詹倩,王富江,葛海濤,?
(1.南京中醫(yī)藥大學(xué),江蘇 南京 210023;2.江蘇蘇中藥業(yè)研究院有限公司,江蘇 南京 211198)
急性腎損傷(acute kidney injury,AKI)是一種表現(xiàn)為腎功能快速下降和代謝廢物蓄積的常見臨床綜合征,具體表現(xiàn)為血尿素氮(blood urea nitrogen,BUN)和血清肌酐(serum creatinine,Scr)水平升高,水、電解質(zhì)和酸堿失衡,以及全身各系統(tǒng)癥狀,可伴隨少尿或無尿[1]。據(jù)2015年國際腎臟病學(xué)會報(bào)道,每年約有1 330萬人發(fā)生急性腎損傷,并且每年因急性腎損傷而死亡的人數(shù)約有170萬[2]。目前臨床治療急性腎損傷主要采用液體復(fù)蘇、藥物防治和腎臟替代療法等方法,藥物治療包括抑制細(xì)胞死亡類、抗炎類和修復(fù)類藥物等,由于各種原因,這些療法并未取得很好的臨床療效[3]。因此尋找減緩腎損傷、改善腎功能的藥物具有重要意義。
黃蜀葵花總黃酮(total flavonoids ofAbelmoschus manihot,TFA)是從中藥黃蜀葵花中提取的黃酮類組分,含有槲皮素、蘆丁、異槲皮苷、金絲桃苷、楊梅素等多種黃酮成分,研究表明,這些黃酮成分具有抑制免疫反應(yīng)、改善腎纖維化、抗炎、改善腎功能和減輕腎損傷等藥理作用[4-5]。已有研究發(fā)現(xiàn)TFA 可能是通過抑制ROS,繼而下調(diào)NLRP3、Caspase-1蛋白的表達(dá),從而抑制ROS/NLRP3 信號通路減輕阿霉素誘導(dǎo)的腎損傷[6],但目前TFA治療急性腎損傷的作用機(jī)制研究較少,尚不全面。
網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)是基于數(shù)據(jù)庫挖掘相關(guān)信息,揭示藥物成分核心靶點(diǎn),在理解疾病的分子基礎(chǔ)上,預(yù)測藥物的藥理學(xué)作用機(jī)制,評估藥物的藥效、作用途徑和分子機(jī)制。本研究擬利用網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)相關(guān)數(shù)據(jù)庫和動物實(shí)驗(yàn)靶點(diǎn)驗(yàn)證,初步探究TFA 治療阿霉素誘導(dǎo)的急性腎損傷的分子機(jī)制,為進(jìn)一步深入研究奠定理論基礎(chǔ)。
在中國知網(wǎng)數(shù)據(jù)庫(https://www.cnki.net/)中,以“黃蜀葵花總黃酮”為檢索詞,獲取TFA 成分相關(guān)信息,檢索黃蜀葵花總黃酮含有成分種類及信息。利用化源網(wǎng)(https://www.chemsrc.com/)查詢成分CAS 號,通過PubChem 數(shù)據(jù)庫(https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/)獲取成分結(jié)構(gòu)信息,保存為“SMILES”格式。
將獲得的黃酮類化合物“SMILES”格式導(dǎo)入Swiss TargetPrediction 數(shù)據(jù)庫(https://www.expasy.org/resources/swisstargetprediction),設(shè)置物種為“Homo sapiens”,得到藥物的預(yù)測靶點(diǎn),將從化源網(wǎng)中得到的化合物英文名稱導(dǎo)入中藥系統(tǒng)藥理學(xué)數(shù)據(jù)庫與分析平臺(TCMSP,https://old.tcmsp-e.com/tcmsp.php),得到黃酮類成分的已驗(yàn)證靶點(diǎn)。將以上步驟所得到的靶點(diǎn)信息導(dǎo)入U(xiǎn)niprot 數(shù)據(jù)庫(https://www.uniprot.org/),統(tǒng)一靶點(diǎn)的Uniprot ID,刪除重復(fù)值,整理得到TFA的相關(guān)靶點(diǎn)。
