陳蘭蘭,陳榮榮,原夢雪,張銘,王安琪,李莉
山西中醫(yī)藥大學(xué) 山西太原 030024
變應(yīng)性鼻炎(Allergic rhinitis,AR)是機(jī)體接觸過敏原后由IgE介導(dǎo)的鼻黏膜非感染性慢性炎癥,通常以鼻癢、打噴嚏、流清水涕、鼻塞等為主要就診表現(xiàn),在耳鼻喉科較為常見且多發(fā)[1]。在中國,約有1.9億成人和2.2億兒童患有變應(yīng)性鼻炎,占中國總?cè)丝诘?3.26%和15.79%,而全球患病率也高達(dá)10%~40%[2-3]。受環(huán)境因素和生活習(xí)慣的影響,變應(yīng)性鼻炎的發(fā)病數(shù)量也逐年增多,給患者的工作效率、生活質(zhì)量等產(chǎn)生了很大的負(fù)面影響,此外,變應(yīng)性鼻炎治療不當(dāng)還可引起哮喘的發(fā)作和影響其控制[4],為此變應(yīng)性鼻炎在全球公共衛(wèi)生隱患中受到極大關(guān)注。
麻黃附子細(xì)辛湯出自張仲景的《傷寒論》,可達(dá)到溫經(jīng)解表、宣肺散寒、扶正祛邪的作用,方中麻黃可發(fā)汗解表;附子可有溫經(jīng)通脈、助陽散寒之效;細(xì)辛能夠散寒解表、宣通鼻竅[5]。據(jù)相關(guān)文獻(xiàn)表明[6],麻黃附子細(xì)辛湯能夠升高AR大鼠血漿中IFN-γ含量,降低IL-13含量,以達(dá)到恢復(fù)Th1/Th2免疫失衡狀態(tài)的效果,提示了麻黃附子細(xì)辛湯可以對變應(yīng)性鼻炎起到良好的免疫調(diào)節(jié)作用。
網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)這一名詞由英國研究者Hopkins AL初次提出,它是基于系統(tǒng)生物信息學(xué),通過綜合運(yùn)用各類組學(xué)、網(wǎng)絡(luò)可視化等技術(shù)[7],建立“中藥復(fù)方成分-疾病-靶點(diǎn)”網(wǎng)絡(luò),多成分、多靶點(diǎn)、系統(tǒng)性地對中藥復(fù)方治療疾病的分子機(jī)制進(jìn)行研究分析,對中藥復(fù)方配伍及中醫(yī)整體觀念的研究具有獨(dú)特的優(yōu)勢[8]。本研究采用網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)技術(shù)推測麻黃附子細(xì)辛湯醫(yī)治變應(yīng)性鼻炎的潛在分子機(jī)制,為后期相關(guān)研究提供理論依據(jù)和新的研究思路。
借助TCMSP數(shù)據(jù)庫,分別以“麻黃(Mahuang)”、“附子(Fuzi)”、“細(xì)辛(Xixin)”為關(guān)鍵詞,搜索出各中藥的所有活性成分以及各成分的口服生物利用度(OB)和藥物相似性(DL)。根據(jù)相關(guān)文獻(xiàn)[9],設(shè)定兩個(gè)閾值進(jìn)行篩選,即:OB≥30%、DL≥0.18,對搜索到的化合物進(jìn)行過濾。
利用TCMSP平臺,挑選得到候選活性化合物所對應(yīng)的潛在靶標(biāo),并將其輸入U(xiǎn)niProt平臺(http://www.uniprot.org/)中的UniProt知識庫(UniProt KB),設(shè)定物種為人,最后將查詢到的所有化合物活性成分靶點(diǎn)統(tǒng)一進(jìn)行標(biāo)準(zhǔn)化。
