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miR-9-5P靶向CDH1、CTNNA1和ITGA6對脈絡(luò)膜黑色素瘤細胞功能的影響

2020-10-20 12:08應(yīng)曼曼張曉楠劉然寧宏
關(guān)鍵詞:脈絡(luò)膜黑色素瘤懸液

應(yīng)曼曼,張曉楠,劉然,寧宏

(中國醫(yī)科大學(xué)附屬第一醫(yī)院眼科,沈陽 110001)

脈絡(luò)膜黑色素瘤是成人最常見的原發(fā)性眼內(nèi)惡性腫瘤,病因尚不明確,常發(fā)生于50~60歲,易通過血液循環(huán)轉(zhuǎn)移[1-3]。許多患者在出現(xiàn)臨床或影像學(xué)轉(zhuǎn)移之前,通常已經(jīng)有多年的肝轉(zhuǎn)移[4]。早期發(fā)現(xiàn)和治療有助于提高患者的生存率和改善預(yù)后,因此,深入研究脈絡(luò)膜黑色素瘤的發(fā)生和調(diào)控機制將有助于發(fā)現(xiàn)腫瘤發(fā)生相關(guān)的關(guān)鍵靶分子,為脈絡(luò)膜黑色素瘤的治療提供新的靶點。

非編碼RNA (non-coding RNAs,ncRNAs) 包括微小RNA (microRNAs,miRNAs)、長鏈非編碼RNAs(long ncRNAs,lncRNAs) 和環(huán)狀非編碼RNAs(circular RNAs,circRNAs)。研究表明,miRNAs在腫瘤中發(fā)揮負調(diào)控作用。miR-9-5p能調(diào)控甲狀腺癌[5]、胰腺癌[6]等的發(fā)生發(fā)展,但關(guān)于它在脈絡(luò)膜黑色素瘤細胞增殖、凋亡、遷移和侵襲中的調(diào)控作用尚未見報道。本研究通過轉(zhuǎn)染miR-9-5p 至人脈絡(luò)膜黑色素瘤細胞,觀察細胞的增殖、凋亡、遷移及侵襲的變化情況,并分析miR-9-5p作用的靶基因,旨在探討其在脈絡(luò)膜黑色素瘤中的作用機制。

1 材料與方法

1.1 細胞培養(yǎng)及轉(zhuǎn)染

取凍存的人眼侵襲性脈絡(luò)膜黑色素瘤細胞系MUM-2B和MUM-2C (上海拜力生物技術(shù)有限公司),在溫水中快速搖晃溶解。用含10%胎牛血清 (美國Gibco公司) 的MEM培養(yǎng)基 (美國HyClone公司),于5% CO2、37 ℃培養(yǎng)箱中培養(yǎng)細胞。陰性對照(negative control,NC)為隨機序列RNA Oligo,miR-9-5p mimics序 列 為5’-UCUUUGGUUAUCUAGCUGUAUGA-3’,miRNA由蘇州吉瑪基因公司合成,用Lipofectamine 3000 (美國Life Technologies Corporation公司) 進行瞬時轉(zhuǎn)染。

1.2 RTCA實時增殖實驗

取對數(shù)生長期細胞轉(zhuǎn)染24 h后,消化并離心,去上清。加入有血清培養(yǎng)基重懸細胞,將細胞懸液與臺盼藍混勻,細胞計數(shù)儀讀取細胞數(shù)。根據(jù)細胞密度,將每個細胞樣品配置成固定濃度的細胞懸液。在E-plate板 (美國愛森生物有限公司) 中加入有血清培養(yǎng)基50 μL測基線后,加入配置好的細胞懸液(100 μL/孔),利用RTCA軟件啟動細胞實時增殖分析,連續(xù)測定72 h,得出細胞增殖曲線。

1.3 EDU細胞增殖實驗

miR-9-5p mimics轉(zhuǎn)染細胞48 h,換液后以EDU(上海碧云天生物技術(shù)有限公司) 孵育4 h,消化并離心,以4%多聚甲醛固定15 min,用0.5%TrionX-100通透細胞15 min,用Asize488反應(yīng)液避光孵育細胞30 min后,以流式細胞儀 (美國BD公司) 檢測細胞的增殖變化。

