趙子夜,汪昭明,高顯華,尹書怡,鄭建明,方瑞華,邢俊杰,王顥,張衛(wèi),于恩達△
1 上海長海醫(yī)院肛腸外科/遺傳性結(jié)直腸癌篩查防治中心 上海 200433
2 上海長海醫(yī)院病理科 上海 200433
遺傳性結(jié)直腸癌綜合征是一類具有遺傳背景的結(jié)直腸癌。目前發(fā)現(xiàn)的遺傳性結(jié)直腸癌均為單基因遺傳病。在過去的20年里,醫(yī)學(xué)界對遺傳性結(jié)直腸癌綜合征,尤其是息肉病型遺傳性結(jié)直腸癌綜合征(即結(jié)腸息肉病)的認識和理解有了快速而廣泛的提高。結(jié)腸息肉病可根據(jù)息肉的病理性質(zhì)和數(shù)量進行分類。若能明確致病或變異基因,則可獲得遺傳學(xué)診斷。美國胃腸病學(xué)會(American College of Gas?troenterology,ACG)指南明確了結(jié)腸息肉病的7種類型,并提供了具體的診斷和治療建議。這7中類型分別是家族性腺瘤性息肉病(familial adenomatous pol?yposis,F(xiàn)AP)、衰減型家族性腺瘤性息肉?。╝ttenu?ated familial adenomatous polyposis,AFAP)、MutYH相關(guān)息肉病(MutYH-associated polyposis,MAP)、黑斑息肉綜合征(Peutz–Jeghers syndrome,PJS)、幼年性息肉?。╦uvenile polyposis syndrome,JPS)[1]、PTEN錯構(gòu)瘤腫瘤綜合征/Cowden 綜合征(PTENHamartoma Tumor Syndrome/Cowden syn?drome,PHTS/CS)及鋸齒狀息肉病綜合征(serrat?ed polyposis syndrome,SPS)[2]。隨著基因檢測和分子診斷技術(shù)的發(fā)展,通過識別遺傳學(xué)改變對結(jié)腸息肉病進行分型已經(jīng)成為可能并逐漸形成趨勢,這對遺傳咨詢、家系風(fēng)險評估大有幫助。
結(jié)腸腺瘤性息肉?。╟olorectal adenomatous pol?yposis,CAP)是最常見的結(jié)腸息肉病類型。MutYH(原名MYH)較早(2002年)被證實為CAP 的致病基因,由Al-Tassan 等[3]在英國威爾士地區(qū)的一個CAP家系中發(fā)現(xiàn)。此類CAP表型多為AFAP,在明確致病基因后命名為MAP,人類孟德爾遺傳在線(https://omim.org/)分類名為 FAP2 型(OMIM 608456),是一種常染色體隱性遺傳病。MutYH即mutY homolog,意為大腸桿菌腺嘌呤DNA 糖基化酶的同源基因,是DNA 修復(fù)途徑——堿基切除修復(fù)(base excision repair,BER)的成員之一。堿基切除修復(fù)途徑的另一個成員——NTHL1,也可導(dǎo)致CAP和結(jié)直腸癌[4]。MutYH功能缺失可引起基因組中特異性的G>T顛換[5],由此可導(dǎo)致病理學(xué)及分子生物學(xué)方面一系列獨特的改變。目前已在MAP 和結(jié)直腸癌患者中發(fā)現(xiàn)了100 多種MutYH致病性變異(www.lovd.nl/MUTYH),相關(guān)病例大部分屬于歐美學(xué)者報道的高加索人種[6]。MAP 在東亞人群[7]中鮮有報道,其變異特點、臨床表現(xiàn)及病理特征尚未得到全面描述。本研究基于本中心MAP 患者的臨床資料,分析基因變異及臨床病理特征,并部分呈現(xiàn)中國MAP 患者的臨床和遺傳學(xué)特點。
