摘要：【目的】對(duì)比重慶地區(qū)近10年來(lái)畜禽源大腸桿菌對(duì)常用抗菌藥物的耐藥率及部分可水平轉(zhuǎn)移耐藥基因陽(yáng)性率的變化趨勢(shì)，為該地區(qū)大腸桿菌耐藥性的科學(xué)控制提供參考依據(jù)?！痉椒ā繌闹貞c市12個(gè)區(qū)縣的13個(gè)養(yǎng)殖場(chǎng)采集畜禽糞便樣本，經(jīng)細(xì)菌分離純化后共獲得157株大腸桿菌（2007—2008年76株，2020年81株），通過(guò)體外抑菌試驗(yàn)檢測(cè)受試大腸桿菌對(duì)18種抗菌藥物的敏感性，采用PCR檢測(cè)39株多重耐藥大腸桿菌中的17種可水平轉(zhuǎn)移耐藥基因，利用MLST分型和系統(tǒng)進(jìn)化分群探析其分子進(jìn)化關(guān)系，并根據(jù)耐藥譜對(duì)9株多重耐藥大腸桿菌進(jìn)行全基因組測(cè)序?！窘Y(jié)果】重慶地區(qū)畜禽源大腸桿菌的多重耐藥率由2007—2008年的96.05%降至2020年的75.31%，對(duì)四環(huán)素類（土霉素和米諾環(huán)素）、酰胺醇類（氟苯尼考）、氟喹諾酮類（恩諾沙星和環(huán)丙沙星）、氨基糖苷類（鏈霉素、慶大霉素和阿米卡星）的耐藥率由13.16%～85.53%降至0～45.68%，耐藥譜以五重～六重為主轉(zhuǎn)變?yōu)橐远亍闹貫橹?。相?duì)于2007—2008年分離菌株，2020年分離菌株對(duì)磺胺類（sul1）、β-內(nèi)酰胺類（blaTEM）、氨基糖苷類［aadA1和aph（3'）-Ia］和多肽類（mcr-1）耐藥基因的檢出率呈下降趨勢(shì)，但對(duì)酰胺醇類（floR）和喹諾酮類（qnrS）耐藥基因的檢出率呈上升趨勢(shì)。選取的39株受試大腸桿菌存在29種ST型，其中3種為新發(fā)現(xiàn)的ST型，分別是ST12677、ST12678和ST12679；系統(tǒng)進(jìn)化分群分布相似，可分為A群、B1群和D群。受試大腸桿菌檢出可水平轉(zhuǎn)移耐藥基因的個(gè)數(shù)和種類較豐富，其中，2007—2008年分離菌株檢出10～14個(gè)（4～7類）可水平轉(zhuǎn)移耐藥基因，2020年分離菌株檢出9～18個(gè)（6～10類）可水平轉(zhuǎn)移耐藥基因?！窘Y(jié)論】重慶地區(qū)畜禽源大腸桿菌對(duì)部分抗菌藥物的耐藥性明顯下降，多重耐藥現(xiàn)象得到一定程度的緩解，但部分菌株仍攜帶大量可水平轉(zhuǎn)移耐藥基因，因此其水平傳播方式及控制措施還有待進(jìn)一步探究，應(yīng)根據(jù)耐藥性變化趨勢(shì)建立適宜的替抗方案，以逐步改善多重耐藥現(xiàn)狀及維護(hù)公共衛(wèi)生安全。

關(guān)鍵詞：大腸桿菌；抗菌藥物；多重耐藥性；耐藥基因；重慶地區(qū)

中圖分類號(hào)：S852.61文獻(xiàn)標(biāo)志碼：A文章編號(hào)：2095-1191（2024）10-3179-11

Changes in drug resistance of poultry and livestock sourced Escherichia coli in Chongqing

