王雪倩,張慶珍,程鵬,董婷婷,李衛(wèi)國(guó),周喆,王升啟
中國(guó)漢族人群66個(gè)InDel基因座的遺傳多態(tài)性
王雪倩1,2,張慶珍2,程鵬2,董婷婷2,李衛(wèi)國(guó)1,周喆2,王升啟2
1. 河南師范大學(xué)生命科學(xué)學(xué)院,新鄉(xiāng) 453007 2. 軍事科學(xué)院軍事醫(yī)學(xué)研究院輻射醫(yī)學(xué)研究所,北京 100850
插入/缺失多態(tài)性(insertion/deletion polymorphism, InDel)遺傳標(biāo)記是一類(lèi)由DNA片段的插入或者缺失形成的變異形式,在降解檢材身份識(shí)別領(lǐng)域展現(xiàn)出優(yōu)勢(shì)。本文從dbSNP數(shù)據(jù)庫(kù)中自主篩選66個(gè)InDel基因座,基于高通量測(cè)序系統(tǒng)建立了一套多重復(fù)合擴(kuò)增體系(66-plex InDels)。通過(guò)評(píng)估66-plex InDels在251名中國(guó)漢族人群的群體遺傳學(xué)參數(shù),分析其法醫(yī)學(xué)應(yīng)用價(jià)值。研究結(jié)果表明:經(jīng)過(guò)Bonferroni法校正,66個(gè)InDel基因座在中國(guó)漢族人群中均符合Hardy-Weinberg平衡定律(>0.000 758),各基因座間處于連鎖平衡狀態(tài)。各基因座平均觀測(cè)雜合度(Ho)為0.482,平均期望雜合度(He)為0.483,平均個(gè)體識(shí)別力(DP)為0.612,平均多態(tài)性信息含量(PIC)為0.365,累計(jì)個(gè)體識(shí)別率(TDP)為0.999 999 999 999 999 999 999 999 999 428 18。66個(gè)InDel基因座的二聯(lián)體累計(jì)非父排除概率(CPEduo)為0.999 739,三聯(lián)體累計(jì)非父排除概率(CPEtrio)為0.999 999 999 417。結(jié)果表明:66個(gè)InDel基因座在中國(guó)漢族人群中具有良好的遺傳多態(tài)性,可獨(dú)立應(yīng)用于法醫(yī)個(gè)體識(shí)別和親權(quán)鑒定研究。
插入/缺失多態(tài)性;中國(guó)漢族人群;個(gè)體識(shí)別;親權(quán)鑒定
短串聯(lián)重復(fù)序列(short tandem repeat, STR)因靈敏度高、鑒別能力強(qiáng)的特點(diǎn),已廣泛應(yīng)用于個(gè)體識(shí)別和親權(quán)鑒定領(lǐng)域[1]。但STR突變率相對(duì)較高,約為10–3,在親權(quán)鑒定中可能存在誤判[2];且片段較長(zhǎng)(100~500 bp),在降解檢材中檢測(cè)成功率較低。插入/缺失多態(tài)性(InDel)作為新型遺傳標(biāo)記,在人類(lèi)基因組中分布廣泛;突變率明顯低于STR,約為10–8;擴(kuò)增子較短(<200 bp),更適用于高度降解樣本的檢測(cè);其二態(tài)結(jié)構(gòu)更易于分型和檢測(cè)[3~5]。
目前已有一些研究針對(duì)不同國(guó)家、不同群體設(shè)計(jì)了InDel遺傳標(biāo)記多重?cái)U(kuò)增體系,通過(guò)評(píng)估基因座的群體遺傳學(xué)相關(guān)參數(shù),為個(gè)體識(shí)別和親權(quán)鑒定提供了基礎(chǔ)數(shù)據(jù)。國(guó)內(nèi)外應(yīng)用比較廣泛的InDel商品化分型試劑盒包括Investigator?DIPplex試劑盒(德國(guó)Qiagen公司)和AGCU InDel 50試劑盒(無(wú)錫中德美聯(lián)生物技術(shù)有限公司)。Investigator?DIPplex試劑盒以德國(guó)人群基因頻率作為主要篩選依據(jù),對(duì)中國(guó)人群的鑒定效力較低[6]。30個(gè)InDel在北京漢族群體中累積個(gè)體識(shí)別率(total discrimination power, TDP)為0.999 999 999 985[7],在貴州仡佬族和苗族人群中的TDP分別為0.999 999 999 34和0.999 999 996 86[8],但在西班牙人群中TDP高達(dá)0.999 999 999 999[9]。