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三維水平集智能分割算法在梅尼埃病患者內(nèi)耳道磁共振圖像分割中的應(yīng)用效果

2021-10-09 03:05滕騰陀芳葛洪洲
山東醫(yī)藥 2021年26期
關(guān)鍵詞:梅尼埃訓(xùn)練樣本內(nèi)耳

滕騰,陀芳,葛洪洲

1青島市中醫(yī)醫(yī)院耳鼻咽喉科,山東青島266034;2青島市中醫(yī)醫(yī)院影像科

梅尼埃病是一種原因不明的、以膜迷路積水為主要特征的特發(fā)性內(nèi)耳疾病,多發(fā)生在30~50歲的中青年人群中,發(fā)病率為10/10萬~157/10萬[1]。梅尼埃病主要由各種感染、損傷、耳硬化癥、腫瘤、白血病、自身免疫性疾病和遺傳因素引起,臨床表現(xiàn)為反復(fù)發(fā)作的旋轉(zhuǎn)性眩暈、波動(dòng)性聽力損失、耳鳴和耳悶脹感。臨床檢查多采用影像學(xué)檢查,特殊造影劑下的內(nèi)耳膜迷路MRI可顯示部分患者內(nèi)淋巴管擴(kuò)張[2]。磁共振成像(MRI)具有無骨性偽影、無電離輻射、軟組織結(jié)構(gòu)清晰、多序列成像等優(yōu)點(diǎn),但是空間分辨率不高[3]。醫(yī)學(xué)圖像處理能夠使醫(yī)學(xué)圖像更加直觀、清晰,提高診斷效率,其中圖像分割是圖像處理最為關(guān)鍵的技術(shù)之一。傳統(tǒng)的區(qū)域生長水平集分割算法運(yùn)行時(shí)間長,難以獲得滿意的分割結(jié)果;專家手工分割算法雖然準(zhǔn)確率較高,但耗時(shí)長,挑戰(zhàn)性大,經(jīng)驗(yàn)不足的醫(yī)生難以準(zhǔn)確判斷[4-5]。統(tǒng)計(jì)形狀模型是利用高分辨率圖像作為訓(xùn)練樣本,并與待測圖像進(jìn)行比較,通過合適的配準(zhǔn)方法得到精確解析的模型[6]。水平集分割算法采用三維曲面的演化來表示二維曲線的演化,應(yīng)用曲線運(yùn)動(dòng)的連續(xù)演化來尋找圖像邊界,直到找到目標(biāo)輪廓,然后曲線停止運(yùn)動(dòng)。曲線沿圖像的每個(gè)部分移動(dòng),從不同的部分取切片,然后得到一條閉合曲線。隨著時(shí)間推移,水平集發(fā)生變化,計(jì)算出視域。水平集分割算法具有良好的圖像分割效果,可獲得用于輪廓提取的相應(yīng)形狀[7-8]。為了提高對梅尼埃病內(nèi)耳道MRI圖像的診斷效率,我們將統(tǒng)計(jì)形狀模型與水平集分割算法相結(jié)合,提出了三維水平集智能分割(IS3DLS)算法。本研究以專家手工分割算法為標(biāo)準(zhǔn),比較IS3DLS算法、區(qū)域生長水平集分割算法與專家手工分割算法的相似性和準(zhǔn)確性,旨在篩選最優(yōu)分割算法用于臨床診斷。

1 資料與方法

1.1 臨床資料選擇2017年10月—2020年4月在青島市中醫(yī)醫(yī)院就診的梅尼埃病患者68例,男20例、女48例,年齡18~62歲。左耳68只、右耳68只。均符合中華醫(yī)學(xué)會(huì)耳鼻咽喉科分會(huì)制定的梅尼埃病診斷標(biāo)準(zhǔn),有耳鳴、耳聾、耳悶等癥狀,MRI檢查表現(xiàn)為外淋巴間隙變細(xì),而內(nèi)淋巴間隙擴(kuò)張。排除接受過內(nèi)淋巴囊手術(shù)、人工耳蝸植入手術(shù)、鼓室慶大霉素注射的患者。本研究經(jīng)醫(yī)院倫理委員會(huì)審核,患者及家屬均簽署知情同意書。

