吳盼盼 唐子宗 楊樂 彭軍 張歡歡 施俊林

摘要：根系是水稻獲取養(yǎng)分的主要器官，水稻根系三維建模及可視化有助于進(jìn)一步了解其根系的形態(tài)、結(jié)構(gòu)和功能。隨著計(jì)算機(jī)視覺和非侵入性技術(shù)的小斷發(fā)展，根系形態(tài)和功能研究已進(jìn)人數(shù)字化和可視化的階段。近年來許多研究者分別從制作出土根系于繪圖、計(jì)算機(jī)斷層掃描（ CT）等非侵入性技術(shù)、數(shù)學(xué)建模以及仿真模擬等方面推進(jìn)水稻根系三維建模及可視化的研究。根系數(shù)據(jù)的獲取是三維建模的有效前提，根據(jù)是否破壞根系原有生長環(huán)境，根系數(shù)據(jù)探測(cè)被分為破壞性探測(cè)和原位探測(cè)兩類，本文對(duì)比分析了兩種探測(cè)方式的方法和特點(diǎn)。從人工觀察測(cè)量、機(jī)器視覺、光學(xué)儀器或斷層掃描的三維數(shù)字化等方面對(duì)水稻根系的三維建模進(jìn)行了闡述，總結(jié)了水稻根系三維建模及可視化的研究進(jìn)展，并對(duì)當(dāng)下主流三維重構(gòu)技術(shù)進(jìn)行分類和對(duì)比，總結(jié)了不同根系三維重構(gòu)方法在重建效果、成本、操作水平等方面的優(yōu)劣勢(shì)。此外，南于根系生長在復(fù)雜多變的土壤環(huán)境中，小同時(shí)期根系的生長發(fā)育受土壤緊實(shí)度，水分、養(yǎng)分分布等因素的影響而存在差異，且受限于土壤的不透明和小穩(wěn)定性，更多水稻根系的三維建模研究主要停留在根系基本指標(biāo)與非環(huán)境因素（如土層深度、時(shí)問）的統(tǒng)計(jì)擬合及單環(huán)境因子對(duì)水稻根系生理生態(tài)的影響上，而根系與多環(huán)境因子動(dòng)態(tài)交互方面的研究較少。在高度非結(jié)構(gòu)化的根系數(shù)據(jù)處理困難的情況下，探究水稻根系與環(huán)境的動(dòng)態(tài)轉(zhuǎn)化過程及根系生長與多環(huán)境因子的定量關(guān)系模型將成為未來根系三維建模研究的重要方向，為構(gòu)建更具真實(shí)意義的可視化模型提供基礎(chǔ)。

關(guān)鍵詞：水稻根系;探測(cè)方法;三維重構(gòu);環(huán)境一根系模型

中圖分類號(hào)：S 511

文獻(xiàn)標(biāo)志碼：A

文章編號(hào)：1008-03 84（2021）08-0972-09

Visualization of Rice Root System by 3D Modeling： A Review

WU Panpan 1， TANG Zizong 1， YANGLe 1.2*， Peng Jun 1. Zhang Huanhuan 1， Shi Junlin l

（ I. College of Computer Information and Engineering， Jiangxi Agricultural University Nanchang， Jiangxi 330045， China;2. Key Laboratory of lnformation Technology in Agriculture for Colleges and Universities in Jiangxi Province， Jiangxi AgricultureUniversity， Nanchang， Jiangxi

330045. China）

Abstract： As an organ that extracts water and nutrients from the soil. the root system is vital for a rice plant. Establishing a 3Dmodel to visualize the system structure can materially help the studies on the morphology and functional traits of the roots.Recent advancements in the computerized and non-invasive technologies make the information digitization for scientificresearch increasingly accessible and significant progresses possible. For instance， utilizing hand drawings and computertomography （CT）， mathematical models were built to vividly simulate the configuration of unearthed root system. Since dataacquisition that proceeds model building is essential for an accurate and reliable representation. this article compares andanalyzes the principles and characteristics of two classes of detection methods for information collection on the root systems.These methods can be either destructive or in-situ in applications depending upon whether or not the original growthenvironment was interrupted or destroyed. The 3D modeling and visualization of rice root system is explained in this articlefrom the aspects of manual observation and measurement， machinery vision. 3D digitization by optical instruments. andtomography， etc. The mainstream reconstruction technologies are classified， compared， and analyzed with respect to the prosand cons on the resulting effect as well as the cost and ease of operation. Since environmental conditions are ever-changing. thedevelopment of a root system is invariably complex and varied. The affecting factors include the firmness. moisture content.and nutrients distribution of the soil a plant grows on. In addition. the non-transparency and instability of soil has so farhindered the related studies and confined to the fundamental and non-enviromuental elements. such as. depth of layer and time，for statistical analysis. Consequently， few reports dealt with the dynamic interactions among the multi-environmental factorsthat effect on the root development are available. Evidently， in the foreseeable future. the newly developed modeling andvisualization technologies would usher in innovative applications and deep understanding in the field of study.

Key words： Rice root system： detection method： 3D reconstruction; root system-environment model

1緒論

水稻是重要的糧食作物之一[1]，根系作為水稻的重要器官可直接影響其水分和養(yǎng)分的吸收能力，并通過與土壤的相互作用影響其生產(chǎn)效率[2-3]。水稻的根系構(gòu)型（ Root System Architecture）體現(xiàn)了根系的空間結(jié)構(gòu)，是分析評(píng)價(jià)根系與土壤環(huán)境適應(yīng)程度的重要指標(biāo)。為定量化研究植物生長規(guī)律，圍繞農(nóng)林植物采用信息技術(shù)與農(nóng)業(yè)生產(chǎn)相結(jié)合的方式，在計(jì)算機(jī)上以三維可視化的方法分析研究植物重要組織結(jié)構(gòu)，虛擬再現(xiàn)其生長過程的方法逐漸得到重視，并形成“數(shù)字植物”這一研究領(lǐng)域[4]。根系三維建模及可視化是數(shù)字植物研究的重要分支。因根系生長在土壤中，受土壤觀測(cè)阻礙影響，無法直接對(duì)水稻根系進(jìn)行觀察和測(cè)量，與地上部分相比根系研究相對(duì)滯后，水稻根系三維建模及可視化是了解水稻形態(tài)結(jié)構(gòu)和功能的重要方法。然而，水稻根系形態(tài)結(jié)構(gòu)復(fù)雜，其形態(tài)在不同的生長階段持續(xù)變化，存在根部數(shù)據(jù)量大且局部信息整合困難、生長數(shù)據(jù)無法實(shí)時(shí)監(jiān)控等問題。根系的三維認(rèn)知和表達(dá)成為水稻根系深入研究的瓶頸，如何以低成本高效率的方式獲取水稻根系多維度信息用于構(gòu)建三維模型成為根系可視化研究中的難點(diǎn)[5]。目前，得益于先進(jìn)傳感器和計(jì)算機(jī)圖形學(xué)技術(shù)，根系形態(tài)結(jié)構(gòu)和生理功能研究進(jìn)入數(shù)字化和可視化的階段[6]，在根系動(dòng)態(tài)生長過程、根系一環(huán)境交互關(guān)系的分析、仿真和預(yù)測(cè)方面取得了一定的研究成果。實(shí)現(xiàn)植物根系三維重構(gòu)的主流方法有規(guī)則L-系統(tǒng)、LiDAR[7]和Kinect等高精度傳感器適用法、結(jié)構(gòu)光法[8]、三維數(shù)字化、多視角圖像法以及雙目立體視覺法等[9]，不同的方法采用的技術(shù)原理不同。近年來，深度學(xué)習(xí)技術(shù)在處理數(shù)字圖像方面有了突破性進(jìn)展，利用深度學(xué)習(xí)技術(shù)進(jìn)行植物根系的表型分析成為研究熱點(diǎn)[1O]。

