張翔棟,汪薪,許騰騰,汝振遠(yuǎn),張夢雅,劉秋晨,閆業(yè)聯(lián),張運(yùn)海,曹祖兵
(安徽農(nóng)業(yè)大學(xué)動(dòng)物科技學(xué)院,地方畜禽遺傳資源保護(hù)與生物育種安徽省重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室,安徽合肥 230036)
在細(xì)胞總RNA 中只有2%~5% 的信使RNA(mRNA)具有編碼蛋白質(zhì)的功能,被稱為編碼RNA,其余的RNA 被稱為非編碼RNA(non-coding RNA,ncRNA)。隨著近年來研究者們對于ncRNA 探索研究的深入,ncRNA 中的一個(gè)亞類——環(huán)狀RNA(circRNA)慢慢走進(jìn)了科學(xué)家們的視線中,并成為了目前研究前沿的熱點(diǎn)之一。circRNA 是一類以共價(jià)閉合的環(huán)狀形式存在的特殊非編碼RNA。1971 年,Diener 等在馬鈴薯紡錘塊莖病中發(fā)現(xiàn)一些具有單鏈閉合RNA 結(jié)構(gòu)的類病毒能夠造成植株死亡。1976 年,Sanger 等首次報(bào)道某些高等植物類病毒以共價(jià)閉合的環(huán)形分子形式存在。1979 年,Hsu 等使用電子顯微鏡觀察猴腎CV-1 細(xì)胞胞質(zhì),第1 次在真核細(xì)胞胞質(zhì)中發(fā)現(xiàn)了circRNA。1991年,Nigro 等首次證實(shí)了人類細(xì)胞中存在內(nèi)源性的、由外顯子形成的circRNA,此后circRNA 開始逐漸被人們所重視。
近幾年,隨著測序技術(shù)的進(jìn)步,在人類基因組中已經(jīng)發(fā)現(xiàn)了約100 000 個(gè)circRNAs。有研究者在胎盤和胚胎中鑒定了circRNA 的存在,并表明circRNA可能在繁殖領(lǐng)域發(fā)揮重要作用。然而,研究內(nèi)容主要集中在circRNA 的篩選和表達(dá)模式上,缺乏對circRNA功能的深入探索。為進(jìn)一步挖掘circRNA 的功能和調(diào)控機(jī)制,本文對circRNA 的特征、形成機(jī)制、可能存在的生物學(xué)功能以及在哺乳動(dòng)物生殖方面的研究進(jìn)展進(jìn)行綜述,以期揭示circRNAs 的潛在作用及其與哺乳動(dòng)物生殖發(fā)育的關(guān)系。
與傳統(tǒng)的線性RNA(Linear RNA)相比,circRNA 是通過反向剪接形成的閉合環(huán)狀RNA 分子,不存在5'和3'端(圖1)。大部分circRNAs 由外顯子環(huán)化形成,其主要存在于細(xì)胞質(zhì)中;少數(shù)circRNAs則是由內(nèi)含子環(huán)化或者外顯子和內(nèi)含子共同環(huán)化形成,主要存在于細(xì)胞核中。由于circRNA 結(jié)構(gòu)的特殊性,其對RNA 核酸外切酶(RNase R)具有高度抗性,所以circRNA 比線性RNA 更加穩(wěn)定。circRNA 是古老的、高度保守的RNA 異構(gòu)體,幾乎在所有的生命體中都能夠鑒定到circRNA 的存在。此外,circRNA 還普遍存在于各類組織和細(xì)胞中,并且具有細(xì)胞、組織以及發(fā)育階段特異性的表達(dá)模式。隨著身體發(fā)育階段的改變或疾病的出現(xiàn),circRNA 的豐度也會(huì)隨之發(fā)生變化,這表明它們在生理和病理過程中可能具有重要的生物學(xué)功能。
圖1 前體mRNA 剪接形成線性RNA 和circRNA