AGCU InDel 50試劑盒是我國(guó)研制的商品化分型試劑盒,包含47個(gè)常染色體InDel基因座,2個(gè)Y染色體InDel基因座和1個(gè)性別鑒定基因座(Amelogenin)[10]。47個(gè)常染色體InDel基因座在漢族人群中的累積個(gè)體識(shí)別率(TDP)和累計(jì)非父排除概率(cumulative probability of exclusion, CPE)分別為0.999 999 999 999 999和0.9997[11]。雖然47個(gè)常染色體InDel基因座鑒定效力大于常規(guī)STR體系的TDP[12](0.999 999 999 98),能夠滿足個(gè)體識(shí)別需求,但CPEtrio<0.9999[13],親權(quán)鑒定效力較低,有待進(jìn)一步提高。
聯(lián)合檢測(cè)更多的InDel基因座可以提高體系的鑒定效力,獨(dú)立完成個(gè)體識(shí)別和親權(quán)鑒定研究。本文從dbSNP數(shù)據(jù)庫(kù)中自主篩選66個(gè)常染色體InDel基因座和一個(gè)Amelogenin性別基因座,基于高通量測(cè)序系統(tǒng)自主構(gòu)建了一個(gè)66 InDel + Amel的多重復(fù)合擴(kuò)增體系(66-plex InDels)。通過(guò)251個(gè)中國(guó)漢族無(wú)關(guān)個(gè)體樣本的DNA分型檢測(cè)結(jié)果,分析66個(gè)InDel在中國(guó)漢族人群中的群體遺傳學(xué)參數(shù)進(jìn)行分析,為個(gè)體識(shí)別和親權(quán)鑒定提供基礎(chǔ)數(shù)據(jù)。
本研究基于以人類(lèi)GRCh37.hg19作為參考基因組的dbSNP數(shù)據(jù)庫(kù)(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/snp/)數(shù)據(jù)集,采用VCFtools[14]和plink軟件[15]篩選出在東亞人群中有較高鑒定效力的InDel基因座。具體篩選標(biāo)準(zhǔn)如下:(1)位于常染色體內(nèi)含子區(qū)域,全局次要等位基因頻率(global minor allele frequency, GMAF)在0.4~0.5之間的二元多態(tài)性插入/缺失序列,得到17,374個(gè)基因座;(2)滿足哈德溫伯格平衡(Hardy-Weinberg equilibrium, HWE)定律,HWE>0.05,雜合度>0.4,得到1263個(gè)基因座;(3)符合連鎖平衡檢驗(yàn)(LE),2<0.01,得到987個(gè)基因座;(4)不同群體間(東亞、南亞、歐洲、美洲、非洲)群體分化指數(shù)()<0.06,得到549個(gè)基因座;(5)InDel基因座片段長(zhǎng)度>1 bp,得到172個(gè)基因座;(6)同一染色體上,InDel基因座之間物理距離≥10 MB,得到93個(gè)基因座。將上述篩選標(biāo)準(zhǔn)得到的93個(gè)基因座采用Primer Premier 5.0和MFEprimer軟件[16]進(jìn)行多重引物設(shè)計(jì),考慮到引物特異性、引物長(zhǎng)度、退火溫度和引物結(jié)構(gòu)設(shè)計(jì)等因素,以確保每對(duì)引物能夠均衡地?cái)U(kuò)增,最終確定66個(gè)InDel基因座用于復(fù)合擴(kuò)增。66個(gè)InDel基因座未見(jiàn)與醫(yī)療敏感信息相關(guān)的文獻(xiàn)報(bào)道。
根據(jù)知情同意原則,采集100名中國(guó)漢族無(wú)關(guān)個(gè)體外周血樣和151名中國(guó)漢族無(wú)關(guān)個(gè)體外周血液制成的FTA血卡,包括河南漢族40例、北京漢族28例、內(nèi)蒙漢族21例、山東漢族21例、云南漢族20例、廣東漢族20例、重慶漢族19例、山西漢族18例、江西漢族18例、湖南漢族16例、浙江漢族16例、安徽漢族14例。外周血樣均采用QIAamp?DNA Investigator試劑盒(德國(guó)Qiagen公司)提取DNA。采用Qubit 3.0熒光定量?jī)x(美國(guó)Thermo Fisher公司)進(jìn)行DNA定量,–20℃保存?zhèn)溆谩?51名無(wú)關(guān)個(gè)體外周血液制成FTA血卡后,通風(fēng)干燥處保存?zhèn)溆?。本研究已通過(guò)軍事醫(yī)學(xué)科學(xué)院軍事醫(yī)學(xué)研究院倫理委員會(huì)批準(zhǔn)(No. AF/SC-08/02.101)。
