国产日韩欧美一区二区三区三州_亚洲少妇熟女av_久久久久亚洲av国产精品_波多野结衣网站一区二区_亚洲欧美色片在线91_国产亚洲精品精品国产优播av_日本一区二区三区波多野结衣 _久久国产av不卡

?

漆酶及未培養(yǎng)微生物中漆酶基因的研究進(jìn)展

2014-03-21 06:26:44盧向陽(yáng)
化學(xué)與生物工程 2014年6期
關(guān)鍵詞:漆酶文庫(kù)底物

齊 晶,周 賡,盧向陽(yáng),田 云

(1.湖南農(nóng)業(yè)大學(xué)生物科學(xué)技術(shù)學(xué)院,湖南長(zhǎng)沙410128;2.湖南省農(nóng)業(yè)生物工程研究所,湖南長(zhǎng)沙410128)

漆酶(對(duì)苯二酚氧化酶,EC 1.10.3.2)是一類含銅的多酚氧化酶,屬于藍(lán)色多銅氧化酶家族,能利用分子氧作為電子傳遞介質(zhì)氧化多種類型的酚類化合物及非酚類化合物,將分子氧還原為水[1-2],是一種糖蛋白。漆酶因其底物范圍很寬而被廣泛應(yīng)用于紙漿漂白[3]、染料脫色[4]、有機(jī)物合成[5]、木質(zhì)素降解[6]等工業(yè)及生物技術(shù)領(lǐng)域。由于不同應(yīng)用領(lǐng)域要求不同酶學(xué)性質(zhì)的漆酶,因此通過(guò)開(kāi)發(fā)新的漆酶基因資源來(lái)獲得具有多樣性的漆酶意義重大。在自然界中存在著大量無(wú)法用傳統(tǒng)方法培養(yǎng)的微生物,科研工作者通過(guò)構(gòu)建宏基因組文庫(kù),從中篩選漆酶基因,為漆酶的多樣性、高效性篩選提供了新的途徑。

1 漆酶的作用特點(diǎn)及研究現(xiàn)狀

1.1 漆酶的催化氧化特性

漆酶含有4個(gè)銅離子,分別存在于3個(gè)不同的結(jié)合位點(diǎn)上,在漆酶的催化機(jī)制中起著關(guān)鍵性作用[7]。漆酶能夠利用氧氣作為電子受體,氧化多種酚類及芳香族化合物[8]。大部分漆酶以胞外單分子球蛋白的形式存在,分子質(zhì)量在40~110kDa之間,漆酶分子都存在著不同程度的糖基化[9]。

漆酶的催化氧化作用主要由漆酶的4個(gè)銅離子和底物的自由基共同完成。漆酶分子結(jié)構(gòu)中的4個(gè)銅離子構(gòu)成了2個(gè)活性中心:T1銅離子結(jié)合位點(diǎn),這個(gè)位點(diǎn)與漆酶底物的氧化能力相關(guān)聯(lián);T2和2個(gè)T3銅離子組成三銅離子還原中心結(jié)合位點(diǎn),該位點(diǎn)不僅能接收來(lái)自T1位點(diǎn)的電子,還能將氧氣還原成水。底物與酶活性中心的T1銅離子位點(diǎn)相結(jié)合,底物氧化釋放電子,三銅離子還原中心通過(guò)His-Cys-His途徑轉(zhuǎn)化電子,接著將電子傳遞給氧分子,將氧分子還原成水[10]。與此同時(shí),漆酶底物形成自由基,底物的自由基自身可以結(jié)合也可以相互偶聯(lián),從而生成聚合物或偶聯(lián)產(chǎn)物[11]。漆酶屬于單電子氧化還原酶類,在小分子介質(zhì)存在下,漆酶還能夠氧化非酶底物[12]。據(jù)初步統(tǒng)計(jì),漆酶的催化底物已達(dá)200多種[13],根據(jù)其結(jié)構(gòu)的特異性分為6類:(1)酚類及其衍生物:鄰、對(duì)苯二酚等;(2)芳胺類及其衍生物:氨基苯、1,5-萘二胺;(3)羧酸及其衍生物:原兒茶酸、香豆酸、對(duì)氨基水楊酸;(4)甾體激素和生物色素:雌甾二醇、氧化膽紅素;(5)金屬有機(jī)化合物:二茂鐵類化合物;(6)其它非酚類化合物:亞鐵氰化鉀、抗壞血酸。