以“allergic rhinitis”作為檢索詞,分別在Dis-GeNET平臺(https://www.disgenet.org/)、OMIM數(shù)據(jù)庫(https://www.omim.org/)以及GeneCards數(shù)據(jù)庫(http://www.genecards.org/)進(jìn)行檢索,以獲得目前已知的與變應(yīng)性鼻炎相關(guān)的疾病靶點(diǎn)。根據(jù)相關(guān)文獻(xiàn)[10],score值越高則表示該靶標(biāo)與疾病的聯(lián)系越緊密,若得到的靶標(biāo)過多則按照score值>中位數(shù)的靶標(biāo)作為該疾病的潛在靶標(biāo)。
為明確變應(yīng)性鼻炎相關(guān)靶點(diǎn)與麻黃附子細(xì)辛湯潛在靶點(diǎn)的相互作用,利用R軟件程序包對疾病靶點(diǎn)與麻黃附子細(xì)辛湯中藥物活性成分預(yù)測靶點(diǎn)取交集并繪出韋恩圖。
以基因名的形式將篩選得到的關(guān)鍵靶點(diǎn)上傳到String平臺(https://string-db.org /),建立蛋白互作網(wǎng)絡(luò)圖(protein protein interaction,PPI),最后將獲得的PPI網(wǎng)絡(luò)圖導(dǎo)入Cytoscape軟件進(jìn)行拓?fù)鋵W(xué)分析。
借助基迪奧生物信息云平臺(OmicShare)(https://www.omicshare.com/),對藥物-疾病共同靶點(diǎn)進(jìn)行GO富集分析和KEGG信號通路分析,將結(jié)果按P值的大小排序,取前20條通路進(jìn)行可視化分析。
依托Cytoscape(3.8.0)軟件分別建立出麻黃附子細(xì)辛湯的活性成分-靶點(diǎn)網(wǎng)絡(luò)圖和麻黃附子細(xì)辛湯治療變應(yīng)性鼻炎的核心靶點(diǎn)-通路網(wǎng)絡(luò)圖。圖中的節(jié)點(diǎn)(node)是活性成分、靶點(diǎn)等,而節(jié)點(diǎn)與節(jié)點(diǎn)之間的連接則稱為邊(edge)。節(jié)點(diǎn)的大小及連接的線條代表節(jié)點(diǎn)之間的聯(lián)系,節(jié)點(diǎn)越大或線條連接得越多表示該節(jié)點(diǎn)越重要。
從PubChem平臺獲取麻黃附子細(xì)辛湯治療AR關(guān)鍵化合物的結(jié)構(gòu),再利用ChemOffice將其進(jìn)行優(yōu)化。在RCSB PDB平臺下載AR關(guān)鍵靶蛋白的分子結(jié)構(gòu),并利用PyMOL軟件去除水分子和無效小分子配體。依托AutoDock(1.5.6)工具和Vina進(jìn)行分子對接,獲得關(guān)鍵化合物與關(guān)鍵靶蛋白的對接效果,并將最佳構(gòu)象利用PyMOL工具進(jìn)行可視化展示。
在TCMSP平臺中共篩選出麻黃附子細(xì)辛湯的已知化學(xué)成分620種,包括麻黃363種,附子65種,細(xì)辛192種。在通過了以O(shè)B≥30%、DL≥0.18為篩選條件后,總共獲得了麻黃附子細(xì)辛湯52個(gè)活性成分,其中來源于麻黃23個(gè),附子21個(gè),細(xì)辛8個(gè),列出主要的中藥活性成分,內(nèi)容見表1。查詢出麻黃附子細(xì)辛湯蛋白靶點(diǎn)共計(jì)227個(gè),并將預(yù)測出的所有蛋白靶點(diǎn)名稱借助UniProt平臺(http://www.uniprot.org/)轉(zhuǎn)換為基因名。
