史寶軍,陳劉平,張子奇,魏春陽,李姍姍,2,李軍委
(1.河北工業(yè)大學 機械工程學院 河北省機器人傳感及人機融合重點實驗室,天津 300130;2.電工裝備可靠性與智能化國家重點實驗室,天津 300132;3.河北工業(yè)大學廊坊分校 電子信息工程系,河北 廊坊 065000)
核酸體外擴增是分子生物學研究的基礎(chǔ),在體外以特定溫度下進行的基于酶促的DNA擴增反應被廣泛研究,許多裝置被開發(fā)以滿足擴增需求[1]。隨著科技的快速發(fā)展,設備的微型化、集成化和智能化已然成為一種趨勢[2,3]。微流體設備作為一種微反應器,表現(xiàn)出高效的傳質(zhì)傳熱效率、低樣品消耗、高度集成化的優(yōu)勢[4,5],可應用于食品檢測、生化分析等多個方面[6~8],是用來研究聚合酶鏈式反應(polymerase chain reaction,PCR)的有利工具。對于核酸擴增實驗而言,溫度的準確與否非常關(guān)鍵,如何準確測量和控制微流體實時溫度是一個重要問題。
微流體反應體系采用的溫控方式有閉環(huán)控制和開環(huán)控制,閉環(huán)控制精度較高,例如潘井宇等人[9]利用PID控制器設計了PCR 擴增熒光系統(tǒng),實現(xiàn)了對傳染病類的病原體(寨卡病毒)的檢測;李志剛等人[10]提出Bang-Bang 算法結(jié)合PID算法的復合算法,完成了血液中病毒核酸快速檢測。為實現(xiàn)微系統(tǒng)的集成化和小型化,有學者嘗試使用開環(huán)控制方法實現(xiàn)微流控體系下的溫度及控制和核酸擴增,例如Wu D等人[11]也通過開環(huán)控制去尋找PCR 的合適電壓,實現(xiàn)連續(xù)流動的PCR循環(huán);Liu C等人[12]設計了一種帶有集成隔離膜的等溫擴增器,利用熱電偶校正輸入電壓和溫度關(guān)系,使得后續(xù)實驗不再重復估計電壓和溫度模型。本課題組前期研究中,以供電電壓為參量,采用系統(tǒng)辨識[13]的方法對微流體實時溫度進行了較為精準的控制,并在微流體芯片中成功合成了針狀CsPbI3量子點。
考慮到環(huán)境溫度對溫控過程具有不可忽視的影響,本文提出一種基于多參數(shù)系統(tǒng)辨識的微反應系統(tǒng)開環(huán)控制方法,利用實驗采集得到的多維溫度數(shù)據(jù),考慮供電功率、環(huán)境初始溫度等參數(shù)對溫控系統(tǒng)的影響,對微流體溫控體系進行多參數(shù)系統(tǒng)辨識,得到溫度控制模型,開發(fā)了相應的溫度控制系統(tǒng),該系統(tǒng)基于不同工況下溫度傳感器采集的實時溫度數(shù)據(jù),利用上位機溫控模型的關(guān)鍵參數(shù)辨識,并根據(jù)下一輪數(shù)據(jù)采集來隨時修正溫控模型參數(shù),充分降低了外部環(huán)境和硬件老化或漂移帶來的干擾,保證了開環(huán)微流控系統(tǒng)溫控的魯棒性。最后,利用該系統(tǒng)完成了對鴨源性目的基因的恒溫擴增,充分驗證了此開環(huán)溫控系統(tǒng)的溫控性能的優(yōu)異性能。
如圖1(a)所示,基于多參數(shù)辨識的開環(huán)溫控系統(tǒng)包括外部供電模塊、基于STM32 的可調(diào)電壓控制器、加熱單元等,其中加熱單元由鋁制熱沉、金屬陶瓷發(fā)熱體(metal ceramics heater,MCH)和微流體芯片組成。微流體芯片利用軟光刻法制備,光刻膜使用SU—8 干膜,在聚二甲基硅氧烷(polydimethylsiloxane,PDMS)蓋片表面得到微米級通道,然后與載玻片進行鍵合得到微流控芯片。系統(tǒng)通過可調(diào)電壓控制模塊準確控制輸入電壓,從而控制MCH加熱片加熱微流體芯片。
圖1 微型開環(huán)溫控系統(tǒng)示意和實物
