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基于CT影像組學(xué)對孤立性肺結(jié)節(jié)性質(zhì)分類的預(yù)測效能

2021-05-07 04:17徐青青單文莉黃陳翠包絲雨郭莉莉
關(guān)鍵詞:訓(xùn)練組浸潤性組學(xué)

徐青青,單文莉,朱 艷,黃陳翠,包絲雨,郭莉莉*

1南京醫(yī)科大學(xué)附屬淮安第一醫(yī)院影像科,江蘇 淮安 223300;2北京深睿博聯(lián)科技有限責(zé)任公司研發(fā)中心科研合作部,北京 100089

孤立性肺結(jié)節(jié)是指肺內(nèi)單發(fā)、直徑≤3 cm的圓形或類圓形病灶,周圍完全由充氣的肺組織包繞,不伴有肺不張、肺炎、淋巴結(jié)腫大及胸腔積液[1]。研究報道不同性質(zhì)分類的結(jié)節(jié)預(yù)后不一樣,良性及惡性非浸潤結(jié)節(jié)治愈率可達到或接近100%,而浸潤性結(jié)節(jié)為40%~85%[2],目前臨床上對良性結(jié)節(jié)不進行手術(shù)處理,惡性非浸潤結(jié)節(jié)進行楔形或肺段切除,而浸潤性結(jié)節(jié)以肺葉切除為主[3]。因此,術(shù)前鑒別良性、惡性非浸潤與浸潤性結(jié)節(jié)對手術(shù)方式的選擇以及患者預(yù)后的評估有重要的指導(dǎo)作用。因此,通過不同成像方法提高肺結(jié)節(jié)測量準(zhǔn)確度成為關(guān)注熱點[4]。影像組學(xué)是一個新興的技術(shù),它可以挖掘蘊含于圖像中醫(yī)生肉眼難以觀察的特征,并可以定量評估腫瘤異質(zhì)性[5]。目前,關(guān)于CT影像組學(xué)鑒別肺結(jié)節(jié)病理分類的研究較少,而且目前尚無三分類的人工智能(artificial intelligence,AI)診斷模型,因此本研究的目的是通過建立3種分層遞進模型并驗證基于CT影像組學(xué)鑒別肺結(jié)節(jié)分類的效能。

1 對象和方法

1.1 對象

回顧性納入2017年7月—2019年8月淮安市第一人民醫(yī)院經(jīng)手術(shù)病理證實的孤立性肺結(jié)節(jié)189例,男86例,女103例;年齡(54.8±10.2)歲。良性結(jié)節(jié)71例,包括慢性炎癥50例,不典型上皮增生9例,錯構(gòu)瘤7例、硬化肺泡細胞瘤3例、血管瘤1例及血管淋巴瘤1例;惡性非浸潤結(jié)節(jié)51例,包括不典型腺瘤樣增生14例、原位腺癌15例、微浸潤腺癌22例;浸潤性結(jié)節(jié)67例,包括腺癌57例、鱗癌8例以及肉瘤2例。納入標(biāo)準(zhǔn):①薄層CT表現(xiàn)為孤立的肺結(jié)節(jié),包括實性結(jié)節(jié)、部分實性結(jié)節(jié)及純磨玻璃結(jié)節(jié)[6];②經(jīng)手術(shù)病理證實;③有完整的1 mm薄層DICOM格式數(shù)據(jù)及標(biāo)準(zhǔn)算法重建圖像。排除標(biāo)準(zhǔn):①伴有肺不張、肺炎、淋巴結(jié)腫大及胸腔積液;②CT檢查前接受活檢、放療或化療等操作或治療。本研究經(jīng)醫(yī)院倫理委員會批準(zhǔn),患者均簽署知情同意書。

1.2 方法

1.2.1 CT檢查

所有入組患者接受Siemens Somatom Definition雙源64排128層螺旋CT機胸部CT掃描,采用CARE Dose4D掃描條件:管電壓80~140 kV,管電流60~100 mA,層厚為5 mm,層間距5 mm。所有受檢者仰臥于檢查床上,指導(dǎo)呼吸配合檢查,掃描范圍包括整個肺野,病灶的原始采集資料按1 mm標(biāo)準(zhǔn)算法重建。