ZHOU Jie，MU Hang，WANG Shu-bo，HU Jun，GAO Wei，WU Jun-wei，WEI Shu-yong*

（College of Veterinary Medicine，Southwest University，Chongqing 402460，China）

Abstract：【Objective】To compare the changes in antimicrobial resistance rates and the prevalence of horizontally transferable drug resistance genes in Escherichia coli from livestock and poultry in Chongqing over the past decade，pro-viding scientific basis for controlling E.coli antimicrobial resistance in this region.【Method】Fecal samples were collected from livestock and poultry on 13 farms across 12 districts in Chongqing.A total of 157 E.coli strains（76 from 2007–2008 and 81 from 2020）were obtained after bacterial isolation and purification.Antimicrobial susceptibility to 18 antibiotics was evaluated through in vitro bacteriostatic tests.PCR was used to detect 17 horizontally transferable drug resistance genes in 39 multi-drug resistant E.coli strains.Molecular evolution relationships were analyzed using multilocus sequence typing（MLST）and phylogenetic clustering.Nine multidrug resistant E.coli strains were selected for whole-genome se-quencing based on their resistance spectrum.【Result】The multi-drug resistance rate of livestock and poultry E.coli in Chongqing decreased from 96.05%during 2007–2008 to 75.31%in 2020.Resistance rates to tetracyclines（oxytetracy-cline，minocycline），amphenicols（florfenicol），fluoroquinolones（enrofloxacin，ciprofloxacin），and aminoglycosides（streptomycin，gentamicin，amikacin）declined from 13.16%-85.53%to 0-45.68%.The resistance spectrum shifted from predominantly five-to six-drug resistance to two-to four-drug resistance.Compared to 2007–2008 isolates，2020 isolatesshowed decreased detection rates of resistance genes for sulfonamides（sul1），β-lactams（blaTEM），aminoglycosides［aadA1 and aph（3'）-Ia and polymyxins（mcr-1），but increased detection rates for genes related to amphenicols（floR）and quinolones（qnrS）.Among the 39 tested strains，29 sequence types（STs）were identified，including 3 novel STs：ST12677，ST12678，and ST12679.Phylogenetic clustering revealed similar distributions，with all isolates grouped into A，B1，and D clusters.Horizontally transferable drug resistance genes were abundant in quantity and types，with isolatesfrom 2007–2008 carrying 10-14 genes（4-7 types）and those from 2020 carrying 9-18 genes（6-10 types）.【Conclusion】While resistance of E.coli strains from livestock and poultry to certain antibiotics has greatly declined in Chongqing，and multi-drug resistance has been alleviated to some extents，some strains still carry a substantial number of transferable drugresistancegenes.This highlights the importance of further investigation into horizontal transmission mechanisms and con-trolstrategies.Developing suitable alternative antimicrobial programs based on resistance trends may help mitigate multi-drug resistance and safeguard public health.

Key words：Escherichia coli；antimicrobial agents；multi-drug resistance；resistance genes；Chongqing

Foundation items：Youth Project of National Natural Science Foundation of China（32302852）；Fundamental Re-search Fund for the Central Universities（XDJK2020C021）

