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GRI2B基因多態(tài)性與閩南地區(qū)漢族人群癲癇的相關性研究

2020-02-26 04:00連霞鄭麗群錢小容趙佳麗費燕
中國藥房 2020年3期
關鍵詞:多態(tài)性引物位點

連霞 鄭麗群 錢小容 趙佳麗 費燕

中圖分類號 Q343.1+2:R742.1

文獻標志碼A

文章編號 1001-0408( 2020)03-0348-06

DOI 10.6039/j.issn.1001-0408.2020.03.19

摘要 目的:探討N-甲基-D-天冬氨酸(NMDA)受體亞基基因GRIN2B多態(tài)性與閩南地區(qū)漢族人群癲癇的相關性。方法:采用回顧性研究方法,選取2017年1月-2018年5月在廈門大學附屬東南醫(yī)院進行體檢的167例健康人員為對照組,監(jiān)測過丙戊酸鈉血藥濃度的163例癲癇患者為癲癇組,采集兩組受試者的臨床資料及外周血。對受試者GRIN2B基因rs11055514、rs11055515、rs12814951、rs74816802、rs2160517、rs2193149、rs966664、rs1805476、rs1806201、rs1805522、rs3764030、rs1019385等12個位點進行基因分型。采用Haploview 4.2軟件進行連鎖不平衡(LD)分析;采用Pearson相關性分析進行單倍型分析;采用基因型檢驗(GE-NO)、趨勢X2檢驗(TREND)、顯性基因檢驗(DOM)和隱性基因檢驗(REC)統(tǒng)計兩組受試者GRIN2B基因12個位點的野生純合子(AA)、突變雜合子(Aa)及突變純合子(aa)基因型的分布差異;采用Logistic回歸模型分析GRIN2B基因12個位點的致癲癇相關性。結果:兩組受試者GRIN2B基因12個位點均符合Hardy-Weinberg平衡定律(P> 0.05);由rs11055514、rs11055515、rs12814951、rs74816802、rs2160517、rs2193149、rs966664組成的結構域1(Blockl)和由rs3764030、rs1019385組成的Block2各位點之間存在明顯LD現(xiàn)象(D>0.9,r2>1/3).blockl中的CGGACAG單倍體與癲癇的發(fā)生存在相關性(P<0.05);rs74816802、rs2193149位點在兩組間分布的差異具有統(tǒng)計學意義(P<0.05);rs2193149位點突變可能有致癲癇作用(等位基因的加和作用:OR=1.529,L95=1.017,P=0.041)。結論:GRIN2B基因rs2193149位點突變可能是閩南地區(qū)漢族人群癲癇致病的相關危險因素之一。關鍵詞N-甲基-D-天冬氨酸;GRIN2B;基因多態(tài)性;癲癇;相關性

癲癇是神經(jīng)細胞異常放電導致中樞神經(jīng)系統(tǒng)功能失常的一種神經(jīng)系統(tǒng)疾病[1]。N-甲基-D-天冬氨酸(Ⅳ-methyl-D-aspartate,NMDA)受體是廣泛存在于大腦神經(jīng)元細胞中的興奮性谷氨酸受體,參與調節(jié)興奮性突觸傳遞,在腦發(fā)育、回路形成、細胞遷移和分化、突觸重塑等方面發(fā)揮重要作用[2]。有研究表明,NMDA受體GRIN2B亞基過度激活是癲癇發(fā)作的一個重要原因[3-4]。但經(jīng)檢索未發(fā)現(xiàn)NMDA受體GRIN2B亞基基因與癲癇相關性的報道。本研究擬采用病例對照研究探討NMDA受體GRIN2B亞基的12個位點基因多態(tài)性與癲癇的遺傳易感相關性。

l 研究對象

采用回顧性研究方法,選取來廈門大學附屬東南醫(yī)院就診的閩南地區(qū)漢族人,年齡18~60歲,其中進行體檢的167例健康人員為對照組,監(jiān)測過丙戊酸鈉血藥濃度的163例癲癇患者為癲癇組。癲癇患者入選標準:(1)按照國際抗癲癇聯(lián)盟(ILAE)對癲癇發(fā)作及癲癇綜合征的分類標準[5]診斷為癲癇;(2)經(jīng)腦電圖證實為癲癇;(3)病程≥6個月。排除標準:(1)外傷性癲癇;(2)有精神障礙或情感障礙等依從性差的患者;(3)有嚴重心、肺、肝、腎等功能障礙;(4)有中樞神經(jīng)系統(tǒng)惡性腫瘤或變性疾病;(5)腦卒中或者顱內感染所致癲癇;(6)有藥物濫用和酒精依賴患者。對照組的167例受試者中,男性83例、女性84例,年齡(38.6±19.2)歲,體質量指數(shù)(23.58±1.26) kg/m2;癲癇組的163例受試者中,男性89例、女性74例,年齡(40.3±15.9)歲,體質量指數(shù)(22.68±1.53)kg/m2。兩組受試者的性別、年齡、體質量指數(shù)差異均無統(tǒng)計學意義(P>0.05)。本研究符合《赫爾辛基宣言》要求,患者本人或監(jiān)護人均簽署知情同意書。