1.2.2 感興趣區(qū)(ROI)分割及高通量特征提取

利用Dr.Wise多模態(tài)科研平臺(https://research.deepwise.com)對肺結(jié)節(jié)進行半自動逐層分割并獲得高通量影像組學(xué)特征。隨機選取50例肺結(jié)節(jié)分別由具有5年和10年胸部影像診斷經(jīng)驗的醫(yī)師進行分割。其中5年經(jīng)驗的醫(yī)師一共分割2次,間隔2周;10年經(jīng)驗的醫(yī)師分割1次。采用相關(guān)系數(shù)(ICC)檢驗觀察者組內(nèi)和組間ROI的一致性(ICC>0.75表明一致性比較好)。針對每一個病例的ROI進行高通量特征提取,本研究提取的影像組學(xué)特征變量包括一階特性、形狀特征、紋理特征、亮度特征、灰階運行長度矩陣、灰階判斷矩陣、相鄰的灰度級。

1.2.3 模型的建立與評估

利用特征變量篩選后的子集數(shù)據(jù)進行機器學(xué)習(xí)建立診斷模型。利用由5年經(jīng)驗的醫(yī)師分割的189例數(shù)據(jù)組成的特征變量數(shù)據(jù)集,并將數(shù)據(jù)集按照8∶2的比例隨機分為訓(xùn)練集與測試集,訓(xùn)練集的數(shù)據(jù)用于特征篩選及構(gòu)建診斷模型,測試集的數(shù)據(jù)用于內(nèi)部驗證模型的效果。本研究的特征篩選方法是F-test、L1正則等。特征分類算法中,分別采用機器學(xué)習(xí)算法中的邏輯回歸、支持向量機(support vector machine,SVM)等方法建立模型,區(qū)分肺結(jié)節(jié)屬于良性、惡性非浸潤、浸潤性中的哪一類,并對不同算法的建模結(jié)果進行分析比較。利用受試者工作特征(receiver operating characteristic,ROC)曲線的曲線下面積(area under curve,AUC)、靈敏度、特異度及準(zhǔn)確率等指標(biāo)評價分類診斷模型的效度和可靠性??芍貜?fù)性和穩(wěn)定性好的特征用來建立組學(xué)標(biāo)簽。利用選擇特征的線性融合計算影像組學(xué)標(biāo)簽得分。校正曲線用于評價模型的預(yù)測效果。決策曲線用于評價預(yù)測模型的潛在臨床凈收益。

1.3 統(tǒng)計學(xué)方法

采用SPSS 20.0進行統(tǒng)計分析,3組間患者年齡采用單因素方差分析,兩兩比較采用LSD法,性別分布差異比較采用χ2檢驗。一致性檢驗、特征提取、模型建立和統(tǒng)計學(xué)比較等運算,以及圖表的繪制都是基于Anaconda3平臺(https://www.ana conda.com)的 Pyhton(https://www.python.org/)Scikit -learn(https://scikit-learn.org/)和Matplotlib庫(https://matplotlib.org/)進行的。P<0.05為差異有統(tǒng)計學(xué)意義。

2 結(jié)果

2.1 患者一般資料

189例肺結(jié)節(jié)大小5.8~29.8 mm,平均(15.4±5.9)mm,分為3組,良性組71例,惡性非浸潤組51例,浸潤組67例。3組年齡差異有統(tǒng)計學(xué)意義,兩兩比較顯示,浸潤組的年齡[(57.6±8.7)歲]要高于良性組[(53.1±9.9)歲]和惡性非浸潤組[(53.4±11.5)歲],差異有統(tǒng)計學(xué)意義(P=0.008,P=0.024),良性組與惡性非浸潤組差異無統(tǒng)計學(xué)意義(P=0.873)。3組性別差異有統(tǒng)計學(xué)意義(χ2=19.618,P<0.001),浸潤組、惡性非浸潤組女性比例高于良性組,差異均有統(tǒng)計學(xué)意義(60%vs.35%,χ2=8.298,P=0.004;75%vs.35%,χ2=18.355,P<0.001),惡性非浸潤組及浸潤組差異無統(tǒng)計學(xué)意義(χ2=2.834,P=0.092)。