1.2 MRI圖像的獲取采用SIEMENS公司1.5 T超導(dǎo)型MRI系統(tǒng),標(biāo)準(zhǔn)頭線圈,應(yīng)用三維穩(wěn)態(tài)構(gòu)成干預(yù)序列進(jìn)行內(nèi)耳檢查。掃描參數(shù):TR 6.0 ms,TE 2.7 ms,F(xiàn)OV 135×180,matrix(矩陣)256×192,層厚0.7 mm。本文采用T2加權(quán)顳骨區(qū)域MRI圖像數(shù)據(jù)。

1.3 圖像分割

1.3.1 專家手工分割由本院耳科專家直接在MRI原始圖像上畫出感興趣區(qū)(ROI)的邊緣,將對應(yīng)的目標(biāo)分割出來,進(jìn)行各種量化評估、風(fēng)險(xiǎn)評估以及術(shù)中手術(shù)模擬。

1.3.2 區(qū)域生長水平集分割首先在內(nèi)耳ROI內(nèi)設(shè)置種子點(diǎn),通過實(shí)驗(yàn)調(diào)試區(qū)域生長法相關(guān)參數(shù),經(jīng)多次調(diào)試直至最優(yōu),獲得最佳區(qū)域生長分割結(jié)果后,輔助手工操作去除周圍與內(nèi)耳無關(guān)的組織結(jié)構(gòu),獲得預(yù)分割結(jié)果。將預(yù)分割結(jié)果作為初始輪廓掩膜,水平集演化分割內(nèi)耳。

1.3.3 IS3DLS分割

1.3.3.1 內(nèi)耳統(tǒng)計(jì)形狀模型的建立隨機(jī)選取28組內(nèi)耳(左耳28只、右耳28只)圖像,交由本院耳科專家手動(dòng)分割獲得三維內(nèi)耳體素模型。利用3DSlicer中的移動(dòng)立方體算法,將體數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)化為均勻分布的三角網(wǎng)格表面數(shù)據(jù),獲得訓(xùn)練樣本。將所有訓(xùn)練樣本放置在相同的坐標(biāo)空間中,采用Platts分析方法對具有相同特征點(diǎn)數(shù)的相應(yīng)訓(xùn)練樣本集進(jìn)行比對。在2D樣本空間下,每個(gè)形狀樣本Si與平均形狀S-之間的平方誤差之和表示為D:D=∑|(Si-S-)2|。初始平均形狀是從訓(xùn)練樣本集中隨機(jī)指定的樣本圖像。任意兩個(gè)形狀Si和Sj之間的普氏距離(Pd)計(jì)算公式為:

公式中的n表示每個(gè)形狀中包含的特征點(diǎn)的數(shù)量。在高維空間擴(kuò)展條件下,需要對任意兩個(gè)形狀樣本進(jìn)行對齊。首先,計(jì)算每個(gè)形狀的中心,所有形狀的大小應(yīng)該統(tǒng)一,并用歐幾里得距離方程表示,即:

將兩個(gè)形狀的中心對齊,并采用奇異值分解方法對齊旋轉(zhuǎn)方向。然后通過最小化Platts距離得到最終的對準(zhǔn)樣本。

1.3.3.2 利用三維配準(zhǔn)技術(shù)測量圖像建立內(nèi)耳統(tǒng)計(jì)形狀模型后,我們將形狀模型與水平集分割方法相結(jié)合,進(jìn)行6組(左耳6只、右耳6只)內(nèi)耳的分割。利用醫(yī)學(xué)圖像處理工具包ITK(insight Toolkit)實(shí)現(xiàn)配準(zhǔn)過程。首先輸入?yún)⒖紙D像和浮動(dòng)圖像,根據(jù)軟件給定的初始變換參數(shù)將參考圖像轉(zhuǎn)換為幾何坐標(biāo);然后對浮點(diǎn)圖像進(jìn)行插值計(jì)算,得到新的坐標(biāo)面積。計(jì)算參考圖像和差分后的浮動(dòng)圖像的相似度,如果相似度滿足預(yù)先設(shè)定的配準(zhǔn)要求,則輸出變化參數(shù),得到最佳浮點(diǎn)圖像的插值圖像;如果不滿足預(yù)先設(shè)定的配準(zhǔn)要求,則繼續(xù)進(jìn)行最優(yōu)化計(jì)算,直到得到滿足要求的最終變換參數(shù)。

