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版納微型豬近交系精子發(fā)生相關(guān)基因PHF7的分子特征及轉(zhuǎn)錄調(diào)控研究

2022-05-11 06:42:00劉志朋代紅梅霍海龍李衛(wèi)真霍金龍
關(guān)鍵詞:精子發(fā)生泛素睪丸

劉志朋,代紅梅,楊 忠,張 霞,霍海龍,王 配,李衛(wèi)真,趙 筱,霍金龍*

(1.云南農(nóng)業(yè)大學(xué)動(dòng)物科學(xué)技術(shù)學(xué)院,昆明 650201;2.云南生物制藥有限公司,昆明 650503;3.呂梁學(xué)院生命科學(xué)系,山西 呂梁 033001;4.云南農(nóng)業(yè)職業(yè)技術(shù)學(xué)院,昆明 650212;5.云南農(nóng)業(yè)大學(xué)動(dòng)物醫(yī)學(xué)院,昆明 650201)

精子發(fā)生(spermatogenesis)是有性生殖雄性動(dòng)物的睪丸中,精原細(xì)胞經(jīng)過復(fù)雜的增殖、分化以及減數(shù)分裂最終形成成熟精子的過程,歷經(jīng)精原細(xì)胞、初級精母細(xì)胞、次級精母細(xì)胞、精子細(xì)胞和成熟精子等多個(gè)過程,并發(fā)生兩次減數(shù)分裂[1]。該過程高度復(fù)雜有序且受嚴(yán)密的細(xì)胞發(fā)育調(diào)控,包括內(nèi)在和外在的調(diào)節(jié)以及生殖細(xì)胞和支持細(xì)胞之間的相互作用[2]。精子發(fā)生過程中基因表達(dá)調(diào)控還受到內(nèi)分泌、旁分泌和自分泌信號(hào)的二次調(diào)節(jié),這些信號(hào)可通過周圍體細(xì)胞(包括支持細(xì)胞)間接傳遞[3]。在雄性生殖細(xì)胞發(fā)育過程中,組蛋白H2A和H2B泛素化[4-5]是精子發(fā)生過程中染色質(zhì)重塑的重要表觀遺傳標(biāo)記之一[1,6-8]。已發(fā)現(xiàn)E3泛素連接酶RNF8可在長形精子細(xì)胞中介導(dǎo)組蛋白H2A和H2B的泛素化[9],除RNF8外,也發(fā)現(xiàn)了其他E3泛素連接酶在精子發(fā)生過程中廣泛表達(dá)[10],表明E3泛素連接酶在雄性生殖細(xì)胞發(fā)育過程中發(fā)揮重要功能。

PHF7(PHD finger protein 7)在小鼠中是一種E3泛素連接酶,可以同時(shí)結(jié)合組蛋白H2A和H3,并在組蛋白-魚精蛋白交換之前通過結(jié)合H3K4me3/me2來特異性泛素化H2A[11],PHF7缺失會(huì)導(dǎo)致小鼠長形精子細(xì)胞中H2A泛素化異常,在精子形成后期阻礙組蛋白-魚精蛋白的交換,從而引起雄性不育[11]。在人類中,PHF7也被稱為睪丸發(fā)育NYD-SP6,包含兩個(gè)PHD鋅指結(jié)構(gòu)域,在精子發(fā)生阻滯患者睪丸中高表達(dá),在刺激睪丸發(fā)育或精子發(fā)生的轉(zhuǎn)錄中發(fā)揮重要作用[12]。PHF7在果蠅中具有與H3K4me3結(jié)合偏好性,能特異性結(jié)合組蛋白H3N末端尾部,并促進(jìn)果蠅種系中的雄性性別決定[13]。PHF7也能作為精子染色質(zhì)凝聚的關(guān)鍵因子調(diào)控減數(shù)分裂后精子細(xì)胞中組蛋白-精蛋白的交換過程,PHF7介導(dǎo)的組蛋白泛素化能夠減弱BRDT(一種組蛋白移除因子)的泛素化,從而減弱BRDT失調(diào)導(dǎo)致的組蛋白-精蛋白交換障礙,以促進(jìn)精子細(xì)胞染色質(zhì)凝結(jié)早期組蛋白的去除[14]。PHF7還是腫瘤形成的關(guān)鍵影響因子,在雌性果蠅生殖系干細(xì)胞中,PHF7的高表達(dá)會(huì)阻礙卵子發(fā)生,導(dǎo)致無配子或生殖細(xì)胞瘤表型[15],此外,在無Sxl(性連鎖致死)蛋白的前提下,PHF7的表達(dá)會(huì)通過細(xì)胞自主性機(jī)制(Jak/Stat信號(hào)通路)驅(qū)動(dòng)腫瘤形成[16]。