1.2 漆酶的研究現(xiàn)狀

漆酶作為一種生物酶,具有酶的所有特點(diǎn),溫度、底物、pH值對(duì)漆酶的影響非常大。漆酶在生產(chǎn)和應(yīng)用過(guò)程中都有可能失活,影響酶的使用效果。漆酶按來(lái)源可以分為植物漆酶、真菌漆酶、細(xì)菌漆酶以及動(dòng)物漆酶等4大類[8]。表1列出了這4類酶的優(yōu)缺點(diǎn)[8,14-15]。

在這4類漆酶中,以真菌漆酶研究得最為深入。真菌漆酶的研究主要包括以下4方面:(1)對(duì)不同產(chǎn)漆酶真菌進(jìn)行菌種篩選、基因克隆,篩選出高效、產(chǎn)酶量大的菌種,其中白腐真菌產(chǎn)生的漆酶被認(rèn)為是效果最好的[16],但真菌漆酶的一些缺點(diǎn)(如熱穩(wěn)定性差、不能用于原核表達(dá)系統(tǒng)高效表達(dá)等)也限制了其應(yīng)用范圍;(2)對(duì)產(chǎn)漆酶真菌菌種進(jìn)行改造,包括利用物理、化學(xué)、生物等方法使菌株發(fā)生改變,提高漆酶產(chǎn)量,以及對(duì)真菌漆酶的分子結(jié)構(gòu)和空間結(jié)構(gòu)的研究;(3)對(duì)產(chǎn)漆酶真菌的發(fā)酵條件進(jìn)行優(yōu)化,使漆酶產(chǎn)量最大化;(4)真菌漆酶在降解木質(zhì)素方面的理論研究,以及在造紙、紡織工業(yè)等領(lǐng)域的應(yīng)用。

表1 4類漆酶的優(yōu)缺點(diǎn)Tab.1 The advantages and disadvantages of the four kinds of laccases

漆酶的催化底物較多,因此具有廣闊的應(yīng)用前景,但天然來(lái)源的4類漆酶存在產(chǎn)量低、性質(zhì)單一、價(jià)格昂貴、活性不穩(wěn)定等不足,難以滿足實(shí)際需求,漆酶的工業(yè)化生產(chǎn)也受到影響。

2 未培養(yǎng)微生物中漆酶基因的研究進(jìn)展

2.1 未培養(yǎng)微生物及研究手段

未培養(yǎng)微生物(uncultured microorganisms)是指到目前為止人們還無(wú)法純培養(yǎng)的微生物[17]。環(huán)境中絕大部分的微生物還沒(méi)有被人類所認(rèn)識(shí),其中勢(shì)必蘊(yùn)含著巨大的生物資源。無(wú)論是未培養(yǎng)微生物的種群結(jié)構(gòu),還是其功能的特異性、新陳代謝途徑等都與純培養(yǎng)微生物有著不一樣的特點(diǎn),這其中隱藏著大量未知的生物遺傳信息[18]。所以開(kāi)發(fā)和利用未培養(yǎng)微生物,并從特定的環(huán)境中篩選出某些未知的微生物、克隆獲得具有特異性功能的基因是目前微生物資源的研究熱點(diǎn)。

因?yàn)樽匀画h(huán)境中大部分的微生物不能依靠傳統(tǒng)的培養(yǎng)方法進(jìn)行篩選,造成了微生物資源的浪費(fèi)和丟失,為此科研工作者研發(fā)了一種新的方法——宏基因組學(xué)(metagenomics)[19]對(duì)未培養(yǎng)微生物進(jìn)行研究。宏基因組的定義為:環(huán)境中全部微生物的遺傳物質(zhì)的總和,包括可培養(yǎng)的微生物基因和不可培養(yǎng)的微生物基因。宏基因組技術(shù)是:提取特定環(huán)境中的總DNA分子,克隆到大腸桿菌等宿主細(xì)胞中用來(lái)構(gòu)建宏基因組文庫(kù)[20],然后再對(duì)宏基因組文庫(kù)中的克隆子進(jìn)行功能驅(qū)動(dòng)篩選和序列驅(qū)動(dòng)篩選分析。目前,已經(jīng)通過(guò)構(gòu)建宏基因組文庫(kù)篩選得到大量新的基因,如編碼纖維素酶[21]、蛋白酶[22]、酯酶[23]、木聚糖酶[24]等活性物質(zhì)的基因。