circRNA 根據(jù)其序列來源主要可以分為3 類:僅含有外顯子的circRNA(Exonic Circular RNA,EciRNA)、僅含有內(nèi)含子的circRNA(Intronic Circular RNA,ciRNA)、外顯子和內(nèi)含子均含有的circRNA(Exonintron Circular RNA,EIciRNA)。circRNA 的形成主要是通過2 個(gè)存在于側(cè)翼內(nèi)含子中的假定剪接位點(diǎn)相結(jié)合,反向剪接所產(chǎn)生。有研究表明,在側(cè)翼內(nèi)含子中有超過30 nt 的互補(bǔ)重復(fù)序列就能夠?qū)Νh(huán)化產(chǎn)生促進(jìn)作用,很多circRNA 的形成與互補(bǔ)重復(fù)序列呈現(xiàn)正相關(guān)。目前,涉及到反向剪接的機(jī)制主要有套索驅(qū)動(dòng)環(huán)化、內(nèi)含子配對驅(qū)動(dòng)環(huán)化和RNA 結(jié)合蛋白配對驅(qū)動(dòng)環(huán)化。
2.1 套索驅(qū)動(dòng)環(huán)化 套索驅(qū)動(dòng)環(huán)化主要分為外顯子跳讀(圖2-A)和內(nèi)含子套索驅(qū)動(dòng)環(huán)化(圖2-B)2 種類型。當(dāng)前體mRNA 進(jìn)行可變剪接時(shí),可能會(huì)發(fā)生跳過外顯子的剪接方式,影響mRNA 的形成。在外顯子跳讀過程中,先形成1 個(gè)包含外顯子的套索中間體,然后移除其中的內(nèi)含子,形成EciRNA;少數(shù)情況下內(nèi)含子會(huì)被保留,形成EIciRNA。內(nèi)含子套索驅(qū)動(dòng)環(huán)化是目前普遍認(rèn)可的ciRNA 形成機(jī)制。套索內(nèi)含子的形成依賴于一個(gè)共有基序,該基序包含位于5' 端剪接位點(diǎn)附近的7 nt 富GU 基序和位于分支點(diǎn)附近的11 nt 富C 基序,共有基序能夠幫助套索內(nèi)含子逃避脫支酶誘導(dǎo)的脫支作用,使得內(nèi)含子3' 端到分支位點(diǎn)的多余序列被核酸外切酶降解,從而形成ciRNA。
2.2 內(nèi)含子配對驅(qū)動(dòng)環(huán)化 在進(jìn)行內(nèi)含子配對驅(qū)動(dòng)環(huán)化過程時(shí),首先由環(huán)化外顯子的側(cè)翼內(nèi)含子序列互補(bǔ)配對,形成穩(wěn)定的堿基對,使剪接位點(diǎn)相互接近觸發(fā)反向剪接事件。由于這種機(jī)制是下游外顯子的5'端剪接位點(diǎn)直接與上游外顯子的3'端剪接位點(diǎn)結(jié)合,所以又被稱為直接反向剪接。目前認(rèn)為內(nèi)含子配對驅(qū)動(dòng)環(huán)化(圖2-C)是EciRNA 形成的主要機(jī)制,其需要順式作用元件或反式作用因子才能使外顯子剪接位點(diǎn)結(jié)合在一起,如反向ALU 重復(fù)元件(IARE)可以促進(jìn)外顯子環(huán)化。
圖2 circRNA 的生成過程
2.3 RNA 結(jié)合蛋白配對驅(qū)動(dòng)環(huán)化 有研究發(fā)現(xiàn),RNA結(jié)合蛋白(RNA Binding Protein,RBP)能夠驅(qū)動(dòng)環(huán)化產(chǎn)生circRNA,尤其對特異性circRNA 的產(chǎn)生具有重要作用。因?yàn)镽BP 只能與含有特異性RBP 結(jié)合位點(diǎn)的側(cè)翼內(nèi)含子相結(jié)合,從而促進(jìn)環(huán)化,所以只有在特異的結(jié)合位點(diǎn)存在的情況下,它們才可能發(fā)揮調(diào)控circRNA 形成的功能。此外,有研究發(fā)現(xiàn)盲肌蛋白MBL 可以促進(jìn)circRNA 的形成;RNA 編輯酶ADAR1 能夠抑制circRNA 的形成;RNA 結(jié)合蛋白Quaking(QKI)能夠促進(jìn)外顯子環(huán)化。因此,RBP既可以通過橋接互補(bǔ)序列來促進(jìn)環(huán)化,也可以通過抑制典型剪接來抑制環(huán)化。
