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m6A-RNA甲基化在非小細(xì)胞肺癌中的研究進(jìn)展

2020-01-07 10:40袁婷莫碧文
中國(guó)癌癥防治雜志 2020年6期
關(guān)鍵詞:表觀甲基化腺癌

袁婷莫碧文

作者單位:541004 桂林 1桂林醫(yī)學(xué)院呼吸疾病重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室;2桂林醫(yī)學(xué)院附屬醫(yī)院呼吸與危重癥醫(yī)學(xué)科

非小細(xì)胞肺癌(non-small cell lung cancer,NSCLC)約占全部肺癌的80%,大部分患者就診時(shí)臨床分期較晚,常伴局部侵犯和遠(yuǎn)處轉(zhuǎn)移,臨床治療效果并不理想,5年生存率低于20%[1-2]。既往研究顯示表觀遺傳學(xué)修飾與腫瘤的發(fā)生發(fā)展密切相關(guān),其主要通過(guò)DNA甲基化、組蛋白修飾、非編碼RNA調(diào)控和染色質(zhì)結(jié)構(gòu)重構(gòu)等方式對(duì)基因功能和表達(dá)水平進(jìn)行調(diào)控,從而影響腫瘤的進(jìn)展。表觀遺傳調(diào)控具有可遺傳性和可逆性[3],廣泛參與調(diào)控腫瘤的多種惡性表型,并與其發(fā)生、發(fā)展和耐藥密切相關(guān),因此揭示表觀遺傳調(diào)控機(jī)制有望為腫瘤患者的早期檢測(cè)、疾病監(jiān)測(cè)及預(yù)后判斷提供潛在的分子標(biāo)志物[4]。N6-甲基腺嘌呤(N6-methyladenosine,m6A)-RNA甲基化是一種類似DNA甲基化或組蛋白修飾的表觀遺傳修飾方式,是由甲基化轉(zhuǎn)移酶(Writers)、去甲基化酶(Erasers)和相關(guān)閱讀蛋白(Readers)共同調(diào)節(jié)的一種動(dòng)態(tài)可逆的生物學(xué)過(guò)程[5]。目前研究顯示,m6A-RNA甲基化參與包括NSCLC在內(nèi)的多種腫瘤的發(fā)生發(fā)展過(guò)程,其主要通過(guò)影響mRNA的穩(wěn)定性,調(diào)控腫瘤細(xì)胞增殖,影響細(xì)胞外基質(zhì)或改變細(xì)胞上皮間質(zhì)轉(zhuǎn)化能力進(jìn)而影響腫瘤細(xì)胞的轉(zhuǎn)移和侵襲,可能是潛在的干預(yù)靶點(diǎn)[6]。本文就m6A-RNA甲基化在NSCLC中的研究進(jìn)展作一綜述。

1 m6A-RNA甲基化的概述

RNA甲基化研究是近年來(lái)表觀遺傳領(lǐng)域的前沿研究熱點(diǎn),其中m6A-RNA甲基化是最常見(jiàn)、最豐富的真核生物mRNA轉(zhuǎn)錄后修飾[7],其主要富集于終止密碼子附近和 3′-非編碼區(qū)(3′-untranslated region,3′UTR)[8],具有動(dòng)態(tài)可逆、分布廣泛以及修飾位點(diǎn)高度保守等特點(diǎn)。m6A的生物學(xué)過(guò)程主要由三種關(guān)鍵蛋白調(diào)控,即甲基化轉(zhuǎn)移酶、去甲基化酶和甲基化閱讀蛋白。甲基化轉(zhuǎn)移酶以復(fù)合物形式發(fā)揮生物學(xué)作用,主要催化mRNA上的腺苷酸而發(fā)生m6A修飾;去甲基化酶可對(duì)已發(fā)生m6A修飾的堿基進(jìn)行去甲基化修飾;而甲基化閱讀蛋白則主要是識(shí)別發(fā)生m6A-RNA甲基化的堿基,從而激活下游的調(diào)控通路,如mRNA降解、miRNA加工等。甲基化轉(zhuǎn)移酶和去甲基化酶在m6A-RNA甲基化中起到動(dòng)態(tài)調(diào)節(jié)作用[9]。

