熊業(yè)城，黃永震，賀 花，2，曹修凱，雷初朝，陳 宏*

(1.西北農(nóng)林科技大學(xué)動物科技學(xué)院，陜西省農(nóng)業(yè)分子生物學(xué)重點(diǎn)實(shí)驗室，陜西 楊凌 712100；2.西北農(nóng)林科技大學(xué)動物醫(yī)學(xué)學(xué)院，陜西 楊凌 712100)

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綜 述

拷貝數(shù)變異在動物遺傳育種中的研究進(jìn)展

熊業(yè)城1，黃永震1，賀 花1，2，曹修凱1，雷初朝1，陳 宏1*

(1.西北農(nóng)林科技大學(xué)動物科技學(xué)院，陜西省農(nóng)業(yè)分子生物學(xué)重點(diǎn)實(shí)驗室，陜西 楊凌 712100；2.西北農(nóng)林科技大學(xué)動物醫(yī)學(xué)學(xué)院，陜西 楊凌 712100)

近幾年的研究發(fā)現(xiàn)表明，拷貝數(shù)變異(Copy number variations，CNV)在人類和動物基因組中大量存在，屬于重要的生物遺傳變異資源，并且與表型的多樣性相關(guān)，在物種的演化與發(fā)展中發(fā)揮著重要作用。本文中介紹了CNVs的基本知識、作用機(jī)理以及各種檢測技術(shù)，并進(jìn)一步對其研究進(jìn)展進(jìn)行可行性展望。

拷貝數(shù)變異；機(jī)理；檢測技術(shù)；研究進(jìn)展

前言

1970年以后，隨著現(xiàn)代分子生物學(xué)技術(shù)的發(fā)展，尤其是PCR技術(shù)、DNA測序技術(shù)逐步完善，人們發(fā)現(xiàn)了除基因突變、基因重組以外的DNA分子水平上的遺傳變異，如拷貝數(shù)變異(CNV)、單核苷酸多態(tài)(SNP)等。鑒于CNV廣泛存在于動物體的基因組中，并且對畜禽的很多經(jīng)濟(jì)性狀有一定的影響，本文便對其在動物遺傳育種中的研究現(xiàn)狀進(jìn)行綜述。

1 拷貝數(shù)變異(CNV)定義及其變異形式

拷貝數(shù)變異(CNV)較早就已經(jīng)被人們所發(fā)現(xiàn)，但直到2006年，在Redon和Feuk等人發(fā)表了人類基因組拷貝數(shù)變異的草圖之后[1,2]，我們才有了一個較為明確的定義，即指大小在kb至Mb范圍中的亞顯微水平基因組片段的拷貝數(shù)突變?；蚪M拷貝數(shù)片段的倒置、缺失、倍增等變異統(tǒng)稱為CNVs，但是由轉(zhuǎn)座子的插入和缺失引起的基因變異不屬于CNV。在2007年，人們還發(fā)現(xiàn)了關(guān)于拷貝數(shù)新的概念——CNV區(qū)域，即當(dāng)兩個或兩個以上個體的CNV重復(fù)時，就合并為一個CNV區(qū)域[3]。

隨著檢測技術(shù)的發(fā)展，越來越多的小片段變異被發(fā)現(xiàn)，使得原來的定義無法包含這些相似但長度較小的結(jié)構(gòu)變異。此后，人類基因組拷貝數(shù)的研究的逐漸成熟，CNV的定義也隨之改變。到了2011年，Achilli等將CNV更準(zhǔn)確的定義為一個物種兩個個體之間的大于50 bp的基因組序列的插入或缺失變異[4]。由此觀之，CNV定義的變化實(shí)際上反映出人們對基因組結(jié)構(gòu)變異的一個由淺入深的認(rèn)知過程。