3.1 轉(zhuǎn)錄調(diào)控 circRNA 能夠通過與特定的RNA 互作參與調(diào)控基因轉(zhuǎn)錄從而影響基因表達(dá)。ciRNA 和EIciRNA 主要定位于細(xì)胞核,它們能夠與RNA 聚合酶II 相互作用共同調(diào)控親本基因的轉(zhuǎn)錄(圖3-A)。Zhang 等首次在人類細(xì)胞中發(fā)現(xiàn)了ciRNA,并證實(shí)ciANKRD52、ciMCM5 和ciSIRT7 能夠在細(xì)胞核中與RNA 聚合酶II 結(jié)合,從而促進(jìn)自身編碼基因的轉(zhuǎn)錄。EIciRNA 能夠在親本基因的啟動(dòng)子區(qū)域與U1snRNP 形成復(fù)合物,后與RNA 聚合酶II 相互作用,從而增強(qiáng)其親本基因的轉(zhuǎn)錄效率。EciRNA 主要定位于細(xì)胞質(zhì),有研究證明,EciRNA 的產(chǎn)生與外顯子跳讀呈正相關(guān),而外顯子跳讀是前體mRNA 中最常見的選擇性剪接方式,因此EciRNA 的產(chǎn)生可能會(huì)與線性mRNA 相互競爭(圖3-B),當(dāng)大多數(shù)外顯子環(huán)化時(shí),線性mRNA的表達(dá)量通常會(huì)下降,從而影響親本基因的表達(dá)。
3.2 海綿功能 microRNA(miRNA)是一類由發(fā)夾前體衍生的含有20~24 個(gè)核苷酸的非編碼RNA,它能夠與3'端非翻譯區(qū)(Untranslated Region,UTR)的部分堿基互補(bǔ)配對,從而調(diào)控哺乳動(dòng)物中含有miRNA 反應(yīng)元件(MicroRNA Response Elements,MRE)的靶向mRNA 的轉(zhuǎn)錄后抑制。網(wǎng)絡(luò)數(shù)據(jù)庫分析結(jié)果顯示,哺乳動(dòng)物中含有數(shù)千個(gè)circRNAs 攜帶預(yù)測的miRNA結(jié)合位點(diǎn),提示了其作為競爭性內(nèi)源RNA(ceRNA)的潛在作用(圖3-C)。Memczak 等證明了circRNA CDR1as(ciRS-7)具有強(qiáng)大的miRNA 海綿作用,其能夠靶向結(jié)合miR-7,從而提高miR-7 靶基因的表達(dá)水平。因此,circRNA 可以作為miRNA 海綿參與轉(zhuǎn)錄后調(diào)控。
circRNA 還可以作為RNA 結(jié)合蛋白(RNA Binding Proteins,RBP)的海綿(圖3-D),通過與不同的RBP 結(jié)合形成RNA-蛋白質(zhì)復(fù)合物,從而影響相關(guān)蛋白的表達(dá)。Ashwal 等研究發(fā)現(xiàn)由蒼蠅和人類的盲?。∕uscleblind,MBL)衍生而來的circMBL 含有多個(gè)盲肌蛋白結(jié)合位點(diǎn),其能夠直接與盲肌蛋白結(jié)合,并且盲肌蛋白可以反過來調(diào)節(jié)circMBL 的形成。
綜上所述,circRNA 能夠通過吸附miRNA 從而發(fā)揮功能,但是考慮到circRNA 存在的miRNA 靶點(diǎn)數(shù)量問題,也有人認(rèn)為大多數(shù)報(bào)道的circRNA 很可能不是標(biāo)準(zhǔn)的miRNA 海綿,而是在一個(gè)更大的轉(zhuǎn)錄后調(diào)控網(wǎng)絡(luò)系統(tǒng)中發(fā)揮作用。
