国产日韩欧美一区二区三区三州_亚洲少妇熟女av_久久久久亚洲av国产精品_波多野结衣网站一区二区_亚洲欧美色片在线91_国产亚洲精品精品国产优播av_日本一区二区三区波多野结衣 _久久国产av不卡

?

基于網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)和分子對(duì)接技術(shù)揭示血府逐瘀口服液抗血栓的活性成分和作用機(jī)制

2024-01-01 00:00:00林圣華薛暢馬宏林范偉沈川琳陳佳瑜孫博通杜興碩展李曉彬張姍姍靳夢(mèng)何秋霞
山東科學(xué) 2024年4期
關(guān)鍵詞:分子對(duì)接網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)作用機(jī)制

摘要:為揭示血府逐瘀口服液治療血栓類(lèi)疾病的機(jī)理,挖掘血府逐瘀口服液中抗血栓有效成分。通過(guò)TCMSP數(shù)據(jù)庫(kù)檢索血府逐瘀口服液中的化學(xué)成分或成分靶點(diǎn);利用STRING數(shù)據(jù)庫(kù)構(gòu)建蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)相互作用(PPI)網(wǎng)絡(luò)得到核心靶點(diǎn);通過(guò)Cytoscape構(gòu)建“成分-靶點(diǎn)”網(wǎng)絡(luò)圖,并進(jìn)行拓?fù)浞治龊蛯?duì)核心靶點(diǎn)進(jìn)行GO和KEGG富集分析,預(yù)測(cè)血府逐瘀口服液抗血栓的作用機(jī)制;根據(jù)Degree值排名將關(guān)鍵的成分和作用靶點(diǎn)進(jìn)行分子對(duì)接。通過(guò)網(wǎng)絡(luò)拓?fù)浞治龊Y選得到81個(gè)核心靶點(diǎn),如TNF、ALB、AKT1等;GO富集分析中生物過(guò)程(BP)共304條,分子功能(MF)共72條,細(xì)胞組成(CC)共41條,通路富集得到凝血級(jí)聯(lián)反應(yīng)、TNF等80條信號(hào)通路;分子對(duì)接結(jié)果顯示,Sainfuran、Xambioona和7-Methoxy-2-methyl isoflavone與靶點(diǎn)蛋白ESR1、F2、IL-2、KDR、MET、MMP3均有較好的親和力。該研究為血府逐瘀口服液在抗血栓應(yīng)用方面提供參考。

關(guān)鍵詞:血府逐瘀口服液;抗血栓藥物;血栓;網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué);分子對(duì)接;作用機(jī)制

中圖分類(lèi)號(hào):R285"" 文獻(xiàn)標(biāo)志碼:A"" 文章編號(hào):1002-4026(2024)04-0026-08

開(kāi)放科學(xué)(資源服務(wù))標(biāo)志碼(OSID):

Study of the active components and mechanism of action of antithrombotic

Xuefuzhuyu oral liquid based on network pharmacology and

molecular docking technology

LIN Shenghua1a,XUE Chang2,MA honglin1a,F(xiàn)AN Wei1a,SHEN Chuanlin1a,CHEN Jiayu1a,SUN Botong1b,

DU Xingshuo1a, ZHAN Wen1a,LI Xiaobing1a, ZHANG Shanshan1a, JIN Meng1a, HE Qiuxia1a,1b

(1.a.Engineering Research Center of Zebrafish Model for Human Diseases and Drug Screening of Shandong Province, Biology Institute;

b.Science and Technology Service Platform, Qilu University of Technology (Shandong Academy of Sciences), Jinan 250014, China;

2.Department of Biological Sciences, Xi’an Jiaotong-Liverpool University, Suzhou 215028, China)

Abstract∶The aim of this study is to reveal the mechanism of Xuefuzhuyu oral liquid in treating thrombotic diseases and to explore its effective antithrombotic active ingredients . The Traditional Chinese Medicine Systems Pharmacology database was used to search for the active ingredients or related components of Xuefuzhuyu oral liquid. A protein-protein interaction network was constructed using the STRING database to obtain the core targets. A “component-target”network diagram was constructured using Cytoscape, which was used to perform topological,GO and KEGG enrichment analyses on core components to predict the antithrombotic mechanism action. Molecular docking was conducted on the key components and action targets according to the degree ranking. 81 core components, such as tumor necrosis factor (TNF), ALB, and AKT1 were obtained via network topology analysis screening.A total of 304 biological processes (BPs), 72 molecular functions, and 41 cell components were analyzed using GO enrichment analysis, and pathway enrichment yielded 80 signaling pathways, such as the coagulation cascade responseand TNF pathway.Molecular docking results showed that Sainfuran, Xambioona, and 7-methoxy-2-methyl isoflavone have good affinity with target proteins ESR1, F2, IL-2, KDR, MET, and MMP3. This study provides a reference for the application of Xuefuzhuyu oral liquid in antithrombotic therapies.

