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神經(jīng)細(xì)胞分化及相關(guān)疾病的單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測序研究進(jìn)展

2022-12-03 11:21:02元小冬張麗麗張萍淑
關(guān)鍵詞:單細(xì)胞神經(jīng)細(xì)胞時序

劉 青,徐 斌,元小冬,張麗麗,歐 亞,張萍淑

神經(jīng)細(xì)胞分化和神經(jīng)系統(tǒng)疾病形成是個動態(tài)過程,要了解神經(jīng)細(xì)胞分化、變性、壞死過程中的基因表達(dá)變化, 需對不同狀態(tài)細(xì)胞中表達(dá)的差異基因進(jìn)行綜合分析[1]。 常規(guī)的轉(zhuǎn)錄組學(xué)研究是在高達(dá)數(shù)百萬個細(xì)胞群體水平上進(jìn)行,忽略細(xì)胞異質(zhì)性,不能揭示細(xì)胞間分子變化機(jī)制[2]。隨著測序技術(shù)、細(xì)胞捕獲和生物信息學(xué)飛速發(fā)展,促進(jìn)了單細(xì)胞RNA 測序(single-cell RNA-sequencing,scRNA-seq)技術(shù)和擬時序分析技術(shù)的發(fā)展,應(yīng)用這兩項技術(shù)可以解決細(xì)胞間異質(zhì)性和揭示細(xì)胞不同狀態(tài)下基因表達(dá)變化。 將scRNA-seq 和擬時序分析技術(shù)應(yīng)用于神經(jīng)細(xì)胞分化和疾病研究,有助于深入理解不同神經(jīng)細(xì)胞發(fā)育、變性、壞死過程中分子變化機(jī)制。 筆者擬對scRNA-seq、數(shù)據(jù)分析,以及在神經(jīng)細(xì)胞分化和疾病研究中的應(yīng)用進(jìn)行概述。

1 單細(xì)胞RNA 測序技術(shù)

2009 年高通量測序技術(shù)改變了生物學(xué)領(lǐng)域基因組學(xué)研究[3],但群體平均轉(zhuǎn)錄組無法捕捉單個細(xì)胞中重要轉(zhuǎn)錄信號。 隨著scRNA-seq 技術(shù)需求日益增加, 許多測序公司相繼推出新一代scRNA-seq 技術(shù), 該技術(shù)能夠以前所未有的分辨率研究單個細(xì)胞的生物學(xué)特性[4~7]。 scRNA-seq 技術(shù)與數(shù)據(jù)分析流程見圖1。

圖1 單細(xì)胞測序與數(shù)據(jù)分析流程Fig.1 Flow chart of single-cell RNA-sequencing and data analysis

1.1 單細(xì)胞RNA 測序流程

首先分離單細(xì)胞,傳統(tǒng)常用的方法有熒光激活細(xì)胞分選法、微流控分選法等[8]。目前市場上常用的分離方法主要有10×Genomics Chromium 的液滴法及BD Rhapsody 的微孔法, 這兩種測序平臺將細(xì)胞分離、mRNA 捕獲、反轉(zhuǎn)錄、cDNA 擴(kuò)增、測序、建庫集為一體。

1.1.1 10 × Genomics Chromium 測序平臺

10× Genomics[9,10]平臺利用液滴法原理和Gem-Code 技術(shù), 通過控制微流體的進(jìn)入, 將帶有條形碼(barcode)、分 子 標(biāo) 簽(unique molecular index,UMI)、引物和酶的凝膠微珠(gel beads)與單細(xì)胞混合,barcode 用來標(biāo)記細(xì)胞,UMI 用來檢測和定量獨特的mRNA,從而實現(xiàn)大規(guī)模的單細(xì)胞分離、捕獲mRNA、反轉(zhuǎn)錄、擴(kuò)增、測序和構(gòu)建文庫(圖2)。 10×Genomics平臺操作簡便,barcode 較短,數(shù)據(jù)利用率高。 但對細(xì)胞消化的活性高,最低70%以上。

圖2 10×Genomics Chromium 測序技術(shù)流程Fig.2 Flow chart of 10×Genomics Chromium sequencing technology

