構象
- 關于第54屆國際化學奧林匹克試題4-9的表觀解離常數(shù)計算的討論
-9小題涉及了多構象化合物的平衡計算問題。閱卷、仲裁過程中發(fā)現(xiàn)，有許多同學由于對化學熱力學概念理解不充分而失分。1 題目與答案4-9中[4]，由于聚硫化物在DME中第二步解離常數(shù)極小(Kd1/Kd2≈ 1014)，因此溶液中多硫化物主要以Li2S6(DME)以及其一級解離形式存在，可以將原平衡簡化為如圖1所示模型：圖1 簡化的聚硫化物溶劑合平衡模型最常見的錯誤解答(2)采用了與上式類似的方法計算，這種方法簡單地將化合物Li2S6(DME)的吉布斯自由能視為
大學化學 2022年12期2023-01-10
- 冠醚-金屬離子配合物的構象轉化、選擇性和同位素效應的理論計算研究
屬離子配位前后的構象變化，為后續(xù)理論計算和實驗篩選冠醚配體結構提供重要的依據(jù)。目前關于不同修飾基團及空腔大小的冠醚與金屬離子相互作用的實驗[2-6]與理論計算研究已經(jīng)有很多文獻報道[7-22]，理論計算結果表明，在沒有溶劑分子存在的情況下，堿金屬及堿土金屬離子與冠醚的結合能主要由金屬離子的電荷/半徑比及冠醚中能與金屬離子配位的原子數(shù)目決定。對于同一種冠醚，其與堿金屬和堿土金屬離子的結合能隨電荷/半徑比減小而增大[7-8]；而對于同一種金屬離子，其與冠醚的結
同位素 2022年6期2022-12-30
- 手性藥物分子絕對構型鑒定的理論研究進展
、matrix、構象對概念、ECD 和VCD。1 手性分子的旋光、旋光色散計算及其應用1.1 手性分子的基本性質(zhì)人們對手性分子旋光現(xiàn)象進行詳細研究后發(fā)現(xiàn)：1)對映體分子的旋光值總是大小相等，旋光方向相反；2)有些分子雖然具有手性，但其旋光值非常??；3)在長鏈手性分子中，當分子側鏈的長度增加到一定程度后，分子的旋光值基本上不隨著碳原子數(shù)量的增多而有較大變化等。造成這些有趣現(xiàn)象的原因困擾了研究人員很長時間，直到后來因為計算化學的發(fā)展而得到了很好的解釋。在缺少高
河北科技大學學報 2022年4期2022-09-12
- 以吸收光譜的變化為手段分析二蒽酮分子的熱致變色現(xiàn)象*
構產(chǎn)生三種獨特的構象：反式折疊、順式折疊和扭曲構象，如圖2所示。每一種構象代表分子π電子離域和空間應變共同作用的結果，它們之間的轉換與某些BAEs分子的熱致變色現(xiàn)象有密切的關系[8-12]。圖2 BAEs分子普遍存在的三種構象Fig.2 There conformations of BAEs作為BAEs家族的重要成員，二蒽酮(X=Y=C=O)在有機合成中被廣泛的用作合成原料[13]，而該化合物衍生物-金絲桃素是治療抑郁癥的一種非常重要的藥物[14-15]。
廣州化工 2022年14期2022-08-16
- 基于分子動力學模擬的TRPM8通道門控特性分析
11個完整不同構象的TRPM8通道, 發(fā)現(xiàn)其S6跨膜螺旋C末端構成的門控存在回環(huán)和螺旋2種構象. 在回環(huán)構象中, 多個氨基酸參與形成阻礙離子通透的孔道區(qū); 而在螺旋構象中, 僅有關鍵氨基酸V956發(fā)揮門控作用. 由于回環(huán)構象的柔性大于螺旋構象, 導致回環(huán)構象參與阻礙離子通透的關鍵氨基酸構象和數(shù)量變化多樣. 二級結構預測與模建結果表明, S6跨膜螺旋C末端存在回環(huán)構象向螺旋構象的轉變, 此過程中柔性的回環(huán)構象結構域向胞外側上移, 關鍵氨基酸向孔道襯外扭轉,
