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濟(jì)麥44/ 濟(jì)麥229 重組自交系群體籽粒蛋白質(zhì)含量QTL 分析

2024-04-01 16:05單寶雪劉秀坤肖延軍展曉孟黃金鑫劉百川張玉梅豪圣劉建軍高欣曹新有趙振東
山東農(nóng)業(yè)科學(xué) 2024年1期
關(guān)鍵詞:小麥芯片分析

單寶雪 劉秀坤 肖延軍 展曉孟 黃金鑫 劉百川 張玉梅 李 豪圣 劉建軍 高欣 曹新有 趙振東

摘要:小麥籽粒蛋白質(zhì)含量與面團(tuán)流變學(xué)特性及加工特性的關(guān)系密不可分。 本研究在2020—2021 年濟(jì)南試驗(yàn)基地(E1)及2021—2022 年濟(jì)南試驗(yàn)基地(E2)和濟(jì)陽試驗(yàn)基地(E3)三個(gè)環(huán)境下,以“濟(jì)麥44×濟(jì)麥229”構(gòu)建的包含285 個(gè)家系的重組自交系群體(F2∶6 RILs)為材料,利用小麥55K SNP 芯片構(gòu)建高密度遺傳連鎖圖譜,對(duì)籽粒蛋白質(zhì)含量進(jìn)行QTL 分析。 結(jié)果共篩選到2 344 個(gè)SNP 標(biāo)記用于構(gòu)建遺傳連鎖圖譜,圖譜總長(zhǎng)度3 349.95 cM,平均標(biāo)記密度為1.43 cM/ 標(biāo)記。 通過對(duì)籽粒蛋白質(zhì)含量的QTL 分析,共檢測(cè)到18 個(gè)籽粒蛋白質(zhì)含量相關(guān)QTL,分布在1A、1B、2B、3D、4B、4D、5A、5B、5D、7A、7B 共11 條染色體上。 Qpc.saas.4B-1 在E1、E2 和E3 三個(gè)環(huán)境和BLUE(最佳線性無偏估計(jì))值中均被穩(wěn)定檢測(cè)到,可以解釋3.26% ~23.79%的表型變異。 Qpc.saas.4D 和Qpc.saas.5A 在兩個(gè)環(huán)境和BLUE 值中被檢測(cè)到,分別解釋2.42% ~ 11.18%和2.48% ~5.47%的表型變異,且Qpc.saas.4D 與小麥矮稈基因Rht-D1b 物理位置重合。 本研究中檢測(cè)到的QTL 新位點(diǎn)Qpc.saas.4B-1、Qpc.saas.4D 和Qpc.saas.5A 是控制籽粒蛋白質(zhì)含量的主效基因,具有高表型變異解釋率。 本研究結(jié)果可為小麥品質(zhì)育種提供分子標(biāo)記及理論參考。

關(guān)鍵詞:小麥;籽粒蛋白質(zhì)含量;QTL 分析;重組自交系;55K SNP 芯片

中圖分類號(hào):S512.1+ 10.3文獻(xiàn)標(biāo)識(shí)號(hào):A文章編號(hào):1001-4942(2024)01-0001-09

小麥?zhǔn)鞘澜缟戏N植最廣泛的糧食作物之一,也是人類碳水化合物和蛋白質(zhì)的重要來源[1] 。小麥籽粒中蛋白質(zhì)約占8%~20%,小麥面粉及面筋中蛋白質(zhì)含量與面團(tuán)的流變學(xué)特性和面包加工品質(zhì)關(guān)系密切[2-3] 。 面包、饅頭和面條等最終產(chǎn)品的質(zhì)量,在很大程度上受到由蛋白質(zhì)和淀粉決定的小麥品質(zhì)性狀的影響[4] 。