Key words∶Xuefuzhuyu oral liquid; antithromboticagent; thrombus; network pharmacology; molecular docking; mechanism of action

血栓及其導(dǎo)致的各類(lèi)心腦血管疾病嚴(yán)重危害人體健康,其中靜脈血栓栓塞是導(dǎo)致死亡的重要因素[1]。血栓(thrombostic)是在靜脈或動(dòng)脈血管中形成血凝塊從而限制了血液流動(dòng)的一種病理過(guò)程。血管中血液的正常流動(dòng)依賴(lài)血漿蛋白、凝血因子、炎癥因子、細(xì)胞因子及血管內(nèi)皮等因素之間的動(dòng)態(tài)平衡,若該穩(wěn)態(tài)失衡,形成血栓的機(jī)率將顯著增加[2]。在醫(yī)學(xué)上,西醫(yī)血栓治療方法可以分為藥物治療和手術(shù)治療兩大類(lèi)。維生素K拮抗劑華法林、肝素等應(yīng)用于抗凝;尿激酶、替奈普酶(TNK-IPA)等用于溶栓;此外還有手術(shù)、機(jī)械清除術(shù)或置入靜脈濾器等方法清除血栓[3]。但是這些抗血栓療法受到較多禁忌癥的限制并存在并發(fā)癥的風(fēng)險(xiǎn)。中草藥作用溫和、副作用較少,因此對(duì)抗血栓相關(guān)中草藥與方劑的研究具有重要意義[4]。

血府逐瘀口服液采用清代王清任所創(chuàng)的經(jīng)典活血化瘀方,由桃仁、紅花、柴胡、牛膝、赤芍、甘草、當(dāng)歸、枳殼、桔梗、川芎、地黃十一味中藥材組成,具有活血化瘀、行氣止痛的功效,在臨床治療中對(duì)腦梗死、冠心病、心肌梗死等血栓類(lèi)疾病具有顯著療效[5]。其中桃仁活血化淤的功效最強(qiáng),為方中君藥,當(dāng)歸、牛膝、赤芍、川芎、紅花五藥相合,共同加強(qiáng)桃仁活血化瘀的功效,為方中的臣藥。紅花具有抑制血栓素A2合成,促進(jìn)前列環(huán)素合成,降低血漿纖溶酶原激活物抑制因子活性的作用[6];赤芍能有效延長(zhǎng)血栓的形成時(shí)間,減輕血栓重量,抑制血液凝結(jié)[7];川芎具有活血化瘀的作用,其中川芎嗪可以抑制血小板凝集,降低血液黏稠[8];牛膝總苷可降低血小板黏附率,改變血瘀模型大鼠的血液流變特性,具有顯著的抗血栓作用[9]。

血府逐瘀口服液體現(xiàn)了中藥復(fù)方具有多成分、多靶點(diǎn)、協(xié)同作用的特點(diǎn)[10]。中藥復(fù)方盡管在治療復(fù)雜疾病方面具有顯著療效,但是其具體作用機(jī)制尚不明確。網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)從系統(tǒng)生物學(xué)理論出發(fā),選取特定節(jié)點(diǎn)進(jìn)行多靶點(diǎn)分析,強(qiáng)調(diào)對(duì)信號(hào)通路的多途徑調(diào)節(jié)[11],可以從整體的角度探究藥物與疾病治療之間的關(guān)聯(lián),構(gòu)建疾病-表型-基因-藥物多層次網(wǎng)絡(luò)[10]。本研究借助網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)從分子水平預(yù)測(cè)血府逐瘀口服液抗血栓的有效活性成分和靶點(diǎn),并結(jié)合分子對(duì)接,分析其中的有效活性成分和靶點(diǎn)之間的最佳結(jié)合位點(diǎn),為揭示血府逐瘀口服液治療血栓類(lèi)疾病的機(jī)理提供有益探索。

1 方法

1.1 血府逐瘀口服液有效化學(xué)成分及作用靶點(diǎn)的獲取

利用中藥系統(tǒng)藥理數(shù)據(jù)庫(kù)與分析平臺(tái)(traditional Chinese medicine systems pharmacology database and analysis platform,TCMSP)檢索血府逐瘀口服液中各藥材(桃仁、紅花、柴胡、牛膝、赤芍、甘草、當(dāng)歸、枳殼、桔梗、川芎、地黃)的化學(xué)成分,再以口服生物利用度(oral bioavailability, OB)≥30%和類(lèi)藥性(drug-likeness, DL)≥0.18為標(biāo)準(zhǔn)篩選有效成分及其作用靶點(diǎn),并通過(guò)Pubchem數(shù)據(jù)庫(kù)檢索出活性成分對(duì)應(yīng)的Canonical SMILES和化學(xué)結(jié)構(gòu)式;分別導(dǎo)入Swiss target prediction和PharmMapper數(shù)據(jù)庫(kù),獲取對(duì)應(yīng)成分的作用靶點(diǎn);利用Uniport數(shù)據(jù)庫(kù)將靶點(diǎn)轉(zhuǎn)化成人源物種標(biāo)準(zhǔn)基因名稱(chēng)(Gene symbol),去重得到血府逐瘀口服液活性成分的作用靶點(diǎn)。