1.4 流式細胞儀檢測細胞凋亡

轉(zhuǎn)染處于對數(shù)生長期的細胞48 h,消化并離心。將細胞凋亡試劑盒 (美國BD公司) 的Binding Buffer(10×) 用預(yù)冷PBS稀釋成1× Binding Buffer。將各細胞樣品以200 μL的1×Binding Buffer重懸。各樣品中加入3 μL FITC后,繼續(xù)加入3 μL PI,分別室溫避光孵育10 min,繼續(xù)加入300 μL 1×Binding Buffer并充分混勻。以流式細胞儀收集并檢測10 000個細胞,分析細胞凋亡情況。

1.5 Transwell遷移侵襲實驗

將細胞常規(guī)轉(zhuǎn)染24 h后消化離心,去上清后加入適量有血清培養(yǎng)基重懸細胞,將細胞懸液與臺盼藍混勻,以細胞計數(shù)儀檢測細胞密度,每個樣品配置成固定濃度的細胞懸液。不做任何處理的小室直接用于遷移實驗,加基質(zhì)膠的小室用于侵襲實驗。24孔板中每孔加入600 μL有血清培養(yǎng)基,將配置好的細胞懸液200 μL加入到每個小室并置于24孔板中,孵箱內(nèi)培養(yǎng)24 h,棄小室內(nèi)的無血清培養(yǎng)基,將小室底部置于結(jié)晶紫中染色15 min,吸干擦凈小室,顯微鏡下拍照。

1.6 生物信息學(xué)軟件分析預(yù)測miR-9-5p的靶基因

利用miRNAs靶基因預(yù)測的生物信息學(xué)網(wǎng)站TargetscanHuman7.2 (http://www.targetscan.org/vert_72/) 分析找出miR-9-5p的所有靶基因。將miR-9-5p的所有靶基因輸入DAVID 6.8 (Database for Annotation,Visualization and Integrated Discovery) 生信分析網(wǎng)站 (https://david.ncifcrf.gov/home.jsp),進行綜合生物學(xué)功能分析,用GO生物學(xué)功能富集分析及KEGG信號通路分析,篩選相關(guān)靶基因。最后將所得2組靶基因輸入Venny2.1在線分析軟件 (http://bioinfogp.cnb.csic.es/tools/venny/),取交集找出與細胞遷移和侵襲功能相關(guān)的關(guān)鍵差異基因。

1.7 Western blotting

以RIPA裂解液 (上海碧云天生物技術(shù)公司) 提取各組細胞總蛋白,用BCA蛋白檢測試劑盒 (上海碧云天生物技術(shù)公司) 檢測蛋白濃度。每孔30 μg蛋白上樣,行10% SDS-PAGE電泳,電轉(zhuǎn)移至PVDF膜 (美國BIO-RAD公司)。5%脫脂奶粉封閉2 h,加入CDH1抗體 ((1︰5 000,ab40772,美國Abcam公司) 和GAPDH抗體 (1︰5 000,5174s,美國Cell Signaling Technology公司),4 ℃孵育過夜。TBST清洗3次后,以二抗 (山羊抗兔1︰5 000,ZB-2301,北京中山金橋生物技術(shù)有限公司) 封閉1 h。利用發(fā)光儀MicroChemi4.2 (以色列DNR公司) 檢測條帶熒光亮度,并以ImageJ軟件計算灰度值并分析蛋白表達量。

1.8 統(tǒng)計學(xué)分析

圖1 miR-9-5p對脈絡(luò)膜黑色素瘤細胞增殖的影響Fig.1 The effect of miR-9-5 on proliferation of choroidal melanoma cells

采用GraphPad Prism7.0軟件對數(shù)據(jù)進行分析與作圖,實驗數(shù)據(jù)以表示。采用兩樣本t檢驗分析比較2組實驗數(shù)據(jù),每個實驗均獨立重復(fù)3次,P<0.05為差異有統(tǒng)計學(xué)意義。