PHF7基因在人類[12]、小鼠[11]、大鼠和雞[17]的睪丸中大量表達(dá),并且與精子發(fā)生相關(guān)。在高度近交的公牛中也檢測到PHF7與精子發(fā)生過程相關(guān)[18]。版納微型豬近交系(BMI)是利用我國地方品種滇南小耳豬培育的豬近交系,已通過全同胞和親子交配的高度近交方式繁育41年,是生命科學(xué)領(lǐng)域良好的實(shí)驗(yàn)動(dòng)物模型和異種器官移植供體[19]。近交過程中出現(xiàn)的部分不育公豬導(dǎo)致一些家系發(fā)生了斷代現(xiàn)象,制約了群體數(shù)量的擴(kuò)大,故研究精子發(fā)生相關(guān)基因的表達(dá)調(diào)控作用對于BMI繼代繁育具有重要的科學(xué)意義。本研究以BMI睪丸為研究材料,進(jìn)行全轉(zhuǎn)錄組測序,獲得PHF7基因的表達(dá)水平,克隆該基因編碼區(qū)序列分析其分子特征,利用生物信息學(xué)對其進(jìn)行功能分析、注釋基因,并構(gòu)建其轉(zhuǎn)錄調(diào)控網(wǎng)絡(luò),為深入研究PHF7在BMI精子生成方面的功能奠定基礎(chǔ)。

1 材料和方法

1.1 實(shí)驗(yàn)動(dòng)物和試劑

本研究中實(shí)驗(yàn)動(dòng)物的使用嚴(yán)格按照中華人民共和國科學(xué)技術(shù)部頒布的《實(shí)驗(yàn)動(dòng)物管理?xiàng)l例》執(zhí)行(批準(zhǔn)文號(hào):2006-398),且經(jīng)云南農(nóng)業(yè)大學(xué)動(dòng)物保護(hù)委員會(huì)批準(zhǔn)。屠宰12月齡版納微型豬近交系公豬4頭,立即取睪丸組織放入液氮,后轉(zhuǎn)入-80℃冰箱保存,供后續(xù)試驗(yàn)。試驗(yàn)所需RNAiso Plus、PrimeScriptTMⅡ1st Strand cDNA Synthesis Kit、Premix TaqTM等均購自大連TaKaRa公司。

1.2 轉(zhuǎn)錄組測序及PHF7基因表達(dá)量分析

提取睪丸組織RNA,反轉(zhuǎn)錄為cDNA,采用RNA-seq Illumina Hiseq 4000平臺(tái)進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組測序(由北京諾禾致源科技有限公司完成),利用fastp軟件[20]對測序獲得的原始數(shù)據(jù)進(jìn)行質(zhì)控并過濾低質(zhì)量數(shù)據(jù),包括去除接頭序列、含N比例大于10%的序列、全是A堿基的序列以及低質(zhì)量序列。使用bowtie2(v.2.1.0)軟件[21]將過濾好的數(shù)據(jù)與NCBI豬核糖體參考序列數(shù)據(jù)進(jìn)行比對,并去除比對上的序列。從Ensembl網(wǎng)站下載豬參考基因組(Sus_scrofa.Sscrofa11.1.dna.toplevel.fa)和注釋文件(Sus_scrofa.Sscrofa11.1.102.gtf),使用STAR(v.2.5.2a)軟件[22]構(gòu)建參考基因組索引,并將已去除核糖體序列的數(shù)據(jù)與豬參考基因組比對。用featureCounts(v.2.0.1)軟件[23]和 Salmon(v.1.5.1)軟件[24]分別計(jì)算樣本中PHF7基因的原始表達(dá)量和TPM值校正表達(dá)量。

1.3 基因擴(kuò)增及序列測定

根據(jù)PHF7基因轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)釣取到Ensembl數(shù)據(jù)庫對應(yīng)的豬PHF7轉(zhuǎn)錄本ENSSSCT 00000012519.4,利用該轉(zhuǎn)錄本序列設(shè)計(jì)特異引物(F:CGTCTCTCATCACACGCTTT;R:CTGTTCTGTC CTACGTCCC),以BMI睪丸cDNA為模板擴(kuò)增PHF7基因全長編碼區(qū)。反應(yīng)體系25 μL:Premix TaqTM12.5 μL,10 μmol/L PHF7上下游引物各1 μL,25 ng/μL cDNA 1 μL,H2O 9.5 μL;擴(kuò)增程序:95 ℃ 5 min;95 ℃ 30 s,55 ℃ 45 s,72 ℃ 80 s,35個(gè)循環(huán);72 ℃10 min。擴(kuò)增產(chǎn)物送昆明擎科生物公司測序。