2.2 影像組學(xué)特征提取、選擇和組學(xué)標(biāo)簽建立

觀察者組內(nèi)和組間ICC值分別為0.89、0.81,一致性良好。后續(xù)特征提取、篩選和建模所有圖像的分割數(shù)據(jù)集由5年經(jīng)驗的醫(yī)師第1次分割的數(shù)據(jù)組成。模型1包括良性結(jié)節(jié)71例及惡性結(jié)節(jié)118例(包括51例惡性非浸潤性結(jié)節(jié)及67例浸潤性結(jié)節(jié)),共提取出1 261個高通量特征,通過F-test 5%特征選擇進行特征篩選,邏輯回歸分類器建立模型。模型1共篩選出20個魯棒的特征,包括一階特征10個及紋理特征10個(圖1A),其中拉普拉斯變換-灰度相關(guān)矩陣-弱相關(guān)(log-sigma-1-0-mm-3D_gldm_Small Dependence Emphasis)、拉普拉斯變換-一階特征-中位數(shù)(log-sigma-1-0-mm-3D_first-order_Median)等相對權(quán)重最大。影像組學(xué)評分(radiomics score,Rad-score)反映良、惡性結(jié)節(jié)在訓(xùn)練組和測試組的分布情況(圖1B)。

模型2包括惡性非浸潤結(jié)節(jié)51例及浸潤性結(jié)節(jié)67例,共提取出1 261個高通量特征,利用L1正則C值0.01特征選擇以及SVM分類器建立模型。共篩選出2個魯棒的特征,包括2個紋理特征,拉普拉斯變換-灰度級區(qū)域矩陣-區(qū)域熵(log-sigma-5-0-mm-3D_glszm_Zone Entropy)和小波變換-灰度級區(qū)域矩陣-區(qū)域熵(wavelet-LLL_glszm_Zone Entropy)。影像組學(xué)評分(Rad-score)反映惡性非浸潤及浸潤結(jié)節(jié)在訓(xùn)練組和測試組的分布情況(圖1C)。

模型3包括良性結(jié)節(jié)71例、惡性非浸潤結(jié)節(jié)51例及浸潤結(jié)節(jié)67例,共提取出1 261個高通量特征。模型3利用F-test 5%特征選擇以及邏輯回歸分類器建立模型,共篩選出20個魯棒的特征,包括一階特性12個,紋理特征8個(圖1D),其中小波變換-灰度級區(qū)域矩陣-灰度不均勻性(wavelet-LLL_glszm_Gray Level Non-Uniformity Normalized)及拉普拉斯變換-一階特征-四分位數(shù)范圍(log-sigma-1-0-mm-3D_firstorder_interquartile Range)等相對權(quán)重最大。

2.3 3種模型的效度、可靠性及收益

預(yù)測模型1在訓(xùn)練組中的AUC值為0.92,在測試組中的AUC值為0.85;預(yù)測模型2在訓(xùn)練組中的AUC值為0.92,在測試組中的AUC值為0.89;預(yù)測模型3在訓(xùn)練組中的AUC值為0.88,在測試組中的AUC值為0.84。3種模型的預(yù)測結(jié)果見表1。預(yù)測模型的ROC曲線見圖2,將模型1和模型2的預(yù)測概率繪制成決策曲線(圖3)及校準(zhǔn)曲線(圖4)。