在基因組中，我們常見的CNV變異形式主要有：(1)某個片段的重復(fù)；(2)單個片段的多次重復(fù)；(3)多個片段的多次重復(fù)；(4)某個片段的缺失；(5)復(fù)雜變異又稱復(fù)合多位點(diǎn)變異，在變異區(qū)域內(nèi)既有某些片段的重復(fù)，又有某些片段的缺失[5]。其中SD序列是最常見的一種類型，即某個片段的重復(fù)片段的倍增。SD序列在人類全基因組序列中的密度約為4%～5%，而CNV富集區(qū)的SD序列平均密度約為25%，稀有區(qū)約為2%～3%。因此，CNV和SD序列的發(fā)生彼此之間具有高度的相關(guān)性[6]。

2 拷貝數(shù)變異(CNV)的形成機(jī)制

CNV是構(gòu)成基因組結(jié)構(gòu)變異(Structural variation,SV)的重要組成部分，CNV一般是由染色體結(jié)構(gòu)變異引起的，尤其是染色體重排，使基因組遺傳不穩(wěn)定，并出現(xiàn)了早發(fā)性的高頻外顯紊亂現(xiàn)象[7]。

目前，人們主要集中于人類基因組的CNVs 研究。研究發(fā)現(xiàn)，人類基因組序列的染色體重排主要有以下四種形式：非等位基因同源重組(Nonallelic homologous recombination，NAHR)、非同源末端連接(Non-homologous End Joining,NHEJ)、DNA復(fù)制叉停滯與模板交換(replication fork smiling and template switching,FoSTeS)、L1介導(dǎo)的反轉(zhuǎn)錄轉(zhuǎn)座(L1 mediated retrotransposition)和非同源突變機(jī)制。

2.1 非等位基因同源重組

非等位基因同源重組是具有高度相似性的重復(fù)序列進(jìn)行同源重組的現(xiàn)象，可以造成基因組的重復(fù)、缺失、倒位和易位。如果進(jìn)行同源重組的重復(fù)序列位于同一染色體上，則會造成重復(fù)片段的擴(kuò)增、缺失和倒位，如相同染色體上的同向重復(fù)序列間的非等位同源重組會導(dǎo)致重復(fù)或缺失，相同染色體上的反向重復(fù)序列間的非等位同源重組會導(dǎo)致倒位；反之，位于不同染色體上則會形成重復(fù)片段的易位，即非同源染色體間某區(qū)段的轉(zhuǎn)移。

2.2 非同源末端連接

非同源末端連接(Non-homologous End Joining,NHEJ)是在真核生物細(xì)胞中，為了避免DNA或染色體斷裂的滯留對生命力產(chǎn)生影不依賴于DNA同源性，強(qiáng)行將兩個DNA斷端連接在一起的一種特殊的DNA雙鏈斷裂修復(fù)機(jī)制。NHEJ是形成簡單的CNV的重要原因，非同源末端連接在連接處會以插入或缺失一些核苷酸的形式留下信息標(biāo)記[8]。

2.3 DNA復(fù)制叉停滯與模板交換

隨著分子生物學(xué)技術(shù)的快速發(fā)展，尤其是芯片技術(shù)，促進(jìn)了對CNVs結(jié)構(gòu)的研究，發(fā)現(xiàn)了許多含有復(fù)雜重排結(jié)構(gòu)的CNVs，無法用DNA重組的形成機(jī)制來解釋。Lee等便提出一種新機(jī)理來解釋某些特殊的人類基因組重排及CNV突變，稱為復(fù)制叉停滯及模板轉(zhuǎn)換(The fork stalling and template switching，F(xiàn)oSTeS)機(jī)制。而且DNA復(fù)制叉停滯與模板交換是目前研究發(fā)現(xiàn)的CNVs形成的最簡單的機(jī)制，許多小的CNV就是由復(fù)制滑動產(chǎn)生的。一般的情況下，這種機(jī)制會使基因組片段產(chǎn)生超過5kb的變異[9]。