本文從人工觀察測(cè)量、機(jī)器視覺、借助光學(xué)儀器或斷層掃描的三維數(shù)字化等方面綜述了水稻根系的三維重構(gòu)，并對(duì)當(dāng)下主流技術(shù)及其原理進(jìn)行了對(duì)比和分類，展望了在數(shù)據(jù)量缺失的情況下水稻根系三維重構(gòu)可視化研究的未來發(fā)展趨勢(shì)。

1.1水稻根系構(gòu)型

水稻根屬于須根系，由一條種子根和許多不定根（亦稱冠根、節(jié)根）組成[11]。各節(jié)位根根據(jù)其生長的位置分為上位根和下位根（圖1），前一節(jié)位的下位根與下一節(jié)位的上位根同時(shí)分化，形成一個(gè)發(fā)根節(jié)點(diǎn)。種子根直接由胚根發(fā)育形成，垂直向下生長，不定根從稻莖底部向頂部依次發(fā)生，且不定根上可以再次生根形成各級(jí)分支側(cè)根，一級(jí)分支根直接從不定根莖節(jié)伸出，二級(jí)分支根白一級(jí)分支根伸出，在高產(chǎn)條件下可依次生出六級(jí)分支根，這些根系在土壤中錯(cuò)綜分布，形成水稻的龐大根系（圖2）。

水稻根系構(gòu)型參數(shù)主要分為整體層面和個(gè)體層面，整體層面是指植株根系參數(shù)，包括根冠比、根伸長方向以及分支情況等，個(gè)體層面是指單根根系的參數(shù)，包括根重、根密度、根表面積以及根半徑等，他們與根系空間幾何分布共同組成了描述根系構(gòu)型的基本參數(shù)。

1.2水稻根系探測(cè)方法

植物根系各個(gè)階段的物理屬性、形態(tài)結(jié)構(gòu)及生理生態(tài)等方面都有著不同的特征，借助科學(xué)、合理的有效手段和方法來獲取根系數(shù)據(jù)是實(shí)現(xiàn)根系三維建模及可視化的前提，下面將介紹破壞性探測(cè)和原位探測(cè)兩類根系數(shù)據(jù)探測(cè)方法的原理和優(yōu)缺點(diǎn)。

1、破壞性探測(cè)是指在獲取數(shù)據(jù)過程中破壞了根系原有的土壤生長環(huán)境，使根脫離土壤，直接對(duì)根系三維拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)形態(tài)進(jìn)行測(cè)量。因原生長環(huán)境被破壞，即使將根系重新種植，對(duì)以后的形態(tài)和生長發(fā)育也會(huì)造成影響，所以此類方法具有一次性的特點(diǎn)，適合某個(gè)特定生長時(shí)期的根系構(gòu)型測(cè)量，主要包括挖掘法、保護(hù)挖掘清洗法和染色掃描圖像分析法[6]。

（1）挖掘法：直接將根系從土壤中挖出，人工對(duì)局部根系進(jìn)行測(cè)量;

（2）保護(hù)挖掘清洗法：種植前，在根系生長范圍內(nèi)安裝保護(hù)裝置（如PVC管、尼龍網(wǎng)等），一定時(shí)期后將根系與保護(hù)裝置整體取出，清潔并對(duì)局部根系進(jìn)行測(cè)量;

（3）染色掃描圖像分析法：根系挖出后進(jìn)行染色，平板掃描設(shè)備掃描后利用相關(guān)分析軟件對(duì)整體或局部進(jìn)行測(cè)量。

2、原位探測(cè)是指在不破壞植物根系原有土壤生長環(huán)境的基礎(chǔ)上，通過觀測(cè)設(shè)備對(duì)根系構(gòu)型進(jìn)行數(shù)據(jù)探測(cè)，或者改變培養(yǎng)方式以打破土壤不透明性帶來的觀測(cè)阻礙，主要的方法有土壤留置法、特殊培養(yǎng)環(huán)境法、穿透射線成像法以及作物圖像解析法[6]。

（1）土壤留置法：預(yù)先安裝內(nèi)置觀察設(shè)施（如微根管），定期觀察植物根系生長情況并測(cè)量記錄信息;

（2）特殊環(huán)境培養(yǎng)法：根系種植于具有視覺穿透效果的可控生長環(huán)境中，直接觀察根系的生長情況（如水培法和冷凝膠培養(yǎng)法等）;

（3）穿透射線成像法：利用核磁共振成像（ MRI）、斷層掃描成像（CT）和顯微成像等先進(jìn)儀器對(duì)土塊中的根系數(shù)據(jù)進(jìn)行采集;

（4）作物圖像解析法：利用計(jì)算機(jī)圖像分析算法與軟件提取根系圖片中的構(gòu)型參數(shù)。

基于原位探測(cè)下各種根系圖像處理的需要，根系圖像分析的方法和軟件也在不斷地完善。早期的圖像分析軟件僅針對(duì)根系的統(tǒng)計(jì)參數(shù)（根表面積、根尖數(shù)量等）進(jìn)行計(jì)算，典型的軟件如SCAN. DigiRootrM等[12]，隨著計(jì)算機(jī)圖形學(xué)的發(fā)展，開發(fā)者在識(shí)別分析圖像的過程中加入了人類視覺系統(tǒng)，提出了采用半自動(dòng)化或者手動(dòng)方式進(jìn)行識(shí)別的archiDART[13]、MyRoot2.0[14]等軟件，極大提高了數(shù)據(jù)分析的效率。

根系三維建模的主要目標(biāo)是明確根系各部分的空間三維坐標(biāo)，分為拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)和空間分布兩部分，破壞性探測(cè)可量化根系的長度及數(shù)量等信息，獲得根系的拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)，原位探測(cè)則在根系空間分布測(cè)量方面有一定優(yōu)勢(shì)。根系三維數(shù)據(jù)探測(cè)獲取的方法有很多，但在一定程度上均具有局限性，表1對(duì)比分析了不同探測(cè)方式的優(yōu)缺點(diǎn)。根系三維建模數(shù)據(jù)的獲取目前仍存在以下問題：（1）數(shù)據(jù)獲取的耗時(shí)長;（2）數(shù)據(jù)完整性較低，多數(shù)方法僅針對(duì)根系的局部進(jìn)行觀測(cè)，難以直接獲得根系的立體幾何構(gòu)型參數(shù);（3）全局信息獲取困難，局部信息整合不易;（4）根系動(dòng)態(tài)生長數(shù)據(jù)無法實(shí)時(shí)監(jiān)控。