2.2 未培養(yǎng)微生物中漆酶基因的研究進(jìn)展

隨著分子生物學(xué)和基因組學(xué)等技術(shù)的發(fā)展,漆酶的工業(yè)化生產(chǎn)逐漸朝著分子層面進(jìn)行,如漆酶的異源表達(dá)系統(tǒng)的構(gòu)建。漆酶異源表達(dá)是將獲得的漆酶基因插入適合的載體中進(jìn)行高效表達(dá)的分子技術(shù)。完成漆酶異源表達(dá)的前提是必須得到漆酶基因。在漆酶基因的克隆和鑒定方面,現(xiàn)階段國(guó)內(nèi)外采用的主要方法是:首先從以木質(zhì)纖維素為食物的昆蟲(chóng)[25-26]或利用木質(zhì)纖維素轉(zhuǎn)化為自身生長(zhǎng)需要的菌類[27]等具有木質(zhì)素降解能力的環(huán)境中分離具有漆酶活性的微生物,接著對(duì)獲得的菌株進(jìn)行鑒定,利用分子生物學(xué)的方法對(duì)漆酶基因進(jìn)行克隆、鑒定和表達(dá),研究菌株的產(chǎn)漆酶條件和漆酶的酶學(xué)特性。

目前,科研工作者從未培養(yǎng)微生物中篩選克隆新的漆酶基因[28],并將新的漆酶基因構(gòu)建至表達(dá)載體,對(duì)其表達(dá)產(chǎn)物進(jìn)行酶學(xué)性質(zhì)分析,豐富了漆酶性質(zhì)的多樣性。Beloqui等[26]從牛瘤胃中構(gòu)建宏基因組文庫(kù)篩選得到RF51基因,生物信息學(xué)軟件分析預(yù)測(cè)這些序列屬于擬桿菌屬,將其在大腸桿菌中進(jìn)行表達(dá),對(duì)得到的漆酶進(jìn)行了酶學(xué)性質(zhì)、銅離子結(jié)合位點(diǎn)等的分析;Coy等[29]從白蟻后腸中篩選得到RfLacA、RfLacB基因,通過(guò)對(duì)其編碼的蛋白研究發(fā)現(xiàn),白蟻后腸的漆酶來(lái)源于白蟻,在唾液腺產(chǎn)生,分泌到前腸,結(jié)合銅離子后,在白蟻腸道中對(duì)木質(zhì)纖維素的降解起作用;Ye等[30]從紅樹(shù)林環(huán)境中構(gòu)建宏基因組文庫(kù),篩選獲得一段大小為1 500bp的具有堿性漆酶活性的基因,命名為L(zhǎng)ac591,Lac591基因與嗜堿芽孢桿菌的漆酶相比同源性為52%,且有4個(gè)作為銅離子結(jié)合位點(diǎn)的組氨酸保守區(qū)域;Fang等[31-32]從中國(guó)南海的海洋微生物中通過(guò)構(gòu)建宏基因組文庫(kù)篩選獲得1個(gè)在弱堿性條件下有獨(dú)立活性且對(duì)氯化物有極強(qiáng)耐受性的新漆酶基因片段,命名為L(zhǎng)ac15,Lac15有439個(gè)氨基酸,大小為1 320bp,含有3個(gè)保守的Cu2+結(jié)合區(qū)域;Fang等[33]從熊貓糞便中構(gòu)建宏基因組文庫(kù)篩選得到Lac51基因,該基因編碼的漆酶不僅是金屬離子的氧化酶,而且很有可能是在宿主細(xì)胞胞外起作用的胞外酶,因?yàn)長(zhǎng)ac51基因的N端有一個(gè)TAT型的信號(hào)肽。

