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一種基于N基因的麻疹病毒實(shí)時(shí)熒光RT-PCR檢測(cè)技術(shù)

2019-11-01 07:20文奇付倩宋利軍劉琴周郡張艷妮
關(guān)鍵詞:麻疹病毒疑似病例麻疹

文奇 ,付倩 ,宋利軍 ,劉琴 ,周郡 ,張艷妮

(1.新余市疾病預(yù)防控制中心,江西 新余 338000;2.江西省疾病預(yù)防控制中心,江西 南昌 330029)

目前麻疹病例的實(shí)驗(yàn)室診斷方法有:急性期血清中檢出麻疹I(lǐng)gM抗體,恢復(fù)期相比急性期血清中麻疹I(lǐng)gG抗體陽(yáng)轉(zhuǎn)或滴度呈4倍以上增高,鼻咽拭子或尿液中分離到麻疹病毒或檢出麻疹核酸[1]。ELISA法檢測(cè)麻疹I(lǐng)gM抗體和RT-PCR方法檢測(cè)麻疹核酸因具有操作簡(jiǎn)便、快速等優(yōu)點(diǎn)被國(guó)內(nèi)外實(shí)驗(yàn)室普遍采用。然而免疫功能低下的患者或在發(fā)病初期,尤其發(fā)病1~3d內(nèi)血清IgM抗體滴度低致使陽(yáng)性檢出率不高,病例診斷單純依賴(lài)IgM抗體結(jié)果不免帶來(lái)一定的漏檢[2,3]。RT-PCR檢測(cè)可以克服IgM抗體檢測(cè)的不足之處,已成為實(shí)驗(yàn)室診斷的重要補(bǔ)充手段[4]。如今該技術(shù)發(fā)展到更高階段的實(shí)時(shí)熒光RT-PCR獲得越來(lái)越多人的青睞,許多商品化熒光RT-PCR試劑盒不斷被研發(fā)上市。本文擬引進(jìn)一種以麻疹病毒N基因片段為檢測(cè)目標(biāo)的熒光RT-PCR技術(shù),通過(guò)與國(guó)產(chǎn)知名的熒光RT-PCR試劑盒、IgM抗體ELISA檢測(cè)試劑盒對(duì)比檢測(cè)2014年新余市所收集的麻疹疑似病例樣本,對(duì)其技術(shù)性能進(jìn)行評(píng)估分析。

1 材料與方法

1.1 標(biāo)本來(lái)源 按照 《全國(guó)麻疹監(jiān)測(cè)方案(2009版)》要求,縣、區(qū)CDC工作人員對(duì)轄區(qū)內(nèi)2014年出現(xiàn)的麻疹暴發(fā)疫情或散發(fā)的就診疑似病例,采集出疹前、后5日內(nèi)的鼻咽拭子置于北京友康生產(chǎn)的病毒運(yùn)送培養(yǎng)基(VTM),同時(shí)采集出疹后28d內(nèi)的靜脈血分離出血清,所有樣本于冷藏條件下運(yùn)送至市CDC麻疹實(shí)驗(yàn)室,不能及時(shí)送檢的樣本冷凍保存。

1.2 病毒RNA提取 根據(jù)Qiagen公司的RNeasy Mini Kit 試 劑 盒 (Cat.No:74106,Lot No:145022097)說(shuō)明書(shū)提取咽拭子樣本中的病毒RNA。

1.3 國(guó)產(chǎn)某熒光RT-PCR試劑盒檢測(cè)麻疹病毒核酸 按照該公司生產(chǎn)的麻疹病毒核酸檢測(cè)試劑盒(PCR-熒光探針?lè)?,Cat.No:BN238)說(shuō)明書(shū)配備反應(yīng)體系和擴(kuò)增條件。反應(yīng)液A(內(nèi)含引物與探針)17μl,反應(yīng)液 B(混合酶)3μl,RNA 提取物 5μl;逆轉(zhuǎn)錄 50℃ 15min;預(yù)熱 95℃ 15min;變性 94℃ 15s,擴(kuò)增55℃ 45s(FAM通道收集信號(hào)),40個(gè)循環(huán),在ABI7300儀器(下同)上進(jìn)行擴(kuò)增。

