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FAM83D 在胰腺癌中的表達(dá)及臨床意義

2021-12-26 10:41繆宇鋒張有為焦南林
中國醫(yī)藥導(dǎo)報(bào) 2021年32期
關(guān)鍵詞:胰腺癌數(shù)據(jù)庫基因

繆宇鋒 張有為 焦南林

1.浙江省溫嶺市第一人民醫(yī)院腫瘤內(nèi)科,浙江溫嶺 317500;2.江蘇省徐州市中心醫(yī)院腫瘤內(nèi)科,江蘇徐州 221009;3.皖南醫(yī)學(xué)院附屬弋磯山醫(yī)院病理科,安徽蕪湖 241001

胰腺癌是消化系統(tǒng)惡性程度最高的腫瘤,主要病理類型為胰腺腺癌(pancreatic adenocarcinoma,PAAD),5 年生存率約為5%[1-2]。由于胰腺癌起病隱匿,早期癥狀不典型,大多數(shù)患者確診時(shí)已屬晚期;并且,進(jìn)展到晚期的胰腺癌缺乏有效治療手段,導(dǎo)致其發(fā)病率與病死率相近,預(yù)后極差[3]。PAAD 發(fā)病機(jī)制尚未明確,家族遺傳性、吸煙、慢性胰腺炎及糖尿病等因素均被證實(shí)與之相關(guān)[4]。因此,深入探索PAAD 發(fā)生發(fā)展中的關(guān)鍵基因,對于進(jìn)一步明確其發(fā)病機(jī)制,提高早期診斷及評估預(yù)后具有重要意義。

FAM83D 是FAM83 家族成員,定位于人類20q 染色體,編碼紡錘體相關(guān)的蛋白,被認(rèn)為與有絲分裂密切相關(guān)[5-6]。既往研究[7-10]發(fā)現(xiàn),F(xiàn)AM83D 在多種癌癥如卵巢癌、肝癌及肺癌中表達(dá)上調(diào),并參與調(diào)節(jié)癌細(xì)胞增殖、侵襲和遷移,可能成為新型腫瘤分子標(biāo)志物。然而,F(xiàn)AM83D 在胰腺癌發(fā)生發(fā)展中的作用尚未明確,本研究基于在線數(shù)據(jù)庫系統(tǒng)性分析FAM83D 基因在PAAD 的表達(dá)及預(yù)后意義。

1 資料與方法

1.1 一般資料

60 對PAAD 術(shù)后組織標(biāo)本來自2018 年1 月至2019 年12 月皖南醫(yī)學(xué)院附屬弋磯山醫(yī)院病理科的存檔蠟塊,包括癌組織與癌旁組織(距離腫瘤>2 cm 的胰腺組織),所有患者病理學(xué)診斷明確,術(shù)前均未接受放化療。本研究經(jīng)醫(yī)院倫理委員會批準(zhǔn)并取得所有患者知情同意。

1.2 生物信息學(xué)分析

基因表達(dá)譜動態(tài)分析(Gene Expression Profiling Interactive Analysis,GEPIA)工具(http://gepia2.cancerpku.cn)在線分析FAM83D 基因在PAAD 的表達(dá)及預(yù)后,參數(shù)設(shè)定:Log2FC Cutoff=1,p-value Cutoff=0.01。其中腫瘤組織(n=179)信息來源于TCGA 數(shù)據(jù)庫,正常組織(n=171)信息源于TCGA 數(shù)據(jù)庫和GTEx數(shù)據(jù)庫。驗(yàn)證數(shù)據(jù)集來自KMplot 數(shù)據(jù)庫(http://kmplot.com/analysis/)。

1.3 基因集富集分析(gene set enrichment analysis,GSEA)

采用GSEA 將RNAseq Gene 數(shù)據(jù)中胰腺癌組織樣本分為FAM83D mRNA 高表達(dá)組和低表達(dá)組(基于FAM83D mRNA 表達(dá)的中位數(shù)值作為Cutoff 值),分析預(yù)測靶基因可能參與的信號通路。參照基因集為MsigDB 中的c2.all.v5.0.symbols.gmt,將其導(dǎo)入GSEA 4.0.3 軟件中進(jìn)行通路富集分析,軟件設(shè)置按照默認(rèn)參數(shù),樣本置換檢驗(yàn)1000 次,F(xiàn)DR<0.05 作為差異顯著性的評價(jià)標(biāo)準(zhǔn)。

1.4 免疫組織化學(xué)染色(immunohistochemistry,IHC)

