摘"要:【目的】""分析新疆地方蕪菁種質(zhì)資源的遺傳多樣性,為蕪菁新品種的研發(fā)及蕪菁產(chǎn)品的開發(fā)應(yīng)用提供依據(jù)。
【方法】""以74份新疆地方蕪菁種質(zhì)資源為材料,分別利用形態(tài)學(xué)性狀和SSR分子標(biāo)記分析營養(yǎng)生長期的表型性狀鑒定和遺傳多樣性。
【結(jié)果】""74份蕪菁種質(zhì)資源的主要質(zhì)量性狀具有豐富的變異,其變異系數(shù)為14.1%~421.1%,數(shù)量性狀的變異系數(shù)為7.9%~31.6%。株高、株幅與葉長、葉寬、葉柄長均成顯著相關(guān)或極顯著相關(guān)。肉質(zhì)根縱徑和肉質(zhì)根橫徑與單根重呈極顯著相關(guān)。在歐氏距離為15時可將供試材料分為4個類群,第一類主要特征為子葉大、基生葉數(shù)多,肉質(zhì)根大,單根最重;第二類群小裂片對數(shù)較多,株高較高;第三類群葉片和株幅較大,單根重適中;第四類群子葉、葉片較小,株高較低,單根重較低。74份蕪菁資源分為三大類,大部分同一來源地的資源聚在一個類群中。
【結(jié)論】""新疆地方蕪菁種質(zhì)資源具有較豐富的遺傳多樣性。
關(guān)鍵詞:""蕪菁;表型性狀;SSR;遺傳多樣性
中圖分類號:"S631.3""""文獻標(biāo)志碼:"A""""文章編號:"1001-4330(2024)11-2601-13
0"引 言
【研究意義】蕪菁(Brassica rapa L.)屬十字花科(Cruciferae)蕓薹屬、蕓薹種、蕪菁亞種,二年生草本植物[1],以肥大肉質(zhì)根供食,其營養(yǎng)價值為根菜類之冠[2]。在我國蕪菁主要于西藏、青海、四川、新疆、內(nèi)蒙古、甘肅等?。▍^(qū))栽培。新疆蕪菁主要分布在喀什地區(qū)、和田地區(qū)和阿克蘇地區(qū)(柯坪縣)等地[3-4]。2021年柯坪縣蕪菁種植面積約為2 333 hm2(3.5萬畝)。因此,收集分析新疆地方蕪菁種質(zhì)資源,對研究其遺傳多樣性具有重要意義。【前人研究進展】作物種質(zhì)資源世界各國均極為重視[5]。目前關(guān)于蕪菁種質(zhì)資源多樣性的研究主要集中在形態(tài)學(xué)[6]、分子標(biāo)記[7]、營養(yǎng)品質(zhì)[8]等方面。趙孟良等[9]以126份蕪菁種質(zhì)資源為材料,分析了其地上部性狀的多樣性。韓睿等[10]分析了19份蕪菁種質(zhì)資源的地下部性狀遺傳多樣性,篩選出了3份優(yōu)異蕪菁種質(zhì)資源。李曉娟等[11]基于SSR分子標(biāo)記利用24對SSR引物獲得101個等位基因,較好的展現(xiàn)出50份蕪菁資源的遺傳多樣性。【本研究切入點】目前,無論從蕪菁表型性狀,還是分子水平對新疆地方蕪菁種質(zhì)資源遺傳多樣性分析的研究文獻較少。需分析新疆本地蕪菁種質(zhì)資源的遺傳多樣性?!緮M解決的關(guān)鍵問題】分析新疆地方蕪菁種質(zhì)資源的遺傳多樣性,篩選出優(yōu)異的地方蕪菁種質(zhì)資源,鑒定74份新疆地方蕪菁種質(zhì)資源營養(yǎng)生長期的表型性狀,結(jié)合SSR分子標(biāo)記分析新疆蕪菁資源多樣性,為培育新疆地區(qū)蕪菁新品種及開發(fā)蕪菁產(chǎn)品奠定基礎(chǔ)。"
1"材料與方法
1.1"材 料
供試材料為新疆農(nóng)業(yè)科學(xué)院農(nóng)作物品種資源研究所2021年新疆第三次全國農(nóng)作物種質(zhì)資源普查收集的74份蕪菁(恰瑪古)資源,74份蕪菁種質(zhì)資源為專業(yè)技術(shù)人員通過走訪、詢問、調(diào)查等方式收集,其中北疆的蕪菁資源主要來源于烏魯木齊市3份、塔城地區(qū)2份、博爾塔拉蒙古自治州(簡稱博州)1份、伊犁哈薩克自治州(簡稱伊犁州)1份;東疆的蕪菁資源主要來源于吐魯番市3份、哈密市1份;南疆的蕪菁資源主要來源于克孜勒蘇柯爾克孜自治州(簡稱克州)16份、喀什地區(qū)14份、和田地區(qū)10份、巴音郭楞蒙古自治州(簡稱巴州)13份和阿克蘇地區(qū)10份。南疆的蕪菁資源數(shù)量占新疆蕪菁資源總數(shù)量的85.14%。圖1