2.水稻根系三維建模與可視化

隨著根系數(shù)據(jù)獲取手段和方法的改進(jìn)，水稻根系表型的三維可視化研究也得到了進(jìn)一步發(fā)展。兩種不同的根系數(shù)據(jù)探測(cè)方法（破壞性探測(cè)和原位探測(cè)）產(chǎn)生了兩種根系數(shù)據(jù)的存在形式，一是基于破壞性探測(cè)所得數(shù)據(jù)，該數(shù)據(jù)反映的是根系在特定時(shí)期的特征，與水稻根系已有知識(shí)結(jié)合，研究者通過數(shù)據(jù)統(tǒng)計(jì)分析、驗(yàn)證，利用計(jì)算機(jī)算法模擬與實(shí)際根系具有形態(tài)相似的幾何模型;二是基于原位探測(cè)所得數(shù)據(jù)對(duì)根系進(jìn)行三維重構(gòu)，不受原生長環(huán)境破壞而導(dǎo)致根系無法繼續(xù)生長發(fā)育的約束，能更真實(shí)地反映出特定時(shí)期水稻根系連續(xù)生長的實(shí)際形態(tài)。也有研究者從探索鑒定控制作物根系結(jié)構(gòu)基因的角度，以實(shí)現(xiàn)高通量和隨時(shí)間推移對(duì)根系結(jié)構(gòu)的準(zhǔn)確測(cè)量[29]，這一研究熱點(diǎn)使得快速獲取植物根系三維形狀的需求更為迫切。

2.1基于人工觀察測(cè)量的水稻根系三維重構(gòu)可視化

通過手工測(cè)量和人工觀察水稻根系構(gòu)型，以計(jì)算機(jī)模擬為主，利用探測(cè)數(shù)據(jù)進(jìn)行統(tǒng)計(jì)分析，結(jié)合計(jì)算機(jī)圖形學(xué)的知識(shí)進(jìn)行規(guī)則和算法以實(shí)現(xiàn)動(dòng)態(tài)模擬植物生長過程，這種方法構(gòu)建的模型在形態(tài)結(jié)構(gòu)上與真實(shí)根系具有一定的相似眭。早在1963年，Kutschera等[30]利用傳統(tǒng)方法繪制了根系手繪圖，手繪圖與真實(shí)根系間往往存在較大差異。Pages等[31-32]提chu了描述和分析根系結(jié)構(gòu)的Root Typ通用模型和ArchiSimple模型，簡化根系空間分布的模擬算法，從而提高根系建模效率。用物理參數(shù)量化描述空間立體結(jié)構(gòu)和幾何形態(tài)的方法也適用于水稻根系研究，如徐其軍等[33]從水稻根系的空間幾何形態(tài)特征出發(fā)，確定描述根系拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)的重要參數(shù)，將根節(jié)點(diǎn)的初始位置、初始伸展角度、根軸伸長過程中偏轉(zhuǎn)隨機(jī)角度等量化，以生長度日（ GDD）為驅(qū)動(dòng)因子，建立根初始生長時(shí)間和生長速率的數(shù)學(xué)模型，實(shí)現(xiàn)了不同生長條件下水稻根系的三維可視化?；谀M算法的三維建模在一定程度上能夠反映水稻根系在三維空間中的分布，提供可視化的模型，推動(dòng)了水稻根系三維建模軟件及平臺(tái)的開發(fā)，使得真正的水稻根系三維重構(gòu)具備可行性。

在計(jì)算機(jī)植物仿真模擬中主要有兩個(gè)方向，一是側(cè)重表現(xiàn)植物外在形態(tài)，使模擬的植物具有逼真的外形，但不具有植物的生命特征;二是側(cè)重植物的生長過程，注重考慮植物具有人工生命的特點(diǎn)[34]。水稻根系三維重構(gòu)可視化可以分為兩大類：靜態(tài)重構(gòu)和動(dòng)態(tài)重構(gòu)。動(dòng)態(tài)重構(gòu)的難點(diǎn)在于將不同時(shí)期不同形態(tài)的靜態(tài)三維模型擬合成具有真實(shí)生長發(fā)育過程的連續(xù)動(dòng)態(tài)模型，由于根系生長受到土壤的限制，已形成的根在土壤中的位置基本不發(fā)生變化，生長發(fā)育主要體現(xiàn)在舊根的伸長以及新生根的伸出，比較常用的方法有分形方法（如粒子系統(tǒng)、L系統(tǒng)以及IFS方法等）以及隨機(jī)過程方法（如雙尺度自動(dòng)機(jī)等）。很多研究者在進(jìn)行水稻根系靜態(tài)重構(gòu)的同時(shí)也開展了根系動(dòng)態(tài)生長重構(gòu)的研究，如YongGe等[35]通過利用早稻根系的結(jié)構(gòu)參數(shù)，確定特定的初始位置、不定根的發(fā)根時(shí)間、徑向生長速率、軸向生長速率、初始拉伸角度和空間分布等，對(duì)早稻根系動(dòng)態(tài)生長進(jìn)行了可視化模擬，如圖3分別為30d和60 d水稻根系可視化模擬圖。Leitner Daniel等[36]基于L系統(tǒng)開發(fā)了用于根系生長和體系結(jié)構(gòu)建模的模塊化方法，并在玉米根系吸收磷的模擬研究中得到驗(yàn)證。國內(nèi)學(xué)者鐘南[37]等提出基于微分L系統(tǒng)理論的植物根系生長模擬算法。在此基礎(chǔ)上，YangL等[19.21]，彭英等[38]利用微分L系統(tǒng)方法對(duì)水稻根系的生長過程進(jìn)行模擬，將根系根軸逐漸生長的連續(xù)過程和發(fā)生各級(jí)分支根的離散過程用統(tǒng)一的形式相結(jié)合。劉慧等[39]通過將水稻生長模擬模型，形態(tài)結(jié)構(gòu)模型和虛擬顯示模型及策略分析評(píng)價(jià)模型相結(jié)合，建立了基于模型的可視化水稻生長系統(tǒng)。

水稻根系生長建?？梢暬捎糜陬A(yù)測(cè)不同栽培方式下根系的生長狀況，目前這一研究更多的是通過部分根系數(shù)據(jù)分析得出擬合統(tǒng)計(jì)模型，結(jié)合計(jì)算機(jī)技術(shù)達(dá)到仿真模擬的效果，受數(shù)據(jù)探測(cè)獲取的限制，基于原位探測(cè)數(shù)據(jù)的完整的生長可視化仍然是一項(xiàng)巨大挑戰(zhàn)。

2.2基于機(jī)器視覺的水稻根系三維重構(gòu)可視化

基于機(jī)器視覺的水稻根系三維重構(gòu)可視化主要是利用計(jì)算機(jī)實(shí)現(xiàn)人體視覺系統(tǒng)的功能，根據(jù)光源類型分為主動(dòng)視覺和被動(dòng)視覺兩大類[40]，前者的光源為自然光，后者的光源一般為人T投影（如結(jié)構(gòu)光等）。被動(dòng)視覺根據(jù)觀測(cè)相機(jī)的數(shù)量分為單目視覺和立體視覺[41]，一般利用相機(jī)獲取圖像，通過特定算法計(jì)算目標(biāo)的立體空間信息。幾何建圖主要利用提取場(chǎng)景的形狀和結(jié)構(gòu)描述，選擇深度（2.5D）、體素（ Voxel）、點(diǎn)（Point）或者網(wǎng)絡(luò)（Mesh）等用于場(chǎng)景表達(dá)。

