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α地中海貧血的實(shí)驗室分子診斷技術(shù)進(jìn)展

2022-11-25 08:18:09覃柳群羅世強(qiáng)嚴(yán)提珍
今日健康 2022年4期
關(guān)鍵詞:探針貧血測序

覃柳群 羅世強(qiáng) 嚴(yán)提珍

1.柳州市婦幼保健院醫(yī)學(xué)遺傳科 廣西 柳州 545001

2.柳州市出生缺陷預(yù)防與重點(diǎn)實(shí)驗室 廣西 柳州 545001

3.柳州市婦幼保健院生殖與遺傳研究所 廣西 柳州 545001

α-地中海貧血(以下簡稱α-地貧)是我國南方地區(qū)最常見的單基因遺傳病之一,中國長江以南各省區(qū)多見,尤以廣西、廣東和海南三省最為嚴(yán)重。廣西和廣東兩省的發(fā)病率分別高達(dá)14.95%、8.53%[1]。此病主要是由于α珠蛋白基因缺失所引起的典型基因缺失遺傳病,最常見的類型是α-地中海貧血和β地中海貧血,其臨床表現(xiàn)和分型與目的基因的缺失直接相關(guān),臨床暫無有效的治療方法,篩選出合理的實(shí)驗室診斷技術(shù)對該病的預(yù)防具有重要的意義。本文就目前應(yīng)用于α-地中海貧血的標(biāo)本種類及多種實(shí)驗室分子診斷技術(shù)作一綜述。

1 樣本采集、運(yùn)送及保存

不同的抗凝劑對PCR擴(kuò)增的影響是不同的,例如肝素抗凝的血液標(biāo)本經(jīng)DNA提取后仍會影響PCR的擴(kuò)增效率。血液的新鮮程度也會影響DNA提取的質(zhì)量。目前用于地貧檢測的標(biāo)本極大多數(shù)都為EDTA抗凝全血,標(biāo)本需要保存于4攝氏度冰箱,在運(yùn)送過程中也需格外注意,不得顛簸、倒放及高熱以防滲漏、溶血等造成交叉污染。駱明勇等[2]發(fā)現(xiàn)將150份干血斑標(biāo)本存放6、9個月后依然能夠穩(wěn)定地進(jìn)行地貧基因檢測。該方法為地貧基因檢測提供了一種方便的標(biāo)本采集方式,特別適用于標(biāo)本采集困難的檢測對象。另外,現(xiàn)在不少單位已在新生兒中采用干血斑進(jìn)行血紅蛋白地貧篩查,不用再次采集標(biāo)本,該方法將在地貧標(biāo)本轉(zhuǎn)診網(wǎng)絡(luò)建設(shè)中發(fā)揮重要的作用。

1.1 缺口PCR技術(shù)(Gap-PCR)

缺口PCR的原理是進(jìn)行2對或者3對引物的設(shè)計,也就是在缺失區(qū)域的外側(cè),在與缺失位點(diǎn)臨近的地方進(jìn)行1對引物的設(shè)計,在缺失區(qū)域里面進(jìn)行1對引物的設(shè)計。在正常人和雜合子中處于缺失區(qū)域中的引物能擴(kuò)增片段,同時如果是缺失純合子,則不能擴(kuò)增。通過缺口PCR方法的應(yīng)用,可以將三種缺失型地中海貧血準(zhǔn)確檢測出來[3]。缺失序列、設(shè)計引物兩側(cè)翼序列互補(bǔ),原本正常情況下處在斷裂點(diǎn)兩側(cè)翼相距遙遠(yuǎn)的引物由于基因缺失突變變得臨近,因而實(shí)現(xiàn)一定長度片段的擴(kuò)增;缺失區(qū)域有另外一對引物,當(dāng)處于雜合子情況或完全正常情況下,才能夠完成正常等位基因的擴(kuò)增。這一方法依據(jù)擴(kuò)增片段大小能實(shí)現(xiàn)正常雜合子、純合子個體的準(zhǔn)確區(qū)分[4]。

1.2 反向點(diǎn)雜交法(PCR-RDB)

反向點(diǎn)雜交法(PCR-RDB)其原理是將擴(kuò)增的DNA與固定在尼龍扎帶上的突變特異性探針雜交。PCR擴(kuò)增產(chǎn)物和探針通過分子雜交反應(yīng)及顯色反應(yīng),觀察檢測膜條上各位點(diǎn)信號的有無,判斷該探針是否與PCR產(chǎn)物雜交,從而確定待檢樣品的基因型[5]。α-地貧分為缺失型和非缺失型,目前主要用PCR結(jié)合反向點(diǎn)雜交(RDB)法檢測3種α點(diǎn)突變(αCSα、αQSα、αWSα)[6]。

1.3 多重連接依賴式探針擴(kuò)增技術(shù)(MLPA)

MLPA 是一種多重連接依賴式探針擴(kuò)增技術(shù)。基本原理是把目的基因復(fù)制到依賴探針上,再用一對通用引物擴(kuò)增捕獲到的目的片段,通過對擴(kuò)增產(chǎn)物進(jìn)行毛細(xì)管電泳分析得出目的片段異常的結(jié)果。此技術(shù)操作簡單,24小時內(nèi)可出結(jié)果,自動化程度高,有相應(yīng)的數(shù)據(jù)分析程序。Liu等[7]應(yīng)用覆蓋α-珠蛋白基因的MLPA探針對118例標(biāo)本進(jìn)行檢測,不僅準(zhǔn)確地檢測出單一缺失,如:-α3.7/αα、-α4.2/αα、--SEA/αα 等,還可以檢測出復(fù)合缺失如-α4.2/--SEA等,特異性和敏感性達(dá)100%。郝穎等[8]89對夫婦雙方或一方為α地貧基因攜帶者的家系中的胎兒樣本,同時用Gap-PCR技術(shù)和MLPA技術(shù)進(jìn)行檢測α珠蛋白基因的缺失。結(jié)果88份胎兒樣本的MLPA檢測結(jié)果和Gap-PCR檢測結(jié)果完全一致;1份胎兒樣本(絨毛組織)經(jīng)Gap-PCR檢測未能確診,后結(jié)合MLPA檢測確診為-SEA/αα。

