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豬瘟病毒快速檢測方法研究進(jìn)展

2023-03-05 13:01:04申秋平王麗群莊林林
現(xiàn)代畜牧獸醫(yī) 2023年7期
關(guān)鍵詞:核酸豬瘟靈敏度

申秋平,王麗群,曹 霞,莊林林

( 江蘇農(nóng)林職業(yè)技術(shù)學(xué)院,江蘇 鎮(zhèn)江 212400 )

豬瘟是由豬瘟病毒(classical swine fever virus,CSFV)感染引起的一種急性、熱性、高度接觸性傳染病。CSFV為單股正鏈RNA病毒,與牛病毒性腹瀉病毒1型(BVDV-1)和2 型(BVDV-2)、羊邊界病病毒(BDV)等同屬于黃病毒科瘟病毒屬,基因組全長約1.25 kb,編碼一個(gè)開放閱讀框,其5'和3'端各有一個(gè)非編碼區(qū)(UTRs)。CSFV目前已被分為3種基因型(1型、2型和3型)[1],并可進(jìn)一步分為11個(gè)亞型(1.1、1.2、1.3、1.4、2.1、2.2、2.3、3.1、3.2、3.3 和3.4)。CSFV可引起家豬和野豬感染,并可在豬群之間快速傳播。豬瘟已被列為需向世界動物衛(wèi)生組織通報(bào)的疫病,我國也將其列為一類傳染病。近年來,隨著養(yǎng)豬業(yè)快速發(fā)展,CSFV不斷變異,導(dǎo)致經(jīng)典豬瘟向非典型、溫和型豬瘟等演變,同時(shí)臨床中存在多種病原混合感染,提高了臨床診斷難度?;诖?,本文綜述了當(dāng)前國內(nèi)外CSFV 快速檢測方法的研究進(jìn)展,以期為我國獸醫(yī)工作者快速精準(zhǔn)診斷及科學(xué)防控豬瘟提供參考。

1 基于血清學(xué)的快速檢測方法

1.1 免疫層析試紙條方法

抗體檢測是目前畜禽疫病快速診斷和防控措施的重要組成部分。由于目前監(jiān)測抗體(Abs)的方法費(fèi)時(shí)、價(jià)格較高且需要進(jìn)行細(xì)胞培養(yǎng)和病毒操作,Xu等[2]以CSFV E2蛋白為標(biāo)記抗原開發(fā)了一種免疫層析試紙用于快速檢測CSFV Abs,該試紙檢測血清中CSFV Abs 的靈敏度可達(dá)1∶128 000,且與其他豬病毒的Abs 無交叉反應(yīng)。為實(shí)現(xiàn)CSFV 即時(shí)檢測,Sambandam 等[3]利用CSFV 1.1 單克隆抗體開發(fā)的免疫層析方法可檢測到樣品中低至36.8 TCID50/mL的CSFV;且與PCR相比,該方法的敏感性和特異性分別為80.36%和87.10%。此外,為提高E2蛋白與CSFV抗體之間的親和力,Bai等[4]基于Bac-to-Bac桿狀病毒系統(tǒng)表達(dá)的重組E2 蛋白開發(fā)了免疫層析試紙法,靈敏度可達(dá)1∶102 400。

1.2 酶聯(lián)免疫吸附試驗(yàn)法

酶聯(lián)免疫吸附試驗(yàn)(enzyme-linked immunosorbent assay,ELISA)是將已知的抗原或抗體吸附在固相載體表面,使酶標(biāo)記的抗原抗體在載體表面進(jìn)行反應(yīng)的一種方法。Cao等[5]基于重組CSFV E2蛋白開發(fā)了一種固相阻斷酶聯(lián)免疫吸附試驗(yàn)方法(solid-phase blocking ELISA,spbELISA)以特異性檢測豬血清中的CSFV 抗體,結(jié)果表明,spbELISA法可快速檢測接種CSFV C株的豬的抗體水平,且適用于大規(guī)模篩選。鑒于基于CSFV全長E2蛋白的ELISA無法區(qū)分抗CSFV和抗BVDV抗體,Ji等[6]構(gòu)建了一種涵蓋抗原域B、C、D、A(E2B、C、D、A)的重組CSFV E2蛋白,并以此建立了一種增強(qiáng)的間接ELISA方法。使用該方法未觀察到抗BVDV血清的交叉反應(yīng),并顯示出較高的敏感性(93.7%)和特異性(92.3%)。

