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禽坦布蘇病毒分子生物學(xué)診斷方法研

2015-12-09 16:06于新友李天芝
養(yǎng)禽與禽病防治 2015年8期
關(guān)鍵詞:敏感性定量引物

于新友 李天芝 王 艷

(1山東綠都生物科技有限公司 山東濱州 256600 2山東省濱州畜牧獸醫(yī)研究院 山東濱州 256600)

禽坦布蘇病毒(Avian Tembusu virus,ATMUV)可感染鴨、鵝和雞等多種禽類,引起禽坦布蘇病毒病[1](Avian Tembusu virus disease,ATMUVD),該病自2010年在我國暴發(fā)以來,迅速波及到全國多個省份[2],給我國養(yǎng)禽業(yè)造成了嚴(yán)重的經(jīng)濟(jì)損失[3]。禽坦布蘇病毒為黃病毒科、黃病毒屬成員,引起鴨發(fā)病的病毒又稱為鴨坦布蘇病毒(Duck Tembusu virus,DTMUV)。感染鴨群的發(fā)病率高達(dá)100%,死亡率在5%~15%,臨床表現(xiàn)為高熱、蛋鴨產(chǎn)蛋率嚴(yán)重下降、部分感染鴨拉綠色稀便并出現(xiàn)神經(jīng)癥狀。病理剖檢主要表現(xiàn)為卵巢充血、出血、萎縮和壞死,卵泡破裂,心內(nèi)膜出血,脾臟腫大。該病造成約1.2億只蛋鴨和1 500萬只肉鴨感染發(fā)病,經(jīng)濟(jì)損失達(dá)數(shù)十億元[4]。本文就近年來禽坦布蘇病毒的分子生物學(xué)檢測方法研究進(jìn)展作一簡要概述,以期為該病的快速診斷和防控提供參考。

1 核酸探針

核酸探針技術(shù)是常用的分子生物學(xué)診斷技術(shù),它具有操作簡單,不受抗原抗體反應(yīng)的限制,結(jié)果易于判定等優(yōu)點(diǎn),適合在基層推廣使用。高緒慧等[5]根據(jù)GenBank中Bagaza株MDTUV基因組序列設(shè)計1對特異性引物,擴(kuò)增NS3基因406bp的特異性片段,將純化的PCR產(chǎn)物用地高辛進(jìn)行探針標(biāo)記,建立了地高辛標(biāo)記探針檢測MDTUV的方法。該法敏感性高,最低檢出限量為100pg/L,特異性好,不與鴨瘟病毒、H9N2亞型禽流感病毒、新城疫病毒、傳染性法氏囊病病毒和減蛋綜合征病毒的核酸發(fā)生雜交反應(yīng)。