3.3 翻譯功能 5'端的7-甲基鳥苷“帽子”(m7G)和3'端的ploy(A)尾結(jié)構(gòu)對于線性mRNA 翻譯至關(guān)重要,而circRNA 作為一種非編碼RNA 并不具備這種結(jié)構(gòu),所以一直以來circRNA 被認(rèn)為不具有翻譯功能。后來有研究證實(shí)circRNA 也可以產(chǎn)生功能蛋白(圖3-E),這打破了人們以往的認(rèn)知。目前circRNA 的翻譯機(jī)制主要分為2 種,即內(nèi)部核糖體進(jìn)入位點(diǎn)(Internal Ribosome Entry Site,IRES)介導(dǎo)的翻譯模式(圖3-F)、m6A修飾的翻譯模式(圖3-G)。翻譯起始元件和開放閱讀框 架(Open Reading Frame,ORF)是circRNA翻譯蛋白質(zhì)的2 個(gè)基本元件,由研究者設(shè)計(jì)的具有IRES 的circRNA 能夠在體外翻譯成蛋白質(zhì)。后來發(fā)現(xiàn)一些內(nèi)源性的circRNA 也具有IRES,并且可以進(jìn)行翻譯。例如,能夠調(diào)控肌肉生成的circZNF609 可以翻譯成多肽。2017 年Yang 等首次發(fā)現(xiàn)RNA 最豐富的堿基修飾——N6-甲基腺苷(m6A)也可以促進(jìn)人類細(xì)胞中circRNA 的翻譯啟動(dòng),并且能夠影響翻譯效率。在人類轉(zhuǎn)錄組中發(fā)現(xiàn)的很多由m6A 修飾的circRNA 具有編碼蛋白質(zhì)的潛力。m6A 修飾和依賴IRES 的模式都是circRNA 翻譯的潛在機(jī)制,Legnini 等研究發(fā)現(xiàn)在IRES 介導(dǎo)進(jìn)而促進(jìn)翻譯的circZNF609 中能夠檢測到較高的m6A 甲基化水平,提示2 條途徑之間可能存在一些關(guān)聯(lián)。
圖3 circRNA 的分子調(diào)控機(jī)制
4.1 circRNA 調(diào)控下丘腦-垂體-性腺生殖軸激素的合成 下丘腦和垂體通過調(diào)節(jié)生殖激素的合成與分泌從而在生殖方面發(fā)揮重要作用。在下丘腦-垂體-卵巢(HPO)軸中,下丘腦產(chǎn)生的GnRH 到達(dá)并作用于垂體,促進(jìn)垂體釋放FSH 和LH 作用于卵巢,從而促進(jìn)卵泡發(fā)育和排卵。Zhang 等對熱應(yīng)激母豬和正常母豬的腦垂體進(jìn)行測序,在垂體中共鑒定出12 035 個(gè)circRNA,與正常母豬垂體相比,熱應(yīng)激母豬垂體中有59 個(gè)circRNA 的表達(dá)存在顯著差異,其中42 個(gè)表達(dá)上調(diào),17 個(gè)表達(dá)下調(diào)。通過預(yù)測circRNA-miRNAmRNA 調(diào)節(jié)網(wǎng)絡(luò)發(fā)現(xiàn)一些circRNA 可能結(jié)合miRNA 共同調(diào)節(jié)垂體特異性基因和熱休克蛋白家族成員,這表明circRNA 可能在垂體激素分泌和熱應(yīng)激反應(yīng)中發(fā)揮作用。Chen 等對青春期及前后3 個(gè)階段的長白和約克雜交母豬的垂體進(jìn)行circRNA 測序,共鑒定出5 148個(gè)circRNA,其中有158 個(gè)circRNA 為首次發(fā)現(xiàn),假設(shè)其為垂體特異性circRNA,對這些circRNA 的宿主基因進(jìn)行KEGG 分析,結(jié)果顯示這些宿主基因主要富集于催乳素信號(hào)通路、多巴胺能突觸信號(hào)通路和神經(jīng)活性配體-受體相互作用信號(hào)通路中。