在GeneCards 數(shù)據(jù)庫(https://www.genecards.org/)中以“acute kidney injury”為關(guān)鍵詞搜索,以相關(guān)系數(shù)大于2 倍中位數(shù)篩選,在Disgenet 數(shù)據(jù)庫(https://www.disgenet.org/)中以“acute kidney injury”為關(guān)鍵詞搜索,兩者取并集得到疾病相關(guān)靶點(diǎn)。
運(yùn)用易漢博生物信息在線作圖工具(http://www.ehbio.com/ImageGP/)將化合物靶點(diǎn)和疾病靶點(diǎn)映射,獲得化合物和疾病的共同靶點(diǎn)并繪制韋恩圖,即得到TFA治療急性腎損傷可能的作用靶點(diǎn)。
將化合物和疾病的共同靶點(diǎn)信息導(dǎo)入STRING 平臺(https://string-db.org/)中構(gòu)建PPI 網(wǎng)絡(luò),設(shè)置物種為“Homo sapiens”,相關(guān)性≥0.7,即可獲得共同靶點(diǎn)的PPI 網(wǎng)絡(luò),導(dǎo)入Cytoscape 3.8.0 軟件中,構(gòu)建成分-潛在靶點(diǎn)網(wǎng)絡(luò)圖。相關(guān)信息導(dǎo)入Cytoscape 3.8.0軟件中,以大于Degree 值中位數(shù)2 倍篩選核心靶點(diǎn),得到核心靶點(diǎn)PPI網(wǎng)絡(luò)圖。
將上述獲得的核心靶點(diǎn)信息導(dǎo)入生物學(xué)信息注釋數(shù)據(jù)庫(DAVID,https://david.ncifcrf.gov/)中,對其進(jìn)行基因本體(gene ontology,GO)富集分析和京都基因與基因組百科全書(kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)通路注釋分析,運(yùn)用微生信平臺(http://www.bioinformatics.com.cn/login/)制作GO 富集分析結(jié)果的柱狀圖、氣泡圖和KEGG 通路注釋分析結(jié)果的氣泡圖,并將相關(guān)信息輸入Cytoscape 3.8.0 軟件中,構(gòu)建成分-靶點(diǎn)-通路網(wǎng)絡(luò)圖。
1.7.1 動物
SPF 級KM 小鼠,雄性,體質(zhì)量25~30 g,購自遼寧長生生物技術(shù)股份有限公司,實(shí)驗(yàn)動物許可證號:SCXK(遼)2020-0001。動物飼養(yǎng)于清潔級動物房中,12 h光照,恒溫21~23 ℃、恒濕45%~65%,自由飲食、飲水。
1.7.2 藥物、試劑與儀器
黃蜀葵花總黃酮干粉(江蘇蘇中藥業(yè)研究院有限公司,批號:20200929)用蒸餾水溶解制成劑量為228 mg/kg的混懸液。
阿霉素(上海阿拉丁生化科技股份有限公司,貨號:A183027);MAPK 抗體(英國Abcam 公司,批號:ab170099);Akt抗體(英國Abcam 公司,批號:ab8805);蘇木精-伊紅(hematoxylin-eosin staining,HE)染色試劑盒(上海碧云天生物技術(shù)有限公司,貨號:C0105M);過碘酸-雪夫(PAS)染色試劑盒(上海碧云天生物術(shù)有限公司,貨號:C0142S)。
全自動組織包埋機(jī)(德國徠卡儀器有限公司,型號:HistoCore Arcadia H);全自動輪轉(zhuǎn)式切片機(jī)(德國徠卡儀器有限公司,型號:HistoCore AUTOCUT-149AUTO00C1);全自動生化分析儀(德國SIEMENS公司,型號:Dimension EXL200);倒置顯微鏡(德國LEICA公司,型號:DM75M)。
1.7.3 阿霉素腎損傷模型建立及動物分組
30 只KM 小鼠適應(yīng)性喂養(yǎng)1 周后,隨機(jī)分為正常組、模型組和給藥組,每組10 只。除正常組外,模型組和給藥組以11 mg/kg 劑量尾靜脈注射阿霉素(溶于生理鹽水)構(gòu)建急性腎損傷動物模型。2 周后檢測24 h尿蛋白,24 h尿蛋白顯著高于正常組則視為造模成功。給藥組小鼠按228 mg/kg 的劑量灌胃給予黃蜀葵花總黃酮混懸液,正常組與模型組小鼠按相同體積灌胃蒸餾水。每日給藥1 次,給藥1 個月后取腎臟,用10%福爾馬林溶液固定。
1.7.4 標(biāo)本采集、處理及指標(biāo)檢測
