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SARS-CoV-2病原學特點、實驗室檢測及實驗室生物安全防護

2020-02-13 18:16:34賴媛媛王宇婷陳家倪何振業(yè)
檢驗醫(yī)學 2020年3期
關鍵詞:抗體實驗室消毒

賴媛媛, 王宇婷, 陳家倪, 齊 軍, 何振業(yè)

(1.國家癌癥中心 國家腫瘤臨床醫(yī)學研究中心 中國醫(yī)學科學院北京協(xié)和醫(yī)學院腫瘤醫(yī)院深圳醫(yī)院檢驗科,廣東 深圳 518116;2.深圳市華中科技大學協(xié)和深圳醫(yī)院婦科,廣東 深圳 518000)

2019年12月,武漢地區(qū)突發(fā)一種由新型冠狀病毒引起的肺炎病例。2020年2月11日,世界衛(wèi)生組織將這一新發(fā)傳染病正式命名為新型冠狀病毒肺炎(Corona Virus Disease 2019,COVID-19),同時,國際病毒分類委員會將這一新型冠狀病毒命名為SARS-CoV-2 (Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2)。SARSCoV-2傳染性極強,醫(yī)務人員感染率高達29%[1]?;颊叱R?guī)檢測的臨床樣本(血、痰液、糞便及尿液等)可產生氣溶膠,具有潛在致病性和高傳染性。為了給臨床提供快速、準確的診療依據(jù),且能避免實驗室人員感染,本文就SARS-CoV-2的病原學特點、臨床實驗室檢測手段及臨床實驗室的生物安全防控措施作一綜述。

1 SARS-CoV-2病原學特點及流行病學特征

SARS-CoV-2是直徑為60~140 nm,且有包膜的β屬冠狀病毒,與非典型性肺炎病毒(Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus,SARS-CoV)及中東呼吸綜合征病毒(Middle East Respiratory Syndrome Coronavirus,MERS-CoV) 為同一屬[2]。目前研究發(fā)現(xiàn)SARSCoV-2編碼15種非結構蛋白(nsp1~nsp10、nsp12~nsp16)、4種結構蛋白(S、E、M和N)和8種輔助蛋白(3a、3b、p6、7a、7b、8b、9b和orf14),且這些編碼蛋白的氨基酸序列上,與SARS-CoV之間存在差異性氨基酸位點,如編碼的8b蛋白(121個氨基酸)的長度要長于SARS-CoV(84個氨基酸)[3]。有學者用冷凍電鏡技術發(fā)現(xiàn)SARS-CoV-2的S蛋白對人體ACE2的親和力高于SARS-CoV的S蛋白[4],提示SARS-CoV-2與SARS-CoV在致病性、傳染性和抵抗力等方面存在差異。SARS-CoV-2對紫外線和熱敏感,56℃ 30 min以及脂溶劑(75%乙醇、含氯消毒劑、氯仿等,氯己定除外)均可有效滅活病毒[5]。人類為SARS-CoV-2易感宿主,在人際間除飛沫傳播外,還存在糞-口傳播、間接接觸傳播和氣溶膠傳播等多種傳播途徑[6],傳染性比SARS-CoV和MERS-CoV強[7]。COVID-19患者常出現(xiàn)發(fā)熱、咳嗽和乏力的癥狀,嚴重時會導致呼吸系統(tǒng)功能衰竭,還可能引起消化系統(tǒng)、心血管系統(tǒng)以及泌尿系統(tǒng)的功能障礙[8]。

2 COVID-19實驗室檢測

2.1 血液檢測

COVID-19患者白細胞總數(shù)正?;驕p少,淋巴細胞計數(shù)減少,C反應蛋白、血清淀粉樣蛋白A升高[5]。中性粒細胞/淋巴細胞比值可用于評估COVID-19患者病情的進展程度,準確性較高,如COVID-19患者的中性粒細胞/淋巴細胞比值≥3.13,表明患者有較高重癥的風險[9]。有研究結果顯示,COVID-19患者外周血CD4+和CD8+T淋巴細胞數(shù)量雖然都有明顯減少,但狀態(tài)均表現(xiàn)為過度活化,且CD8+T細胞有高毒性[10]。這是COVID-19患者免疫系統(tǒng)損傷的重要原因。

2.2 生化和免疫檢測

COVID-19患者會出現(xiàn)肌酸激酶、乳酸脫氫酶、丙氨酸氨基轉移酶以及天門冬氨酸氨基轉移酶升高[5],還會出現(xiàn)血清白蛋白水平降低、血漿血管緊張素Ⅱ水平升高,部分患者還出現(xiàn)尿蛋白水平升高[11-12]。有學者研究發(fā)現(xiàn),COVID-19患者血漿中細胞因子(粒細胞-巨噬細胞集落刺激因子、白細胞介素-6和腫瘤壞死因子-α等)水平明顯升高[13],表明SARS-CoV-2感染會引發(fā)細胞因子風暴。