FoSTeS機(jī)制認(rèn)為，隨著DNA復(fù)制的進(jìn)行，復(fù)制叉上的一條滯后鏈會從DNA模版上脫離下來，根據(jù)脫離位點(diǎn)與目標(biāo)位點(diǎn)的同源性，跳轉(zhuǎn)到另一個復(fù)制叉上開始新一輪復(fù)制的過程[10]。新的模板鏈不一定要離原始復(fù)制叉很近，只是在三維物理結(jié)構(gòu)上兩者要很相似。我們可以根據(jù)復(fù)制叉的方向和新復(fù)制叉中是哪一條鏈作為模板，可以看到新復(fù)制叉上錯誤的結(jié)合片段可以正向或反向出現(xiàn)的現(xiàn)象。而且，又可以根據(jù)新的復(fù)制叉是在起始復(fù)制叉的下游還是上游，看到模板轉(zhuǎn)換的結(jié)果是缺失或是重復(fù)。

2.4 L1介導(dǎo)的反轉(zhuǎn)錄轉(zhuǎn)座

反轉(zhuǎn)錄轉(zhuǎn)座與其他三種形成過程不同，它是通過特定引物反轉(zhuǎn)錄來實(shí)現(xiàn)的，產(chǎn)生的cDNA 片段插入到基因組中的不同位點(diǎn)，形成新的重復(fù)類型[11]。L1為不含LTRs的自主性反轉(zhuǎn)錄轉(zhuǎn)座子，全長5-7kb。人類基因組中有10萬份以上的L1，約占總序的15%左右，是目前人類基因組上最活躍的自主轉(zhuǎn)座子[12]，L1的轉(zhuǎn)座是通過RNA來介導(dǎo)[13]。L1的反轉(zhuǎn)錄和整合是通過“目標(biāo)引物反轉(zhuǎn)錄(TPRT)”過程來實(shí)現(xiàn)[14]。由此產(chǎn)生的插入序列兩側(cè)是復(fù)制的靶位點(diǎn)(TSD)，這也是目標(biāo)引物反轉(zhuǎn)錄的特點(diǎn)。與前面幾種機(jī)制相比，這種機(jī)制只會形成新的重復(fù)，而且屬于逆轉(zhuǎn)錄轉(zhuǎn)座的變異的形式。

2.5 非同源突變機(jī)制

然而，并非所有的CNV都與DNA重復(fù)片段有關(guān)，非同源突變(Non—homology—based mutation)也可造成CNVs[15]。經(jīng)研究發(fā)現(xiàn)，一些CNVs與非β—DNA結(jié)構(gòu)相關(guān)，即DNA的結(jié)構(gòu)與經(jīng)典的右旋雙螺旋結(jié)構(gòu)有差異，包括左旋Z型DNA和環(huán)型DNA。而且，人們認(rèn)為這種非β—DNA結(jié)構(gòu)更有利于染色體的重排和CNV的形成，其形成的原理還有待于進(jìn)一步的研究。

3 拷貝數(shù)變異(CNV)的檢測方法

CNV的檢測方法分為兩種[16]，一種是在全基因組范圍內(nèi)對未知CNV進(jìn)行檢測，包括芯片技術(shù)和測序技術(shù)；另一種是對已知的CNV進(jìn)行定點(diǎn)檢測或驗證，其中最常用的是實(shí)時定量PCR法。

3.1 基因組未知CNV的檢測方法

芯片技術(shù)包括比較基因組雜交芯片(Comparative Genomic Hybridization，CGH)和單核苷酸多態(tài)性芯片(Single Nucleotide Polymorphisms，SNP)。

隨著新一代測序技術(shù)的成熟，直接通過重測序來檢測基因組結(jié)構(gòu)變異已經(jīng)成為當(dāng)前最有效的檢測手段，但是作為一種新的檢測手段，目前還沒有在實(shí)驗室中進(jìn)行推廣使用。通過測序技術(shù)來檢測CNV的分析方法主要有兩種：基于序列配對和基于測序深度的分析方法[17]。

與芯片技術(shù)相比，以上兩種新一代測序技術(shù)，既可以確定CNV的邊界，又能提高CNV的分辨率，還可以檢測出個體CNV的絕對拷貝數(shù)，確定CNV結(jié)構(gòu)變化復(fù)雜的類型。但是通過測序檢測CNV的成本較高，因此目前使用比較少。

