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基于GEO數(shù)據(jù)庫(kù)和網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)探討柴胡-葛根治療原發(fā)性青光眼的機(jī)制△

2022-08-12 03:56楊稀瑞王繼雪袁星星董霏雪
眼科新進(jìn)展 2022年8期
關(guān)鍵詞:葛根柴胡靶點(diǎn)

楊稀瑞 王繼雪 袁星星 董霏雪 趙 輝

青光眼是世界范圍內(nèi)高致盲性眼病,其特征性表現(xiàn)主要為視野缺損及視神經(jīng)萎縮[1-2]。據(jù)世界衛(wèi)生組織統(tǒng)計(jì),2013年世界范圍內(nèi)青光眼患病人數(shù)約為6400萬(wàn)人,至2020年全球青光眼患病率將升至2.86%,因此,青光眼的防治工作已成為全球亟待解決的重要公共衛(wèi)生問題之一[3-4]。

目前認(rèn)為,青光眼的病理特征為視網(wǎng)膜神經(jīng)節(jié)細(xì)胞(RGC)進(jìn)行性丟失及視神經(jīng)變性,臨床表現(xiàn)為視盤病變、視力下降及視野缺損[5]。視神經(jīng)損傷作為青光眼最常出現(xiàn)的視神經(jīng)改變,特征性表現(xiàn)為RGC凋亡及視野喪失[6]。RGC可將視覺信號(hào)通過視路傳入大腦,其凋亡及程序性細(xì)胞死亡被認(rèn)為是青光眼致盲的首要誘因[7]。因此,青光眼的治療主要以阻斷RGC凋亡,提高RGC存活率為主。此外,阻斷青光眼中與RGC丟失相關(guān)的危險(xiǎn)因素,減少RGC變性,同樣是促進(jìn)視神經(jīng)存活的有效手段之一[8]。

基于此,本研究通過篩選GEO(gene expression omnibus)數(shù)據(jù)庫(kù)及運(yùn)用網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)手段分析藥物有效成分及靶點(diǎn),構(gòu)建“藥物-化合物-靶點(diǎn)”調(diào)控網(wǎng)絡(luò),并對(duì)其進(jìn)行GO功能及KEGG富集通路分析,預(yù)測(cè)其治療原發(fā)性青光眼的潛在靶點(diǎn)及作用機(jī)制,并以柴胡-葛根作為干預(yù)措施,通過觀察RGC形態(tài)及其對(duì)PI3K/AKT信號(hào)通路的影響,以期進(jìn)一步明確柴胡-葛根治療原發(fā)性青光眼的作用機(jī)制。

1 材料與方法

1.1 柴胡-葛根活性成分篩選通過TCMSP數(shù)據(jù)庫(kù),以“柴胡”“葛根”作為檢索詞,選取2味中藥所含的化合成分。以口服生物利用度(OB)≥30%及類藥性(DL)≥0.18作為篩選條件,過濾獲取中藥的化合成分及對(duì)應(yīng)的藥物靶點(diǎn)。

1.2 藥物-疾病靶點(diǎn)網(wǎng)絡(luò)可視化分析利用GeneCards及OMIM數(shù)據(jù)庫(kù)檢索“Primary Glaucoma”,收集與青光眼相關(guān)靶點(diǎn)。在GEO數(shù)據(jù)庫(kù),以“Primary Glaucoma”為關(guān)鍵詞,以“Homo sapiens”為限定物種,檢索與青光眼相關(guān)的差異蛋白,運(yùn)用Interactivenn平臺(tái)將藥物活性成分-疾病-差異蛋白進(jìn)行交集處理,得到Drug-Disease-Target。通過R語(yǔ)言及Cytoscape軟件對(duì)原發(fā)性青光眼進(jìn)行火山圖、熱圖及Drug-Disease-Target可視化網(wǎng)絡(luò)分析的繪制。

