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CDKN2A和CDKN2B區(qū)域間的基因多態(tài)性與漢族人群顱內(nèi)動脈瘤性別差異性的關(guān)聯(lián)分析

2020-05-28 11:42歐陽嶷閻雪晶
中國血液流變學(xué)雜志 2020年1期
關(guān)鍵詞:等位基因基因型漢族

歐陽嶷,閻雪晶,劉 穎,張 婧

(中國醫(yī)科大學(xué)附屬第一醫(yī)院神經(jīng)內(nèi)科,遼寧 沈陽 110001)

蛛網(wǎng)膜下腔出血(subarachnoid hemorrhage,SAH)是一種危及生命的腦血管病急重癥,約有80%的SAH是由顱內(nèi)動脈瘤(intracranial aneurysm,IA)破裂造成的,女性罹患SAH和IA的比率約為男性的1.6倍[1-2]。近來,全基因組關(guān)聯(lián)研究(GWAS)證實染色體9p21.3的CDKN2A-CDKN2B區(qū)域與歐洲、日本人群的多種血管疾病相關(guān)[3-5],但迄今為止CDKN2A-CDKN2B區(qū)域基因多態(tài)性與漢族人群IA是否存在關(guān)聯(lián)僅有少數(shù)報道[6],尚無定論。

本研究以中國漢族IA病例作為研究對象,通過病例對照的關(guān)聯(lián)分析方法,研究CDKN2ACDKN2B區(qū)域的基因多態(tài)性與漢族人群IA的相關(guān)性。在此基礎(chǔ)上,采用分層分析的方法,從遺傳學(xué)角度探討存在于IA患者的性別差異與上述基因多態(tài)性是否存在關(guān)聯(lián)。

1 資料和方法

1.1 研究對象

1.1.1 入選標(biāo)準(zhǔn):IA組:選取近十年由中國醫(yī)科大學(xué)附屬第一醫(yī)院神經(jīng)內(nèi)科和神經(jīng)外科門診、急診及病房確診的IA患者500 例,入選病例均為漢族。所有患者均經(jīng)數(shù)字血管減影造影(DSA)和/或頭部三維CT血管造影(3D-CTA)和/或頭部核磁血管造影(MRA)或手術(shù)證實存在IA(指囊性動脈瘤)。

對照組:同時期500 名健康志愿者,均為漢族,無血緣關(guān)系,年齡和性別與IA組相匹配,無心腦血管疾病、血液系統(tǒng)疾病、肝腎疾病、腫瘤、感染以及自身免疫性疾病等。所有對照組成員經(jīng)神經(jīng)影像學(xué)(MRA或3D-CTA)證實無IA。

研究經(jīng)過中國醫(yī)科大學(xué)倫理委員會通過,所有受試者均簽署知情同意書。年齡未滿18 歲或存在重度功能殘疾者(如意識障礙、嚴(yán)重肢體功能障礙等)均需征得法定監(jiān)護人同意并簽字。

1.1.2 排除標(biāo)準(zhǔn):有下列情況之一者,予以排除:各種血液系統(tǒng)疾病或有出血傾向者(血小板計數(shù)<100 ×109/L);有嚴(yán)重的肝腎疾病、腫瘤、感染、自身免疫性疾病等;存在多囊腎、Ehlers Danlos綜合癥、Marfan綜合癥、Moyamoya病、肌纖維發(fā)育不良及鐮狀細胞病者;經(jīng)神經(jīng)影像學(xué)證實的梭形動脈瘤或顱內(nèi)動脈夾層者或動靜脈畸形者;未取得患者或法定監(jiān)護人知情同意者。

1.2 受試者臨床資料采集 記錄研究對象的年齡、性別、吸煙史、飲酒史、家族史、既往史、用藥史等。記錄研究對象的高血壓病史。根據(jù)神經(jīng)影像學(xué)資料(DSA、3D-CTA或MRA)記錄IA組IA的數(shù)量(單發(fā)IA和多發(fā)IA),并記錄IA組中單發(fā)IA者的IA部位(前循環(huán)、后循環(huán)及其它)。在記錄上述臨床資料的基礎(chǔ)上,再按性別分別記錄和統(tǒng)計。