采用MultiSeq?Custom Panel (IGMU258V1)(嘉興艾吉泰康生物科技有限公司)進(jìn)行PCR多重復(fù)合擴(kuò)增(具體引物信息見(jiàn)附表1),總擴(kuò)增體系為30 μL,其中Enhancer buffer NB (1N) 3.5 μL,Enhance buffer M 2.5 μL,Primer 5 μL,IGT-EM808 polymerase mixture 10 μL,模板DNA 5 μL (1 ng/μL)或直徑1 mm的FTA血卡樣本DNA,去離子水補(bǔ)至30 μL。實(shí)驗(yàn)過(guò)程中,采用DNA女性標(biāo)準(zhǔn)品9947A和DNA男性標(biāo)準(zhǔn)品9948作為陽(yáng)性對(duì)照,去離子水作為陰性對(duì)照。使用ProFlex?PCR擴(kuò)增儀(美國(guó)Applied Biosystems公司)進(jìn)行擴(kuò)增,PCR擴(kuò)增條件:95℃ 3 min 30 s;98℃20 s,60℃ 4 min,18個(gè)循環(huán);最后72℃ 10 min,4℃保存。
PCR產(chǎn)物通過(guò)AMPure XP磁珠(美國(guó)Beckman Coulter公司)純化,加入PCR產(chǎn)物13.5 μL,Index-i5 1 μL,Index-i7 1 μL,Enhance buffer M 2.5 μL,去離子水2 μL。通過(guò)ProFlex?PCR擴(kuò)增儀(美國(guó)Applied Biosystems公司)進(jìn)行擴(kuò)增,PCR擴(kuò)增條件:95℃ 3 min 30 s;98℃ 20 s,58℃ 1 min,72℃ 30 s,9個(gè)循環(huán);最后72℃ 5 min,4℃保存。
樣本文庫(kù)使用Agilent 2100生物分析儀(美國(guó)Agilent公司)和7500實(shí)時(shí)熒光定量PCR (美國(guó)Thermo Fisher公司)進(jìn)行質(zhì)控和定量,隨后制備10 pM DNA混合文庫(kù),采用MiSeq v2試劑盒(2×150循環(huán)) (美國(guó)Illumina公司)在MiSeq高通量測(cè)序儀(美國(guó)Illumina公司)進(jìn)行高通量測(cè)序。采用CLC Genomics Workbench 20.0(德國(guó)Qiagen公司)對(duì)66個(gè)InDel基因座和Amel性別基因座進(jìn)行分型分析。首先通過(guò)QC for sequencing Reads和Trim Reads功能對(duì)fastq序列進(jìn)行質(zhì)控,包括原始數(shù)據(jù)的質(zhì)量評(píng)估及data trimming (去除原始測(cè)序reads中質(zhì)量分?jǐn)?shù)<30的低質(zhì)量reads和接頭序列)。根據(jù)擴(kuò)增區(qū)域配置的bed文件,導(dǎo)入“Structural Variant Caller”模塊;根據(jù)InDel位置及變異信息配置vcf文件,導(dǎo)入“Identify Known Mutations from mappings”模塊。根據(jù)公安部發(fā)布的公共安全行業(yè)標(biāo)準(zhǔn)GA/T 1693- 2020《法庭科學(xué)DNA二代測(cè)序檢測(cè)規(guī)范》,將“Identify Known Mutations from mappings”參數(shù)Minimum cov-erage設(shè)置為100、Detection frequency為軟件默認(rèn)值20%。由此得到每個(gè)基因座的分型結(jié)果。
