種間以及對萼獼猴桃、軟棗獼猴桃種間遺傳距離最大,為1.8%。見表3。

表3 9種獼猴桃科樣本種間遺傳距離

3.4 變異位點分析

9種獼猴桃屬植物共產(chǎn)生變異位點10個,其中根據(jù)195 bp處的胸腺嘧啶(T)堿基可以將貓人參來源物種(對萼獼猴桃和大籽獼猴桃)與另外7種獼猴桃進行區(qū)分鑒定,根據(jù)182 bp處的腺嘌呤(A)堿基和426 bp處的鳥嘧啶(G)堿基可以將葛棗獼猴桃與其余物種進行區(qū)分鑒定,根據(jù)227 bp處的T堿基、239 bp處的G堿基和258 bp處的胞嘧啶(C)堿基可以將軟棗獼猴桃和黑蕊獼猴桃與其他物種進行區(qū)分鑒定。見表4。

表4 9種獼猴桃科樣本變異位點分析

3.5 系統(tǒng)聚類樹分析

以水東哥屬的水東哥rbcL序列為外類群,貓人參及其近緣種的ML系統(tǒng)聚類樹見圖1。聚類結(jié)果表明,葛棗獼猴桃、大籽獼猴桃、對萼獼猴桃聚為一支,其中對萼獼猴桃與本研究采集并測得的大籽獼猴桃序列聚為一支;其余6種獼猴桃聚為一支,其中軟棗獼猴桃、黑蕊獼猴桃與Genbank上下載的大籽獼猴桃序列聚為一支。通過聚類分析,可以將貓人參與其他物種獼猴桃進行區(qū)分鑒定。

圖1 貓人參及其近緣種的系統(tǒng)聚類樹

3.6 rbcL基因序列二級結(jié)構(gòu)分析

貓人參及其近緣種的rbcL序列二級結(jié)構(gòu)見圖2。從中可以看出,二級結(jié)構(gòu)圖與遺傳聚類分析及系統(tǒng)聚類分析結(jié)果相似,作為貓人參來源的對萼獼猴桃和大籽獼猴桃具有其特有的二級結(jié)構(gòu),可明顯與其他物種獼猴桃進行區(qū)分。

圖2 貓人參及其近緣種的脫氧核糖核酸二級結(jié)構(gòu)

4 討論

4.1 基于rbcL序列對貓人參及其近緣種鑒定的可行性分析

植物葉綠體基因與核基因相比具有相對分子質(zhì)量小、結(jié)構(gòu)簡單等特點,且葉綠體DNA屬于細胞質(zhì)遺傳,進化速率較快,適用于植物親緣學分析[14]。rbcL序列全長約1 kb,具有種內(nèi)進化速率低、種間進化速率高的特點,在石斛屬[15]、菊科[16]等多種藥用植物中體現(xiàn)了較好的鑒別優(yōu)勢。

貓人參為獼猴桃屬植物,屬于嚴格的葉綠體基因組父系遺傳,這一罕見而特殊的遺傳方式極大地提高了獼猴桃屬植物親緣關(guān)系的復雜性[17]。有學者基于簡單重復序列(simple sequence repeat,SSR)、限制性內(nèi)切酶片段長度多態(tài)性(restriction fragment length polymorphism,RFLP)以及多種葉綠體DNA條形碼等分子生物學手段對獼猴桃屬的親緣關(guān)系及遺傳多樣性進行了研究[17-18],但尚缺乏對貓人參的物種鑒定研究。本研究發(fā)現(xiàn),貓人參基源物種對萼獼猴桃和大籽獼猴桃具有獨特的堿基變異位點,且聚類分析對萼獼猴桃和大籽獼猴桃聚為一支,其DNA二級結(jié)構(gòu)也與其他物種明顯不同。因此,rbcL序列在貓人參的物種鑒定中具有較好的應(yīng)用效果。

4.2 基于rbcL序列對獼猴桃屬植物進行分子鑒定的可行性分析

本研究發(fā)現(xiàn),rbcL序列可用于貓人參的物種鑒定研究,然而對獼猴桃屬部分物種的鑒定能力較差。本研究中,中華獼猴桃、毛花獼猴桃、浙江獼猴桃、長葉獼猴桃的基因序列一致,軟棗獼猴桃和黑蕊獼猴桃的基因序列一致,將毛花獼猴桃在Genbank上進行檢索比對,比對分值為100%的有浙江獼猴桃、中華獼猴桃、黑蕊獼猴桃、小葉獼猴桃等多個物種,說明基于rbcL序列在Genbank數(shù)據(jù)庫中比對,尚不能對獼猴桃屬植物進行完全鑒定。這可能與本文所選取的片段為rbcL部分片段有關(guān),片段長度越短,所包含的堿基變異位點相應(yīng)越少,然而片段長度越長,PCR擴增率及測序成功率相應(yīng)降低。因此,對于獼猴桃屬植物的鑒定,尚需要對葉綠體基因長片段或多片段聯(lián)合序列對獼猴桃屬植物的鑒定能力開展進一步研究。

4.3 貓人參藥材DNA條形碼鑒定的意義

貓人參在浙江、江西、福建等地被廣泛應(yīng)用,臨床抗腫瘤效果明顯,尤其對于胃癌及肺癌細胞抑制作用明顯,然而其藥用部位為地下根,在栽培基地尚未普及的情況下,目前貓人參野生資源已近匱乏。另一方面,貓人參具有兩個藥用來源,其一為對萼獼猴桃(俗稱“白貨”),其二為大籽獼猴桃(俗稱“紅貨”),白貨和紅貨主要根據(jù)地下根的顏色區(qū)分。獼猴桃屬其他植物地下部分與貓人參藥材較難區(qū)分,而其藥理作用卻具有較大差異。近年來市場上出現(xiàn)了較多貓人參混淆品,其中以黑蕊獼猴桃和中華獼猴桃居多。對貓人參進行準確的物種鑒定是保證臨床用藥安全的前提。

DNA條 形 碼 在 鼠 尾 草 屬[19]、黃 芪[20]、甘 草[21]等多種中藥材的物種鑒定中發(fā)揮了巨大優(yōu)勢,其操作簡便、經(jīng)驗依賴性小、結(jié)果準確可靠。本研究發(fā)現(xiàn)葉綠體rbcL序列可用于貓人參的物種鑒定,因此基于DNA條形碼對貓人參進行鑒別具有較大的臨床意義。另一方面,基于DNA條形碼可探討物種之間的系統(tǒng)發(fā)育及親緣關(guān)系,可為拓寬藥材資源提供一定的參考。

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