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基于DNA條形碼技術的中藥材木通種子鑒定研究

2020-06-04 08:17穆威杉于娟趙晴
世界中醫(yī)藥 2020年9期
關鍵詞:條形碼種苗測序

穆威杉 于娟 趙晴

摘要 目的:利用核糖體內(nèi)部轉錄間隔區(qū)2(ITS2)及葉綠體psbA-trnH序列對中藥材木通種子進行鑒定,建立其種子DNA條形碼鑒定方法,保障中藥材木通種子的準確性。方法:收集木通種子樣品15份,通過提取DNA、聚合酶鏈式反應(PCR)擴增、雙向測序,獲取其ITS2及psbA-trnH序列?;贐LAST分析、鄰接(NJ)系統(tǒng)發(fā)育樹構建進行物種鑒定分析。結果:共獲得4種類型ITS2序列,2種類型psbA-trnH序列。ITS2及psbA-trnH均可區(qū)分木通與川木通、關木通,但ITS2序列可以區(qū)分木通與三葉木通、白木通,psbA-trnH序列無法區(qū)分木通與三葉木通、白木通。結論:DNA條形碼技術可用于木通種子及其易混偽品的鑒定。

關鍵詞 木通;種子;DNA條形碼;ITS2;psbA-trnH;鑒定;混偽品;序列分析

Abstract Objective:By internal transcribed spacer 2(ITS2)and plastid intergenic region psbA-trnH sequences,the Akebiae Caulis seeds would be identified and DNA barcoding technology has been established,to guarantee the species authenticity of Akebiae Caulis seeds,a Chinese medicinal material.Methods:A total of 15 samples of Akebiae Caulis seeds were collected from different areas.Their ITS2 and psbA-trnH sequences have been obtained after DNA extraction,polymerase chain reaction(PCR)and bi-directional sequencing.Species identification analysis was based on BLAST analysis and neighbor joining(NJ)phylogenetic tree method.Results:A total of 4 types of ITS2 sequences and 2 types of psbA-trnH sequences were obtained.ITS2 and psbA-trnH sequences can distinguish Akebiae Caulis and Clematidis Armandii Caulis,and Caulis Aristolochiae Manshuriensis.But the ITS2 sequence can distinguish Akebia quinata and Akebia trifoliata,Akebia trifoliata var.austrais.The psbA-trnH sequence cannot distinguish Akebia quinata and Akebia trifoliata,Akebia trifoliate var.austrais.Conclusion:DNA barcoding can be useful for origin identification of Akebiae Caulis seeds and its adulterants.

Keywords Akebiae Caulis;Seeds;DNA barcoding;ITS2;psbA-trnH;Identification;Adulterants; Sequence analysis

木通為木通科植物木通Akebia quinata(Thunb.)Decne.、三葉木通Akebia trifoliata(Thunb.)Koidz.或白木通Akebia trifoliata(Thunb.)Koidz.var.austrais(Diels)Rehd.的干燥藤莖,具有通經(jīng)下乳、利尿通淋、清心除煩的功效,是龍膽瀉肝丸等10余種中成藥的處方成分[1]。木通科植物的主要有效化學成分為三萜皂苷,另外還含有木脂素類、黃酮類、有機酸等成分[2-3],具有很高的藥用價值?,F(xiàn)代藥理學表明,木通可以利尿抗菌[4]、抗腫瘤[5],具有顯著的抗氧化活性[6-7],木通籽油提取物具有抗腫瘤細胞增殖的藥理作用[8]。

