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微小RNA分析技術(shù)研究進(jìn)展

2013-10-29 09:36:36劉潛付潔宋海峰
生物技術(shù)通訊 2013年5期
關(guān)鍵詞:前體探針雜交

劉潛 ,付潔 ,宋海峰

1.中南大學(xué) 藥學(xué)院,湖南 長(zhǎng)沙 410010;2.軍事醫(yī)學(xué)科學(xué)院 放射與輻射醫(yī)學(xué)研究所,北京 100850

微小RNA(microRNA,miRNA)是一類起重要調(diào)控作用的非編碼小分子RNA。研究表明,miRNA-靶基因、miRNA-miRNA之間形成調(diào)控網(wǎng)絡(luò),處于關(guān)鍵調(diào)節(jié)樞紐的miRNA有望成為疾病治療的靶標(biāo)[1]或作為未來(lái)診斷疾病的有效生物標(biāo)志物[2-3]。成熟miRNA具有以下特點(diǎn):片段小,一般為18~25 nt;種類多,最新miRbase 18.0數(shù)據(jù)庫(kù)已收錄18 226條前體 miRNA與 21 643條成熟miRNA(http://www.mir?base.org)[4-5];差異小,miRNA家族成員之間通常只相差一個(gè)堿基;表達(dá)水平低,相對(duì)于mRNA的表達(dá)量來(lái)說(shuō),miRNA的表達(dá)水平低。

針對(duì)miRNA基礎(chǔ)研究與后續(xù)藥物研發(fā)的4個(gè)主要不同階段(確定候選miRNA,miRNA時(shí)間/空間的表達(dá)差異,miRNA機(jī)理研究,miRNA候選藥物研究),我們著重闡述不同階段所普遍采用的先進(jìn)分析技術(shù):候選miRNA研究的克隆測(cè)序類技術(shù);miRNA表達(dá)譜高通量芯片技術(shù);目的miRNA及其前體表達(dá)水平的實(shí)時(shí)熒光定量PCR(qPCR)和Northern印跡技術(shù);miRNA類核酸藥物的藥代動(dòng)力學(xué)評(píng)價(jià)技術(shù)。

1 候選miRNA克隆測(cè)序類技術(shù)

克隆測(cè)序最早用于miRNA的分析和監(jiān)測(cè),尤其是對(duì)于未知序列miRNA的確定,為發(fā)現(xiàn)新的候選miRNA提供基礎(chǔ)。最初的克隆測(cè)序方法首先需要對(duì)miRNA進(jìn)行cDNA的文庫(kù)構(gòu)建,再進(jìn)行PCR擴(kuò)增,擴(kuò)增產(chǎn)物隨后克隆到表達(dá)載體中,最后進(jìn)行測(cè)序,該方法需要較大的初始樣本(幾百微克RNA)[8]。隨后Takada建立了一種快速擴(kuò)增克隆法[9],可以在較少樣本量的時(shí)候極大地提高miRNA檢測(cè)的靈敏度和準(zhǔn)確度,但通量不夠(5種miRNA/反應(yīng))。Cummins在該方法的基礎(chǔ)上研制出標(biāo)簽序列克隆法[10],將通量大大提高(35種miRNA/反應(yīng)),并被首次成功地應(yīng)用于描繪成年小鼠睪丸和卵巢miRNA表達(dá)水平譜。