上海長海醫(yī)院遺傳性結(jié)直腸癌篩查防治中心登記有各類息肉病患者共500 多例。筆者團隊于2020年12月對其中166 例CAP 患者進行了結(jié)直腸癌相關(guān)致病基因胚系突變檢測。從醫(yī)院信息系統(tǒng)(hospital information system,HIS)獲取CAP 患者的臨床信息和家系信息,并通過隨訪補充部分信息?;颊咴谧≡夯螂S訪期間被招募進入CAP 監(jiān)測及研究計劃,其結(jié)腸病變石蠟包埋標(biāo)本保存于長海醫(yī)院病理科,患者及其親屬的外周血及口腔黏膜標(biāo)本于隨訪時獲取。所有患者在入院時均簽署知情同意書,并授權(quán)使用其臨床信息及生物標(biāo)本。此外,在隨訪期間補充采集的標(biāo)本也均獲得患者及其親屬的知情同意和書面授權(quán)。本研究經(jīng)醫(yī)院倫理委員會審批通過。
納入標(biāo)準(zhǔn):臨床診斷為CAP 的患者且經(jīng)MutYH胚系變異檢測明確為MutYH基因雙等位基因變異攜帶者(純合變異或復(fù)合雜合變異),此類患者親屬若經(jīng)基因檢測證實為相同變異攜帶者(雙等位基因變異)也納入研究。排除標(biāo)準(zhǔn):生物樣本不能滿足檢測所需,拒絕參與研究,關(guān)鍵臨床信息缺失。
采用動物基因組DNA 提取試劑盒提取生物標(biāo)本的基因組DNA。采用Sanger 測序、下一代測序(next generation sequencing,NGS)或多重連接探針擴增(multiplex ligation-dependent probe amplifica?tion,MLPA)等技術(shù)進行MutYH變異檢測。NGS 及其涉及的DNA 提取、PCR 擴增等實驗內(nèi)容由上海鑒研生物技術(shù)公司完成。Sanger測序及其涉及的MutYH的16 個外顯子擴增等實驗內(nèi)容由上海邁浦生物技術(shù)公司完成,具體實驗方法可參考文獻[8]。MutYH的擴增引物及測序引物見表1。
表1 MutYH基因外顯子擴增及測序引物
對于NGS 未檢出致病變異的CAP 患者(即未發(fā)現(xiàn)APC致病變異及MutYH雙等位基因變異者),由病理科醫(yī)師復(fù)查病理切片結(jié)果,再次確認其臨床診斷。非CAP 患者終止試驗,確診為CAP 的患者繼續(xù)進行APC及MutYH的MLPA 實驗。MLPA 實驗使用SALSA MLPA Probemix P043 APC 試劑盒,該試劑盒包含MutYH的第1、第2、第11、第16號外顯子檢測探針。由上海生工生物工程公司完成,具體實驗方法可參考文獻[9]。使用coffalyser 軟件解讀結(jié)果(www.mlpa.com/coffalyser)。
本研究將攜帶MutYH雙等位基因變異(復(fù)合雜合變異/純合變異)的患者診斷為MAP,總結(jié)其Mu?tYH變異及臨床表型。根據(jù)息肉數(shù)量將CAP分為衰減型CAP(息肉數(shù)量10~99枚)和經(jīng)典型CAP(息肉數(shù)量≥100 枚),其中經(jīng)典型CAP 可進一步分為稀疏型CAP(息肉數(shù)量100~1 000 枚)和密集型CAP(息肉數(shù)量>1 000 枚)。匯總分析患者的息肉/腫瘤病理結(jié)果,包括內(nèi)鏡切除標(biāo)本和手術(shù)標(biāo)本的病理性質(zhì)、錯配修復(fù)(mismatch repair,MMR)蛋白表達情況(錯配修復(fù)功能完整或缺失),以及KRAS基因突變情況。其中,MMR 蛋白完整表達稱為錯配修復(fù)完整(MMR proficient,pMMR),MMR蛋白表達缺失稱為錯配修復(fù)缺陷(MMR deficient,dMMR)。
使用SPSS 25.0 進行統(tǒng)計分析,計量資料以M(QL,QU)表示;計數(shù)資料以[n(%)]表示。