使用活體標(biāo)記疫苗進(jìn)行接種是有效控制疫情的重要途徑,但該方案的實(shí)施需以可區(qū)分感染動物和接種疫苗動物(DIVA)為基礎(chǔ)。由于保護(hù)性免疫反應(yīng)的誘導(dǎo)多依賴針對CSFV E2蛋白的病毒中和抗體,因此優(yōu)選DIVA 策略是基于對受感染豬群中Erns特異性抗體的檢測?;诖?,Meyer等[7]開發(fā)了一種Erns雙抗原ELISA以區(qū)分CSFV標(biāo)記疫苗和野毒株,與常規(guī)CSFV E2 抗體ELISA 相比,該方法可更早地檢測到血清中的抗體,且靈敏度和特異性分別達(dá)90.2%、93.8%。

為縮短CSFV 檢測時(shí)間并簡化步驟,Conlan 等[8]開發(fā)了一種以免疫磁珠(immunomagnetic bead,IMB)為固相載體的抗原捕獲ELISA(IMB-ELISA)方法;結(jié)果表明,IMBELISA的分析靈敏度比常規(guī)ELISA高64倍,靈敏度和特異性均為100%,該方法支持目視判斷,且比常規(guī)ELISA更易操作。此外,為實(shí)現(xiàn)經(jīng)濟(jì)且可靠地檢測CSFV抗體,趙少若等[9]通過制備E2 蛋白單克隆抗體建立了一種CSFV 阻斷ELISA 方法。結(jié)果表明,豬瘟疫苗免疫2 周后即可使用該方法檢測到相應(yīng)的抗體,且與BVDV無交叉反應(yīng)。

1.3 化學(xué)發(fā)光檢測法

化學(xué)發(fā)光檢測法是基于化學(xué)反應(yīng)產(chǎn)生的光輻射而進(jìn)行分析的一種方法,具有靈敏度高、選擇性好、速度快、線性范圍寬等優(yōu)點(diǎn)。麻園等[10]以E2蛋白為包被抗原建立了一種CSFV 化學(xué)發(fā)光抗體檢測法,該方法可在20 min內(nèi)完成血清中的CSFV 抗體檢測,且具有良好的特異性和重復(fù)性。為驗(yàn)證CSFV 化學(xué)發(fā)光競爭ELISA 抗體檢測試劑盒的應(yīng)用效果,徐璐等[11]通過對2 200份血清樣本進(jìn)行檢測,結(jié)果表明,所用試劑盒與進(jìn)口試劑盒具有高度一致性,且與病毒中和試驗(yàn)結(jié)果接近完全一致。

1.4 生物傳感器方法

隨著生物、物理、化學(xué)等多學(xué)科技術(shù)的融合創(chuàng)新,生物傳感器因其速度快、靈敏度高、特異性強(qiáng)等優(yōu)點(diǎn)已越來越多地應(yīng)用于病原微生物快速檢測[12]。其中,磁致彈性(magnetoelastic,ME)傳感器是基于磁致伸縮原理、利用兩個(gè)不同磁場交叉產(chǎn)生應(yīng)變脈沖信號以測量位置的一種傳感器。Guo 等[13]利用抗CSFV IgG 構(gòu)建了一種可快速檢測CSFV 的高敏ME 生物傳感器,該傳感器的諧振頻率可隨CSFV 濃度的增加而增加,檢測限可達(dá)0.6 mg/L,且在0~2.5 mg/L的范圍內(nèi)共振頻率移動與濃度呈線性比例。為進(jìn)一步提升CSFV檢測能力,該團(tuán)隊(duì)還基于E2蛋白開發(fā)了一種無線ME生物傳感器[14],檢測限達(dá)到2.466 μg/L,為E2抗體檢測提供新的可選工具。