在牛瘤胃、白蟻后腸、紅樹(shù)林土壤、南海海水、熊貓糞便等未培養(yǎng)微生物中克隆得到漆酶基因的具體研究 情況見(jiàn)表2。

表2 未培養(yǎng)微生物中漆酶基因的研究情況Tab.2 Research status on laccase genes from uncultured microorganisms

以上研究成果說(shuō)明,通過(guò)構(gòu)建未培養(yǎng)微生物宏基因組文庫(kù)能克隆到新的高效漆酶基因,未培養(yǎng)微生物是一個(gè)巨大的資源庫(kù),不僅數(shù)量多,而且種類豐富,為漆酶基因篩選的多樣性、高效性提供了重要的物質(zhì)基礎(chǔ)。

3 展望

宏基因組技術(shù)避開(kāi)了需要培養(yǎng)的步驟,彌補(bǔ)了傳統(tǒng)純培養(yǎng)微生物技術(shù)的不足,為人們調(diào)查微生物的群落及其資源、開(kāi)發(fā)利用未培養(yǎng)微生物的多樣性、發(fā)現(xiàn)新的基因提供了很好的策略[34]。宏基因組技術(shù)是一種高效快速獲得漆酶基因的方法,豐富了漆酶的來(lái)源,拓寬了木質(zhì)素酶的研究領(lǐng)域,加強(qiáng)了未培養(yǎng)微生物中漆酶的基礎(chǔ)和應(yīng)用研究,在生物質(zhì)資源研究和綜合利用等方面具有重要的意義。

在篩選新型的工業(yè)用酶和生物活性物質(zhì)方面,宏基因組技術(shù)具有高效、快速等優(yōu)勢(shì),在未培養(yǎng)微生物的尋找、功能基因篩選、生態(tài)學(xué)研究等領(lǐng)域有著巨大的應(yīng)用潛能。

由于漆酶功能的特殊性,今后應(yīng)進(jìn)一步加強(qiáng)和完善以下兩方面工作:(1)目前對(duì)宏基因組文庫(kù)進(jìn)行篩選多采用底物丁香醛連氮及愈創(chuàng)木酚,但這兩種底物對(duì)漆酶反應(yīng)的效果不是很明顯[32],因此,選擇更合適的篩選底物能夠大大提高篩選效率;(2)加強(qiáng)漆酶性質(zhì)與功能方面的研究:造紙工業(yè),主要是利用漆酶對(duì)纖維素進(jìn)行降解,降解機(jī)理以及詳細(xì)的降解過(guò)程還有待進(jìn)一步研究[35];紡織工業(yè),排放的廢水大部分都是高溫且呈堿性的,要利用漆酶降解廢水中的染料[36],必須加強(qiáng)漆酶的性質(zhì)以及漆酶的固定化等方面的研究。

[1] CHAKROUN H,MECHICHI T,MARTINEZ M J,et al.Purifi-cation and characterization of a novel laccase from the ascomycete Trichoderma atroviride:Application on bioremediation of phenolic compounds[J].Proc Biochem,2010,45(4):507-513.

[2] WONG K S,HUANG Q L,AU C H,et al.Biodegradation of dyes and polyaromatic hydrocarbons by two allelic forms of Lentinula edodes laccase expressed from Pichia pastoris[J].Bioresour Technol,2012,104(1):157-164.

[3] FOROOTANFAR H,F(xiàn)ARAMARZI M A,SHAHVERDI A R,et al.Purification and biochemical characterization of extracellular laccase from the ascomycete Paraconiothyrium variabile[J].Bioresour Technol,2011,102(2):1808-1814.

[4] WENG S S,LIU S M,LAI H T.Application parameters of laccase-mediator systems for treatment of sulfonamide antibiotics[J].Bioresour Technol,2013,141(8):152-159.

[5] ZHENG Z Q,LI H Z,LI L,et al.Biobleaching of wheat straw pulp with recombinant laccase from the hyperthermophilic Thermus thermophilus[J].Biotechnol Lett,2012,34(3):541-547.