調(diào)取蠟塊,以4 μm 厚切片,脫蠟水化,3% H2O2消除內(nèi)源性過氧化物酶室溫10 min,PBS 沖洗,高溫高壓抗原修復(fù),PBS 再沖洗,滴加Anti-FAM83D 一抗(Abcam 中國,1∶100 稀釋),4℃過夜,PBS 沖洗后二抗室溫孵育30 min,PBS 沖洗,DAB 顯色,流水沖洗10 min,蘇木精復(fù)染,脫水、透明,中性樹膠封片,光學(xué)顯微鏡觀察。FAM83D 陽性染色位于細(xì)胞漿,IHC 評分根據(jù)染色強(qiáng)度和陽性細(xì)胞數(shù)來判定,評分標(biāo)準(zhǔn)參照文獻(xiàn)[11]。

1.5 統(tǒng)計(jì)學(xué)方法

通過對維生素B1缺乏癥的治療以及預(yù)防,減少了動物的死亡率,節(jié)約了養(yǎng)殖成本,降低了因維生素B1缺乏引起的各種神經(jīng)及心血管癥狀,能直接提供動物所需的硫胺素,從而達(dá)到預(yù)防和治療的目的。

2 結(jié)果

2.1 FAM83D 在PAAD 中的表達(dá)情況

與FAM83D mRNA 低表達(dá)組比較,F(xiàn)AM83D mRNA高表達(dá)組總生存期、無進(jìn)展生存期明顯縮短(P<0.01),見圖2A~B;并且在KMplot 數(shù)據(jù)庫中得到進(jìn)一步驗(yàn)證,見圖2C~D。

綜上所述,通過對腦卒中偏癱患者進(jìn)行呼吸肌反饋訓(xùn)練,可以有效地改善患者的呼吸功能障礙,呼吸功能的改善促進(jìn)了患者的吞咽,患者吞咽功能的改善又進(jìn)一步改善了患者的呼吸功能,呼吸功能改善與吞咽功能改善就形成了一種良性循環(huán)。并且該訓(xùn)練方法簡單有效,可以在臨床推廣應(yīng)用呼吸肌反饋訓(xùn)練儀對腦卒中偏癱患者進(jìn)行呼吸功能的訓(xùn)練。但本研究也存在局限性,比如樣本量小,訓(xùn)練時(shí)間不夠長,同時(shí)未對呼吸功能改善與吞咽障礙功能改善的相關(guān)性進(jìn)行進(jìn)一步探究。以后的研究中會加大樣本量,延長訓(xùn)練時(shí)間并進(jìn)一步探究呼吸功能與吞咽功能之間的關(guān)系。

表1 FAM83D 蛋白表達(dá)與PAAD 臨床病理特征的關(guān)系[例(%)]

圖1 FAM83D 在PAAD 中的表達(dá)情況

2.2 FAM83D mRNA 表達(dá)與PAAD 患者預(yù)后的關(guān)系

GEPIA 在線分析顯示,與正常組織比較,腫瘤組織中FAM83D mRNA 表達(dá)明顯升高(P <0.01),見圖1A。組織標(biāo)本分析顯示,65.0%(39/60)癌組織中FAM83D 蛋白水平為高表達(dá)(IHC 評分≥3 分),而36.7%(22/60)癌旁組織中FAM83D 蛋白水平為高表達(dá);與癌旁組織比較,癌組織IHC 評分顯著增高(P <0.01),見圖1B~C。進(jìn)一步分析臨床病理參數(shù),PAAD 患者FAM83D 蛋白高表達(dá)與淋巴結(jié)轉(zhuǎn)移有關(guān)(P <0.05),與性別、年齡、腫瘤位置、腫瘤直徑、分化程度、TNM 分期無關(guān)(P >0.05),見表1。

采用SPSS 16.0 軟件進(jìn)行數(shù)據(jù)分析,計(jì)量資料采用均數(shù)±標(biāo)準(zhǔn)差()表示,組間比較采用t 檢驗(yàn);計(jì)數(shù)資料用例數(shù)和百分率表示,組間比較采用χ2檢驗(yàn);FAM83D表達(dá)與患者預(yù)后的關(guān)系采用Kaplan-Meier生存分析,生存期比較采用Log-rank 檢驗(yàn)。以P <0.05 為差異有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義。

我國銀行進(jìn)行信貸業(yè)務(wù)風(fēng)險(xiǎn)分析時(shí),主要方法還是以客戶自身信用情況分析為主,對企業(yè)所屬產(chǎn)業(yè)的風(fēng)險(xiǎn)評價(jià)重視程度不夠,雖然已經(jīng)有一些銀行著手將產(chǎn)業(yè)風(fēng)險(xiǎn)分析結(jié)合到風(fēng)險(xiǎn)管理工作當(dāng)中,但對其的認(rèn)識依舊不夠深入,當(dāng)前的產(chǎn)業(yè)風(fēng)險(xiǎn)評價(jià)體系還存在著許多問題。