1.2 血栓作用靶點(diǎn)的收集

以“thrombosis”為關(guān)鍵詞分別在GeneCards數(shù)據(jù)庫(kù)、DisGeNET數(shù)據(jù)庫(kù)、大寫(xiě)數(shù)據(jù)庫(kù)、OMIM數(shù)據(jù)庫(kù)中進(jìn)行檢索,將結(jié)果集合去重獲得451個(gè)疾病相關(guān)靶點(diǎn)。

1.3 血府逐瘀口服液潛在基因作用靶點(diǎn)的篩選

將血府逐瘀口服液活性成分作用靶點(diǎn)和血栓作用靶點(diǎn)繪制維恩圖,交集即為血府逐瘀口服液和血栓的共同靶點(diǎn),即藥物抗血栓的潛在基因作用靶點(diǎn)。

1.4 構(gòu)建蛋白之間相互作用網(wǎng)絡(luò)圖

在STRING數(shù)據(jù)庫(kù)中輸入獲取的交集靶點(diǎn)基因,物種設(shè)定為“人類(lèi)”,最小相互作用閾值調(diào)整為0.4,構(gòu)建蛋白-蛋白相互作用(protein-protein interaction networks,PPI)網(wǎng)絡(luò)。將PPI網(wǎng)絡(luò)導(dǎo)入Cytoscape 3.9.1軟件中,對(duì)蛋白靶點(diǎn)網(wǎng)絡(luò)進(jìn)行拓?fù)鋮?shù)分析,計(jì)算節(jié)點(diǎn)度值(Degree),篩選出核心靶點(diǎn)。

1.5 GO功能富集分析和KEGG通路富集分析

在DAVID數(shù)據(jù)庫(kù)中輸入核心靶點(diǎn),物種設(shè)置為“人類(lèi)”,對(duì)其分別進(jìn)行生物過(guò)程(biological process, BP)、分子功能(molecular function, MF)和細(xì)胞成分(cellular component, CC)的GO富集分析和京都基因與基因組百科全書(shū)(Kyoto encyclopedia of genes and genomes, KEGG)生物通路富集分析。

1.6 成分-靶點(diǎn)網(wǎng)絡(luò)圖的構(gòu)建與分析

將核心靶點(diǎn)、核心靶點(diǎn)映射出的活性成分、KEGG通路分析的前20條信號(hào)通路信息導(dǎo)入Cytoscape 3.9.1軟件中,構(gòu)建成分-靶點(diǎn)的網(wǎng)絡(luò)圖并進(jìn)拓?fù)浞治觥?/p>

1.7 分子對(duì)接

根據(jù)網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)技術(shù)分析中Degree值排名前6的靶點(diǎn)與排名前3的活性成分進(jìn)行分子對(duì)接驗(yàn)證。分別在Pubchem數(shù)據(jù)庫(kù)和PDB數(shù)據(jù)庫(kù)中獲取配體和受體的3D結(jié)構(gòu),利用PyMOL軟件將受體蛋白進(jìn)行去水、去配體處理,將受體蛋白利用AutoDuck Tools軟件進(jìn)行加氫、計(jì)算電荷、添加蛋白質(zhì)類(lèi)型等操作,最后分別利用Autogrid程序和Autodock程序先后進(jìn)行兩次運(yùn)算。分析結(jié)合能,將結(jié)合能≤-5 kJ/mol視為對(duì)接成功。

本文采用的所有數(shù)據(jù)庫(kù)和軟件及其網(wǎng)址和版本見(jiàn)OSID科學(xué)數(shù)據(jù)與內(nèi)容附表1。

2 結(jié)果

2.1 血府逐瘀口服液活性成分及靶點(diǎn)獲取結(jié)果

在TCMSP數(shù)據(jù)庫(kù),以O(shè)B≥30%、DL≥0.18作為標(biāo)準(zhǔn)篩選出活性成分共154個(gè)(見(jiàn)OSID科學(xué)數(shù)據(jù)與內(nèi)容附表2),其中桃仁22個(gè)、紅花21個(gè)、當(dāng)歸2個(gè)、川芎5個(gè)、地黃1個(gè)、赤芍14個(gè)、牛膝20個(gè)、柴胡17個(gè)、枳殼5個(gè)、桔梗4個(gè)、甘草70個(gè)。在Swiss Target Prediction數(shù)據(jù)庫(kù)和PharmMapper數(shù)據(jù)庫(kù)中獲得活性成分的靶點(diǎn),剔除無(wú)作用靶點(diǎn)后共740個(gè)。

2.2 血府逐瘀口服液抗血栓核心靶點(diǎn)

以“thrombosis”為關(guān)鍵詞在GeneCards數(shù)據(jù)庫(kù)、DisGeNET數(shù)據(jù)庫(kù)、CTD數(shù)據(jù)庫(kù)、OMIM數(shù)據(jù)庫(kù)中進(jìn)行檢索,將4種數(shù)據(jù)庫(kù)查詢(xún)到的相關(guān)疾病靶點(diǎn)結(jié)合,去重,最終獲得451個(gè)靶點(diǎn)。將血府逐瘀口服液活性成分和血栓的靶點(diǎn)收集并作維恩圖后獲得交集靶點(diǎn)84個(gè)。