Li 等對發(fā)情期和乏情期綿羊的垂體前葉進(jìn)行circRNA 測序,共鑒定出12 468 個(gè)circRNA,其中有9 231 個(gè)差異表達(dá)的circRNA,通過對這些差異表達(dá)的circRNA 進(jìn)行KEGG分析,發(fā)現(xiàn)其主要與雌激素信號(hào)通路、促性腺激素釋放激素信號(hào)通路相關(guān),提示circRNA 在綿羊發(fā)情中參與垂體調(diào)節(jié)的潛在作用。Zhang 等在綿羊下丘腦中鑒定出41 863 個(gè)circRNA,在多胎和單胎綿羊的卵泡期有333 個(gè)circRNA 差異表達(dá)(162 個(gè)上調(diào),171 個(gè)下調(diào)),黃體期有340 個(gè)circRNA 差異表達(dá)(163 個(gè)上調(diào),177個(gè)下調(diào)),對這些差異表達(dá)的circRNA 進(jìn)行功能分析,發(fā)現(xiàn)其中大多數(shù)circRNA 參與調(diào)控GnRH 的活性或關(guān)鍵基因的表達(dá)進(jìn)而調(diào)控綿羊生殖。La 等對多胎和單胎綿羊的子宮進(jìn)行circRNA 測序,在卵泡期和黃體期分別鑒定出147 個(gè)和364 個(gè)circRNA 呈現(xiàn)差異性表達(dá),通過GO 和KEGG 分析發(fā)現(xiàn)這些circRNA 主要富集于促性腺激素釋放激素信號(hào)通路,這與Zhang 等的研究結(jié)果存在一定的相關(guān)性。
4.2 circRNA 在精子發(fā)生中的作用 Chioccarelli 等通過circRNA 測序在人類精子細(xì)胞中鑒定出10 726 個(gè)circRNA,其中84.6%來源于外顯子區(qū)域;通過對比高活力和低活力精子circRNA 的表達(dá)數(shù)據(jù),分析出148個(gè)具有顯著差異表達(dá)的circRNA,對這些circRNA 的宿主基因進(jìn)行KEGG 通路分析,結(jié)果顯示其主要與DNA 復(fù)制、RNA 運(yùn)輸和降解、細(xì)胞周期以及類固醇生物合成等信號(hào)通路高度相關(guān),提示這些circRNA 可能在胚胎發(fā)育的起始階段發(fā)揮作用。此外,Gòdia 等在豬精子中鑒定出1 598 個(gè)circRNA,其中82.1%來源于外顯子區(qū)域,通過與已發(fā)現(xiàn)的人、鼠、豬circRNA數(shù)據(jù)進(jìn)行對比,發(fā)現(xiàn)在豬精子中具有高度特異表達(dá)的circRNA,對這些circRNA 的宿主基因進(jìn)行GO 分析,結(jié)果顯示宿主基因主要參與表觀遺傳修飾、精子發(fā)生以及纖毛組裝等過程,并提示一些circRNA 如ssc_circ_1458 和 ssc_circ_1321 與精子運(yùn)動(dòng)特性存在著顯著相關(guān)性。Dong 等研究顯示,circRNA 在各類精細(xì)胞中大量表達(dá),如在圓形精母細(xì)胞中有7 220 個(gè),細(xì)線期精母細(xì)胞中有6 689 個(gè),在粗線期精母細(xì)胞中有4 467個(gè),提示circRNA 在精子分化中具有差異化的潛在調(diào)控作用。Tang 等進(jìn)一步研究發(fā)現(xiàn),在粗線期精母細(xì)胞發(fā)育成精子的過程中,circRNA 的數(shù)量和豐度都顯著升高,而對應(yīng)的線性RNA 的水平顯著降低,提示精子中circRNA 水平的上升可能是一些重要轉(zhuǎn)錄本提高自身穩(wěn)定性的機(jī)制,以確保精子形成晚期一些關(guān)鍵蛋白的持續(xù)產(chǎn)生,GO 分析結(jié)果顯示這些宿主基因可能參與了精子發(fā)生過程中的關(guān)鍵事件,主要在表觀遺傳調(diào)控(DNA 甲基化、組蛋白修飾和核小體組織)和精子運(yùn)動(dòng)(纖毛運(yùn)動(dòng)、軸絲組裝和微管束形成)等方面發(fā)揮作用。