試驗于2022年在農(nóng)業(yè)農(nóng)村部植物新品種測試(烏魯木齊)分中心(87°56′N、45°56′E,海拔590 m)種植。試驗基地屬溫帶半干旱大陸性氣候,熱量資源相對豐富,試驗地土壤以灌耕灰漠土為主,土壤肥力中等,土質(zhì)以輕、中壤土為主。表1
1.2"方 法
1.2.1"試驗設(shè)計
采用育苗移栽的方法,于2022年3月27日育苗,5月10日移栽于新疆農(nóng)業(yè)科學(xué)院綜合試驗場農(nóng)業(yè)農(nóng)村部植物新品種測試(烏魯木齊)分中心基地內(nèi),7月10日收獲肉質(zhì)根。播種前基質(zhì)中拌入100 g/m3多菌靈粉末攪拌均勻。采用72穴的穴盤,裝好基質(zhì)的穴盤重疊擺放,由上至下稍壓實,壓出深度1.0~1.5 cm的穴窩,待播種用。選擇大小一致、籽粒飽滿、色澤光亮、無病蟲害的健康種子播種。待幼苗長出4~5片真葉時帶土移栽至大田,并做好田間管理。所有種質(zhì)資源采用隨機小區(qū)區(qū)組設(shè)計,共設(shè)2個重復(fù),每重復(fù)種植15株,株距0.3 m,行距0.5 m。"
1.2.2"表型性狀鑒定
蕪菁種質(zhì)資源表型性狀鑒定參照《根用和莖用芥菜種質(zhì)資源描述規(guī)范》[12]并略做修改。分別在第1片真葉完全展開時、肉質(zhì)根充分膨大期、肉質(zhì)根成熟收獲期等主要關(guān)鍵期調(diào)查性狀。共調(diào)查記錄31個主要表型性狀,包括13個數(shù)量性狀和18個質(zhì)量性狀。數(shù)量性狀的測定采用測量法和稱重法,質(zhì)量性狀的測定采用賦值法。表2
1.2.3"SSR分子標(biāo)記
1.2.3.1"DNA提取
采用CTAB法提取基因組DNA,利用培養(yǎng)皿發(fā)芽法,挑選大小一致、籽粒飽滿、色澤光亮、無病蟲害的健康種子50粒,采用1 g/L的高錳酸鉀溶液消毒10 min,用蒸餾水清洗數(shù)次,置于墊有2層濾紙的培養(yǎng)皿中,培養(yǎng)皿置于人工光照培養(yǎng)箱中,待幼苗子葉展開,取蕪菁幼苗新鮮組織約100 mg,冷凍研磨,取適量DNA稀釋為80 ng/μL濃度備用。"
1.2.3.2"引物篩選
選取田間性狀表現(xiàn)差異大的蕪菁材料,篩選從文獻或數(shù)據(jù)庫獲得的47對引物的多態(tài)性,淘汰無多態(tài)性和擴增條帶模糊不穩(wěn)定的引物,確定擴增效果好、條帶差異明顯的20對SSR引物用于材料多樣性分析。圖2,表3"
1.2.3.3"PCR擴增及產(chǎn)物檢測
利用已篩選出引物對提取到的DNA進行PCR擴增,擴增反應(yīng)在PCR儀上進行, 反應(yīng)體積為20 μL,擴增產(chǎn)物用8%變性聚丙烯酰胺凝膠電泳(PAGE)檢測,硝酸銀染色法染色,拍照并統(tǒng)計分析條帶。
1.3"數(shù)據(jù)處理
通過WPS2022軟件處理數(shù)據(jù),計算極大值、極小值、平均值、標(biāo)準(zhǔn)差和變異系數(shù)。采用SPSS20.0及origin2022軟件分析相關(guān)性和聚類。采用NTSYA2.0軟件分析蕪菁資源相似系數(shù)。
2"結(jié)果與分析
2.1"74份蕪菁種質(zhì)資源遺傳多樣性
研究表明,74份蕪菁主要質(zhì)量性狀變異豐富,其變異系數(shù)范圍為14.1%~421.1%,其中葉面蠟粉變異系數(shù)最大,高達421.1%;根肩形狀變異系數(shù)最小為14.1%;13個數(shù)量性狀的變異系數(shù)范圍為7.9%~31.6%,其中株幅的變異系數(shù)最小僅為7.9%,其他主要質(zhì)量和數(shù)量性狀均存在較大變異;葉面蠟粉(421.1%)、葉面刺毛(206.3%)和根地下部皮色(45.2%)具有較大的改良空間。數(shù)量性狀變異系數(shù)較小,葉長、葉寬、子葉寬和株幅遺傳特性較為穩(wěn)定,對其進行改良空間較小。表4
2.2"蕪菁種質(zhì)資源主要表型性狀相關(guān)性
