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基于ITS和nLSU序列的木耳屬物種鑒定

2021-12-30 03:01牛宇徐全飛聶建軍潘保華馮婉君蒙秋霞趙悠悠
食用菌 2021年6期
關(guān)鍵詞:銀耳黑木耳木耳

牛宇 徐全飛 聶建軍 潘保華 馮婉君 蒙秋霞 趙悠悠

(1 山西農(nóng)業(yè)大學(xué)農(nóng)業(yè)經(jīng)濟(jì)管理學(xué)院,山西 太原 030006;2 山西農(nóng)業(yè)大學(xué)資源環(huán)境學(xué)院,山西 太原 030031;3 山西省侯馬市出入境檢驗(yàn)檢疫局,山西 臨汾 043000)

木耳屬Auricularia的物種是食用歷史悠久的食藥用菌,早在1 400多年前我國(guó)人民就開(kāi)始人工栽培食用木耳[1]。據(jù)《神農(nóng)百草經(jīng)》記載,木耳“益氣不饑,輕身強(qiáng)志”。木耳屬主要栽培品種為黑木耳和毛木耳。根據(jù)中國(guó)食用菌協(xié)會(huì)統(tǒng)計(jì),2018年我國(guó)黑木耳產(chǎn)量達(dá)674萬(wàn)t,占全國(guó)食用菌總產(chǎn)量的17.54%,主要產(chǎn)區(qū)為東北三省、河北省、山西省、陜西省、云貴川三省[2]。我國(guó)木耳屬種質(zhì)資源豐富,《中國(guó)食用菌名錄》記載有13種,但我國(guó)具體有多少種木耳仍存在爭(zhēng)議。山西省為木耳主要產(chǎn)區(qū),因此對(duì)其木耳屬栽培菌株和野生菌株進(jìn)行物種鑒定,有助于研究木耳種質(zhì)資源的多樣性,也為木耳屬種質(zhì)資源的收集、評(píng)價(jià)、利用提供分子數(shù)據(jù)支撐。此外,野外環(huán)境中如黑耳屬等部分銀耳科物種的擔(dān)子果外觀形態(tài)與木耳屬物種十分相似,但食毒不明,所以有必要借助形態(tài)學(xué)觀察和分子系統(tǒng)學(xué)方法加以區(qū)別。

近年來(lái),隨著分子標(biāo)記技術(shù)的發(fā)展和應(yīng)用,木耳屬物種的遺傳多樣性研究取得了長(zhǎng)足的進(jìn)步。吳芳等[3-4]結(jié)合ITS+nLSU+rpb2序列鑒定和形態(tài)學(xué)觀察,研究了黑木耳復(fù)合群和氈毛木耳復(fù)合群的系統(tǒng)發(fā)育和多樣性。張丹等[5]對(duì)5個(gè)人工栽培毛木耳菌株和2個(gè)野生分離的毛木耳菌株進(jìn)行了ITS序列分析。陶鵬飛等[6]利用ITS和SRAP標(biāo)記對(duì)黑龍江省境內(nèi)采集的14株野生黑木耳菌株和1個(gè)南方栽培菌株進(jìn)行遺傳多樣性分析。賈定洪等[7-8]對(duì)19個(gè)毛木耳栽培菌株和3個(gè)野生分離菌株進(jìn)行了ISSR分析和基于ITS序列的系統(tǒng)發(fā)育研究。劉華晶等[9]借助ISSR和ITS分子標(biāo)記對(duì)黑龍江省內(nèi)部分野生黑木耳菌株進(jìn)行了遺傳多樣性分析。劉虹等[10]對(duì)來(lái)自山西省木耳屬9份人工栽培菌株和7份野生菌株進(jìn)行基于ITS片段鑒定,鑒定出3個(gè)木耳屬物種,即黑木耳A.heimuer、短毛木耳A.villosula和毛木耳A.cornea,但沒(méi)有匹配到文獻(xiàn)記錄山西省有分布的木耳A.auricula、多毛木耳A.polytricha和皺木耳A.delicata。由于木耳屬種類較多,且其子實(shí)體的形態(tài)、顏色、大小及子實(shí)層的形態(tài)常隨生長(zhǎng)環(huán)境及著生部位的不同而變化,因此同物異名或同名異物的情況時(shí)有發(fā)生[11]。當(dāng)前人們應(yīng)用分子生物學(xué)和遺傳學(xué)新技術(shù),通過(guò)對(duì)DNA等遺傳物質(zhì)的比較,可從分子層面鑒定木耳屬物種并探索其進(jìn)化關(guān)系。筆者基于ITS和nSLU序列,結(jié)合形態(tài)學(xué)觀察,對(duì)7份山西省木耳屬栽培菌株和4份野生菌株進(jìn)行鑒定,以期更好地對(duì)山西省木耳屬和部分形態(tài)近似的野生銀耳科物種進(jìn)行鑒別和分類,為進(jìn)一步開(kāi)發(fā)利用該物種資源提供科學(xué)依據(jù)。