3 討論

CT薄層掃描技術(shù)在肺結(jié)節(jié)的診斷分類、治療方案的制定、療效評價及預(yù)后評估等方面發(fā)揮著重要的作用[7]。然而,臨床工作中影像醫(yī)生常使用幾種形態(tài)學(xué)特征來評估胸部CT肺結(jié)節(jié)的惡性特征,包括結(jié)節(jié)大小、邊緣、輪廓和內(nèi)部特征,而蘊含在數(shù)字化圖像中的大量信息沒有被利用。影像組學(xué)是一個新興技術(shù),它通過高通量地提取醫(yī)學(xué)圖像中的大量定量影像學(xué)特征,與傳統(tǒng)的視覺圖像相比,它可以提取出更多的肺結(jié)節(jié)特征,并以非侵入性的方式評估肺結(jié)節(jié)和腫瘤的行為[8]。目前已有研究表明影像組學(xué)在腫瘤病理亞型鑒別、基因表達、病灶的良惡性鑒別、淋巴結(jié)轉(zhuǎn)移、疾病的治療及預(yù)后方面表現(xiàn)出較好的前景[9-12]。臨床工作中醫(yī)生視覺鑒別診斷良惡性、浸潤前和浸潤程度有很大難度,而本研究對于多分類模型進行研究,填補了該多分類模型的空白,具有一定的臨床應(yīng)用價值,可以輔助決策臨床診療。

圖1 模型的特征參數(shù)圖及其測試組的影像組學(xué)評分圖Figure 1 Feature coefficients and radiomics scores of models

本研究每個患者均采集了3次ROI,采用ICC檢驗觀察者組內(nèi)和組間ROI的一致性,可以保證提取的影像組學(xué)特征的可重復(fù)性。3組模型都提取了一階特性和紋理特征。一階直方圖特征以及紋理特征是一種圖像像素信息量化技術(shù),它可以提供肉眼以外的潛在信息,尤其是紋理特征可以描述腫瘤內(nèi)異質(zhì)性,與腫瘤的分期、治療反應(yīng)和生存期具有相關(guān)性,對臨床具有重要價值[13]。本研究中3種分層遞進模型中熵、中位數(shù)、均值、第10百分位數(shù)、第90百分位數(shù)、四分位距、弱相關(guān)和灰度不均勻性等影像組學(xué)特征對良性、惡性非浸潤及浸潤結(jié)節(jié)進行分類有重要的意義,模型1良惡性結(jié)節(jié)分類模型中弱相關(guān)及中位數(shù)相對權(quán)重較大。弱相關(guān)是衡量弱相關(guān)關(guān)系的分布,取值越大,表示圖像相關(guān)性越小,紋理越不均勻。中位數(shù)代表了中位灰度強度。模型3良性、惡性非浸潤及浸潤性結(jié)節(jié)分類模型中灰度不均勻性及四分位數(shù)范圍相對權(quán)重較大?;叶炔痪鶆蛐员硎灸[瘤圖像中亮暗的變化,取值越小,表示腫瘤圖像亮暗程度越均勻。四分位數(shù)范圍則代表了圖像的第25和第75百分位數(shù)。而模型2惡性非浸潤及浸潤性結(jié)節(jié)分類模型中僅有2個紋理特征拉普拉斯變換和小波變換的區(qū)域熵用于區(qū)分非浸潤及浸潤性結(jié)節(jié),區(qū)域熵是測量腫瘤的大小和灰度級分布的不確定性,其值越高表示腫瘤的紋理差異越大,這對于提高臨床診斷具有重要的意義。

表1 訓(xùn)練組與測試組的3種預(yù)測模型結(jié)果對照Table 1 Comparison of the results of three prediction models for the training group and the test group (%)

圖2 影像組學(xué)驗證模型的ROC曲線Figure 2 ROC curves of three models

圖3 模型1及模型2測試組的決策曲線Figure 3 Decision curves for the test group of model 1 and model 2