0引言

【研究意義】大腸桿菌（Escherichia coli）是腸桿菌科（Enterobacteriaceae）的代表菌種，主要存在于人類及動(dòng)物的胃腸道等器官中。由于長(zhǎng)期大量甚至不合理使用抗菌藥物，導(dǎo)致動(dòng)物源細(xì)菌的耐藥性及多重耐藥性（Multi-drug resistance，MDR）現(xiàn)象泛濫，嚴(yán)重阻礙了細(xì)菌性疾病的治療（楊承霖等，2020；徐軍，2021；楊影影等，2022）。在細(xì)菌已產(chǎn)生耐藥性的情況下，由于水平基因轉(zhuǎn)移（Horizontal gene transfer，HGT）的存在，減少抗菌藥物使用并不足以逆轉(zhuǎn)其耐藥性（李嘉敏和張玲，2023）。大腸桿菌被認(rèn)為是耐藥基因的存儲(chǔ)庫(kù)和HGT源頭菌（方光遠(yuǎn)等，2023；吳玉雙，2023），攜帶可水平轉(zhuǎn)移耐藥基因的大腸桿菌通過(guò)環(huán)境、接觸和食物鏈等途徑在自然界廣泛傳播，進(jìn)而造成環(huán)境污染、食品安全及人體健康等全球性公共衛(wèi)生問(wèn)題（Mandal et al.，2022），因此延緩和控制其多重耐藥現(xiàn)象已成為全球關(guān)注的熱點(diǎn)?！厩叭搜芯窟M(jìn)展】我國(guó)作為全球抗菌藥物的生產(chǎn)和使用大國(guó)，抗菌藥物濫用情況曾經(jīng)十分嚴(yán)重。2009—2019年，我國(guó)獸用抗菌藥物使用量占獸用化學(xué)藥品總用量的69.6%～74.1%，且藥物殘留在食用產(chǎn)品中的檢出率超過(guò)90.0%（程兆康等，2022；涂聞君等，2022）。自20世紀(jì)90年代以來(lái)，大腸桿菌耐藥率呈直線上升趨勢(shì)，其中β-內(nèi)酰胺類、氨基糖苷類、四環(huán)素類、磺胺類和喹諾酮類藥物的耐藥增長(zhǎng)率均在10%～30%（張玉杰等，2023）。近年來(lái)，部分畜禽源大腸桿菌的耐藥率仍保持在高水平，如豬（張錦熙，2021；張兆天等，2023）、牛（孫月等，2023）、羊（楊莉等，2023；張洪浩等，2023）、兔（王莉等，2023）、雞（高笑等，2023；劉挺等，2023）、鴨（宋毅等，2023）等養(yǎng)殖動(dòng)物源大腸桿菌對(duì)氨芐西林、慶大霉素、四環(huán)素、恩諾沙星和復(fù)方新諾明等藥物的耐藥率均在50%以上。為保障動(dòng)物性食品安全及合理控制動(dòng)物源細(xì)菌耐藥性發(fā)展，我國(guó)逐步規(guī)范抗菌藥物的管理，減量、限制和禁止了部分抗菌藥物的生產(chǎn)與使用（巨向紅，2023）。我國(guó)自實(shí)施“減抗”政策以來(lái)，各類抗菌藥物使用量呈明顯的下降趨勢(shì)（侯薄等，2017；徐軍，2021；王翠月等，2022）。據(jù)統(tǒng)計(jì)，2018年我國(guó)獸用抗菌藥使用總量較2014年下降了57.03%，2020年的獸用抗菌藥物使用總量較2017年下降了21.90%。此外，臨床分離菌也逐漸恢復(fù)了對(duì)部分抗菌藥物的敏感性，如恩諾沙星和黏菌素等（Du etal.，2020；Wang et al.，2020；張譯心，2022；Shen et al.，2022；蔣宇軒等，2023）?！颈狙芯壳腥朦c(diǎn)】川渝地區(qū)是我國(guó)畜禽養(yǎng)殖的重要區(qū)域，但在“減抗”等相關(guān)政策實(shí)施下該地區(qū)畜禽源大腸桿菌耐藥性和耐藥基因的變化尚缺乏足夠研究數(shù)據(jù)?！緮M解決的關(guān)鍵問(wèn)題】對(duì)比重慶地區(qū)近10年來(lái)畜禽源大腸桿菌對(duì)常用抗菌藥物的耐藥率及部分可水平轉(zhuǎn)移耐藥基因陽(yáng)性率的變化趨勢(shì)，為該地區(qū)大腸桿菌耐藥性的科學(xué)控制提供參考依據(jù)。

1材料與方法

1.1試驗(yàn)材料

2007—2008年及2020年分別從重慶市榮昌、大足、銅梁等12個(gè)區(qū)縣的13個(gè)養(yǎng)殖場(chǎng)采集畜禽糞便樣本，經(jīng)分離鑒定共獲得157株大腸桿菌，其中，2007—2008年76株，占48.41%，2020年81株，占51.59%。雞源大腸桿菌81株，占51.59%；豬源大腸桿菌76株，占48.41%。標(biāo)準(zhǔn)菌株ATCC25922購(gòu)自中國(guó)獸醫(yī)藥品監(jiān)察所；米諾環(huán)素（S1038）等16種藥敏紙片及MH瓊脂（M0202）和麥康凱瓊脂（M0004-1）培養(yǎng)基購(gòu)自杭州微生物試劑有限公司；土霉素（Z21088）購(gòu)自溫州市康泰生物科技有限公司；多黏菌素B（MB1188）購(gòu)自大連美侖生物技術(shù)有限公司；MH肉湯（HB6231）和LB肉湯（HB0128）培養(yǎng)基購(gòu)自海博生物技術(shù)有限公司；2×Taq Master Mix（P112-01）購(gòu)自南京諾唯贊生物科技股份有限公司；DL2000 DNA Marker（B500350）購(gòu)自生工生物工程（上海）股份有限公司；綠色熒光核酸染料（G8140）購(gòu)自北京索萊寶科技有限公司；HiPure Bacterial DNA Kit（D3146）購(gòu)自上海邁跟生物科技有限公司。