m6A-RNA甲基化在干細(xì)胞的維持與分化、生物鐘節(jié)律調(diào)控、腫瘤的發(fā)生發(fā)展、免疫調(diào)控、代謝性疾病等過(guò)程中發(fā)揮重要作用。GEULA等[10]在小鼠初發(fā)多能分化過(guò)程中發(fā)現(xiàn),m6A-RNA甲基化作為分子開(kāi)關(guān)的調(diào)控因子,可確保多能因子穩(wěn)定性,而這是正確的遺傳啟動(dòng)和干細(xì)胞分化所必需的。FUSTIN等[11]報(bào)道當(dāng)m6A甲基化被抑制后,細(xì)胞質(zhì)mRNA生物節(jié)律與穩(wěn)態(tài)前體mRNA發(fā)生解偶聯(lián),從而特異性抑制甲基轉(zhuǎn)移酶樣3(METTL3),導(dǎo)致晝夜節(jié)律延長(zhǎng),RNA加工延遲。還有研究發(fā)現(xiàn),METTL3介導(dǎo)的m6A-RNA甲基化可促進(jìn)樹(shù)突狀細(xì)胞(dendritic cell,DC)的激活和功能成熟,樹(shù)突狀細(xì)胞中缺失METTL3基因可使其功能成熟受損,以及CD40、CD80和細(xì)胞因子IL-12表達(dá)下調(diào),從而導(dǎo)致刺激T細(xì)胞反應(yīng)的能力下降[12]。m6ARNA甲基化的動(dòng)態(tài)改變還可影響信號(hào)分子和代謝通路相關(guān)基因的表達(dá),從而影響機(jī)體的新陳代謝,其可以表現(xiàn)出不同的生理功能,而功能失調(diào)的m6A-RNA甲基化可導(dǎo)致多種疾病的發(fā)生,包括肥胖、糖尿病、代謝綜合征以及癌癥[13]。

2 RNA甲基化研究是近年來(lái)表觀遺傳領(lǐng)域的前沿研究熱點(diǎn),其m6A-RNA甲基化在NSCLC中的作用

RNA表觀遺傳修飾系統(tǒng)較復(fù)雜,m6A修飾酶既可以識(shí)別促癌基因也可以識(shí)別抑癌基因。既往研究顯示,m6A-RNA甲基化在NSCLC發(fā)生發(fā)展中發(fā)揮重要作用,其甲基化相關(guān)因子可作為促癌因子(如ALKBH5)或抑癌因子(如 METTL3、FTO、YTHDF1、HNRNPA2B1、HNRNPC和eIF3等)在NSCLC細(xì)胞增殖、遷移、侵襲、凋亡及細(xì)胞周期中發(fā)揮作用,可能成為NSCLC治療的潛在的新靶點(diǎn)。

2.1 m6A甲基化轉(zhuǎn)移酶

m6A修飾是由METTL3和甲基轉(zhuǎn)移酶樣14(METTL14)及其輔因子腎母細(xì)胞瘤1相關(guān)蛋白(WTAP)、RNA 結(jié)合基序 15(RBM15)、KIAA1429、ZC3H13 和METTL16組成的甲基轉(zhuǎn)移酶復(fù)合物(Writers)催化的。其中,具有催化亞基活性的是METTL3,METTL14可與METTL3形成二聚體,而WTAP通過(guò)與RBM15、KIAA1429和ZC3H13結(jié)合形成復(fù)合體招募METTL3-METTL14二聚體至核小斑對(duì)底物進(jìn)行甲基化修飾[14-16]。METTL3是m6A甲基轉(zhuǎn)移酶系統(tǒng)中最主要的催化酶,可作為原癌基因或抑癌基因參與腫瘤發(fā)生、增殖、侵襲、遷移、細(xì)胞周期、分化等生物學(xué)進(jìn)程[17-20]。目前,m6A甲基化轉(zhuǎn)移酶在NSCLC中的作用主要集中于METTL3的相關(guān)研究。研究表明,敲低METTL3可抑制肺癌A549和H1299細(xì)胞存活和增殖,并且誘導(dǎo)細(xì)胞凋亡,同時(shí)也可以改變PI3K/AKT信號(hào)通路成員的蛋白表達(dá)和磷酸化,進(jìn)而發(fā)揮抑癌作用[21-22]。在METTL3的SUMO化修飾介導(dǎo)的mRNA中,m6A的交替以及隨后的基因表達(dá)譜改變可能直接影響肺癌H1299細(xì)胞生長(zhǎng)[23]。此外,METTL3也可能以非m6A依賴性的方式影響NSCLC進(jìn)展。JIN等[24]研究發(fā)現(xiàn),METTL3通過(guò)與eIF3h相互作用,使mRNA環(huán)化,核糖體回收再利用的效率提高,從而增強(qiáng)了翻譯效率,促進(jìn)NSCLC的轉(zhuǎn)移。該研究還發(fā)現(xiàn)抑制METTL3不僅可能成為治療NSCLC的靶點(diǎn),也可以增強(qiáng)化療敏感性。由此認(rèn)為,METTL3在NSCLC細(xì)胞中主要發(fā)揮促癌作用,可能是NSCLC潛在的診斷和治療靶點(diǎn)。