1.3 構(gòu)建蛋白互作網(wǎng)絡(luò)將Drug-Disease-Target結(jié)果上傳至String數(shù)據(jù)平臺(tái)進(jìn)行PPI網(wǎng)絡(luò)分析。設(shè)定最低互動(dòng)分?jǐn)?shù)為0.400。運(yùn)用Cytoscape軟件進(jìn)行PPI蛋白互作網(wǎng)絡(luò)可視化分析。

1.4 GO功能及KEGG富集分析將Drug-Disease-Target結(jié)果上傳至David平臺(tái)進(jìn)行GO功能和KEGG富集分析,并通過OmicShare平臺(tái)和Cytoscape軟件對(duì)GO功能和KEGG富集分析結(jié)果進(jìn)行可視化。

1.5 實(shí)驗(yàn)動(dòng)物及細(xì)胞清潔級(jí)BALB/c小鼠(8~10周齡)16只,體重8~10 g,經(jīng)專科檢查確認(rèn)未出現(xiàn)眼部疾患。小鼠購(gòu)自北京維通利華實(shí)驗(yàn)動(dòng)物技術(shù)有限公司[動(dòng)物合格證批號(hào):SYXK(京):2016-0011]。采用小鼠專用飼料,以專用籠喂養(yǎng),小鼠適應(yīng)性喂養(yǎng)3 d。小鼠RGC購(gòu)自武漢普賽諾生命科技有限公司,置于含體積分?jǐn)?shù)10%胎牛血清的DMEM培養(yǎng)液中,于37 ℃、體積分?jǐn)?shù)5%CO2培養(yǎng)箱中進(jìn)行培養(yǎng)。

1.6 主要藥品及試劑柴胡、葛根購(gòu)自北京同仁堂,于蒸餾水內(nèi)浸泡1 h,煎藥機(jī)文火煎煮2次,取汁備用,紗布濾過2次,80 ℃水浴中制備成每1 mL含生藥1 g的藥汁混懸液,4 ℃冰箱保存。RNA提取試劑盒購(gòu)自美國(guó)Thermo公司(貨號(hào)12183016),反轉(zhuǎn)錄試劑盒購(gòu)自上海碧云天生物科技有限公司(貨號(hào)D7168S)。

1.7 分組、造模及給藥BALB/c小鼠16只隨機(jī)分為藥物組和對(duì)照組,每組8只。按照血清藥理學(xué)公式計(jì)算,藥物組小鼠每日灌胃1 mL·kg-1中藥混懸液,對(duì)照組每日灌胃1 mL·kg-1蒸餾水,每日灌胃1次,連續(xù)5 d。于第5天灌胃結(jié)束后予以禁食,次日晨再灌胃1次,1 h后采血,分別提取兩組小鼠的血清備用。將純化培養(yǎng)48 h的RGC隨機(jī)分為4組,分別為空白組、模型組、空白+中藥組、模型+中藥組,其中,模型組、模型+中藥組RGC參照文獻(xiàn)[9]采用800 μmol·L-1過氧化氫(H2O2)處理12 h誘導(dǎo)氧化應(yīng)激損傷模型,空白組和模型組RGC以稀釋10倍后的對(duì)照組小鼠血清繼續(xù)培養(yǎng)48 h,空白+中藥組、模型+中藥組RGC以稀釋10倍后的藥物組小鼠血清繼續(xù)培養(yǎng)48 h。

1.8 細(xì)胞形態(tài)學(xué)取對(duì)數(shù)生長(zhǎng)期RGC,調(diào)整細(xì)胞密度為1×106個(gè)·mL-1,取0.5 mL,PBS緩沖液漂洗2遍,加入1.0~1.5 mL消化液消化、離心后接種于培養(yǎng)皿,同1.7中分組處理,分別于培養(yǎng)12 h、24 h及48 h后,通過倒置相差顯微鏡觀察各組RGC形態(tài)。