研究表明,蕪菁株高、株幅與葉長、葉寬、葉柄長均呈顯著相關(guān)或極顯著相關(guān)。影響株幅的主要性狀是葉長(0.703**)和株高(0.679**),其次是葉柄長(0.248*)。影響株高主要是葉長(0.703**)和葉寬(0.364**),其次是葉柄長(0.243*)。葉片越長、葉片越寬、則葉片越大,株高越高,株幅越大,植株越散開。單根重與肉質(zhì)根縱徑(0.422**)、肉質(zhì)根橫徑(0.799**)均呈極顯著相關(guān)。肉質(zhì)根縱徑、肉質(zhì)根橫徑越大、根越大、單根重越重,單根重與其他相關(guān)性狀無顯著相關(guān)性。葉面褶皺程度與株高(0.679**)、葉長(0.703**)、葉緣波紋大小(0.335**)、株幅(0.270*)呈極顯著相關(guān)或顯著相關(guān)。即葉片越大、株高越高,葉緣波紋越大,葉面越褶皺。根肩形狀與肉質(zhì)根形狀呈極顯著負相關(guān)。肉質(zhì)根形狀越接近近球形或球形,根肩越凹,反之,肉質(zhì)根形狀越接近圓柱形或圓錐形,根肩越凸。表5
2.3"蕪菁種質(zhì)資源表型性狀的主成分
研究表明,按照特征值大于1的原則,總共提取11個主成分,影響蕪菁產(chǎn)量的前11個主成分包含了主要農(nóng)藝性狀總遺傳信息的72.15%,各主成分貢獻率分別為15.90%、9.14%、8.64%、7.49%、6.14%、4.92%、4.64%、4.42%、4.12%、3.46%和3.29%。主成分1的特征向量中載荷較高的為葉長和株高,特征向量分別為0.73和0.78。表現(xiàn)為葉片較長,株高較高,代表資源有阿圖什恰瑪古-2和阿克陶恰瑪古-14。主成分2的特征向量中載荷絕對值較高的主要性狀有肉質(zhì)根縱徑、肉質(zhì)根橫徑、單根重,代表資源有疏附恰瑪古、岳普湖恰瑪古。主成分3的特征向量中載荷絕對值較高的主要性狀有葉柄寬、根肉色,代表資源有若羌黃恰瑪古和若羌恰瑪古。主成分4的特征向量中載荷絕對值較高的主要性狀有子葉長、子葉寬,代表資源有綠皮恰瑪古和博湖黃色恰瑪古。主成分5的特征向量中載荷絕對值較高的主要性狀有葉面刺毛、肉質(zhì)根位置,代表資源有塔什庫爾干恰瑪古-1和阿克陶恰瑪古-7。主成分6的特征向量中載荷絕對值較高的主要性狀有葉頂端形狀、基生葉數(shù),代表資源有阿克陶恰瑪古和伊吾恰瑪古。主成分7的特征向量中載荷絕對值較高的主要性狀有根肩形狀、根地上部皮色,代表資源有阿克陶恰瑪古和阿克陶恰瑪古-7。主成分8的特征向量中載荷絕對值較高的主要性狀有葉色,代表資源有拜城恰瑪古-3和尉犁恰瑪古。主成分9的特征向量中載荷絕對值較高的主要性狀有葉緣波紋大小、根地上部皮色,代表資源有有葉城恰瑪古-1和柯坪恰瑪古-4。主成分10的特征向量中載荷絕對值較高的主要性狀有葉柄寬,代表資源有阿克陶恰瑪古-4和葉城恰瑪古-1。主成分11的特征向量中載荷絕對值較高的主要性狀有葉脈色、肉質(zhì)根位置,代表資源有阿克恰瑪古和紅蕪菁。表6,表7
2.4"蕪菁種質(zhì)資源表型性狀的聚類
研究表明,在歐氏距離為15時可將供試材料分為4個類群。第1類群包括2份資源,該類群子葉長為1.28 cm、子葉寬為1.36 cm,子葉最大,基生葉數(shù)最多,平均值為15.67,肉質(zhì)根縱徑和肉質(zhì)根橫徑較大,單根重質(zhì)量大,平均單根重量為1 085.8 g;第2類群包括67份資源,該類群小裂片對數(shù)最多,平均值為3.11,葉長,葉柄長和葉柄寬適中,但株高較高,為48.24 cm;第3類群包括1份資源,該類群葉片較長,葉寬較寬,其平均值分別為52.93和25.45 cm,葉柄長和葉柄寬均較大,株幅最大,平均值為74.45 cm,單根重量適中;第4類群包括4份資源,該類群子葉長較短,葉長和和寬較小,株高較矮,平均值為34.66 cm,單根重量最低為353.54 g。圖3"
2.5"SSR聚類分析
研究表明,供試蕪菁資源的相似系數(shù)在0.75~1.0。在遺傳相似系數(shù)為0.85時,可將74份蕪菁資源分為3大類群,第1大類群包含70份資源;第2大類群包含2份資源,為若羌黃恰瑪古、若羌恰瑪古;第3大類群包括2份資源,為洛浦恰瑪古、黃恰瑪古。第1大類又可分為6個亞類,第2亞類資源包含8份資源,第2亞類資源包含11份資源,第3亞類包含9份資源,第4亞類包含10份資源,第5亞類包含6份資源,第6亞類包含16份資源。
絕大部分資源在遺傳相似系數(shù)0.85時聚在一起。其中喀什恰瑪古、墨玉恰瑪古-1、墨玉恰瑪古-2的相似系數(shù)最高,為0.96,均來自南疆,3份資源農(nóng)藝性狀除株型、葉面褶皺、肉質(zhì)根地上部皮色有差異外,其他性狀無明顯差異。另外來源于和田地區(qū)的阿克恰瑪古和洛浦蕪菁-1,阿克蘇地區(qū)的新和恰瑪古-1和新和恰瑪古-2,克州的阿圖什恰瑪古-1和阿圖什恰瑪古-2的遺傳相似系數(shù)均為1,而且田間表型性狀均無顯著差異,3個地區(qū)的6份資源,應(yīng)該分別為姊妹系或者相同資源。圖4
