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DNA為啥會自發(fā)變異

2021-10-02 02:26:50
中國科學(xué)探險 2021年4期
關(guān)鍵詞:氫原子堿基質(zhì)子

近期,一項研究表明,支配微小世界的量子力學(xué)可能有助于解釋為什么基因突變會在DNA自我復(fù)制的過程中自發(fā)出現(xiàn)。

DNA“點突變”

量子力學(xué)用于描述支配原子及其亞原子成分的奇怪規(guī)則,當(dāng)描述宏觀世界的經(jīng)典物理規(guī)則失效時,量子就會介入進行解釋,在DNA的例子中,經(jīng)典物理學(xué)提供一種解釋,分析了為什么DNA螺旋階梯的某一階突然發(fā)生變化,會導(dǎo)致所謂的“點突變”。據(jù)悉,DNA由脫氧核苷酸組成,而脫氧核苷酸是由堿基、脫氧核糖和磷酸構(gòu)成,其中堿基有4種:腺嘌呤(A)、鳥嘌呤(G)、胸腺嘧啶(T)和胞嘧啶(C)。DNA攜帶著合成RNA和蛋白質(zhì)所必須的遺傳信息,是生物發(fā)育和正常運作必不可少的生物大分子。

在日前發(fā)表的一項最新研究中,研究人員探索了另一種解釋,表明一種被稱為質(zhì)子隧穿的量子現(xiàn)象可以通過允許DNA中帶正電荷的質(zhì)子從一個位置跳躍至另一個位置,產(chǎn)生點突變,反之,這將微妙地改變連接DNA雙螺旋結(jié)構(gòu)兩側(cè)的氫橋鍵,當(dāng)DNA進行自我復(fù)制的時候,氫橋鍵會出現(xiàn)錯誤。

研究人員指出,這種微妙變化尤其可能導(dǎo)致DNA序列出現(xiàn)“錯版”,當(dāng)DNA鏈復(fù)制時,錯誤的DNA“字母”將配對在一起,這些字母也被稱為堿基,通常以某種方式配對:A至G,G至C,但是質(zhì)子隧穿會導(dǎo)致一些堿基混合和匹配。

英國曼徹斯特大學(xué)計算和理論化學(xué)教授薩姆·海伊說:“關(guān)于DNA堿基對中氫鍵和質(zhì)子轉(zhuǎn)移,科學(xué)家已進行了大量計算工作,這項最新研究使用了非常精湛的計算方式來重新檢驗該現(xiàn)象?!?/p>

然而,由于使用特定的計算方法,研究人員僅能在單堿基和堿基對的水平上模擬少部分DNA鏈,這意味著該模型不包括DNA雙螺旋的兩側(cè),也不包括位于DNA鏈上其他位置的堿基對,這些位置的結(jié)構(gòu)可能對研究質(zhì)子隧穿現(xiàn)象具有重大影響,但要模擬整個DNA鏈將需要巨大的計算能力,可能要等到計算能力或者方法進一步改進后才能解決該問題。

經(jīng)典物理學(xué)與量子力學(xué)

目前,經(jīng)典物理學(xué)也能提供為什么質(zhì)子在DNA鏈周圍跳躍的謎團。DNA堿基對由氫鍵連接在一起,氫鍵是一種氫原子和堿基分子之間相對較弱的吸引力,這些化學(xué)鍵可以通過加熱被打破,因為隨著溫度的升高,分子會劇烈振動和抖動,導(dǎo)致氫原子從原來的位置彈出。

英國薩里大學(xué)勒弗休姆量子生物學(xué)博士培訓(xùn)中心博士生路易·斯洛康姆說:“你可以想象整個環(huán)境在抖動、振動……一切都處于動態(tài)、在移動著?!痹釉诮^對零度以上的任何溫度下都會擺動,因為熱量會增強它們的動能或者運動。

依據(jù)經(jīng)典熱力學(xué),這種類型的振動有時會使氫原子跳到DNA的新位置,短暫地形成新鍵,但是原子很快就會彈回到原來的位置,由于DNA堿基的分子結(jié)構(gòu),氫原子傾向于在兩對堿基之間形成某種“穩(wěn)定”位置,它們將在這里保持很長時間,期間僅會短暫地逃至不尋常的“不穩(wěn)定”位置。

氫原子僅有一個質(zhì)子,一個負電荷的電子,沒有中子;在其形成DNA的過程中,這些原子在形成鍵的時候,電子會被一對堿基“奪走”。因此2014年的一篇研究報告稱,實際上,當(dāng)氫原子從DNA鏈的一端跳至另一端時,它們會以單個質(zhì)子的形式進行移動,因此科學(xué)家將該現(xiàn)象稱為“質(zhì)子轉(zhuǎn)移”。

但是依據(jù)最新這項研究,經(jīng)典質(zhì)量轉(zhuǎn)移并不能解釋所有質(zhì)子在DNA中跳躍的現(xiàn)象。從本質(zhì)上講,與我們計算量子速率的數(shù)字相比,僅通過經(jīng)典熱力學(xué)導(dǎo)致的質(zhì)子在DNA中跳躍的概率非常低。換句話說,質(zhì)子隧穿可能比熱量自身驅(qū)動更多的質(zhì)子跳躍。