1.3 研究位點選擇 參閱文獻,查找美國國家生物技術(shù)信息中心網(wǎng)站 (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/SNP/),根據(jù)Iternational HapMaP Project數(shù)據(jù)庫中CHB的基因組遺傳變異資料確定基因各SNP分布頻率。利用HaploView軟件中的Tag algorithm篩選標(biāo)簽SNP(Tag SNPs)。優(yōu)先選取位于蛋白編碼區(qū)可導(dǎo)致氨基酸序列改變、5'或3'非轉(zhuǎn)錄區(qū)、啟動子區(qū)等具有潛在功能學(xué)意義的位于9p21.3的CDKN2A-CDKN2B區(qū)域4 個與血管疾病相關(guān)的SNP(rs1333040、rs2891168、rs2383207和rs10757278)作為研究位點。

1.4 基因多態(tài)性檢測 IA組和對照組每個受試者采集2~3 mL靜脈血,EDTA抗凝,應(yīng)用全血基因組DNA提取試劑盒提取基因組DNA。將提取的人基因組DNA用紫外分光光度儀進行純度鑒定和定量分析。對所有研究對象的DNA應(yīng)用TaqMan SNP基因分型檢測技術(shù)(ABI 7900)檢測上述位點的基因型。設(shè)計并合成本實驗所需的TaqMan探針,探針引物序列見表1。

表1 各SNP探針引物序列Tab.1 Primer sequences of SNP probes

PCR反應(yīng)體系為:人基因組DNA 20 ng(1 μL),上下游引物各0.5 μL,probe-FAM和probe-VIC各0.2 μL,Taqman Genotyping Master Mix 10 μL,用ddH2O補足至20 μL。采用PCR自動擴增儀擴增。擴增條件為:95 ℃預(yù)變性10 min,95 ℃變性15 s,以60 ℃退火60 s,72 ℃延伸60 s,循環(huán)40次,最后72 ℃延伸5 min。

1.5 統(tǒng)計學(xué)分析 獲得樣本個體基因型后,將所有結(jié)果數(shù)字化錄入數(shù)據(jù)庫,利用統(tǒng)計分析軟件包SPSS 13.0進行相關(guān)的統(tǒng)計分析。計數(shù)資料的比較采用χ2檢驗。計量資料的比較采用t檢驗?;蛐秃偷任换蝾l率的比較采用χ2檢驗。P<0.05為差異有統(tǒng)計學(xué)意義。

應(yīng)用χ2擬合優(yōu)度檢驗分析IA組和對照組基因型頻率分布是否符合H-W平衡。假定p代表雙態(tài)遺傳標(biāo)記的一個等位基因頻率,q代表另一個等位基因頻率,在一個隨機婚配群體中,基因型頻率分布應(yīng)符合二項式分布:即(p+q)2=p2+2pq+q2=1。采用公式(1-Ho/He)2×n,Ho為觀察到的雜合子基因型頻率,He為期望值(He=2pq),n為受檢個體數(shù)目,df=1,如P>0.05,則說明樣本符合H-W平衡。應(yīng)用SPSS 13.0軟件包Logistic回歸模型中的二分類反應(yīng)變量的Logistic回歸校正IA的危險因素(高血壓、吸煙及飲酒過量)及年齡的影響,探討基因型與漢族IA人群的相關(guān)性。利用多變量Logistic回歸分析研究上述臨床資料各分層(IA的數(shù)量分層及位分層)中CDKN2A-CDKN2B區(qū)域變異的頻率與對照組的差別。為評估性別差異性效應(yīng),將男性和女性的數(shù)據(jù)分別統(tǒng)計分析,并且在校正傳統(tǒng)危險因素的基礎(chǔ)上,在回歸模型中引入基因型*性別交互變量(interaction variable)進一步證實性別差異與基因型的關(guān)系。