1.2試驗(yàn)方法

1.2.1耐藥表型檢測(cè)參照CLSI推薦的方法進(jìn)行體外抑菌試驗(yàn)（阮紫涵等，2022）。采用紙片擴(kuò)散法和微量肉湯稀釋法（多黏菌素B）分別測(cè)定157株受試菌株對(duì)18種抗菌藥物的敏感性，比對(duì)分析不同時(shí)間來(lái)源菌株的耐藥性差異，對(duì)3類及以上抗菌藥物同時(shí)耐藥的菌株即判定為多重耐藥菌株。

1.2.2耐藥基因檢測(cè)根據(jù)耐藥譜，提取39株（2007—2008年分離菌株16株，2020年分類菌株23株）多重耐藥大腸桿菌的基因組DNA。參照Gene-Bank已公布的17種耐藥基因序列，使用Primer 5.0設(shè)計(jì)耐藥基因擴(kuò)增引物（表1），并委托生工生物工程（上海）股份有限公司合成。PCR反應(yīng)體系25.0μL：2×Taq Master Mix 12.0μL，DNA模板2.0μL，上、下游引物各1.0μL，ddH2O 9.0μL。擴(kuò)增程序：94℃預(yù)變性4 min；94℃30 s，退火30 s，72℃30 s，進(jìn)行30個(gè)循環(huán)；72℃延伸7 min。PCR擴(kuò)增產(chǎn)物使用1.0%瓊脂糖凝膠電泳和凝膠成像分析系統(tǒng)進(jìn)行檢測(cè)。

1.2.3 MLST分型及聚類分析以MLST網(wǎng)站（http：//mlst.ucc.ie/mlst/dbs/Ecoli）提供的7對(duì)管家基因?yàn)槟康幕?，?duì)上述39株多重耐藥大腸桿菌進(jìn)行MLST分型，引物序列信息見(jiàn)表1。PCR反應(yīng)體系及擴(kuò)增程序同1.2.2，擴(kuò)增產(chǎn)物送至生工生物工程（上海）股份有限公司進(jìn)行雙向測(cè)序，經(jīng)BioNumerics 8.0校對(duì)及拼接與剪切后，提交至MLST網(wǎng)站的電子數(shù)據(jù)庫(kù)進(jìn)行匹配，以獲得菌株的7個(gè)等位基因編號(hào)、序列型及克隆群（Complex clone，CC），未完全匹配和定型的菌株則獲得新ST型，并通過(guò)Categorical法計(jì)算相似性系數(shù)，構(gòu)建最小生成樹(shù)。

1.2.4系統(tǒng)進(jìn)化群分配根據(jù)Clermont等（2000）報(bào)道的三重PCR，以chuA、yjaA和TspE4.C2基因?yàn)槟康幕蛲瑫r(shí)進(jìn)行PCR擴(kuò)增，引物序列信息見(jiàn)表1。對(duì)上述39株多重耐藥大腸桿菌主要進(jìn)化群（A、B1、B2、D）進(jìn)行分配，PCR反應(yīng)體系及擴(kuò)增程序同1.2.2。系統(tǒng)進(jìn)化群判定標(biāo)準(zhǔn)：擴(kuò)增出chuA基因條帶或同時(shí)出現(xiàn)chuA和TspE4.C基因2種條帶的菌株屬于D群；同時(shí)出現(xiàn)chuA和yjaA基因2種條帶或chuA、yjaA和TspE4.C2基因3種條帶的菌株屬于B2群；擴(kuò)增后無(wú)條帶或僅出現(xiàn)yjaA基因條帶的菌株屬于A群；只出現(xiàn)TspE4.C2基因條帶的菌株屬于B1群。