小麥多數(shù)性狀為數(shù)量性狀,同時(shí)受基因型與環(huán)境的影響。 小麥品質(zhì)相關(guān)性狀,如籽粒蛋白質(zhì)含量、籽粒淀粉含量、面團(tuán)穩(wěn)定時(shí)間、SDS-沉降值等,受遺傳因素影響較大,因此利用基因型改良小麥品質(zhì)是可行的[5] 。 小麥基因組巨大,且大多為重復(fù)序列,在不同染色體組之間具有部分同源性。單核苷酸多態(tài)性(SNP)廣泛存在于生物基因組內(nèi),對(duì)構(gòu)建高密度遺傳連鎖圖譜具有積極作用,現(xiàn)已成為研究小麥數(shù)量性狀控制基因的主要方法[6-8] 。 已有研究針對(duì)不同群體利用基因芯片[9-10] 、SRAP 標(biāo)記[11] 和SSR 標(biāo)記[12] 等方式檢測(cè)控制小麥品質(zhì)性狀的QTL 位點(diǎn),檢測(cè)到大量微效QTL 位點(diǎn)和QTL 富集區(qū),分布于小麥基因組的21條染色體上。

常用的遺傳作圖群體包括永久性作圖群體和暫時(shí)性作圖群體。 永久性作圖群體家系內(nèi)基因型純合且相同,家系間基因型差異較大,包括雙單倍體(DH)群體、重組自交系(RIL)群體和近等基因系(NIL)群體等。 Zhao 等[13] 、Ilaria 等[14] 、孔忠新等[15] 分別以DH、RIL、NIL 群體為作圖群體,對(duì)小麥籽粒蛋白質(zhì)含量和粒重等數(shù)量性狀相關(guān)QTL進(jìn)行定位,檢測(cè)到多個(gè)環(huán)境穩(wěn)定的QTL。 永久性作圖群體能進(jìn)行多年試驗(yàn),受環(huán)境影響較小,適合高精度作圖,但難以分析顯性效應(yīng)。 暫時(shí)性作圖群體內(nèi)個(gè)體基因型雜合,后代會(huì)發(fā)生基因分離,包括F2群體和回交(BC)群體等,構(gòu)建群體耗時(shí)短,難以進(jìn)行多年研究。 王彥青等[16] 、侯北偉等[17]分別利用F2 和BC 群體對(duì)小麥數(shù)量性狀進(jìn)行定位,確定了與性狀緊密連鎖的標(biāo)記。 RIL 群體可以在多年多點(diǎn)進(jìn)行重復(fù)實(shí)驗(yàn),且連續(xù)多代自交使染色體重組的機(jī)會(huì)增加,可以更精確地定位緊密連鎖的位點(diǎn),是研究基因型與環(huán)境互作的理想材料[18]。

小麥籽粒蛋白質(zhì)含量是多基因控制的數(shù)量性狀,在多個(gè)遺傳背景中檢測(cè)到的位點(diǎn)較少,缺乏穩(wěn)定有效的分子標(biāo)記用于該性狀的育種改良。 已有研究確定了幾個(gè)控制小麥籽粒蛋白質(zhì)含量的基因,包括位于6BS 染色體上的高蛋白質(zhì)含量基因Gpc-B1[19] 和與水稻OsAAP6 同源的TaAAP6-3B-Ⅰ優(yōu)異等位基因[20] 。 濟(jì)麥44 與濟(jì)麥229 是近年育成的小麥新品種,其中濟(jì)麥44 含有較高的籽粒蛋白質(zhì)含量,該性狀在RIL 群體中有明顯的超親分離現(xiàn)象[21] 。 本研究利用“濟(jì)麥44×濟(jì)麥229”構(gòu)建的RIL 群體為材料,對(duì)三個(gè)環(huán)境下的小麥籽粒蛋白質(zhì)含量進(jìn)行測(cè)定,并利用小麥55K SNP 芯片構(gòu)建高密度連鎖圖譜,以期挖掘小麥籽粒蛋白質(zhì)含量相關(guān)QTL,為用分子標(biāo)記輔助育種改良小麥品質(zhì)提供理論依據(jù)。

1 材料與方法

1.1 試驗(yàn)材料

供試親本材料為濟(jì)麥44(JM44,母本,超強(qiáng)筋小麥品種)和濟(jì)麥229(JM229,父本,強(qiáng)筋小麥品種),JM44 與JM229 高分子量麥谷蛋白的亞基組成均為1,7+8,5+10。 供試RIL 群體由兩親本雜交后經(jīng)單粒傳法得到,包含285 個(gè)家系。

1.2 田間試驗(yàn)設(shè)計(jì)

