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基于孟德爾隨機(jī)化法的BMI與2型糖尿病因果關(guān)系研究

2022-10-13 12:58包綺晗李承圣王浩樺丁子琛周立雯叢慧文王廉源石福艷潘慶忠王素珍
關(guān)鍵詞:匯總因果關(guān)系患病

包綺晗,李承圣,王浩樺,丁子琛,周立雯,叢慧文,王廉源,楊 毅,石福艷,潘慶忠,王素珍

1)濰坊醫(yī)學(xué)院公共衛(wèi)生學(xué)院衛(wèi)生統(tǒng)計(jì)學(xué)系 山東濰坊 261053 2)濰坊醫(yī)學(xué)院公共衛(wèi)生學(xué)院數(shù)學(xué)教研室 山東濰坊 261053

我國2型糖尿病(type 2 diabetes mellitus,T2DM)患病人數(shù)全球第一,且有患者逐漸年輕化的趨勢(shì),T2DM的早期預(yù)防極為重要。肥胖被認(rèn)為是糖尿病、高血壓等慢性病的主要危險(xiǎn)因素[1]。賀媛等[2]研究發(fā)現(xiàn),BMI每增加一個(gè)標(biāo)準(zhǔn)差,糖尿病患病風(fēng)險(xiǎn)增加1.7倍;蘇健等[3]的研究得出類似結(jié)論,BMI最高分位組(>25.89 kg/m2)糖尿病患病風(fēng)險(xiǎn)是最低分位組(<21.70 kg/m2)的3.09倍。WHO 2016年全球衛(wèi)生觀察站報(bào)告顯示,我國成年人口BMI超過30 kg/m2的標(biāo)化率已增至6.4%[4-5],美國、法國、英國、德國、澳大利亞等發(fā)達(dá)國家分別為36.2%、21.6%、27.8%、22.3%、29.0%;雖然上述五國肥胖率遠(yuǎn)高于我國,但僅有美國糖尿病患病率與我國相近,其余國家均低于5%[6-7]。

在傳統(tǒng)的流行病學(xué)研究中,暴露與結(jié)局的關(guān)聯(lián)可能受到未測(cè)量混雜和反向因果的影響,從而導(dǎo)致因果關(guān)系推斷時(shí)受限。孟德爾隨機(jī)化(Mendelian randomization,MR)法近年來廣泛用于全基因組關(guān)聯(lián)研究(genome-wide association study,GWAS)數(shù)據(jù)的因果關(guān)系研究中。MR法是利用遺傳變異配子形成過程中隨機(jī)分裂與組合的特性對(duì)人群重新隨機(jī)分組,這在理論上避免了混雜因素的影響,同時(shí)以遺傳變異(暴露的工具變量)所解釋的變異也優(yōu)先結(jié)局所解釋的變異,由此排除了逆向因果問題[8-10]。本研究采用兩樣本MR法,以單核苷酸多態(tài)性(single nucleotide polymorphism,SNP)作為工具變量,基于GWAS匯總數(shù)據(jù),從基因?qū)用娣治鯞MI與T2DM的因果關(guān)系。

1 資料與方法

1.1 數(shù)據(jù)來源通過IEU OpenGWAS project(mrcieu.ac.uk)網(wǎng)站獲得近3 a的、樣本量最大的BMI(ieu-b-40)及T2DM(ebi-a-GCST006867)的GWAS數(shù)據(jù)。網(wǎng)站訪問時(shí)間為2021-08-15。最終兩組數(shù)據(jù)的人群來源均為歐洲,男女不限。BMI數(shù)據(jù)集樣本量為681 275,SNP數(shù)量為2 336 260;T2DM數(shù)據(jù)集樣本量為655 666,SNP數(shù)量為5 030 727。