2 結(jié)果

2.1 miR-9-5p抑制脈絡(luò)膜黑色素瘤細胞的增殖

利用RTCA細胞實時增殖實驗觀察各組細胞的增殖情況,與NC組相比,MUM-2B (t=6.925) 和MUM-2C (t=4.762) 細胞轉(zhuǎn)染miR-9-5p mimics后,細胞增殖能力明顯下降 (P< 0.01),見圖1A。用EDU細胞增殖實驗進一步驗證miR-9-5p對細胞增殖的影響,結(jié)果表明,MUM-2B (t=4.779) 和MUM-2C (t=4.514) 細胞轉(zhuǎn)染miR-9-5p mimics后,細胞的增殖能力明顯減弱 (P< 0.05),見圖1B、1C。提示miR-9-5p能夠抑制脈絡(luò)膜黑色素瘤細胞的增殖。

2.2 miR-9-5p能夠促進脈絡(luò)膜黑色素瘤細胞的凋亡

采用流式細胞儀檢測各組脈絡(luò)膜黑色素瘤細胞的凋亡變化情況。如圖2所示,與NC組相比,MUM-2B (t=7.385) 和MUM-2C (t=4.893) 細胞轉(zhuǎn)染miR-9-5p mimics后凋亡率明顯增加,差異有統(tǒng)計學(xué)意義 (P<0.001),見圖2A、2B。脈絡(luò)膜黑色素瘤細胞的凋亡水平與miR-9-5p的表達量呈正相關(guān),表明miR-9-5p能夠促進脈絡(luò)膜黑色素瘤細胞的凋亡。

圖2 流式細胞技術(shù)檢測miR-9-5p對脈絡(luò)膜黑色素瘤細胞凋亡的影響Fig.2 The effect of miR-9-5p on the cell apoptosis of choroidal melanoma cells detected by flow cytometry

2.3 miR-9-5p能夠參與調(diào)控脈絡(luò)膜黑色素瘤細胞的遷移和侵襲

Transwell遷移和侵襲實驗結(jié)果顯示,與NC組相比,MUM-2B (t=7.223) 及MUM-2C (t=11.03) 轉(zhuǎn)染miR-9-5p mimics后,遷移細胞量均顯著減少 (P<0.05);與NC組相比,MUM-2B (t=8.271) 及MUM-2C(t=11.42) 轉(zhuǎn)染miR-9-5p mimics后,侵襲細胞量均顯著減少 (P< 0.05),見圖3。提示miR-9-5p亦能抑制脈絡(luò)膜黑色素瘤細胞的遷移和侵襲。

2.4 生物信息學(xué)方法篩選miR-9-5p參與細胞增殖轉(zhuǎn)移調(diào)節(jié)的靶基因

為了深入研究miR-9-5p在脈絡(luò)膜黑色素瘤細胞中發(fā)揮作用的分子調(diào)節(jié)機制,采用生物信息學(xué)網(wǎng)站TargetScanHuman7.2 (http://www.targetscan.org/vert_72/)分析預(yù)測miR-9-5p可能作用的靶基因,得到1 388個miR-9-5p的靶基因。將靶基因輸入DAVID6.8在線分析軟件,進一步通過GO生物學(xué)分析,找到參與調(diào)控細胞遷移侵襲的基因78個,通過KEGG信號通路分析,找到參與調(diào)控細胞遷移侵襲的基因51個。經(jīng)過Venny2.1在線分析工具分析,在上述2組與細胞遷移侵襲相關(guān)的基因群中找出3個共同差異表達的基因(CDH1,CTNNA1,ITGA6)。

2.5 驗證CDH1是miR-9-5p的靶基因

為驗證CDH1,CTNNA1,ITGA6是否為miR-9-5p的靶基因,隨機選擇性地對CDH1進行實驗驗證。給予MUM-2B和MUM-2C細胞轉(zhuǎn)染miR-9-5p mimics后,以Western blotting檢測不同分組的CDH1蛋白表達變化情況。如圖4所示,與NC組相比,轉(zhuǎn)染miR-9-5p mimics組MUM-2B和MUM-2C細胞CDH1的表達均下調(diào)。