試驗(yàn)在三個(gè)環(huán)境(E1—E3)中進(jìn)行,即將試驗(yàn)材料于2020—2021 年種植在濟(jì)南試驗(yàn)基地(E1)、2021—2022 年分別種植在濟(jì)南(E2)和濟(jì)陽(E3)試驗(yàn)基地。 三個(gè)環(huán)境的氣候和土壤條件見表1。

采用隨機(jī)區(qū)組設(shè)計(jì),小區(qū)面積9 m2,每個(gè)小區(qū)種植6 行,行長(zhǎng)6 m,行距25 cm,機(jī)播180 g 種子。 按常規(guī)方法進(jìn)行大田試驗(yàn)管理。

1.3 籽粒蛋白質(zhì)含量測(cè)定與分析方法

小麥自然成熟后機(jī)器收獲,風(fēng)干入庫,儲(chǔ)存3個(gè)月后利用Infratec 1241 谷物分析儀(丹麥福斯)對(duì)籽粒蛋白質(zhì)含量進(jìn)行測(cè)定。

利用Microsoft Excel 2016 進(jìn)行數(shù)據(jù)整理和分析,使用SAS 9.4 軟件(http:/ / www.sas.com)進(jìn)行基本統(tǒng)計(jì)量分析( UNIVARIATE) 和方差分析(ANOVA),并根據(jù)方差分析結(jié)果評(píng)估該性狀在群體中的廣義遺傳率,利用CORR 程序計(jì)算Pearson相關(guān)性。 廣義遺傳率計(jì)算公式[22] 如下:

1.4 遺傳圖譜構(gòu)建與QTL 定位分析

利用中玉金標(biāo)記(北京)生物技術(shù)股份有限公司開發(fā)的小麥55K SNP 芯片對(duì)RIL 群體及親本材料進(jìn)行基因型分析,刪除雜合率≥10%和缺失率≥10%的標(biāo)記,用TASSEL V5.0 軟件過濾掉偏分離標(biāo)記(Min ∶ Max = 0.3 ∶0.7)。 在QTL Ici ̄Mapping V4.2 軟件(https:/ / isbreeding.caas.cn/ rj/qtllcmapping/294445.htm)中假設(shè)基因型的固定效應(yīng),使用AOV(ANOVA of multi ̄environmental tri ̄als)工具跨環(huán)境計(jì)算最佳線性無偏估計(jì)(BLUE)值。 在QTL IciMapping V4.2 中整理剩余的標(biāo)記并進(jìn)行QTL 分析,選擇復(fù)合完備區(qū)間作圖(ICIMADD)法,以LOD = 2.5 為閾值判定QTL 存在與否。 利用Map Chart 繪制遺傳圖譜,利用AdobeIllustrator 對(duì)染色體遺傳圖譜進(jìn)行修飾。在兩個(gè)及兩個(gè)以上環(huán)境中均發(fā)現(xiàn)的QTL 認(rèn)為是穩(wěn)定的QTL。 檢測(cè)到的QTL 位點(diǎn)以“Q+性狀名稱英文縮寫+研究機(jī)構(gòu)名稱縮寫+染色體編號(hào)+序號(hào)”的方式進(jìn)行命名[23] 。

2 結(jié)果與分析

2.1 RIL 群體籽粒蛋白質(zhì)含量的統(tǒng)計(jì)分析

在三個(gè)環(huán)境中,JM44、JM229、RIL 群體的籽粒蛋白質(zhì)含量分別為16.02%~16.94%、13.67%~15.36%、10.83%~20.20%,JM44 的籽粒蛋白質(zhì)含量顯著高于JM229,RIL 群體的籽粒蛋白質(zhì)含量存在超親分離現(xiàn)象(表2)。

Pearson 相關(guān)性分析結(jié)果表明,RIL 群體在三個(gè)環(huán)境中籽粒蛋白質(zhì)含量的相關(guān)性均超過0.965 8;RIL 群體籽粒蛋白質(zhì)含量在E1、E2、E3中的廣義遺傳率分別為0.996 9、0.997 8、0.998 1。表明小麥籽粒蛋白質(zhì)含量主要受遺傳因素的影響。 RIL 群體的籽粒蛋白質(zhì)含量分布見圖1,可以看出,其存在一定的環(huán)境差異,整體表現(xiàn)為E2>E1>E3,這是因?yàn)樽蚜5鞍踪|(zhì)含量是多基因控制的數(shù)量性狀,也易受環(huán)境因素的影響。