[6] EICHLEROVA I,SNAJDR J,BALDRIAN P.Laccase activity in soils:Considerations for the measurement of enzyme activity[J].Chemosphere,2012,88(10):1154-1160.

[7] RODRIGUEZ C S,TOCA H J L.Industrial and biotechnological applications of laccases:A review[J].Biotechnol Adv,2006,24(5):500-513.

[8] SHARMA P,GOEL R,CAPALASH N.Bacterial laccases[J].World J Microb Biot,2007,23(6):823-832.

[9] SHLEEV S V,MOROZOVA O V,NIKITINA O V,et al.Comparison of physico-chemical characteristics of four laccases from different basidiomycetes[J].Biochimie,2004,86(9-10):693-703.

[10] SOLOMON E I,AUGUSTINE A J,YOON J.O2Reduction to H2O by the multicopper oxidases[J].Dalton Trans,2008,(30):3921-3932.

[11] KUNAMNENI A,PLOU F J,BALLESTEROS A,et al.Laccases and their applications:A patent review[J].Recent Pat Biotechnol,2008,2(1):10-24.

[12] GE H,GAO Y,HONG Y,et al.Structure of native laccase B fromTrametes sp.AH28-2[J].Acta Crystallogr Sect F Struct Biol Cryst Commun,2010,66(3):254-258.

[13] TADESSE M A,D′ANNIBALE A,GALLI C,et al.An assessment of the relative contributions of redox and steric issues to laccase specificity towards putative substrates[J].Org Biomol Chem,2008,6(5):868-878.

[14] WANG H W,ZHU H,LIANG X F,et al.Molecular cloning and expression of a novel laccase showing thermo-and acid-stability from the endophytic fungus Phomopsis liquidambari and its potential for growth promotion of plants[J].Biotechnol Lett,2014,36(1):167-173.

[15] SETHI A,SLACK J,KOVALEVA E S,et al.Lignin-associated metagene expression in a lignocellulose-digesting termite[J].Insect Biochem Mol Biol,2013,43(1):91-101.

[16] PARENTI A,MUGUERZA E,IROZ A R,et al.Induction of laccase activity in the white rot fungus Pleurotus ostreatus using water polluted with wheat straw extracts[J].Bioresour Technol,2013,133(4):142-149.

[17] LEWIS K,EPSTEIN S,D′ONOFRIO A,et al.Uncultured microorganisms as a source of secondary metabolites[J].J Antibiot,2010,63(8):468-476.

[18] RAPPE M S,GIOVANNONI S J.The uncultured microbial majority[J].Annu Rev Microbiol,2003,57(10):369-394.

[19] HANDELSMAN J,RONDON M R,BRADY S F,et al.Molecular biological access to the chemistry of unknown soil microbes:A new frontier for natural products[J].Chem Biol,1998,5(10):245-249.

[20] HANDELSMAN J.Metagenomics:Application of genomics to uncultured microorganisms[J].Microbiol Mol Biol Revs,2004,68(4):669-685.

[21] NACKE H,ENGELHAUPT M,BRADY S,et al.Identification and characterization of novel cellulolytic and hemicellulolytic genes and enzymes derived from German grassland soil metagenomes[J].Biotechnol Lett,2012,34(4):663-675.

[22] BIVER S,PORTETELLE D,VANDENBOL M.Characterization of a new oxidant-stable serine protease isolated by functional metagenomics[J].Springer Plus,2013,2(8):410-419.

[23] GLOGAUER A,MARTINI V P,F(xiàn)AORO H,et al.Identification and characterization of a new true lipase isolated through metagenomic approach[J].Microb Cell Fact,2011,10(7):54-69.

[24] JEONG Y S,NA H B,KIM S K,et al.Characterization of xyn10J,a novel family 10xylanase from a compost metagenomic library[J].Appl Biochem Biotech,2012,166(5):1328-1339.

[25] SCULLY E D,GEIB S M,HOOVER K,et al.Metagenomic profiling reveals lignocellulose degrading system in a microbial community associated with a wood-feeding beetle[J].PLoS ONE,2013,8(9):e73827.