2.2 m6A去甲基化酶

m6A去甲基化酶主要有肥胖相關(guān)蛋白(fat mass and obesity-associated protein,F(xiàn)TO)和烷烴羥化酶同源5基因(a-ketoglutarate-dependent dioxygenase alk B homolog 5,ALKBH5)均屬于AlkB同系物家族,并被歸類為2-氧戊二酸鹽和鐵依賴性核酸氧合酶[25]。FTO和ALKBH5主要對(duì)m6A修飾的堿基進(jìn)行去甲基化修飾,其中FTO是第一個(gè)被發(fā)現(xiàn)的m6A去甲基化酶,顯示出對(duì)m6A的高去甲基活性,可影響代謝疾病和人類肥胖的發(fā)生[26];而ALKBH5可催化去除核RNA(主要是mRNA)上的m6A修飾,進(jìn)而影響核RNA輸出、代謝和基因表達(dá),甚至小鼠的生育能力[27-28]。然而目前研究顯示,ALKBH5和FTO雖然同為m6A去甲基化酶,但兩者在NSCLC的病理發(fā)展過(guò)程中卻發(fā)揮不同的作用。其中,ALKBH5在NSCLC中主要發(fā)揮抑癌作用,而FTO在NSCLC中則可能發(fā)揮促癌作用。研究發(fā)現(xiàn)異常表達(dá)的ALKBH5可下調(diào)YTHDFs介導(dǎo)的Yes相關(guān)蛋白(Yes-associated protein,YAP)表達(dá)并抑制miR-107/LATS2介導(dǎo)的YAP活性,從而抑制NSCLC細(xì)胞增殖、侵襲、遷移和上皮間質(zhì)轉(zhuǎn)化[29]。但是在肺鱗狀細(xì)胞癌L78和 NCI-H520細(xì)胞中敲除FTO基因,卻發(fā)現(xiàn)有效抑制細(xì)胞增殖并促進(jìn)細(xì)胞凋亡,而過(guò)表達(dá)FTO則促進(jìn)其惡性進(jìn)展[30]。在肺腺癌A549和H1299細(xì)胞中過(guò)表達(dá)FTO同樣可觀察到細(xì)胞的增殖、遷移和侵襲能力增強(qiáng),且m6A-RNA表達(dá)水平下調(diào),因此推測(cè)FTO可能通過(guò)m6A去甲基化致使細(xì)胞遷移而促進(jìn)肺腺癌進(jìn)展[31]。LI等[32]在NSCLC組織和細(xì)胞系中也發(fā)現(xiàn)FTO過(guò)表達(dá),而m6A含量降低,進(jìn)一步在細(xì)胞中敲低FTO表達(dá)發(fā)現(xiàn)可抑制NSCLC細(xì)胞增殖,其作用機(jī)制可能與FTO的去甲基化酶活性有關(guān)。同時(shí)有研究[30]發(fā)現(xiàn),F(xiàn)TO發(fā)生突變后其過(guò)表達(dá)并不能促進(jìn)NSCLC細(xì)胞增殖和侵襲,說(shuō)明FTO對(duì)NSCLC的致癌作用可能主要依賴于其催化活性。以上研究結(jié)果說(shuō)明FTO在NSCLC中發(fā)揮促癌作用,抑制FTO可能延緩NSCLC進(jìn)展。

2.3 m6A甲基化閱讀蛋白

目前研究顯示,m6A甲基化閱讀蛋白主要作為促癌因子影響NSCLC增殖、遷移和侵襲。生物體中存在能與m6A特異性識(shí)別結(jié)合并介導(dǎo)其行使生物學(xué)功能的m6A閱讀蛋白,包括YTH結(jié)構(gòu)域蛋白1(YTH domaincontaining family protein 1,YTHDF1)、YTH結(jié)構(gòu)域蛋白 2(YTH domain-containing family protein 2,YTHDF2)、YTH結(jié)構(gòu)域蛋白 C1(YTH domain-containing protein C1,YTHDC1),核不均一核糖核蛋白 A2B1(heterogeneous nuclear ribonucleoproteins A2B1,hnRNPA2B1)及核不均一核糖核蛋白C(heterogeneous nuclear ribonucleoprotein C,hnRNPC),真核起始因子 3(eukaryotic initiation factor 3,eIF3),胰島素樣生長(zhǎng)因子2mRNA結(jié)合蛋白1(insulin-likegrowthfactor 2 mRNA binding protein 1,IGF2BP1)等,這些蛋白與 m6A 特異性結(jié)合后可介導(dǎo)RNA的選擇性剪切[33]、細(xì)胞內(nèi)定位和翻譯控制[34]等RNA代謝過(guò)程。