1 材料與方法

1.1 供試菌株與培養(yǎng)基

供試菌株共11個(gè),其中7個(gè)菌株為山西省常見(jiàn)木耳栽培品種,4個(gè)為野生菌株,于2018—2019年采集(表1)。供試菌株均用組織分離法獲得純培養(yǎng)物,擔(dān)子果標(biāo)本保存于山西農(nóng)業(yè)大學(xué)農(nóng)業(yè)資源與經(jīng)濟(jì)研究所食用菌實(shí)驗(yàn)室。

表1 供試菌株及來(lái)源

PDA固體培養(yǎng)基:馬鈴薯20%,葡萄糖2%,蛋白胨0.3%,硫酸鎂0.2%,磷酸氫二鉀0.2%,瓊脂2%,pH自然。

1.2 試劑與儀器

DP302基因組DNA提取試劑盒,Taq DNA聚合酶,10×Buffer和6×Loading Buffer(北京天根生化科技有限公司);PCR引物(上海派森諾生物技術(shù)有限公司);脫氧核糖核苷三磷酸(dNTP)[寶日醫(yī)生物技術(shù)(北京)有限公司];AxyPrep DNA凝膠回收試劑盒(杭州Axygen生物技術(shù)有限公司);Marker Plus(DL2000 Plus)(北京康潤(rùn)誠(chéng)業(yè)生物科技有限公司);核酸染料和RNaseA(北京索萊寶科技有限公司)。

Neofuge 13R臺(tái)式高速冷凍離心機(jī)(上海力申科學(xué)儀器有限公司);Applied Biosystems ABI-2720PCR儀,ABI 3730XL測(cè)序儀(上海愛(ài)普拜斯應(yīng)用生物系統(tǒng)貿(mào)易有限公司);Major Science Mini Pro 300 V Power Supply電泳儀(上海珩璟科技有限公司);Labnet Sub System 70電泳槽(北京百奧創(chuàng)新科技有限公司)。

1.3 菌絲體的培養(yǎng)與收集

將各菌株純培養(yǎng)物接入PDA培養(yǎng)基,培養(yǎng)6 d后用滅菌的手術(shù)刀片在不同菌株的菌落表面刮取少許菌絲,置于2.0 mL的離心管中,編號(hào)備用。

1.4 DNA的提取

提取樣品DNA,并電泳,得到DNA電泳條帶。

1.5 PCR擴(kuò)增及測(cè)序

選用5條特異引物對(duì)11個(gè)菌株的DNA進(jìn)行特異性擴(kuò)增(表2)。50 μL反應(yīng)體系成分:20 ng/μL基因組DNA、10×Buffer(含2.5 mmolL Mg2+)、5 U/μL Taq DNA聚 合 酶、10 mmolL dNTP、10 μM引 物、ddH2O。ITS序列PCR擴(kuò)增反應(yīng)條件:95℃預(yù)變性5 min,95℃變 性30 s,58℃退 火45 s,72℃延 伸1 min30 s,共34個(gè)循環(huán),最后72℃延伸10 min,4℃保溫。nLSU序列PCR擴(kuò)增反應(yīng)條件:95℃預(yù)變性1 min,95℃變 性30 s,50℃退 火1 min,72℃延 伸90 s,共35個(gè)循環(huán),最后72℃延伸10 min,4℃保溫。反應(yīng)完成后,取3 μL PCR產(chǎn)物1%瓊脂糖凝膠電泳檢測(cè),確認(rèn)PCR擴(kuò)增片段。回收、純化后PCR產(chǎn)物送上海派森諾生物技術(shù)有限公司,在ABI 3730XL測(cè)序儀上進(jìn)行DNA測(cè)序。