RIL 群體籽粒蛋白質(zhì)含量的變異系數(shù)在三個(gè)環(huán)境中均大于6,偏度與峰度絕對(duì)值均小于1,均表現(xiàn)為連續(xù)的正態(tài)分布(圖1),可以對(duì)其進(jìn)行QTL 定位分析。

2.2 遺傳連鎖圖譜的構(gòu)建

經(jīng)過小麥55K SNP 芯片分析,兩親本間具有多態(tài)性的SNP 標(biāo)記共53 064 個(gè),其中2 344 個(gè)可用于遺傳連鎖圖譜的構(gòu)建。 這些SNP 多態(tài)性標(biāo)記覆蓋了小麥基因組的全部21 條染色體(圖2),

共29 個(gè)連鎖群,其中1A、2B、2A、4B、5D、6B、7A、7B 染色體上各有兩個(gè)連鎖群。 構(gòu)建的連鎖圖譜全長(zhǎng)3 349.95 cM,平均為1.43 cM/ 標(biāo)記。 各染色體組間分子標(biāo)記的數(shù)目差異較大,表現(xiàn)為B 組>A組>D 組,其中,B 組的SNP 標(biāo)記最多(936 個(gè))且長(zhǎng)度最短,為1 091.06 cM;A 組、D 組分別含有815、593 個(gè)標(biāo)記,覆蓋染色體長(zhǎng)度分別為1 123.57、1 135.32 cM。

2.3 RIL 群體籽粒蛋白質(zhì)含量QTL 定位

從RIL 群體中共檢測(cè)到18 個(gè)控制籽粒蛋白質(zhì)含量的QTL,分布在1A、1B、2B、3D、4B、4D、5A、5B、5D、7A、7B 共11 條染色體上,單個(gè)QTL可以解釋0.96%~23.79%的表型變異(表3)。 其中位于4B 染色體上的Qpc. saas.4B - 1 在三個(gè)環(huán)境和BLUE 值中均被穩(wěn)定地檢測(cè)到,加性效應(yīng)平均達(dá)到-0.41,可以解釋3.26%~23.79%的表型變異,等位基因來源于JM229。 Qpc. saas.4D 在E2、E3 兩個(gè)環(huán)境和BLUE 值中被檢測(cè)到,可以解釋2.42%~11. 18% 的表型變異,等位基因來源于JM44。 Qpc. saas. 5A 可以在E1、E2 兩個(gè)環(huán)境和BLUE 值中被檢測(cè)到,可以解釋2.48% ~5.47%的表型變異,等位基因來源于JM229。 Qpc. saas.3D和Qpc.saas.5B-1 均在一個(gè)環(huán)境和BLUE 值中被檢測(cè)到,分別可以解釋1.60% ~2.77%和1.58% ~3.40%的表型變異,等位基因均來源于JM44。 還有13 個(gè)QTL 僅在一個(gè)環(huán)境下被檢測(cè)到或僅被BLUE 估計(jì)到, 是環(huán)境特異的QTL, 可以解釋0.96%~12.26%的表型變異。 可在多個(gè)環(huán)境下被檢測(cè)到的QTL 在染色體上的分布見圖3。

3 討論與結(jié)論

小麥籽粒蛋白質(zhì)含量是多基因控制的數(shù)量性狀,受遺傳因素和非遺傳因素的影響。 本研究以“濟(jì)麥44×濟(jì)麥229”構(gòu)建的包含285 個(gè)家系的重組自交系群體(F2∶6 RILs) 為材料,在E1、E2、E3三個(gè)環(huán)境下對(duì)其籽粒蛋白質(zhì)含量進(jìn)行遺傳變異分析,并利用小麥55K SNP 芯片構(gòu)建高密度遺傳連鎖圖譜,對(duì)控制籽粒蛋白質(zhì)含量的QTL 進(jìn)行定位分析。 結(jié)果表明,RIL 群體的籽粒蛋白質(zhì)含量為10.83% ~ 20.20%,存在超親分離現(xiàn)象,且三個(gè)環(huán)境間的相關(guān)性均超過0.965 8,廣義遺傳率均高于0.996,表明該性狀主要受遺傳因素的影響。