2 結(jié)果

2.1 研究對象的臨床資料匯總 研究表明,與對照組相比,高血壓、大量飲酒與IA的發(fā)生相關(guān)(P<0.05),是IA發(fā)生的危險因素(表2)。

表2 研究對象臨床資料一覽表Tab.2 List of clinical data of the subjects

2.2 所檢各SNP分型圖及基因型檢測結(jié)果 對IA組和對照組每個SNP基因型應(yīng)用χ2擬合優(yōu)度檢驗進行Hardy-Weinberg平衡檢驗,結(jié)果顯示上述兩組各SNP位點基因型頻率分布沒有偏離Hardy-Weinberg平衡(P>0.05)。說明本研究選取的樣本具有人群代表性,適合做遺傳學(xué)分析。

各SNP分型圖及基因型檢測結(jié)果如圖1(見封二)所示。

在rs1333040位點上,基因型頻率分布差異有統(tǒng)計學(xué)意義:IA組T/T基因型的頻率明顯高于對照組,C/C基因型的頻率明顯低于對照組,基因型頻率比較χ2=7.934,P=0.005,OR=2.148, 95%CI1.255~3.675。在等位基因頻率比較中,IA組與對照組差異也有統(tǒng)計學(xué)意義:IA組T等位基因頻率(64.0%)明顯高于對照組(56.4%),C等位基因的頻率(36.0%)明顯低于對照組(43.6%),等位基因頻率與對照組比較χ2=6.278,P=0.012,OR=1.378,95%CI1.072~1.771。說明rs1333040與漢族人群IA發(fā)病密切相關(guān),其風(fēng)險性主要來源于T等位基因。未發(fā)現(xiàn)CDKN2A-CDKN2B區(qū)域所檢其它SNP位點與漢族人群的IA發(fā)病相關(guān)(表3)。

表3 IA組與對照組SNPs基因型與等位基因頻率比較一覽表Tab.3 Comparison of SNPs genotype and allele frequency between IA group and control group

2.3 IA發(fā)生風(fēng)險的多因素分析 如前所述,在IA組rs1333040位點的T/T基因型頻率明顯高于對照組,因此對rs1333040位點TT+CT基因型行進一步統(tǒng)計學(xué)處理,與基因型C/C比較,應(yīng)用Logistic回歸校正性別、年齡及其他環(huán)境危險因素(飲酒、吸煙等)后TT+CT基因型頻率IA組和對照組比較差異仍然有統(tǒng)計學(xué)意義,提示rs1333040位點的TT基因型及T等位基因是IA的獨立危險因素,其患病風(fēng)險率增加至1.796倍。多發(fā)IA和單發(fā)IA亞組比較發(fā)現(xiàn),與上述各SNP位點的基因頻率分布均無明確相關(guān)。在亞組分析中,rs2891168位點上,不同基因型中患者的IA發(fā)生部位存在差別,其A/A基因型與前循環(huán)分布區(qū)的IA密切相關(guān)(P=0.025)。未發(fā)現(xiàn)其它所檢SNP位點不同基因型的患者在IA發(fā)生部位上的差別。

2.4 按性別進行統(tǒng)計的亞組分析 在校正了年齡、血壓、吸煙、飲酒等影響因素后,rs1333040 T/T基因型與漢族男、女IA發(fā)病均密切相關(guān),但與女性IA的關(guān)聯(lián)程度更高(表4)。

表4 IA患者SNPs基因型性別差異效應(yīng)分析Tab.4 Analysis of sex differential effect of SNPs genotypes in IA patients

3 討論

近年來,國內(nèi)外多數(shù)學(xué)者認為,IA的形成、發(fā)展和破裂是遺傳和環(huán)境因素共同作用的結(jié)果[2,7]。同其它血管疾病類似,其常見的危險因素為高血壓、吸煙及飲酒過量[8]。然而,迄今為止,人們對IA的分子生物學(xué)發(fā)病機制還知之甚少。