1.1.2 BD Rhapsody 測序平臺

BD Rhapsody[11,12]平臺利用微孔進(jìn)行單細(xì)胞分離,一個微孔可以容納一個磁珠和一個細(xì)胞。磁珠上連接逆轉(zhuǎn)錄引物, 引物主要包括細(xì)胞標(biāo)簽 (用于標(biāo)記細(xì)胞)、單分子標(biāo)簽(unique molecular identifier,UMI)(區(qū)分mRNA 分子)、poly dT (與mRNA 3′端poly A 互補(bǔ)配對)。微孔捕獲單細(xì)胞后,裂解細(xì)胞、獲取mRNA、逆轉(zhuǎn)錄、擴(kuò)增,建立文庫(圖3)。 BD Rhapsody 平臺對細(xì)胞活性要求低于10×平臺,細(xì)胞計數(shù)準(zhǔn)確度高。但整體操作時間較長,約3.5 h。

圖3 BD Rhapsody 測序技術(shù)流程Fig.3 Flow chart of BD Rhapsody sequencing technology

1.2 單細(xì)胞RNA 測序的數(shù)據(jù)分析流程

1.2.1 數(shù)據(jù)預(yù)處理

數(shù)據(jù)質(zhì)量控制:有些死亡細(xì)胞、過早破裂細(xì)胞、一個液滴中出現(xiàn)2 個甚至是多個細(xì)胞,或從細(xì)胞中溢出的mRNA 漂浮在懸液中都會影響測序的數(shù)據(jù), 降低數(shù)據(jù)質(zhì)量,因此在進(jìn)行下一步數(shù)據(jù)分析時,要先進(jìn)行數(shù)據(jù)質(zhì)量控制,篩出這些因素產(chǎn)生的數(shù)據(jù)[13,14]。

數(shù)據(jù)標(biāo)準(zhǔn)化:由于實驗過程中的生物因素、操作人員技術(shù)因素可引起數(shù)據(jù)偏差, 通過數(shù)據(jù)標(biāo)準(zhǔn)化,可以校正這些因素引起的偏倚,降低測序深度與不同表達(dá)模式導(dǎo)致的偏倚,降低干擾,提高數(shù)據(jù)可信度[15,16]。

1.2.2 數(shù)據(jù)降維與聚類

scRNA-seq 數(shù)據(jù)具有高維性,在進(jìn)一步分析數(shù)據(jù)時,通常需要降維處理,比較常用的降維算法有主成分分析 (principal component analysis,PCA)[17]、t 分布隨機(jī)領(lǐng)域嵌入 (t-distributed stochastic neighbor embedding,t-SNE)[18]算法、 均勻流形近似和投影(uniform manifold approximation and projection,UMAP)[19]。PCA 是一種相對簡單的線性降維算法。t-SNE 算法是一種可視化的非線性降維方法。UMAP 是一種基于黎曼幾何和代數(shù)拓?fù)涞乃惴?,它的可視化質(zhì)量與t-SNE算法相仿。 然而UMAP 能體現(xiàn)細(xì)胞群分化的連續(xù)性。降維分析后,進(jìn)行聚類分析,根據(jù)基因表達(dá)的相似性,將細(xì)胞分成不同的亞型。 常用的聚類方法有K-means算法[20]、圖聚類算法(Graph-based)[21]。

1.2.3 擬時序分析

降維分析與聚類分析完成后, 進(jìn)一步分析數(shù)據(jù),細(xì)胞軌跡推斷。準(zhǔn)確的軌跡推斷是鑒定基因隨時間動態(tài)表達(dá)的關(guān)鍵步驟[22,23]。 已有許多方法被提出用于擬時間重建,Saelens W 等[24]比較了29 種擬時序分析方法,從軌跡推斷的準(zhǔn)確性、可擴(kuò)展性、穩(wěn)定性和可用性這4 個方面評估, 發(fā)現(xiàn)不同的算法間有較大互補(bǔ)性。常用的算法Monocle[25,26],在細(xì)胞基礎(chǔ)上構(gòu)建最小生成樹(minimum spanning tree,MST),找到MST 的最長路徑,對細(xì)胞進(jìn)行排序,產(chǎn)生單個細(xì)胞分化進(jìn)程的“軌跡”。 單細(xì)胞分析工具 (tools for single cell analysis,TSCAN)[27,28]使用基于簇的MST 獲得擬時間軌跡的主干之后,沿著擬時間路徑對細(xì)胞進(jìn)行排序。TSCAN 降低了樹空間的復(fù)雜度,提高樹推理的準(zhǔn)確性和穩(wěn)定性。