在STRING數(shù)據(jù)庫(kù)中把獲取的共有靶點(diǎn)導(dǎo)入構(gòu)建PPI網(wǎng)絡(luò),之后將靶點(diǎn)文件導(dǎo)入Cytoscape 3.9.1軟件后,對(duì)PPI網(wǎng)絡(luò)進(jìn)行拓?fù)浞治?。Degree數(shù)值代表某一節(jié)點(diǎn)與其他節(jié)點(diǎn)相互作用的個(gè)數(shù),其數(shù)值越大,代表該節(jié)點(diǎn)在生物學(xué)進(jìn)程的作用越重要。得到核心靶點(diǎn)共81個(gè)(OSID科學(xué)數(shù)據(jù)與內(nèi)容附表3),核心靶點(diǎn)網(wǎng)絡(luò)圖(見(jiàn)OSID科學(xué)數(shù)據(jù)與內(nèi)容附圖1)。其中Degree值排名前10的核心靶點(diǎn)為ALB、TNF、AKT1、MMP9、PLG、PTGS2、SERPINE1、STAT3、ICAM1、MMP2。

2.3 GO功能富集和KEGG通路富集結(jié)果分析

將核心靶點(diǎn)導(dǎo)入DAVID數(shù)據(jù)庫(kù)中,物種設(shè)置為人類(lèi),進(jìn)行GO功能富集和KEGG通路富集分析。其中GO分析得到生物過(guò)程(biological process, BP)共304條,分子功能(molecular function, MF)共72條,細(xì)胞組成(cell component, CC)共41條;將結(jié)果根據(jù)P值的升序排列,分別將前20條目進(jìn)行可視化分析,如圖1。其中涉及到的生物學(xué)進(jìn)程有血液凝固(blood coagulation)、蛋白水解(proteolysis)、磷脂酰肌醇3-激酶信號(hào)傳導(dǎo)的正調(diào)控(positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase signaling)、脂多糖反應(yīng)(response to lipopolysaccharide)、基因表達(dá)的負(fù)調(diào)控(negative regulation of gene expression)等過(guò)程;細(xì)胞組成主要涉及細(xì)胞外間隙(extracellular space)、胞外區(qū)域(extracellular region)、細(xì)胞表面(cell surface)、絲氨酸型內(nèi)肽酶復(fù)合物(serine-type endopeptidase complex)、質(zhì)膜(plasma membrane)等;分子功能主要包括絲氨酸型內(nèi)肽酶活性(serinetype endopeptidase activity)、血紅素結(jié)合(heme binding)、內(nèi)肽酶活性(endopeptidase activity)、酶結(jié)合(enzyme binding)、同一蛋白結(jié)合(identical protein binding)等。這充分說(shuō)明了血府逐瘀口服液通過(guò)參與多種生物學(xué)進(jìn)程來(lái)發(fā)揮細(xì)胞和分子功能,從而發(fā)揮抗血栓的活性。

KEGG通路分析共獲得80條通路信號(hào),其中可以看出血府逐瘀口服液抗血栓參與相互的信號(hào)通路主要有PI3K-Akt信號(hào)通路、TNF信號(hào)通路、AGE-RAGE信號(hào)通路以及血小板活化信號(hào)通路等,這充分說(shuō)明了血府逐瘀口服液是通過(guò)參與多條信號(hào)通路來(lái)發(fā)揮抗血栓作用。將前20條信號(hào)通路進(jìn)行可視化分析見(jiàn)圖2,并且對(duì)每一條信號(hào)通路中所包含的基因進(jìn)行了統(tǒng)計(jì)(OSID科學(xué)數(shù)據(jù)與內(nèi)容附表4)。

2.4 構(gòu)建成分-靶點(diǎn)網(wǎng)絡(luò)圖及網(wǎng)絡(luò)圖分析

將血府逐瘀口服液中化學(xué)成分、靶點(diǎn)導(dǎo)入到Cytoscape 3.9.1軟件中,構(gòu)建成分-靶點(diǎn)網(wǎng)絡(luò)圖(見(jiàn)OSID科學(xué)數(shù)據(jù)與內(nèi)容附圖2),共包含274個(gè)節(jié)點(diǎn),5 294條邊。根據(jù)Degree值排名分析得到血府逐瘀口服液在抗血栓方面的核心成分主要有Xambioona、7-Methoxy-2-methyl isoflavone、Sainfuran、Licoagroisoflavone、icos-5-enoic acid等26種(相關(guān)具體信息見(jiàn)OSID科學(xué)數(shù)據(jù)與內(nèi)容附表5)。