3.2 基因組已知CNV的檢測方法

目前對于目標(biāo)基因拷貝數(shù)的檢驗通常采用的是基于PCR技術(shù)和雜交技術(shù)的一些方法，包括熒光原位雜交(Fluorescence In Situ Hybridization，F(xiàn)ISH)[18]、實(shí)時定量PCR(quantitative PCR)[19]、同系旁源比率檢測法(Paralogue Ratio Test，PRT)等[20]，在實(shí)驗室中，要依據(jù)實(shí)驗樣本的數(shù)量、檢測的CNV數(shù)量、儀器的分辨率、預(yù)算成本等進(jìn)行選擇，通常選用實(shí)時定量PCR的方法。

4 拷貝數(shù)變異(CNV)的生物學(xué)意義

CNV對于物種特異的基因組構(gòu)成、物種的演化和系統(tǒng)發(fā)育以及基因組某些特定區(qū)域基因的表達(dá)和調(diào)控可能具有非常重要的生物學(xué)意義。CNV可能與表型形成具有一定的關(guān)系，在黃牛全基因組分析及肌肉發(fā)育相關(guān)基因劑量效應(yīng)的相關(guān)研究中，肌肉發(fā)育相關(guān)CNV基因劑量效應(yīng)分析將候選的CNV基因與牛CattleQTLdb數(shù)據(jù)庫進(jìn)行比較，發(fā)現(xiàn)3個候選基因(FHL1、MICAL-L2和MYH3)均與牛的一些重要數(shù)量性狀位點(diǎn)相關(guān)，預(yù)示其可能在相關(guān)的表型形成中發(fā)揮著重要的作用。劑量效應(yīng)分析表明，F(xiàn)HL1和MYH3基因的拷貝數(shù)增加可以促進(jìn)其mRNA的表達(dá)，且能夠顯著影響南陽牛的生長性狀；MICAL-L2基因的拷貝數(shù)增加可以抑制其mRNA的表達(dá)，并且與南陽牛的生長性狀存在顯著的關(guān)聯(lián)[21]。此外，在黃牛中其他基因，例如CYP4A11基因的拷貝數(shù)對黃牛生長性狀尤其是體尺指標(biāo)有顯著影響，可以將CYP4A11基因的拷貝數(shù)作為候選分子標(biāo)記，用于黃牛的育種研究[22]。

5 拷貝數(shù)變異(CNV)在畜禽中的研究進(jìn)展

近年來，CNV在臨床上的意義重大，為人類解決各種復(fù)雜疾病提供了較大的幫助，隨著生物技術(shù)在家畜研究的應(yīng)用，還有 CNV在人類和模式動物上研究的深入，家畜的全基因組拷貝數(shù)變異也引起科學(xué)家們的關(guān)注，不同的動物有不同的研究進(jìn)展?？茖W(xué)家們利用CNV檢測方法，在候選基因和候選區(qū)域中已經(jīng)在畜禽中已發(fā)現(xiàn)了一些受CNV影響的性狀。

2008年，Liu等對牛全基因組進(jìn)行分析首次利用CGH 技術(shù)[23]，發(fā)現(xiàn)了CNV區(qū)域不僅存在于牛的種系間，還存在于牛的種系內(nèi)，并且得出了這些CNV區(qū)域是查找重要經(jīng)濟(jì)性狀候選基因的有效途徑的結(jié)論。2009年，張良志等在黃牛的脂聯(lián)素基因的啟動子區(qū)發(fā)現(xiàn)了一個CNV[24]，通過進(jìn)一步研究分析，得到了拷貝數(shù)變異程度與肉用性狀呈正相關(guān)關(guān)系。2012年， Bickhart 等對黃牛的基因組進(jìn)行測序[25]，共檢測到了 1265 個 CNV區(qū)域，通過對不同肉牛之間的對比分析，發(fā)現(xiàn)了多個與牛生長、肉質(zhì)相關(guān)的 QTLs 均位于 CNV 區(qū)域內(nèi)。2013年，Xu等用CGH陣列篩選三個中國牛的品種(秦川，南陽，魯西)基因組中的拷貝數(shù)變異[26]，得到了MICALL2基因轉(zhuǎn)錄表達(dá)和拷貝數(shù)的負(fù)相關(guān)會揭示出拷貝數(shù)變異在牛的表型性狀上有積極的影響的結(jié)果。2015年，Shi和Xu等[27]，在中國牛品種(秦川，南陽，晉南，咸安)中用qPCR的方法探索LEPR基因表達(dá)和表型性狀的影響。此外，I3 DNA CNVs和LEPR基因表達(dá)呈顯著負(fù)相關(guān)的關(guān)系。關(guān)聯(lián)分析表明，獲得正?？截悢?shù)類型比損失表現(xiàn)出更好的體重、體高和體長的特征。

