陳梁華 楊 權 李小龍 徐小明 陳豫欽 鄭則廣 王 健 盧文菊
廣州醫(yī)學院第一附屬醫(yī)院,廣東 廣州 510000
慢性阻塞性肺疾?。–OPD)是以進行性持續(xù)性呼氣氣流受限為特點的一種慢性疾病,其發(fā)病率高、危害性大,是世界范圍內首要的負擔病和主要死亡原因之一。COPD發(fā)病機制不完全明確,目前還沒有藥物能有效控制疾病的進展。建立生物資源庫,積累COPD生物資源,將為COPD發(fā)病機制、實驗室診斷和藥物研發(fā)研究奠定重要的物質基礎。數(shù)據(jù)化管理平臺的設計與實現(xiàn),有助于COPD生物資源庫的信息整合和規(guī)范化管理,有助于提高標本資源管理與使用效率。
COPD生物資源庫管理系統(tǒng)是為網(wǎng)絡化、信息化、規(guī)范化管理廣州呼吸疾病研究所、呼吸疾病國家重點實驗室COPD生物資源庫設計實施的,包括標本庫冰箱管理系統(tǒng)和樣本信息管理系統(tǒng)。該管理平臺的標本分類及命名方法服從于COPD生物資源標本庫樣本命名管理規(guī)范,管理網(wǎng)絡平臺按照界面簡潔大方、操作簡單、權限管理、有效檢索、便于升級的原則進行搭建。并根據(jù)標本庫建設具體情況,對前期數(shù)據(jù)進行同步化處理,將現(xiàn)有信息庫系統(tǒng)可以與標本庫實現(xiàn)無縫連接。在平臺研發(fā)過程中嚴格按照標本庫相關SOP的需要進行系統(tǒng)設計,例如根據(jù)標本是否符合條件入庫進行條件限制,在標本入庫時從各大信息系統(tǒng)獲取數(shù)據(jù),如患者的臨床檢驗各項指標結果、參考范圍及警告提示,以及支氣管、肺功能檢查結果,甚至還包括患者電子病歷病程記錄等,對于實時了解患者信息提供了強大的數(shù)據(jù)支持。由于該管理平臺僅采集關鍵數(shù)據(jù),數(shù)據(jù)量少,對依附系統(tǒng)影響很小,從而保證客戶端顯示速度,使系統(tǒng)使用通暢,提高工作人員效率。各種樣本的提取,在入院時都對患者統(tǒng)一簽訂知情同意書,知情同意書編碼作為患者信息收錄入管理平臺信息系統(tǒng)。
COPD生物資源庫管理系統(tǒng)突破傳統(tǒng)標本庫管理上的單獨錄入功能,實現(xiàn)與外部信息對接,破除信息孤島的問題;可以實時了解低溫冰箱內部的標本資源情況,同時可以根據(jù)相應條件進行查詢,包括樣本的種類、樣本的入庫時間、樣本的位置及各盒子、架子的剩余與全部標本數(shù)量等,各種標本類型用不同顏色顯示,方便區(qū)分。單元格可根據(jù)不同標本類型進行自定義顯示信息,如痰液標本顯示痰液粘稠度及痰液顏色,血漿標本則顯示溶血及分裝等情況,在盒子單元格數(shù)固定的情況下能減少冗余信息的顯示,使操作者能更易于瀏覽標本情況。系統(tǒng)界面友好,操作維護簡單。
COPD生物資源庫管理系統(tǒng)采用.NET環(huán)境,外部數(shù)據(jù)庫有MS SQL與ORACLE,程序使用.NET自帶的OracleClient、SqlClient類庫進行連接。
冰箱標本盒命名規(guī)則:采用5位字母數(shù)字結合碼命名標本盒:第1位為冰箱代碼,采用大寫的英文字母表示,從“A~Z”共可標記26個冰箱,可以滿足命名需要;第2位為冰箱層數(shù)代碼,采用小寫的英文字母表示,現(xiàn)在的-80℃冰箱從上到下分別a、b、c、d層;后3位為標本盒的編碼,采用3位阿拉伯數(shù)字碼,可以滿足命名需要。在冰箱門上貼上具體的標本盒位置圖,簡潔方便。如果以后標本庫發(fā)展至其他醫(yī)院可在5位碼前再加2位阿拉伯數(shù)字碼代表標本庫單位代碼。例如Aa001:A表示A號冰箱,a表示冰箱第1層,001表示第1號盒子。本方案的優(yōu)點為簡潔方便,辨識度高,便于標本的定位和調取。
樣品命名規(guī)則:樣品命名的原則是以患者為樣品的命名基礎,即同一個患者的樣品具有部分相同的命名碼,并且可以被條形碼管理系統(tǒng)識別。因此,采用患者住院號+樣品類型編碼+份數(shù)編碼組成的形式。患者住院號可以采用目前醫(yī)院運行的患者住院號,如果患者住院號位數(shù)太長,則在保證患者碼唯一性的基礎上適當減少位數(shù),如果實施還是有難度,則可以自編標本庫患者碼,采用6位或7位阿拉伯數(shù)字碼。樣品類型編碼為兩位阿拉伯數(shù)字碼,代碼規(guī)則如下:01為血漿,02為白細胞,03為紅細胞,04為痰液,05為肺組織,06為RNA,07為DNA(其他類型樣品類型可以再按順序制訂命名代碼)。份數(shù)代碼因為一般樣品不會超過10份,采用1位阿拉伯數(shù)字碼,按1~9順序編碼。