采用GenAIEx 6.5[17]軟件計(jì)算66個(gè)InDel基因座的等位基因頻率(allele frequency, AF)、觀測(cè)雜合度(observed heterozygosity, Ho)、期望雜合度(expe-cted heterozygosity, He),對(duì)各基因座進(jìn)行Hardy- Weinberg平衡和基因座間的連鎖不平衡檢驗(yàn),并計(jì)算典型父權(quán)指數(shù)(typical paternity index, TPI)。采用Modifie-PowerStates軟件包[18]計(jì)算個(gè)體識(shí)別率(dis-crimination power, DP)、累計(jì)個(gè)體識(shí)別率(TDP)、多態(tài)性信息含量(polymorphism information content, PIC)。采用Cervus 3.0軟件(http://www.fieldgenetics. com/pages/download.jsp)計(jì)算二聯(lián)體累計(jì)非父排除概率(cumulative power of exclusion in duos, CPEduo)和三聯(lián)體累計(jì)非父排除概率(cumulative power of exclusion in trios, CPEtrio)。
IGMU試劑盒對(duì)251份中國(guó)漢族無(wú)關(guān)個(gè)體的樣本均可進(jìn)行有效擴(kuò)增,經(jīng)CLC Genomics Workbench 20.0軟件分析,所有樣本質(zhì)量分?jǐn)?shù)Q30均大于95%,擴(kuò)增子平均測(cè)序深度為1550X±1200,其多重PCR產(chǎn)物片段主要分布范圍在150~180 bp,Agilent 2100生物分析儀質(zhì)控?zé)o非特異性擴(kuò)增。具體InDel基因座遺傳信息及陽(yáng)性標(biāo)準(zhǔn)品(9947A、9948)分型見(jiàn)表1。251個(gè)中國(guó)漢族人群的基因型信息見(jiàn)附表2。
表1 66個(gè)InDel基因座遺傳信息及陽(yáng)性標(biāo)準(zhǔn)品分型
1) rs#為InDel基因座在dbSNP數(shù)據(jù)庫(kù)的ID號(hào);2) InDel基因座在人類(lèi)基因組數(shù)據(jù)庫(kù)(GRCh37.p19)染色體上的物理位置;3)參考基因(Ref)在本體系中命名為1,突變基因(Alt)在本體系中命名為2。
對(duì)66個(gè)基因座進(jìn)行Hardy-Weinberg平衡檢驗(yàn),除rs146109101、rs3061475、rs2307807三個(gè)基因座外,其他63個(gè)基因座基因型分布均符合Hardy- Weinberg平衡(>0.05),具體值見(jiàn)表2。經(jīng)Bon-ferroni法矯正,將值設(shè)為0.000 758 (0.05/66),66個(gè)InDel基因座值均大于0.000 758,符合Hardy- Weinberg平衡。將66個(gè)基因座兩兩組合進(jìn)行連鎖不平衡檢驗(yàn),共產(chǎn)生2145 (2145 = [×(–1)]/2,為研究基因座的數(shù)目[4])個(gè)組合,具體基因座間連鎖不平衡值見(jiàn)附表3。經(jīng)Bonferroni矯正,=0.000 023 3 (0.05/2145),66個(gè)基因座均未發(fā)現(xiàn)配對(duì)連鎖現(xiàn)象。因此,可以進(jìn)行TDP、CPEduo、CPEtrio的計(jì)算。
經(jīng)GenAIEx 6.5軟件統(tǒng)計(jì)分析,除rs79444593基因座的次要等位基因頻率(minor allele frequency, MAF)低于0.1之外,其余65個(gè)InDel基因座的次要等位基因頻率分布在0.28~0.5之間,平均值為0.436,表明其在中國(guó)漢族人群中等位基因頻率分布比較均衡,66個(gè)InDel基因座等位基因頻率分布見(jiàn)圖1。經(jīng)統(tǒng)計(jì)發(fā)現(xiàn),Ho、He、DP、PIC、TPI最小值均在rs79444593基因座出現(xiàn)。除rs79444593外,其余65個(gè)基因座觀測(cè)雜合度(Ho)為0.390~0.562,期望雜合度(He)為0.409~0.500,兩者比較相差較小;個(gè)體識(shí)別率(DP)為0.562~0.653,DP越高,代表該遺傳標(biāo)記在識(shí)別不同個(gè)體方面的效能越強(qiáng);多態(tài)性信息含量(PIC)為0.325~0.375,PIC越高,遺傳標(biāo)記的信息量越多;累計(jì)父權(quán)指數(shù)(TPI)為0.820~1.141。累計(jì)個(gè)體識(shí)別概率(TDP)為0.999 999 999 999 999 999 999 999 999 428 18。具體基因座參數(shù)見(jiàn)表2。除rs79444593基因座外,其他基因座在中國(guó)漢族人群中的多態(tài)性較高,66-plex InDels適用于中國(guó)漢族人群的個(gè)體識(shí)別研究。
