羅史科,劉鮮花,伍 和,金 嫻,樊春卉,朱平安
(鹽田區(qū)人民醫(yī)院檢驗(yàn)科,廣東深圳518081)
銅綠假單胞菌(PA)是條件致病菌也是醫(yī)院感染細(xì)菌的重要成員,隨著抗菌藥物應(yīng)用人群的不斷擴(kuò)大,PA 對(duì)喹諾酮耐藥性有不斷上升的趨勢(shì)[1]。已獲得耐藥質(zhì)粒的PA 菌株對(duì)抵抗力弱的人群有時(shí)是致命的[2]。及時(shí)發(fā)現(xiàn)細(xì)菌獲取耐藥性的能力,破解細(xì)菌耐藥質(zhì)粒是人類應(yīng)對(duì)PA 的途徑之一。因此研究PA 誘變獲取耐藥質(zhì)粒的過(guò)程及機(jī)制有一定的臨床意義。
1.1 標(biāo)本來(lái)源 收集2012年1月到2013年12月本院各科送檢細(xì)菌培養(yǎng)的合格臨床標(biāo)本,一共481份。
1.2 儀器與試劑 主要儀器包括DNA 自動(dòng)加熱循環(huán)器(美國(guó)Perkin Elmer公司)、紫外線分析儀、epp偏振照相儀、酶標(biāo)分光光度計(jì),微型、水平和垂直電泳儀,MPRA4I高速冷凍離心機(jī)、真空干燥機(jī)、培養(yǎng)搖床、超低溫冰箱、法國(guó)梅里埃細(xì)菌鑒定儀。主要耗材和試劑包括血培養(yǎng)皿、普通瓊脂培養(yǎng)皿,PA標(biāo)準(zhǔn)菌株ATCC27853(由深圳北大醫(yī)院檢驗(yàn)科劉小平主任惠贈(zèng)),奈啶酸、環(huán)丙沙星藥敏紙片,質(zhì)粒提取試劑(深圳雅瑞爾科技公司提供),引物(上海Introvigen公司合成)。
1.3 方法
1.3.1 PA 菌的獲?。?]481份樣品接種于血培養(yǎng)皿,挑取單個(gè)菌落用梅里埃細(xì)菌鑒定儀鑒定為PA 菌株,均與標(biāo)準(zhǔn)菌株ATCC27853比對(duì),共獲得31份PA 樣品。
1.3.2 對(duì)喹諾酮敏感的PA 菌株的挑選 用K-B紙片瓊脂擴(kuò)散法進(jìn)行。根據(jù)CLSI藥敏試驗(yàn)執(zhí)行標(biāo)準(zhǔn)判斷敏感(S)、中介(I)或耐藥(R)[4]。31份PA 菌株經(jīng)奈啶酸、環(huán)丙沙星紙片藥敏試驗(yàn)后分為耐藥PA 菌株15份,敏感PA 菌株16份。16份對(duì)喹諾酮敏感PA 菌株則為備用菌,每一份備用菌用2 個(gè)2 mL EP管(塑料帶蓋離心管)加甘油分別保存然后將備用菌迅速放入-80 ℃。
1.3.3 敏感PA 菌株誘變?yōu)槟袜Z酮藥物菌株 (1)復(fù)蘇及編號(hào):將16份備用菌每份取出一管按收取時(shí)間順序分別編為P1~P16號(hào)并迅速解凍復(fù)蘇;(2)接種并進(jìn)行藥敏試驗(yàn):將復(fù)蘇備用菌分別接種到對(duì)應(yīng)編號(hào)的普通瓊脂平板上,在每一個(gè)瓊脂平板中央加入環(huán)丙沙星藥物紙片;(3)中介菌落的轉(zhuǎn)種:挑選最靠近抑菌圈的PA 菌株,將P1~P16平板上的中介PA 菌株轉(zhuǎn)種到編號(hào)為A1-1~A1-16平板,A1-1~A1-16平板上的中介菌再次轉(zhuǎn)種編號(hào)為A2-1~A2-16平板,以此類推,直到出現(xiàn)完全耐藥PA 為止。
1.3.4 誘變耐藥PA質(zhì)粒的提?。?]取出誘變后耐藥的PA菌株放入增菌液過(guò)夜,增菌后PA 菌株提取質(zhì)粒。按堿裂解細(xì)菌、離心吸附柱結(jié)合DNA、洗去雜質(zhì)的步驟提取質(zhì)粒DNA,提取的質(zhì)粒光密度比值(A260/A280)在1.8~2.0之間。平均細(xì)菌提取的質(zhì)粒濃度有3.19μg/mL(一般情況下是2~5μg/mL)。