2.3 凝血功能檢測

有研究結果表明,COVID-19患者纖維蛋白原以及D-二聚體會升高;當COVID-19患者出現(xiàn)早期的彌散性血管內凝血時,D-二聚體可顯著升高,伴有凝血酶原時間的輕度延長;當COVID-19患者出現(xiàn)顯性的彌散性血管內凝血時,血小板計數(shù)會顯著減少;COVID-19死亡病例中,患者血漿中的纖維蛋白降解產物也顯著升高[13]。

2.4 病原學檢查

2.4.1 SARS-CoV-2的核酸檢測 目前,主要采用實時熒光定量聚合酶鏈反應(r e a ltime fluorescence quantitative polymerase chain reaction,RT-qPCR)檢測患者標本(鼻咽拭子、痰液、肺泡灌洗液及糞便等)中是否含有SARS-CoV-2特異性的RNA序列,來對COVID-19進行早期病原學診斷[14]。但這一檢測方法存在一定的假陰性,原因在于:(1)臨床樣本采集的部位與方法不同,導致SARS-CoV-2的載量過少,無法檢測;(2)診斷試劑的可靠性及敏感性有限。為此,在檢測之前,應做到以下2點:(1)對臨床樣本的質量進行評估,保證采集的臨床樣本病毒載量能在檢測范圍內;(2)驗證試劑的性能,保證結果的精密度和符合性。

此外,目前還有納米孔靶向測序(nanopore targeted sequencing,NTS)方法。該方法主要檢測SARS-CoV-2的10 kb基因區(qū)域,增加捕獲SARS-CoV-2核酸的概率,且可讀出其基因序列,敏感性和準確性高于RT-qPCR。NTS可實現(xiàn)在4 h內準確檢測SARS-CoV-2,且可檢測SARSCoV-2基因組變異情況[15]。

2.4.2 SARS-CoV-2的特異性抗體檢測 血清中的SARS-CoV-2特異性IgM和IgG抗體檢測可用于篩查和輔助診斷COVID-19。IgM是COVID-19患者體內早期(發(fā)病3~5 d)出現(xiàn)的抗體,而IgG則是感染中、后期產生的抗體[5],對COVID-19患者進行血清特異性IgM和IgG抗體檢測,不僅可用于早期疑似病例篩查,還可以用于COVID-19患者的病程監(jiān)測和回顧性診斷。特異性抗體檢測也有其局限性,主要為:(1)產生抗體前存在窗口期;(2)抗體檢測易受干擾,如患者血液中存在類風濕因子、非特異IgM或自身抗體等,會導致檢測結果出現(xiàn)假陽性。

3 實驗室生物安全防護

3.1 實驗室環(huán)境生物安全防護

3.1.1 實驗室分區(qū) 實驗室須合理劃分清潔區(qū)、緩沖區(qū)和污染區(qū),避免交叉污染。須在生物安全二級以上的實驗室內進行COVID-19患者的常規(guī)血液檢測、體液檢測以及SARS-CoV-2的核酸檢測[6]。應注意的是:(1)血常規(guī)和C反應蛋白等檢測建議采用閉管操作,病毒抗原或抗體篩查等開放性操作應在生物安全柜內進行;(2)實驗室環(huán)境須符合分子生物學實驗室基本要求,并獲得有關部門批準后方可開展SARS-CoV-2的核酸檢測工作;(3)若負壓實驗室出現(xiàn)正壓時,實驗室人員應緊急撤離。

3.1.2 實驗室環(huán)境消毒 臨床實驗室需采用以下的消毒措施[16]:(1)實驗室每天都要進行紫外線照射進行空氣消毒,照射時間不短于30 min;(2)實驗室每天需在試驗前后使用1 000 mg/L有效氯消毒液對工作臺面及地面進行消毒;(3)生物安全柜等金屬設備和儀器采用75%乙醇進行消毒。

3.1.3 實驗室生物安全操作失誤或意外的防護處理 當臨床樣本出現(xiàn)溢灑時,應將實驗室空間密閉,防止污染物擴散;采用5 500 mg/L有效氯消毒液的毛巾覆蓋污染區(qū)30 min后進行擦拭消毒[17],消毒液必須現(xiàn)配現(xiàn)用,有效期為1 d。

3.2 實驗室人員生物安全防護

需要接觸SARS-CoV-2標本的實驗室人員應實施生物二級以上的個人防護[16]。

實驗室人員防護用品穿戴順序為:在非發(fā)熱門診等常規(guī)檢驗區(qū)域執(zhí)行手衛(wèi)生,戴帽子、醫(yī)用外科口罩/醫(yī)用防護口罩和手套;在發(fā)熱門診實驗室和PCR實驗室等進行SARS-CoV-2檢驗的高風險區(qū)域需戴護目鏡/防護面罩(屏),穿隔離衣和穿防護鞋套(靴),戴橡膠手套。

實驗室人員防護用品脫順序為:在污染區(qū)脫手套、脫隔離衣、脫防護鞋套(靴)、脫防護面罩/護目鏡。注意事項:(1)執(zhí)行每一步動作后需執(zhí)行手衛(wèi)生;(2)脫防護服前,可用500 mg/L有效氯消毒劑進行全身噴霧消毒;(3)防護面罩與護目鏡須75%乙醇浸泡消毒后方可重復使用。在緩沖區(qū)脫口罩、帽子后執(zhí)行手衛(wèi)生,方可進入清潔區(qū)。