1.9 RT-PCR檢測(cè)培養(yǎng)48 h后,使用TRlzol試劑提取各組細(xì)胞中總RNA,再將提取的總RNA反轉(zhuǎn)錄成cDNA,并于-20 ℃保存?zhèn)溆谩R驭?actin為內(nèi)參,檢測(cè)PI3K和AKT mRNA的表達(dá)。PCR反應(yīng)條件為:95 ℃ 30 s,95 ℃ 15 s,60 ℃ 32 s,73 ℃ 10 s,共50個(gè)循環(huán)。PI3K引物序列:正向?yàn)?’-TATTTGGACTTTGCGACAAGACT-3’,反向?yàn)?’-TCGAACGTACTGGTCTGGATAG-3’;AKT引物序列:正向?yàn)?’-AGCGACGTGGCTATTGTGAAG-3’,反向?yàn)?’-GCCATCATTCTTGAGGAGGAAGT-3’;β-actin引物序列:正向?yàn)?’-GTGACGTTGACATCCGTAAAGA-3’,反向?yàn)?’-GCCGGACTCATCGTACTCC-3’。

2 結(jié)果

2.1 柴胡-葛根活性成分篩選結(jié)果通過檢索TCMSP數(shù)據(jù)庫(kù),共獲得柴胡、葛根相關(guān)成分367個(gè),其中滿足OB≥30%的成分共有185個(gè),滿足DL≥0.18的成分共有76個(gè),同時(shí)滿足OB≥30%與DL≥0.18的活性成分為21個(gè)。

2.2 原發(fā)性青光眼的作用靶點(diǎn)通過檢索共篩選出2743個(gè)與原發(fā)性青光眼相關(guān)的靶點(diǎn)。通過二次挖掘GEO數(shù)據(jù)庫(kù),并以芯片GSE9944為數(shù)據(jù)原始文件進(jìn)行比較。以R語(yǔ)言進(jìn)行差異基因的分析,共獲得659個(gè)顯著改變與影響的基因,其中上調(diào)基因284個(gè),下調(diào)基因375個(gè)。將兩個(gè)數(shù)據(jù)庫(kù)獲得的青光眼靶點(diǎn)與R語(yǔ)言分析篩選出的差異表達(dá)基因進(jìn)行交集,再與中藥有效活性成分的作用靶點(diǎn)進(jìn)行交集,最終獲得與原發(fā)性青光眼相關(guān)的差異蛋白靶點(diǎn)63個(gè),主要包括IL-6、VEGFA等(圖1)。

2.3 GO功能及KEGG富集分析結(jié)果采用David平臺(tái)對(duì)藥物-疾病行GO功能及KEGG富集分析,并將P值較小的GO生物過程與KEGG通路行可視化分析。柴胡-葛根-青光眼GO功能分析見圖2,由圖可知,柴胡-葛根治療原發(fā)性青光眼的生物學(xué)過程與蛋白結(jié)合、催化、有機(jī)環(huán)狀化合物結(jié)合及有機(jī)物代謝過程等有關(guān)。柴胡-葛根-青光眼KEGG富集分析見圖3,由圖可知,柴胡-葛根主要通過調(diào)節(jié)PI3K-AKT、TNF、MAPK、VEGF、JAK-STAT等信號(hào)通路發(fā)揮治療原發(fā)性青光眼的作用。通過Cytoscape軟件對(duì)藥物-疾病-通路網(wǎng)絡(luò)進(jìn)行可視化分析結(jié)果見圖4。

