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復(fù)合雜合突變導(dǎo)致遺傳性蛋白C 缺陷癥一家系調(diào)查*

2023-10-11 09:41:46孫維杰徐琦煜王峰徐全軍周偉陳慧敏牧啟田寧波大學(xué)附屬第一醫(yī)院檢驗(yàn)科浙江寧波3500溫州醫(yī)科大學(xué)附屬第一醫(yī)院醫(yī)學(xué)檢驗(yàn)中心浙江溫州3505
臨床檢驗(yàn)雜志 2023年7期
關(guān)鍵詞:錯(cuò)義證者雜合

孫維杰,徐琦煜,王峰,徐全軍,周偉,陳慧敏,牧啟田(.寧波大學(xué)附屬第一醫(yī)院檢驗(yàn)科,浙江寧波 3500;.溫州醫(yī)科大學(xué)附屬第一醫(yī)院醫(yī)學(xué)檢驗(yàn)中心,浙江溫州 3505)

蛋白C(protein C,PC)作為機(jī)體內(nèi)重要的生理性抗凝物質(zhì),是一種維生素K 依賴性絲氨酸蛋白酶原,主要由肝細(xì)胞合成并以一種無(wú)活性酶原的形式釋放至血漿中[1]。PC 缺陷癥的診斷主要依靠實(shí)驗(yàn)室檢查,如PC 活性(PC:A)和PC 抗原(PC:Ag)的測(cè)定。包括PC、蛋白S(protein S,PS)以及抗凝血酶(antithrombin,AT)在內(nèi)的生理性抗凝蛋白缺陷是遺傳性易栓癥的主要病因。PC 缺陷癥導(dǎo)致的家族性易栓癥由Griffin 等[2]于1981 年首次報(bào)道,之后越來(lái)越多的研究證實(shí)PC 缺陷癥是易栓癥的高危因素。這類疾病的臨床表現(xiàn)主要以靜脈血栓栓塞為主,其中深靜脈血栓栓塞和肺栓塞最常見(jiàn)[3]。本研究旨在觀察并分析復(fù)合雜合突變導(dǎo)致遺傳性PC 缺陷癥家系的臨床特征以及PROC基因的突變情況。

1 資料與方法

1.1 病歷資料 先證者男,27 歲,2020 年12 月因“肩肋部疼痛2 d,咳嗽伴痰中帶血2 d”就診于溫州醫(yī)科大學(xué)附屬第一醫(yī)院。追問(wèn)有無(wú)出血史或血栓史,得知先證者1 年前曾因腸系膜靜脈血栓形成在寧波大學(xué)附屬第一醫(yī)院血管外科保守治療好轉(zhuǎn)后出院,出院后間斷口服利伐沙班進(jìn)行抗凝治療。常規(guī)凝血檢查示先證者PC:A 降至27%(參考區(qū)間70%~130%),初步診斷為PC 缺陷癥。其父母和妹妹肺動(dòng)脈造影及雙下肢深靜脈B 超檢查均未發(fā)現(xiàn)異常。本次住院時(shí)先證者及其家系成員均進(jìn)行血漿PC 水平及PROC基因檢測(cè)。選擇溫州醫(yī)科大學(xué)附屬第一醫(yī)院2020 年10 月至12 月就診且無(wú)肝腎功能異常,無(wú)出血及血栓史的體檢健康者100 例作為健康人對(duì)照,其中男53 例,女47 例,年齡16~60 歲(中位年齡32 歲)。所有受試者均簽署知情同意書(shū),并經(jīng)寧波大學(xué)附屬第一醫(yī)院醫(yī)學(xué)倫理委員會(huì)批準(zhǔn)(倫審2012-17)。該先證者家系圖譜見(jiàn)圖1。

圖1 遺傳性PC 缺陷癥家系圖

1.2 主要儀器及試劑 STA-Max 全自動(dòng)血凝儀(法國(guó)Stago 公司),DeNovix DS-11 超微量分光光度計(jì)(美國(guó)DeNovix 公司),ABI 2720 PCR 擴(kuò)增儀、ABI PRISM 3700 測(cè)序儀(美國(guó)Applied Biosystems 公司)。PT、APTT 和PC:A 凝血試劑(法國(guó)Stago 公司),DNA 提取試劑盒(北京天根生化科技公司)。

1.3 樣本采集和處理 采集先證者及家系成員就診時(shí)的空腹外周靜脈血2.7 mL,109 mmol/L 枸櫞酸鈉1 ∶9 抗凝,8 ℃、3 000 r/min 離心10 min,離心后上層乏血小板血漿立即用于檢測(cè)各項(xiàng)凝血指標(biāo);其余部分按照DNA 提取試劑盒說(shuō)明書(shū)提取外周血單個(gè)核細(xì)胞的基因DNA,并置于-40 ℃保存。