1.4 熒光RT-PCR技術(shù)檢測(cè)麻疹病毒N基因 利用ABI公司的AgPath-IDTM One-step RT-PCR Kit(Cat No:AM1005)試劑盒進(jìn)行反應(yīng)體系配制,總體積為 25μl。 反應(yīng)條件參照有關(guān)文獻(xiàn)[5,6]:46℃逆轉(zhuǎn)錄 10min,95℃預(yù)變性 10min,95℃變性15s,60℃延伸45s,共45個(gè)循環(huán)。N基因擴(kuò)增選用Kimberly設(shè)計(jì)的引物和探針[7],具體序列如下,MV-N3(1139-1160F):5′-TGGCATCTGAACTCGGTATCAC-3′,MV-N3(1213-1190R):5′-TGTCCTCAGTAGTATG CATTGCAA-3′,MV-N3 (1163-1187P):5′-(FAM)CCGAGGATGCAAGGCTTGTTTCAGA-3′(BHQ1),引物與探針委托上海sagon生物工程股份有限公司合成。

1.5 ELISA法檢測(cè)麻疹病毒IgM抗體 采用珠海海泰公司的麻疹病毒IgM抗體檢測(cè)試劑盒(ELISA捕獲法,Lot No:20140121)對(duì)患者血清進(jìn)行檢測(cè),經(jīng)酶標(biāo)儀Anthos 2010讀取單波長(zhǎng)A450nm值判斷結(jié)果。

1.6 統(tǒng)計(jì)學(xué)處理 應(yīng)用SPSS 13.0軟件進(jìn)行卡方檢驗(yàn),P<0.05為差異具有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義。

2 結(jié)果

2.1 兩種熒光RT-PCR檢測(cè)結(jié)果分析 在47例麻疹疑似病例咽拭子樣本中,經(jīng)2種熒光RT-PCR檢測(cè)結(jié)果均為陽(yáng)性、陰性的樣本數(shù)分別為11例、35例,經(jīng)國(guó)產(chǎn)某RT-PCR試劑盒檢測(cè)為陰性而擬引進(jìn)RT-PCR檢測(cè)為陽(yáng)性的樣本數(shù)只有1例。兩種熒光RT-PCR方法的陽(yáng)性率分別為23.4%(11/47)、25.53%(12/47),差異無(wú)統(tǒng)計(jì)學(xué)意義,兩法總符合率為 97.87%((11+35)/47),見(jiàn)表 1。

表1 麻疹疑似病例咽拭子2種熒光RT-PCR檢測(cè)結(jié)果分析

2.2 ELISA法與擬引進(jìn)熒光RT-PCR檢測(cè)結(jié)果分析 47例麻疹疑似病例依次經(jīng)ELISA檢測(cè)血清IgM抗體和擬引進(jìn)熒光RT-PCR檢測(cè)咽拭子N基因,檢測(cè)結(jié)果均為陽(yáng)性、陰性的病例數(shù)分別為8例、35例,ELISA檢測(cè)結(jié)果為陰性而新熒光RTPCR檢測(cè)為陽(yáng)性的病例數(shù)為4例。ELISA法與新RT-PCR法的檢測(cè)陽(yáng)性率分別為17.02%(8/47)、25.53%(12/47),兩種方法檢測(cè)陽(yáng)性率之間比較差異具有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義(χ2=28.12,P<0.005),總符合率為 91.49%((8+35)/47),見(jiàn)表 2。