圖2 柴胡-葛根-青光眼GO功能分析柱狀圖

圖3 柴胡-葛根-青光眼KEGG富集分析結(jié)果

圖4 柴胡-葛根-青光眼-通路分析圖

2.4 倒置相差顯微鏡下觀察各組RGC形態(tài)培養(yǎng)12 h后,空白組RGC逐漸貼壁,細(xì)胞體呈卵圓形,立體感強(qiáng),折光率高;模型組RGC緩慢貼壁,細(xì)胞體出現(xiàn)變形,折光率低;模型+中藥組RGC緩慢貼壁,立體感較強(qiáng);空白+中藥組RGC逐漸貼壁,細(xì)胞體呈卵圓形,立體感較強(qiáng)。培養(yǎng)24 h后,空白組RGC基本貼壁,生長(zhǎng)迅速,細(xì)胞體飽滿,周圍出現(xiàn)明顯光暈,呈單層排列,大部分RGC匯聚成團(tuán),部分RGC可見其膜上突出的圓錐形隆起,呈現(xiàn)不規(guī)則狀;模型組RGC基本貼壁,生長(zhǎng)緩慢,細(xì)胞體飽滿程度欠佳,周圍少見光暈,部分細(xì)胞出現(xiàn)聚集;模型+中藥組RGC基本貼壁,生長(zhǎng)速度正常,細(xì)胞體較為飽滿,周圍出現(xiàn)少許光暈,呈單層排列,可見部分細(xì)胞聚集;空白+中藥組RGC基本貼壁,細(xì)胞呈現(xiàn)快速生長(zhǎng)趨勢(shì),細(xì)胞體飽滿,周圍可見光暈,部分細(xì)胞聚集成團(tuán),少數(shù)細(xì)胞膜伸出圓形或錐形突起。培養(yǎng)48 h后,空白組RGC完全貼壁,可見明顯聚集性生長(zhǎng),呈團(tuán)狀或串珠樣排列,細(xì)胞體變大,突起增長(zhǎng);模型組RGC完全貼壁,呈現(xiàn)分散性增長(zhǎng),細(xì)胞體排列極不整齊,且細(xì)胞體較小,未見顯著突起;模型+中藥組RGC完全貼壁,可見少量聚集性生長(zhǎng),出現(xiàn)串珠樣排列,細(xì)胞體緩慢增大;空白+中藥組RGC完全貼壁,細(xì)胞可見顯著聚集性生長(zhǎng),呈現(xiàn)團(tuán)狀或串珠樣改變,排列較為整齊,細(xì)胞體增大(圖5)。

圖5 不同時(shí)間點(diǎn)各組RGC形態(tài) A:空白組;B:空白+中藥組;C:模型組;D:模型+中藥組。

2.5 柴胡-葛根對(duì)RGC各因子mRNA表達(dá)的影響RT-PCR檢測(cè)結(jié)果顯示,與空白組相比,空白+中藥組RGC中PI3K和AKT mRNA表達(dá)均下降,模型組、模型+中藥組RGC中PI3K和AKT mRNA表達(dá)均升高,差異均有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義(均為P<0.05);與模型組相比,模型+中藥組RGC中PI3K和AKT mRNA 表達(dá)均下降,差異均有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義(均為P<0.05)(表1)。

表1 各組PI3K、AKT mRNA表達(dá)比較

3 討論

中醫(yī)認(rèn)為青光眼屬“五風(fēng)內(nèi)障”范疇,診療歷史悠久,最早可追溯至《神農(nóng)本草經(jīng)》,經(jīng)歷代醫(yī)家不斷研究發(fā)現(xiàn),中醫(yī)藥對(duì)青光眼所造成的視神經(jīng)損傷具有保護(hù)作用,且呈多組分、多靶點(diǎn)、整體化趨勢(shì),但尚缺乏對(duì)中藥復(fù)方的標(biāo)準(zhǔn)化規(guī)范,且臨床評(píng)價(jià)不一,基礎(chǔ)研究不完善及機(jī)制不明確。因此,對(duì)于青光眼視神經(jīng)保護(hù)治療的中藥種類及療效存在局限性,仍需通過更高水平的基礎(chǔ)及臨床研究加以完善。