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依托DisGeNET、OMIM以及GeneCards平臺,分別在上述數(shù)據(jù)庫的網(wǎng)頁檢索框中輸入關(guān)鍵詞“allergic rhinitis”后,得到的靶點(diǎn)個(gè)數(shù)分別為446、1、1034,匯總?cè)ブ睾螅玫?01個(gè)疾病靶點(diǎn)。將得到的301個(gè)疾病靶點(diǎn)與227個(gè)藥物活性成分靶點(diǎn)借助R軟件取交集并繪制韋恩圖(見圖1)。結(jié)果獲得30個(gè)藥物活性成分與疾病的共同靶點(diǎn),即:PTGS2、ADRB2、DPP4、PPARG、NOS2、BCL2、ICAM1、GSTP1、AHR、AKR1B1、VEGFA、PLAU、MMP9、MAPK1、HIF1A、IL1B、CCL2、CXCL8、IL2RA、PLAT、SERPINE1、IFNG、IL1A、PARP1、PPARA、SPP1、IL4、CHRM3、CAT、NOX1。將篩選得到的關(guān)鍵靶點(diǎn)以基因名的形式上傳到String平臺并進(jìn)行拓?fù)鋵W(xué)分析,獲得PPI網(wǎng)絡(luò)圖,見圖2。
圖2 PPI拓?fù)鋵W(xué)分析結(jié)果圖
圖3 生物過程(BP)
圖4 分子功能(MF)
圖5 細(xì)胞組成(CC)
借助基迪奧生物信息云平臺(OmicShare)(https://www.omicshare.com/)對麻黃附子細(xì)辛湯與變應(yīng)性鼻炎的30個(gè)共同靶點(diǎn)進(jìn)行基因本體功能(GO)富集分析和KEGG通路分析。將所得的結(jié)果根據(jù)P值的大小排列,并依次以排序前20項(xiàng)的條目形式列出生物學(xué)過程(Biological Process,BP)、分子功能(Molecular Function,MF)以及細(xì)胞組成(Cellular Component,CC),并依次繪出柱狀圖,見圖3-5。結(jié)果顯示,在藥物-疾病共同靶點(diǎn)上共富集的生物學(xué)過程17743條,分子功能過程18408條,細(xì)胞組成18579條。其中主要涉及的生物學(xué)過程有:細(xì)胞對外界刺激的反應(yīng)、細(xì)胞對化學(xué)刺激的反應(yīng)、細(xì)胞對有機(jī)物的反應(yīng)、炎癥反應(yīng)、對含氧化合物的反應(yīng)等;主要涉及的分子功能有:細(xì)胞因子活性、信號受體結(jié)合、受體配體的活性、受體調(diào)節(jié)器活性、細(xì)胞因子受體結(jié)合等;主要涉及的細(xì)胞組成有:細(xì)胞外間隙、胞外區(qū)部分、質(zhì)膜外側(cè)、富含ficolin-1的顆粒管腔、分泌顆粒等;在進(jìn)行藥物-疾病共同靶點(diǎn)KEGG通路分析后,共富集出197條通路,其中排名前20條的為:流體剪切力和動脈粥樣硬化、AGE- RAGE信號通路在糖尿病并發(fā)癥中的作用、IL-17信號通路、癌癥、美洲錐蟲病、Th17細(xì)胞分化、HIF-1信號通路等,見表2,將結(jié)果繪制成氣泡圖,見圖6。
圖6 KEGG前20條氣泡圖
圖7 麻黃附子細(xì)辛湯活性成分-靶點(diǎn)網(wǎng)絡(luò)圖
圖8 靶點(diǎn)-通路網(wǎng)絡(luò)圖
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依托Cytoscape(3.8.0)工具分別建立出麻黃附子細(xì)辛湯的活性成分-靶點(diǎn)圖和麻黃附子細(xì)辛湯治療變應(yīng)性鼻炎的核心靶點(diǎn)-通路網(wǎng)絡(luò)圖,見圖7-8。其中,麻黃附子細(xì)辛湯的活性成分-靶點(diǎn)圖中共有60個(gè)節(jié)點(diǎn)(node)和104條邊(edge),麻黃附子細(xì)辛湯治療變應(yīng)性鼻炎的核心靶點(diǎn)-通路網(wǎng)絡(luò)圖中共有51個(gè)節(jié)點(diǎn)和170條邊。