3 討論

脈絡(luò)膜黑色素瘤作為成人最常見的原發(fā)性眼內(nèi)惡性腫瘤,其表現(xiàn)多種多樣,并發(fā)癥多,惡性程度高,易侵襲轉(zhuǎn)移,預(yù)后極差[7]。脈絡(luò)膜黑色素瘤的發(fā)生機制可能與染色體畸形、基因突變及信號通路有關(guān)[8],其中信號通路是目前的研究熱點[9]。研究[10-12]發(fā)現(xiàn),多種miRNAs參與調(diào)控腫瘤細胞的生物學(xué)行為,并已成為腫瘤治療的潛在靶點。miRNAs在脈絡(luò)膜黑色素瘤的增殖、代謝、凋亡及侵襲遷移過程中也發(fā)揮著重要作用[13-15]。miRNAs是一類長度約22 nt的內(nèi)源性非編碼小分子RNA,通過與mRNA 3 ’UTR靶向結(jié)合調(diào)節(jié)基因的表達,影響信號通路的激活和抑制狀態(tài),從而調(diào)控腫瘤的發(fā)生與發(fā)展。文獻[15]報道,miR-155可通過調(diào)節(jié)NDFIP1的表達促進葡萄膜黑色素瘤細胞增殖和侵襲。

圖3 Transwell實驗檢測miR-9-5p對脈絡(luò)膜黑色素瘤細胞遷移和侵襲變化的調(diào)控作用Fig.3 The regulatory effect of miR-9-5p on the migration and invasion of choroidal melanoma cells examined with Transwell assay

圖4 Western blotting檢測CDH1蛋白表達情況Fig.4 The expression level of CDH1 detected by Western blotting

miR-9-5p在多種腫瘤中發(fā)揮著促進因子或抑制因子的作用[16-19],但它在脈絡(luò)膜黑色素瘤中的作用機制目前尚不明確。因此,本研究通過在脈絡(luò)膜黑色素瘤細胞中過表達miR-9-5p,發(fā)現(xiàn)miR-9-5p表達上調(diào)能夠抑制脈絡(luò)膜黑色素瘤細胞的增殖、遷移和侵襲,并促進脈絡(luò)膜黑色素瘤細胞的凋亡。為了更加深入地研究miR-9-5p在脈絡(luò)膜黑色素瘤細胞中的作用機制及途徑,本研究利用生物信息學(xué)網(wǎng)站TargetscanHuman7.2分析預(yù)測了miR-9-5p的全部可能靶基因。隨后利用GO分類富集分析及KEGG通路分析上述預(yù)測靶基因,篩選得到了3個與細胞遷移和侵襲相關(guān)的基因CDH1,CTNNA1和ITGA6。最后以Western blotting初步驗證了CDH1是miR-9-5p的靶基因之一。CDH1和CTNNA1屬于鈣黏著蛋白家族,介導(dǎo)細胞與細胞間的黏附,與上皮-間質(zhì)轉(zhuǎn)化引起的侵襲性增加有關(guān)[20-21]。ITGA6能促進腫瘤細胞的侵襲轉(zhuǎn)移[22]。因此,推測miR-9-5p可能通過調(diào)節(jié)上述基因的表達影響脈絡(luò)膜黑色素瘤細胞的發(fā)生與發(fā)展。

綜上所述,本研究發(fā)現(xiàn)miR-9-5p能夠抑制脈絡(luò)膜黑色素瘤細胞的增殖、遷移和侵襲,促進脈絡(luò)膜黑色素瘤細胞的凋亡,并預(yù)測其機制可能與調(diào)節(jié)CDH1,CTNNA1和ITGA6的表達有關(guān),為脈絡(luò)膜黑色素瘤的診斷和治療提供了一種新的思路。

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