取組織固定液固定后的腎臟,用石蠟包埋,切成4μm 的腎切片,進(jìn)行HE 染色和PAS 染色,觀察病理結(jié)構(gòu)變化,采用二次免疫組化法檢測Akt和MAPK表達(dá)水平,每組選取3 只小鼠病理切片,使用CaseViewer 軟件放大200倍,每只小鼠病理切片中隨機(jī)選取5個相等面積的視野區(qū)域,用Image J軟件計(jì)算平均光密度(MOD)。
1.7.5 統(tǒng)計(jì)學(xué)方法
采用GraphPad prism 8軟件進(jìn)行統(tǒng)計(jì)分析,計(jì)量資料以均數(shù)±標(biāo)準(zhǔn)差(±s)表示,多組獨(dú)立數(shù)據(jù)比較采用單因素方差分析,不符合正態(tài)分布,則采用非參數(shù)檢驗(yàn)(Kruskal-Wallis test),以P<0.05表示差異有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義。
經(jīng)檢索及匯總刪重后,共獲得TFA 相關(guān)靶點(diǎn)基因255個;在GeneCards數(shù)據(jù)庫和Disgenet數(shù)據(jù)庫中,經(jīng)篩選后共檢索到AKI 相關(guān)靶點(diǎn)基因1 830 個。將上述靶點(diǎn)信息輸入易漢博生物信息在線作圖工具,繪制韋恩圖,得到成分-疾病共同靶點(diǎn)基因169個。見圖1。
采用Cytoscape 3.8.0軟件構(gòu)建成分-交集靶點(diǎn)網(wǎng)絡(luò)圖。M1、M2、M3、M4、M5、M6、M7、M8、M9 和M10 依次為異鼠李素-3-β-D-葡萄糖苷(Isorhamnetin-3-mono-beta-D-glucoside)、槲皮素(quercetin)、蘆?。╮utin)、槲皮素-3-O-β-D-葡萄糖苷(Quercetin-3-O-beta-D-glucopyranoside)、楊梅素(myricetin)、棉皮素-8-O-β-D-葡萄糖醛酸苷(Hibifolin)、棉皮素-7-O-α-吡喃鼠李糖苷(Rhodiolgin)、4',5,7,8-四甲氧基黃酮(4',5,7,8-Tetramethoxyflavone)、槲皮素-3-O-洋槐糖苷(Quercetin 3-O-robinobioside)和槲皮素-7-Oβ-D-葡萄糖苷(Quercetin-7-O-beta-Dglucopyranoside)。圓形節(jié)點(diǎn)顏色越深,顯示圓形節(jié)點(diǎn)之間相互作用越強(qiáng)。見圖2。
采用Cytoscape 3.8.0軟件計(jì)算Degree值篩選核心靶點(diǎn)28 個,其靶點(diǎn)基因信息見表1。將靶點(diǎn)信息導(dǎo)入STRING 數(shù)據(jù)庫中,得到核心靶點(diǎn)PPI網(wǎng)絡(luò)圖,該P(yáng)PI網(wǎng)絡(luò)涉及到28 個蛋白,236 條相互作用關(guān)系,結(jié)果提示STAT3、AKT1、MAPK1、TP53、PIK3CA、JUN、RELA、SRC、TNF、VEGFA、EGFR 等可能是TFA 防治急性腎損傷的作用靶點(diǎn)。見圖3。
表1 核心靶點(diǎn)基本信息表
DAVID 數(shù)據(jù)庫共富集到GO 功能條目327 個,生物學(xué)過程(biological process,BP)、細(xì)胞定位(cellular component,CC)和分子功能(molecular function,MF)分別有289、26 和52 個。其中,BP 主要涉及RNA 聚合酶Ⅱ啟動子的轉(zhuǎn)錄正調(diào)控、MAPK 級聯(lián)激活、凋亡過程的負(fù)調(diào)控、一氧化氮生物合成過程的正調(diào)控、細(xì)胞增殖的正調(diào)控和藥物反應(yīng)等;CC主要涉及細(xì)胞核、細(xì)胞溶質(zhì)、細(xì)胞外組分和受體復(fù)合物等;MF主要涉及相同蛋白質(zhì)結(jié)合、酶結(jié)合、轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合、蛋白質(zhì)結(jié)合和受體結(jié)合等。GO 功能富集分析柱狀圖(BP、CC、MF 各取P值排名前10位)見圖4。