2 單細(xì)胞測序擬時序分析在神經(jīng)細(xì)胞分化及疾病研究中的應(yīng)用

2.1 神經(jīng)細(xì)胞分化動力研究應(yīng)用

scRNA-seq 技術(shù)與擬時序分析技術(shù)的結(jié)合可以重建細(xì)胞分化軌跡。 利用這項技術(shù),可以進(jìn)一步研究腦組織發(fā)育過程中的分子機(jī)制。 Carter RA 等[29]取小鼠胚胎第10、11、12、13、14、15、16、17 天和出生后第0、4、7、10 天的12 個關(guān)鍵發(fā)育時間點的小腦細(xì)胞,對這39 245 個細(xì)胞進(jìn)行了測序,用Monocle 2 構(gòu)建細(xì)胞分化軌跡,揭示出谷氨酸能祖細(xì)胞可分化為顆粒神經(jīng)元細(xì)胞和谷氨酸能神經(jīng)元,顆粒神經(jīng)元獨特表達(dá)基因配對盒因子6 基因 (paired box 6 gene,Pax6)、ZIC 家族成員1 基因(Zic family member 1 gene,Zic1)和神經(jīng)分化因子1 基因 (neuronal differentiation 1,Neurod1)在細(xì)胞分化軌跡起點低表達(dá),在分化為顆粒神經(jīng)元的分支上高表達(dá), 谷氨酸能神經(jīng)元獨特表達(dá)基因Meis同源盒2 基因(Meis homeobox 2 gene,Meis2)和LIM-同源異形框9 基因 (LIM homeobox 9 gene,Lhx9),在軌跡起點低表達(dá), 在分化為谷氨酸能的分支上高表達(dá)。 Wizeman JW 等[30]取小鼠胚胎第13.5 d 的小腦細(xì)胞,對9 400 個細(xì)胞進(jìn)行測序,重建小腦祖細(xì)胞分化軌跡, 揭示出小腦祖細(xì)胞分化為Bergmann 神經(jīng)膠質(zhì)細(xì)胞和γ 氨基丁酸能神經(jīng)元,同時揭示了這兩個軌跡之間有1 314 個基因表達(dá)存在顯著差異,沿這兩個分支,轉(zhuǎn)錄增加的基因分別是促膠質(zhì)形成的胰腺相關(guān)轉(zhuǎn)錄因子1a 基因(pancreas associated transcription factor 1a,Ptf1a)、 少突膠質(zhì)細(xì)胞轉(zhuǎn)錄因子2 基因(oligodendrocyte transcription factor 2 gene,Olig2) 和促神經(jīng)元分化的ETS 變異轉(zhuǎn)錄因子基因(ETS variant transcription factor 4,Etv4)、Etv5。 Tasic B 等[31]用單細(xì)胞RNA測序技術(shù)、擬時序分析技術(shù)分析了來自小鼠初級視覺皮層和前外側(cè)運(yùn)動皮層兩個區(qū)域的23 822 個細(xì)胞,鑒定出61 種γ 氨基丁酸能神經(jīng)元、56 種谷氨酸能神經(jīng)元和16 種非神經(jīng)元類型細(xì)胞, 構(gòu)建了γ 氨基丁酸能神經(jīng)元、谷氨酸能神經(jīng)元的發(fā)育軌跡。Zhang R 等[10]測序了新生大鼠的19 202 個細(xì)胞,其中9 778 個細(xì)胞來自坐骨神經(jīng),9 424 個細(xì)胞來自背神經(jīng)節(jié), 鑒定出10 種細(xì)胞類型,其中施萬細(xì)胞包含4 種亞型,用Reversed Graph Embedding 構(gòu)建施萬細(xì)胞分化軌跡,揭示施萬細(xì)胞4 型成熟度最低, 高表達(dá)與細(xì)胞周期、增殖相關(guān)的基因[如著絲粒蛋白F 基因(centromere protein F gene,Cenpf)、增殖標(biāo)志物Ki-67 基因(marker of proliferation Ki-67 gene,Mki67)]; 施萬細(xì)胞2 型高度成熟,高表達(dá)典型的髓磷脂基因[如閉合蛋白19 基因(claudin 19 gene,Cldn19)、EMI 結(jié) 合 域1 基 因(EMI domain containing 1,Emid1)]。 曹冰等[32]在研究胚胎干細(xì)胞(human embryonic stem cells,ESC)向神經(jīng)細(xì)胞分化關(guān)鍵性靶基因及分子機(jī)制時,從基因表達(dá)綜合數(shù)據(jù)庫(Gene Expression Omnibus database,GEO)數(shù)據(jù)平臺下載人ESC 數(shù)據(jù)文件, 用Monocle 分析細(xì)胞分化軌跡,用基因本體論(gene ontology,GO)富集分析和京都基因與基因組百科全書 (Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG) 富集分析等論證Marker基因調(diào)控人類ESC 分化作用機(jī)制, 揭示了纖維連接蛋白1 基因 (fibronectin 1 gene,F(xiàn)N1)、Nanog 同源盒基因(Nanog homeobox gene,NANOG)和生長因子受體結(jié)合蛋白2 基因 (growth factor receptor bound protein 2 gene,GRB2) 是ESC 向神經(jīng)細(xì)胞分化的關(guān)鍵調(diào)控基因。FN1 可能通過調(diào)控細(xì)胞外基質(zhì)通路介導(dǎo)人類ESC 基質(zhì)環(huán)境的變化;上調(diào)Nanog 同源盒基因(Nanog homeobox gene,NANOG)、 生長因子受體結(jié)合蛋白2基 因 (growth factor receptor bound protein 2 gene,GRB2)的表達(dá)能夠介導(dǎo)人類ESC 定向分化為神經(jīng)組織。 神經(jīng)細(xì)胞的分化是非常復(fù)雜、受多基因網(wǎng)絡(luò)協(xié)調(diào)控制的過程,了解神經(jīng)細(xì)胞分化中的分子機(jī)制,有助于進(jìn)一步理解其功能。