1.3.3.3 內(nèi)耳ROI的獲取采用配準(zhǔn)技術(shù)自動(dòng)定位和獲取內(nèi)耳ROI。選擇三維剛體變換作為變換模型,剛體變換包括平移和旋轉(zhuǎn)。變換公式如下:

公式中的(Xm,Ym,Zm)表示登記圖像的空間位置坐標(biāo),(Xf,Yf,Zf)表示要變換的目標(biāo)圖像的空間位置坐標(biāo)。A是3×3的旋轉(zhuǎn)矩陣,F(xiàn)=A(Xf,Yf,Zf),b是3×1的平移向量,矩陣的約束條件為ATA=I和detA=1。此外,AT是A的轉(zhuǎn)置,I是單位矩陣。本研究選取互信息作為相似性度量。對于給定的圖像X和Y,互信息量表示如下:

公式中的H(X)、H(Y)和H(X,Y)分別是熵X、熵Y和它們的聯(lián)合熵。當(dāng)X和Y相互獨(dú)立時(shí),聯(lián)合熵等于它們各自的熵之和。當(dāng)X和Y不相互獨(dú)立時(shí),聯(lián)合熵小于各自熵之和。即:

選擇梯度下降法作為配準(zhǔn)過程的優(yōu)化算法,通過迭代的方法對目標(biāo)函數(shù)進(jìn)行優(yōu)化,以達(dá)到最優(yōu)的配準(zhǔn)條件。然后,采用三次多項(xiàng)式插值法對體素點(diǎn)進(jìn)行非線性差分,即:

根據(jù)公式得到最終的配準(zhǔn)圖像,實(shí)現(xiàn)內(nèi)耳ROI的自動(dòng)定位和識(shí)別。

1.4 不同分割算法對內(nèi)耳圖像分割精度的評價(jià)以專家手工分割算法為標(biāo)準(zhǔn),計(jì)算IS3DLS算法和區(qū)域生長水平集分割算法與專家手工分割算法的相似性和準(zhǔn)確性,采用馬修斯相關(guān)系數(shù)(MCC)、戴斯相似系數(shù)(DSC)從體素重疊率角度評價(jià)分割算法的準(zhǔn)確性,MCC代表兩種數(shù)據(jù)的相似性;DSC代表分割效果,DSC>0.8表示算法分割效果較好。采用假陽性率(FPR)和假陰性率(FNR)從錯(cuò)分割角度評價(jià)分割算法的準(zhǔn)確性,F(xiàn)PR、FNR分別代表過分割和欠分割,該值越接近0,分割錯(cuò)誤程度越低,準(zhǔn)確率越高。以IS3DLS算法、區(qū)域生長水平集分割算法兩種算法的分割結(jié)果與手動(dòng)分割結(jié)果表面之間的平均距離Dmean(mm)與最大距離Dmax(mm)計(jì)算兩者的表面輪廓誤差,用于驗(yàn)證分割精度。以真位置(TP)和假位置(FP)衡量兩種分割算法得到的區(qū)域之間的誤差,采用平均最小歐氏距離(AMED)和Hausdorff距離(HD)來確定兩種分割算法的分割輪廓與專家手工分割輪廓之間的差異。

1.5 統(tǒng)計(jì)學(xué)方法采用SPSS21.0統(tǒng)計(jì)軟件。計(jì)量資料以±s表示,組間比較采用t檢驗(yàn),計(jì)數(shù)資料采用χ2檢驗(yàn)。P<0.05為差異有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義。