[26] BELOQUI A,PITA M,POLAINA J,et al.Novel polyphenol oxidase mined from a metagenome expression library of bovine rumen:Biochemical properties,structural analysis,and phylogenetic relationships[J].J Biol Chem,2006,281(32):22933-22942.

[27] KIM J K,LIM S H,KANG H W.Cloning and characterization of a novel laccase gene,fvlac7,based on the genomic sequence of Flammulina velutipes[J].Mycobiology,2013,41(1):37-41.

[28] FERRET M,BELOQUI A,GOLYSHIN P N.Screening metagenomic libraries for laccase activities[J].Methods Mol Biol,2010,668(10):189-202.

[29] COY M R,SALEM T Z,DENTON J S,et al.Phenol-oxidizing laccases from the termite gut[J].Insect Biochem Mol Biol,2010,40(10):723-732.

[30] YE M,LI G,LIANG W Q,et al.Molecular cloning and characterization of a novel metagenome-derived multicopper oxidase with alkaline laccase activity and highly soluble expression[J].Appl Microbiol Biotechnol,2010,87(3):1023-1031.

[31] FANG Z M,LI T L,WANG Q,et al.A bacterial laccase from marine microbial metagenome exhibiting chloride tolerance and dye decolorization ability[J].Appl Microbiol Biotechnol,2011,89(4):1103-1110.

[32] FANG W,F(xiàn)ANG Z,ZHOU P,et al.Evidence for lignin oxidation by the giant panda fecal microbiome[J].PLoS ONE,2012,7(11):e50312.

[33] FANG Z M,LI T L,CHANG F,et al.A new marine bacterial laccase with chloride-enhancing,alkaline-dependent activity and dye decolorization ability[J].Bioresour Technol,2012,111(5):36-41.

[34] SCHLOSS P D,HANDELSMAN J.Metagenomics for studying unculturable microorganisms:Cutting the Gordian knot[J].Genome Biol,2005,6(8):299-235.

[35] BUGG T D,AHMAD M,HARDIMAN E M,et al.Pathways for degradation of lignin in bacteria and fungi[J].Nat Prod Rep,2011,28(12):1883-1896.

[36] LIU Y H,YE M,LU Y,et al.Improving the decolorization for textile dyes of a metagenome-derived alkaline laccase by directed evolution[J].Appl Microbiol Biotechnol,2011,91(3):667-675.

猜你喜歡
漆酶文庫(kù)底物
兩種品牌大腸菌群酶底物法檢測(cè)試劑性能的比較
云南化工(2021年6期)2021-12-21 07:30:56
專家文庫(kù)
優(yōu)秀傳統(tǒng)文化啟蒙文庫(kù)
幽默大師(2020年10期)2020-11-10 09:07:22
解析參與植物脅迫應(yīng)答的蛋白激酶—底物網(wǎng)絡(luò)
科學(xué)(2020年2期)2020-08-24 07:57:00
關(guān)于推薦《當(dāng)代詩(shī)壇百家文庫(kù)》入選詩(shī)家的啟事
專家文庫(kù)
以竹粉為基質(zhì)固態(tài)培養(yǎng)蟲(chóng)擬蠟菌及其產(chǎn)漆酶條件研究
漆酶用于環(huán)境修復(fù)的研究及應(yīng)用前景
泛素連接酶-底物選擇關(guān)系的研究進(jìn)展
青霉菌產(chǎn)漆酶的研究及在木質(zhì)素降解中的應(yīng)用
辛集市| 建湖县| 玉门市| 休宁县| 瓦房店市| 长丰县| 肃南| 舞钢市| 黄浦区| 木里| 上犹县| 屯门区| 平遥县| 郎溪县| 灵川县| 双江| 阿鲁科尔沁旗| 清镇市| 嘉黎县| 扶风县| 民乐县| 双江| 师宗县| 奎屯市| 台北市| 河曲县| 湘西| 射洪县| 九江县| 彩票| 舞阳县| 集贤县| 神木县| 闽清县| 永昌县| 鸡泽县| 山东省| 石阡县| 望谟县| 绥江县| 石林|