1.4 PHF7功能分析

利用Lasergene7.1校對測序的BMI PHF7序列;使用NCBI的ORFfinder查找分析PHF7的開放閱讀框;用ProtParam程序預(yù)測PHF7蛋白質(zhì)的分子量、分子式、等電點(diǎn)、正負(fù)電荷殘基數(shù);使用SOPMA、ProtScale和Prosite分別預(yù)測PHF7蛋白質(zhì)的二級結(jié)構(gòu)、疏水結(jié)構(gòu)和功能位點(diǎn);通過TMHMM 2.0和SignalP 5.0工具分別預(yù)測PHF7蛋白的跨膜結(jié)構(gòu)和信號(hào)肽;使用MEGA-X軟件構(gòu)建PHF7蛋白的系統(tǒng)發(fā)育樹;用Weblogo工具對結(jié)構(gòu)域區(qū)的氨基酸序列進(jìn)行保守性分析,用String 11.5進(jìn)行蛋白互作網(wǎng)絡(luò)分析。

1.5 PHF7的功能注釋和潛在miRNA和lncRNA分析

利用Uniprot進(jìn)行GO(gene ontology)功能注釋;利用已獲得的豬RNA-seq數(shù)據(jù)進(jìn)行微小RNA(micro RNA,miRNA)和長鏈非編碼RNA(long noncoding RNA,lncRNA)表達(dá)分析;使用miRanda 3.3和RNAhybrid 2.1.2軟件對潛在的調(diào)控PHF7的miRNA和lncRNA進(jìn)行分析;并用Cytoscape 3.8.2繪制可視化相互作用網(wǎng)絡(luò)圖。

2 結(jié)果與分析

2.1 PHF7基因表達(dá)及特征信息

轉(zhuǎn)錄組鑒定的PHF7基因在BMI睪丸中的原始平均表達(dá)量為27 285.25,矯正平均表達(dá)量(TPM)為356.79,其轉(zhuǎn)錄本對應(yīng)Ensemble數(shù)據(jù)庫中的ENSSSCT00000012519.4。 PHF7 定 位 于 豬(Sscrofa11.1)13號(hào)常染色體,全長11 830 bp,依據(jù)Ensembl網(wǎng)站分析發(fā)現(xiàn)共有11個(gè)外顯子和10個(gè)內(nèi)含子(圖1A)。利用PHF7引物擴(kuò)增PHF7基因的完整編碼區(qū)(CDS)及部分非編碼區(qū)(UTR),獲得1 500 bp長的產(chǎn)物(圖1B),編碼384個(gè)氨基酸(圖1C),對該產(chǎn)物測序結(jié)果進(jìn)行開放閱讀框(ORF,open reading frame)分析發(fā)現(xiàn),存在8個(gè)ORF,其中全長開放閱讀框ORF1(即完整CDS區(qū))1 155 bp為正確的編碼ORF(圖1D),含有兩個(gè)保守結(jié)構(gòu)域,分別為ePHD_PHF7_G2E3_like和PHD_PHF7_G2E3_like(圖1C,圖1E)。

圖1 PHF7基因結(jié)構(gòu)Figure 1 Gene structure of PHF7

2.2 PHF7蛋白質(zhì)序列及結(jié)構(gòu)分析

豬PHF7蛋白質(zhì)分子量43.96 kD,分子式C1889H2978N578O564S36,等電點(diǎn) 9.02,負(fù)電荷殘基為 45,正電荷殘基為66。PHF7蛋白質(zhì)384個(gè)氨基酸的二級結(jié)構(gòu)中無規(guī)則卷曲占比最大,包含230個(gè)氨基酸;α螺旋次之,包含90個(gè)氨基酸;延伸鏈51個(gè)氨基酸;β轉(zhuǎn)角最少,有13個(gè)氨基酸。蛋白質(zhì)的第60、61和62位氨基酸具有最大疏水值1.811,第9位氨基酸處具有最小疏水值-3.944,N端和C端均疏水(圖2A)。含有酶磷酸化、酰胺化等活性位點(diǎn)(圖2B)。不含信號(hào)肽和跨膜結(jié)構(gòu)。