表2 試驗(yàn)所用的基因片段及其對(duì)應(yīng)引物和引物序列

圖1 供試菌株子實(shí)體

1.6 ITS和nLSU序列分析

用NCBI Blast程序?qū)⑵唇雍蟮男蛄形募cNCBI核酸數(shù)據(jù)庫(kù)(https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi?PROGRAM=blastn&PAGE_TYPE=BlastSearch&LINK_LOC=blasthome)中的數(shù)據(jù)比對(duì),得到與待測(cè)物種序列相似性最大的物種信息。

1.7 構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)育樹(shù)

將供試標(biāo)本及來(lái)自GenBank登錄木耳屬、黑耳屬、銀耳屬的54個(gè)菌株ITS序列、ITS+nLSU序列用Clustal X軟件進(jìn)行多序列比對(duì)分析,并用MEGA5.0軟件中的鄰接分析(Neighbor-Joining,NJ)法構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)育樹(shù),Bootstrap檢驗(yàn)1 000次。

2 結(jié)果與分析

采用特異性ITS引物對(duì)供試菌株DNA進(jìn)行PCR擴(kuò)增,獲得約650 bp的單一條帶(圖2、圖3);采用特異性nLSU引物對(duì)供試菌株DNA進(jìn)行PCR擴(kuò)增,獲得約1 000 bp的單一條帶(圖4),條帶清晰明亮,無(wú)雜帶、拖尾現(xiàn)象,擴(kuò)增質(zhì)量較好。

圖2 供試菌株的ITS1-PCR凝膠電泳圖

圖3 供試菌株的ITS 5/4-PCR凝膠電泳圖

圖4 供試菌株的nLSU-PCR凝膠電泳圖

基于ITS+nLSU序列構(gòu)建了木耳屬系統(tǒng)發(fā)育樹(shù)(分支上的數(shù)字為用Bootstrap分析獲得的支持值)。如圖5所示,11份菌株聚在5個(gè)不同的末端分支。11份菌株的形態(tài)特征見(jiàn)表3。

圖5 基于ITS和nLSU序列的菌株和相關(guān)種屬的木耳屬系統(tǒng)發(fā)育樹(shù)

表3 供試11個(gè)菌株子實(shí)體形態(tài)特征

樣本1、2、3、4、5、6與黑木耳A.heimuer的可信樣本序列聚為一支,自舉值為98%,結(jié)合擔(dān)子果耳狀、子實(shí)體層被毛少等特征,以及BLAST結(jié)果(ITS1、ITS5/4、nLSU序列相似性均在99.28%~100.00%),可以確定這些樣本為黑木耳A.heimuer。

樣本7聚在毛木耳A.cornea分支中,自舉值為76%,結(jié)合其擔(dān)子果褐色或紅褐色、厚而堅(jiān)韌、不孕面被明顯長(zhǎng)柔毛的形態(tài)特征,以及BLAST結(jié)果(ITS1、ITS5/4、nLSU序列相似性分別為99.82%、99.49%和99.93%),可以確定該樣本為毛木耳A.cornea。

樣本8也聚在毛木耳A.cornea分支中,自舉值為39%,結(jié)合其擔(dān)子果紅褐色并帶紫色、杯狀或耳狀、新鮮時(shí)膠質(zhì)不透明、質(zhì)地粗韌、平滑無(wú)皺褶、不孕面具致密長(zhǎng)剛毛的形態(tài)特征,以及BLAST結(jié)果(nLSU序列相似性為99.63%),推測(cè)該樣本為多毛木耳A.polytricha。

樣本9聚在短毛木耳A.villosula分支中,自舉值為99%,結(jié)合其擔(dān)子果黃褐色、新鮮時(shí)膠質(zhì)、杯狀或盤(pán)狀、不孕面具明顯短柔毛的形態(tài)特征,以及BLAST結(jié)果(ITS1、ITS5/4、nLSU序列相似性分別為99.82%、98.81%和99.78%),可以確定該樣本為短毛木耳A.villosula。