1.4 實(shí)驗(yàn)室表型檢測(cè) 按照STA-Max 全自動(dòng)血凝儀說(shuō)明書(shū),采用凝固法檢測(cè)血漿凝血酶原時(shí)間(prothrombin time,PT)、活化部分凝血活酶時(shí)間(activated partial thromboplastin time,APTT)、纖維蛋白原(fibrinogen,F(xiàn)ib)和PS 活性(PS:A),發(fā)色底物法檢測(cè)PC:A 和AT 活性(AT:A)。

1.5 DNA 提取及基因測(cè)序分析 提取先證者及家系成員基因組DNA,使用DS-11 超微量分光光度計(jì)檢測(cè)基因組DNA 的純度和濃度,取純度(A260nm/A280nm)約為1.8,濃度為50 ng/μL 的DNA 樣本,置于-40 ℃保存。PCR 擴(kuò)增先證者PROC基因(Gen-Bank:AF378903)所有外顯子及側(cè)翼序列,利用Primer-BLAST(https:/ /www.ncbi.nlm.nih.gov/tools/primer-blast/)設(shè)計(jì)引物,并由上海桑尼生物技術(shù)有限公司合成,引物序列見(jiàn)表1。PCR 反應(yīng)體系為25 μL,包括1×Taq PCR Master Mix 12.5 μL,雙蒸水7.5 μL,50 ng/μL DNA 模板3 μL,10 μmol/L 上、下游引物各1 μL。PCR 擴(kuò)增反應(yīng)條件:95 ℃預(yù)變性5 min;95 ℃變性30 s,根據(jù)不同引物的退火溫度相應(yīng)退火30 s,72 ℃延伸30 s,共30 個(gè)循環(huán);72 ℃延伸10 min。PCR 擴(kuò)增產(chǎn)物經(jīng)15 g/L 瓊脂糖凝膠電泳進(jìn)行特異性鑒定,紫外光下觀察為單一明亮條帶。電泳陽(yáng)性產(chǎn)物經(jīng)純化后送上海桑尼生物技術(shù)有限公司測(cè)序。

1.6 生物信息學(xué)分析 應(yīng)用多序列比對(duì)軟件ClustalX-2.1-win 對(duì)多種同源性物種氨基酸突變位點(diǎn)的保守水平進(jìn)行研究。同源性物種的氨基酸序列來(lái)源網(wǎng)址:http:/ /www.ncbi.nlm.nih.gov/homologene;使用在線生物信息學(xué)軟件PROVEAN(http://provean.jcvi.org/index.php)預(yù)測(cè)突變的致病性。

2 結(jié)果

2.1 凝血指標(biāo)檢測(cè)結(jié)果 先證者常規(guī)凝血指標(biāo)檢查PT、APTT、Fib、PS:A 及AT:A 均在參考區(qū)間內(nèi),D-二聚體(D-D)為6.22 mg/L,PC:A 降至27%。先證者的父親、母親和妹妹的PC:A 分別降低至67%、63%和60%。先證者及其家系成員實(shí)驗(yàn)室表型檢測(cè)結(jié)果見(jiàn)表2。

表2 遺傳性PC 缺陷癥家系成員表型和基因型檢測(cè)結(jié)果

2.2 基因測(cè)序結(jié)果 先證者PROC基因第7 號(hào)外顯子存在 c.541T >G 雜合錯(cuò)義突變導(dǎo)致p.Phe181Val和c.577-579delAAG 雜合缺失突變?yōu)閜.Lys192deletion,其父親為c.541T>G 突變雜合子,母親和妹妹為c.577-579delAAG 突變雜合子,外祖父為野生型,見(jiàn)圖2。

圖2 PROC 基因第7 號(hào)外顯子測(cè)序結(jié)果

2.3 生物信息學(xué)預(yù)測(cè)結(jié)果 保守性分析顯示,Lys192 和Phe181 在同源物種間高度保守(圖3);PROVEAN 軟件預(yù)測(cè)c.577-579delAAG 雜合錯(cuò)義突變和c.541T>G 雜合缺失突變均為有害突變,得分分別為-2.88 分和-4.67 分(得分≤-2.5 分為有害突變;>-2.5 分為中性突變)。