隨著RNA組學(xué)研究的開展,上述方法面對(duì)組織中海量的miRNA仍顯低效,新一代大規(guī)模平行測(cè)序平臺(tái)應(yīng)運(yùn)而生,如Roche Applied Science公司的454基因組測(cè)序技術(shù)、Illumina公司和Solexa technol?ogy公司合作開發(fā)的Illumina測(cè)序技術(shù)、Applied Bio?systems公司的 SOLiD(supported oligonucleotide li?gation and detection)測(cè)序技術(shù)等[11-12]。新型高通量測(cè)序技術(shù)均基于一種新的測(cè)序策略,即循環(huán)芯片測(cè)序法(cyclic-array sequencing),即對(duì)布滿樣品的芯片重復(fù)進(jìn)行基于聚合酶反應(yīng)(模板變性、引物退火雜交及延伸)及熒光序列讀取反應(yīng)。該策略通過(guò)檢測(cè)目標(biāo)miRNA的標(biāo)簽序列和出現(xiàn)頻率,達(dá)到尋找和發(fā)現(xiàn)新miRNA的目的,能同時(shí)測(cè)定幾百種miRNA。Il?lumina基因組分析儀測(cè)定讀長(zhǎng)為50 nt,采取每次反應(yīng)封閉3'端,使反應(yīng)中只能加入1個(gè)核苷酸,同時(shí)每次延伸都將上一步反應(yīng)試劑清洗,因此具有所需樣品少、數(shù)據(jù)誤差小、操作流程簡(jiǎn)單等特點(diǎn)。SOLiD系統(tǒng)的測(cè)定讀長(zhǎng)為35 nt,在測(cè)序過(guò)程中每個(gè)堿基在2個(gè)連接反應(yīng)過(guò)程中分別被測(cè)定,即每個(gè)堿基會(huì)被檢測(cè)2次,準(zhǔn)確度高,單次運(yùn)行所得數(shù)據(jù)量大,適于miRNA的研究。Roche 454基因組測(cè)序儀測(cè)序讀長(zhǎng)可達(dá)400~500堿基,而miRNA序列長(zhǎng)度僅為22堿基,所以該測(cè)序儀常用于新物種的基因組測(cè)序和轉(zhuǎn)錄組測(cè)序,極少用于miRNA測(cè)序[13]。Schotte等運(yùn)用Solexa深度測(cè)序技術(shù)對(duì)70個(gè)病例中的7種兒科急性成淋巴性白血病的miRNA譜進(jìn)行繪制,發(fā)現(xiàn)了28種新的miRNA及431種候選新miRNA,為兒科急性成淋巴性白血病中miRNA功能研究奠定了基礎(chǔ)[14]。Liu等用454基因組測(cè)序技術(shù)和SOLiD深度測(cè)序技術(shù)研究進(jìn)化過(guò)程中miRNA參與新生組織的功能[12]。目前主要用克隆測(cè)序方法中的Illumina和SOLiD技術(shù)來(lái)重點(diǎn)解決對(duì)未知序列miRNA的初步了解及其初步表達(dá)情況的問(wèn)題,為挖掘新miRNA奠定基礎(chǔ)。

2 miRNA表達(dá)譜的高通量分析技術(shù)

研究者須進(jìn)一步研究目的miRNA(已知序列)的時(shí)相性和空間性及表達(dá)水平差異,因此miRNA芯片技術(shù)得以開發(fā)和應(yīng)用。miRNA芯片技術(shù)主要包括固相微陣列芯片和液相芯片技術(shù)。固相微陣列芯片的主要原理為:在玻璃片或尼龍膜等固體支持物上固定高密度已知序列的DNA捕獲探針,利用雜交原理使多種標(biāo)記了的miRNA目標(biāo)分子與捕獲探針雜交,通過(guò)檢測(cè)雜交信號(hào)強(qiáng)度及數(shù)據(jù)處理,獲得不同標(biāo)本中特異miRNA的表達(dá)譜,從而全面比較不同物種的不同器官或組織及正常和患病組織中miRNA表達(dá)水平的差異。根據(jù)所用的不同的標(biāo)記試劑,可分為同位素標(biāo)記檢測(cè)[15]、熒光標(biāo)記檢測(cè)[16]、化學(xué)發(fā)光標(biāo)記檢測(cè)[17]和納米粒子標(biāo)記檢測(cè)[18]。固相微陣列技術(shù)的優(yōu)勢(shì)在于能夠迅速和高通量地確定miRNA表達(dá)譜,但其問(wèn)題在于不同檢測(cè)探針與待測(cè)物之間會(huì)發(fā)生交叉反應(yīng),因此實(shí)驗(yàn)的準(zhǔn)確度和精密度較差,且制作和檢測(cè)費(fèi)用高。