2.5 分子對(duì)接結(jié)果

根據(jù)Degree值排名前6的靶點(diǎn)和排名前3的活性成分進(jìn)行分子對(duì)接驗(yàn)證,6種靶點(diǎn)和3種成分兩兩對(duì)接所需要的結(jié)合能見(jiàn)表1。根據(jù)表1可以發(fā)現(xiàn)只有Sainfuran與ESR1結(jié)合所需要的結(jié)合能gt;-5 kJ/mol,而其他的結(jié)合能均lt;-5 kJ/mol,說(shuō)明對(duì)接成功。將配體與受體對(duì)接示意圖進(jìn)行展示,見(jiàn)圖3。

3 討論

血府逐瘀口服液是活血化瘀代表方之一,近年臨床和藥理學(xué)研究證明該方及其制劑在治療血瘀癥及相關(guān)血管疾病上具有明顯療效[12]。本研究利用網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)技術(shù)系統(tǒng)分析了血府逐瘀口服液可能的作用機(jī)制。通過(guò)TCMSP、PharmMapper、GeneCards等數(shù)據(jù)庫(kù)篩選出血府逐瘀口服液活性成分154個(gè),對(duì)應(yīng)靶點(diǎn)740個(gè),與疾病交集靶點(diǎn)84個(gè)。通過(guò)網(wǎng)絡(luò)拓?fù)浞治隹梢缘玫窖痧隹诜褐委熝ǖ暮诵某煞钟蠿ambioona、7-Methoxy-2-methyl isoflavone、Sainfuran、Licoagroisoflavone、Icos-5-enoic acid等共26種。

對(duì)藥物疾病共有靶點(diǎn)的PPI網(wǎng)絡(luò)進(jìn)行拓?fù)浞治龊蠛Y選出ALB、TNF、AKT1、MMP9、PLG、PTGS2、SERPINE1、STAT3、ICAM1、MMP2等血府逐瘀口服液抗血栓的潛在關(guān)鍵靶點(diǎn)。ALB(albumin)是一種廣泛存在于血漿中的循環(huán)蛋白,由肝細(xì)胞合成,在體內(nèi)起到調(diào)節(jié)血漿滲透壓,轉(zhuǎn)運(yùn)內(nèi)源性和外源性配體的作用[13]。TNF是一種炎癥細(xì)胞因子,促進(jìn)細(xì)胞增殖、分化、細(xì)胞因子產(chǎn)生及細(xì)胞凋亡或壞死,也可以通過(guò)與IL1β和IL6協(xié)同作用促進(jìn)血管生成[14]。TNF-α可以誘導(dǎo)組織因子的表達(dá),抑制血栓調(diào)節(jié)蛋白和內(nèi)皮細(xì)胞蛋白C受體(endothelial cell protein C receptor)的表達(dá),導(dǎo)致血液的異常凝集狀態(tài)[15]。AKT1屬于絲氨酸/蘇氨酸激酶AKT的一個(gè)亞型,調(diào)節(jié)代謝、增殖、細(xì)胞存活、細(xì)胞生長(zhǎng)和血管生成等生物過(guò)程;在癌細(xì)胞中參與細(xì)胞的增殖和生長(zhǎng),促進(jìn)腫瘤發(fā)生,抑制細(xì)胞凋亡[16]。MMP9是一種基質(zhì)金屬蛋白,其參與正常生理過(guò)程中細(xì)胞外基質(zhì)的降解,如血管生成、骨發(fā)育等;也可能參與多種人類(lèi)惡性腫瘤及主動(dòng)脈瘤等病理過(guò)程[17-21]。PLG是纖溶酶的無(wú)活性前體。纖溶酶是血漿中的一種重要酶,可以降解血栓。纖溶酶缺乏會(huì)導(dǎo)致血栓無(wú)法及時(shí)溶解,進(jìn)而導(dǎo)致血栓形成[22]。PTGS是前列腺素生物合成的關(guān)鍵酶,PTGS2是PTGS兩種同工酶中的誘導(dǎo)型同工酶,負(fù)責(zé)炎癥,細(xì)胞有絲分裂等過(guò)程中涉及的前列腺素生物合成[23]。SERPINE1屬于絲氨酸蛋白酶抑制劑超家族成員,是組織纖溶酶原激活劑(tPA)的主要抑制劑,抑制纖維蛋白的溶解。高濃度的該基因產(chǎn)物與血栓形成傾向有關(guān)[24]。STAT3是一種轉(zhuǎn)錄因子,在許多細(xì)胞過(guò)程中起到關(guān)鍵作用[25]。