高等學?；瘜W學報 2022年6期2022-07-18
- 三乙胺分子構象與紅外光譜的理論研究*
—180°范圍內(nèi)構象異構化勢能面,甄別出12 種三乙胺基態(tài)異構體.進一步輔以二階微擾理論MP2 的方法,在相同基組水平下計算與優(yōu)化6 種能量較低的構象異構體的結構與能量.結果表明具有C3 對稱性的G1 與G1′是最穩(wěn)定構象,并識別出兩種具有新的甲基取向的G4 與G4′構象異構體.另外,通過G1—G4 紅外光譜與振動模式的比較,分析了它們之間的相似性與差異性.G1—G4 的紅外譜線顯示在0—1600 cm—1 范圍內(nèi)的強度較弱,而在2800—3300 cm—
物理學報 2022年10期2022-06-04
- 距離約束和二面角優(yōu)化的蛋白質(zhì)結構預測方法
的能量函數(shù)，引導構象向天然態(tài)結構(即能量最低點狀態(tài))折疊；2)設計高效的構象搜索方法，在復雜的能量景觀中探索低能量區(qū)域[9].傳統(tǒng)的能量函數(shù)[10，11]是基于理化模型構建的，沒有考慮到不同蛋白質(zhì)的特殊性，因此很難準確地引導構象向天然態(tài)結構折疊.近幾年，得益于已測定蛋白質(zhì)序列的快速增長和深度學習技術的不斷完善，根據(jù)目標序列的進化信息提取先驗知識輔助結構預測取得了巨大進展[12-17].尤其是殘基-殘基接觸預測，為蛋白質(zhì)折疊提供了重要的約束信息，很大程度上彌
小型微型計算機系統(tǒng) 2022年1期2022-01-21
- 基于計算機虛擬技術研究牦牛乳硬質(zhì)干酪苦味肽的抑菌活性差異
子，去除蛋白質(zhì)多構象，補充完整的氨基酸殘基，為蛋白質(zhì)加氫等（1?=0.1 nm）。1.2.4 分子對接基于結構的藥物設計工具LibDock 適用于對大規(guī)模數(shù)據(jù)庫進行快速精確地虛擬篩選[16]，因此，選擇DS 軟件中的LibDock 程序進行分子對接研究。對接前用DS 軟件中的Define 和Edit Binding Site 工具尋找菌體蛋白的可能結合部位，對接時將每個分子生成的對接構象數(shù)目設置為10，其他參數(shù)均為系統(tǒng)默認值，對接后根據(jù)對接得分和結合能，確
食品與生物技術學報 2021年12期2022-01-07
- 基于多目標優(yōu)化的蛋白質(zhì)三維結構預測
折疊過程，從隨機構象出發(fā)優(yōu)化預先給定的能量函數(shù)至最低狀態(tài)；② 基于碎片組裝的方式進行結構預測[20]．兩種方法的的核心都在于獲得能準確評估結構的能量函數(shù)[21]和高效的構象空間搜索方法．第一類方法目前廣泛采用分子動力學模擬的方式，通過解析天然蛋白質(zhì)折疊時的機理與相互作用來指導預測序列的折疊與構象生成．然而一方面模擬蛋白質(zhì)折疊的過程十分耗時[22]，并且即使投入大量的算力，對長度較長的蛋白也難以達到高的精確度；另一方面，實驗模擬蛋白質(zhì)折疊的過程本身與自然界的
江蘇科技大學學報(自然科學版) 2021年4期2021-10-19
- 手性化合物立體結構鑒定中的若干關鍵共性科學問題探討