在166 例CAP 患者中,10 例患者攜帶MutYH雙等位基因變異,修正診斷為MAP。在這10 例攜帶MutYH雙等位基因變異的患者中,有2例患者屬于同一家系(MAP-2),共確認了9 個MAP 家系,見圖1(MAP-6/7 無詳細家系信息)。僅MAP-5 家系為純合變異,其余均為復(fù)合雜合變異。其中6 個家系(MAP-1/2/3/4/5/7)中的8種變異(c.55C>T、c.799C>T、c.467G>A、 c.1435G>T、 c.733C>T、 c.1187G>A、c.857G>A、c.1214C>T)已被報道,另外5 種變異(c.307T>G、 c.1047G>A、 del exon2、 del exon11、del exon16)在數(shù)據(jù)庫(dbSNP,ClinVar,ExAC,HG?MD,LOVD)中未見報道或記錄,4種變異(c.55C>T、c.799C>T、c.857G>A、del exon2)在本隊列中重復(fù)檢出(表2)。上述13種變異中,10種為點突變/單核苷酸變異(single nucleotide variant,SNV),3 種為大片段缺失,屬于拷貝數(shù)變異(copy number varia?tion,CNV)。SNV 中的5 種無義變異(c.55C>T、c.467G>A、c.799C>T、c.1047G>A、c.1435G>T)和3種CNV(del exon2、del exon11、del exon16)均可導(dǎo)致MutYH蛋白截短或降解,可直接判定為致病變異。c.1187G>A是最早發(fā)現(xiàn)于高加索人種中的始祖變異,且在歐洲MAP 患者中多次檢出,可判定為致病變異[10]。另外4 種錯義變異(c.307T>G、c.733C>T、c.857G>A、c.1214C>T)會導(dǎo)致單個氨基酸的替換,根據(jù)PolyPhen-2工具(http://genetics.bwh.harvard.edu/pph2/)預(yù)測均可導(dǎo)致顯著的功能改變(圖2)。綜合人群(不可用)、計算機預(yù)測(相同氨基酸改變已被證實為致病變異/PS1)、功能學(xué)(不可用)、分離(與MAP表型共分離/PP1)、新發(fā)變異(不可用)、其他信息(患者表型高度特異/PP4)等數(shù)據(jù)分析致病性,根據(jù)美國醫(yī)學(xué)遺傳學(xué)與基因組學(xué)學(xué)會(Ameri?can College of Medical Genetics and Genomics,AC?MG)標(biāo)準(zhǔn)[11]最終判定上述4 種錯義突變均為可能致病變異(1PS+2PP)。
圖1 MAP家系圖
表2 先證者所攜帶的MutYH基因變異
10例MAP患者分屬9個獨立家系,除MAP-5家系存在近親結(jié)婚且為MutYH純合變異外,其余8個家系中未發(fā)現(xiàn)近親結(jié)婚,致病變異為復(fù)合雜合變異(圖1)。10例MAP患者中,有6例結(jié)腸息肉數(shù)量不足100 枚,屬于衰減型CAP;其余4 例息肉數(shù)量大于100 枚,但不足1 000 枚,屬于經(jīng)典型(稀疏型)CAP(圖3A、圖3B),病理證實均為腺瘤(圖4A、圖4B)。1 例患者罹患胃息肉?。∕AP-7 1)(圖3C)。這10例MAP患者接受治療時,6例已發(fā)生結(jié)直腸癌(圖3D、圖4C),1例發(fā)生腺瘤高級別上皮內(nèi)瘤變(表3)。6例結(jié)直腸癌患者中的5例術(shù)后標(biāo)本進行了KRAS基因檢測和免疫組化實驗,其中4 例為KRAS突變型,2 例為dMMR。10 例患者中,1 例始終采取結(jié)腸鏡治療;9 例接受外科手術(shù)治療(其中1人接受兩次手術(shù)),其中3 例接受全大腸切除術(shù)(2例回腸儲袋肛管吻合、1例回腸造口術(shù))(圖3E、圖3F),5例接受全結(jié)腸切除術(shù)(回腸直腸吻合),1例接受次全大腸切除術(shù)(升結(jié)腸肛管吻合)。1例患者術(shù)后15個月死于結(jié)腸癌肝轉(zhuǎn)移(MAP-8 Ⅱ:1)。10例MAP 患者的中位發(fā)病年齡為42(27,62)歲,中位治療年齡為48(31,62)歲。發(fā)生癌變的6 例MAP患者中,經(jīng)典型CAP 和衰減型CAP 各3 例,治療年齡分別為41 歲、43 歲、58 歲,31 歲、48 歲、62歲。MAP-2 家系中的2 例患者均從42 歲開始內(nèi)鏡監(jiān)測,癌變者手術(shù)時年齡為48 歲,未癌變者手術(shù)時年齡為53歲(表3)。
