徐 藝,姚 月,余 良*
(1.哈爾濱醫(yī)科大學(xué)附屬第二醫(yī)院 肝膽胰外科,黑龍江 哈爾濱 150001;2.香港大學(xué) 病理學(xué)系,香港 999077)
外泌體是由細(xì)胞分泌至胞外的納米級囊泡。近年來,隨著研究逐漸深入,外泌體被認(rèn)為是細(xì)胞生命活動中的“多余物質(zhì)”的偏見逐漸消除[1]。目前,有關(guān)外泌體的“信使”作用、疾病進展作用、生物標(biāo)志物作用以及載藥工具等的研究逐漸興起。然而,這些探索是以完成穩(wěn)定、高效、高純度的外泌體分離提取為前提的。這也是當(dāng)前制約該領(lǐng)域進展的重要技術(shù)難題。Tang等[2]對同一樣品實施不同的提取方案,得到的外泌體中有588個共存交集的miRNA和200個僅在各自方案中存在的miRNA,說明不同的提取方案所得的外泌體存在純度差異??陀^上,外泌體的平均直徑、內(nèi)容物、功能及來源也增加了外泌體提取工作的難度[3]。
目前,普遍認(rèn)為外泌體是通過內(nèi)體途徑形成的細(xì)胞外囊泡的一個亞類,直徑約30~150 nm[4]。在電鏡下,外泌體由于在樣本制備過程中脫水塌陷而呈現(xiàn)出典型的茶托樣形態(tài),呈扁球狀[4-5]。其表面存在獨特的跨膜標(biāo)志蛋白CD63,CD9等常用于對所提取的外泌體進行鑒定[6]。依據(jù)外泌體的大小、形態(tài)、表面標(biāo)志物等特征,超速離心法、超濾法、親合法等外泌體提取方法被應(yīng)用在不同研究場景中。本文對目前主要的外泌體提取方法的基本原理、優(yōu)勢及缺陷、技術(shù)進展等進行歸納與總結(jié),旨在為研究者提供參考借鑒。
Johnstone等[7]首次在網(wǎng)織紅細(xì)胞培養(yǎng)基中提取外泌體時采用了超速離心法。經(jīng)過不斷改進,目前超過80%的研究者選擇超速離心法提取外泌體[8]。超速離心法以不同的離心力或離心時間循環(huán),逐步淘汰較大的顆粒,最終得到底部沉淀的外泌體,主要分為2個步驟,首先以中低速離心去除死亡細(xì)胞、細(xì)胞碎片、大型囊泡的沉淀,然后以100 000 g離心分離得到外泌體沉淀[9]。超速離心法因不受分離試劑污染,外泌體獲取量較大,方法相對成熟而受青睞。但是此方法的重復(fù)性較差,外泌體易結(jié)塊,且可能造成外泌體損傷[10]。增加離心時間會顯著增加外泌體的獲取量,但當(dāng)時間超過4 h后,外泌體的完整性會被破壞,并且可溶性蛋白雜質(zhì)含量會升高[11]。
密度梯度離心法可視為更精確的超速離心法。當(dāng)沉降系數(shù)差別不顯著時,超速離心法效果不好,此時密度梯度離心法的優(yōu)勢突顯。通常以蔗糖為介質(zhì)構(gòu)建由上層液面到底部逐漸增加的密度梯度層,外泌體在離心力作用下最終會駐留在與之相似的密度層面,一般介于1.10~1.18 g/mL[12]。該方法的優(yōu)勢在于所得外泌體幾乎不含干擾蛋白,但其原理決定了篩選結(jié)果為某一類密度近似的囊泡,不可避免地會降低純度[13]。此外,該方法與超速離心法同樣存在設(shè)備昂貴、長時間的離心作用影響外泌體的結(jié)構(gòu)與功能等缺點。
考慮上述提取方法的應(yīng)用限制,超濾法有望起到部分替代作用,即通過膜孔截留直徑大于200 nm的粒子,漏過直徑小于20 nm的微小囊泡,并通過加壓或短時間低速離心等方式加速此過程。該方法在處理大量樣本時有優(yōu)勢,可通過設(shè)計膜孔的直徑來選擇特定大小的囊泡,常應(yīng)用于超速離心法的輔助環(huán)節(jié)[9,14],但難以避免外泌體通過膜孔時遭受到切割擠壓損傷。切向流過濾法改進了超濾技術(shù)的結(jié)構(gòu),將樣本液體的主要流動方向由垂直于濾過膜改為平行于濾過膜,避免了外泌體損傷,同時最大程度降低了膜孔堵塞,增加了濾膜的使用壽命[15]。通過循環(huán)反復(fù)過濾可獲得更高純度的外泌體,可應(yīng)用于外泌體的工業(yè)化制備。Gao等[16]對比了超濾法與ExoQuick-TC(以聚合物沉淀法為原理的外泌體提取試劑盒)提取脂肪組織的外泌體的質(zhì)量參數(shù),發(fā)現(xiàn)二者在促進成纖維細(xì)胞增殖遷移能力方面沒有明顯區(qū)別,但超濾法所得的外泌體蛋白質(zhì)含量更高。Shu等[17]將超濾法和尺寸排阻色譜聯(lián)合用于色素細(xì)胞瘤細(xì)胞系中提取外泌體。Xiang等[18]為解決尿液外泌體提取時樣本量稀疏的難題,采用了超濾聯(lián)合親合法(TiO2),可以在20 min內(nèi)收集高質(zhì)量的外泌體??傊?,超濾法最初由于簡便快速而受到研究者的關(guān)注,又由于過濾孔直徑的可設(shè)計性被進一步開發(fā)應(yīng)用。