3"討 論
3.1
植物表型多樣性是由外部環(huán)境和內(nèi)部基因共同影響的結(jié)果,表型性狀的鑒定和描述是種質(zhì)資源研究最基本的方法和途徑,具有直觀、簡便、易行的特點[13-15]。試驗基于表型性狀及SSR分子標(biāo)記對74份新疆地方蕪菁種質(zhì)資源遺傳多樣性進行分析,共調(diào)查測定了31個表型性狀,其中下胚軸顯色、葉形、葉面刺毛等質(zhì)量性狀受環(huán)境影響相對較小。
3.2
變異系數(shù)是反映種質(zhì)資源多樣性的一個重要指標(biāo)。孫繼等[6]對15份蕪菁資源進行形態(tài)性狀多樣性分析,發(fā)現(xiàn)所調(diào)查的性狀變異系數(shù)在10.65%~84.8%,表現(xiàn)出了形態(tài)多樣性。趙孟良等[9]對126份蕪菁種質(zhì)資源地上部表型的多樣性進行分析,結(jié)果表明蕪菁葉片呈現(xiàn)出豐富的多樣性,其中多樣性指數(shù)最高的為葉片絨毛。試驗研究中對18個質(zhì)量性狀和13個數(shù)量性狀的變異系數(shù)進行分析,質(zhì)量性狀具有豐富的變異,變異系數(shù)為14.1%~421.1%,其中葉面蠟粉變異系數(shù)最大,高達421.1%;根肩形狀變異系數(shù)最小為14.1%;數(shù)量性狀的變異系數(shù)為7.9%~31.6%,其中株幅的變異系數(shù)最小僅為7.9%。前人研究表明,變異系數(shù)越大,種質(zhì)資源越豐富[16]。試驗中74份蕪菁資源絕大部分性狀變異系數(shù)較大,為優(yōu)異種質(zhì)資源篩選創(chuàng)造了條件。
3.3
農(nóng)藝性狀相關(guān)性分析、主成分分析和聚類分析等多元化的數(shù)據(jù)分析方法可通過大量數(shù)據(jù)的處理,反映性狀的表達規(guī)律及優(yōu)勢。韓睿等[10]結(jié)合主成分分析、相關(guān)性分析、隸屬函數(shù)分析、聚類分析及遺傳多樣性指數(shù)對19份蕪菁資源進行地下部性狀的遺傳多樣性分析,結(jié)果表明不同蕪菁資源具有豐富的遺傳多樣性。研究中對74份蕪菁資源進行相關(guān)性分析,結(jié)果表明各性狀間存在不同程度的相關(guān)性。其中,株高、株幅與葉長、葉寬和葉柄長均呈顯著相關(guān)或極顯著相關(guān),單根重與肉質(zhì)根縱徑(0.422**)、肉質(zhì)根橫徑(0.799**)呈極顯著相關(guān)。葉面褶皺程度與株高(0.679**)、葉長(0.703**)、葉緣波紋大?。?.335**)和株幅(0.270*)呈極顯著相關(guān)或顯著相關(guān)。
3.4
趙孟良等[17]通過對257份菊芋資源的20個指標(biāo)進行分析,得出前7個主成分的累計貢獻率達到了66.794%。試驗中對74份蕪菁資源的31個性狀進行主成分分析,按照特征值大于1的原則,總共提取到了11個主成分,包含了主要農(nóng)藝性狀總遺傳信息的72.15%。后續(xù)進行蕪菁優(yōu)質(zhì)資源篩選時可以將這些主成分因子作為篩選條件。
3.5
楊平等[18]對收集的47份蕪菁種質(zhì)資源利用SSR分子標(biāo)記技術(shù)對其遺傳多樣性進行研究,通過聚丙烯酰胺凝膠電泳篩選出15對條帶清晰、擴增良好的引物序列,并通過聚類分析可以將資源分為3大類;李曉娟等[11]用篩選出的24對SSR引物較好的表現(xiàn)出了50份蕪菁的遺傳多樣性。對74份蕪菁資源的31個性狀數(shù)據(jù)標(biāo)準(zhǔn)化處理后進行聚類分析,在歐氏距離為15時可將供試材料分為4個類群。同時利用SSR分子標(biāo)記手段輔助表型性狀鑒定,通過選用20對引物對所有資源進行親緣關(guān)系分析,結(jié)果表明大部分同一來源的資源均親緣較近。
4"結(jié) 論
4.1