圖3 部分MAP患者的內(nèi)鏡圖
圖4 部分MAP患者的病理結(jié)果圖
表3 MAP患者的表型特征
表3(續(xù))
根據(jù)致病基因的不同,CAP 可分為APC相關(guān)息肉?。ˋPC-associated polyposis,AAP)、MAP、AX?IN2相關(guān)CAP、聚合酶校對相關(guān)息肉?。╬olymerase proofreading associated polyposis,PPAP)及結(jié)構(gòu)性錯配修復(fù)缺陷綜合征(constitutional mismatch re?pair deficiency syndrome,CMMRD)[12]。由于臨床診斷時通常不能獲得基因檢測結(jié)果,CAP 既往幾乎均被診斷為FAP,暗示著APC是最可能的致病基因,其在CAP患者中的檢出率為70%~90%。隨著CAP患者數(shù)量的增加,越來越多的CAP 患者被發(fā)現(xiàn)不攜帶APC基因變異,而發(fā)現(xiàn)了其他CAP 相關(guān)基因。本研究在166 例CAP 患者中鑒定到10 例MAP 患者,分屬9個獨立家系。經(jīng)典型CAP患者4例,衰減型CAP患者6 例。這10 例患者的中位發(fā)病年齡為42 歲,平均發(fā)病年齡為48 歲,診斷時癌變比例為6/10,均與文獻報道相似[13]。MAP患者腫瘤的KRAS突變型比例為4/5,dMMR 也存在(2/5)。在9 個家系18 個MutYH變異中有非重復(fù)變異13 種,其中5 種未見于既往報道,且有大片段缺失CNV 3種。既往應(yīng)用MLPA檢測MutYH的CNV僅見于兩項研究[14-15],本研究結(jié)果提示該基因CNV 存在的客觀性,尤其對于SNV 檢測未發(fā)現(xiàn)致病變異者,一定要完善CNV 檢測以避免得出假陰性結(jié)論。
由結(jié)腸息肉病綜合征導(dǎo)致的結(jié)直腸癌僅占1%~3%,且不同CAP 在臨床表現(xiàn)上并不存在明確界線而是相互混雜,因此目前無法僅憑臨床表現(xiàn)確診一種CAP,這一情況在無家族史的患者中尤其明顯。對MAP 這類隱性遺傳病而言,可能引起混雜的因素至少包括以下兩個:(1)罕見的跨世代家族史;(2)息肉數(shù)量極少以致不能引起醫(yī)師對CAP 的懷疑。MAP 總體上具有息肉數(shù)量較少、發(fā)病時間較晚、腸外表現(xiàn)不鮮明的特點,因此現(xiàn)階段確診MAP 的時間總體上是落后的,很多患者確診時已有癌變。在基因診斷方法改進和介入時機恰當(dāng)選擇上進行嘗試是提升MAP 診療效果的必由之路。同時,結(jié)合在散發(fā)性結(jié)直腸癌中發(fā)現(xiàn)MutYH雙等位基因變異的事實綜合分析,一旦實現(xiàn)早期診斷,極有可能面對MAP 表型進一步復(fù)雜化的情況,尤其當(dāng)面對未生長結(jié)腸息肉或息肉數(shù)量極少而不能達成CAP 診斷標(biāo)準(zhǔn)時,需要考慮對MAP 進行重新定義,類似于BMPR1A相關(guān)息肉病的情況[16]。
MutYH作為一種BER 基因,其蛋白產(chǎn)物可以修復(fù)DNA的特定氧化損傷,降低DNA復(fù)制過程中的錯誤概率[17]。因為MutYH有多種轉(zhuǎn)錄本及蛋白異構(gòu)體,所以在識別該基因變異的歷程中經(jīng)歷過若干次參考序列的改變,當(dāng)前參考轉(zhuǎn)錄本為NM_001128425,包含氨基酸殘基549個,對早期文獻報道及數(shù)據(jù)庫記錄的變異應(yīng)注意對序列差異的識別。p.Y179C 和p.G396D在高加索人種MutYH變異中約占80%[6],被認為是歐洲的“始祖變異”。Aretz等[18]專門對這兩個變異的發(fā)生時間進行推算,得出這兩個變異分別出現(xiàn)于約305世代和350世代之前,即公元前8 000—4 000年的新石器時代。有關(guān)MAP的早期文獻和部分地區(qū)的報告中存在著較高比例的純合變異患者(6/7和13/13)[19-20],這與本研究隊列顯著不同(1/9),其中的重要原因在于我國的計劃生育制度很大程度避免了近親結(jié)婚的出現(xiàn)。