KEGG通路分析發(fā)現(xiàn)補(bǔ)體和凝血級(jí)聯(lián)反應(yīng)(complement and coagulation cascades)、糖尿病并發(fā)癥的AGE-RAGE信號(hào)通路(AGE-RAGE signalling pathway in diabetic complications)、流體剪切應(yīng)力和動(dòng)脈粥樣硬化(fluid shear stress and atherosclerosis)、脂質(zhì)和動(dòng)脈粥樣硬化(lipid and atherosclerosis)等信號(hào)通路可能參與血府逐瘀口服液抗血栓的過(guò)程。凝血級(jí)聯(lián)反應(yīng)的組分,如凝血酶、纖溶酶等可以影響補(bǔ)體途徑;而補(bǔ)體直接或間接地激活了凝血級(jí)聯(lián)反應(yīng),還可以通過(guò)促進(jìn)內(nèi)皮的生化形態(tài)變化調(diào)節(jié)血液的凝結(jié)傾向,并調(diào)節(jié)血小板的聚集特性[26]。AGE-RAGE通路被認(rèn)為與炎癥,氧化應(yīng)激等密切相關(guān)[27]。抑制RAGE可以抑制促炎細(xì)胞因子IL-6、IL-1β和TNF-α的釋放[28];而炎癥與凝血具有密切的關(guān)系[29]。流體剪切應(yīng)力是流動(dòng)血液對(duì)血管內(nèi)皮施加的摩擦力;低剪切應(yīng)力會(huì)上調(diào)促進(jìn)動(dòng)脈血管壁氧化和炎癥狀態(tài)的內(nèi)皮細(xì)胞(EC)基因表達(dá),從而導(dǎo)致動(dòng)脈粥樣硬化[30]。低密度脂蛋白(LDL)水平升高是動(dòng)脈粥樣硬化的主要導(dǎo)致因素[31]。低密度脂蛋白可以在血管壁內(nèi)積累并進(jìn)行氧化修飾,成為氧化低密度脂蛋白(oxLDL),從而導(dǎo)致內(nèi)皮功能障礙[32]。

本研究將Degree值排名前6的靶點(diǎn)和排名前3的有效成分進(jìn)行分子對(duì)接,除Sainfuran與ESR1外結(jié)合能均≤-5 kJ/mol,說(shuō)明血府逐瘀口服液的有效成分與疾病相關(guān)靶點(diǎn)結(jié)合良好。其中F2基因編碼凝血因子II,在止血和血栓形成中具有重要作用[33]。KDR是內(nèi)皮細(xì)胞中血管內(nèi)皮生長(zhǎng)因子(vascular endothelial growth factor, VEGF)的主要受體,通過(guò)對(duì)該基因特異性缺失小鼠的實(shí)驗(yàn)表明血栓的消退依賴(lài)于KDR[34]。分子對(duì)接結(jié)果顯示血府逐瘀口服液中有效成分可以通過(guò)和血栓靶點(diǎn)穩(wěn)定結(jié)合起到抗血栓的作用。

綜上所述,本研究通過(guò)網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)分析和分子對(duì)接的方法探究血府逐瘀口服液抗血栓的有效成分與作用機(jī)制。通過(guò)對(duì)核心作用靶點(diǎn)和生物通路分析,發(fā)現(xiàn)血府逐瘀口服液可能是通過(guò)參與凝血、炎癥反應(yīng)、動(dòng)脈粥樣硬化等多靶點(diǎn),多通路的生物過(guò)程起到抗血栓作用,這為血府逐瘀口服液臨床應(yīng)用中的療效提供了理論支持。斑馬魚(yú)作為一種發(fā)展迅速且具有吸引力的生物模型,其高通量能力和實(shí)驗(yàn)操作性相結(jié)合的獨(dú)特優(yōu)勢(shì),使其在篩選藥物活性成分的研究中發(fā)揮著重要作用。利用FeCl3誘導(dǎo)斑馬魚(yú)血栓模型在中藥活性成分篩選中具有很強(qiáng)的適用性[35],這對(duì)血府逐瘀口服液抗血栓活性成分預(yù)測(cè)的進(jìn)一步驗(yàn)證提供了思路。

參考文獻(xiàn):

[1]HAEMATOLOGY T L. The global burden of haematological diseases[J]. The Lancet Haematology, 2020, 7(12): e851.

[2]ASHOROBI D, AMEER MA, FERNANDEZ R. Thrombosis[M/OL]. Treasure Island (FL): StatPearls Publishing,2023.[2023-08-30]. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK538430/

[3]李曉強(qiáng), 張福先, 王深明. 深靜脈血栓形成的診斷和治療指南(第三版)[J]. 中國(guó)血管外科雜志(電子版), 2017, 9(4): 250-257.

[4]李鶴, 郝曉元, 雷田香, 等. 中藥抗血栓的實(shí)驗(yàn)研究進(jìn)展[J]. 湖南中醫(yī)學(xué)院學(xué)報(bào), 2006,26(3): 63-64. DOI: 10.3969/j.issn.1674-070X.2006.03.027.

[5]董文堯, 李先強(qiáng). 血府逐瘀湯的現(xiàn)代研究及臨床應(yīng)用[J]. 中西醫(yī)結(jié)合研究, 2011, 3(1): 34-35. DOI: 10.3870/j.issn.1674-4616.2011.01.014.

[6]袁淑娟, 張志偉, 高天紅, 等. 紅花注射液抗血栓作用機(jī)制研究[J]. 中國(guó)中藥雜志, 2011, 36(11): 1528-1529.

[7]劉俊英, 張穎, 閆爽. 赤芍的藥理作用[J]. 中國(guó)中醫(yī)藥咨訊, 2011(9): 375.