蛋白質(zhì)是小麥籽粒中主要的含氮成分,因而影響小麥氮素吸收與積累的土壤、氣候等因素也是影響小麥籽粒蛋白質(zhì)含量的主要環(huán)境因素。 研究表明,全生育期增溫能促進(jìn)小麥籽粒中高分子量麥谷蛋白亞基的積累[24] ;適度提高施氮量可促進(jìn)小麥植株花后氮素的吸收同化能力,提高籽粒蛋白質(zhì)含量[25] 。 本研究中,E1、E2 環(huán)境小麥生育期的平均溫度以及土壤中全氮、速效氮含量均高于E3 環(huán)境,RIL 群體的籽粒蛋白質(zhì)含量也表現(xiàn)為E2>E1>E3,進(jìn)一步證實(shí)了溫度和氮素對(duì)小麥籽粒蛋白質(zhì)的影響。 韓占江等[26] 研究發(fā)現(xiàn),隨著拔節(jié)期和開花期灌水量的增加,小麥氮素利用效率呈先增高后降低的趨勢(shì)。 本研究中RIL 群體兩年中在同一個(gè)試驗(yàn)地(E1、E2)種植,小麥生育期的降雨量在兩個(gè)環(huán)境間具有明顯差異(E2>E1),且在小麥拔節(jié)期間E2 降雨量(40.2 mm) 高于E1(27.8 mm),這有利于提高小麥的水分利用效率[27] ,促進(jìn)植株生長(zhǎng),RIL 群體的籽粒蛋白質(zhì)含量也表現(xiàn)為E2>E1。

本研究利用小麥55K SNP 芯片構(gòu)建高密度連鎖圖譜,有利于將QTL 定位在較小的區(qū)間內(nèi)。染色體水平上整體表現(xiàn)為標(biāo)記數(shù)量不平衡,其中,B 染色體組標(biāo)記數(shù)量最多(936 個(gè)),D 染色體組標(biāo)記數(shù)量最少(593 個(gè))。 平均標(biāo)記間的遺傳距離為1.43 cM。

本研究在三個(gè)環(huán)境中共檢測(cè)到18 個(gè)控制小麥籽粒蛋白質(zhì)含量的QTL,分布在1A、1B、2B、3D、4B、4D、5A、5B、5D、7A、7B 共11 條染色體上,單個(gè)QTL 可以解釋0.96%~23.79%的表型變異。

在三個(gè)環(huán)境和BLUE 值中可以被穩(wěn)定檢測(cè)到的主效QTL Qpc. saas. 4B - 1 側(cè)翼標(biāo)記為AX -109998354—AX - 109866370,定位在4B 染色體423.78—431.27 Mb 處,可以解釋3.26% ~23.79%的表型變異,加性效應(yīng)為負(fù)值,位點(diǎn)增效等位基因來源于父本JM229,與控制籽粒蛋白質(zhì)含量的QGpc. hwwgr - 4BS (位于4B 染色體上82. 66—110.70 Mb 和396.69—425.08 Mb 區(qū)間)[28] 可能是同一個(gè)QTL。 4B 染色體上有兩個(gè)控制面團(tuán)流變特性參數(shù)的QTL 簇,但均與Qpc.saas.4B-1 距離較遠(yuǎn)[29] 。

Qpc.saas.4D 和Qpc.saas.5A 可以在兩個(gè)環(huán)境及BLUE 值中被檢測(cè)到。 其中,Qpc.saas.4D 位于4D 染色體上16. 15—37. 49 Mb 處, 可以解釋2.42%~11.18% 的表型變異,側(cè)翼標(biāo)記為AX -111616151—AX-111322614,加性效應(yīng)為正值,位點(diǎn)增效等位基因來源于母本JM44。 Qpc. saas.4D與小麥矮稈基因Rht-D1b(4D,33.61 Mb)物理位置完全重合,前期也已經(jīng)驗(yàn)證RIL 群體中含有矮稈基因Rht - D1b,來源于親本JM44,因此推測(cè)Qpc.saas.4D 可能與Rht -D1b 為同一個(gè)QTL。 另有研究表明,控制籽粒蛋白質(zhì)含量的QTL 位點(diǎn)QGpc. caas - 4D. 2, 側(cè)翼標(biāo)記為gwp93025—wmc331,在4D 染色體12.50—43.00 Mb 之間[30] ,與Qpc.saas.4D 的物理位置存在部分重合;有研究將部分QTL 簇定位到矮稈基因Rht-D1b 附近,與籽粒硬度[30] 、蛋白質(zhì)含量[31] 等相關(guān);Tian 等[32]