單目視覺僅利用一個(gè)視覺傳感器獲取目標(biāo)圖像，通過處理二維圖像獲得根系數(shù)據(jù)信息，結(jié)構(gòu)簡單、算法成熟且計(jì)算量較小。立體視覺利用不同視點(diǎn)上的多幅圖像恢復(fù)三維信息，通過模擬人類視覺系統(tǒng)，基于視差原理獲取圖像對(duì)應(yīng)點(diǎn)之間的位置偏差，恢復(fù)目標(biāo)三維信息。早在1997年，Loomis Jeremy等[42]以植物的靜態(tài)照片作為數(shù)據(jù)輸入，開發(fā)了用于測(cè)量、分析、模擬植物根和莖的虛擬系統(tǒng)，實(shí)現(xiàn)了對(duì)植物的建模。Han等[22]利用單個(gè)相機(jī)在360。范圍內(nèi)以100間隔旋轉(zhuǎn)拍攝36張培養(yǎng)在固體凝膠基質(zhì)中的水稻幼苗圖像，利用卷積神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)（ CNN）將根圖像從拍攝背景中分割，后建立水稻幼苗根系的三維體素結(jié)構(gòu)可視化。Teramoto S等[43]將基于CNN的語義分割用于在野外拍攝的水稻根溝渠剖面圖像上，量化根系分布參數(shù)。吳丹等[44]在固定相機(jī)，樣本旋轉(zhuǎn)的拍攝模式下獲取水稻多視角圖像，根據(jù)相機(jī)標(biāo)定參數(shù)以及水稻輪廓二值圖，通過輪廓投影方法重建水稻三維可視外殼點(diǎn)云模型，并通過反投影方法進(jìn)行點(diǎn)云著色構(gòu)建水稻可視化模型?；跈C(jī)器視覺的水稻根系三維重構(gòu)具有數(shù)據(jù)獲取方便、設(shè)備成本較低、使用靈活等優(yōu)點(diǎn)，同時(shí)包含了圖像彩色紋理等信息，具有較強(qiáng)的真實(shí)感，但是對(duì)于水稻須根系的細(xì)節(jié)處理效果不佳，適用于根系結(jié)構(gòu)相對(duì)簡單的幼苗階段。

2.3基于斷層掃描的水稻根系三維重構(gòu)可視化

隨著非侵入性技術(shù)的發(fā)展，原位探測(cè)有了更好的技術(shù)和設(shè)備支持，如XCT技術(shù)、MRI[45-46]、中子相機(jī)[47]等。借助高端儀器進(jìn)行視覺評(píng)估土壤根系結(jié)構(gòu)的非破壞性方法使得數(shù)據(jù)的精準(zhǔn)度有了進(jìn)一步的提高，基于斷層掃描的重構(gòu)方法也被相繼提出，與計(jì)算機(jī)模擬算法相比，利用斷層掃描方式進(jìn)行三維重構(gòu)的模型更加真實(shí)。Teramoto S等[25]利用X射線、CT技術(shù)建立了水稻三維根系結(jié)構(gòu)可視化的高通量流程，適用于水稻根系三維根系結(jié)構(gòu)的表型分析。Gerth S等[26]提出RootForce方法對(duì)基于X-CT所獲數(shù)據(jù)進(jìn)行半自動(dòng)和魯棒的根系分割，提高了局部細(xì)微數(shù)據(jù)獲取的精準(zhǔn)度，為不同類型植物的根系進(jìn)行半自動(dòng)高通量評(píng)估提供更高的效率。向子云等[27]基于多層螺旋CT技術(shù)的根系原位形態(tài)可視化方法進(jìn)行研究。羅錫文等[28]設(shè)計(jì)了一種基于遺傳算法的模糊多閾值CT圖像分割方法，利用分割后的圖像對(duì)根系三維重建，提高了模型的精準(zhǔn)度。使用儀器針對(duì)較完整的水稻根系進(jìn)行原位探測(cè)雖然數(shù)據(jù)精準(zhǔn)真實(shí)，但成本高，不易普及，且大多數(shù)是針對(duì)根系前期數(shù)據(jù)或局部數(shù)據(jù)進(jìn)行獲取，信息整合難度大。改變培養(yǎng)方式，在保證養(yǎng)分供給的條件下使根系生長于透明介質(zhì)的可控生長環(huán)境中，如Fang等[23]對(duì)在固體凝膠基質(zhì)中生長的水稻進(jìn)行三維掃描獲取根系三維圖像數(shù)據(jù)，并通過基于Hough變換骨架提取和球B樣條網(wǎng)格建模方法實(shí)現(xiàn)了根系的三維重建。特殊培養(yǎng)法使得根系脫離了原土壤生長環(huán)境，雖然利于探測(cè)但數(shù)據(jù)不具普遍性。

水稻根系三維重構(gòu)的方法很多，不同的方法具有不同的優(yōu)勢(shì)，在重建效果、成本、操作水平等方面各具特點(diǎn)，表2對(duì)比了幾種常見的三維重構(gòu)方法。

2.4環(huán)境一根系建模研究

根系的生長離不開土壤，在根系建?？梢暬芯康耐瑫r(shí)圍繞土壤狀況對(duì)根系生長的影響以及相鄰根系間資源競爭情況的研究也備受關(guān)注。早在1998年Sommma等[51]建立了根系活動(dòng)與土壤中水分和養(yǎng)分分布之間的動(dòng)態(tài)關(guān)系的數(shù)學(xué)模型。但土壤環(huán)境復(fù)雜多變，影響根系生長的環(huán)境因子多且不穩(wěn)定，因此目前相關(guān)研究主要停留在根系基本指標(biāo)與非環(huán)境因素（如土層深度、時(shí)間）的統(tǒng)計(jì)擬合以及單環(huán)境因子對(duì)水稻根系生理生態(tài)的影響上。如Zappala S等[52]基于XCT圖像分割出根體積，通過體積比較量化土壤水分含量對(duì)分割根系體系結(jié)構(gòu)的影響。DunbabinVM等[53]分別模擬環(huán)境中根系一土壤模型、水和養(yǎng)分動(dòng)態(tài)以及碳氮利用模型，總結(jié)了不同環(huán)境因子對(duì)根系結(jié)構(gòu)、形態(tài)和養(yǎng)分功能轉(zhuǎn)換效率等的影響及關(guān)系。Rogers ED等[24]利用XCT技術(shù)對(duì)水稻根系結(jié)構(gòu)的物理特征進(jìn)行詳細(xì)的三維定量分析，在5種不同生長基質(zhì)中分別對(duì)8個(gè)水稻品種的根系結(jié)構(gòu)進(jìn)行表征，確定根系結(jié)構(gòu)是基因型與生長環(huán)境相互作用的結(jié)果，為研究不同生長環(huán)境中的根系結(jié)構(gòu)提供了基礎(chǔ)。張玉等[54]通過水稻根系空間分布，采用Y= a（l -bx）的數(shù)學(xué)模型分析水分管理對(duì)根系生長和分布的影響。劉永霞等[55]通過分析在施肥處理下不同品種的單株水稻總根長及根直徑與生物量間的定量關(guān)系，結(jié)合立體幾何原理，分別建立了基于生物量的水稻單株總根長動(dòng)態(tài)模型和總根體積與總根表面積動(dòng)態(tài)模型。李娟等[56]開展水培和土培盆栽試驗(yàn)，提出水稻不同生育期的養(yǎng)分吸收動(dòng)態(tài)模型，確定養(yǎng)分吸收特征參數(shù)，分析不同品種不同施肥措施下水稻對(duì)氮、磷、鉀的吸收情況。