2 RT-PCR方法

RT-PCR是以病毒的RNA為模板進(jìn)行反轉(zhuǎn)錄,再以PCR進(jìn)行核酸擴(kuò)增來檢測病毒的方法,以其簡便、迅速及靈敏等優(yōu)點(diǎn)在動物疾病診斷上得到了廣泛的應(yīng)用。張帥等[6]建立了DTMUV的一步法RT-PCR檢測方法,該法具有特異、快速、敏感及準(zhǔn)確等特點(diǎn),可以檢出1.82個TCID50的病毒的核酸。李國平[7]根據(jù)GenBank上登錄的DTMUV基因組序列,設(shè)計1對引物,建立了檢測DTMUV的RT-PCR診斷方法,該法對Ⅰ型鴨肝炎病毒、新城疫病毒、減蛋綜合征病毒和鴨腸炎病毒等常見鴨病的擴(kuò)增結(jié)果均為陰性,檢測的敏感性達(dá)1ng RNA。張艷芳等[8]根據(jù)GenBank中DTMUV E基因和鴨圓環(huán)病毒REP基因的保守序列,設(shè)計合成了2對引物,建立了鴨坦布蘇病毒和鴨圓環(huán)病毒的二重RT-PCR方法。結(jié)果表明:該方法對鴨坦布蘇病毒和鴨圓環(huán)病毒的檢測敏感性達(dá)到100fg,對新城疫病毒、鴨瘟病毒、鴨肝炎病毒、番鴨細(xì)小病毒、番鴨呼腸孤病毒、H9亞型禽流感病毒和減蛋綜合征病毒的檢測結(jié)果均為陰性。趙虹等[9]針對GenBank中DTMUV NS2基因、所有亞型AIV M 基因和H9亞型AIVHA基因的保守序列,分別設(shè)計了3對特異性引物,建立可同時快速檢測DTMUV、所有亞型AIV和H9亞型AIV分型檢測的多重PCR檢測方法,并對其他鴨病病原體進(jìn)行PCR擴(kuò)增,結(jié)果均為陰性,敏感性測定結(jié)果顯示,該方法能檢測到45pg的DTMUV,7.6pg的H9亞型AIV和76pg的AIVM基因。孫敏華等[10]建立了可同時檢測DTMUV和EDSV 2種病毒的二重PCR檢測方法,特異性試驗(yàn)結(jié)果顯示,該法可以同時檢測DTMUV和EDSV,且不與鴨肝炎病毒、鴨瘟病毒、番鴨呼腸孤病毒、小鵝瘟病毒、番鴨細(xì)小病毒、H9亞型禽流感病毒、新城疫病毒及大腸桿菌的核酸發(fā)生交叉反應(yīng),敏感性試驗(yàn)表明,該法對DTMUV的最低檢出限為590個拷貝,對EDSV的最低檢出限為3 260個拷貝,該方法重復(fù)性良好,對不同批次的樣品擴(kuò)增效果良好。

3 套式PCR方法

套式PCR,又稱巢式PCR。使用2對PCR引物擴(kuò)增完整的片段,以第一對引物的擴(kuò)增產(chǎn)物為模板進(jìn)行第二輪擴(kuò)增反應(yīng),檢測的特異性更好,敏感性也更高。顏丕熙等[11]根據(jù)DTMUV E基因序列,設(shè)計了2對重疊引物P1、P2和P3、P4,建立了檢測鴨坦布蘇病毒的套式RT-PCR方法,該套式RT-PCR比一般PCR敏感性高10倍。采用該方法對安徽省、河北省、山東省、浙江省和上海市等地發(fā)病鴨場的63份樣品進(jìn)行了檢測,陽性檢出率為48/63(76.2%),而病毒分離率僅為13/63(20.6%)。黃欣梅等[12]根據(jù)GenBank發(fā)表的鵝黃病毒JS804株全基因序列,應(yīng)用Primer Premier 5.0軟件設(shè)計了2對特異性引物,建立了禽黃病毒套式RT-PCR檢測方法,該法最低病毒檢測量為101.89 TCID50/0.1mL,比普通RT-PCR方法敏感性高1 000倍。