1.3.5 質(zhì)粒、染色體DNA 的PCR 擴(kuò)增、序列分析及核酸雜交
1.3.5.1 引物設(shè)計(jì)合成 依據(jù)GenBank提供的基因序列,使用Primer Premier 5設(shè)計(jì)針對(duì)各喹諾酮耐藥基因(PMQR)基因變異體的共有序列的通用引物qnrA-F:ATC TCT CAC GCC ACC GTA TG,qnrA-R:GAT CATC ACG GGT TAG GTC A;qnrB-F:ACG ATG TAT GG T AGC CGT AA,qnrBR:GAT CGT GTC GTC CAG ATT GG;qnrS-F:ACG ACA TCG ATC GGC TGC GT,qnrS-R:TAG CTG TGC ACG CTT GAG GC;qnrC-F:GAG TTG TAC ATA TTG AGT CG,qnrCR:CAC CTA CGC ATG TAT AGT CA;qnrD-F:CGA GAC AAT CTA CGC GAA TA,qnrD-R:AGC ATG CTG AGC GCA TGC TA;aac(6′)-Ib-F:TTG CGA TGC TCT ATG AGT CGC TA,aac(6′)-Ib-R:CTC GAA TGC CTG GCG TGT TT;qepA-F:AAC TGC TTG ACC CCG TAT AT,qepA-R:GTC TAC GCC ATG GAC CTC AC 依照多重PCR 的要求優(yōu)化反應(yīng)條件,用于擴(kuò)展目的基因。合成的引物臨用前稀釋,將裝有引物的EP管5 000r/min離心1min,加入少量的去離子水,使引物濃度為10μmol/L,分裝后置于-20 ℃保存待用。
1.3.5.2 PMQR 基因的PCR 擴(kuò)增與測(cè)序 耐藥PA 菌株篩選PMQR 質(zhì)粒,進(jìn)行多重PCR 反 應(yīng)(qnrA/qnrB/qnrS/qnrC/qnrD)的反應(yīng)體系,共50μL:Premix Ex Taq 25μL,qnrA、qnrB、qnrS、qnrC、qnrD 的引物(包括上、下游)各1μL。DNA模板4μL、水11μL。PCR 反應(yīng)條件為94 ℃預(yù)變性5min;94℃變性45s,53 ℃退火45s,72 ℃延伸60s,共35個(gè)循環(huán);最后72 ℃延伸10min。
1.3.5.3 瓊脂糖凝膠電泳檢測(cè)PCR 擴(kuò)增產(chǎn)物 稱取1.20g瓊脂粉放入三角燒瓶中,加入0.5×TBE緩沖液100mL,微波爐加熱至完全熔化,取出冷卻至58 ℃左右,加入EB 母液(10 mg/mL)至終濃度為0.5μg/mL。緩慢倒入模具中。凝固后將內(nèi)槽和著凝膠一起放入電泳槽,負(fù)極與上樣孔在同一側(cè)。加入緩沖液0.5×TBE蓋過(guò)凝膠表面。取10×上樣緩沖液2μL與18μL PCR 產(chǎn)物混勻,加到凝膠板上樣孔內(nèi),另外選一孔加入6μL dp1000Marker。用100V 直流電源電泳40min,當(dāng)溴酚藍(lán)染料泳動(dòng)至距離凝膠前沿2cm 處停止電泳,取出凝膠用紫外投射儀內(nèi)看結(jié)果并拍攝照片。