2.2 神經(jīng)系統(tǒng)疾病分子機(jī)制研究應(yīng)用

Hammond TR 等[33]分析了超過76 000 個小鼠的小膠質(zhì)細(xì)胞RNA 表達(dá)模式,這些細(xì)胞取自小鼠發(fā)育、衰老和腦損傷時期。 揭示了胚胎期表達(dá)Ms4a 的小神經(jīng)膠質(zhì)細(xì)胞與腦邊界巨噬細(xì)胞有相似的轉(zhuǎn)錄組。在大腦衰老時, 炎癥和干擾素反應(yīng)性小膠質(zhì)細(xì)胞增加,上調(diào)半乳糖凝集素3 基因(galectin 3 gene,Lgals3)、胱抑素F 基因 (cystatin F gene,Cst7) 等與炎癥相關(guān)的基因。 在腦組織損傷時,選擇性表達(dá)趨化因子C-C 基序趨化因子配體4(C-C motif chemokine ligand 4,Ccl4)的小膠質(zhì)細(xì)胞亞群增加。 另一項研究,Wu F 等[34]對野生型和突變型視網(wǎng)膜細(xì)胞[非調(diào)性bHLH 轉(zhuǎn)錄因子7基因(atonal bHLH transcription factor 7 gene,Atoh7)缺失]進(jìn)行scRNA-seq,利用SCANPY 重建細(xì)胞軌跡,發(fā)現(xiàn)視網(wǎng)膜祖細(xì)胞(retinal progenitor cells,RPC)分化為不同類型視網(wǎng)膜細(xì)胞的能力是由過渡狀態(tài)下共表達(dá)的譜系特異性基因決定的,Atoh7 是視網(wǎng)膜神經(jīng)節(jié)細(xì)胞(retinal ganglion cell,RGC)分化的關(guān)鍵調(diào)節(jié)基因,與其他因子協(xié)同作用, 將RPC 分化為RGC 譜系。Mukherjee S 等[35]取患阿爾茨海默病尸檢的腦組織樣本,用Illumina sequencing 技術(shù)對單細(xì)胞進(jìn)行測序,用Monocle 分析阿爾茨海默病的進(jìn)展過程、基因表達(dá)變化和分子變化,發(fā)現(xiàn)了幾個與推斷疾病階段相關(guān)的基因[Ⅰ型血小板結(jié)合蛋白基序的解聚蛋白樣金屬蛋白酶14 基因 (A disintegrin and metalloproteinase with thrombospondin motifs 14 gene,ADAMTS14)、 白細(xì)胞介素7 基因(interleukin 7 gene,IL-7)和α-甘露糖苷酶2B1 基因(mannosidase alpha class 2B member 1 gene,MAN2B1)],這些基因與免疫和溶酶體儲存功能有關(guān)。IL-7 與疾病轉(zhuǎn)歸和阿爾茨海默病的嚴(yán)重程度相關(guān)。ADAMTS14 是阿爾茨海默病易感性相關(guān)位點的一部分,通過轉(zhuǎn)化生長因子-β(transforming growth factorβ,TGF-β)信號在免疫功能調(diào)節(jié)中發(fā)揮重要作用。 并揭示了與疾病擬時間相關(guān)的神經(jīng)遞質(zhì)[膽堿能毒蕈堿M2 受體(cholinergic receptor muscarinic 2,CHRM2)和CHRM3]信號傳遞過程。 發(fā)現(xiàn)疾病擬時間與tau 負(fù)荷、Aβ 及阿爾茨海默病的認(rèn)知診斷高度相關(guān), 該方法通過識別在不同疾病階段患者亞群中異常調(diào)節(jié)的特定通路,提供了更好的線索理解疾病的分子異質(zhì)性。 這為更好地分層患者和精準(zhǔn)醫(yī)療開辟了可能。Hook PW等[36]取胚胎期第15.5 天與出生后第7 天的腦組織,對多巴胺能神經(jīng)元、黑質(zhì)神經(jīng)元進(jìn)行測序,擬時序分析構(gòu)建細(xì)胞軌跡,使用基因差異表達(dá)分析、基因集富集分析、加權(quán)基因共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)分析、全基因組關(guān)聯(lián)研究(genome-wide association studies,GWAS)揭示了多巴胺能神經(jīng)元13 種亞型, 證實了缺失突觸活性帶蛋白1 基因(Complexin-1 gene,cplx1)的小鼠黑質(zhì)紋狀體通路受損。 α-突觸核蛋白基因(synuclein alpha gene,SNCA)、PDZ 鋅指結(jié)構(gòu)域4 基因(PDZ domain containing ring finger 4 gene,PDZRN4)、富亮氨酸重復(fù)激酶2基因(leucine rich repeat kinase 2 gene,LRRK2)等基因可能導(dǎo)致帕金森病(Parkinson disease,PD) 易感性。單細(xì)胞測序與擬時序分析為理解神經(jīng)系統(tǒng)疾病發(fā)生機(jī)制而提供了新的技術(shù)手段。