目前國際上針對歐洲和日本人群開展了關(guān)于IA的大樣本GWAS,并報道了數(shù)個與IA相關(guān)聯(lián)的區(qū)域,分別位于染色體18q11.2、13q13.1、10q24.32、8q11.23-q12.1以及9p21.3[7,9]。其中,有數(shù)項獨立研究發(fā)現(xiàn)位于9p21.3的CDKN2A-CDKN2B區(qū)域不僅與北歐、日本人群的IA相關(guān),而且與缺血性腦卒中、心肌梗死、腹主動脈瘤、2型糖尿病等多種血管疾病存在關(guān)聯(lián)[3-5]。雖然該區(qū)域的功能尚不明確,但有人推測位于該區(qū)域的假定危險基因可能與細胞周期分裂過程相關(guān),在人體血管的形成和修復(fù)方面發(fā)揮著重要的作用[9]。因此,CDKN2A-CDKN2B被認為是最有希望發(fā)現(xiàn)IA等血管疾病關(guān)鍵性致病基因的區(qū)域之一[4,10]。

本研究證實了位于9p21.3的CDKN2A-CDKN2B區(qū)域4 個與血管疾病相關(guān)的SNP位點(rs1333040、rs2891168、rs2383207和rs10757278)中,rs1333040與漢族人群IA發(fā)病密切相關(guān),是IA的獨立危險因素。此外,本研究表明,rs1333040 T/T基因型與漢族男、女IA發(fā)病均密切相關(guān),但與女性IA的關(guān)聯(lián)程度更高,提示基因和性別在IA發(fā)生中具有一定的影響作用。絕大多數(shù)年齡段(<85 歲)的缺血性或出血性卒中,均為男性高發(fā),這與男性具有更高的卒中危險因素(如吸煙、飲酒等),且內(nèi)源性雌激素可能對卒中有保護作用有關(guān)[11-12]。然而,如前所述,SAH在流行病學(xué)方面卻具有與其它腦血管疾病截然不同的特點。其中最為突出的是,女性較男性更易發(fā)生SAH。迄今為止,女性易發(fā)生IA破裂導(dǎo)致SAH的機制尚不明確,國內(nèi)外也罕有這方面的研究報道。Lin等[13]通過研究,證實染色體9p21對于亞臨床性動脈粥樣硬化存在性別差異性的遺傳效應(yīng),說明發(fā)病率的性別差異可能有其相應(yīng)的遺傳學(xué)機制。本研究通過對CDKN2A-CDKN2B區(qū)域的關(guān)聯(lián)分析,從遺傳學(xué)角度進一步詮釋女性易患IA及SAH這一流行病學(xué)現(xiàn)象的原因,為IA流行病學(xué)研究提供了遺傳學(xué)依據(jù),也為今后開展上述區(qū)域IA相關(guān)位點的功能研究奠定基礎(chǔ),具有一定的臨床實用價值和應(yīng)用前景。

但是,實現(xiàn)以基因為導(dǎo)向的IA及SAH個體化預(yù)防、診療仍然任重道遠。今后,在本研究的基礎(chǔ)上,可以在以下方面進一步深入探討:首先,本研究結(jié)果提示rs1333040與漢族人群IA發(fā)病密切相關(guān),是IA的獨立危險因素。但腦血管病屬于多基因遺傳病,該SNP與其它易感基因之間是否存在交互作用尚不得而知,有待于將來進一步的研究加以證實。其次,腦血管病病因復(fù)雜,是由遺傳與環(huán)境共同作用而致病的。今后應(yīng)建立環(huán)境-基因、基因-基因、基因-基因-環(huán)境交互作用的模型,進行多因素交互效應(yīng)的探索分析,為IA的發(fā)生、發(fā)展和預(yù)后提供更為詳實和客觀的分子流行病學(xué)資料。此外,今后應(yīng)開展上述區(qū)域IA相關(guān)位點的功能研究,明確上述SNP對相關(guān)蛋白表達以及功能的影響,從而為最終闡明IA的發(fā)病機制及遺傳易感性機理打下理論基礎(chǔ)。

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