Fontanesi等研究認(rèn)為，不同品種羊由于豚鼠信號蛋白(agouti signaling protein，ASIP)拷貝數(shù)的變異和錯義突變導(dǎo)致了不同的毛色[28]。在2013年，Liu等人使用綿羊的SNP50芯片檢測了3個羊品種(蘇尼特羊，杜泊羊和德國肉用綿羊)329個個體，共檢測到238個CNV區(qū)域，其中有73個CNV區(qū)域的頻率大于3%[29]。

Yuliaxis等人對豬的全基因組進(jìn)行了分析，他們以55頭利比亞長白豬為主體，發(fā)現(xiàn)了49個拷貝數(shù)變異區(qū)域，其中的一些CNV 和一些已經(jīng)測出的全基因組序列的哺乳動物的CNV是一致的[30]。2013年，Wang等人在中國民豬，大白豬和他們的雜交一代共585個個體中檢測到249個CNVR，約占豬基因組的26.22%[31]；他們還在6個中國地方豬種和兩個商用豬品系中檢測到到63個CNVR[32]。

2010年，Wang等[33]在3個品種的雞中，找到長度約為16MB的96個CNVs，共占雞全基因組的1.3%。與此同時，實(shí)驗室又在2個品種雞中發(fā)現(xiàn)26個CNVs，其中小的CNV主要集中在非編碼區(qū)，而大的CNV含有催乳素受體基因、醛糖還原酶基因及鋅指蛋白基因等編碼基因。此外，2013年，Abe等以來航雞和13本Nagoya雞為材料，通過比較基因組芯片的技術(shù)對雞染色體進(jìn)行測定，其中在雞的1號染色體上的3個QTLS區(qū)域內(nèi)檢測到一些小CNVs，且有些CNVs位點(diǎn)在兩個雞品種間存在著差異顯著，進(jìn)一步研究發(fā)現(xiàn)，一些CNVs還與剛出殼的雛雞神經(jīng)緊張性不動癥相關(guān)。

6 展望

目前CNV的分析和檢測仍處于起步階段，還有許多方面需要完善，因此在這個研究領(lǐng)域中具有廣闊的空間。在CNV的檢測方法中，測序技術(shù)檢驗的方法具備更多的優(yōu)勢，我們要逐步發(fā)展該技術(shù)，降低其成本，使其成為高通量檢測CNV的重要手段，使得在實(shí)驗操作過程中更加準(zhǔn)確，更加簡便。在畜禽生產(chǎn)中可以更廣泛的應(yīng)用到畜禽育種的研究中，通過CNV的檢測，對畜禽抗病性和優(yōu)良性狀做出選擇，可以將CNV作為一種有效的遺傳標(biāo)記或遺傳信息應(yīng)用于畜禽的育種中。同時CNV和復(fù)雜疾病的關(guān)聯(lián)研究已成為醫(yī)學(xué)遺傳學(xué)研究的重要內(nèi)容，應(yīng)加強(qiáng)CNV與計算機(jī)軟件的聯(lián)合應(yīng)用，使其分析數(shù)據(jù)更加快速，更加準(zhǔn)確，信息更加完全，讓CNV能夠更泛的應(yīng)用到畜禽的各個方面。

[1] Feuk L,Carson AR,Scherer SW.Structural variation in the human genome[J].Nature Reviews Genetics,2006,7:85-97.

[2] Redon R,Ishikawa S,Fitch KR,etal.Global variation in copy number in the human genome[J].Nature,2006(444):444-454.