2 結(jié)果

2.1 三種圖像分割算法獲得的內(nèi)耳ROI結(jié)果內(nèi)耳MRI圖像顯示內(nèi)淋巴管和內(nèi)淋巴囊異常增大,提示患者患有梅尼埃病。通過內(nèi)耳統(tǒng)計(jì)形狀模型獲得的內(nèi)耳平均形狀見OSID碼圖1。專家手工分割、區(qū)域生長水平集分割、IS3DLS算法獲得的ROI結(jié)果見OSID碼圖2~4。經(jīng)對比,IS3DLS算法對前庭、耳蝸、半規(guī)管顯示清晰,分割準(zhǔn)確,與專家手工分割算法基本一致。

2.2 IS3DLS算法的準(zhǔn)確性和誤差測試結(jié)果使用IS3DLS算法的6組內(nèi)耳圖像分割結(jié)果與專家手工分割算法分割結(jié)果的準(zhǔn)確性和誤差比較見表1。IS3DLS算法的MCC、DSC均接近1,F(xiàn)PR、FNR均接近0,Dmax低于1.5 mm(<3體素)、Dmean低于0.5 mm(<1體素)。這表明IS3DLS算法結(jié)果與專家手工分割算法結(jié)果基本一致。

表1 IS3DLS算法的準(zhǔn)確性和誤差測試結(jié)果

2.3 IS3DLS算法與區(qū)域生長水平集分割算法的準(zhǔn)確性比較見表2。IS3DLS算法的MCC高于區(qū)域生長水平集分割算法,提示其與專家手工分割算法的結(jié)果更接近。兩種算法的DSC均>0.8,表明兩種算法的分割效果都很好,且IS3DLS的分割效果更好;IS3DLS算法的FPR、FNR均低于區(qū)域生長水平集分割算法(P均<0.05)。

表2 兩種分割算法的準(zhǔn)確性比較

2.4 IS3DLS算法與區(qū)域生長水平集分割算法的誤差比較見表3。與專家手工分割算法相比,IS3DLS算法和區(qū)域生長水平集分割算法均具有較高的TP和較低的FP。IS3DLS算法的HD小于區(qū)域生長水平集分割算法(P<0.05)。

表3 兩種分割算法的誤差比較

2.5 兩種分割算法的運(yùn)行時(shí)間比較區(qū)域生長水平集分割算法的運(yùn)行時(shí)間為(37.2±0.3)s,IS3DLS算法為(23.5±0.5)s,IS3DLS算法的運(yùn)行時(shí)間少于區(qū)域生長水平集分割算法(P<0.01)。

3 討論

內(nèi)耳的結(jié)構(gòu)較復(fù)雜,梅尼埃病患者會(huì)有不同部位的迷路積水情況[9]。3D加權(quán)水成像序列通常用于多平面重建,可用于內(nèi)耳疾病的MRI檢查、聽神經(jīng)薄層掃描和內(nèi)耳迷路的水成像[10]。MRI的優(yōu)點(diǎn)是不會(huì)產(chǎn)生骨性假影,適用于全身各系統(tǒng)疾病,可獲得任意方向(橫斷、冠狀、矢狀或任何角度)的斷層圖像和三維圖像,并且具有無電離輻射、軟組織結(jié)構(gòu)清晰、多序列成像等優(yōu)點(diǎn);但MRI成像時(shí)間長,空間分辨率低,據(jù)統(tǒng)計(jì)僅為2 mm[11]。醫(yī)學(xué)圖像分割在數(shù)字醫(yī)學(xué)研究和治療方案的制定與實(shí)施中具有重要作用。噪聲和對比度對圖像分割有重要影響,區(qū)域生長水平集分割算法通過傳統(tǒng)的區(qū)域生長切割初步確定內(nèi)耳輪廓,去除內(nèi)耳邊界噪聲,并采用自適應(yīng)曲率閾值法修復(fù)內(nèi)耳邊界,最后應(yīng)用水平集方法中的距離正則化水平集進(jìn)化(DRLSE)模型對內(nèi)耳區(qū)域進(jìn)行精確分割[12]。該方法能有效防止圖像邊緣的漏檢,并能處理各種類型病變的圖像,但其運(yùn)行時(shí)間長,難以獲得滿意的分割結(jié)果,其準(zhǔn)確性和可操作性還有待提高[13]。專家手工分割算法雖然準(zhǔn)確率較高,但耗時(shí)長,挑戰(zhàn)性大,對醫(yī)生的經(jīng)驗(yàn)要求較高。