2 方法

2.1 患者DNA提取

收集兩組受試者的靜脈血2mL,一周內采用美國Omega核酸提取試劑盒進行DNA提取與純化,光密度(OD值)檢測及1.25%瓊脂糖凝膠電泳檢測合格后將DNA轉移至96孔板,-80℃保存?zhèn)溆?,用于后面的基因分型等檢測。

2.2 基因位點的選擇及引物設計

在國家生物技術信息中心網(wǎng)站(The National Cen-ter for Biotechnology Information,NCBI; https://www.nc-bi.nlm.nih.gov/)中查找基因,在GeneView( http://bc3.m-formatik.hu-berlin.de/)中選擇該基因可能對蛋白質水平產(chǎn)生影響的單核苷酸多態(tài)性(SNP)位點,依據(jù)hapmap數(shù)據(jù)庫或1000 Genomes數(shù)據(jù)庫(http://www.international-genome.org/),選取在中國漢族人群中最小等位基因頻率(MAF)大于0.05,且等位基因對等分布的SNP位點,綜合PubMed(PubMed.cn)和Google( http://www.google.cn)文獻檢索,所選位點通過美國國立衛(wèi)生研究院網(wǎng)站(http://snpinfo.niehs.Nih.gov/)上的相關功能進行預測,信息核實后篩選出易感性的SNP位點。結果篩選出與GRIN2B基因相關的12個SNP位點,包括rs11055514、rs11055515、rs12814951、rs74816802、rs2160517、rs2193149、rs966664、rs18 05476、rs1806201、 rs18 05522、rs3764030.rs1019385。采用Assay Designer 3.1軟件進行引物設計,包括上游引物、下游引物及延伸引物。GRIN2B基因12個位點的引物序列見表l。

2.3 基因分型

取“2.1”項下提取的DNA,通過聚合酶鏈式反應(PCR)擴增出含有待檢SNP位點的目的片段,然后用蝦堿性磷酸酶(SAP)去除PCR體系中剩余的脫氧核糖核苷三磷酸(dNTP)和引物,再加入單堿基延伸引物,其3'末端堿基緊挨SNP位點,且與目的片段上的堿基完全互補,采用4種ddNTP替代dNTP,這樣,探針在SNP位點處僅延伸一個堿基,連接上的ddNTP與SNP位點的等位基因對應。用基質輔助激光解吸電離飛行時間質譜檢測延伸產(chǎn)物與未延伸引物間的分子量差異,確定該點處堿基,進而進行SNP分型。參考文獻[6]設置單堿基延伸反應條件:94℃預變性30s;94℃變性5s.52℃退火5s,80℃延伸5s,40個循環(huán),其中每個循環(huán)中52℃退火和80℃延伸再進行5個循環(huán);最后72℃延伸3min。

2.4 數(shù)據(jù)處理

采用Sequenom MassArray飛行時間質譜生物芯片系統(tǒng),以x2檢驗將對照組和癲癇組受試者GRIN2B基因12個SNP位點進行Hardy-Weinberg平衡檢驗,比較觀察值與預測值的差異,P>0.05表示符合Hardy-Weinberg平衡。采用Haploview 4.2軟件對12個SNP位點進行連鎖不平衡(LD)分析,即在某一群體中,不同座位上某兩個等位基因出現(xiàn)在同一條單體型上的頻率與預期的隨機頻率之間存在明顯差異的現(xiàn)象。當D>0.9且r2>1/3,則視為存在LD現(xiàn)象。采用Pearson相關性分析進行單倍體分析,用假陽性發(fā)現(xiàn)率(FDR)法進行多位點數(shù)據(jù)分析校正多重檢驗。采用SPSS 21.0和Plink l.07軟件進行統(tǒng)計,組間基線數(shù)據(jù)中的連續(xù)變量符合正態(tài)分布,采用f檢驗,有序分類變量分析和兩組間基因頻率的比較采用X2檢驗。采用基因型檢驗(GENO)、趨勢x2檢驗(TREND)、顯性基因檢驗(DOM)和隱性基因檢驗(REC)分析兩組受試者GRIN2B基因的12個SNP位點野生純合子(AA)、突變雜合子(Aa)及突變純合子(aa)的基因型分布。校正年齡和性別后,構建攜帶GRIN2B等位基因與病例對照的Logistic回歸模型,采用f檢驗,檢測項目包括基因的加性效應(ADD)和基因顯性效應(DOMDEV)。L95、U95代表預測值95%置信區(qū)間(CI),當優(yōu)勢比(0R)>1且L95>1時,表示該等位基因確實有致病作用;當OR<1且U95 <1時,表示該等位基因有保護作用;當OR-1時,表示該位點與疾病無任何關系。P<0.05表示差異有統(tǒng)計學意義。

3 結果

3.1 Hardy-Weinberg平衡檢驗結果

本研究中GRIN2B基因的12個SNP位點基因型觀察值與預測值比較,差異無統(tǒng)計學意義(P>0.05),各位點均符合Hardy-Weinberg平衡,表明該研究具有群體代表性。GRIN2B基因12個SNP位點的Hardy-Weinberg平衡情況見表2。