根系生長受到多種環(huán)境因子的共同影響，模擬根系與環(huán)境的動(dòng)態(tài)轉(zhuǎn)化過程是根系研究的重要內(nèi)容，也有研究者圍繞這一過程進(jìn)行模擬研究，如Tao Li等[57]提出了干旱和缺氮環(huán)境下水稻的改進(jìn)模型ORYZA（ V3），將專注于預(yù)測(cè)灌溉低地環(huán)境下水稻生長和產(chǎn)量的生理生態(tài)模型ORYZA2000升級(jí)，開發(fā)用于量化土壤溫度、碳、氮和環(huán)境壓力每日變化的模塊，以捕獲根系生長以及水分和氮吸收的動(dòng)態(tài)過程，提高模型在極端環(huán)境下的預(yù)測(cè)能力，但這一方面研究數(shù)量較少，且研究不夠深入。因此，根系生長與多環(huán)境因子的定量關(guān)系模型以及根系與環(huán)境的動(dòng)態(tài)轉(zhuǎn)化過程模擬亟待進(jìn)一步研究。

3.研究展望

綜上所述，目前國內(nèi)外水稻根系建?？梢暬难芯恐饕煞譃閮纱箢?，單純的水稻根系外觀形態(tài)模擬可視化和真實(shí)生長過程模擬可視化，兩者均取得了一定的研究成果。目前已應(yīng)用于產(chǎn)品展示、游戲娛樂以及影視制作[58]等領(lǐng)域，但在選種優(yōu)育、栽培措施優(yōu)化等農(nóng)學(xué)實(shí)際應(yīng)用方面較少。在數(shù)據(jù)探測(cè)方面方法雖多，但都具有一定的局限性。根系本身生長環(huán)境的約束、高度非結(jié)構(gòu)化的根系數(shù)據(jù)處理困難等問題仍然存在，因此在數(shù)據(jù)探測(cè)無法得到進(jìn)一步改進(jìn)的條件下，采用其他方式或者手段解決數(shù)據(jù)缺失的問題勢(shì)在必行，低成本、高普適的三維探測(cè)方法和設(shè)備研制仍然是未來根系三維建模與可視化研究的重點(diǎn)。同時(shí)，根系生長與土壤密切相關(guān)，兩者的相關(guān)性研究需要特定環(huán)境作為支撐，探索不易。此外，根系生長的碰撞檢測(cè)以及模型的真實(shí)性檢驗(yàn)也是根系三維重建研究中的難題。本節(jié)主要針對(duì)數(shù)據(jù)缺失問題下的根系分布設(shè)計(jì)與數(shù)據(jù)融合、結(jié)合深度學(xué)習(xí)的機(jī)器視覺三維重構(gòu)以及環(huán)境一根系建模三方面進(jìn)行展望。

（1）根系數(shù)據(jù)缺失問題可分為位置數(shù)據(jù)缺失和時(shí)間數(shù)據(jù)缺失，位置數(shù)據(jù)是指根系三維空間位置坐標(biāo)無法準(zhǔn)確完整獲取，時(shí)間數(shù)據(jù)缺失是指生長數(shù)據(jù)的不連續(xù)性和不完整性。首先，位置數(shù)據(jù)包含根系的拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)以及空間分布，拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)利用破壞性探測(cè)的方法量化易于實(shí)現(xiàn)，空間分布則難度較大。尤其在大田栽培背景下，高精度探測(cè)儀器的使用能改善了局部數(shù)據(jù)的準(zhǔn)確性，但基于儀器探測(cè)的局部數(shù)據(jù)整合困難，且成本昂貴不容易普及。學(xué)者更多的關(guān)注于土壤中某個(gè)區(qū)域內(nèi)水稻根系基本情況的生長趨勢(shì)而不是具體位點(diǎn)的三維坐標(biāo)，在根系空間分布剖分的單元區(qū)域內(nèi)通過對(duì)根系生長指標(biāo)的統(tǒng)計(jì)實(shí)現(xiàn)三維建模，因此合理量化根系空間分布的剖分十分關(guān)鍵。盡管已有像微根管法[20]等針對(duì)空間分布的局部信息進(jìn)行采樣測(cè)量的方法，但其主要是從根系分形角度對(duì)形態(tài)特征進(jìn)行描述[59]，更加量化的根系空間分布設(shè)計(jì)有待深入研究。其次，時(shí)間數(shù)據(jù)的獲取費(fèi)時(shí)費(fèi)力，加之根系數(shù)據(jù)共享性低，且數(shù)據(jù)量少，一定程度上影響了研究進(jìn)展。水稻根系的三維模擬是根部數(shù)據(jù)與計(jì)算機(jī)圖形算法相結(jié)合構(gòu)造根系可視化模型，有效提升數(shù)據(jù)缺失下全局?jǐn)?shù)據(jù)的重構(gòu)算法，在多種不同的作物根系中尋找具有相似特征數(shù)據(jù)以彌補(bǔ)在少量樣本條件下精準(zhǔn)估算擬合特征參數(shù)，提高信息融合的效率仍有待更深入的研究。

（2）基于機(jī)器視覺的三維重構(gòu)多用于大規(guī)模場(chǎng)景或構(gòu)型相對(duì)簡單的苗期根系，在水稻根系建模方面使用較少。由于利用相機(jī)獲取根系圖像的深度信息成本低，操作簡單，易于共享，在一定程度上解決了數(shù)據(jù)獲取困難的問題。近年來，激光掃描、高光譜相機(jī)等自動(dòng)化檢測(cè)技術(shù)的發(fā)展極大促進(jìn)了植物表型分析研究應(yīng)用，通過成像技術(shù)、特征提取及三維重建等智能算法實(shí)現(xiàn)根系表型性狀、形態(tài)結(jié)構(gòu)的快速解析[60-61]，效果顯著?？梢灶A(yù)期，未來更多根系表型及生理參數(shù)的高通量獲取將成為可能，為更加符合現(xiàn)實(shí)應(yīng)用生產(chǎn)需求的水稻根系三維建模提供理論依據(jù)。隨著深度學(xué)習(xí)在各個(gè)領(lǐng)域的廣泛應(yīng)用，基于深度學(xué)習(xí)的圖像處理技術(shù)越來越成熟，通過二維圖像獲取根系拓?fù)湫畔⒌木珳?zhǔn)度越來越高。另一方面，深度學(xué)習(xí)技術(shù)在三維重建研究領(lǐng)域逐步深入，通過構(gòu)建根系模型以彌補(bǔ)二維圖像空間信息不足成為可能，因此，計(jì)算機(jī)視覺融合深度學(xué)習(xí)的三維重構(gòu)也將是未來水稻根系建模方法的一個(gè)趨勢(shì)。