睪丸組織作為雄性生殖系統(tǒng)的重要組成部分,不僅為精子生成提供重要的場所,還為保障精子的正常發(fā)育起到至關(guān)重要的作用。Zhang 等在仔豬睪丸和性成熟豬睪丸中發(fā)現(xiàn)了大量的差異表達(dá)circRNA,GO 分析表明其可能參與精子發(fā)生和激素合成,為評(píng)估豬睪丸發(fā)育情況提供潛在的生物標(biāo)記物。綜上所述,睪丸和精子來源的circRNA 主要來源于基因的外顯子區(qū)域,根據(jù)宿主基因的位置,它們廣泛分布在包括線粒體基因組在內(nèi)的所有染色體上。GO 分析表明,這些circRNA 主要參與生殖細(xì)胞進(jìn)程、減數(shù)分裂事件、表觀遺傳修飾、精子活力和受精等過程,從而在雄性生殖方面發(fā)揮關(guān)鍵作用。
4.3 circRNA 在卵泡發(fā)育和卵母細(xì)胞成熟中的作用 Hu等對麻城黑山羊和波爾山羊的排卵前卵泡進(jìn)行了circRNA 測序,在山羊排卵前卵泡中共鑒定出13 950個(gè)circRNA,其中有13 527 個(gè)circRNA 來源于827 個(gè)宿主基因;對這些宿主基因進(jìn)行GO 和KEGG 富集分析,發(fā)現(xiàn)大多數(shù)宿主基因參與細(xì)胞發(fā)育過程,如轉(zhuǎn)移酶活性、新陳代謝等;還有一些宿主基因與重要的信號(hào)通路如促性腺激素釋放激素(GnRH)信號(hào)通路、促性腺激素調(diào)節(jié)的卵母細(xì)胞成熟等也存在相關(guān)性,研究人員還分析出37 個(gè)差異表達(dá)的circRNA,并證實(shí)chi_circ_0008219 能夠結(jié)合卵泡發(fā)育相關(guān)的miRNA。這些結(jié)果表明circRNA 在山羊卵泡發(fā)育中具有的潛在作用。Xie 等對梅山豬和杜洛克豬中等大小的M2 期卵泡進(jìn)行circRNA 測序,鑒定出15 866 個(gè)circRNA,其中有244 個(gè)circRNA 的表達(dá)存在差異,對這些差異表達(dá)circRNA 的宿主基因進(jìn)行GO 和KEGG 分析,結(jié)果顯示它們可能參與卵泡發(fā)育信號(hào)通路。Fu 等利用BMP15、GDF9 和BMP15+GDF9 對牛卵丘細(xì)胞進(jìn)行體外處理,并對各組卵丘細(xì)胞進(jìn)行circRNA 測序,預(yù)測出1 706 個(gè)circRNA,分析各處理組與對照組之間circRNA 的差異表達(dá),發(fā)現(xiàn)BMP15 和GDF9 可能通過circRNA 海綿吸附miRNA 來調(diào)控靶基因,從而調(diào)節(jié)牛卵丘細(xì)胞的形態(tài)發(fā)生,影響卵泡發(fā)育。CircRNAs在卵母細(xì)胞成熟中的作用尚未得到廣泛研究。2019 年Shen 等報(bào)道circRNA 能夠作為miRNA 海綿調(diào)節(jié)多種生殖途徑,如卵母細(xì)胞減數(shù)分裂,GnRH 信號(hào)和孕酮介導(dǎo)的卵母細(xì)胞成熟。同年,Cao 等以豬為模型,在豬卵丘細(xì)胞和卵母細(xì)胞中分別鑒定出7 067 個(gè)和637個(gè)circRNAs,發(fā)現(xiàn)敲低circARMC4 會(huì)導(dǎo)致減數(shù)分裂期間染色體排列和第一極體運(yùn)動(dòng)異常,進(jìn)一步影響了豬早期胚胎發(fā)育。