水平集分割算法是一種基于微分幾何的圖像分割算法,該方法將不同形狀的圖像合并到能量函數(shù)中,最終得到由零水平函數(shù)集表示的輪廓形狀。在分割超聲、CT和MRI圖像時(shí),該方法能有效分割圖像邊界的模糊區(qū)域或部分缺失的病灶。水平集分割方法具有較高的分割精度[14-15]。統(tǒng)計(jì)形狀模型建模是連接幾何圖案和功能圖案的強(qiáng)大可視化和量化工具。通過對統(tǒng)計(jì)形狀模型的檢驗(yàn),得到患者圖像的特征[16-17]。IS3DLS是基于統(tǒng)計(jì)形狀模型建模的水平集分割方法,其對偽邊界和噪聲的抗干擾性更強(qiáng),顯著提高了結(jié)果的準(zhǔn)確性,同時(shí)也提高了處理速度。

本研究結(jié)果顯示,MRI可以發(fā)現(xiàn)內(nèi)淋巴管和內(nèi)淋巴囊的異常增大,從而確診為梅尼埃病。通過對所有訓(xùn)練樣本的統(tǒng)計(jì)分析,可以得到內(nèi)耳的統(tǒng)計(jì)形狀模型。三維配準(zhǔn)技術(shù)得到的內(nèi)耳ROI與內(nèi)耳ROI的繪制結(jié)果基本一致。與專家手工分割相比,IS3DLS算法的MCC值和DSC值分別為0.959 9和0.959 4,區(qū)域生長水平集分割算法的MCC值和DSC值分別為0.869 3和0.872 1。雖然兩種算法都有較好的分割效果,但I(xiàn)S3DLS算法更接近于1,說明其分割效果更佳。與區(qū)域生長水平集分割算法的FPR 0.140 2和FNR 0.071 8相比,IS3DLS分別為0.032 5和0.036 5,更接近于0,說明IS3DLS算法分割錯(cuò)誤程度更低,準(zhǔn)確率更高,具有更好的分割效果。在運(yùn)行時(shí)間方面,IS3DLS算法的運(yùn)行時(shí)間較區(qū)域生長水平集分割算法顯著縮短,表明IS3DLS算法處理速度更快,所需時(shí)間更短。

3D配準(zhǔn)技術(shù)得到的內(nèi)耳ROI與繪制的內(nèi)耳ROI相似。IS3DLS和區(qū)域生長水平集分割算法具有較好的分割效果。與區(qū)域生長水平集分割算法相比,IS3DLS算法的分割效果更接近專家手工分割算法,誤差更小。IS3DLS具有較快的速度和較短的時(shí)間,其性能與訓(xùn)練樣本的大小有關(guān)。當(dāng)訓(xùn)練樣本量較小時(shí),存在一定的誤差。然而,在實(shí)際實(shí)驗(yàn)中很難獲得大量的訓(xùn)練樣本,所以當(dāng)待測試圖像的形狀與選擇的訓(xùn)練樣本相差較大時(shí),測試的誤差就更大了。希望今后引入更先進(jìn)的分割算法,進(jìn)一步提高M(jìn)RI圖像的分割效果,增加計(jì)算機(jī)輔助治療在臨床醫(yī)學(xué)中的應(yīng)用價(jià)值。本研究結(jié)果可為梅尼埃病患者內(nèi)耳道MRI圖像分割算法的研究提供實(shí)驗(yàn)依據(jù),從而提高M(jìn)RI圖像的分辨率。

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