取圖1(a)所示的系統(tǒng)為研究對象,芯片內(nèi)部微流體與玻璃基底之間的傳熱僅為幾百毫秒,因此玻璃基底的溫度可表征微流體的實時溫度。為了獲得系統(tǒng)的準確加熱規(guī)律,通過可調(diào)電壓模塊改變MCH 加熱片兩端的電壓值,如圖2所示。可以看出,不同功率加熱片溫升特性都是相同的,本文取功率為10 W 的加熱片進行研究,溫升變化如圖2(b)所示,可以看出,隨著時間的改變,逐漸增大電壓輸入值,穩(wěn)態(tài)溫升值先快速上升,然后緩慢增加,直到達到穩(wěn)態(tài)值,可見系統(tǒng)穩(wěn)態(tài)溫升值主要受外部施加電壓的影響。
圖2 不同參數(shù)下溫控系統(tǒng)響應曲線
對圖1(a)溫控模塊的熱量傳遞進行簡化分析,如圖3所示,系統(tǒng)發(fā)熱元件為MCH 加熱片,其產(chǎn)生的熱量由鋁塊傳遞到石英玻璃,中間會經(jīng)過多次的熱量傳遞及時間延遲,熱量主要以溫度傳遞的形式表現(xiàn)出來。
圖3 微流體溫控模塊的熱量傳遞模型示意
圖3中,將MCH 氧化鋁(Al2O3)陶瓷加熱片本身的溫升系數(shù)記為k1,時間常數(shù)記為τ1;鋁塊和石英玻璃在熱量傳遞過程中的溫升系數(shù)分別記為k2、k3,時間常數(shù)分別記為τ2、τ3;由經(jīng)典控制理論可知,MCH加熱片、鋁塊和石英玻璃熱量傳遞過程分別符合一階慣性環(huán)節(jié)[14]。又由于鋁和石英傳熱速度遠遠大于PDMS,即τ1<τ2?τ3,則該溫控系統(tǒng)可整體近似等于一階慣性環(huán)節(jié)??紤]到系統(tǒng)為線性系統(tǒng),故記該系統(tǒng)的總的穩(wěn)態(tài)溫升系數(shù)值為K;也考慮鋁質(zhì)導熱片及石英玻璃的傳熱延遲,記系統(tǒng)總的響應時間為τ;MCH陶瓷加熱片作為系統(tǒng)的發(fā)熱元件,由圖2可知系統(tǒng)的響應時間和穩(wěn)態(tài)溫升值均是關(guān)于輸入電壓和初始溫度的函數(shù),綜合考慮整個開環(huán)溫控系統(tǒng)的熱量傳遞情況,系統(tǒng)的溫升加熱規(guī)律可以寫成式(1)
式中 K為開環(huán)溫控系統(tǒng)的穩(wěn)態(tài)溫升值,是關(guān)于輸入電壓U和室溫T0的函數(shù);τ為開環(huán)溫控系統(tǒng)的響應時間,是關(guān)于輸入電壓U和室溫T0的函數(shù)。
如前所述,多參數(shù)系統(tǒng)辨識系統(tǒng)控制模型的求解,本質(zhì)上是基于不同工況下溫度傳感器采集到的實時溫度數(shù)據(jù)來完成,下一輪數(shù)據(jù)的采集會對前一輪得到的溫控模型關(guān)鍵參數(shù)做出一定的修正,以避免外部環(huán)境和硬件老化或漂移帶來的自身系統(tǒng)特性的干擾。因此,多參數(shù)系統(tǒng)辨識是一個動態(tài)求解過程,此處提供該算例闡述多參數(shù)系統(tǒng)辨識的求解過程。
由式(1)可知,微型開環(huán)系統(tǒng)模型參數(shù)有穩(wěn)態(tài)溫升值K和響應時間τ,K和τ均為關(guān)于輸入電壓U和室溫T0的函數(shù),利用圖2(a)計算開環(huán)溫控系統(tǒng)在3,4,5,6 V時的穩(wěn)態(tài)溫升值K和響應時間τ,如表1所示。
表1 當初始溫度不同時,不同電壓的溫控系統(tǒng)穩(wěn)態(tài)溫升值及響應時間
為獲取不同電壓和初始溫度下系統(tǒng)的穩(wěn)態(tài)溫升值及響應時間準確的模型,對不同電壓和室溫下系統(tǒng)的穩(wěn)態(tài)溫升值K及響應時間τ的數(shù)據(jù)進行處理,如圖4所示。
圖4 系統(tǒng)電壓、室溫分別與響應時間和穩(wěn)態(tài)溫升值的模型
則系統(tǒng)響應時間τ與電壓U的模型關(guān)系如下
系統(tǒng)穩(wěn)態(tài)溫升值K與電壓U的模型關(guān)系如下
式(2)和式(3)模型的線性擬合度均在99%,經(jīng)過多次重復性驗證,辨識參數(shù)的誤差不超過1%,由式(1)可知,系統(tǒng)的溫升模型如下
則開環(huán)微流控溫度控制系統(tǒng)的實時目標溫度模型為
式中 Td為目標溫度,T0為實驗環(huán)境的室溫,td為達到目標溫度所需的時間,U為MCH加熱片兩端施加的電壓值。