1.2 SNP作為工具變量的條件設(shè)定①工具變量與暴露高度相關(guān),以F>10為強(qiáng)相關(guān)標(biāo)準(zhǔn)[11-12]。 ②工具變量不與結(jié)局直接相關(guān),僅通過暴露影響結(jié)局,即不存在基因多效性。本研究以MR-Egger回歸模型的截距項(xiàng)非0(P<0.05)表示不存在基因多效性[13-14]。 ③工具變量與未測(cè)混雜無關(guān)。由于MR方法選擇的SNP遵循親代等位基因隨機(jī)分配給子代的遺傳原則,受到的環(huán)境和后天生活的作用很小,即理論上可認(rèn)為工具變量與社會(huì)經(jīng)濟(jì)文化等環(huán)境因素是相互獨(dú)立的[15]。

1.3 SNP篩選從BMI的GWAS匯總數(shù)據(jù)中篩選出有意義的SNP(以P<5×10-8為篩選條件);設(shè)定連鎖不平衡系數(shù)r2為0.001,連鎖不平衡區(qū)域?qū)挾葹?0 000 kb,以保證各個(gè)SNP相互獨(dú)立,排除基因多效性對(duì)結(jié)果的影響[16-17]。從T2DM的GWAS匯總數(shù)據(jù)中提取上述篩選出的BMI相關(guān)SNP;設(shè)定最小r2>0.8,缺失的SNP用與其具有高度連鎖性的SNP代替,刪除無替代位點(diǎn)的SNP[15]。匯總上述兩個(gè)數(shù)據(jù)集的信息,同時(shí)剔除與T2DM直接相關(guān)的SNP(P<5×10-8)[18]。

1.4 因果關(guān)系驗(yàn)證方法采用MR-Egger回歸、加權(quán)中位數(shù)法(weight median estimator,WME)、隨機(jī)效應(yīng)逆方差加權(quán)法(inverse-variance weighted,IVW)、加權(quán)模型4種回歸模型,以SNP為工具變量,驗(yàn)證暴露(BMI)與結(jié)局(T2DM)的因果關(guān)系。其中,IVW法不需要個(gè)體層面數(shù)據(jù),可使用匯總數(shù)據(jù)直接計(jì)算因果效應(yīng)值。MR-Egger回歸通過計(jì)算每個(gè)SNP與T2DM的相關(guān)性(Y)及SNP與BMI的相關(guān)性(X),然后擬合線性函數(shù)。WME法計(jì)算第j個(gè)SNP所對(duì)應(yīng)的暴露-結(jié)局的因果效應(yīng)估計(jì)值(βj)。應(yīng)用Cochran's Q檢驗(yàn)判斷SNP的異質(zhì)性[19];若存在異質(zhì)性,則關(guān)注IVW模型結(jié)果;采用Leave-one-out方法進(jìn)行敏感性分析。上述方法均使用R 4.0.4軟件中的TwoSampleMR包實(shí)現(xiàn),檢驗(yàn)水準(zhǔn)α=0.05。

2 結(jié)果

2.1 篩選出的SNP信息經(jīng)過幾次篩選,T2DM數(shù)據(jù)集獲得465個(gè)SNP,交集情況見圖1,經(jīng)初步敏感性分析后剔除一個(gè)離群,同時(shí)排除13個(gè)模棱兩可的SNP,最終納入451個(gè)SNP,部分SNP基本信息見表1。MR-Egger回歸截距項(xiàng)為0.000 3(P=0.826 1),提示篩選出的SNP與T2DM不存在基因多效性。

圖1 暴露與結(jié)局SNP數(shù)據(jù)交集

表1 最終篩選出的部分SNP的信息

2.2 因果關(guān)系驗(yàn)證4種方法的回歸結(jié)果見表2,均顯示BMI為T2DM患病的危險(xiǎn)因素,BMI每增加1個(gè)標(biāo)準(zhǔn)差,T2DM發(fā)病風(fēng)險(xiǎn)約增加2.9倍。

2.3 異質(zhì)性檢驗(yàn)散點(diǎn)圖和漏斗圖見圖2。漏斗圖顯示納入的所有SNP基本對(duì)稱,但MR-Egger回歸結(jié)果顯示統(tǒng)計(jì)量Q=1 289.365(P<0.001),提示SNP間存在異質(zhì)性,故關(guān)注隨機(jī)效應(yīng)IVW模型。