（3）水稻根系的發(fā)育與生長環(huán)境息息相關(guān)，獨(dú)立于環(huán)境的根系研究缺少實(shí)際意義，環(huán)境一根系系統(tǒng)的研究應(yīng)獲得更多的關(guān)注。目前，在根系基本指標(biāo)與非環(huán)境因素（如土層深度、時(shí)間）的統(tǒng)計(jì)擬合以及單環(huán)境因子對(duì)水稻根系生理生態(tài)的影響機(jī)制上已經(jīng)取得了較大的進(jìn)展。在此基礎(chǔ)上，利用深度學(xué)習(xí)綜合分析多環(huán)境因子（氣壓、光照、濕度、溫度等）和根系生理參數(shù)（水分、養(yǎng)分）的分布，以全面了解根系生長速率與外界環(huán)境因素的關(guān)系，根系生長與多環(huán)境因子的定量關(guān)系模型以及根系與環(huán)境的動(dòng)態(tài)轉(zhuǎn)化過程模擬將成為未來根系模擬研究的重要方向。另一方面，為了簡化根系建模難度，一般是將水稻的根系與地上部分作為兩個(gè)獨(dú)立對(duì)象進(jìn)行研究。然而，在實(shí)際生產(chǎn)中水稻根系與地上部分是一個(gè)不可分割的整體，分而治之的思想可能會(huì)導(dǎo)致最終模擬模型與現(xiàn)實(shí)脫節(jié)。為了更好投入到農(nóng)業(yè)生產(chǎn)科研指導(dǎo)中，水稻根一莖一葉一體化建模是未來值得深入研究的課題。

總之，水稻根系三維建模及可視化研究仍存在極大的挑戰(zhàn)，更準(zhǔn)確全面地量化描述可視化模型的結(jié)構(gòu)特征，真實(shí)形象地表征水稻根系的長相和長勢(shì)，構(gòu)建出能真正應(yīng)用于農(nóng)業(yè)生產(chǎn)的三維模型有待進(jìn)一步研究。

參考文獻(xiàn)：

[1]SAMYORD， DASAB，DEKA s c Pigmented rice 8 potential sourceof bioactive compounds：A review [J]International Journal of FoodScience&Tecbnology，2017，52（5）：1073-1081

[2]SMITH s，DE SMET I Root system architecture： Insights fromArabidopsis and cereal crops [J]. Philosophical Transactions of theRoval Society B： Biological Sciences，2012，367 （1595）：1441-1452

[3] KRESZIES T，SCHREIBER L RANATHUNGE K Suberizedtransport ban'iers in Arabidopsis. barley and rice roots： From themodel plant to crop species[J].Journal of Plant Physiology，2018，227：75-83

[4]趙春江，陸聲鏈，郭新宇，等數(shù)字植物研究進(jìn)展：植物形態(tài)結(jié)構(gòu)三維數(shù)字化[J]中國農(nóng)業(yè)科學(xué)，2015、48（ 17）：3415-3428

ZHAO C J，LU S L，GUO X Y，et al Advances in research of digitalplant： 3D digitization of plant morphological structure[J] ScientiaAgricultura Sinica，2015，48（ 17）：3415-3428 （in Chinese）

[5] 黃偉基于植物生長過程仿真的虛擬植物建模研究[D]重慶：重慶大學(xué)、2011

HUANG W Study on growth inodeling of virtual plant based onsimulation of growth process[D] Chongqing： Chongqing University.2011. （in Chinese）

[6]溫維亮，郭新宇，趙春江，等作物根系構(gòu)型二維探測(cè)與重建方法研究進(jìn)展[J]中國農(nóng)業(yè)科學(xué)，2015，48 （3）：436-448

WEN W L，GUO X Y，ZHAO C J，et al Crop roots configuration andvisualization： A review[J] Scientia Agricultura Sinica，2015，48 （3）： 436-448 （in Chinese）

[7]尤號(hào)田，邢艷秋，彭濤，等LiDAR不同強(qiáng)度校正法對(duì)樟子松葉面積指數(shù)估測(cè)的影響[J].測(cè)繪學(xué)報(bào)、2018.47 （2）：170-179

YOU H T，XING Y Q，PENG T， et al Effects of different LiDARintensirv n01111alization methods on Scotch pine forest leaf area indexestunation[J]Acta Geodaetica et Cartographica Sinica，2018，47 （2）： 170-179. （in Chinese）

[8]梁歡，順慶毅一種基于結(jié)構(gòu)光的運(yùn)動(dòng)補(bǔ)償3D測(cè)量方法：CNl06595502A[P].2017-04-26

[9]周靜靜，郭新宇，吳升，等基于多視角圖像的植物二維重建研究進(jìn)展[J]中國農(nóng)業(yè)科技導(dǎo)報(bào)，2019. 21 （2）：9-18

ZHOU J J，GUO X Y. WU S， et al Research progress on plant three-dimensional reconstmction based on multi-view images [J]. Journalof Agricultural Science and Technology. 2019. 21 （2）：9-18 （inChinese）

[IO]翁楊，曾睿，吳陳銘，等基于深度學(xué)習(xí)的農(nóng)業(yè)植物表型研究綜述[J]中圍科學(xué)：生命科學(xué)，2019. 49 （6）：698-716

WENG Y. ZENG R， WU C M. et al A survey on deep-leaming-basedplant phenotype research in agriculture [J] Scientio Sinico （Vitae）.2019. 49 （6）： 698-716 （in Chinese）

[11] DIEVART A，COUDERT Y，GANIET P，et al.Dissecting thebiological bases of traits of interest in rice： Architecture anddevelopment of the root system [J]. Cahiers Agricultures.2013.22 （5）： 475—483

[12] STEFANELLI D，F(xiàn)RIDMAN Y. PERRY RL DigiRootlM=Newsoftware for root studies [J]. Europeon Journal of HorticnlturalScience. 2009. 74 （4）

[13] DELORY B M. BAUDSON c， BROSTAUX Y. et al_ archiDART： anR package for the automated computation of plant root architecturaltraits [J] Plant and Soil. 2016. 398（ 1/2） 351-365

[14] GONZALEZ A. SEVILLANO x，BETEGON-PUTZE I，et al.MvROOT 2.0： An automatic tool for high throughput and accurateprimary root length measurement [J]. Computers and Electronics inAgriculture. 2020. 168： 105125

[15] TRACHSEL s， KAPPPLER s M. BROWN K M. et al. Shovelomics：high throughput phenotyping of maize （Zea mays L.） root architecturein the field[J]. Plant and Soil. 2011. 341（ 1/2）： 7587

[16]胡琪娟，王霖嬌，盛茂銀植物細(xì)根生產(chǎn)和周轉(zhuǎn)研究進(jìn)展[J].世界林業(yè)研究，2019. 32 （2）：2934

HU Q J，WANG L J，SHENG M Y Research progress of plant fineroot production and tumover [J] World Forestry Research. 2019.32（2）：29-34 （in Chinese）

[17]管建慧，郭新宇，王紀(jì)華，等玉米不同部位根系生長發(fā)育規(guī)律的研究[J]玉米科學(xué)，2007. 15（6）：82-85. 88

GUAN J H. GUO X Y. WANG J H. et al Study on growth anddevelopment mle of different parts of maize root [J]. Journal of MaizeSciences. 2007. 15（6）：82-85. 88. （in Chinese）

[18] WU J， GUO Y. An integrated method for quantifying root architectureof field-grown maize [J].Annals of Botany. 2014. 114 （4）：841-851