圖2 PHF7蛋白氨基酸疏水性(A)和磷酸化位點(diǎn)(B)Figure 2 Hydrophobicity(A)and phosphorylation site(B)of PHF7 amino acids

2.3 PHF7多物種氨基酸序列同源性

9個(gè)哺乳動(dòng)物PHF7氨基酸序列比較發(fā)現(xiàn),BMI豬PHF7與野生雙峰駝Wild Bactrian camel(XP_006180052.1)、羊駝 Alpaca(XP_031542326.1)和灰熊 Grizzly bear(XP_026356764.1)的序列相似度最高,均大于90%;與食蟹猴Crab-eating macaque(XP_005547399.1)、黑 猩 猩 Chimpanzee(NP_001233471.1)、人 Human(NP_001308055.1)、牛Cattle(XP_002697069.2)和 山 羊 Goat(XP_005695935.1)相似度次之,均大于85%(圖3A)。9種哺乳動(dòng)物PHF7氨基酸序列系統(tǒng)進(jìn)化分析發(fā)現(xiàn),豬與雙峰駝和羊駝聚為一支,提示在進(jìn)化上豬與雙峰駝和羊駝?dòng)H緣關(guān)系較近(圖3B)。結(jié)構(gòu)域比對分析發(fā)現(xiàn),豬PHF7氨基酸靠近N端34-145位點(diǎn)處的ePHD(extended plant homeodomain)和248-301處的PHD(plant homeodomain)在不同物種間的氨基酸差異位點(diǎn)個(gè)數(shù)分別為17和14(圖1E、圖3C和圖3D),表明這兩個(gè)結(jié)構(gòu)域在哺乳動(dòng)物間有較高的保守性。

圖3 不同哺乳動(dòng)物PHF7氨基酸序列分析Figure 3 Amino acid sequences analysis of PHF7 from different mammals

2.4 PHF7蛋白互作網(wǎng)絡(luò)

蛋白互作網(wǎng)絡(luò)(PPI)分析顯示BMI PHF7與10個(gè)蛋白可能存在相互作用,包括Set1/Ash2組蛋白甲基轉(zhuǎn)移酶復(fù)合物亞基(ASH2L)、成視網(wǎng)膜細(xì)胞瘤結(jié)合蛋白5(RBBP5)、賴氨酸特異性去甲基化酶7A(KDM7A)、生精亮氨酸拉鏈蛋白1(SPZ1)、T復(fù)合物11(TCP11)、泛素羧基末端水解酶7(USP7)、胚胎外胚層發(fā)育蛋白(EED,多梳抑制復(fù)合體2亞基)、多梳抑制復(fù)合體2亞基(SUZ12)、激活轉(zhuǎn)錄因子7相互作用蛋白(ATF7IP)、F-Box和富含亮氨酸重復(fù)蛋白19(FBXL19),其中PHF7與EED和SUZ12蛋白間有最強(qiáng)的相互作用(圖4)。

圖4 豬PHF7蛋白互作網(wǎng)絡(luò)Figure 4 Interaction network of pig PHF7 protein

2.5 豬PHF7功能注釋及潛在ceRNA調(diào)控網(wǎng)絡(luò)

對豬PHF7的功能注釋發(fā)現(xiàn),在細(xì)胞組分(cellular component)方面,其主要定位于細(xì)胞核、核質(zhì)、細(xì)胞質(zhì)基質(zhì)、質(zhì)膜、核小斑(一個(gè)離散的核外亞核結(jié)構(gòu)域)、高爾基體。在分子功能(molecular function)方面,主要涉及與金屬離子結(jié)合方面的功能(圖5)。ceRNA網(wǎng)絡(luò)分析發(fā)現(xiàn):豬PHF7主要受到8個(gè)miRNA的靶向調(diào)控(表1,圖5)。并且有10個(gè)lncRNAs可與PHF7競爭性結(jié)合ssc-miR-149,5個(gè)lncRNAs可與PHF7競爭性結(jié)合ssc-miR-769-3p,4個(gè)lncRNAs可與PHF7競爭性結(jié)合ssc-miR-324,3個(gè)lncRNAs可與PHF7競爭性結(jié)合ssc-miR-296-3p,分別有1個(gè)lncRNA與PHF7競爭性結(jié)合sscmiR-133b和ssc-miR-7142-3p(表1,圖5)。