Luminex-xMAP液態(tài)芯片技術(shù)則是一種基于微球雜交的流式細(xì)胞檢測(cè)方法(bead-based hybridiza?tion technology),它可以對(duì)同一個(gè)微量樣本中的多個(gè)不同miRNA分子快速定量。其基本原理:首先采取逐步降溫雜交法,使目標(biāo)序列miRNA與生物素標(biāo)記的互補(bǔ)探針雜交,隨后使特定編碼的磁性微球與復(fù)合探針雜交,每一個(gè)特定編碼微球?qū)?yīng)相應(yīng)的探針,在此過(guò)程中,未形成雙鏈的游離探針、非特異結(jié)合到探針上的miRNA和其他單鏈RNA會(huì)被相應(yīng)的單鏈酶降解;最后加入鏈親和素-藻紅素?zé)晒鈭?bào)告分子,與復(fù)合探針上的生物素結(jié)合,在報(bào)告激光的作用下產(chǎn)生報(bào)告熒光,報(bào)告熒光物質(zhì)和微球內(nèi)的編碼熒光物質(zhì)分別受到定量激光激發(fā)和定性激光激發(fā),激發(fā)后光信號(hào)轉(zhuǎn)化為電信號(hào),通過(guò)計(jì)算機(jī)的分析處理,確定微球結(jié)合的分析物的定性和定量信息。與微陣列芯片相比,Luminex-xMAP液態(tài)芯片技術(shù)中的微球處于液相懸浮狀態(tài),其微球表面固定的探針類似于液相探針,更有利于捕獲待測(cè)靶miRNA序列,且運(yùn)用單鏈核酸酶能最大程度地避免固態(tài)芯片中的交叉反應(yīng),克服了微陣列芯片的不足。Lu[19-20]等較早應(yīng)用該方法確定了人類腫瘤樣本(肝癌、直腸癌、胰腺癌及胃癌)的miRNA表達(dá)譜。由于Luminex既具有高通量、快速、微量檢測(cè)的優(yōu)點(diǎn),又具有在同一個(gè)試驗(yàn)樣品中同時(shí)檢測(cè)不同目標(biāo)物的優(yōu)點(diǎn),已被廣泛用于研究同一個(gè)細(xì)胞內(nèi)不同miRNA的相對(duì)表達(dá)。

3 目標(biāo)miRNA和前體表達(dá)的定量技術(shù)

獲得目標(biāo)miRNA(hit-miRNA)后,須對(duì)其機(jī)制進(jìn)行深入研究。反轉(zhuǎn)錄-實(shí)時(shí)定量PCR(RT-qPCR)和Northern印跡可以對(duì)成熟和前體miRNA進(jìn)行定量。目前RT-qPCR策略主要有以下3種:引物延伸法[21]、polyA加尾法和莖環(huán)PCR法。由于該類方法通常需要基于U6等內(nèi)參基因校正,且無(wú)須明確miRNA的絕對(duì)量,屬于相對(duì)定量范疇。

引物延伸法和polyA加尾法均基于特殊的酶連反應(yīng),使反轉(zhuǎn)錄產(chǎn)物在序列長(zhǎng)度上增長(zhǎng)且包含特定序列,利用針對(duì)特定序列的引物進(jìn)行后續(xù)qPCR擴(kuò)增。但這2種方法中T4DNA連接酶的連接效率和連接作用可能改變其原本的序列,成為影響靈敏度和特異性的關(guān)鍵[7]。