SHI等[35]報(bào)道 YTHDF1 缺失可影響 CDK2、CDK4和cyclin D1的翻譯效率而抑制NSCLC細(xì)胞增殖及肺鱗狀細(xì)胞癌進(jìn)展,而YTHDF1高表達(dá)與更好的臨床結(jié)局相關(guān)。另有學(xué)者[36]檢測(cè)50例NSCLC組織標(biāo)本同樣發(fā)現(xiàn)hnRNPA2B1在NSCLC中高度表達(dá),且可與MGMT(甲基鳥(niǎo)嘌呤DNA-甲基轉(zhuǎn)移酶)mRNA結(jié)合,認(rèn)為hnRNPA2B1可能參與NSCLC發(fā)病。此外,hnRNPA2B1還也可通過(guò)特異性結(jié)合COX-2的核心啟動(dòng)子調(diào)節(jié)NSCLC生長(zhǎng)[37];hnRNPC過(guò)表達(dá)與較晚的臨床分期及淋巴結(jié)和遠(yuǎn)處轉(zhuǎn)移相關(guān),且可促進(jìn) NSCLC細(xì)胞增殖、遷移和侵襲[38],其可能是通過(guò)激活I(lǐng)FN-α-JAK-STAT1信號(hào)通路發(fā)揮作用。

eIF3是最大、最復(fù)雜的翻譯起始因子之一,由13個(gè)亞單位組成,如 eIF3a、eIF3b、eIF3d、eIF3h 等。其中,eIF3a是管家基因,與肺癌的發(fā)生和耐藥性密切相關(guān)[39]。在NSCLC細(xì)胞中eIF3b呈高表達(dá),且與疾病進(jìn)展及不良預(yù)后有關(guān),還能促進(jìn)NSCLC細(xì)胞增殖,抑制細(xì)胞凋亡[40]。在NSCLC細(xì)胞A549和95D中敲低eIF3d也發(fā)現(xiàn)可顯著抑制細(xì)胞增殖和集落形成,并阻滯細(xì)胞周期于G2/M期[41]。而這一作用可能是通過(guò)抑制整合素α5(integrin α 5)及腫瘤壞死因子受體超家族成員 21(tumor necrosis factor receptor superfamily member 21,TNFRSF21)表達(dá)或激活β-連環(huán)蛋白信號(hào)通路實(shí)現(xiàn)[42-44]。此外,有研究報(bào)道eIF3h與METTL3之間直接的物理和功能相互作用是增強(qiáng)致癌mRNA翻譯、形成密集包裝多核糖體和肺腺癌致癌性轉(zhuǎn)化所必需的[45]。而有研究報(bào)道eIF3h蛋白在肺腺癌組織中高表達(dá),eIF3h過(guò)表達(dá)促進(jìn)肺腺癌細(xì)胞遷移和侵襲,這進(jìn)一步證實(shí)了eIF3h是肺腺癌的致癌因素[46]。由此可見(jiàn),在NSCLC中eIF3亞基主要表現(xiàn)為促進(jìn)癌細(xì)胞增殖、遷移、侵襲和抑制細(xì)胞凋亡作用,有望成為NSCLC治療的潛在靶點(diǎn)。

IGF2BP1是一種新型m6A閱讀器,而IGF2BPs(IGF2BP1/2/3)作為一個(gè)獨(dú)特的m6A家族讀碼器,可通過(guò)識(shí)別一致的GG(m6A)C序列靶向成千上萬(wàn)的mRNA轉(zhuǎn)錄[47]。分析癌癥基因組圖譜(TCGA)發(fā)現(xiàn)IGF2BP1在NSCLC組織中的表達(dá)水平明顯高于癌旁組織,下調(diào)IGF2BP1可抑制NSCLC細(xì)胞增殖[48]。

3 小結(jié)

m6A-RNA甲基化在NSCLC發(fā)生發(fā)展中發(fā)揮重要作用,其甲基化相關(guān)因子可作為促癌因子或抑癌因子參與NSCLC細(xì)胞的生物學(xué)進(jìn)程及化療耐藥,因此深入探討m6A-RNA甲基化在NSCLC中的作用及其作用機(jī)制,以及m6A相關(guān)因子在NSCLC發(fā)生發(fā)展過(guò)程中的協(xié)同或拮抗作用,有望為NSCLC的診斷及治療提供新的思路。

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