特別地,當多參數(shù)系統(tǒng)辨識求解得到的關(guān)鍵參數(shù)的相對差值在1%之內(nèi)時,停止進行對系統(tǒng)關(guān)鍵參數(shù)的下一輪修正。
微型開環(huán)加熱系統(tǒng)電路如圖5 所示,采用負溫度系數(shù)(negative temperature coefficient,NTC)熱敏電阻(型號:10—D9)將溫度變化轉(zhuǎn)化為電阻變化,通過壓分電路將電阻變化轉(zhuǎn)化為數(shù)字數(shù)據(jù),然后在單片機內(nèi)實現(xiàn)模/數(shù)(analog to digital,A/D)轉(zhuǎn)換。通過自行設計的半橋脈寬調(diào)制(pulse width modulation,PWM)電路,單片機驅(qū)動MCH加熱片實現(xiàn)溫度控制。同時單片機控制Pt100 溫度傳感器測量溫度值,電風扇用于加熱片散熱。最后使用串口通信,上述電路可以通過上位機控制和監(jiān)測。
圖5 以STM32 為核心的開環(huán)溫控系統(tǒng)電路
系統(tǒng)下位機設計采用編程語言為C語言的Keil開發(fā)環(huán)境。如圖6所示,微流控溫控系統(tǒng)的上位機可以通過參數(shù)辨識得到加熱系統(tǒng)穩(wěn)態(tài)溫升值k 和響應時間τ 參數(shù),更新溫控系統(tǒng)目標溫度Td模型,得到實時溫度曲線。如圖6(b),首先打開相應的串口接收實時數(shù)據(jù),點擊辨識規(guī)律,實現(xiàn)微流體溫控系統(tǒng)的實時溫度模型的更新。然后輸入目標溫度值Td和期待的反應時間td,點擊開始,上位機得到實時溫度響應曲線。設置采集數(shù)據(jù)方便保存數(shù)據(jù)。
圖6 系統(tǒng)上位機流程和操作界面
多酶恒溫核酸快速擴增(multienzyme isothermal rapid amplification,MIRA)技術(shù)是一種在恒溫條件下高效完成的核酸擴增反應[15],通過在恒溫39 ℃下使基因片段擴增,檢測結(jié)果能夠可視化判別。為了驗證該開環(huán)實時溫度控制方法的可行性與有效性,采用MIRA 技術(shù)對鴨肉中提取的DNA模板進行擴增,利用顯微鏡觀察檢測結(jié)果處于熒光狀態(tài),證明溫度控制的準確性。
反應試劑盒(安普未來生物科技有限公司,常州,中國)包括干粉管、緩沖液(Buffer)A和Buffer B、正對照引物探針混合物、正對照模板。實驗時,在干粉管加入29.4 μL 的Buffer A、2.5 μL的Buffer B、4.6 μL的正對照引物探針混合物、11.5 μL的ddH2O和2 μL的正對照模板,充分混合,等待使用。
擴增實驗在實驗室內(nèi)進行。實驗室室溫為27 ℃,設置期待的反應時間td為245 s。利用圖1(b)搭建的系統(tǒng)將配置好的反應液分散成液滴[16],并在顯微鏡下觀察,拍攝暗場圖片,如圖7(a)所示;將芯片轉(zhuǎn)移到恒溫加熱控制系統(tǒng),加熱20 min,在暗場下拍攝熒光圖片,如圖7(b)所示??梢钥闯?,液滴發(fā)出強烈熒光,表明目的基因片段成功擴增,采用多參數(shù)辨識的方法成功將溫度維持在39 ℃(±0.1 ℃),證明了該微流體溫控系統(tǒng)采用多參數(shù)系統(tǒng)辨識的開環(huán)溫度控制方法的可行性與有效性。
圖7 利用MIRA技術(shù),對鴨源DNA恒溫擴增前后的對比
本文采用多參數(shù)系統(tǒng)辨識的方法獲得了微流體系統(tǒng)準確的加熱規(guī)律,基于模型的方法控制核酸擴增反應溫度。建立了基于STM32的開環(huán)微流體溫控的實時監(jiān)測系統(tǒng),研究了上位機隨時辨識溫控系統(tǒng)的主要參數(shù),更新了系統(tǒng)加熱模型,有效解決了開環(huán)溫控系統(tǒng)不穩(wěn)定性所帶來的系統(tǒng)干擾,為核酸擴增反應提供了穩(wěn)定而準確的溫度。結(jié)果證明,該系統(tǒng)方法可靠,可重復性強,在核酸檢測中有廣闊的應用前景。