2 基于核酸的快速檢測方法

2.1 基于逆轉(zhuǎn)錄PCR的方法

逆轉(zhuǎn)錄PCR(reverse transcription PCR,RT-PCR)是結(jié)合RNA 的逆轉(zhuǎn)錄和cDNA 的PCR 反應(yīng)的技術(shù)。目前已發(fā)表的研究主要基于CSFV 5' UTR、E2 糖蛋白基因以及NS非結(jié)構(gòu)性蛋白基因等設(shè)計(jì)通用檢測及分型引物。CSFV、非典型豬瘟病毒(APPV)和非洲豬瘟病毒(ASFV)給世界養(yǎng)豬業(yè)造成了巨大的經(jīng)濟(jì)損失。Liu等[15]建立了一種可同時(shí)檢測上述3 種病毒的多重RT-PCR 方法,該方法對ASFV、CSFV和APPV具有高特異性、敏感性和可重復(fù)性,檢測CSFV 的靈敏度為6.34×10 copies/μL。Rajkhowa等[16]建立了一種可同時(shí)檢測CSFV、豬圓環(huán)病毒2 型(PCV2)和豬細(xì)小病毒(PPV)的三重PCR 方法,該方法靈敏度可達(dá)300 pg/反應(yīng),為豬DNA和RNA病毒混合感染快速檢測提供方法參考。

巢式PCR(nested PCR,nPCR)作為PCR 的衍生技術(shù),通過兩對引物進(jìn)行兩輪PCR 反應(yīng)實(shí)現(xiàn)對靶標(biāo)高靈敏度和特異性檢測。魏淑英等[17]根據(jù)CSFV Alfort、Brescia和C株基因組序列設(shè)計(jì)兩對引物建立了一種逆轉(zhuǎn)錄nPCR(RTnPCR)方法,該方法可快速檢測待檢樣品中的CSFV。吳旭錦等[18]建立的RT-nPCR 方法檢測限達(dá)6.7×10-5ng/L。胡建和等[19]開發(fā)的nPCR 實(shí)現(xiàn)了CSFV、BVDV 和BDV 快速鑒別。此外,為縮短檢測時(shí)間,Barlic-Maganja等[20]通過RT-PCR擴(kuò)增CSFV RNA后在微孔板中與捕獲探針雜交,并通過ELISA 對產(chǎn)物進(jìn)行比色檢測和區(qū)分,建立的RTPCR-ELISA法比常規(guī)RT-PCR靈敏度高100倍,且具有良好的特異性。

2.2 基于熒光定量PCR的方法

熒光定量PCR(quantitative real-time PCR,qPCR)技術(shù)以快速、靈敏、特異等優(yōu)點(diǎn)已廣泛應(yīng)用于微生物鑒定、基因表達(dá)分析等研究。通過將RNA 先逆轉(zhuǎn)錄成cDNA 或直接在反應(yīng)體系中加入逆轉(zhuǎn)錄酶,即可實(shí)現(xiàn)RNA 快速定量檢測。趙建軍等[21]使用CSFV 通用引物和野毒株特異性TaqMan探針,建立的qPCR方法檢測限低至10 copies/μL,并在108~101范圍內(nèi)具有良好的線性關(guān)系,此外使用該方法可在表現(xiàn)出豬瘟臨床癥狀前3~4 d檢出CSFV。Zheng等[22]利用SYBR green I 建立的雙重qPCR 方法可同時(shí)檢測CSFV 和豬圓環(huán)病毒3 型(PCV3),并表現(xiàn)出較高的靈敏度、特異性和可重復(fù)性。Ning等[23]基于NS2基因建立了一種高分辨率熔解曲線分析方法,可用于同時(shí)檢測和區(qū)分CSFV 疫苗株和石門株。為加快核酸擴(kuò)增及提高檢測能力,Wernike 等[24]評估了高速qPT-PCR 在檢測CSFV 中的應(yīng)用性能。結(jié)果表明,高速qPT-PCR 的靈敏度為200 copies/μL,但不同PCR儀的反應(yīng)時(shí)間和靈敏度略有不同。Liu等[25]基于引物-探針能量轉(zhuǎn)移建立了一種qPCR方法以用于CSFV 高效檢測。該方法檢測限可達(dá)20 copies/反應(yīng),并具有高特異性和可重復(fù)性,通過熔解曲線分析可準(zhǔn)確區(qū)分CSFV野毒株和疫苗株。