莖環(huán)PCR法不需要酶連反應(yīng),僅通過(guò)對(duì)miRNA序列特異互補(bǔ)的莖環(huán)反轉(zhuǎn)錄引物和通用TaqMan探針即可定量,且具有良好的特異性和靈敏度。雖然TaqMan探針需要專門設(shè)計(jì)和合成,成本較高,不適合一次檢測(cè)多個(gè)miRNA,但該方法逐漸成為miRNA相對(duì)定量的金標(biāo)準(zhǔn),為研究miRNA的調(diào)節(jié)網(wǎng)絡(luò)和機(jī)制闡述提供了有利工具。為進(jìn)一步增強(qiáng)qPCR方法的定量能力,Li等設(shè)計(jì)了一種更加巧妙的莖環(huán)探針來(lái)代替通用的莖環(huán)探針,由于采用了2個(gè)互補(bǔ)的莖環(huán)探針,相對(duì)于僅采用3'端莖環(huán)的探針?lè)ǎ摲椒ㄟM(jìn)一步提高了特異性,已用于檢測(cè)4種miRNA在小鼠10種組織中的相對(duì)表達(dá)量,為癌癥的臨床診斷和研究提供了有利的工具。

qPCR不僅可對(duì)成熟miRNA進(jìn)行定量,也可用于前體miRNA表達(dá)譜的分析。Chugh等建立了一種基于SYBR的qPCR方法,對(duì)miRNA前體和成熟體進(jìn)行檢測(cè),即主要采用全自動(dòng)機(jī)器操作PCR整個(gè)流程和選取具有相同退火溫度的186對(duì)引物,以便在同一塊板上用相同的優(yōu)化條件進(jìn)行定量,從而探究miRNA的產(chǎn)生機(jī)制。Baker等[25]運(yùn)用分子信標(biāo)方法,在短時(shí)間(20~30 min)內(nèi)通過(guò)相對(duì)定量可確定細(xì)胞和組織液中成熟miRNA及其前體表達(dá)水平。其主要原理:分子信標(biāo)與靶標(biāo)RNA發(fā)生特異性結(jié)合時(shí),其莖環(huán)結(jié)構(gòu)打開(從而淬滅基團(tuán)與熒光基團(tuán)分離),在激發(fā)光作用下產(chǎn)生熒光信號(hào)。Baker等運(yùn)用該方法對(duì)miR-21及其前體的相對(duì)表達(dá)量進(jìn)行了檢測(cè),以探究同種miRNA與其前體之間的關(guān)系。

Northern印跡是檢測(cè)miRNA的經(jīng)典方法[26],適用于大多數(shù)實(shí)驗(yàn)室。該方法可有效檢測(cè)成熟與前體miRNA表達(dá)水平,但靈敏度低、定量范圍窄、總RNA樣品需求量大及放射性32P的使用等限制了其應(yīng)用范圍。為此,研究者進(jìn)行了一系列改良:如采用鎖核酸探針替代傳統(tǒng)探針以提高靈敏度[27-28];用地高辛(DIG)標(biāo)記替代放射性磷標(biāo)記,在保證靈敏度的前提下增加實(shí)驗(yàn)的安全性;用EDC(1-乙基-3-二甲基丙胺-碳化二亞胺)促進(jìn)RNA分子轉(zhuǎn)膜[29]。Kim[30]綜合利用各種措施,使得Northern印跡檢測(cè)miRNA的定量下限為0.05 fmol/L,大幅提高了定量范圍和靈敏度。改良Northern印跡檢測(cè)法不僅有利于miRNA及其前體的相關(guān)研究,也有利于對(duì)實(shí)驗(yàn)室操作成本和環(huán)境的控制。

對(duì)目標(biāo)miRNA表達(dá)的定量方法還有其他多種,例如引物入侵法[31]、納米金標(biāo)法[32]、納米金銀染倍增法[33]、單分子檢測(cè)法[34]、直接與間接電化學(xué)法[35-36]、光電共振法[37-38]。上述方法盡管各有特點(diǎn),但整體而言,由于缺乏微陣列芯片和Luminex等技術(shù)的高通量特性、qPCR技術(shù)的高靈敏度與成熟性及Northern印跡的廣泛適用性,其應(yīng)用尚有較大限制,需要進(jìn)一步的探索和改進(jìn)。