由于本草文獻存在藥材的名字與實際不符、不同地區(qū)用藥習慣不同以及同名異物的現(xiàn)象,導致市售木通基原混亂,尤其易將木通與川木通、關木通混淆[9]。根據(jù)《中華人民共和國藥典》(以下簡稱《中國藥典》)記載,川木通來源于毛茛科鐵線蓮屬植物小木通Clematis armandii Franch.或繡球藤Clematis montana Buch.-Ham.的干燥藤莖[1]。關木通為馬兜鈴科植物東北馬兜鈴Aristolochia manshuriensis Kom.的干燥藤莖[10]。根據(jù)黃得棟等[11]對木通及川木通藥材的使用和市場情況進行調(diào)查,發(fā)現(xiàn)由于川木通進貨容易、收益較高,部分商家難以區(qū)分川木通與木通,市場上存在川木通代替木通的現(xiàn)象。關木通曾在1963版至2000版《中國藥典》中被收載,但由于其含有馬兜鈴酸類成分,可導致腎毒性[12],關木通已于2003年被國家藥品監(jiān)督管理局禁用[13]。另外有研究證明,馬兜鈴酸Ⅰ更容易被微粒體細胞色素P450氧化,明確了其較高的致癌性[14]。木通、川木通、關木通3種“木通類”藥材雖名字相近,但化學成分及療效均存在差異,若將處方中的正品木通誤以混偽品代替,不僅藥效難以保障,還會給臨床用藥帶來嚴重的安全隱患。在國家取消關木通的藥用標準之后,木通的正品地位得到加強,市場對木通的需求量逐漸增加,木通的人工繁殖和栽培逐漸引起人們重視。木通可以通過種子、埋條、分根、扦插[15]等方式繁殖,從源頭上確保木通種子物種正確至關重要。

DNA條形碼分子鑒定法是利用基因組中一段公認的、相對較短的DNA序列來進行物種鑒定的一種分子生物學技術[16]。這種鑒定方法不依賴于專業(yè)人員的主觀經(jīng)驗以及植物的形態(tài)特征,不受時間、氣候等外界因素的影響[17],針對物種的遺傳信息進行鑒定,具有客觀、準確等優(yōu)點,是對中藥傳統(tǒng)鑒定法的有效補充[16]。目前,DNA條形碼鑒定技術日漸成熟,已經(jīng)逐步應用于種子種苗的鑒定中。高婷等[18]應用DNA條形碼技術對種子類中藥冬葵子和苘麻子及其混偽品進行鑒定,證明ITS2序列可以準確鑒定冬葵子和苘麻子。林鳳越等[19]應用DNA條形碼技術對人參及同屬易混品西洋參種子進行研究,證實了ITS2序列可以用于人參種子真?zhèn)舞b定。本課題組已利用DNA條形碼技術對中藥材桔梗種子[20]、黃芩種子[21]、金蓮花種子[22]、北蒼術種苗[23]的ITS2序列及知母種子[24]的psbA-trnH序列進行鑒定研究,表明DNA條形碼技術可準確有效地鑒定這些中藥材種子種苗的真?zhèn)?。種子種苗作為中藥材種植的源頭,其鑒定標準及生產(chǎn)經(jīng)營管理機制仍不夠完善[25-26],將DNA條形碼技術應用于種子種苗的鑒定,從源頭對藥材的基原進行把關,對推進中藥材種子種苗的標準化有重要意義。

本實驗以木通種子為研究對象,嘗試建立基于ITS2序列和psbA-trnH序列的木通種子DNA條形碼鑒定新方法,為準確鑒定木通種子真?zhèn)翁峁┮罁?jù)。

1 儀器與試藥

1.1 儀器 球磨儀(Retsch公司,德國,型號:MM400型);渦旋混合器(海門市其林貝爾儀器制造有限公司,型號:VORTEX-5型);三溫三控水槽(海博迅實業(yè)有限公司醫(yī)療設備廠,型號:DK-8D型);離心機(Sigma公司,德國,型號:1-14型);聚合酶鏈反應(PCR)儀(Bio-Rad公司,美國,型號:T100型);超微量分光光度計(Thermo Fisher Scientific公司,美國,型號:Nanodrop One型);電泳儀(北京六一生物科技有限公司,型號:DYY-6C型);凝膠成像儀(Bio-Rad公司,美國,型號:Gel DocTMXR+型);電子天平(賽多利斯科學儀器有限公司,德國,型號:SQP型)。

1.2 試劑 植物基因組DNA提取試劑盒[天根生化科技(北京)有限公司,批號:R6718];2×Taq PCR Master Mix試劑(北京艾德萊生物科技有限公司,批號:301926AX);GelRed核酸染料(Biotium公司,批號:41003);AL2000 DNA Maker(北京艾德萊生物科技有限公司,批號:292253AX);瓊脂糖(BIOWEST公司,西班牙,批號:111860);引物[生工生物工程(上海)股份有限公司]。