4 熒光定量RT-PCR方法

實(shí)時熒光定量PCR是在PCR技術(shù)基礎(chǔ)上發(fā)展起來的一種高度靈敏的核酸定量技術(shù),它融匯了傳統(tǒng)PCR技術(shù)靈敏、快速、特異的特點(diǎn)以及光譜技術(shù)的高敏感性和高精確定量的優(yōu)點(diǎn),具有特異性強(qiáng)、靈敏度高、重復(fù)性好、定量準(zhǔn)確、速度快和全封閉反應(yīng)等優(yōu)點(diǎn)。Yan等[13]針對DTMUV E基因設(shè)計引物,建立了DTMUV TaqMan探針熒光定量RT-PCR方法,該法比常規(guī)RT-PCR敏感100倍,最低可檢測到50個拷貝的病毒核酸。Yun等[14]針對ATMUV 3′端非編碼區(qū)設(shè)計MGB探針,建立了檢測ATMUV的熒光定量RT-PCR方法,檢測時間短,2h內(nèi)即可完成檢測。萬春和等[15]根據(jù)DTMUVNS5基因序列特征設(shè)計引物,建立基于SYBRGreenⅠ檢測模式的實(shí)時熒光定量RT-PCR,該方法檢測DFV NS5基因2.74×103-2.74×107拷貝/μL,反應(yīng)范圍內(nèi)有很好的線性關(guān)系。擴(kuò)增產(chǎn)物的熔解曲線分析只出現(xiàn)1個單特異峰,無引物二聚體,Tm值為(86.23±0.18)℃,對禽流感病毒、鴨肝炎病毒、鴨源禽Ⅰ型副黏病毒、鴨減蛋綜合征病毒和番鴨呼腸孤病毒核酸均無陽性信號擴(kuò)增,可重復(fù)性好,組內(nèi)變異系數(shù)為0.52%~1.48%,組間變異系數(shù)0.71%~2.21%。彭珊等[16]建立了DTMUV的TagMan熒光定量PCR檢測方法,該法檢測敏感性是普通PCR方法的100倍,并且該方法對DTMUV的最低檢側(cè)限是0.01半數(shù)雞胚致死量(ELD50)。通過批內(nèi)和批間實(shí)驗(yàn)的變異系數(shù)表明優(yōu)化的熒光定量PCR方法的重復(fù)性比未優(yōu)化的熒光定量PCR方法好,該法特異性好,對其他鴨病毒核酸擴(kuò)增結(jié)果均為陰性。靳宇田等[17]根據(jù)GenBank已發(fā)表的DTMUV保守基因序列,設(shè)計了1對特異性引物及TaqMan探針,建立了檢測DTMUV的熒光定量RT-PCR方法,該法特異性好,僅能在DTMUV樣本中檢出熒光信號,與其他病原不發(fā)生交叉反應(yīng);敏感性高,質(zhì)粒最低檢測限可達(dá)25拷貝/μL。張艷芳等[18]根據(jù)GenBank中DTMUV E基因和DPV UL6基因的保守序列,設(shè)計合成了2對引物和2條TaqMan探針,建立了同時檢測DTMUV和鴨瘟病毒的二重?zé)晒舛縍T-PCR方法。該法對DTMUV和鴨瘟病毒的檢測靈敏度均達(dá)100個模板拷貝數(shù),同時該方法對鴨源新城疫病毒、鴨肝炎病毒、番鴨細(xì)小病毒、H9亞型禽流感病毒和減蛋綜合征病毒的檢測結(jié)果均為陰性。王楠楠等[19]根據(jù)坦布蘇病毒E基因設(shè)計1對特異性引物,建立了檢測坦布蘇病毒的SYBRGreenⅠ絕對熒光定量RT-PCR方法,標(biāo)準(zhǔn)曲線的線性關(guān)系顯著(r2>0.999),平均試驗(yàn)間變異系數(shù)為0.26%,檢測敏感性可達(dá)到2×101拷貝/μL。曾婷婷等[20]建立了可鑒別坦布蘇病毒和產(chǎn)蛋下降綜合征病毒的二重實(shí)時熒光定量RT-PCR方法,該法只擴(kuò)增這2種病毒的目的片段,無交叉擴(kuò)增反應(yīng),與其他常見禽類病原體也無擴(kuò)增反應(yīng),該檢測體系最低可同時檢測100個拷貝的坦布蘇病毒和產(chǎn)蛋下降綜合征病毒,比常規(guī)PCR和RT-PCR敏感10~100倍。

5 環(huán)介導(dǎo)等溫擴(kuò)增技術(shù)