2.3 神經(jīng)系統(tǒng)疾病治療研究應(yīng)用

誘導(dǎo)干細(xì)胞分化為神經(jīng)細(xì)胞,是目前理論上認(rèn)為可以應(yīng)用于多種神經(jīng)系統(tǒng)疾病的一種替代療法,并且這些細(xì)胞可以從脂肪組織、臍帶血和骨髓等組織中獲得[37]。了解干細(xì)胞分化為神經(jīng)細(xì)胞過程的分子機(jī)制,有助于成功獲取神經(jīng)細(xì)胞,用于修復(fù)受損的神經(jīng)組織,有望促進(jìn)神經(jīng)損傷的治療。 Treutlein B 等[38]在研究小鼠胚胎纖維母細(xì)胞 (mouse embryonic fibroblasts,MEF) 誘導(dǎo)為神經(jīng)細(xì)胞過程中,取多個時間點的細(xì)胞,并對其進(jìn)行測序,用擬時序分析,揭示出分子重編路徑是連續(xù)的,轉(zhuǎn)錄因子Ascl1(achaete-scute family bHLH transcription factor 1)促進(jìn)MEF 退出細(xì)胞周期,向神經(jīng)細(xì)胞分化。 另一項類似研究,Wang J 等[39]誘導(dǎo)纖維母細(xì)胞分化為RGC, 對6 個時間點的細(xì)胞進(jìn)行測序建立文庫,6 個時間點分別是MEF 重編的第0 天、第2 天、第4 天、第7 天、第9 天、第13 天的細(xì)胞,構(gòu)建細(xì)胞分化軌跡,安排細(xì)胞擬時間值,確定在重編過程中顯著變化基因的表達(dá)模式, 誘導(dǎo)MEF 后迅速下調(diào)了與“血管生成”、“凋亡過程”、“正調(diào)控細(xì)胞增殖”和“細(xì)胞骨架組織”途徑有關(guān)的基因、神經(jīng)元功能基因,如參與“突觸傳遞”、“神經(jīng)元遷移”和“學(xué)習(xí)”的基因在重新編程的末期被激活。 揭示了3 個轉(zhuǎn)錄因子,Ascl1、POU4 同源異型盒2(POU class 4 homeobox 2,Brn3b) 和胰島素增強(qiáng)子結(jié)合蛋白1(insulin gene enhancer binding protein 1,Isl1)可以有效地將纖維母細(xì)胞轉(zhuǎn)化為RGC 樣神經(jīng)元 (RGC-like neurons,IRGC)。 Ascl1 和Isl1 的表達(dá)可以上調(diào)許多與神經(jīng)元發(fā)育和成熟有關(guān)的基因,Brn3b 抑制與 “骨骼系統(tǒng)發(fā)育”相關(guān)基因的表達(dá)。 Li H 等[40]誘導(dǎo)皮膚來源的纖維母細(xì)胞和肺來源的纖維母細(xì)胞分化為神經(jīng)細(xì)胞, 并對這2 類分化中的細(xì)胞進(jìn)行單細(xì)胞測序擬時序分析,揭示了纖維母細(xì)胞基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)中的幾個主要調(diào)控基因 [TWIST 家族bHLH 轉(zhuǎn)錄因子1 基因(twist family bHLH transcription factor 1 gene,TWIST1)、TWIST2、 配對相關(guān)同源框1 基因(paired related homeobox 1,PRRX1)和PRRX2]在肺成纖維細(xì)胞中顯著下調(diào),而在皮膚成纖維細(xì)胞中則沒有。 