中風(fēng)屬于常見的急性腦血管疾病,存在起病突然的特點(diǎn),且發(fā)生局部灶性神經(jīng)功能發(fā)生缺失,患病之后合并發(fā)生多種并發(fā)癥[1] ,其中吞咽功能障礙較為常見。

圖2 FAM83D mRNA 表達(dá)與PAAD 患者預(yù)后的關(guān)系

2.3 FAM83D 基因潛在作用機(jī)制

FAM83D 上調(diào)與多個(gè)基因集呈正相關(guān)(P <0.05),如BIDUS_METASTASIS_UP、KEGG_CELL_CYCLE、HALLMARK_GLYCOLYSIS、HALLMARK_DNA_REPAIR、REACTOME_SIGNALING_BY_WNT、JAIN_NFKB_SIGNALING。見圖3。

圖3 GSEA 分析FAM83D 基因潛在作用機(jī)制

3 討論

近年來,伴隨著高通量測序技術(shù)的廣泛應(yīng)用以及數(shù)據(jù)共享機(jī)制的不斷成熟,以TCGA 和GEO 為代表的國際公共數(shù)據(jù)庫中積累了大規(guī)模的多組學(xué)腫瘤數(shù)據(jù),數(shù)據(jù)驅(qū)動型研究逐漸成為腫瘤生物信息學(xué)研究的重要模式[12]。本研究以腫瘤公共數(shù)據(jù)庫和相應(yīng)的生物信息學(xué)技術(shù)為基礎(chǔ),通過數(shù)據(jù)挖掘發(fā)現(xiàn),與正常組織比較,腫瘤組織中FAM83D mRNA 表達(dá)顯著升高;IHC結(jié)果顯示癌組織中FAM83D 蛋白呈高表達(dá),且FAM83D蛋白高表達(dá)與淋巴結(jié)轉(zhuǎn)移有關(guān)。提示FAM83D 可作為PAAD 診斷與預(yù)后的潛在分子標(biāo)志物。

FAM83 基因家族共享一個(gè)高度保守的N-末端(DUF1669)[13-14],此結(jié)構(gòu)域不僅具有一定的磷脂酶D 活性以激活表皮生長因子受體(EGFR)[15-16],還可促進(jìn)c-Raf 激酶的膜轉(zhuǎn)位激活MAPK 信號通路[17],參與調(diào)控上皮細(xì)胞的惡性轉(zhuǎn)變。目前研究[18-21]顯示,F(xiàn)AM83D在不同類型的腫瘤中均存在擴(kuò)增或過表達(dá),但其作用機(jī)制尚未明確。FAM83D 上調(diào)通過激活Wnt/β-catenin信號傳導(dǎo)增強(qiáng)細(xì)胞增殖和運(yùn)動能力,與胃癌的預(yù)后不良有關(guān)[22];FAM83D 通過調(diào)節(jié)非小細(xì)胞肺癌的AKT/mTOR 途徑促進(jìn)上皮間質(zhì)轉(zhuǎn)化,侵襲和順鉑耐藥[23];FAM83D 通過PI3K/AKT/mTOR 途徑抑制自噬并促進(jìn)卵巢癌細(xì)胞的增殖和侵襲[24];敲除FAM83D 通過抑制FBXW7/Notch-1 信號傳導(dǎo)途徑調(diào)節(jié)結(jié)直腸癌的增殖,遷移和侵襲[25]。本研究結(jié)果顯示,F(xiàn)AM83D 上調(diào)與多個(gè)基因集呈正相關(guān),如BIDUS_METASTASIS_UP、KEGG_CELL_CYCLE、HALLMARK_GLYCOLYSIS、HALLMARK_DNA_REPAIR、REACTOME_SIGNALING_BY_WNT、JAIN_NFKB_SIGNALING。提示FAM83D 參與調(diào)節(jié)細(xì)胞轉(zhuǎn)移、細(xì)胞周期、糖酵解、DNA 修復(fù)等生物學(xué)過程以及WNT、NF-κB 信號通路,具體尚需進(jìn)一步研究。

綜上所述,本研究基于在線數(shù)據(jù)庫的深入挖掘,證實(shí)FAM83D 基因在PAAD 發(fā)生發(fā)展中的重要作用,為進(jìn)一步實(shí)驗(yàn)研究提供了理論依據(jù)。

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