跳躍障礙

質(zhì)子隧穿依賴于不確定的量子質(zhì)量,不適用于更大的空間,例如:在較大的空間中,你可以確定火車的位置及其行駛速度,并利用這些信息,預(yù)測火車何時到達下一站。

然而,就亞原子粒子而言,它們的確切位置和速度無法同時計算出來,科學(xué)家僅能通過計算粒子以特定速度出現(xiàn)在某一特殊位置的概率,來捕捉到粒子的模糊圖像。在質(zhì)子隧穿的背景下,科學(xué)家可以計算出質(zhì)子在某個位置或者另一個位置的概率——理論上講,質(zhì)子存在于宇宙任何位置的概率都是非零的。

之前媒體曾報道稱,質(zhì)子隧穿意味著粒子可以穿過看似不應(yīng)該通過的障礙,有時它們甚至可以跳躍障礙。

為了預(yù)測質(zhì)子在DNA中何時何處可能發(fā)生轉(zhuǎn)移,研究小組確定了粒子從“穩(wěn)定”位置斷裂至“不穩(wěn)定”位置所需的能量,該閾值就是所謂的“能量位壘”,而反彈至穩(wěn)定狀態(tài)所需的能量就是“反向拉壘”。

研究小組稱,與質(zhì)子隧穿相比,由熱量驅(qū)動的經(jīng)典質(zhì)子轉(zhuǎn)移的能量位壘非常高。預(yù)測的質(zhì)子隧穿率遠遠超過了經(jīng)典質(zhì)量轉(zhuǎn)移,如果不考慮隧穿率,質(zhì)子跳躍至另一個DNA堿基的概率將“非常非常接近零”。

在作者計算的限制范圍內(nèi),隧穿似乎在一對堿基之間的質(zhì)子轉(zhuǎn)移過程中起著中度至較大等級的作用。同時,研究小組還發(fā)現(xiàn),A-T對之間質(zhì)子隧穿的反向位壘比G-C要低很多,這意味著,如果一個質(zhì)子從一對電子的A端隧穿至T端,它將立即返回,反向位壘的能量較低,從而使質(zhì)子很容易會彈出其穩(wěn)定。

斯洛康姆說:“然而對于G-C堿基對,它有相當(dāng)大的反向位壘,這意味著該狀態(tài)在相當(dāng)長的一段時間內(nèi)是比較穩(wěn)定的,因此,一旦某個質(zhì)子跳躍了G-C堿基對的位壘,它可能在一段時間內(nèi)保持不穩(wěn)定的位置,如果這發(fā)生在DNA復(fù)制開始之前,質(zhì)子可能會在DNA鏈的‘錯誤的一側(cè)?!?/p>

這是因為為了復(fù)制自己,DNA首先會展開,破壞堿基對之間的鍵,然后,一種叫做聚合酶的物質(zhì)會突然出現(xiàn),將新的堿基裝入開口槽中,就像拼圖游戲一樣。然而,問題是當(dāng)聚合酶在一個不穩(wěn)定位置遇到一個質(zhì)子時,它可能會選擇錯誤的“拼圖碎片”作為連接的堿基,例如:一個質(zhì)子可能跳躍到一個G堿基對,當(dāng)聚合酶經(jīng)過的時候,聚合酶附著的是T堿基對,而不是C堿基對。

該項研究具有重要意義

依據(jù)教科書《基因分析導(dǎo)論》,生物學(xué)家詹姆斯·沃森和物理學(xué)家弗朗西斯·克里克首次發(fā)現(xiàn)了DNA復(fù)制中的這種錯誤,他們是最早進行DNA研究的專家,這項最新研究表明,質(zhì)子隧穿的作用——比熱力學(xué)作用更重要,可能是導(dǎo)致這些突變的原因。

因此在分裂過程之前,DNA存在一個脆弱時刻,此時量子效應(yīng)具有重要意義。

選擇錯誤的“拼圖碎片”作為連接的堿基從而產(chǎn)生的點突變可能是無關(guān)緊要的,不會改變細胞的功能或者構(gòu)建蛋白質(zhì)的方式,但研究人員稱,它們也可能是毀滅性的,會導(dǎo)致鐮狀細胞性貧血等疾病和非小細胞肺癌等特定類型的癌癥,在某些情況下,點突變也可能是十分有益的。

盡管如此,科學(xué)家仍不知道一個質(zhì)子需要在不穩(wěn)定位置停留多長時間才能真正發(fā)生點突變,海伊指出,最新研究僅模擬DNA鏈的一小部分,為了深入了解質(zhì)子隧穿發(fā)生的頻率,必須模擬整個系統(tǒng)。

目前,斯洛康姆和同事致力于對堿基對周圍更大的環(huán)境進行建模,通過這種方式,他們可以理清量子物理學(xué)、經(jīng)典物理學(xué)與DNA之間的關(guān)系,如何通過不同的機制驅(qū)動質(zhì)子跳躍,該研究有助于揭曉什么條件下質(zhì)子轉(zhuǎn)移更容易發(fā)生,以及該現(xiàn)象觸發(fā)有害基因突變的頻率,這是一個至關(guān)重要的問題。

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