表2 麻疹疑似病例血清IgM抗體、咽拭子N基因檢測(cè)結(jié)果分析

3 討論

麻疹病毒基因組為不分節(jié)段的單股負(fù)鏈RNA,主要有6個(gè)結(jié)構(gòu)基因,分別編碼核蛋白(N)、基質(zhì)蛋白(M)、血凝素蛋白(H)、融合蛋白(F)、磷蛋白和多聚酶,其中H、N基因變異最大[8]。根據(jù)H、N基因的序列特征,麻疹病毒被劃分為8個(gè)基因組和24個(gè)基因型[9-11]。文獻(xiàn)報(bào)道出來(lái)的有關(guān)檢測(cè)麻疹病毒熒光RT-PCR技術(shù)中,用以檢測(cè)的目標(biāo)片段可以選取H或N基因上的序列,也可以是來(lái)源于F或M基因的[12-16]。Kimberly等人在研發(fā)以麻疹病毒H、N和F基因分別作為檢測(cè)目標(biāo)的實(shí)時(shí)熒光RT-PCR方法中發(fā)現(xiàn):相比于常規(guī)RT-PCR,這些熒光RT-PCR法在維持高水平的特異性和結(jié)果重復(fù)性的同時(shí),具有更低的檢測(cè)下限,可達(dá)到10拷貝數(shù)/反應(yīng);并且在模擬檢測(cè)合成RNA時(shí)檢測(cè)H、F基因的熒光RT-PCR顯示出相同或更強(qiáng)的敏感性,在檢測(cè)臨床樣本時(shí)針對(duì)N基因的檢測(cè)方法反而具有最高的敏感性[7]。造成這種相背離現(xiàn)象的原因在于:在麻疹病毒感染細(xì)胞中,三者中N基因的mRNA是最為豐富的轉(zhuǎn)錄本,轉(zhuǎn)錄梯度為N>F>H[17]。

盡管血清學(xué)檢測(cè)在基層實(shí)驗(yàn)室得到了廣泛應(yīng)用,其中檢測(cè)麻疹患者出疹后3~28d IgM抗體的ELISA方法擁有83~89%的靈敏度和95~100%的特異度[18],但其局限性仍不可忽視。當(dāng)出疹后過(guò)早地采集血清或檢測(cè)過(guò)程中IgG抗體分離不完全時(shí)可能引起假陰性結(jié)果;當(dāng)血清中存在類(lèi)風(fēng)濕因子或者風(fēng)疹、B19等病毒IgM抗體的干擾時(shí)可能造成假陽(yáng)性結(jié)果[19]。在麻疹低流行區(qū)甄別散發(fā)病例,血清檢測(cè)結(jié)果出現(xiàn)難以下結(jié)論而不大可能采集到患者第二份(間隔數(shù)日)血樣的情況下,熒光RT-PCR技術(shù)不僅對(duì)血樣,還可以對(duì)鼻咽拭子、尿液、唾液等其他樣本進(jìn)行核酸檢測(cè),借以明確診斷。

本實(shí)驗(yàn)室經(jīng)江西省疾控中心疾檢所推薦,引進(jìn)一種檢測(cè)麻疹病毒N基因的熒光RT-PCR新技術(shù),它包含的一套特定引物和探針,現(xiàn)已被納入到最新版的麻疹診斷標(biāo)準(zhǔn)(WS296-2017)。通過(guò)與國(guó)產(chǎn)某熒光RT-PCR試劑盒、IgM抗體ELISA檢測(cè)試劑盒對(duì)比驗(yàn)證得知,在檢測(cè)陽(yáng)性率(敏感性)方面,新熒光RT-PCR法和國(guó)產(chǎn)熒光RT-PCR試劑盒較高,ELISA法較低,其中兩種熒光RT-PCR方法之間的符合率非常高 (約為98%)。新熒光RTPCR技術(shù)的引入和運(yùn)用,將有助于提高新余市麻疹實(shí)驗(yàn)室的監(jiān)測(cè)技術(shù)水平,增強(qiáng)麻疹散發(fā)病例、不典型病例的發(fā)現(xiàn)力度,對(duì)本地區(qū)麻疹控制和消除工作具有重要意義。

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