[19]楊樂，彭軍，楊紅云，等基于微分L一系統(tǒng)的水稻根系二維生長模型研究[J]農(nóng)業(yè)機(jī)械學(xué)報(bào)，2019. 50（lO）：208-214

YANG L，PENG J， YANG H Y. et al.Three dimensional growthmodeling of rice root based on differential L-system[J].Transactionsof the Chinese Society for Agricultural Mocbinery. 2019. 50（ lO）：208-214. （in Chmese）

[20]牛學(xué)禮，南志標(biāo)運(yùn)用微根管技術(shù)研究草地植物細(xì)根的進(jìn)展[J].草業(yè)學(xué)報(bào)，2017. 26 （11）：205-215

NIU X L，NAN Z B Review of ininirhizotron applications for study offine roots in grassland [J]. Acto Prataculturae Sinica.2017.26（ ll）： 205-215 （in Chinese）

[21] YANG L- WU P P，YANG s Y.et al Research on the constructionand visualization of a three-dimensional model of rice root growth [J]Applied Engineering，in Agriculture. 2020. 36（6） 847-857

[22] HAN T H. KUO Y F Developing a system for three-dimensionalquantification of root traits of rice seedlings [J]. Compvters andElectronics in Agriculture， 2018，1 52： 90-100

[23] FANG s Q，YAN x L，LIAO H 3D reconstruction and dynamicmodeling of root architecture in situ and its application to cropphosphorus research [J].The Plant Journal. 2009. 60 （6）：10961108

[24] ROGERS E D，MONAENKOVA D， MIJAR M. et al_ X-ray computedtoinography reveals the response of root system architecture to soiltexture [J].Plant Physiology. 2016. 171（3）：2028-2040

[25] TERAMOTO s， TAKAYASU s， KITOMI Y. et al High-throughputthree-dimensional visualization of root svstem architecture of riceusing X-ray computed tomography [J] Plant Methods. 2020. 16： 66

[26] GERTH s， CLAUBEN J， EGGERT A， et al Semiautomated 3D rootseginentation and evaluation based on X-rav CT imagerv [J]. PlantPhenomics. 2021. 2021： 1-13

[27]向子云，羅錫文，周學(xué)成，等多層螺旋CT=維成像技術(shù)觀測(cè)植物根系的實(shí)驗(yàn)研究[J].CT理論與應(yīng)用研究，2006. 15 （3）：1-5

XIANG Z Y，LUO X W. ZHOU X C，et al Experimental study onobservation of original shape of crop root system with inulti helical CTteclnology[J].Computeried Tomography Theory and Applicotions.2006. 15（3）： 1-5. （in Chinese）

[28]周學(xué)成，羅錫文，嚴(yán)小龍，等基于遺傳算法的原位根系CT圖像的模糊閩值分割[J]中國圖象圖形學(xué)報(bào)，2009. 14 （4）：681-687

ZHOU X C，LUO X W. YAN X L，et al A fuzzy thresholdingsegmentation for plant root CT images based on genetic algoritlun [J]JournAl of Image and Graphics， 2009. 14 （4）：681-687. （inChinese）

[29] TOPP c N. IYER-PASCUZZI A s，ANDERSON J T，et al 3Dphenotyping and quantitative trait locus inapping identify core regionsof the rice genoine controlling root architecture [J] PNAS. 2013.110 （18）：El695-El704

[30] KUTSAHERA L Wurzelatlas mitteleuropaischer ackenmkrauter undkulturpflanzen [J] Economic Botanv. 1963. 17（2）：158-159

[31] PAGES L，VERCAMBRE G，DROUET J L，et al Root Typ： Ageneric model to depict and analvse the root system architecture [J]Plant and Soil. 2004. 258（1）：103-119

[32] PAGES L MOREAU D. SARLIKIOTI V. et al ArchiSunple：Aparsimonious model of the root system architecture[C] //Plant GrowthModeling. Simulation. Visualization and Applications.：lnstitute ofElectncal and Electronlcs En91neers，2012：297-303

[33]徐其軍，湯亮，顧東祥，等基于形態(tài)參數(shù)的水稻根系二維建模及可視化[J]農(nóng)業(yè)工程學(xué)報(bào)，2010. 26（ 10）：188-194

xu Q J，TANG L， GU D X.et al Architectural parameter-based threedimensional modeling and visualization of rice roots [J].Transactionsof the Chinese Society of Agricultural Engineering， 2010， 26（ lO）：188-194 （in Chinese）

[34]房燕基于人工生命的駱駝刺根系的模型構(gòu)建與研究[D]長春東北師范大學(xué)。2011

FANG Y. Construction and research of Alhagi roots inodel based onartificial life[D] Changchun： Northeast Normal University. 2011 （inChinese）

[35] GE Y. GE z Y. YI H F，et al Visual simulation of upland rice root asrelated to soil compaction[C]1//2011 Second Intemational Conferenceon Digital Manufacturing & Automation August 5-7. 2011.Zhangjiajie. China. IEEE. 2011： 1392-1394

[36] LEITNER D. KLEPSCH s， BODNER G. et al A dynamic root systemgrowth model based on LSystems [J] Plant and Soil. 2010.332（ 112）：177-192

[37]鐘南，羅錫文，秦琴基于微分L系統(tǒng)理論的植物根系生長模擬的算法[J]系統(tǒng)仿真學(xué)報(bào)，2006. l8 （S2）：138-139. 143ZHONG N. LUO X W. QINQ Simulation aritlunetic of root systemsgrowth with differential L-systems [J].Journal of System Simulotion.2006. 18（ S2）： 138-139. 143. （in Chinese）

[38]彭英，張素蘭基于L系統(tǒng)的水稻根系建模與可視化[J].計(jì)算機(jī)系統(tǒng)應(yīng)用，2020. 29（6）：2228

PENG Y. ZHANG S L L-system-based modeling and visualization ofrice root system[J] Computer Systems &Applications. 2020.29（6）：22-28 （in Chinese）

[39]劉慧，湯亮，張文字，等基于模型的可視化水稻生長系統(tǒng)的構(gòu)建與實(shí)現(xiàn)[J]農(nóng)業(yè)工程學(xué)報(bào)，2009. 25 （9）：148-154. 362

LIU H.TANG L ZHANG W Y. et al Coiistruction andimplementation of model-based visual rice growth svstem [J]Transactions of the Chinese Society， of Agricultural Engineering， 2009.25（9） 148-154. 362 （in Chinese）

[40]初廣麗，張偉，王延杰，等基于機(jī)器視覺的水果采摘機(jī)器人日標(biāo)識(shí)別方法[J].中圍農(nóng)機(jī)化學(xué)報(bào)，2018. 39 （2）：83-88

CHU G L，ZHANG W. WANG Y J，et al A method of fruit pickingrobot target identification based on machine vision [J]. Journal ofChinese Agricultural Mechaniation. 2018. 39（2）：83-88（mChinese）

[41]徐超，李喬基于計(jì)算機(jī)視覺的二維重建技術(shù)綜述[J]數(shù)字技術(shù)與應(yīng)用，2017 （1）：54-56

xu C， LI Q 3D reconstruction technology based on computer vision：A Review [J]. Digital Technology and Applicotion， 2017（1）5456（ in Chinese）