圖3 p.Lys192(A)和p.Phe181(B)位點(diǎn)保守性分析結(jié)果

3 討論

近年來(lái),隨著檢驗(yàn)技術(shù)和手段的進(jìn)步,PC 缺陷癥的發(fā)病率逐年升高,雜合子型攜帶者在人群中的發(fā)病率為1/500~1/200,而純合子型在人群中的發(fā)病率約為1/4 萬(wàn)~1/2.5 萬(wàn)[4]。截止至2023 年1 月,人類基因突變數(shù)據(jù)庫(kù)(Human Gene Mutation Database,HGMD)記錄了300 多個(gè)PROC基因突變,其中錯(cuò)義/無(wú)義突變占主要部分。本例先證者基因測(cè)序發(fā)現(xiàn)PROC基因第7 號(hào)外顯子存在c.541T>G 錯(cuò)義突變和c.577-579delAAG 缺失突變。c.541T>G 錯(cuò)義突變?cè)赿bSNP 數(shù)據(jù)庫(kù)中的編號(hào)為rs199469470,GnomAD-exome 數(shù)據(jù)庫(kù)、ExAC 數(shù)據(jù)庫(kù)以及ALFA 數(shù)據(jù)庫(kù)顯示此錯(cuò)義突變?cè)谌巳褐械耐蛔冾l率分別為0.000 052、0.000 025 及0.000 00。c.577-579delAAG 缺失突變?cè)贖GMD 公開(kāi)版數(shù)據(jù)庫(kù)中已有收錄該位點(diǎn)PC 缺陷癥的致病性報(bào)道(ID:CD004314)。臨床上根據(jù)PC 活性和抗原降低水平的不同,PC 缺陷癥分為兩種類型:Ⅰ型指PC 合成減少,即血漿PC 活性和抗原含量同步降低;Ⅱ型指合成了異常的PC 分子,即PC 活性水平降低,但抗原含量正?;蛟龈?。Ⅱ型又可以進(jìn)一步分為Ⅱa 型和Ⅱb 型;其中Ⅱa 型指抗原含量正常,抗凝活性及酰胺水解活性降低;Ⅱb型指抗原含量正常,抗凝活性下降[5]。約75%的PC 缺陷癥患者屬于Ⅰ型,是靜脈血栓形成公認(rèn)的危險(xiǎn)因素;Ⅱ型PC 缺陷癥約占24%,其中Ⅱb 型PC 缺陷癥十分罕見(jiàn)。多項(xiàng)文獻(xiàn)報(bào)道,c.541T>G 錯(cuò)義突變引起Ⅰ型PC 缺陷癥[6];c.577-579delAAG 缺失突變引起Ⅱ型PC 缺陷癥[6-7]。

本例先證者既往有血栓史,胸部CT 肺動(dòng)脈造影顯示肺栓塞,下肢靜脈造影提示下腔靜脈及右髂總靜脈、兩側(cè)髂內(nèi)靜脈血栓形成,PC:A 降至27%,PROC基因第7 號(hào)外顯子存在復(fù)合雜合突變,保守性分析結(jié)果顯示Phe181 和Lys192 位點(diǎn)在同源物種間均高度保守,表明該2 個(gè)位點(diǎn)氨基酸是PC 蛋白發(fā)揮正常作用的重要功能位點(diǎn);生物信息學(xué)軟件預(yù)測(cè)c.541T>G 錯(cuò)義突變和c.577-579delAAG 缺失突變均為有害突變,推測(cè)該復(fù)合雜合突變可能導(dǎo)致蛋白質(zhì)合成減少、穩(wěn)定性下降或分泌障礙,引起血漿PC 水平降低,是導(dǎo)致患者發(fā)生肺栓塞的重要原因之一。其他家系成員為單雜合突變且PC:A 略有降低,目前尚無(wú)血栓形成事件發(fā)生。結(jié)合本案例,先證者有腸系膜靜脈血栓史,應(yīng)引起臨床醫(yī)生的高度重視,對(duì)于無(wú)明顯誘因反復(fù)發(fā)作或發(fā)病年齡較低的靜脈血栓栓塞患者,應(yīng)進(jìn)行PC:A、PS:A 和AT:A 的普查以及血栓相關(guān)基因檢測(cè)(PROC基因、PROS1基因及SERPINC1基因)。確定存在生理性抗凝蛋白缺陷,則需進(jìn)一步對(duì)家系其他成員進(jìn)行相關(guān)基因篩查。PC 和PS 都屬于維生素K 依賴的蛋白質(zhì),對(duì)于遺傳性PC 缺陷癥患者推薦使用利伐沙班等新型抗凝藥物進(jìn)行治療,對(duì)于確診易栓癥的患者,建議終生抗凝治療以預(yù)防血栓性疾病的發(fā)生,對(duì)于未發(fā)生血栓形成事件的遺傳性PC 缺陷癥攜帶者,是否進(jìn)行抗凝治療來(lái)預(yù)防血栓栓塞,目前尚無(wú)定論。

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