圖5 PHF7的功能注釋及潛在的ceRNA調(diào)控網(wǎng)絡(luò)Figure 5 The functional annotation BMI PHF7 and potential ceRNA regulatory network

表1 PHF7基因ceRNA調(diào)控信息Table 1 ceRNA regulate PHF7 gene

3 討論

本研究通過擴(kuò)增BMI睪丸cDNA獲得了PHF7基因序列1 500 bp(圖1B),包括編碼序列1 155 bp,編碼384個(gè)氨基酸(圖1C、1E),序列已提交GenBank,獲得的基因登錄號(hào)為OK042304。豬PHF7蛋白包含一個(gè)典型的PHD鋅指結(jié)構(gòu)域和一個(gè)非典型的擴(kuò)展PHD鋅指結(jié)構(gòu)域(圖1C、1E),兩者都參與轉(zhuǎn)錄激活調(diào)控。PHD和ePHD組成RING樣泛素連接酶域,該酶域在細(xì)胞周期調(diào)節(jié)和細(xì)胞對DNA損傷應(yīng)答的反應(yīng)中發(fā)揮作用[25],還在預(yù)防早期胚胎發(fā)生中的細(xì)胞凋亡中起重要的作用[25],含有該結(jié)構(gòu)域的蛋白還是DNA損傷響應(yīng)定位的核質(zhì)穿梭蛋白[26],具有“讀碼器”功能,能將染色質(zhì)重塑與基因轉(zhuǎn)錄的變化聯(lián)系起來[27],這些含有PHD結(jié)構(gòu)域的蛋白質(zhì)[28-31](如組蛋白修飾劑、轉(zhuǎn)錄因子和DNA修飾酶)的發(fā)現(xiàn)可為基因的靶向治療提供思路,依賴于PHD結(jié)構(gòu)域?qū)M蛋白密碼的識(shí)別,可將外源性的PHD結(jié)構(gòu)域蛋白導(dǎo)入人體,從而靶向特定基因的轉(zhuǎn)錄激活和抑制。

有研究發(fā)現(xiàn),脊椎動(dòng)物PHF7基因不是從共同的PHF7祖先進(jìn)化而來,而是通過來自祖先G2E3的獨(dú)立復(fù)制事件進(jìn)化而來[17]。在人類中發(fā)現(xiàn)的PHF7同源基因(其蛋白包含兩個(gè)PHD結(jié)構(gòu)域),可以挽救在雄性果蠅PHF7突變體中出現(xiàn)的生殖缺陷,表明該蛋白在調(diào)節(jié)雄性生殖系發(fā)育過程中的功能是保守的[17]。氨基酸序列比對發(fā)現(xiàn),BMIPHF7編碼區(qū)對應(yīng)的氨基酸序列與其他哺乳動(dòng)物的相似度在85%以上,與雙峰駝和羊駝的相似度高達(dá)90%以上,且和二者聚為一支(圖3B),這說明豬PHF7在物種進(jìn)化過程中較為保守(圖3A)。

蛋白互作分析發(fā)現(xiàn),PHF7與ASH2L等10種蛋白存在可能的相互作用。其中,ASH2L和RBBP5之間的相互作用對組蛋白甲基轉(zhuǎn)移酶MLL1復(fù)合物的完整性和活性調(diào)控至關(guān)重要[32-33],ASH2L能夠識(shí)別RBBP5,介導(dǎo)MLL1復(fù)合物組裝,調(diào)控MLL1酶活性[32]。組蛋白去甲基化酶KDM7A控制前列腺癌的雄激素受體活性和腫瘤生長[34]。SPZ1是一個(gè)新的bHLH(basic helix-loop-helix)拉鏈蛋白,在小鼠睪丸中特異性表達(dá),該轉(zhuǎn)錄因子在精子發(fā)生中發(fā)揮關(guān)鍵作用,可通過結(jié)合特定的DNA序列調(diào)節(jié)細(xì)胞的增殖或分化[35]。TCP11蛋白富集于小鼠長形精子細(xì)胞中,通過環(huán)磷酸腺苷/蛋白激酶A途徑使精子獲能[36]。USP7是一種對DNA復(fù)制至關(guān)重要的去泛素化酶[37],也是Wnt/β-catenin信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)的有效負(fù)調(diào)控因子[38]。EED和SUZ12是Polycomb repressive complex 2的組成部分,在轉(zhuǎn)錄調(diào)節(jié)過程中發(fā)揮關(guān)鍵作用[39]。ATF7IP是一種轉(zhuǎn)錄輔助因子,對于基因的激活或抑制起重要作用[40]。FBXL19是E3泛素連接酶SCF(Skp1-Cullin-F-box protein)家族成員,可調(diào)節(jié)多種細(xì)胞反應(yīng),包括細(xì)胞遷移[41]。這些潛在與PHF7互作的蛋白的發(fā)現(xiàn),為深入理解PHF7的功能提供了思路。