圖1 66個(gè)InDel基因座等位基因頻率分布
表2 66個(gè)InDel基因座法醫(yī)遺傳學(xué)參數(shù)(n=251)
續(xù)表
續(xù)表
Investigator?DIPplex試劑盒和AGCU InDel 50試劑盒作為常用的商品化InDel 分型體系,在個(gè)體識(shí)別和親權(quán)鑒定領(lǐng)域應(yīng)用比較廣泛。將66-plex InDels與Investigator?DIPplex、AGCU InDel 50以及常用STR商品化試劑盒(DNA Typer 21?)的鑒定效力進(jìn)行比較。Investigator?DIPplex、AGCU InDel 50、DNA Typer 21?在中國(guó)漢族人群的累計(jì)個(gè)體識(shí)別效率(TDP)分別為0.999 999 973 69[19]、0.999 999 999 999 999 999 8[2]和0.999 999 999 999 999 999 999 998 85[20]。AGCU InDel 50體系的累計(jì)個(gè)體識(shí)別率高于常用STR體系TDP (0.999 999 999 98[12]),表明該體系可以單獨(dú)應(yīng)用于個(gè)體識(shí)別研究。本研究66-plex InDels的累計(jì)個(gè)體識(shí)別率(TDP)為0.999 999 999 999 999 999 999 999 999 428 18,遠(yuǎn)高于Investigator?DIPplex、AGCU InDel 50及DNA Typer 21?試劑盒,表明66-plex InDels識(shí)別不同個(gè)體的效力更強(qiáng)。
對(duì)于親權(quán)鑒定的案件分析,采用Investigator?DIPplex 體系,中國(guó)江蘇漢族的二聯(lián)體累計(jì)非父排除概率(CPEduo)為0.998 933 978,三聯(lián)體累計(jì)非父排除概率(CPEtrio)為0.997 806 392[6]。AGCU InDel 50試劑盒在廣州漢族中三聯(lián)體累計(jì)非父排除概率(CPEtrio)為0.999 732 16[2]。兩個(gè)商品化試劑盒三聯(lián)體累計(jì)非父排除概率(CPEtrio)均小于0.9999[21],對(duì)于二聯(lián)體案件鑒定效力更低,不能單獨(dú)適用于親權(quán)鑒定案件。如表3所示,66-plex InDels二聯(lián)體非父排除概率(PEduo)為0.016~0.125,三聯(lián)體非父排除概率(PEtrio)為0.142~ 0.281,在進(jìn)行親權(quán)鑒定分析時(shí),基因座非父排除概率越高,排除非親生父親的效能越高。經(jīng)Cervus軟件分析,251個(gè)無(wú)關(guān)個(gè)體樣本在66-plex InDels中的CPEduo為0.999 739,CPEtrio為0.999 999 999 417。66-plex InDels的CPEtrio比20個(gè)STR基因座(CPEtrio= 0.999 999 996[20])鑒定效力更強(qiáng),表明66-plex InDels可單獨(dú)應(yīng)用于三聯(lián)體親權(quán)鑒定案件的分析,但對(duì)于二聯(lián)體案件系統(tǒng)效能未達(dá)到法醫(yī)親權(quán)鑒定的要求,需要其他商品化試劑盒聯(lián)合使用。四個(gè)體系在中國(guó)漢族人群中鑒定效能對(duì)比見(jiàn)表4。