18個主要質(zhì)量性狀具有豐富的變異性,其變異系數(shù)為14.1%~421.1%;13個主要數(shù)量性狀的變異系數(shù)為7.9%~31.6%。31個表型性狀相關(guān)系數(shù)為-0.467~0.855,其中影響株幅的主要性狀是葉長(0.703**)和株高(0.679**),影響單根重量的主要性狀是肉質(zhì)根縱徑(0.422**)和肉質(zhì)根橫徑(0.799**)。按照特征值大于1的原則,總共提取11個主成分,前11個主成分包含了主要農(nóng)藝性狀總遺傳信息的72.15%,蕪菁前11個主成分代表了蕪菁大部分性狀的遺傳信息。
4.2
74份蕪菁資源在歐氏距離為15時,可將供試材料分為4個類群,第1類群包含2份資源,第2類群包含67份資源,第3類群包含1份資源,第4類包含4份資源。在遺傳相似系數(shù)閾值為0.85時,可將供試材料分為3大類,其中第1類包含70份資源,第2類包含2份資源,第3類包含2份資源。
4.3
若羌黃恰瑪古、若羌恰瑪古、洛浦恰瑪古和博湖黃恰瑪古最為相似,分為1個組。黃恰瑪古和若羌恰瑪古、洛浦恰瑪古和黃恰瑪古分別聚到了1個類群中,無論從表型性狀還是SSR分子標(biāo)記結(jié)果,4份資源均最為相似。
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Genetic diversity analysis of major nutritional growth ""traits in 74 turnip germplasm resources
WANG Fan1,2,3, LI Yushan2,4, WANG Wei2,3, DENG Chaohong2,3, ""ZHAO Lianjia2,3, MA Yue1, XIAO Jing2,4, ZHUANG Hongmei5, Xu Hongjun1
(1. "College of Horticulture , Xinjiang Agricultural University, Urumqi 830052,China; 2. Institute of Crop Germplasm Resources, Xinjiang Academy of Agricultural Sciences, Urumqi 830091,China; 3.Xinjiang Ailinur Agricultural Technology Development Co., Ltd, Aksu Xinjiang 843600, China; 4.Urumqi Sub-Center for DUS Testing of New Varieties of Plants, MARA, Urumqi 830091, China; 5. Institute of Horticultural Crops, Xinjiang Academy of Agricultural Sciences, Urumqi 830091, China)
Abstract:【Objective】 ""To further understand the genetic diversity of local turnip germplasm resources in Xinjiang, which can provide a certain foundation for the development and application of new turnip varieties and turnip products.
【Methods】 """74 local turnip germplasm resources in Xinjiang were used as materials to determine 31 traits such as plant traits and fleshy root traits at different nutritional growth stages.Correlation analysis, principal component analysis, cluster analysis, and SSR molecular marker technology were used to analyze the genetic diversity of turnip resources.