Cheng 等分析發(fā)現(xiàn),與30 歲體外受精患者相比,38 歲體外受精患者顆粒細(xì)胞中有46個(gè)circRNA 表達(dá)上調(diào),11 個(gè)circRNA 表達(dá)下調(diào),其中circ_103827 和circ_104816 的表達(dá)與優(yōu)質(zhì)胚數(shù)呈負(fù)相關(guān);GO 分析顯示這2 個(gè)circRNA 可能在葡萄糖代謝和有絲分裂細(xì)胞周期中發(fā)揮作用,提示circ_103827 和circ_104816 可能作為卵泡微環(huán)境受損的潛在指標(biāo),用于預(yù)測輔助生殖結(jié)果。上述研究也提示了一些特異性的circRNA 或許能夠作為疾病診斷的標(biāo)志物,為相關(guān)生殖疾病的診斷和治療提供依據(jù)。
4.4 circRNA 與胚胎著床前發(fā)育緊密關(guān)聯(lián) 早期胚胎發(fā)育是生殖領(lǐng)域中的重要環(huán)節(jié)。哺乳動(dòng)物胚胎發(fā)育起始于受精卵,受精卵在輸卵管向子宮移行過程中伴隨著胚胎細(xì)胞分裂增殖、桑椹胚致密化和囊胚形成等形態(tài)學(xué)變化,在分子水平上也發(fā)生著一系列精細(xì)的改變,如卵母細(xì)胞庫RNA 降解和胚胎基因組轉(zhuǎn)錄激活等事件。circRNA廣泛存在于組織和細(xì)胞中,其豐度通常隨著發(fā)育階段而發(fā)生變化,探索circRNA 在各類生殖細(xì)胞中的表達(dá)模式對于后續(xù)揭示circRNA 在生殖領(lǐng)域的功能尤為重要。
Dang 等利用單細(xì)胞測序技術(shù)對人類植入前胚胎進(jìn)行circRNA 測序,結(jié)果顯示鑒定的10 032 個(gè)circRNA 來源于2 974 個(gè)宿主基因,這些circRNA 的表達(dá)呈現(xiàn)發(fā)育階段特異性特征。通過對2 974 個(gè)宿主基因進(jìn)行GO 分析,發(fā)現(xiàn)這些circRNA 可能參與細(xì)胞器組織、染色體組織和染色質(zhì)修飾過程。Fan 等對小鼠早期胚胎進(jìn)行circRNA 測序,共預(yù)測了2 891 個(gè)circRNA,來源于1 316 個(gè)宿主基因,大多數(shù)circRNA 的長度在0~2 kb,對1 316 個(gè)宿主基因進(jìn)行GO 分析,結(jié)果顯示這些circRNA 可能參與染色體組織和染色質(zhì)修飾過程。Dang 等將人和小鼠早期胚胎的測序結(jié)果進(jìn)行比較分析,發(fā)現(xiàn)小鼠植入前胚胎中鑒定出的circRNA 和宿主基因的數(shù)量遠(yuǎn)低于在人類植入前胚胎,主要原因可能是物種之間的差異性以及進(jìn)化程度的不同,在人和小鼠早期胚胎中鑒定到的circRNA 宿主基因中,相同的宿主基因有835 個(gè),表明circRNA 的形成在人和鼠之間是保守的。這些相同的宿主基因參與了早期胚胎形成中的一些關(guān)鍵事件,提示了它們可能在早期胚胎形成過程中具有不可替代的重要功能。目前已有研究發(fā)現(xiàn)一些circRNA 在滋養(yǎng)層細(xì)胞增殖、遷移和侵襲方面發(fā)揮著重要的功能,對胚胎的正常著床也有重要影響。鑒于circRNA 的保守性,可以假設(shè)其他物種的早期胚胎中也含有這些保守的宿主基因,進(jìn)而通過多物種對比的方式篩選出最保守的宿主基因,為研究早期胚胎發(fā)育過程中發(fā)揮重要功能的circRNA 提供方向。
4.5 circRNA 調(diào)節(jié)干細(xì)胞的多能性狀態(tài) 胚胎干細(xì)胞(Embryonic Stem Cell,ESCs)是從早期囊胚的內(nèi)細(xì)胞團(tuán)或原始性腺中分離出來的一類細(xì)胞,其具有體外培養(yǎng)無限增殖、自我更新和多向分化的特性,探索調(diào)控ESCs 多能性的維持和自我更新的機(jī)制對了解哺乳動(dòng)物早期胚胎發(fā)育和細(xì)胞組織分化過程十分重要。近年來,隨著誘導(dǎo)多能干細(xì)胞(Induced Pluripotent Stem Cells,iPSC)技術(shù)的逐漸成熟,其主要在疾病建模、藥物發(fā)現(xiàn)以及再生醫(yī)學(xué)等領(lǐng)域具有廣闊的應(yīng)用前景,但有關(guān)circRNA 在胚胎干細(xì)胞中的功能性研究仍有待探索。