為優(yōu)化逆轉(zhuǎn)錄反應(yīng)以提高RT-qPCR 的靈敏度,Podgórska等[26]通過比較不同的逆轉(zhuǎn)錄酶、熱條件和引物組合,發(fā)現(xiàn)使用SuperScript Ⅱ酶、非酰胺和反向、基因特異性引物可獲得最佳的逆轉(zhuǎn)錄效果。與使用AMV酶與隨機(jī)六聚體的方法相比,該組合可將RT-PCR 的靈敏度提高近1 000 倍。此外,為便于快速采樣,Petrini 等[27]通過采集感染后不同時(shí)間的口腔液和血清進(jìn)行檢測,結(jié)果表明使用RT-qPCR 可從口腔液中檢測到CSFV 的概率與血樣相同甚至更高。為進(jìn)一步簡化樣本處理過程,Nishi等[28]開發(fā)了一種免核酸提取的多重RT-qPCR 以同時(shí)檢測ASFV、CSFV和豬內(nèi)源基因,使用血清和組織勻漿作為樣本時(shí),該方法均顯示出良好的敏感性和特異性??紤]到5' UTR 作為CSFV檢測單一靶標(biāo)的局限性,Leifer等[29]使用NS5A基因作為靶標(biāo),并與β-肌動蛋白檢測系統(tǒng)聯(lián)用建立了一種RT-qPCR 方法。試驗(yàn)結(jié)果表明,該方法檢測結(jié)果可靠且獨(dú)立于5' UTR,為CSFV精準(zhǔn)檢測及實(shí)驗(yàn)室排除5' UTR擴(kuò)增產(chǎn)物污染提供了工具支持。

2.3 環(huán)介導(dǎo)等溫?cái)U(kuò)增方法(loop-mediated isothermal amplification,LAMP)

LAMP 是2000 年由Notomi 等[30]發(fā)明的一種核酸擴(kuò)增技術(shù)。該技術(shù)的特點(diǎn)是針對靶基因的6個(gè)區(qū)域設(shè)計(jì)4條擴(kuò)增引物(其中兩條為長引物),在鏈置換DNA 聚合酶的作用下,60~65 ℃、60 min 內(nèi)可擴(kuò)增出109~1010個(gè)靶序列,具有擴(kuò)增效率高、支持目視判斷等優(yōu)點(diǎn)。Chen 等[31]基于CSFV 5' UTR開發(fā)的RT-LAMP 方法可在65 ℃、60 min內(nèi)完成檢測,該方法檢測限可達(dá)5 copies/反應(yīng),并顯示出比RT-PCR 和病毒分離更高的檢測率。Yin 等[32]建立的RTLAMP 方法可在50 min 內(nèi)完成CSFV 檢測,且靈敏度和實(shí)際檢測性能均優(yōu)于常規(guī)RT-PCR。