[3] De Smith AJ,Tsalenko A,Sampas N,etal.Array CGH analysis of copy number variation identifies 1284 new genes variant in healthy white males; implications for association studies of complex diseases[J].Human Molecular Genetics,2007,16(23):2783-2794.

[4] Achilli A,Olivieri A,Pellecchia M,etal.Mitochondrial genomes of extinct aurochs survive in domestic cattle[J].Current Biology,2008(18):157-158.

[5] Estivill X,Armengol L.Copy number variants and common disorders:filling the gaps and exploring complexity in genome-wide association studies[J].PLoS Genetics,2007(3):190.

[6] Feuk L,Carson AR,Scherer SW.Structural variation in the human genome[J].Nature Reviews Genetics,2006,7(2):85-97.

[7] Shaw-Smith C,Redon R,Rickman L,etal.Microarray based comparative genomic hybridisation (array-CGH) detects submicroscopic chromosomal deletions and duplications in patients with learning disability/mental retardation and dysmorphic features[J].Journal of Medical Genetics,2004(41):241-248.

[8] Lieber MR,Lu H,Gu J,\%et al.\% Flexibility in the order of action and in the enzymology of the nuclease,polymerases,and ligase of vertebrate nonhomologous DNA end joining:relevance to cancer,aging,and the immune system[J].Cell Research,2008(18):125-133.

[9] Conrad DF,Bird C,Blackburne B,Lindsay S,Mamanova L,Lee C,Turner DJ,Hurles ME.Mutation spectrum revealed by breakpoint sequencing of human germline CNVs.Nature Genetics,2010(42):385-343.

[10] Zhang F,Khajavi M,Connolly A M,etal.The DNA replication FoSTeS/MMBIR mechanism can generate genomic,genomic and exonic complex rearrangements in humans[J].Nature Genetics,2009,41(7):849-853.

[11] Korbel JO,Paired-end mapping reveals extensive structural variation in the human genome.Science,2007(318):420-426.

[12] Goodier JL,Kazazian HH.Retrotransposons revisited:The restraint and rehabilitation of parasites.Cell,2008(135):23-35.

[13] Babushok DV,Kazazian HH.Progress in understanding the biology of the human mutagen LINE-1.Human Mutation 2007(28):527-539.

[14] Ostertag EM,Kazazian HH.Biology of mammalian L1 retrotransposons.Annual Review of Genetics 2001(35):501-538.

[15] Fredman D,White SJ,Potter S,etal.Complex SNP-related sequence variation in segmental genome dumplications[J].Nature Genetics,2004,36(8):861-866.

[16] 楊明娟.牛CYP4A11基因拷貝數(shù)變異及其生物學(xué)效應(yīng)研究[D].陜西楊凌:西北農(nóng)林科技大學(xué)，2014.

[17]Alkan,Kidd C,Marques-Bonet J M,etal.Personalized copy number and segmental duplication maps using next-generation sequencing.Nature Genetics,2009,41(10):1061-U29.

[18] Florijn RJ,Bonden LA,Vrolijk H,etal.Hifh-resolution DNA Fiber-FISH for genomic DNA mapping and colour bar-coding of large genes.Human Molecular Genetics,1995(4):831-836.

[19] Weaver S,Dube S,Mir A,etal.Taking qPCR to a higher level:Analysis of CNV reveals the power of high throughput qPCR to enhance quantitative resolution.Methods,2010(50):271-276.

[20] Armour JA,Palla R,Zeeuwen PL,etal.Accurate,high-throughput typing of copy number variation using paralogue rations from dispersed repeats.Nucleic Acids Research,2007(35):e19.

[21] 徐瑤.黃牛全基因組分析及肌肉發(fā)育相關(guān)基因劑量效應(yīng)研究[D].陜西楊凌:西北農(nóng)林科技大學(xué)，2014.

[22] 楊明娟.牛CYP4A11基因拷貝數(shù)變異及其生物學(xué)效應(yīng)研究[D].陜西楊凌:西北農(nóng)林科技大學(xué)，2014.

[23] Liu GE,Van Tassel CP,.Detection of germline and somatic copy number variations in cattle[J].Developmental Biology(Based),2008(132):231-237.