4 miRNA藥物的藥代動(dòng)力學(xué)評(píng)價(jià)技術(shù)

目前miRNA作為治療劑已進(jìn)入應(yīng)用階段,已有研究表明通過(guò)拮抗miRNA對(duì)從病毒感染到癌癥均有良好的藥理治療作用,相對(duì)大多數(shù)作用于mRNA的反義藥物來(lái)說(shuō),作用于miRNA的藥物能更加精確,且能作用于有相同種子序列的基因家族[39]。研究表明,多種拮抗miRNA的antimiR藥物在動(dòng)物模型體內(nèi)顯示出良好的藥理作用[40]。Miravirsen(MIR)是第一個(gè)獲準(zhǔn)進(jìn)入臨床試驗(yàn)的該類藥物,現(xiàn)處于臨床Ⅱ期試驗(yàn)階段。MIR是miRNA-122的拮抗模擬類似物,用于治療丙肝病毒(HCV)感染[41-42]。隨著miRNA類核酸藥物時(shí)代的開啟,旨在闡明miRNA藥物作為治療劑的體內(nèi)過(guò)程及作用機(jī)制的藥代動(dòng)力學(xué)評(píng)價(jià)技術(shù)顯得格外重要。miRNA藥物的藥代動(dòng)力學(xué)評(píng)價(jià)分析技術(shù)不同于前述定量技術(shù),通常要求對(duì)生物基質(zhì)中的miRNA藥物直接定量檢測(cè),屬于絕對(duì)定量分析,能更真實(shí)地反映體內(nèi)的過(guò)程。

目前miRNA藥物的藥代動(dòng)力學(xué)評(píng)價(jià)主要為雜交酶聯(lián)免疫法。Kenneth等通過(guò)雜交酶聯(lián)免疫對(duì)血漿和細(xì)胞裂解液中甲基磷酸化修飾的miRNA進(jìn)行定量分析[43]。該方法是利用序列特異性捕獲探針與目標(biāo)miRNA雜交,并與地高辛標(biāo)記的檢測(cè)探針形成復(fù)合體,通過(guò)顯色系統(tǒng)進(jìn)行定量。目前該方法對(duì)甲基磷酸化修飾的miRNA的定量范圍為10 pmol/L~1 μmol/L。Wang[44]等利用這種超靈敏的方法,評(píng)價(jià)了2′-MeOPSmiR16-1、2′-MeOPSmiR29和2′-MeOP?SantagomiR155等3種修飾后miRNA的盒式給藥(cassette dosing)(又稱組合給藥)情況下,在血漿、外周血細(xì)胞及骨髓組織中的藥代動(dòng)力學(xué)和藥效學(xué),發(fā)現(xiàn)聯(lián)合多種miRNA給藥的方式能延長(zhǎng)各自末端半衰期,且能夠提高藥效,為miRNA的類似物或拮抗劑作為臨床治療藥物的研究提供了實(shí)驗(yàn)基礎(chǔ)。此外,MIR的藥代動(dòng)力學(xué)研究也采用該方法完成[45]。

5 結(jié)語(yǔ)

根據(jù)miRNA各自特點(diǎn)和應(yīng)用情況,目前miRNA分析方法可簡(jiǎn)要概括如表1。準(zhǔn)確、科學(xué)的定性和定量分析方法是闡明miRNA調(diào)節(jié)機(jī)制的物質(zhì)基礎(chǔ),也是以miRNA作為生物標(biāo)志物進(jìn)行診斷的前提,更是以其作為核酸類藥物評(píng)價(jià)不可或缺的部分?;诓煌芯磕康牡膍iRNA檢測(cè)分析方法的建立與合理應(yīng)用具有重要意義。因此,對(duì)傳統(tǒng)分析方法進(jìn)行改良,開發(fā)全新分析技術(shù),以達(dá)到高靈敏、高通量、樣品需求量小、低成本的要求,是未來(lái)miRNA分析技術(shù)發(fā)展的方向。

表1 miRNA定量方法的特點(diǎn)和應(yīng)用

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