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腺水螨屬部分物種DNA條形碼分析

2022-03-21 07:12吳萍萍印海鋒宋紹萱
關鍵詞:種間堿基條形碼

張 旭,吳萍萍,王 琪,印海鋒,宋紹萱

(淮北師范大學 生命科學學院,安徽 淮北 235000)

0 引言

腺水螨屬Lebertia Neumank,1880隸屬于蜱螨亞綱Acari,真螨總目Acariformes,絨螨目Trombidiformes,前氣門亞目Prostigmata,大赤螨總股Anystides,寄殖螨股Parasitengonina,水螨亞股Hydrachnidiae,腺水螨總科Lebertioidea[1].腺水螨屬種類分布廣泛,遍及各大地理區(qū)系的淡水水體中,是底棲節(jié)肢動物的重要組成部分.腺水螨的幼螨寄生于蚊、蠓等衛(wèi)生害蟲體表,影響寄主的生長發(fā)育甚至造成寄主死亡.因而腺水螨可以被用作害蟲的生物防治[2].目前世界已記錄腺水螨種類300余種,但由于腺水螨屬種類體型微小(0.5~2 mm),形態(tài)構造復雜,傳統(tǒng)的形態(tài)學鑒定需要對螨體解剖,操作過程繁瑣,不僅耗時較長,且對鑒定者的專業(yè)水平要求較高.

DNA條形碼是Herbert在2003年提出的生物分子鑒定技術,該技術是利用生物體內線粒體細胞色素氧化酶Ⅰ(Cytochrome c oxidase subunit I,COⅠ)基因序列的差異實現對物種的快速鑒定[3].該技術對鑒定者的專業(yè)背景沒有特別的要求,鑒定過程簡單,省時.近年來DNA條形碼技術在動物物種鑒定方面得到廣泛發(fā)展,特別是體型較小,形態(tài)特征構造復雜,利用常規(guī)的形態(tài)學鑒定較為困難的無脊椎動物[4].目前,國內外對于腺水螨屬的研究多集中在形態(tài)分類上,而關于腺水螨屬的分子鑒定技術還未曾有報道.本研究是以GenBank上獲取腺水螨屬的16個物種93條的COⅠ序列為研究材料,通過分子序列的分析,探究DNA條形碼技術在腺水螨屬鑒定中的可行性,為以后腺水螨屬的快速鑒定提供理論依據.

1 材料與方法

1.1 材料來源

在GenBank數據庫中,以腺水螨屬和COⅠ基因為關鍵詞搜索,為提高數據的可信度,選擇已經有文獻支持并公開發(fā)表序列,剔除物種信息不明的種類(僅選擇包含詳細的種名和屬名的物種).最終下載腺水螨屬16個物種93條序列(樣品信息詳見表1)[5-8].

表1 樣品信息

1.2 序列分析

用MEGA 7.0軟件對93條COⅠ序列進行比對,將冗余序列刪除,計算堿基組成、變異位點、保守位點、簡約信息位點;運用DAMBE 6.4.67軟件對序列飽和度進行分析,橫坐標為TN93模型校正距離,縱坐標為堿基替代頻率,進行散點分析;基于K2P(Kimura-2-Parameter)模型計算種內、種間遺傳距離;以Sperchonopsis ecphyma(Genbank登錄號:MF124252)和Sperchon rostratus(Genbank登錄號:MF124257)為外群選擇鄰接法(Neighbor-joining,NJ)構建系統(tǒng)發(fā)育樹,采用Bootstrap值進行1 000次重復檢測驗證樹上各節(jié)點的支持率.運用ABGD軟件,在一定的遺傳距離范圍內對樣本進行劃分.將93條COⅠ序列提交至ABGD網站,種內差異先驗值P為0.001到0.1,最小相對gap寬度值X(minimum relative gap width)為0.6,steps值設為20.

2 結果與分析

2.1 堿基序列特征

使用MEGA 7.0軟件對93條COⅠ序列進行比對后,最終保留608 bp的同源序列,序列中沒有缺失或者插入的現象.T、C、A、G的平均含量分別為34.1%、18.9%、31.8%、15.2%,C+G的含量(34.1%)小于A+T的含量(65.9%),這與節(jié)肢動物序列特征相似,有明顯的堿基偏好性.特別是在第3位密碼子A+T含量高達85.2%,G含量的平均值僅有3.5%,C含量的平均值與A、T相比也較低,為11.3%.保守位點、變異位點和簡約信息位點的含量為387個、221個、212個,在608 bp位點中分別占63.65%、36.35%和34.87%,變異位點大多數在第3核酸位點.

表2 16種腺水螨93條COⅠ基因序列堿基序列特征 %

2.2 堿基替換分析

應用MEGA 7.0軟件進行堿基替換分析,在16種腺水螨的93條序列中,核苷酸替換多數為一致替換,為524個,轉換數(S)和顛換數(V)的比值為1.1,顛換數和轉換數的平均值分別為41和44.在第1、2、3位點的轉換數和顛換數的比值為3.9、10.5、0.8.轉換和顛換主要發(fā)生在第3位點,轉換數為31個,頻率總數為72.0%;顛換數為37個,頻率總數為92.5%.通過DAMBE 6.4.67軟件進行序列飽和度分析,飽和度分析散點圖(圖1)表明,遺傳距離與堿基替換頻率呈線性增加的關系,沒有出現飽和態(tài)趨勢,可以建立系統(tǒng)發(fā)育樹.