【Results】 """The main quality traits of 74 turnip germplasm resources had rich variation, with a coefficient of variation range of 14.1% to 421.1%, and a coefficient of variation range of 7.9% to 31.6% for quantitative traits.A simple correlation analysis was conducted on quantitative traits. There was a significant or extremely significant correlation between plant height, plant width, and leaf length, leaf width, and petiole length.The longitudinal and transverse stems of fleshy roots were highly significantly correlated with single root weight.At an Euclidean distance of 15, the test materials could be divided into four groups.By using SSR molecular markers and selecting 20 pairs of primers with good amplification ability.Most of the resources from the same source region were clustered in one group.
【Conclusion】 """The local turnip germplasm resources in Xinjiang have relatively rich genetic diversity.
Key words:""turnip; phenotypic traits; SSR; genetic diversity
Fund projects:""""Project of the Science and Technology Development Center of the Ministry of Agriculture and Rural Affairs\"DUS Testing of Applied Protected Varieties and Maintenance of Known Variety Database\"; The National Natural Science Foundation of China (31960600); Key Research and Development Program Project of Xinjiang Uygur Autonomous
Region(2022B02058);Major Scientific R amp; D Program Project of Xinjiang Uygur Autonomous Region\"Identification and Evaluation of Crop Germplasm Resources\" (NZJ2022-3); General Project of Natural Science Foundation of Xinjiang Uygur Autonomous Region (2022D01A268)
Correspondence author:""ZHUANG Hongmei "(1987-), female, from Urumqi, Xinjiang, associate researcher, research direction: vegetable physiology and molecular biology, (E-mail) zhuanghongmei86@163.com
XU Hongjun (1987-), male, "from Jinan, Shandong, "associate professor, "Ph.D.,research direction:facility horticulture,(E-mail) xuhongjun01@163.com