鑒定到15 個(gè)控制SDS-沉降值的QTL 位點(diǎn),其中QSsv.cau-4B、QSsv.cau-4D 與矮稈基因Rht-B1b、Rht-D1b 物理位置鄰近。 因此Qpc. saas.4D 也可能與Rht-D1b 鄰近。 Qpc.saas.5A 位于5A 染色體691. 66—702.07 Mb 處, 側(cè)翼標(biāo)記為AX -111018517—AX - 109370078,可以解釋2.48% ~5.47%的表型變異,加性效應(yīng)為負(fù)值,位點(diǎn)增效等位基因來源于父本JM229。 有研究在5A 染色體34、96、102 Mb 處定位到多個(gè)控制籽粒蛋白含量的QTL[33] ,但可能與本研究定位到的Qpc.saas.5A是不同的QTL。

Qpc.saas.3D 和Qpc.saas.5B-1 可以在一個(gè)環(huán)境和BLUE 值中被檢測(cè)到。 其中,Qpc.saas.3D 位于3D 染色體444.00—453.81 Mb 之間,側(cè)翼標(biāo)記為AX - 108813316—AX - 111612043, 可以解釋1.60%~2.77%的表型變異,加性效應(yīng)為正值,位點(diǎn)增效等位基因來源于母本JM44。 胡文靜等[33]在3D 染色體wsnp _Ex _rep _c78526 _74641162—BS00058654_51 標(biāo)記之間檢測(cè)到一個(gè)環(huán)境特異性QTL,與Qpc.saas.3D 距離較近。 Qpc.saas.5B-1 位于5B 染色體7.33—10.55 Mb 之間,側(cè)翼標(biāo)記為AX - 110714323—AX - 109650482, 可以解釋1.58%~3.40%的表型變異,加性效應(yīng)為正值,位點(diǎn)增效等位基因來源于母本JM44。 Mann 等[34]在單個(gè)環(huán)境中鑒定到5B 染色體5—8 Mb 處有控制籽粒蛋白質(zhì)含量的QTL,可以解釋7%的表型變異,與本研究定位到的Qpc.saas.5B-1 可能是同一個(gè)QTL。

Qgpc2B 是在2B 染色體上定位到的控制籽粒蛋白質(zhì)含量的穩(wěn)定QTL 位點(diǎn), 位于基因組165.29—180. 82 Mb 處[35] ,與本研究定位到的Qpc.saas.2B-1 可能是同一個(gè)QTL。 但Qpc. saas.2B-1 只在BLUE 值中被檢測(cè)到,可能是環(huán)境特異的QTL。 本研究在1A(480.36—577.08 Mb)、4B(423.78—667.89 Mb)、5B(283.76—438.16 Mb)、5D(408.44—440.81 Mb)同一染色體區(qū)段上定位到多個(gè)環(huán)境特異的QTL 位點(diǎn),可能是控制籽粒蛋白質(zhì)含量的微效QTL 簇,受環(huán)境因素的影響。目前用于籽粒蛋白質(zhì)含量的測(cè)定方法較多,

本研究利用近紅外光譜技術(shù)測(cè)定籽粒蛋白質(zhì)含量,測(cè)定方法簡(jiǎn)單便捷且不破壞種子結(jié)構(gòu),然后利用小麥55K SNP 芯片數(shù)據(jù),鑒定到Qpc.saas.4B-1、Qpc.saas.4D、Qpc.saas.5A 三個(gè)穩(wěn)定的控制籽粒蛋白質(zhì)含量的QTL 位點(diǎn)。 今后可在此基礎(chǔ)上繼續(xù)進(jìn)行基因的精細(xì)定位,為選育高品質(zhì)小麥新品種提供理論支撐。

參 考 文 獻(xiàn):

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