將PPI拓?fù)鋵W(xué)分析結(jié)果中5個(gè)節(jié)點(diǎn)度最高的靶蛋白(IL1B、VEGFA、PTGS2、HIF1A、ICAM1)與“麻黃附子細(xì)辛湯活性成分-靶點(diǎn)網(wǎng)絡(luò)圖”中的主要化合物kaempferol(山奈酚)、quercetin(槲皮素)、luteolin(木犀草素)、naringenin(柚皮素)分別依次在AutoDock(1.5.6)軟件中進(jìn)行分子對接驗(yàn)證。結(jié)果見表3。當(dāng)受體與配體的結(jié)合能<-5.0 kcal/mol時(shí)則表示分子與蛋白靶點(diǎn)之間具有較好的結(jié)合活性[11]。驗(yàn)證結(jié)果顯示,麻黃附子細(xì)辛湯主要活性成分與AR疾病關(guān)鍵靶點(diǎn)的結(jié)合活性在-5.7kcal/mol至-9.6kcal/mol之間,表明麻黃附子細(xì)辛湯主要活性成分與AR疾病關(guān)鍵靶點(diǎn)之間形成的構(gòu)象結(jié)構(gòu)較穩(wěn)定,具有較好的結(jié)合活性。另外,由表3可見,luteolin(木犀草素)與5個(gè)靶蛋白結(jié)合能最低,利用PyMOL軟件對木犀草素與核心靶蛋白的最佳結(jié)合構(gòu)象進(jìn)行可視化分析,見圖9。
表3 主要化合物與核心靶蛋白分子對接結(jié)果
圖9 木犀草素與核心靶蛋白對接圖
變應(yīng)性鼻炎屬于中醫(yī)“鼻鼽”“鼽嚏”等范疇,大量研究表明,運(yùn)用麻黃附子細(xì)辛湯治療變應(yīng)性鼻炎能取得一定的療效。方中麻黃是麻黃科植物的干燥草質(zhì)莖,麻黃的主要化學(xué)成分為生物堿、黃酮類、揮發(fā)油類等,具有平喘、發(fā)汗、利尿、抗炎抗過敏等作用[12],其中,麻黃中的水提物和乙醇提取物可抑制肥大細(xì)胞和嗜堿性粒細(xì)胞釋放組胺等化學(xué)介質(zhì),具有抗變態(tài)反應(yīng)的作用[13];現(xiàn)代藥理學(xué)研究顯示[14],附子具有強(qiáng)心、抗癌、抗炎等作用;細(xì)辛能夠抗病毒抗菌、抗炎鎮(zhèn)痛、免疫調(diào)節(jié)等,其中,細(xì)辛中的甲基丁香酚、芝麻脂素具有明顯的抗炎作用[15]。
本研究中藥物-疾病靶點(diǎn)網(wǎng)絡(luò)圖顯示,麻黃附子細(xì)辛湯治療AR的主要化合物依次為槲皮素、木犀草素、山柰酚、柚皮素、豆甾醇等。槲皮素是一種天然存在的多酚類黃酮化合物,它可以抑制組胺等化學(xué)介質(zhì)的產(chǎn)生,可以調(diào)節(jié)Th1/Th2的穩(wěn)定性,具有抗氧化、抗炎抗過敏以及免疫調(diào)節(jié)的作用,對相關(guān)的變應(yīng)性疾病有著廣泛的應(yīng)用[16]。木犀草素主要通過調(diào)節(jié)NF-κB、AP-1、STAT3等轉(zhuǎn)錄因子達(dá)到一定的抗炎作用,有研究表明木犀草素可通過調(diào)節(jié)變應(yīng)性鼻炎大鼠的 TLR4/NF-κB 信號通路和調(diào)整Th1/Th2 失衡狀態(tài)以改善鼻黏膜炎癥[17]。山奈酚可降低小鼠血清中的組胺、腫瘤壞死因子-α、IL- 8等,具有抗過敏作用[18]。