體積排阻色譜法(Size-exclusion Chromatography,SEC)同樣是依據(jù)外泌體的尺徑/體積特性通過分離基質(zhì)分離不同體積的顆粒,即經(jīng)PBS洗脫后,大體積的分子或顆粒無法進入分離基質(zhì)而直接從快速通道提前流出,而外泌體因體積小可以進入既定設(shè)計的固相分離基質(zhì)中,并在其中移動更長的距離發(fā)生相對滯留,因而與前者存在流出時間差,以此分離提取外泌體[19]。其原理已相對成熟,更新的技術(shù)點主要在于分離基質(zhì)的選擇。Xu等[20]評估了若干商用SEC分離株提取外泌體的效率,發(fā)現(xiàn)SepharoseCL-4B基質(zhì)的分離效率與分離質(zhì)量最佳。Guo等[21]證實了SepharoseCL-6B基質(zhì)分離蛋白血清外切體的效果優(yōu)于CL-4B和CL-2B基質(zhì)。此外,值得關(guān)注的是,SEC在提取脂肪細(xì)胞來源外泌體方面表現(xiàn)突出。由于脂肪細(xì)胞的組織或細(xì)胞上清液富含脂質(zhì)而影響外泌體的密度,常規(guī)的提取方案往往不甚理想,SEV聯(lián)合超速離心可高效率提取脂肪組織或細(xì)胞來源外泌體[22]。SEV僅受重力作用而移動,外泌體結(jié)構(gòu)幾乎不受損傷,所得產(chǎn)物純度高且不受雜質(zhì)影響,最先進入外泌體提取試劑盒的商業(yè)化領(lǐng)域。但是,該方法可能摻雜一些尺寸類似的囊泡[23],同時也面臨洗脫液對樣品的稀釋效應(yīng),需要使用者關(guān)注。
親和法針對外泌體表面特有的抗原,通常選擇外膜表面的高豐度蛋白(如四跨膜蛋白超家族、ESCRT復(fù)合體相關(guān)蛋白等[24])以固相抗體吸附外泌體表面抗原提取外泌體。從原理上來看,此方法獲取外泌體的特異性最強[25],甚至可通過選擇特殊的抗體對不同來源的外泌體加以分選,因此在基于外泌體的疾病診斷平臺中具有廣闊應(yīng)用前景[26]。Ning等[27]使用該方法通過抗體與外泌體表面蛋白CD81相互作用,直接從血漿中提取外泌體,在動物模型中發(fā)現(xiàn)在SARS-CoV-2 感染1 d后即可通過血漿外泌體檢測到陽性結(jié)果。Nakai等[28]利用親合法以外泌體結(jié)合分子Tim4蛋白分離外泌體,將固定在磁珠上的Tim4與外泌體表面的磷脂酰絲氨酸從樣品中提取出來。該方案的提取效率顯著高于超速離心法。研究表明,在提取血清外泌體時可獲取同樣的RNA量[29]。相對于超速離心法,親合法只需要其總樣本量的1/6,耗時僅為其1/16[30]。但是,外泌體的生物學(xué)功能是否受抗體影響有待進一步探討,且獲取的外泌體的保存條件比較苛刻,限制了其廣泛應(yīng)用。
聚合物的共沉淀法又稱“沉淀法”,其原理為通過聚乙二醇(Polyethylene Glycol,PEG)“劫持”外泌體表面的水分子,降低外泌體溶解度,從而易于沉降分離[31]。該方法最早用于提取病毒,因外泌體與病毒大小相似而沿用至今[32]。樣品需首先與分子量為8 000 Da的PEG在4 ℃下孵育8~16 h,然后以低速離心或者過濾的方式完成提取。該方法操作簡單,獲取率非常高,對樣本的體積量幾乎沒有要求,因此在各類研究中的適用性高[29]。Coughlan等[33]探究了超速離心法和聚合物共沉淀法提取人血漿外泌體的效率,發(fā)現(xiàn)后者的速度為前者的6倍,等體積下產(chǎn)量為前者的2.5倍。許多商業(yè)化的外泌體提取試劑盒采用該原理進行外泌體收集,如System Biosciences (Palo Alto, CA, USA)公司的外泌體快速提取試劑盒(ExoQuickTM)等。沉淀法所得外泌體的純度較低,原因是一些可溶蛋白以及其他的細(xì)胞外囊泡的表面也存在水分子,在該技術(shù)路線下可能污染最終提取的外泌體。Martínez-Greene J等[34]創(chuàng)建了共沉淀法與SEC聯(lián)合應(yīng)用的工作流程,提高了外泌體提取的純度與數(shù)量,說明共沉淀法聯(lián)合其他方案具備更好的臨床應(yīng)用前景。
外泌體活躍于細(xì)胞間,廣泛參與病理生理過程。目前,外泌體的生成、靶細(xì)胞攝取外泌體等過程尚未完全揭示,已知的外泌體的功能與調(diào)控機制可能僅是“冰山一角”。甚至在稍早一些的研究中,“外泌體”這一名詞的使用存在不規(guī)范之處,并未與凋亡小體等囊泡完全區(qū)分。與其他領(lǐng)域研究不同的是,外泌體研究的第一步——提取外泌體必須穩(wěn)定、精確,但尚無一種可以勝任所有研究或應(yīng)用場景的外泌體提取方案。最理想的技術(shù)方案應(yīng)該是高純度、無損傷、低成本的,甚至能滿足不同種類細(xì)胞外囊泡的篩選。顯然,目前的技術(shù)方案仍在朝著這個方向努力,外泌體的標(biāo)準(zhǔn)化提取流程仍在不斷改進。這對穩(wěn)定控制外泌體質(zhì)量以及精準(zhǔn)計算外泌體的定量,確切分析外泌體在細(xì)胞間通信的作用至關(guān)重要。