在考慮二維布局操作方便的情況下不采用傳統(tǒng)的標本庫系統(tǒng)使用的圖標,而直觀的顯示標本的文字概要信息。見圖1。打印碼采用38 mm×12.4 mm規(guī)格的紙張[1-2],同時打印QR碼、數(shù)字字母混合編碼、有效期及患者姓名。見圖2。
圖1 標本庫分布概要信息
圖2 條碼預覽
COPD生物資源庫管理界面設計有以下幾個特點:①根據(jù)標本類型的差異靈活調整概要信息圖上顯示內容,如痰液標本顯示條碼號、痰液顏色、痰液粘稠度、有效期及入庫人,而RNA標本則只顯示條碼號、有效期及入庫人。這樣操作員在尋找某個患者的標本時可以不用通過條碼定位,直接在這幅平面圖上查看相關信息即可迅速識別標本[3-7]。②利用顏色差異有效區(qū)別不同標本類型,如白細胞標本采用愛麗絲藍背景,RNA標本采用綠色背景,痰液標本采用淺土色背景。這樣當多種類型的標本放在同一個盒子時操作員可以迅速地尋找出同類的標本類型,便于管理,提高使用效率。③網(wǎng)格顯示按奇、偶列(行)進行不同顏色區(qū)分,奇列(行)顯示粉紅色、偶列(行)顯示暗綠色,每個樹形單元格增加“當前容量/總容量”的顯示,如:Aa020(8/81)表示Aa020這個盒子已經用了8個單元格,總共可以容納81個標本。在標本分配、創(chuàng)建操作等方面,支持以下操作:單格復制(含住院號)、單格復制(不含住院號)、單格剪切、粘貼、修改及刪除。見圖3。當有新標本要入庫時,需單擊相應的單元格,點擊“修改”即彈出屬性輸入框。見圖4。如需顯示患者的臨床醫(yī)療信息,只需輸入7位住院號后再回車就可以了。見圖5?;颊叩呐R床醫(yī)療信息模塊含兩部分信息,①臨床檢驗信息:查詢時間快,輸入住院號回車后,患者所有相關的檢驗信息即可顯示出來,同時提供各項信息的項目明細、結果、單位、參考低值、參考高值以及警告。②臨床病程記錄:由于一例患者可能多次住院,操作時只需從圖6下拉框中選擇相對應的一期就可以了,病程記錄會自動獲取HIS數(shù)據(jù)庫數(shù)據(jù),解壓并呈現(xiàn)到界面上,實現(xiàn)無縫無延時對接數(shù)據(jù)。見圖6。
圖3 標本庫操作菜單
圖4 標本庫屬性輸入框
圖5 標本庫患者臨床醫(yī)療信息
圖6 標本庫患者臨床醫(yī)療信息
系統(tǒng)軟件:服務器端采用SQL SERVER 2008;客戶端軟件為 WINDOWS operation+.net 3.5 framework+Oracle 運行環(huán)境。
開發(fā)軟件為Microsoft公司的Visual studio開發(fā)平臺,主要采用 C#+Transact Sql+Google二維碼 DLL解析庫+IC Sharp Code的DLL解壓庫,結合目前流行的電子病例標準格式而設計的,支持二維碼QR格式的打印與迅速定位;與數(shù)據(jù)庫接口采用ADO標準,方便將來數(shù)據(jù)庫的變更;系統(tǒng)設計運用快速敏捷開發(fā)方法。
數(shù)據(jù)接口整合了患者臨床醫(yī)療信息,包括醫(yī)院信息系統(tǒng)(電子病例)、實驗室信息管理系統(tǒng)LIS的關鍵數(shù)據(jù)。通過標本信息平臺的建設,可為本院臨床科研工作者提供圖形化的標本資源管理,了解冰箱使用狀況以及患者重要數(shù)據(jù)指標等。
隨著轉化醫(yī)學研究理念的深入和生物科學的發(fā)展,臨床生物樣本資源越來越受到研究者的重視,各種類型的大型生物樣本庫陸續(xù)建立。因此,生物樣本庫的信息化、規(guī)范化、科學化管理顯得越來越重要,本文運用電子圖形化及條碼管理COPD生物標本庫,對樣本的采集、入庫、質保、信息等方面進行全方位管理,是對樣本庫信息化管理工作的良好實踐。該管理平臺滿足了呼吸疾病國家重點實驗室、廣州呼吸疾病研究所COPD生物標本庫管理需求,有望開發(fā)成為我國具有自主知識產權的標本庫管理平臺,對于其他標本庫的建設也具有一定的參考價值。
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