1.3.5.4 序列比對(duì)與分析 序列測(cè)序委托深圳華大基因公司完成,測(cè)序結(jié)果使用Chromas、DNAStar、VectorNT1、Suite8等軟件進(jìn)行查看及序列校正拼接,借助NCBI BLAST 程序(http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi)與GenBank數(shù)據(jù)庫(kù)比對(duì)分析,明確基因亞型、有無(wú)突變、突變位點(diǎn)及由此導(dǎo)致的氨基酸改變。
1.4 統(tǒng)計(jì)學(xué)處理 數(shù)據(jù)統(tǒng)計(jì)分析與圖表制作使用Microsoft Excel2007對(duì)試驗(yàn)數(shù)據(jù)進(jìn)行統(tǒng)計(jì)和圖表制作。
2.1 PA 完全耐藥株的出現(xiàn) 在第9次誘變轉(zhuǎn)種后出現(xiàn)A9-3、A9-9 2株完全耐藥株。
圖1 耐藥株質(zhì)粒DNA 電泳圖
2.2 耐藥菌株提取質(zhì)粒的電泳 見(jiàn)圖1。
2.3 耐藥株質(zhì)粒測(cè)序及比對(duì) 測(cè)序結(jié)果與Genbank數(shù)據(jù)庫(kù)比對(duì)分析,耐藥株質(zhì)粒基因?yàn)閝nrS,見(jiàn)圖2(見(jiàn)《國(guó)際檢驗(yàn)醫(yī)學(xué)雜志》網(wǎng)站主頁(yè)“論文附件”)。
與PA 耐藥機(jī)制有 關(guān) 的 因 素[5-6]主 要 有(1)細(xì) 菌 產(chǎn) 生 抗 菌活性酶,如β-內(nèi)酰胺酶、氨基糖苷鈍化酶等;(2)細(xì)菌改變抗菌藥物作用的靶位,如青霉素結(jié)合蛋白(PBPs)、DNA 旋轉(zhuǎn)酶等結(jié)構(gòu)發(fā)生改變,從而逃避抗菌藥物的抗菌作用;(3)外膜通透性降低;(4)生物膜形成;(5)主動(dòng)泵出系統(tǒng)。質(zhì)粒是宿主細(xì)胞核質(zhì)中存在的雙鏈DNA。喹諾酮類藥物作用于細(xì)菌的靶酶為革蘭陰性菌的DNA 旋轉(zhuǎn)酶及革蘭陽(yáng)性菌拓?fù)洚悩?gòu)酶。PA 屬于革蘭陰性菌,其產(chǎn)生耐喹諾酮藥物主要是由于DNA 酶結(jié)構(gòu)改變,而質(zhì)粒的變異是導(dǎo)致DNA 酶改變的主要因素之一。本課題證明PA 在喹諾酮抑菌圈外(低于有效抑菌濃度)連續(xù)進(jìn)行9次轉(zhuǎn)種誘變,細(xì)菌有耐藥質(zhì)粒檢出,細(xì)菌已獲得耐藥性突變。與同一城市不同城區(qū)的PA 耐藥性略有不同,深圳市南山區(qū)PA 2011~2012年耐藥基因共檢測(cè)出11種[7]。ICU 患者及燒傷患者PA 耐藥率遠(yuǎn)高于其他患者[8],耐藥感染致死率明顯高于其他細(xì)菌,對(duì)PA 不規(guī)范用藥導(dǎo)致耐藥應(yīng)引起足夠重視。蔣崗等[9]對(duì)廣州地區(qū)PA 常見(jiàn)8種耐藥基因進(jìn)行分析,發(fā)現(xiàn)耐藥率均大于10%。吳俊等[10]研究廣州一家三甲醫(yī)院PA 耐藥機(jī)制時(shí)檢查出大型質(zhì)粒介導(dǎo)PA 菌株產(chǎn)金屬β-內(nèi)酰胺酶基因,感染患者病死率高達(dá)71%。PA 是容易獲得耐藥質(zhì)粒的一類條件致病菌,在ICU 及燒傷科感染率高,致死率高,連續(xù)低濃度用藥細(xì)菌細(xì)菌容易突變獲得耐藥性,使用PA 敏感的抗菌藥物一定要定時(shí)監(jiān)測(cè)血藥濃度并注意幾種敏感藥物要交替使用。
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