DAVID 數(shù)據(jù)庫共富集到KEGG信號通路99條,根據(jù)P值選取前20位進(jìn)行展示,見圖5。有顯著性的通路包括Toll樣受體信號通路、乙型肝炎、催乳素信號通路、HIF-1信號通路、TNF信號通路、PI3K/Akt信號通路、碎骨細(xì)胞分化、T細(xì)胞受體信號通路和甲狀腺激素信號通路等。采用Cytoscape 3.8.0軟件構(gòu)建成分-靶點(diǎn)-通路網(wǎng)絡(luò)圖,見圖6。其中M1、M2、M3、M4、M5、M6、M7、M8、M9、M10與圖2中代表含義相同,網(wǎng)絡(luò)結(jié)果顯示,各成分可能通過調(diào)控MAPK1、AKT1、TP53、CCND1、TNF、STAT1、PIK3CA、IL2和NFKBIA等靶點(diǎn)基因的表達(dá),干預(yù)相關(guān)通路治療AKI。
2.6.1 HE、PAS染色結(jié)果觀察
各組小鼠的腎臟組織HE 染色、PAS 染色結(jié)果顯示,與正常組相比,模型組小鼠腎組織皮質(zhì)深部腎小管上皮細(xì)胞輕度水腫,形態(tài)學(xué)表現(xiàn)為腎小管上皮細(xì)胞胞漿疏松淡然,腎小管固縮,腎小球基底膜增厚;與模型組相比,給藥組小鼠腎組織腎小球基底膜輕微增厚,較模型組有所改善。見圖7。
2.6.2 Akt、MAPK在小鼠腎組織中的表達(dá)
與正常組相比,模型組的Akt 表達(dá)顯著下降(P<0.01),MAPK的表達(dá)顯著增加(P<0.05);與模型組相比,給藥組的Akt 表達(dá)顯著上升(P<0.01),MAPK 的表達(dá)顯著下降(P<0.05)。見表2和圖8、圖9。
表2 各組小鼠腎臟組織中Akt和MAPK蛋白表達(dá)情況比較(±s)
表2 各組小鼠腎臟組織中Akt和MAPK蛋白表達(dá)情況比較(±s)
注:與正常組相比,##P <0.01;與模型組相比,*P <0.05。
組別劑量(mg/kg)正常組模型組給藥組MAPK(平均光密度/mm2)0.075 8±0.008 5 0.129 5±0.025 3##0.110 0±0.023 8*— —228 Akt(平均光密度/mm2)0.181±0.073 0.076±0.015##0.117±0.039*
AKI 是一種短時(shí)間內(nèi)腎功能迅速下降的疾病,其發(fā)病機(jī)制多樣,與缺血/再灌注損傷(ischemia reperfusion injury,IRI)、肝移植手術(shù)、冠狀動脈搭橋手術(shù)、橫紋肌溶解癥、膿毒癥以及藥物等相關(guān),其中缺血/再灌注損傷與細(xì)胞內(nèi)Ca2+超載、大量活性氧產(chǎn)生、炎癥反應(yīng)和細(xì)胞凋亡介導(dǎo)的腎損傷密切相關(guān)[7]。AKI 有發(fā)展成慢性腎病和終末期腎病的風(fēng)險(xiǎn),因此進(jìn)行AKI 相關(guān)研究具有重要意義。目前根據(jù)臨床癥狀多將其歸為“癃閉”“關(guān)格”等范疇[8],通常認(rèn)為其病因病機(jī)主要與外邪侵襲、藥毒傷腎等有關(guān)。黃蜀葵花歸腎、膀胱經(jīng),目前已研發(fā)成新藥——黃葵膠囊,用于治療慢性腎炎、糖尿病腎病以及腎病綜合征等。
本研究通過網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)篩選得到169 個TFA 治療急性腎損傷的潛在靶點(diǎn),通過進(jìn)一步篩選得到28 個核心靶點(diǎn),核心靶點(diǎn)包括STAT3、AKT1、MAPK1、TP53、PIK3CA、JUN、RELA、SRC、TNF、VEGFA 和EGFR 等。AKT1 是參與機(jī)體產(chǎn)生AKI 分子機(jī)制中一個重要靶點(diǎn)基因,已有研究證明AKT1 的缺失可以加劇腎缺血再灌注損傷時(shí)的腎小管凋亡和炎癥反應(yīng),進(jìn)而加劇腎功能障礙和病理損害[9],且腎小管線粒體AKT1的表達(dá)可以減輕腎損傷,保護(hù)腎功能[10]。AKT1 包含于Akt,說明Akt 可能是治療AKI 的關(guān)鍵靶點(diǎn)。除了AKT1,MAPK 也有可能是治療AKI 的一個關(guān)鍵靶點(diǎn),有研究發(fā)現(xiàn)機(jī)體產(chǎn)生急性腎損傷的分子機(jī)制中涉及p38MAPK、JUK 的表達(dá)[11],而MAPK 家族成員包括MAPK1、JNK、p38MAPK 和ERK 等[12],在調(diào)節(jié)炎癥和免疫反應(yīng)中也起重要作用。