1.3 分析樣品 收集木通種子樣品15份,經(jīng)承德醫(yī)學院中藥研究所劉金欣副教授鑒定,均為木通屬植物種子,但無法準確鑒定到物種,所有樣品存放于承德醫(yī)學院,樣品信息見表1。木通和川木通參考序列來自《中國藥典中藥材DNA條形碼標準序列》[17],關木通參考序列來自于Wu等[27]的研究論文。

2 方法與結果

2.1 DNA提取、PCR擴增及測序 取木通單粒種子,采用天根植物DNA提取試劑盒提取DNA。使用Nanodrop ONE型超微量分光光度計檢測木通種子DNA濃度和質(zhì)量。依據(jù)《中藥材DNA條形碼分子鑒定指導原則》[5]對木通種子DNA的ITS2和psbA-trnH片段進行PCR擴增,對PCR產(chǎn)物進行雙向測序。

2.2 數(shù)據(jù)分析 測序峰圖利用CodonCode Aligner v.8.0.2軟件進行校對拼接,切除5.8S rRNA和28S rRNA區(qū)域獲得ITS2序列,5.8S motif的序列為“CGAGGGCACGTCTGCCTGGGCGTCA”,28S motif的序列為“CGACCCCAGGTCAGGCGGGGCCACC”;切除psbA和trnH區(qū)域以獲得psbA-trnH序列,psbA motif的序列為“TCGAGCTCCAGCGACAAATGGATAA”,trnH motif的序列為“GGCGGATGTACCCAAGTGGCTCAGG”。在中藥材DNA條形碼鑒定系統(tǒng)(http://www.tcmbarcode.cn)對所獲得的序列進行BLAST比對,利用MEGA-X-10.0.5軟件構建NJ系統(tǒng)發(fā)育樹。

2.3 結果

2.3.1 DNA提取、PCR擴增、測序測定及序列注釋DNA提取結果顯示,木通種子樣品DNA濃度平均值為112.6 ng/μL,A260 nm/A280 nm值多數(shù)位于1.8~2.0之間,表明提取的DNA質(zhì)量較高,可進行后續(xù)實驗。電泳凝膠成像檢測表明:ITS2和psbA-trnH序列分別在500 bp和600 bp左右呈現(xiàn)單一且明亮條帶。測序結果表明:ITS2序列可以獲得高質(zhì)量雙向測序峰圖,部分樣品存在較少數(shù)量的SNP套蜂;psbA-trnH序列由于存在兩處長度在10 bp以上的polyT結構,影響polyT結構之間部分的測序質(zhì)量,但經(jīng)雙向序列拼接和序列矯正后可以滿足后續(xù)分析需要。基于同科序列構建ITS2和psbA-trnH序列注釋用motif,注釋后ITS2和psbA-trnH序列長度分別為216 bp和476~471 bp(含不確定長度polyT)。

2.3.2 基于ITS2序列的木通種子鑒定 共獲得4種類型(I1、I2、I3、I4)的ITS2序列,比對后序列長度為216 bp。經(jīng)BLAST序列比對和系統(tǒng)發(fā)育樹分析,I1、I2、I3可以鑒定為三葉木通或白木通,I4可以鑒定為木通;木通可以與三葉木通、白木通相互區(qū)分,第190位的G堿基是木通的專屬性SNP鑒定位點;白木通作為三葉木通的亞種,無法與三葉木通清晰區(qū)分,部分樣品在第42位、50位、103位、173位存在不同程度的測序套蜂;共有8個樣品存在個體間的ITS2序列差異,表明樣品內(nèi)種子存在不同程度的異質(zhì)性;由NJ系統(tǒng)發(fā)育樹可以看出,4種類型的ITS2序列與木通藥材不同基原參考序列聚為獨立的一大支,可以與川木通、關木通清晰區(qū)分,見圖1,具備與混偽品的區(qū)分鑒定能力。

[20]韓盼盼,王紅娟,向增旭.桔梗同源四倍體誘導及其基因組DNA甲基化差異分析[J].中國中藥雜志,2016,41(3):396-402.

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[23]劉金欣,李耿,陳彩霞,等.基于ITS2序列的中藥材蒼術種苗DNA條形碼鑒定[J].中國實驗方劑學雜志,2018,24(2):34-38.

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(2020-02-10收稿 責任編輯:芮莉莉)

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