Yu 等在人類胚胎干細(xì)胞中證明了circBIRC6和circCORO1C 在功能上與多能性狀態(tài)相關(guān),其中circBIRC6 能夠通過吸附miR-34a 和miR-145,影響靶基因mRNA 的表達(dá),從而維持多能性狀態(tài)。Barilani 等通過高通量測序分析構(gòu)建出人胎兒來源型誘導(dǎo)多能干細(xì)胞circRNA 表達(dá)譜,提示circRNA 可能參與調(diào)控多能干細(xì)胞的未分化狀態(tài),從而在胚胎發(fā)育過程中發(fā)揮重要功能。Cherubini 等首次描述了circRNA 在控制人類間充質(zhì)干細(xì)胞(MSC)特征和分化中的作用,通過對來源于人骨髓與臍帶血的原代間充質(zhì)干細(xì)胞和人皮膚成纖維細(xì)胞進(jìn)行circRNA 測序,證明了circFOXP1 是未分化MSC 的標(biāo)志物,其與miR-17-3p/miR-127-5p 相互作用,從而影響干性和分化相關(guān)信號(hào)通路以維持MSC 的增殖和自我更新。在ESCs 中,Oct4、Sox2 和Nanog是組成多能性調(diào)控網(wǎng)絡(luò)的核心轉(zhuǎn)錄因子。Li 等通過對雄性和雌性小鼠生殖干細(xì)胞進(jìn)行circRNA 測序,構(gòu)建了circRNA 差異表達(dá)譜,揭示了circRNA 可能與生殖干細(xì)胞的性別特異性分化有關(guān)。Zhang 等在人源胚胎干細(xì)胞中發(fā)現(xiàn)了上千條circRNA,并揭示了內(nèi)含子互補(bǔ)序列配對所介導(dǎo)的circRNA 形成機(jī)制。綜上所述,circRNA 在干細(xì)胞多能性維持和促進(jìn)體細(xì)胞重編程效率方面均有明顯的作用。
circRNA 作為一種新型的非編碼RNA,其擁有廣泛性、穩(wěn)定性和特異性等生物學(xué)特性且具有調(diào)控基因表達(dá)的重要功能。近年來,隨著生物信息技術(shù)和高通量測序方法的逐漸發(fā)展,哺乳動(dòng)物生殖領(lǐng)域中有越來越多的circRNA 被鑒定出來。circRNA 的發(fā)現(xiàn)為篩選診斷和治療生殖疾病的標(biāo)志物提供了方向,為深入剖析生殖細(xì)胞和胚胎發(fā)育過程中的調(diào)控機(jī)制增加了一層新的調(diào)控網(wǎng)絡(luò),也為研究哺乳動(dòng)物生殖發(fā)育開拓了新視角。高通量測序研究結(jié)果豐富了circRNAs 在配子、胚胎和干細(xì)胞等組織中的轉(zhuǎn)錄組學(xué)數(shù)據(jù),為進(jìn)一步探索其在配子發(fā)生、胚胎發(fā)育和干細(xì)胞多能性調(diào)節(jié)等方面的機(jī)制奠定了基礎(chǔ)。同時(shí),尚不清楚新出現(xiàn)的circRNA 與RNA、蛋白質(zhì)之間存在的復(fù)雜調(diào)控網(wǎng)絡(luò)是否會(huì)打破過去所認(rèn)知的調(diào)控機(jī)制。目前對circRNA 在哺乳動(dòng)物生殖領(lǐng)域中的研究仍處于起步階段,其在生殖領(lǐng)域中發(fā)揮的重要生物學(xué)功能仍需深入探索。相信隨著研究者們對circRNA 的努力挖掘,有關(guān)circRNA 在生殖領(lǐng)域的研究會(huì)取得更大進(jìn)展。