1.2.5全基因組測(cè)序根據(jù)耐藥譜，選擇9株（2007—2008年分離菌株4株，2020年分離菌株5株）受試菌株，使用MagPure bacterial DNA Kit提取基因組，委托生工生物工程（上海）股份有限公司通過(guò)Illumina HiSeq測(cè)序平臺(tái)完成全基因組測(cè)序，然后將基因序列輸入CARD耐藥基因數(shù)據(jù)庫(kù)進(jìn)行BLAST比對(duì)分析，篩選出耐藥相關(guān)基因。

2結(jié)果與分析

2.1耐藥表型檢測(cè)結(jié)果

重慶地區(qū)畜禽源大腸桿菌多重耐藥率為85.35%（134/157），其中，2007—2008年分離菌株的多重耐藥率為96.05%（73/76），2020年分離菌株的多重耐藥率為75.31%（61/81）。就抗菌藥物而言，2020年分離菌株對(duì)四環(huán)素類（土霉素和米諾環(huán)素）、酰胺醇類（氟苯尼考）、氟喹諾酮類（恩諾沙星和環(huán)丙沙星）、氨基糖苷類（鏈霉素、慶大霉素和阿米卡星）藥物的耐藥率較2007—2008年分離菌株呈明顯下降趨勢(shì)，由13.16%～85.53%降至0～45.68%（表2）。此外，157株受試大腸桿菌的耐藥譜型多且分散（表3），2007—2008年分離菌株以五重～六重耐藥為主，占70.00%以上；2020年分離菌株以二重～四重耐藥為主，占80.00%以上。

2.2耐藥基因檢測(cè)結(jié)果

在17種可水平轉(zhuǎn)移耐藥基因中，有sul1、sul2、sul3、blaCTX-M、blaTEM、tetM、floR、aadA1、aph（3'）-Ia、qnrS及mcr-1等11種耐藥基因被檢出（表4）。相對(duì)于2007—2008年分離菌株，2020年分離菌株對(duì)磺胺類（sul1）、β-內(nèi)酰胺類（blaTEM）、氨基糖苷類［aadA1和aph（3'）-Ia］和多肽類（mcr-1）耐藥基因的檢出率呈下降趨勢(shì)，對(duì)酰胺醇類（floR）和喹諾酮類（qnrS）耐藥基因的檢出率則呈上升趨勢(shì)。

2.3 MLST分型及聚類分析結(jié)果

39株受試大腸桿菌存在29種ST型，其中3種為新發(fā)現(xiàn)的ST型，分別是ST12677、ST12678和ST12679。2007—2008年分離菌株與2020年分離菌株無(wú)交叉ST型，2007—2008年分離菌株檢出13種ST型，其優(yōu)勢(shì)ST型為ST206、ST10和ST12677，各占12.50%（2/16）；2020年分離菌株檢出16種ST型，其優(yōu)勢(shì)ST型為ST746，占17.39%（4/23）。ST聚類分析結(jié)果（表5）顯示，29種不同的ST型聚類為6個(gè)克隆群，且以ST10 Cplx為優(yōu)勢(shì)克隆群。在6個(gè)克隆群中，ST23 Cplx、ST10 Cplx和ST206 Cplx同時(shí)存在于不同年份的分離菌株樣本中，構(gòu)成了較小的克隆系。此外，ST10與ST48和ST1638，ST88與ST23，ST206與ST5764具有較近的親緣關(guān)系（圖1）。

2.4系統(tǒng)進(jìn)化分群結(jié)果

以chuA、yjaA和TspE4.C2基因?yàn)槟康幕蜻M(jìn)行三重PCR擴(kuò)增，結(jié)果（表5）顯示，39株受試大腸桿菌可分為A群（26株，占66.67%）、B1群（11株，占28.20%）和D群（2株，占5.13%）。其中，2007—2008年分離菌株樣本可分為A群（12株，占75.00%）和B1群（4株，占25.00%）；2020年分離菌株樣本可分為A群（14株，占60.87%）、B1群（7株，占30.43%）和D群（2株，占8.70%）。