柚皮素能顯著改善變應(yīng)性鼻炎大鼠的鼻黏膜組織,且能降低大鼠血清中IgE、IL4及IL5值,對變應(yīng)性鼻炎大鼠具有一定的保護(hù)作用[19]。在本研究中,我們發(fā)現(xiàn),在獲得的主要活性成分中,大多來源于麻黃,這可能與麻黃在研究變應(yīng)性鼻炎方面更為廣泛有關(guān)。在對得到的30個(gè)核心靶點(diǎn)進(jìn)行拓?fù)鋵W(xué)分析后顯示,VEGF-A、IL1B、PTGS2、HIF1A、等可能是麻黃附子細(xì)辛湯發(fā)揮治療AR作用的重要靶點(diǎn),其中血管內(nèi)皮生長因子A(VEGF-A)是VEGF家族中研究最多的一種,具有促進(jìn)血管生成、增加血管通透性、參與血管重塑以及促進(jìn)受損黏膜組織修復(fù)等作用[20],相關(guān)研究顯示,血管內(nèi)皮生長因子在變應(yīng)性鼻炎患者中有較高的表達(dá)[21],說明VEGF-A與變應(yīng)性鼻炎鼻黏膜重塑有關(guān)。IL1B基因中第5外顯子rs1143634使IL-1β分泌增加,而在變應(yīng)性鼻炎患者抗原激發(fā)后其鼻腔分泌物中IL-1β水平會顯著增高,亦有研究發(fā)現(xiàn)IL-1β與過敏性疾病的炎癥進(jìn)展呈現(xiàn)正相關(guān),這說明IL1B與變應(yīng)性鼻炎的炎癥有著密切的聯(lián)系[22-23]。綜上,麻黃附子細(xì)辛湯的多個(gè)核心靶點(diǎn)對變應(yīng)性鼻炎的炎癥狀態(tài)、鼻黏膜重塑、免疫調(diào)節(jié)等方面發(fā)揮作用。
通過富集分析,得出197條麻黃附子細(xì)辛湯與變應(yīng)性鼻炎相關(guān)的通路。其中流體剪切力和動脈粥樣硬化這一信號通路為麻黃附子細(xì)辛湯對變應(yīng)性鼻炎的第一作用通路,流體剪切力和動脈粥樣硬化與NF-κB炎癥信號的激活有關(guān)[24]。AGE-RAGE信號通路與神經(jīng)和外周血管的修復(fù)、再生密切相關(guān)[25],有研究報(bào)告,AGE-RAGEs影響著細(xì)胞的凋亡和增殖、參與細(xì)胞的氧化應(yīng)激反應(yīng)過程[26]。IL-17信號通路是變應(yīng)性鼻炎機(jī)制研究較多的通路之一,是由T輔助細(xì)胞(Th17)產(chǎn)生,可激活NF-κB、MAPKs等多種信號通路以誘導(dǎo)促炎趨化因子和細(xì)胞因子的表達(dá),在防御反應(yīng)、過敏性疾病以及自身免疫疾病中起著重要作用[27-28]。從富集結(jié)果來看,對麻黃附子細(xì)辛湯治療變應(yīng)性鼻炎的研究主要可以通過流體剪切力和動脈粥樣硬化、AGE-RAGE信號通路在糖尿病并發(fā)癥中的作用、IL-17信號通路、癌癥、美洲錐蟲病、Th17細(xì)胞分化、HIF-1信號通路等進(jìn)行。
在得到的分子對接結(jié)合能中,我們發(fā)現(xiàn)木犀草素與5個(gè)關(guān)鍵靶蛋白的總結(jié)合能最高,說明木犀草素可能是麻黃附子細(xì)辛湯治療AR的核心化合物。
借助網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)與分子對接技術(shù)對麻黃附子細(xì)辛湯治療AR的分子機(jī)制從多成分、多靶點(diǎn)、多信號通路進(jìn)行預(yù)測,為麻黃附子細(xì)辛湯治療變應(yīng)性鼻炎的作用機(jī)制提供了一定的理論依據(jù)和研究方向。但由于本研究主要借助相關(guān)網(wǎng)絡(luò)平臺信息,對獲得的結(jié)論還需通過相關(guān)實(shí)驗(yàn)進(jìn)行進(jìn)一步驗(yàn)證。