1.4 多色探針熒光PCR熔解曲線法

多色探針熒光PCR熔解曲線法,主要利用改良分子探針對PCR產(chǎn)物進(jìn)行實(shí)時分析的突變檢測技術(shù)。分別計算出各個樣本、校準(zhǔn)品的 ΔCt 值(目的基因減去參比基因的Ct值差),再將待測樣本的ΔCt減去正常對照樣本△Ct得ΔΔCt 計算 2-ΔΔCt即可得到待測樣本,相對于校準(zhǔn)品目的基因的相對拷貝數(shù)。這種目的基因相對定量模式,無需制備標(biāo)準(zhǔn)曲線,可靈敏地檢測出基因拷貝數(shù)的差異。嚴(yán)提珍等[9]采用 PCR-熒光探針法對303例臨床樣本進(jìn)行α珠蛋白基因拷貝數(shù)定量檢測,檢測結(jié)果與 Gap-PC R法結(jié)果比較分析,結(jié)果表明兩種方法結(jié)果完全一致的有 301例,不吻合的有2例,符合率為 99.34%。這2例經(jīng)MLPA技術(shù)復(fù)核,發(fā)現(xiàn)檢測結(jié)果與Gap-PC R法結(jié)果一致,且該方法整個檢測過程都在封閉的PCR管中進(jìn)行,PCR和熔解分析僅需一個程序完成,與目前的RDB法和測序法相比,具有明顯的高通量和操作簡便的優(yōu)勢,同時又大大降低了PCR擴(kuò)增產(chǎn)物污染的機(jī)會。

1.5 基因芯片技術(shù)

基因芯片雜交法是在PCR擴(kuò)增的基礎(chǔ)上,應(yīng)用熒光標(biāo)記法將大量的寡核苷酸片段或 DNA片段有序排列在固相載體上,稱之為基因芯片或DNA陣列,同時提取待檢測樣品DNA,與芯片雜交,然后掃描芯片的熒光強(qiáng)度,應(yīng)用生物信息學(xué)分析結(jié)果,最后得到樣品中基因序列和表達(dá)水平或突變的相關(guān)信息。該技術(shù)能快速、準(zhǔn)確地從分子水平診斷疾病。王沙燕等[10]和黃培堅[11]都利用基因芯片技術(shù)進(jìn)行α-地貧基因檢測,他們認(rèn)為基因芯片法具有快速、高效、自動化程度高且簡便等優(yōu)點(diǎn),但由于該技術(shù)所需設(shè)備和耗材昂貴,限制其在臨床推廣應(yīng)用。

1.6 DNA測序

DNA測序技術(shù)能夠直接準(zhǔn)確的對基因突變的位置和性質(zhì)進(jìn)行判斷,是檢測未知地中海貧血基因突變的金標(biāo)準(zhǔn)。Sanger法是最常用的第一代測序技術(shù),該技術(shù)為定性實(shí)驗,不能對大片段的基因缺失進(jìn)行檢測,且費(fèi)時費(fèi)力費(fèi)用高,隨著DNA測序技術(shù)的進(jìn)步,出現(xiàn)了高通量測序技術(shù),又稱下一代測序技術(shù),它一次能并行對數(shù)以百萬條DNA分子進(jìn)行序列測定,對所有類型的地中血進(jìn)行檢測。譚梅等[12]用高通量測序技術(shù)在206例受檢新生兒中篩查出地中海貧血基因突變的有22例,其中 α-地中海貧血11例,β-地中海貧血11例,新發(fā)5例。宋春林等[13]用高通量測序?qū)?368例樣本中一共檢出了523例(38.2%),共25種地中海貧血基因突變,常規(guī)基因檢測陰性而高通量測序陽性結(jié)果經(jīng)Sanger測序結(jié)果一致。他們認(rèn)為高通量測序在地貧檢測上值得推廣。但是DNA序列測定法操作繁瑣,所需儀器設(shè)備昂貴,極大地限制了其在臨床診斷中的應(yīng)用。

2 總結(jié)

目前地貧基因診斷主要采用EDTA抗凝靜脈全血,采血量大,不利于對新生兒的采集;采血管的轉(zhuǎn)運(yùn)也存在低溫轉(zhuǎn)運(yùn)不便及容易破管等許多問題。干血斑是通過采集適量的血液,足跟血、末梢血均可,滴在濾紙片上并干燥而成,具有需要標(biāo)本量少、便于運(yùn)輸,保存等優(yōu)點(diǎn),非常適合血液標(biāo)本采集和轉(zhuǎn)運(yùn).

實(shí)驗室診斷的總標(biāo)準(zhǔn)是成本低、效率高和方便簡單,同時需保證疾病診斷準(zhǔn)確性,避免出現(xiàn)漏診和誤診現(xiàn)象。實(shí)驗室分子診斷技術(shù)中各自有自身優(yōu)劣勢,因此,充分了解每種技術(shù)的應(yīng)用范圍及局限性,結(jié)合各自實(shí)驗室的具體情況,尋找到準(zhǔn)確、高效、經(jīng)濟(jì)的診斷方案,對于各高發(fā)地區(qū)預(yù)防中重型地中海貧血患兒的出生及提高 新生人口素質(zhì)具有積極且深遠(yuǎn)的意義。

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