為實(shí)現(xiàn)LAMP 結(jié)果可視化,Zhang 等[33]在反應(yīng)體系中加入SYBR Green I,可根據(jù)反應(yīng)前后顏色變化進(jìn)行判斷,并實(shí)現(xiàn)與RT-qPCR 相當(dāng)?shù)臋z測性能。Zhang 等[34]應(yīng)用SYBR Green I 建立的可視化LAMP 方法靈敏度達(dá)5 copies/反應(yīng),并可特異性檢測CSFV疫苗株(HCLV)。此外,鑒于免疫層析試紙條簡單、快速、現(xiàn)場檢測等優(yōu)勢,Chowdry 等[35]結(jié)合LAMP 與免疫層析試紙建立了一種可用于CSFV 快速檢測的方法,使用試紙可在2~5 min 內(nèi)讀取擴(kuò)增結(jié)果,分析靈敏度約為100 copies/反應(yīng)。

2.4 基于重組酶的核酸擴(kuò)增方法

重組酶聚合酶擴(kuò)增(recombinase polymerase amplification,RPA)是近年來發(fā)展的一種核酸等溫?cái)U(kuò)增技術(shù),可在37~42 ℃恒溫條件下實(shí)現(xiàn)對靶序列快速擴(kuò)增,具有反應(yīng)條件溫和、擴(kuò)增效率高等優(yōu)點(diǎn)。楊俊等[36]基于CSFV 5'端UTR 設(shè)計(jì)引物和exo 探針,建立的實(shí)時(shí)熒光RPA 方法可在30 min 內(nèi)完成CSFV 檢測,針對CSFV 重組質(zhì)粒的檢測限為8.3×102copies/μL,且具有良好的特異性。Tu 等[37]開發(fā)了一種基于熒光探針的實(shí)時(shí)反轉(zhuǎn)錄重組酶介導(dǎo)核酸擴(kuò)增方法(real-time reverse transcription recombinase-aided amplification,rRT-RAA),該方法對CSFV 表現(xiàn)出良好的特異性和可重復(fù)性,靈敏度達(dá)2 TCID50/反應(yīng),與RT-qPCR 方法的重合率為98.5%。同時(shí),rRT-RAA結(jié)果可通過藍(lán)光成像儀直接肉眼觀察。

為區(qū)分CSFV 野毒株和疫苗株,Zhang 等[38]聯(lián)合RTRAA 和CRISPR/Cas13a 建立的快速診斷方法檢測限可達(dá)3.0×102copies/μL。同時(shí),通過引入加熱未提取的診斷樣品以滅活核酸酶處理方法,敏感性比抗原ELISA 高100倍。薛俊欣等[39]基于Cas13a建立的RAA-Cas13a方法將檢測靈敏度提高至102copies/μL,并具有良好的特異性和可重復(fù)性。

2.5 微陣列方法

基因微陣列是近年來發(fā)展的一種分子技術(shù),可通過成千上萬個(gè)DNA 片段密集排列于硅片、玻片或尼龍膜等固相載體上,在特定條件下與樣品靶序列雜交,通過熒光顯微鏡等設(shè)備獲取圖像后進(jìn)行信息分析,該技術(shù)具有高效率、高通量等優(yōu)勢,適于大規(guī)模檢測。Xia等[40]開發(fā)了一種基于四重PCR的微陣列方法,可一步法區(qū)分CSFV野毒株和疫苗株、ASFV 以及APPV;該方法對CSFV 野毒株和疫苗株的檢測限分別為6.98 和6.92 copies/μL。為快速準(zhǔn)確鑒別CSFV 的3 種基因型,Kim 等[41]開發(fā)了一種CSFV DNA芯片方法,擴(kuò)增產(chǎn)物與芯片上的探針進(jìn)行雜交后通過熒光掃描進(jìn)行檢測;該方法檢測限可達(dá)1 TCID50/100 μL,且檢測結(jié)果與序列分析結(jié)果一致。為實(shí)現(xiàn)多重檢測,王溫田等[42]將生物素標(biāo)記PCR 產(chǎn)物后與基因芯片進(jìn)行特異性逆向點(diǎn)雜交,通過芯片掃描實(shí)現(xiàn)對病原的檢測和分析。結(jié)果表明,目標(biāo)核酸與芯片雜交后可顯示明顯的陽性信號,且重復(fù)性良好。