2.5全基因組測(cè)序結(jié)果

9株受試大腸桿菌檢出的外排泵家族基因相似，2007—2008年分離菌株和2020年分離菌株均檢出MFS、RND、SMR家族的外排泵基因25～27個(gè)（表6）。此外，受試大腸桿菌檢出可水平轉(zhuǎn)移耐藥基因的個(gè)數(shù)和種類較豐富，其中，2007—2008年分離菌株檢出10～14個(gè)（4～7類）可水平轉(zhuǎn)移耐藥基因，2020年分離菌株檢出9～18個(gè)（6～10類）可水平轉(zhuǎn)移耐藥基因。

3討論

自抗菌藥物被投入畜禽養(yǎng)殖業(yè)以來(lái)，細(xì)菌耐藥性和獸藥殘留問(wèn)題已受到廣泛關(guān)注（徐軍，2021；劉婷等，2023）。20世紀(jì)80年代，瑞典率先頒布了養(yǎng)殖業(yè)抗生素禁用的相關(guān)規(guī)定（劉婷等，2023），隨后其他國(guó)家和地區(qū)也開(kāi)始加入到抗生素減量使用行動(dòng)中。21世紀(jì)以來(lái)，我國(guó)針對(duì)食品動(dòng)物抗菌藥物的生產(chǎn)和使用陸續(xù)出臺(tái)了各項(xiàng)相關(guān)規(guī)定（巨向紅，2023）。2003年，農(nóng)業(yè)部公告第278號(hào)規(guī)定禁止恩諾沙星、氧氟沙星及環(huán)丙沙星用于產(chǎn)蛋雞；2005年，農(nóng)業(yè)部公告第560號(hào)規(guī)定禁止頭孢哌酮、頭孢噻肟等21種抗菌藥用于食品動(dòng)物；2015年，農(nóng)業(yè)部公告第2292號(hào)規(guī)定停止生產(chǎn)用于食品動(dòng)物的洛美沙星、培氟沙星、氧氟沙星、諾氟沙星等4種原料藥的各種鹽、酯及其制劑；2016年，農(nóng)業(yè)部公告第2428號(hào)規(guī)定停止硫酸黏菌素用于動(dòng)物促生長(zhǎng)；2018年，農(nóng)業(yè)部公告第2638號(hào)規(guī)定停止生產(chǎn)喹乙醇、氨苯胂酸、洛克沙胂等3種獸藥的原料藥及各種制劑；2020年，農(nóng)業(yè)農(nóng)村部公告第250號(hào)規(guī)定禁止氯霉素、萬(wàn)古霉素等21類藥品及其他化合物用于食品動(dòng)物。此外，Wang等（2020）通過(guò)比較2015—2018年我國(guó)黏菌素的產(chǎn)量與銷量變化，并計(jì)算人類、畜禽源黏菌素耐藥大腸桿菌的流行率及mcr-1基因豐度，指出我國(guó)對(duì)黏菌素用藥限制等相關(guān)政策的實(shí)施對(duì)降低黏菌素耐藥水平有顯著影響。張譯心（2022）分析全面禁止使用抗生素2年后四川成都地區(qū)豬源金黃色葡萄球菌的耐藥性，結(jié)果發(fā)現(xiàn)部分分離株已恢復(fù)對(duì)氟喹諾酮類和惡唑烷酮類藥物的敏感性。畜禽作為我國(guó)抗菌藥物的主要消耗群體，極易產(chǎn)生多重耐藥性（侯薄等，2017；劉婷等，2023）。本研究通過(guò)分析重慶地區(qū)畜禽源大腸桿菌在全面禁止使用抗生素前后2個(gè)階段的耐藥性變化，MLST分型和系統(tǒng)進(jìn)化分群結(jié)果顯示2007—2008年分離菌株和2020年分離菌株間存在一定的分子進(jìn)化相關(guān)性，對(duì)重要抗菌藥物如恩諾沙星和環(huán)丙沙星等的耐藥率明顯降低，耐藥譜也明顯縮短，與徐小明等（2018）、陳春林等（2019）的研究結(jié)果基本一致，究其原因可能與我國(guó)對(duì)氟喹諾酮類等藥物使用政策的調(diào)整有關(guān)。此外，雖然受試大腸桿菌多重耐藥株的檢出率有所降低，但對(duì)氨芐西林及磺胺類藥物的耐藥率下降不明顯，畜禽源大腸桿菌多重耐藥的問(wèn)題仍然存在。細(xì)菌耐藥水平降低的同時(shí)，細(xì)菌性疫病的發(fā)生率逐年提升（孫泉云等，2022）。為此，農(nóng)業(yè)農(nóng)村部制定的《全國(guó)獸用抗菌藥使用減量化行動(dòng)方案（2021—2025年）》明確指出支持和鼓勵(lì)獸用抗菌藥替代產(chǎn)品的應(yīng)用。已有研究表明，植物精油（李偉等，2021）、天然化合物（Zhang et al.，2021；巨向紅，2023；Gao et al.，2023）、微生物發(fā)酵產(chǎn)物（王佰濤等，2022）、益生菌（王虎，2022）、中獸藥（張莉等，2022；白飛英和吳文明，2023）、酸化及酶制劑（王恬和張昊，2023）等獸用抗菌藥替代產(chǎn)品均具有良好的推廣應(yīng)用前景。