TFA 中含有黃酮成分槲皮素,研究發(fā)現(xiàn)槲皮素可通過顯著抑制由脂多糖(LPS)引起小鼠單核巨噬細(xì)胞白血病細(xì)胞(RAW 264.7 cells)炎癥反應(yīng)過程中JNK、p38MAPK 的激活來降低炎癥介質(zhì)水平[13],說明TFA 可能會通過抑制體內(nèi)JNK、p38MAPK 的激活來達(dá)到抗炎作用,降低腎臟炎癥反應(yīng)。孫軍等[14]在研究槲皮素對血管內(nèi)皮祖細(xì)胞(endothelial progenitor cells,EPCs)保護(hù)作用機(jī)制時(shí)發(fā)現(xiàn),槲皮素在增強(qiáng)EPCs細(xì)胞繁殖能力的同時(shí),可升高EPCs 中Akt 以及磷酸化Akt 的蛋白表達(dá)量,以及PI3K 和Akt3 mRNA 表達(dá),可見槲皮素可能通過PI3K/Akt 信號通路來發(fā)揮EPCs 保護(hù)作用。在內(nèi)皮損傷后,EPCs可由骨髓動員并歸巢于損傷部位參與血管修復(fù)及新生血管形成,從而對體內(nèi)多個器官損傷血管進(jìn)行修復(fù)[15],由此可見,TFA 可能通過上調(diào)體內(nèi)Akt表達(dá),干預(yù)PI3K/Akt信號通路來保護(hù)腎臟EPCs,修復(fù)腎臟內(nèi)損傷部位。趙青等[16]發(fā)現(xiàn)黃葵膠囊(黃蜀葵花提取物)可通過下調(diào)腎組織p38MAPK 的蛋白表達(dá),減少腎組織內(nèi)炎癥細(xì)胞的浸潤、活化,改善腎組織的炎癥性損傷。以上研究結(jié)果提示,Akt 與MAPK 可能是TFA治療AKI的作用靶點(diǎn)。
GO 富集分析結(jié)果顯示,可能的生物過程為MAPK級聯(lián)激活、凋亡過程負(fù)調(diào)控和細(xì)胞增殖正調(diào)控等。KEGG 富集分析結(jié)果顯示,可能的信號通路為Toll 樣受體信號通路、HIF-1 信號通路、TNF 信號通路及PI3K/Akt信號通路等。多篇文獻(xiàn)報(bào)道PI3K/Akt信號通路、Toll 樣受體信號通路和HIF-1 信號通路與保護(hù)相關(guān)物質(zhì)誘導(dǎo)的急性腎損傷作用有關(guān)[17-19]。這些通路均為常見炎癥反應(yīng)相關(guān)信號通路,Akt和MAPK在這些通路中起重要作用,炎癥反應(yīng)會加劇腎損傷,通過對Akt與MAPK的表達(dá)進(jìn)行調(diào)控,可減輕炎癥反應(yīng),進(jìn)而減輕腎損傷。動物實(shí)驗(yàn)靶點(diǎn)驗(yàn)證結(jié)果顯示,與模型組相比,給藥組Akt 表達(dá)量顯著上調(diào)、MAPK 表達(dá)量顯著下調(diào),說明TFA 可能通過調(diào)控Akt 和MAPK 蛋白的表達(dá),減輕阿霉素誘導(dǎo)小鼠產(chǎn)生的腎損傷。
綜上所述,本研究借助網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)的方法,收集TFA治療AKI的潛在靶點(diǎn),并通過PPI網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建和GO、KEGG 富集分析,結(jié)合動物實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證發(fā)現(xiàn)TFA 可能通過上調(diào)Akt 表達(dá)、下調(diào)MAPK 表達(dá),從而減輕阿霉素誘導(dǎo)小鼠產(chǎn)生的腎損傷。AKI 產(chǎn)生的原因有多種,阿霉素誘導(dǎo)的AKI 是屬于藥物毒性引起的,臨床上藥物引起的AKI 時(shí)有發(fā)生,其相關(guān)治療作用靶點(diǎn)的研究可為臨床上治療AKI 提供理論依據(jù),未來還需再進(jìn)一步對TFA治療AKI的相關(guān)通路以及多靶點(diǎn)治療進(jìn)行研究。