圖4 模型1及模型2測試組的概率校準(zhǔn)曲線Figure 4 Calibration curves of models 1 and model 2

很多研究表明影像組學(xué)對于肺結(jié)節(jié)良、惡性分類具有良好的診斷效能[13-16]。Xu等[16]對所有結(jié)節(jié)分為3組,T1a(直徑0~1 cm)、T1b(1 cm <直徑≤2 cm)和T1c(2 cm <直徑≤3 cm),并開發(fā)了3種影像組學(xué)模型來預(yù)測每組中的惡性肺結(jié)節(jié),T1a模型預(yù)測的AUC、準(zhǔn)確性分別為0.84和0.77;T1b模型分別為0.78、0.73;T1c模型分別為0.79、0.76。本研究中模型1通過F-test 5%特征選擇來減少特征空間的維數(shù),并選擇邏輯回歸分類器建立模型,篩選了20個影像組學(xué)特征對良、惡性結(jié)節(jié)進行分類,在訓(xùn)練組中的AUC為0.92,在測試組AUC為0.85,與之前的研究結(jié)果相似[14-16]。因惡性非浸潤結(jié)節(jié)及浸潤性結(jié)節(jié)臨床治療策略不同,我們的研究進一步針對惡性病變進行分類。據(jù)報道惡性非浸潤結(jié)節(jié)的遠期生存率為100%或接近100%,比浸潤性結(jié)節(jié)高很多[17],因此模型2中,將肺腺癌中的微浸潤結(jié)節(jié)、原位腺癌及腺瘤樣增生均歸為惡性非浸潤結(jié)節(jié),并利用L1正則C值0.01特征選擇來減少特征空間的維數(shù),選擇支持向量機分類器建立模型,篩選出僅2個影像組學(xué)特征對惡性非浸潤及浸潤結(jié)節(jié)分類,在訓(xùn)練組中的AUC為0.92,在測試組中AUC為0.89;最后模型3中對所有的肺結(jié)節(jié)采用3分類法對良性、惡性非浸潤及浸潤結(jié)節(jié)分類,根據(jù)F-test 5%特征選擇來減少特征空間的維數(shù),選擇邏輯回歸分類器建立模型,最終篩選了20個影像組學(xué)特征,其在訓(xùn)練組中的AUC為0.88;在測試組中AUC為0.84。模型3中有2條擬合曲線分別代表宏平均(macro-average)和微平均(micro-average),均是評價模型鑒別診斷效度的指標(biāo)。宏平均是指所有類別的每一個統(tǒng)計指標(biāo)值的算數(shù)平均值,而微平均是對數(shù)據(jù)集中的每一個示例不分類別進行統(tǒng)計建立全局混淆矩陣,然后計算相應(yīng)的指標(biāo)。因此,微平均更能體現(xiàn)模型效果,它的驗證組的AUC值為0.84。總體來說,3種模型沒有偏離擬合曲線,進一步證明了影像組學(xué)對肺結(jié)節(jié)分類診斷的高效性。

最后,本研究采用半自動的分割方法,最大限度地減少了放射科醫(yī)師分割結(jié)節(jié)的時間,并提高了可重復(fù)性及準(zhǔn)確性,使其在臨床實踐中更加實用、有效[18]。但是也存在一些不足之處:第一,本研究是回顧性研究,在病例選擇上可能存在偏倚,這也導(dǎo)致本研究中非浸潤及浸潤結(jié)節(jié)中女性患者較多,仍需大樣本進行更深入的研究;第二,高通量特征的隨機性沒有相應(yīng)的規(guī)范標(biāo)準(zhǔn),Nyflot等[19]的研究表明紋理特征對圖像隨機變化和成像參數(shù)的依賴性很大,這意味著需要一個規(guī)范的標(biāo)準(zhǔn)以確保研究結(jié)果的可重復(fù)性和可靠性。

總之,CT影像組學(xué)特征可以提供非侵入性的、可重復(fù)的診斷及鑒別診斷信息,對良性、惡性非浸潤及浸潤性結(jié)節(jié)分類具有重要價值,包括所有這些重要特征的決策曲線和校驗曲線在臨床上可用于術(shù)前策略計劃。

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