圖1 基于CO I基因序列堿基替換飽和度

2.3 遺傳距離分析

在MEGA 7.0軟件中,基于K2P(Kimura-2-Parameter)模型計算16種腺水螨的種內、種間遺傳距離,結果顯示(見表3),種內遺傳距離變動范圍0~0.07,其中種內遺傳距離大于2%的有2種,分別為L.porosa0.07和L.schechteli0.023,其余種內遺傳距離均小于2%.種間遺傳距離變動范圍為0.025~0.218.除L.porosa和L.schechteli外,其余物種的種間平均遺傳距離為0.147,種內平均遺傳距離為0.003,種間平均遺傳距離是種內平均遺傳距離的49倍.

表3 基于COⅠ基因序列16種腺水螨的種內和種間的遺傳距離

2.4 ABGD的評估結果

93條序列ABGD的評估結果顯示,ABGD法可以明顯出現條形碼間隙(圖2a).物種劃分結果見圖2b,包括初始劃分和遞歸劃分,初始劃分較為穩(wěn)定,遺傳距離在0.001~0.100之間,被劃分為13個物種,少于形態(tài)學分類結果,而遞歸劃分結果顯示,遺傳距離在0.001、0.001 274、0.001 624時支持27個物種;在0.002 069、0.002 637時,支持24個物種;在0.003 360、0.004 281、0.005 456時,支持23個物種;在0.006 952時,支持22個物種;在0.008 859時,支持21個物種;在0.011 288時,支持20個物種;在0.014 384、0.018 330、0.023 357時,支持19個物種;在0.029 764、0.037 927時,支持16個物種;在0.048 329、0.061 585時,支持15個物種;在0.078 476、0.100 000時,支持13個物種.P值在0.014 384、0.018 330、0.023 357時,和鄰接法系統(tǒng)發(fā)育樹所評估的物種數量相同.

圖2 基于ABGD腺水螨屬部分物種分析結果

2.5 系統(tǒng)發(fā)育樹的構建

在MEGA 7.0軟件中以Sperchonopsis ecphyma和Sperchon rostratus作為外群[9],以NJ法構建系統(tǒng)發(fā)育樹,結果顯示(見圖3),除L.porosa聚集為3支外,其余不同的物種均能聚為單系,例如L.schechteli的12條序列、L.maculosa的7條序列、L.salebrosa的4條序列、L.reticulata的3條序列等均以100%的高支持率聚集為一支.

ABGD所劃分的物種與NJ所構建的系統(tǒng)發(fā)育樹稍有區(qū)別(圖3).ABGD除將L.porosa劃分為3個組外,還將L.schechteli劃分為2個組,其余劃分與形態(tài)結果一致.

圖3 NJ系統(tǒng)發(fā)育樹和ABGD劃分結果

3 討論

水螨亞股Hydrachnidiae是蜱螨亞綱中一類體型微小,形態(tài)構造復雜的類群.近年來,隨著分類人員隊伍的萎縮,水螨的形態(tài)鑒定面臨著更大的困難.DNA條形碼技術的出現,為解決這一困難提供可能.目前,水螨類群中的Brachypodopsis、Krendowskia、Koenikea、Hygrobates、Sperchon等已經開始使用DNA條形碼進行輔助鑒定,并取得較好的效果[10-13].然而,腺水螨屬的DNA條形碼研究未曾開展.本研究利用Genbank中下載的腺水螨93條COI基因序列進行DNA條形碼的分析,探討其在腺水螨類群中適用性.

Hebert對DNA條形碼研究后曾提出,動物種內遺傳差異2%的閾值和種間差異為種內差異10×的標準[3,14].本研究的16種腺水螨中,L.porosa和L.schechteli的種內遺傳距離大于2%,其余物種的種內遺傳距離均小于2%,僅L.porosa和L.schechteli不符合Hebert提出2%的閾值.除L.porosa和L.schechteli外,種間平均遺傳距離是種內平均遺傳距離的49倍,符合10×的標準.

為繼續(xù)驗證COI基因是否可以應用于腺水螨屬的DNA條形碼序列,本研究應用ABGD軟件進行物種劃分并構建系統(tǒng)發(fā)育樹.ABGD對物種的劃分結果顯示,可以形成明顯的條形碼間隙,并將L.porosa劃分為3個組,L.schechteli劃分為2個組.系統(tǒng)發(fā)育樹的結果顯示,除L.porosa分為3個分支外,其余的物種均能以100%的高支持率聚為單獨的一支.系統(tǒng)發(fā)育樹的劃分結果和ABGD對物種的劃分結果基本相同.

由遺傳距離、系統(tǒng)發(fā)育樹和ABGD的分析結果來看,本研究所使用的16種腺水螨,除L.porosa和L.schechteli,其余腺水螨均能夠使用COI基因片段作為DNA條形碼進行區(qū)分.Pe?i?等[10-11]通過分子序列的研究已經證實,在Hygrobates和Brachypodopsis等水螨物種中可能存在隱存種,本研究中的L.porosa和L.schechteli遺傳距離大于2%,在系統(tǒng)發(fā)育樹中分為不同的分支,ABGD劃分為不同的物種,這些均顯示L.porosa和L.schechteli中可能存在隱存種.如果要進一步確定隱存種,還需要更多的形態(tài)研究和分子數據分析.

DNA條形碼技術發(fā)展至今已經成為形態(tài)學鑒定的有效補充,本研究的結果也證明DNA條形碼可以用于腺水螨屬的物種鑒定.但本研究所涉及的物種數有限,是否能夠適用于所有的腺水螨,還需要后續(xù)深入的研究.同時,也要注意在進行DNA條形碼分析時不能完全脫離形態(tài)分類研究,兩者相輔相成,才能促進分類學的發(fā)展[15].

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