大腸桿菌具有較強(qiáng)的耐藥基因積累能力（Poirel et al.，2018），是可水平轉(zhuǎn)移耐藥基因的重要宿主細(xì)菌（吳玉雙，2023）。大量耐藥基因可通過(guò)質(zhì)粒等可移動(dòng)遺傳元件（Mobile genetic elements，MGEs）在不同菌株間水平轉(zhuǎn)移，致使敏感菌株產(chǎn)生耐藥性（Schink et al.，2012；劉五高等，2015；Alonso et al.，2017），如β-內(nèi)酰胺類（blaCTX-M、blaTEM、blaSHV和blaCMY）、喹諾酮類［qnrS和aac（6'）-Ib-cr］、氨基糖苷類［aadA、aph（3′）-Ia和aac（3）-Iva］、四環(huán)素類（tetA和tetB）、酰胺醇類（floR和cmlA）、磺胺類（sul1、sul2和sul3）、多肽類（mcr-1）及磷霉素類（fosA）等耐藥基因（Call etal.，2010；Hou et al.，2012；Siqueira et al.，2016；Freitag et al.，2017；Liu et al.，2019）。本研究發(fā)現(xiàn)，2007—2008年分離菌株和2020年分離菌株攜帶的可水平轉(zhuǎn)移耐藥基因種類豐富且具有一定相似性，2020年分離菌株對(duì)sul1、sul2、sul3、blaCTX-M、blaTEM、tetM、floR、aadA1、aph（3'）-Ia、qnrS及mcr-1等11個(gè)耐藥基因的檢出率與2007—2008年分離菌株間無(wú)明顯規(guī)律變化，可能是大腸桿菌耐藥機(jī)制呈多樣性，PCR擴(kuò)增僅能對(duì)有限數(shù)量的耐藥基因進(jìn)行檢測(cè)，但在一定程度上也提示現(xiàn)階段可水平轉(zhuǎn)移耐藥基因仍在畜禽源大腸桿菌中廣泛存在，全基因組測(cè)序也驗(yàn)證了這一結(jié)論。

4結(jié)論

重慶地區(qū)畜禽源大腸桿菌對(duì)部分抗菌藥物的耐藥性明顯下降，多重耐藥現(xiàn)象得到一定程度的緩解，但部分菌株仍攜帶大量可水平轉(zhuǎn)移耐藥基因，因此其水平傳播方式及控制措施還有待進(jìn)一步探究，應(yīng)根據(jù)耐藥性變化趨勢(shì)建立適宜的替抗方案，以逐步改善多重耐藥現(xiàn)狀及維護(hù)公共衛(wèi)生安全。

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（責(zé)任編輯蘭宗寶）