[42] LOOMIS J J，LIU x W. DING z H，et al Visualization of plantgrowth[C]//Proceedings of Visualization 97 （Cat No. 97CB36155）October 24-24. 1997. Phoenix. AZ. USA IEEE. 1997： 475-478

[43] TERAMOTO s， UGA Y A deep learning-based phenotypic analysisof rice root distribution from field images [J]. Plant Phenomics（ Washington. D C）. 2020. 2020： 3 194308

[44]吳丹，葉軍立，王康，等基于輪廓投影的盆栽水稻二維重建方法研究[J]中國農(nóng)業(yè)科技導(dǎo)報(bào)、2020. 22（9）：87-95

WU D. YE J L，WANG K. et al Three-dimension reconstructionmethod based on silhouette for pot rice EJl Journal of AgriculturalScience and Technology， 2020. 22（9） 87-95（ in Chinese）

[45] SCHULZ H. POSTMA J A. VAN DUSSCHOTEN D， et al Plant rootsystem analVsis from MRI images[M]//Coinmmucanons m Computerand Information Science Berlin. Heidelberg： Springer BerlinHeidelberg， 2013： 411-425

[46] VAN DUSSCHOTEN D， METZNER R， KOCHS J， et al Quantitative3D analysis of plant roots growing in soil using magnetic resonanceimaging [J] Plant Physiology. 2016， 170（3）：1176-1188

[47] AHMED M A，ZAREBANADKOUKI M. KAESTNER A.et al.Measureinents of water uptake of maize roots： The key fumction oflateral roots [J] Plant and Soil. 2016. 398（ 1/2）： 59-77

[48]劉秀位，谷慧杰，韓沽，等基于探地雷達(dá)和電容法的作物根系原位無損測(cè)量技術(shù)研究進(jìn)展[J]農(nóng)業(yè)工程學(xué)報(bào)、2020. 36 （20）：226237

LIU X W. GU H J，HAN J， et al Research progress of groumdpenetrating radar and electrical capacitance for in situ non-destructivemeasurement of crop roots [J]Transactions of the Chinese Society ofAgricultural Engineering. 2020. 36 （20） 226237.（ in Chinese）

[49]王傳宇，趙明，閻建河，等基于雙日立體視覺技術(shù)的玉米葉片二維重建[J].農(nóng)業(yè)工程學(xué)報(bào)，2010. 26 （4）：198-202

WANG C Y. ZHAO M. YAN J H et al Three-dimensionalreconstruction of maize leaves based on binocular stereovisionsvstem [J] Transactions of the Chinese Society of AgricuturalEngineering. 2010. 26（ 4）： 198-202（in Chinese）

[50]殷悅，張慧春，鄭加強(qiáng)基于雙日立體視覺的植物二維重建系統(tǒng)[J]中國農(nóng)機(jī)化學(xué)報(bào)，2021.42 （3）：129-135

YIN Y. ZHANG H C，ZHENG J Q Three dimensional reconstructionsystein of plant based on binocular stereo vision [J]Journal ofChinese Agricultural Mechoniation. 2021. 42（3） 129- 135.（ inChinese）

[51] SOMMA F， HOPMANS J W. CLAUSNITZER V. Transient three-dimensional inodeling of soil water and solute transport withsimultaneous root growth. root water and nutrient uptake EJl Plantand Soil. 1998. 202（2）： 281-293

[52] ZAPPALA s，MAIRHOFER s，TRACY s，et al Quantifying theeffect of soil moisture content on segmenting root system architecturein X-ray computed tomography images [J]. Plant and Soil. 2013.370（ 1/2）：35-45

[53] DUNBABIN v M. POSTMA J A. SCHNEPF A， et al Modelling root-soil interactions using three-diinensional models of root growth.architecture and function [J] Plant and Soil. 2013. 372（ 1/2）：93-124

[54]張玉，秦華東，黃敏，等水稻根系空間分布特性的數(shù)學(xué)模擬及應(yīng)用[J]華南農(nóng)業(yè)大學(xué)學(xué)報(bào)，2013.34 （3）：304-308

ZHANG Y. QIN H D， HUANG M. et al. Mathematical simulation ofrice root spatial distribution and its application [J]Journal of SouthChina Agricultural University. 2013. 34（3）：304-308.（ inChinese）

[55]劉永霞，岳延濱，劉巖，等小同品種和氮肥條件下水稻根系主要幾何參數(shù)動(dòng)態(tài)量化[J]中國農(nóng)業(yè)科學(xué)，2010. 43 （9）：1782-1790

LIU Y X. YUE Y B，LIU Y. et al Quantitative research of dynamicmodels of the main geoinetric paraineters of rice root system ofdifferent varieties under different nitrogen conditions [J] ScientiaAgricultura Sinico. 2010. 43（9）：1782-1790.（ in Chinese）

[56]李娟，章明清，林瓊，等水稻根系氮磷鉀吸收特性及其模擬模型研究[J]上壤通報(bào)，2011. 42 （1）：117-122

LI J， ZHANGMQ，LINQ， et al Studies on N.P andK absorptioncharacteristics of rice root svstem and its simulation model [J]Chinese Journal of Soil Science. 2011，42（1）117-122.（ inChinese）

[57] LI T. ANGELES o， MARCAIDA M III. et al From ORYZA2000 t。ORYZA （v3）： An improved simulation model for rice in drought andnitrogen-deficient environments [J]. Agricultural and ForestMeteorology. 2017， 237/238： 246-256

[58]蔣艷娜，肖伯祥，郭新宇，等植物建模與動(dòng)畫合成研究[J]系統(tǒng)仿真學(xué)報(bào)、2015. 27 （4）：881-892

JIANGY N. XIAOBX，GUOX Y. et al. Study in plant Modeling andaniMation [J]. JournAl of System Simulation. 2015. 27（4）：881892 （in Chinese）

[59]賈全全，楊曉杰根系分形維數(shù)及其研究進(jìn)展[J].安徽農(nóng)業(yè)科學(xué)，2011. 39 （2）：652-653. 656

JIA Q Q，YANG X J Fractal dimension and it's studv extension toroot systerns [J] Journal of Anhui Agricukural Sciences. 2011.39 （2）： 652-653. 656. （in Chinese）

[60] CLARK R T，MACCURDY R B，JUNG J K. et al Three-dimensionalroot phenotyping with a novel imaging and software platfonn[J]Plant Physiology. 2011，156（2） 455465

[61]ADELEKE E， MILLAS R， MCNEAL W. et al Assessing root systemarchitecture of wheat seedlings using A high-throughput rootphenotyping system [J] bioRxiv. 2019

（責(zé)任編輯：于洪杰）

收稿日期：2021-0401初稿;2021-07-23修改稿

作者簡介：吳盼盼（ 1996-），女，碩士研究生，研究方向：農(nóng)業(yè)信息技術(shù)（E-mail：

1376068702@qq.cm）

*通信作者：楊樂（ 1979-），男，副教授，研究方向：深度學(xué)習(xí)在農(nóng)業(yè)領(lǐng)域的應(yīng)用研究（E-mail： jxnzhyangle@163.com）

基金項(xiàng)目：圍家自然科學(xué)基金項(xiàng)目（ 61862032）;江西省自然科學(xué)基金項(xiàng)目（20202BABL202034）;江西省研究生創(chuàng)新專項(xiàng)資金項(xiàng)目（YC2021-S347）