對PHF7功能注釋發(fā)現(xiàn),其主要參與金屬離子(Ca2+、Zn2+、Cd2+和Cu2+等)的結(jié)合過程,保守結(jié)構(gòu)域分析也發(fā)現(xiàn)PHF7存在與鋅離子結(jié)合的位點(diǎn)(圖1E)。microRNA(miRNA)是一類負(fù)調(diào)控基因表達(dá)的非編碼RNA。靶基因預(yù)測發(fā)現(xiàn),PHF7的表達(dá)可能 受 ssc-miR-149、ssc-miR-769-3p、ssc-miR-324、ssc-miR-296-3p、ssc-miR-133b、ssc-miR-7142-3p、ssc-miR-27b-3p和 ssc-miR-193a-5p等8個(gè)miRNA的調(diào)控。ssc-miR-149在巴馬小型豬垂體前葉的表達(dá)量顯著高于長白豬[42],且miR-149參與先天免疫應(yīng)答、凋亡過程和多個(gè)信號(hào)通路(I-kappa B knase/NF-kappaB,toll樣和腫瘤壞死因子介導(dǎo)信號(hào)通路等)的生物學(xué)過程[43]。ssc-miR-769-3p屬于miR-769家族,人類中的miR-769-3p能夠促進(jìn)細(xì)胞凋亡[44]。ssc-miR-324與泛素化相關(guān)基因Ube2e1、Ube2v1和Bap1的表達(dá)量呈高度負(fù)相關(guān)[45],另外,miR-324在不育男性的精液中的表達(dá)量顯著高于正常男性[46]。ssc-miR-296-3p是腫瘤進(jìn)展過程中的整體抑癌因子,與各種癌癥的轉(zhuǎn)移相關(guān)[47],miR-296能加速腫瘤進(jìn)程,還能通過SOCS2/STAT3增強(qiáng)膠質(zhì)母細(xì)胞瘤(GBM)對細(xì)胞的侵襲性[48]。sscmiR-133b在細(xì)胞轉(zhuǎn)化、腫瘤發(fā)生和組織穩(wěn)態(tài)過程中發(fā)揮重要作用[49-50]。ssc-miR-7142-3p可以在閹割豬的背部脂肪組織中表達(dá)[51]。ssc-miR-27b-3p影響多能脂肪干細(xì)胞的分化,能與人PPARγ的3’UTR區(qū)應(yīng)答元件結(jié)合降低PPARγ蛋白表達(dá),從而抑制脂肪形成[52],小鼠附睪白色脂肪組織中miR-27b-3p的高表達(dá)能夠影響脂肪細(xì)胞的褐變[53]。ssc-miR-193a-5p可作為癌癥發(fā)展過程中的抑制因子[54],在前列腺癌組織中高表達(dá)[55]。本文通過miRanda和RNAhybrid預(yù)測能調(diào)控PHF7表達(dá)的miRNA,獲得的mRNA-miRNA結(jié)合自由能均小于-30 kcal,其中,miRanda的預(yù)測得分大于150分,RNAhybrid的預(yù)測P值小于0.05,所得結(jié)果具有較高的可信度。與PHF7競爭miRNA的諸多l(xiāng)ncRNA的功能,目前還未有研究報(bào)道,有待進(jìn)一步研究。

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精漿外泌體在精子發(fā)生與功能調(diào)控中的研究進(jìn)展
人工馴養(yǎng)樹鼩精子發(fā)生過程中MCM7蛋白的表達(dá)
睪丸“犯擰”,趕快就醫(yī)
季節(jié)對狐貍精子發(fā)生的影響
蛋白泛素化和類泛素化修飾在植物開花時(shí)間調(diào)控中的作用
泛RNA:miRNA是RNA的“泛素”
泛素結(jié)合結(jié)構(gòu)域與泛素化信號(hào)的識(shí)別
高頻彩超在睪丸扭轉(zhuǎn)診療中的價(jià)值
組蛋白磷酸化修飾與精子發(fā)生
遺傳(2014年3期)2014-02-28 20:59:01
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