柴胡作為升散之品,善于疏肝解郁,通竅明目,引藥上行,通達(dá)于目;葛根升舉陽(yáng)氣,引藥入目,上達(dá)清竅,可助柴胡疏肝理氣,開竅醒神?,F(xiàn)代藥理學(xué)研究證實(shí),柴胡能夠抗炎、調(diào)節(jié)免疫、修復(fù)RGC。此外,柴胡還能夠抑制炎癥細(xì)胞浸潤(rùn),降低血清內(nèi)TNF-β及IL-6表達(dá)[10]。葛根富含葛根素,能有效改善眼底微循環(huán)、調(diào)節(jié)眼底微血管的活力,提高眼底組織缺血缺氧的能力,葛根中的異黃醇甙能夠穩(wěn)定眼底缺血區(qū)活性,解除因缺血所致的眼底微血管痙攣,恢復(fù)眼底血管舒縮,促進(jìn)眼內(nèi)側(cè)支循環(huán)建立。

本研究通過GEO數(shù)據(jù)分析發(fā)現(xiàn),IL-6、VEGFA等在PPI網(wǎng)絡(luò)中Degree值排名靠前,由此推測(cè)上述蛋白可能是原發(fā)性青光眼治療的主要靶點(diǎn)。IL-6作為常見的促炎因子,貫穿炎癥反應(yīng)的全過程。主要由活化的T細(xì)胞、單核巨噬細(xì)胞等分泌,參與免疫調(diào)節(jié),刺激造血細(xì)胞的生長(zhǎng)及分化等[11]。IL-6受體可分為IL-6Rα及gp130兩種,可通過與gp130的結(jié)合,激活JAK酪氨酸酶及其轉(zhuǎn)錄因子的活性,抑制Bcl-2及Bcl-xL的凋亡[12-13]。GO功能分析結(jié)果顯示,治療原發(fā)性青光眼的生物學(xué)過程與蛋白結(jié)合、催化、有機(jī)環(huán)狀化合物結(jié)合及有機(jī)物代謝過程等有關(guān)。KEGG富集分析結(jié)果發(fā)現(xiàn),柴胡-葛根治療原發(fā)性青光眼的作用機(jī)制可能與PI3K-AKT等信號(hào)通路的調(diào)節(jié)相關(guān)?,F(xiàn)有研究發(fā)現(xiàn),激活PI3K-AKT信號(hào)通路能夠抑制RGC凋亡,PI3K的調(diào)控可以激活A(yù)KT,抑制Caspase-9表達(dá),降低RGC凋亡;此外,在慢性高壓眼大鼠模型中,Caspase-9的表達(dá)上調(diào)會(huì)促進(jìn)RGC損傷,通過下調(diào)PI3K-AKT信號(hào)通路中p-FoxO1及IKK2的表達(dá),同樣會(huì)抑制RGC的凋亡[14]。

本研究以柴胡-葛根干預(yù)治療H2O2所誘導(dǎo)的RGC,并在倒置相差顯微鏡下觀察培養(yǎng)不同時(shí)間點(diǎn)的RGC形態(tài)變化,結(jié)果發(fā)現(xiàn),培養(yǎng)12 h、24 h、48 h后,模型+中藥組RGC從緩慢貼壁到完全貼壁,并可見少量聚集性生長(zhǎng)及串珠樣排列,細(xì)胞體緩慢增大;空白+中藥組RGC完全貼壁,細(xì)胞可見顯著聚集性生長(zhǎng),呈現(xiàn)團(tuán)狀或串珠樣改變,排列較為整齊,細(xì)胞體增大。繼續(xù)采用RT-PCR法檢測(cè)RGC中PI3K和AKT mRNA表達(dá)水平,發(fā)現(xiàn)柴胡-葛根能夠顯著抑制RGC中PI3K和AKT mRNA表達(dá)。

綜上所述,通過對(duì)“柴胡-葛根”治療原發(fā)性青光眼進(jìn)行GEO差異分析,可初步預(yù)測(cè)柴胡-葛根治療原發(fā)性青光眼的藥理機(jī)制;細(xì)胞實(shí)驗(yàn)結(jié)果證實(shí),柴胡-葛根通過抑制PI3K-AKT信號(hào)通路抑制細(xì)胞凋亡,起到改善原發(fā)性青光眼的作用。

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