[24] 張良志，藍(lán)賢勇，張麗等.黃牛ADIPOQ基因啟動子區(qū)可便拷貝數(shù)的突變研究[C].第十五次全國動物遺傳育種學(xué)術(shù)討論會論文稿.陜西楊凌:西北農(nóng)林科技大學(xué)，2009:248.

[25] Bickhart D M,Hou Y,Schroeder S G,etal.Copy number variation of individual cattle genomes using next-generation sequencing[J].Genome Research,2012,22(4),778-779.

[26] Yao Xu,Liangzhi Zhang ,Tao Shi,etal.Copy number variations of MICAL-L2 shaping gene expression contribute to different phenotypes of cattle.Mamm Genome 2013(24):508-516.

[27] Shi T1,Xu Y1,Yang M1,\%et al\%.Copy number variations at LEPR gene locus associated with gene expression and phenotypic traits in Chinese cattle.Journal of Animal Science,2016,87(3):336-343.

[28] Fontanesi L,Beretti F,Riggio V,etal.Copy numbervariation and missense mutations of the agouti signalingprotein(ASIP)gene in goat breeds with different coatcolors[J].Cytogenet.Genome Research,2009(126):333-347.

[29] Liu JS,Zhang L,Xu LY,etal.Analysis of copy number variations in the sheep genome using 50K SNP BeadChip array.BMC Genomics,2013(14):229.

[30] Yuliaxis Ram ayo-Caldas,Anna Castell6etal.Copy numbervariation in the porcine genome inferred from a 60 k SNPBeadChip[J].BMC Genomics,2010(11):593.

[31] Wang L,Liu X,Niu F,\%et al.\%Single nucleotide polymorphisms,haplotypes and combined genotypes in MYH3 gene and their associations with growth and carcass traits in Qinchuan cattle[J].Molecular Biology Reports,2013,40(1):417-426.

[32] Wang J,Jiang J,Fu W,\%et al.\%A genome-wide detection of copy number variations using SNP genotyping arrays in swine[J].BMC Genomics,2012,13(1):273.

[33] Wang Y,Gu X,Feng C,etal.A genome-wide survey of copy number variation regions in various chicken breeds by array comparative genomic hybridization method[J].Animal Genetics,2012,43(3):282-289.

The Research Progress of Copy Number Variation in Animal Genetic Breeding

XIONG Ye-cheng1，HUANG Yong-zheng1，HE Hua1，2,CAO Xiu-kai1,LEI Chu-zhao1,CHEN Hong1*

(1.CollegeofAnimalScienceandTechnology,NorthwestA&FUniversity,ShaanxiKeyLaboratory>ofMolecularBiologyforAgriculture,Yangling,Shaanxi712100,China;2.CollegeofVeterinaryMedicine,NorthwestA&FUniversity,Yangling,Shaanxi712100,China)

Studies found that copy number variation (CNV) in human and animal is genome wide, and it is an important genetic resource. CNV is reported to be associated with phenotypic diversity, and plays an important role in evolution. This paper introduces the basic knowledge of the CNVs, as well as a variety of detection technology, and further research progress on its feasibility.

copy number variation; mechanism; detecting techniques; research progress

2016-03-01

2016-03-11

本項目由國家肉牛牦牛產(chǎn)業(yè)技術(shù)體系專項(CARS-38)資助，中國博士后科學(xué)基金面上項目(2015M570857,2015M570856)，陜西省科技統(tǒng)籌創(chuàng)新工程計劃項目(2015KTCL02-08，2014KTZB02-02-02-02)，西北農(nóng)林科技大學(xué)2015年大學(xué)生創(chuàng)新創(chuàng)業(yè)訓(xùn)練計劃項目資助完成。

熊業(yè)成(1996- )，男，江西省九江人，本科生，主要從事動物遺傳與育種研究。

S823

A

1001-9111(2016)04-0001-05

*通訊作者：陳宏 (1955-)，男，陜西西安人，教授，博士生導(dǎo)師，主要從事分子遺傳與家畜育種。