通過敲除這些基因和其他抑制神經(jīng)分化的基因[RE1 沉默轉(zhuǎn)錄因子基因(RE1 silencing transcription factor gene,REST)、 發(fā)狀分裂相關(guān)增強(qiáng)子1 基因 (hairy and enhancer of split 1,HES1) 和帶有YRPW 基序2 的HES相關(guān)家族bHLH 轉(zhuǎn)錄因子基因 (hes related family bHLH transcription factor with YRPW motif 2 gene,HEY2)],HEY2 和PRRX2 的聯(lián)合衰減顯著增強(qiáng)了由Ascl1 和p53 小發(fā)夾環(huán)RNA (p53 small hairpin RNA,p53 shRNA)誘導(dǎo)的人皮膚纖維母細(xì)胞的轉(zhuǎn)分化。 高表達(dá)Ascl1,敲除p53、HEY2 和PRRX2 (ap2p2),可促使人皮膚纖維母細(xì)胞在14 d 內(nèi)高效轉(zhuǎn)分化為微管相關(guān)蛋白2(microtubule associated protein 2,MAP2)神經(jīng)元。這可以為神經(jīng)損傷替代治療提供有價值的細(xì)胞來源。

3 小結(jié)與展望

單細(xì)胞RNA 測序、 擬時序分析已成為研究神經(jīng)科學(xué)領(lǐng)域的有力工具,其促進(jìn)了對神經(jīng)組織發(fā)育過程中關(guān)鍵基因變化的認(rèn)識,為探索神經(jīng)系統(tǒng)疾病發(fā)生的機(jī)制提供重要的參考,為相關(guān)疾病的基因靶向治療提供了重要理論基礎(chǔ),以及為神經(jīng)疾病替代治療和藥物篩選研究提供了有價值的細(xì)胞來源。然而單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測序和擬時序分析主要應(yīng)用在動物模型中的神經(jīng)細(xì)胞生長發(fā)育,對阿爾茨海默病、PD、肌萎縮性側(cè)索硬化等神經(jīng)退行性疾病研究較少,并且單細(xì)胞測序技術(shù)仍有很多地方需要改進(jìn),例如測序的深度和背景噪聲,以及目前沒有一個最佳擬時序算法來處理測序數(shù)據(jù),準(zhǔn)確描繪細(xì)胞軌跡。相信在不遠(yuǎn)的將來,隨著技術(shù)不斷改進(jìn),單細(xì)胞RNA 測序、擬時序分析能為神經(jīng)退行性疾病提供更多獨特見解。

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NF-κB介導(dǎo)線粒體依賴的神經(jīng)細(xì)胞凋亡途徑
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