[8]王永忠, 童樹(shù)洪. 川芎的傳統(tǒng)用法與現(xiàn)代藥理研究[J]. 中國(guó)藥業(yè), 2012, 21(7): 95-96. DOI: 10.3969/j.issn.1006-4931.2012.07.066.

[9]張文將, 鄧冰湘. 血府逐瘀湯抗動(dòng)脈血栓形成及其作用機(jī)制的研究進(jìn)展[J]. 湖南中醫(yī)藥大學(xué)學(xué)報(bào), 2013, 33(4): 102-104. DOI: 10.3969/j.issn.1674-070X.2013.04.049.102.03.

[10]劉志華, 孫曉波. 網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué): 中醫(yī)藥現(xiàn)代化的新機(jī)遇[J]. 藥學(xué)學(xué)報(bào), 2012, 47(6): 696-703. DOI: 10.16438/j.0513-4870.2012.06.001.

[11]張貴彪, 陳啟龍, 蘇式兵. 中藥網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)研究進(jìn)展[J]. 中國(guó)中醫(yī)藥信息雜志, 2013, 20(8): 103-106. DOI: 10.3969/j.issn.1005-5304.2013.08.049.

[12]施偉麗, 張靜思, 胡雅瓊, 等. 血府逐瘀湯防治血管相關(guān)性疾病臨床應(yīng)用及作用機(jī)制研究進(jìn)展[J]. 中國(guó)中西醫(yī)結(jié)合雜志, 2013, 33(5):712-716.

[13]QUINLAN G J, MARTIN G S, EVANS T W. Albumin: Biochemical properties and therapeutic potential[J]. Hepatology, 2005, 41(6): 1211-1219. DOI: 10.1002/hep.20720.

[14]IDRISS H T, NAISMITH J H. TNF alpha and the TNF receptor superfamily: Structure-function relationship(s)[J]. Microscopy Research and Technique, 2000, 50(3): 184-195. DOI: 10.1002/1097-0029(20000801)50: 3lt;184: AID-JEMT2gt;3.0.CO;2-H.

[15]PIRCHER J, MERKLE M, WRNLE M, et al. Prothrombotic effects of tumor necrosis factor alpha in vivo are amplified by the absence of TNF-alpha receptor subtype 1 and require TNF-alpha receptor subtype 2[J]. Arthritis Research amp; Therapy, 2012, 14(5): R225. DOI: 10.1186/ar4064.

[16]LI L Z, RAO J L, LAN J J, et al. Association between the AKT1 single nucleotide polymorphism (rs2498786, rs2494752 and rs5811155) and microscopic polyangiitis risk in a Chinese population[J]. Molecular Genetics and Genomics, 2023, 298(3): 767-776. DOI: 10.1007/s00438-023-02012-6.

[17]AUGOFF K, HRYNIEWICZ-JANKOWSKA A, TABOLA R, et al. MMP9: A tough target for targeted therapy for cancer[J]. Cancers, 2022, 14(7): 1847. DOI: 10.3390/cancers14071847.

[18]FORSYTH P A, WONG H, LAING T D, et al. Gelatinase-A (MMP-2), gelatinase-B (MMP-9) and membrane type matrix metalloproteinase-1 (MT1-MMP) are involved in different aspects of the pathophysiology of malignant gliomas[J]. British Journal of Cancer, 1999, 79(11): 1828-1835. DOI: 10.1038/sj.bjc.6990291.

[19]VU T H, SHIPLEY J M, BERGERS G, et al. MMP-9/gelatinase B is a key regulator of growth plate angiogenesis and apoptosis of hypertrophic chondrocytes[J]. Cell, 1998, 93(3): 411-422. DOI: 10.1016/s0092-8674(00)81169-1.

[20]GROBLEWSKA M, SIEWKO M, MROCZKO B, et al. The role of matrix metalloproteinases (MMPs) and their inhibitors (TIMPs) in the development of esophageal cancer[J]. Folia Histochemica et Cytobiologica, 2012, 50(1): 12-19. DOI: 10.5603/fhc.2012.0002.

[21]LI M, YANG G, XIE B, et al.Changes in matrix metalloproteinase-9 levels during progression of atrial fibrillation[J].The Journal of International Medical Research, 2014, 42(1):224-30. DOI: 10.1177/0300060513488514.

[22]KATZ JM,TADIP. Physiology, Plasminogen Activation[M/OL]. Treasure Island (FL): StatPearls Publishing,2022.[2023-08-30]. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK539745/.

[23]MALIK S, KAMBOJ M, NARWAL A, et al. Immunohistochemical evaluation of cyclooxygenase-2 and mast cell density in periapical lesions[J]. International Endodontic Journal, 2023,56(8):980-990.

[24]WEI W F, ZHOU H L, CHEN P Y, et al. Cancer-associated fibroblast-derived PAI-1 promotes lymphatic metastasis via the induction of EndoMT in lymphatic endothelial cells[J]. Journal of experimental amp; clinical cancer research : CR, 2023, 42(1):160. DOI: 10.1186/s13046-023-02714-0.