因為已確診的MAP 患者數(shù)量有限,其基因型—表現(xiàn)型相關(guān)性分析較難開展。來自英國加迪夫大學(xué)、德國波恩大學(xué)和荷蘭萊頓大學(xué)的數(shù)據(jù)共匯總了257 例MAP 患者信息用于相關(guān)性分析,得到的核心結(jié)論是p.Y179C導(dǎo)致臨床表現(xiàn)更嚴重而p.G396D相對較輕,臨床現(xiàn)象與體外實驗結(jié)果一致[21]。但上述結(jié)論的意義相對有限,僅能對攜帶上述“始祖變異”的個體提供預(yù)測信息,對其他族群或其他變異攜帶者并不具有參考價值。再分析腸外表現(xiàn)時病例數(shù)增加到了276例,結(jié)果發(fā)現(xiàn)十二指腸腺瘤最為常見,發(fā)生率為17%~34%[22]。本研究僅1例患者在胃鏡檢查中發(fā)現(xiàn)胃息肉病,說明我們在臨床實踐中對此類患者上消化道的監(jiān)測較為薄弱。研究數(shù)據(jù)還提示MAP 患者的膀胱癌、卵巢癌的風(fēng)險有所增加,值得進一步關(guān)注。
隱性遺傳病致病變異往往以一定的比例廣泛存在于人群中,且具有人群特異性。歐美國家的數(shù)據(jù)表明,MutYH雜合變異攜帶者在無癥狀人群中的比例為1%~2%,按照隱性遺傳病發(fā)生率粗略計算方法推斷,MAP 的自然發(fā)生率為(2.5~10)/10 萬。MutYH變異雜合攜帶者雖然不會發(fā)展為CAP,但其罹患結(jié)直腸癌、胃癌、子宮內(nèi)膜癌的風(fēng)險也有所增加[23]。美國、加拿大、澳大利亞的結(jié)直腸癌匯總數(shù)據(jù)表明,結(jié)直腸癌患者攜帶MutYH雜合變異的比例高達1/45[24],這表明散發(fā)以及無息肉病表現(xiàn)的結(jié)直腸癌患者中存在著相當(dāng)數(shù)量的MutYH變異攜帶者,那么Mu?tYH變異所導(dǎo)致的特異性病理學(xué)及分子生物學(xué)特征對于識別此類患者具有重要的價值。目前已經(jīng)發(fā)現(xiàn)MAP 患者除發(fā)生結(jié)腸腺瘤外,可能同時存在增生性息肉和鋸齒狀病變(息肉/腺瘤)[25]。鋸齒狀病變的特點是不經(jīng)過經(jīng)典腺瘤癌變途徑而發(fā)生癌變,可伴隨BRAF突變、KRAS突變、微衛(wèi)星不穩(wěn)定性等特征。另一方面由于MutYH功能缺失會導(dǎo)致基因組內(nèi)大量G>T 顛換,導(dǎo)致MAP 相關(guān)結(jié)直腸癌具有較高比例的KRAS突變發(fā)生,也可以導(dǎo)致MMR 基因的變異繼而引起dMMR腫瘤的發(fā)生。Lynch綜合征在結(jié)直腸癌中占比約為3%,與此同時,具有dMMR表現(xiàn)卻無相應(yīng)MMR 基因及其相關(guān)基因胚系變異的Lynch 樣綜合征占比也接近3%,其中部分患者可檢測到MutYH雙等位基因胚系突變[14]。上述現(xiàn)象存在廣泛重疊,其深層次原因值得進一步研究?,F(xiàn)階段臨床實踐中需要注意:(1)加強KRAS突變型結(jié)直腸癌患者的MutYH胚系突變檢測;(2)dMMR不是排除MutYH胚系突變的標(biāo)準(zhǔn)。
本研究的不足之處主要有以下兩點:(1)樣本量太小以至于不能進行統(tǒng)計推斷。雖然研究呈現(xiàn)出了息肉病表型與癌變比例無顯著相關(guān)、腫瘤KRAS突變型比例高(4/5)、dMMR比例低(2/5)等與既往研究接近的結(jié)果,但不能獲得統(tǒng)計推斷的佐證。(2)沒有進行非息肉病結(jié)直腸癌患者的MutYH胚系檢測,從而不能進行兩組間的對比,不能獲得進一步的基因型—表現(xiàn)型數(shù)據(jù)。以上缺陷值得進一步積累數(shù)據(jù)或進行多中心研究來獲得更可信、更有價值的結(jié)果。
利益沖突聲明全體作者均聲明不存在與本文相關(guān)的利益沖突。