樣本10聚在黑耳屬分支中,自舉值為100%,結(jié)合其擔(dān)子果墊狀、平展貼生、膠質(zhì)、淺褐色的形態(tài)特征,以及BLAST結(jié)果(ITS1、ITS5/4、nLSU序列相似性分別為97.96%、98.60%和99.78%),可以確定該樣本為銀耳科葡萄狀黑耳Exidia uvapassa。

樣本11聚在銀耳屬分支中,自舉值為100%,結(jié)合其擔(dān)子果葉狀、薄、叢生、膠質(zhì)、淡污桃色或淺荷花色、干后銹褐色的形態(tài)特征,以及BLAST結(jié)果(ITS1、ITS5/4序列相似性分別為99.82%和99.16%),可以確定該樣本為銀耳科薔薇色銀耳Tremella roseotincta。

3 小結(jié)與討論

基于ITS和nLSU序列分析,供試11份菌株中鑒定出4個(gè)木耳屬物種,即黑木耳、毛木耳、多毛木耳和短毛木耳。其中7個(gè)山西省常見(jiàn)人工栽培木耳菌株中,除菌株7為毛木耳A.cornea外,其余菌株均聚在亞洲本地種黑木耳A.heimuer[4],可見(jiàn)山西省常見(jiàn)的木耳栽培種多數(shù)為黑木耳,這與前人[10]的研究結(jié)果相似。黑木耳是亞洲本地種,并被廣泛栽培[12]。毛木耳也是亞洲物種,并在中國(guó)廣為栽培[13],但在供試木耳栽培種中僅占很小的比例。

自2013年以來(lái),多毛木耳A.polytricha被認(rèn)為是黑色毛木耳A.nigricans的同物異名[14],檢索真菌索引(Index Fungorum)和MycoBank數(shù)據(jù)庫(kù)得出,該種的現(xiàn)用名為黑色毛木耳A.nigricans。供試的多毛木耳A.polytricha樣本采自山西省沁源縣,為文獻(xiàn)記載的分布區(qū)域[15]。依據(jù)nLSU序列相似性結(jié)果(99.63%)推測(cè)供試野生菌株8為多毛木耳A.polytricha,然而其在進(jìn)化系統(tǒng)樹(shù)中并未與來(lái)自美國(guó)和哥斯達(dá)黎加的同物異名種A.nigricans的樣本系列聚為一支,而是被聚在毛木耳一支,但自舉值并不高(39%),且該物種與毛木耳可信樣本的ITS序列相似度僅為97.03%。根據(jù)Renske劃定的標(biāo)準(zhǔn)[16],序列相似度≥99%時(shí),可以判定為同一個(gè)種,序列相似度在95%~99%時(shí),可以判定為同一個(gè)屬??梢?jiàn),菌株8可能是一個(gè)與毛木耳A.cornea或黑色毛木耳A.nigricans不同的物種,其分類學(xué)地位有待于進(jìn)一步研究。

短毛木耳A.villosula分布于亞洲溫帶和亞熱帶,在中國(guó)廣泛分布,并被人工栽培[17],俄羅斯也有分布[18],采自山西省中陽(yáng)縣的野生菌株(菌株9)與其相似,但在人工栽培菌株中未發(fā)現(xiàn)。劉虹等[10]在山西省境內(nèi)采集的2份短毛木耳菌株也均為野生。因此,山西省可能尚未人工栽培該物種。

2個(gè)銀耳科物種葡萄狀黑耳E.uvapassa、薔薇色銀耳T.roseotincta為山西省首次記錄種。其中,葡萄狀黑耳Exidia uvapassa為銀耳科黑耳屬真菌,已被發(fā)現(xiàn)分布于韓國(guó)東南部[19]、中部[20]及日本[21];薔薇色銀耳Tremella roseotincta也屬于銀耳科銀耳屬,分布于中國(guó)、日本[22]、俄羅斯[23],其形態(tài)與氈蓋銀耳Pha?eotremella fuscosuccinea(Tremella fuscosuccinea)非常相似,區(qū)別在于薔薇色銀耳生長(zhǎng)于落葉樹(shù)上,目前其真菌宿主尚不清楚,生態(tài)偏好也需進(jìn)一步研究[24]。

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