[25]YUAN Z L, GUAN Y J, WANG L J, et al. Central role of the threonine residue within the p+1 loop of receptor tyrosine kinase in STAT3 constitutive phosphorylation in metastatic cancer cells[J]. Molecular and Cellular Biology, 2004, 24(21): 9390-9400. DOI: 10.1128/MCB.24.21.9390-9400.2004.

[26]OIKONOMOPOULOU K, RICKLIN D, WARD P A, et al. Interactions between coagulation and complement—their role in inflammation[J]. Seminars in Immunopathology, 2012, 34(1): 151-165. DOI: 10.1007/s00281-011-0280-x.

[27]TBON-VELASCO J C, CUEVAS E, TORRES-RAMOS M A. Receptor for AGEs (RAGE) as mediator of NF-kB pathway activation in neuroinflammation and oxidative stress[J]. CNS amp;Neurological Disorders Drug Targets, 2014, 13(9): 1615-1626. DOI: 10.2174/1871527313666140806144831.

[28]ZHANG Y X, LIU J L, JIA W, et al. AGEs/RAGE blockade downregulates Endothenin-1 (ET-1), mitigating Human Umbilical Vein Endothelial Cells (HUVEC) injury in deep vein thrombosis (DVT)[J]. Bioengineered, 2021, 12(1): 1360-1368. DOI: 10.1080/21655979.2021.1917980.

[29]BORGEL D, BIANCHINI E, LASNE D, et al. Inflammation in deep vein thrombosis: a therapeutic target?[J]. Hematology, 2019, 24(1): 742-750. DOI: 10.1080/16078454.2019.1687144.

[30]NIGRO P, ABE J I, BERK B C. Flow shear stress and atherosclerosis: a matter of site specificity[J].Antioxidants amp; Redox Signaling, 2011, 15(5): 1405-1414. DOI: 10.1089/ars.2010.3679.

[31]CHOY P C, SIOW Y L, MYMIN D, et al. Lipids and atherosclerosis[J]. Biochemistry and Cell Biology, 2004, 82(1): 212-224. DOI: 10.1139/o03-085.

[32]HOPKINS P N. Molecular biology of atherosclerosis[J]. Physiological Reviews, 2013, 93(3): 1317-1542. DOI: 10.1152/physrev.00004.2012.

[33]IANNUCCI J, GRAMMAS P. Thrombin, a key driver of pathological inflammation in the brain[J]. Cells, 2023, 12(9): 1222. DOI: 10.3390/cells12091222.

[34]ALIAS S, REDWANB, PANZENBOECKA, et al. Defective angiogenesis delays thrombus resolution: A potential pathogenetic mechanism underlying chronic thromboembolic pulmonary hypertension[J]. Arteriosclerosis, Thrombosis, and Vascular Biology, 2014, 34(4): 810-819. DOI: 10.1161/ATVBAHA.113.302991.

[35]莫彩蓮, 李杰, 王加珍, 等. 斑馬魚(yú)血栓模型在中藥活性成分篩選中的適用性[J]. 山東科學(xué), 2021, 34(4):52-59. DOI: 10.3976/j.issn.1002-4026.2021.04.009.

猜你喜歡
分子對(duì)接網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)作用機(jī)制
基于網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)方法分析中藥臨床治療胸痹的作用機(jī)制
從網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)角度研究白芍治療類(lèi)風(fēng)濕關(guān)節(jié)炎的作用
基于網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)的沙棘總黃酮治療心肌缺血的作用機(jī)制研究
基于網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)分析丹參山楂組分配伍抗動(dòng)脈粥樣硬化的作用機(jī)制研究
基于計(jì)算機(jī)輔助水解的中藥大豆寡肽的ETA拮抗活性預(yù)測(cè)
靈芝三萜化合物的抗腫瘤靶點(diǎn)預(yù)測(cè)與活性驗(yàn)證
計(jì)算機(jī)輔助藥物設(shè)計(jì)在分子對(duì)接中的應(yīng)用
通過(guò)技術(shù)創(chuàng)新促進(jìn)我鎮(zhèn)農(nóng)業(yè)結(jié)構(gòu)調(diào)整
冠心丹參方及其有效成分治療冠心病的研究進(jìn)展
大數(shù)據(jù)對(duì)高等教育發(fā)展的推動(dòng)研究
人間(2016年26期)2016-11-03 17:51:57
临夏市| 公安县| 乌鲁木齐市| 武城县| 齐齐哈尔市| 邵阳市| 平湖市| 梅州市| 阿克陶县| 云和县| 岐山县| 洪泽县| 安乡县| 陵水| 贡觉县| 靖远县| 新泰市| 铅山县| 延长县| 揭东县| 广水市| 永泰县| 黔东| 宜君县| 紫金县| 灌南县| 区。| 台州市| 法库县| 根河市| 桃园市| 伊春市| 梓潼县| 河西区| 大庆市| 汤阴县| 师宗县| 定州市| 富裕县| 迁西县| 焉耆|