STR是目前法醫(yī)物證學(xué)身份鑒定領(lǐng)域最常用的多態(tài)性遺傳標(biāo)記,其復(fù)合擴(kuò)增體系的檢測(cè)長(zhǎng)度一般分布在100~500 bp之間,不適合檢測(cè)高度降解和低拷貝的樣本[22]。InDel作為二等位基因遺傳標(biāo)記,遺傳標(biāo)記擴(kuò)增片段均小于200 bp,適合降解檢材的分型[23]。本研究自主構(gòu)建基于Illumina測(cè)序平臺(tái)的多重復(fù)合擴(kuò)增體系(66-plex InDels),包含66個(gè)常染色體InDel基因座和一個(gè)Amel性別基因座。
表3 66個(gè)InDel基因座二聯(lián)體非父排除概率及三聯(lián)體非父排除概率(n=251)
表4 不同體系鑒定效能比較
通過(guò)對(duì)中國(guó)漢族251個(gè)無(wú)關(guān)個(gè)體進(jìn)行遺傳多態(tài)性調(diào)查,評(píng)估66-plex InDels體系的遺傳學(xué)參數(shù)。結(jié)果表明,66個(gè)InDel基因座分布在18條染色體上,在中國(guó)漢族人群中,其平均次要等位基因頻率為0.431;平均觀測(cè)雜合度為0.482;平均期望雜合度為0.483;平均匹配概率為0.388;平均個(gè)體識(shí)別率為0.612;平均多態(tài)性信息含量為0.365;平均累計(jì)父權(quán)指數(shù)為0.974。所有基因座經(jīng)過(guò)Bonferroni校正后,均符合Hardy-Weinberg平衡定律(>0.000 758)且兩兩之間不存在連鎖不平衡現(xiàn)象(>0.000 023 3)。其中,rs79444593基因座在國(guó)際千人基因組計(jì)劃東亞人群中的MAF為0.4385,但該基因座在本研究中國(guó)漢族人群中MAF為0.0976,表明該位點(diǎn)在中國(guó)漢族人群中遺傳多態(tài)性較低、鑒定效力較差??紤]到隨機(jī)抽樣也可能導(dǎo)致誤差,在后續(xù)的實(shí)驗(yàn)中,可以通過(guò)增加樣本量來(lái)盡量消除隨機(jī)抽樣誤差。
前期研究表明約60個(gè)InDel基因座的個(gè)體識(shí)別鑒定效力可以等同于目前法醫(yī)鑒定中常用的商品化STR試劑盒(如Sinofiler試劑盒包含15個(gè)STR基因座)[24]。DP是法醫(yī)個(gè)體識(shí)別鑒定的重要指標(biāo),表示兩個(gè)隨機(jī)個(gè)體表型不同的概率。DP越大,代表個(gè)體識(shí)別效力越強(qiáng)。對(duì)66-plex InDels進(jìn)行統(tǒng)計(jì)分析,其累計(jì)個(gè)體識(shí)別概率(TDP)為0.999 999 999 999 999 999 999 999 999 428 18,累計(jì)非父排除概率(CPE)為0.999 999 999 417。TDP高于DNA Typer 21?試劑盒中20個(gè)常染色體STR鑒定效力,同時(shí)CPE> 0.9999,因此,66-plex InDels可以單獨(dú)應(yīng)用于個(gè)體識(shí)別和親權(quán)鑒定,也可以作為已有商品化試劑盒的補(bǔ)充基因座,進(jìn)行復(fù)雜親緣關(guān)系鑒定。
本研究不足之處在于個(gè)別基因座(rs79444593)在中國(guó)漢族人群中遺傳多態(tài)性較差,后續(xù)多重復(fù)合擴(kuò)增體系的優(yōu)化中,可以將該位點(diǎn)進(jìn)行替換,也可增加更多InDel基因座來(lái)提高66-plex InDels的系統(tǒng)效能。同時(shí),后續(xù)研究可以分析中國(guó)人群其他種族的遺傳多態(tài)性,評(píng)價(jià)66-plex InDels在中國(guó)不同群體中的法醫(yī)學(xué)應(yīng)用價(jià)值,進(jìn)行群體間的遺傳學(xué)參數(shù)的均衡性研究,探索66-plex InDels在中國(guó)人群中的普適性。
本研究獲得了66個(gè)常染色體InDel基因座多重復(fù)合擴(kuò)增體系,通過(guò)對(duì)66-plex InDels在中國(guó)漢族人群中的法醫(yī)群體遺傳學(xué)分析,為InDel基因座在中國(guó)人群中的個(gè)體識(shí)別和親權(quán)鑒定研究提供了遺傳背景數(shù)據(jù)。
附錄:
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Genetic polymorphisms of 66 InDel loci in the Chinese Han population
Xueqian Wang1,2, Qingzhen Zhang2, Peng Cheng2, Tingting Dong2, Weiguo Li1, Zhe Zhou2, Shengqi Wang2
Insertion/deletion polymorphism (InDel) genetic markers refer to insertion or deletion of DNA fragments into genomic DNA, which have advantages in the identification of degraded samples. In this study, we independently screened 66 highly polymorphic InDel markers from the dbSNP database to establish a multiplex PCR system for forensic DNA identification using next-generation sequencing system (66-plex InDels). We assessed the population genetic data among 251 Chinese Han population using this system and evaluated their potential forensic application. The results showed that all 66 InDel loci conformed to the Hardy-Weinberg equilibrium (>0.000 758), and all the pairwise InDel loci were in linkage equilibrium after Bonferroni correction. The mean observed heterozygosity (Ho) was 0.482, the mean expected heterozygosity (He) was 0.483,the mean discrimination power (DP) was 0.612, the mean polymorphism information content (PIC) was 0.365, the total discrimination power (TDP) reached 0.999 999 999 999 999 999 999 999 999 428 18. The cumulative power of exclusion for 66 InDel loci was 0.999 739 in duo cases (CPEduo) and was 0.999 999 999 417 in trios cases (CPEtrio). The results show that the 66 InDel loci have high genetic polymorphisms in the Chinese Han population and can be used independently for forensic DNA identification and paternity testing.
insertion/delationpolymorphism (InDel); Chinese Han population; DNA identification; paternity testing
2022-01-06;
2022-03-15;
2022-03-24
王雪倩,在讀碩士研究生,專(zhuān)業(yè)方向:分子生物學(xué)。E-mail: Wangxqer0122@163.com
李衛(wèi)國(guó),博士,教授,研究方向:分子生物學(xué)研究。E-mail: liwg0618@htu.edu.cn
周喆,博士,研究員,研究方向:分子生物學(xué)研究。E-mail: zhouzhe@bmi.ac.cn
王升啟,博士,研究員,研究方向:基因分析與生物分子識(shí)別研究。E-mail: sqwang@bmi.ac.cn
10.16288/j.yczz.22-006
(責(zé)任編委: 朱波峰)