圖2 孟德爾隨機(jī)化散點(diǎn)圖(左)和漏斗圖(右)

2.4 敏感性分析經(jīng)Leave-one-out檢驗(yàn),依次剔除各SNP,余下的450個(gè)SNP的β值在1.028~1.055(P<0.001);去除任何一個(gè)SNP后,余下450個(gè)SNP的結(jié)果都在無效線的右側(cè),并且都與總效應(yīng)的區(qū)間相近;說明無論去除任意一個(gè)SNP都不會(huì)對(duì)結(jié)果產(chǎn)生較大影響,表明本研究的MR結(jié)果是穩(wěn)健的。

3 討論

既往賀媛等[2]的研究發(fā)現(xiàn),在中國全人群中T2DM患病率隨BMI的上升而增加,在BMI由正常升至2級(jí)肥胖后T2DM患病風(fēng)險(xiǎn)增加了5.9倍。劉俊等[20]一項(xiàng)包含美國45歲以上女性、伊朗和澳大利亞20歲以上全人群、芬蘭25歲以上全人群及歐洲中年白人的meta分析結(jié)果也表明,超重者T2DM患病風(fēng)險(xiǎn)是體重正常者的2.59倍,而肥胖者是體重正常者的6.28倍。王超等[21]發(fā)現(xiàn)在超重和肥胖的中國人群中,肥胖人群患T2DM的風(fēng)險(xiǎn)比超重人群顯著增加。Marie-Eve等[23]綜述研究結(jié)果也表明,丹麥人群和挪威20~61歲人群中肥胖、腰圍、腰臀比和BMI等肥胖指標(biāo)的增加等能夠促進(jìn)T2DM相關(guān)指標(biāo)的增加。Abuyassin等[24]研究發(fā)現(xiàn),阿拉伯人BMI的增加是T2DM發(fā)病的危險(xiǎn)因素。Mokdad等[25]的研究表明,BMI處于30~35的美國男性T2DM患病風(fēng)險(xiǎn)是BMI正常男性的10倍,而女性則達(dá)20倍。但是也有少數(shù)研究結(jié)果顯示BMI與T2DM無關(guān),比如張銳芝等[22]發(fā)現(xiàn)中國60歲以上老年人BMI與T2DM的優(yōu)勢(shì)比OR為0.992,但是無統(tǒng)計(jì)學(xué)意義(P=0.761)。

我國肥胖人群比發(fā)達(dá)國家少,但T2DM患者卻比發(fā)達(dá)國家多,說明BMI是T2DM的一個(gè)獨(dú)立危險(xiǎn)因素但可能不是必須因素或最主要因素,而是多種因素共同作用的結(jié)果。本研究基于GWAS匯總數(shù)據(jù),以BMI高度相關(guān)的SNP為工具變量,使用兩樣本MR法探索BMI與T2DM的因果關(guān)系,結(jié)果顯示:BMI是T2DM患病的危險(xiǎn)因素;隨機(jī)效應(yīng)模型IVW結(jié)果表明,BMI每增加一個(gè)單位,人群T2DM患病風(fēng)險(xiǎn)增加2.842倍;提示預(yù)防T2DM應(yīng)更關(guān)注通過飲食和生活習(xí)慣的調(diào)整,控制體重和BMI。

本研究以歐洲人群為例,驗(yàn)證了MR方法應(yīng)用于慢性病發(fā)病風(fēng)險(xiǎn)研究的可行性。探索中國人與歐洲人T2DM相關(guān)遺傳位點(diǎn)的差異,從微觀層面尋找可預(yù)防的符合我國人群特征的T2DM關(guān)鍵危險(xiǎn)因素,對(duì)我國T2DM早期預(yù)防也有指導(dǎo)意義。但是,目前亞洲和中國人群GWAS數(shù)據(jù)較少,而其他數(shù)據(jù)庫的數(shù)據(jù)又難以獲取和整理,所以本研究結(jié)果還需結(jié)合臨床和隨機(jī)對(duì)照試驗(yàn)在中國人群中進(jìn)行驗(yàn)證。

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