環(huán)介導(dǎo)等溫擴(kuò)增(loop-mediated isothermal amplification,LAMP)方法是日本學(xué)者Notomi等發(fā)明的一項恒溫核酸擴(kuò)增技術(shù),具有操作簡便、快速、高效、敏感、特異和經(jīng)濟(jì)等特點(diǎn),特別適合在現(xiàn)場和基層應(yīng)用。Wang等建立的可視化檢測ATMUV的RT-LAMP方法在63℃水浴50min內(nèi)即可完成擴(kuò)增,敏感性達(dá)2拷貝/μL。李兆龍等[21]建立的ATMUV RT-LAMP方法在常規(guī)水浴鍋中45min內(nèi)即可完成,靈敏度達(dá)1 pg,比常規(guī)RT-PCR方法高100倍。RT-LAMP方法本質(zhì)是一種核酸擴(kuò)增檢測方法,故具有較高的敏感性與特異性,且該方法簡便、快速、無需特殊儀器設(shè)備,特別適合基層獸醫(yī)部門使用,具有廣闊的應(yīng)用前景。董嘉文等[22]根據(jù)DTMUV E基因保守區(qū)域設(shè)計了1套引物,建立了檢測DTMUV的RT-LAMP方法,該法的最低檢測限可達(dá)7.8拷貝,其靈敏度是普通RT-PCR的100倍,對其他常見鴨源病毒核酸擴(kuò)增結(jié)果均為陰性。韓凱凱等[23]建立一種基于LAMP技術(shù)的鵝源坦布蘇病毒檢測方法,該法靈敏度極高,是普通PCR方法的100倍,對于其他常見禽RNA病毒均無特異性擴(kuò)增。歐全賓等[24]根據(jù)GenBank發(fā)布的坦布蘇病毒Bagaza毒株E基因的保守序列設(shè)計1套引物,建立了環(huán)介導(dǎo)等溫擴(kuò)增快速檢測鴨坦布蘇病毒的方法。該法的檢測敏感性可達(dá)10拷貝/μL,對鴨坦布蘇病毒山東分離株的檢測呈陽性,而對鴨瘟病毒、禽流感病毒(H9亞型)、鴨新城疫病毒、傳染性法氏囊病病毒和減蛋綜合征病毒擴(kuò)增結(jié)果均為陰性。

6 競爭定量PCR方法

競爭定量PCR是先構(gòu)建一個與靶基因相同的擴(kuò)增效率和引物結(jié)合位點(diǎn),僅探針結(jié)合位點(diǎn)不同的內(nèi)標(biāo),在同一反應(yīng)管內(nèi),靶基因和內(nèi)標(biāo)物和引物競爭性結(jié)合,進(jìn)行同步擴(kuò)增。由于競爭作用,當(dāng)一種模板量逐漸增加時,另一種模板的擴(kuò)增產(chǎn)物相對逐漸減少,但2種擴(kuò)增產(chǎn)物的比值和2種初始狀態(tài)時模板分子數(shù)的比值是一致的。根據(jù)標(biāo)準(zhǔn)品的準(zhǔn)確含量制作標(biāo)準(zhǔn)曲線,從而進(jìn)行準(zhǔn)確核酸定量。袁朋等[25]建立了檢測DTMUV的競爭定量PCR方法,該法特異性強(qiáng)、靈敏性高,競爭模板和目標(biāo)模板可在400個分子/μL的水平上共擴(kuò)增,能夠滿足簡單快速確定病毒含量的要求。

7 小結(jié)與展望

雖然DTMUV分子生物學(xué)鑒別診斷方法有較多,但各有利弊,常規(guī)RT-PCR方法具有特異性強(qiáng)、敏感性高和檢出率高等特點(diǎn),但不能準(zhǔn)確地定量、容易污染,且敏感性有限。熒光定量RT-PCR技術(shù)彌補(bǔ)了常規(guī)RT-PCR方法的缺點(diǎn),但是熒光定量PCR儀器和探針的合成價格昂貴,檢測成本比較高,這也限制了它的普遍應(yīng)用。LAMP方法檢測快速、簡便,適合在基層獸醫(yī)和養(yǎng)殖場進(jìn)行推廣使用,但LAMP方法靈敏度高易導(dǎo)致假陽性。相信隨著分子生物學(xué)的發(fā)展,不久的將來,一些操作簡單、敏感高、特異性好、檢測速度快及價格低廉的DTMUV新型分子生物學(xué)檢測方法將會被建立起來。

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