2.6 其他快速檢測方法

絕緣等溫PCR(insulated isothermal PCR,iiPCR)是利用反應(yīng)容器下的單一熱源,通過瑞利-貝納德對流產(chǎn)生溫度梯度的一種PCR 方法。Lung 等[43]基于逆轉(zhuǎn)錄iiPCR(iiRT-PCR)技術(shù),采用POCKIT?核酸分析儀檢測來自目標(biāo)特異性熒光標(biāo)記探針的光學(xué)信號,實(shí)現(xiàn)對CSFV 高靈敏度和特異性的檢測。此外,iiRT-PCR 法可從病毒接種2 d后的血清中檢出CSFV,顯示出其具有早期診斷應(yīng)用價(jià)值。

G-四聚體DNA 酶已成為可視化DNA 檢測的重要可選工具。Lu 等[44]聯(lián)合比色G-四聚體DNA 酶與依賴核酸序列的擴(kuò)增方法(nucleic acid sequence-based amplification,NASBA)建立了一種可目視檢測CSFV 石門株和HCLV 株的方法,該方法可在3 h 內(nèi)檢測到血清中低至10 copies/mL 的CSFV。隨著RNA 原位雜交方法的發(fā)展,病毒RNA 分子在培養(yǎng)細(xì)胞或組織切片中的定量、定位和可視化成為研究致病性的重要手段。Zhang 等[45]設(shè)計(jì)CSFV 和β-actin 探針,建立了一種RNA 原位雜交方法可監(jiān)測RNA 在感染細(xì)胞中的相對位置,該方法可特異性檢測CSFV 1.1、2.1、2.2 和2.3 亞型,且最早可在感染后0.5 h檢測到病毒RNA。此外,為提高CSFV檢測效率并簡化步驟,Ning 等[46]設(shè)計(jì)了一種DNA 序列共軛修飾的金納米(CSFV-AuNP)探針以實(shí)時(shí)檢測CSFV,修飾的DNA 序列能夠特異性識別和捕獲CSFV RNA 并產(chǎn)生熒光信號以實(shí)現(xiàn)定量分析。

3 展望

鑒于目前豬瘟越來越多地表現(xiàn)為非典型、溫和型以及混合感染等復(fù)雜形式,實(shí)驗(yàn)室檢測已成為豬瘟確診的重要輔助手段。多種檢測方法中,病毒分離培養(yǎng)結(jié)果準(zhǔn)確,但煩瑣費(fèi)時(shí),難以滿足病原確認(rèn)的時(shí)效性需求。基于免疫學(xué)和核酸的檢測方法具有方便快速、方案設(shè)計(jì)靈活多樣等優(yōu)勢,已成為常用的CSFV檢測方法,但免疫學(xué)檢測方法敏感性有待提高,且具有一定的滯后性。基于核酸的檢測方法快速、靈敏、特異,且病毒核酸可以在宿主感染后更早地被檢測到,但目前以PCR為代表的核酸技術(shù)或依賴存在安全威脅的電泳試驗(yàn),或需使用成本較高的試劑及儀器,難以推廣至資源條件有限的用戶。等溫?cái)U(kuò)增技術(shù)為核酸檢測提供新的工具支持,但目前在引物(探針)設(shè)計(jì)、反應(yīng)體系成熟度等方面仍存在一定局限性,且綜合性能(包括靈敏度、特異性及可重復(fù)性等)仍有待提升。隨著多學(xué)科技術(shù)的發(fā)展與融合創(chuàng)新,期待未來能夠出現(xiàn)更多簡單快速、成本可控且用戶友好的新興技術(shù)以更好地滿足即時(shí)檢測、欄邊檢測以及超多重檢測等多樣化需求。

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