3.2 LD和單倍體分析結果

由rs11055514、rs11055515、rs12814951、rs748168-02、rs2160517、rs2193149、rs966664組成的區(qū)塊l(Blockl)和由rs3764030、rs1019385組成的Block2各位點之間存在明顯LD現(xiàn)象,其D>0.9且r2>1/3。進一步比較發(fā)現(xiàn),對照組與癲癇組比較P>0.05,提示LD與癲癇發(fā)病不相關。GRIN2B基因12個SNP位點的LD分析結果見圖1。

相鄰SNP的等位位點傾向于以一個整體遺傳給后代,位于染色體上某一區(qū)域的一組相關聯(lián)的SNP等位位點被稱作單體型。本研究的兩個區(qū)塊共構建出9個單體型,癲癇組與對照組比較,Blockl中的CGGACAG單體型差異有統(tǒng)計學意義(P<0.05),表明該單體型與癲癇的發(fā)生存在相關性。單倍體分析結果見表3。

3.3 基因型統(tǒng)計結果

TREND、DOM結果顯示,rs74816802位點在兩組受試者間的基因分布的差異有統(tǒng)計學意義(P<0.05);GE—NO、TREND、DOM結果顯示,rs2193149位點在兩組受試者間的基因分布的差異有統(tǒng)計學意義(P<0.05);其余SNP位點的組間基因分布的差異無統(tǒng)計學意義。兩組受試者GRIN2B基因12個SNP位點基因型分布差異統(tǒng)計結果見表4。

3.4 Logistic回歸分析結果

統(tǒng)計結果顯示,GRIN2B基因rs2193149位點ADD項目的OR-1.529.L95 -1.017,P-0.041,提示rs2193149位點突變可能有致癲癇作用。GRIN2B基因12個SNP位點的Logistic回歸分析結果見表5。

4 討論

NMDA受體是在中樞神經(jīng)系統(tǒng)廣泛表達且參與神經(jīng)傳遞的離子型谷氨酸受體[7]。NMDA受體由其亞基GRIN1、GRIN2A、GRrN2B、GRIN2C、GRIN2D、GRIN3A、GRIN3B組裝為異四聚體結構,功能性NMDA受體則由2個GRINl亞基和2個GRIN2亞基組成,或者由2個GRIN1亞基和1個GRIN2亞基、1個GRIN3亞基組成[8]。在哺乳動物大腦中GRrN2B充當谷氨酸受體激動劑結合位點和主要的興奮性神經(jīng)遞質受體,NMDA受體被激活后,引起Ca2+內流,細胞內Ca2+相關信號通路過度激活,導致神經(jīng)元異常放電。癲癇的發(fā)生正是興奮性神經(jīng)元(NMDA電流)和抑制性神經(jīng)元[y-氨基丁酸(GABA)電流]異常放電的結果[9]。癲癇的致病因素復雜,癲癇的家族遺傳性被認為是癲癇發(fā)病的一個重要原因,從遺傳學角度考慮,已有研究發(fā)現(xiàn)GRIN2B基因rs7301328位點基因多態(tài)性與帕金森病的發(fā)生發(fā)展相關[10];楊雅玲等[11]研究發(fā)現(xiàn)在中國不伴癡呆的帕金森病人群中,GRIN2B基因rs7301328位點的GG基因型可能是帕金森病相關幻覺的保護因素。由此可見,研究受體通道基因多態(tài)性對于癲癇的治療具有重要的價值,可為癲癇患者的個體化治療提供理論依據(jù)。

已有研究發(fā)現(xiàn)NMDA受體突變及罕見變異見于多種神經(jīng)精神疾病[12]。一項包含258個NMDA受體突變及罕見變異的研究結果顯示,49%的患者表現(xiàn)為癲癇;而GRIN2B/GluN2B變異患者主要表現(xiàn)為智力障礙(87%),其次是癲癇(29%)[11]。本研究通過對比閩南地區(qū)漢族癲癇患者與健康人員NMDA受體GRIN2B亞基基因多態(tài)性,探討GRIN2B基因多態(tài)性與癲癇的關聯(lián)性。研究發(fā)現(xiàn),癲癇患者與健康人員的GRIN2B亞基基因rs74816802 .rs2193149位點基因型分布存在顯著差異(P<0.05),且Logistic回歸結果顯示rs2193149位點OR>1.L95>1,提示GRIN2B亞基基因rs2193149位點的突變可能與癲癇易感性相關。但由于本研究樣本量有限,主要為閩南地區(qū)漢族人,對課題的研究具有一定局限性。此外,癲癇發(fā)作類型多,存在多種綜合征,個體間臨床差異大,不同年齡致病因素不同,故對于GRIN2B基因位點多態(tài)性影響癲癇發(fā)生發(fā)展的確切分子機制尚有待進一步研究。

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(收稿日期:2019-09-18 修回日期:2019-12-16)

(編輯:鄒麗娟)

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