3.3 臨床樣本處理

3.3.1 檢驗前的樣本處理 檢驗前對臨床樣本的處理需采用以下防護措施[18-19]:(1)標本采集。采集者須按照三級生物安全防護,且在采集過程中要做到盡量減少接觸患者皮膚、衣服、用品等;避開患者咳嗽的時刻,避免飛沫傳播;盡量縮短在床旁的持續(xù)時間。(2)樣本轉運。COVID-19患者的臨床樣本需專人運輸,運輸者須采用二級生物安全防護,需采用具有3層包裝的專用運輸系統(tǒng),包括SARS-CoV-2專用轉運箱、樣本盒和有生物安全標識的密封袋,標本采集后,將臨床樣本裝入密封袋,置于樣本盒中,再放入轉運箱。運輸時間不超過2 h。運輸期間保持轉運箱平穩(wěn)。若運輸發(fā)生意外,須到接收地點與接收者共同處理。(3)樣本接收與處理。接收、分揀、離心疑似或確診患者臨床樣本時,實驗室人員須采用二級生物安全防護。交接環(huán)節(jié)需有記錄,以便溯源。開啟轉運箱取樣本前,應使用75%乙醇噴霧消毒轉運箱;從密封袋取出樣本后,應用紫外燈或75%乙醇對樣本及轉運箱、樣本盒進行消毒。樣本離心后靜置10 min方可取出。若離心時臨床樣本出現(xiàn)灑漏時,實驗室人員須按照三級生物安全防護,需立即停止離心,靜置30 min以上后進行75%乙醇噴霧消毒處理方可取出標本,并使用75%乙醇擦拭(噴淋)消毒離心機。

3.3.2 檢驗中的樣本處理 檢驗中對臨床樣本的處理需采用以下防護措施[6,19]:(1)血常規(guī)由閉管的全自動儀器檢測,執(zhí)行此操作的實驗室人員須采用二級生物安全防護。若需涂片鏡檢,實驗室人員須按照三級生物安全防護在生物安全柜內操作,涂片完成后須紫外照射30 min后再取出閱片。閱片完成后,應將玻片置于5 500 mg/L含氯消毒液的銳器盒中。(2)生化、免疫與凝血功能檢測需開蓋檢測。應在生物安全柜內完成開蓋后,用專用箱運輸至全自動儀器檢測。執(zhí)行此操作的實驗室人員須采用三級生物安全防護。生物安全柜操作前后需開啟風機運行5 min。(3)SARS-CoV-2的核酸檢測:樣本進行核酸擴增前需對臨床樣本進行病毒滅活(56℃孵育30 min后加入蛋白酶K或試劑盒自帶的核酸提取裂解液)。執(zhí)行此操作的實驗室人員須采用三級生物安全防護。

3.3.3 檢驗后樣本處理 檢驗后對臨床樣本的處理需采用以下防護措施[6]:(1)檢驗報告建議無紙化,若需要紙質報告,須有效消毒才出檢驗科。(2)開蓋的臨床樣本檢測完后須在生物安全柜中重新蓋上新的管帽密封,置于有生物危害標識的雙層醫(yī)用垃圾包裝袋(黃色)中密封放置。(3)所有的臨床標本,包括密閉試管和開蓋的試劑盒,均需要采用高壓滅菌。

4 廢棄物處理

4.1 廢液的處理

對于檢驗過程中產生的感染性廢液,需用10 000 mg/L有效氯消毒劑進行消毒處理,且需驗證消毒效果,確保感染源被徹底滅活[20]。

4.2 固體廢物的處理

對于實驗過程中產生的固體廢物(如檢驗后的臨床樣本、耗材和個人防護裝備等)須使用雙層標注“新型冠狀病毒感染的肺炎”的包裝袋包裝,采用鵝頸結式分層封口,經高壓滅菌后,集中將其通過廢棄物通道送至固體醫(yī)療廢棄處理單位處置[21]。

4.3 建立廢棄物處理記錄

定期監(jiān)測處理后的污水及壓力蒸汽滅菌效果,并如實填寫所有“新型冠狀病毒感染的肺炎”標本的處理記錄,且此資料保存3年[21]。

5 總結

及時發(fā)現(xiàn)、早期診斷和快速干預對于挽救COVID-19患者的生命至關重要??焖?、準確的實驗室檢測可以為COVID-19的診療提供重要的依據(jù)。目前臨床上用于COVID-19患者診斷的重要的實驗室檢查有血液檢測、生化及免疫檢測和病原學檢查。其中病原學檢查,包括SARSCoV-2特異性抗體和核酸檢測為COVID-19確診提供了病原學依據(jù)。由于這些臨床樣本具有潛在的致病性和傳染性,故實驗室人員在檢驗操作的全過程中,應采用必要的實驗室生物安全防護措施,避免在檢驗過程中交叉感染,而且要防止臨床樣本中可能含有的病原體對外界環(huán)境的污染。

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