較豐富，主要分為構象搜索軟件和模擬計算相關手性分子性質(zhì)的軟件兩類.典型的構象搜索軟件中有Sparton，Conflex（Barista），ComputeVOA，HyperChem，高斯新版本的Gaussian 16和其它軟件.構象搜索軟件的主要功能是可以對一個已知的結構使用不同的分子力場，如MMFF94S或其它力場進行構象搜素，記錄每個在設定范圍內(nèi)的能量和該構象的坐標，并最終保存該設定范圍之內(nèi)的所有構象，用于后續(xù)的計算.計算所選用的力場是一個關鍵問題，不同
高等學?；瘜W學報 2021年6期2021-06-29
- 系列C1化學分子與石墨炔表面相互作用的分子模擬
石墨炔的穩(wěn)定吸附構象，因此二者之間的作用機制尚不明確。到目前為止，關于C1化學分子與石墨炔表面相互作用的系統(tǒng)研究未見報道。筆者應用先進的密度泛函理論(Density functional theory，DFT)計算方法，系統(tǒng)研究6種C1分子(CH4、CO、CO2、CH3OH、HCHO和HCOOH)與石墨炔表面的相互作用。重點考察C1分子的不同吸附構象以及與石墨炔表面的不同作用位點，總結優(yōu)勢吸附的穩(wěn)定性結構特征。通過基于C1分子與石墨炔之間非共價相互作用的定
石油學報（石油加工） 2021年2期2021-05-20
- 基于煙花算法的分子構象搜索方法
中的采樣方法,即構象搜索方法對于分子對接的精度、尤其是效率有著至關重要的影響。早期構象搜索中應用的算法包括：遺傳算法[2]、模擬退火[3]、禁忌搜索[4]等各種方法。隨著群體智能算法的發(fā)展,一種新的群體智能算法——煙花算法[5,6]因其具有很強的優(yōu)化問題求解能力而倍受關注。本文對分子對接中的構象搜索問題展開研究,提出一種基于煙花算法的構象搜索方法,我們的工作證明了煙花算法在解決蛋白質(zhì)- 配體對接的構象搜索問題方面表現(xiàn)出的強大性能,具有更快的收斂速度,更加穩(wěn)
科學技術創(chuàng)新 2021年5期2021-03-17
- 科學家揭示細胞內(nèi)核孔擴張和收縮的機制
，捕捉細胞內(nèi)分子構象大規(guī)模變化的影像。當細胞指數(shù)增長時，其NPC采用擴張的構象；相反當細胞在能量耗盡或高滲滲透壓力環(huán)境中，NPC會可逆地收縮。這些數(shù)據(jù)驗證了一個模型，即核膜張力與NPC的構象有關。該研究表明，活細胞中的NPC與預期的相比占據(jù)了更大的構象空間。NPC收縮或擴張產(chǎn)生的巨大構象變化隨細胞本身和環(huán)境的狀態(tài)而改變。（摘自科技部網(wǎng)站http://www.most.gov.cn/gnwkjdt/202111/t20211122_178134.html）
石河子科技 2021年6期2021-01-26
- 葡萄糖結合蛋白（GBP）構象變化的研究及討論
o GBP”）的構象動力學在配體結合過程中起著至關重要的作用，了解這一過程對于設計該蛋白的抑制劑或突變具有重要意義。利用空配體GBP的全原子分子動力學模擬，確定了空配體GBP的多種亞穩(wěn)態(tài)構象，模擬結果揭示了場域靜電斥力或許是空配體GBP構象動力學的關鍵決定因素。GBP上下兩塊區(qū)域的蛋白結構域相互作用，與鉸鏈區(qū)域施加的幾何約束作用相平衡。在溶液中，區(qū)域相互作用導致了空配體GBP開口構象和閉口構象之間可以快速轉化。此外，分子動力學模擬所繪制的空配體GBP的亞穩(wěn)
當代化工 2020年7期2020-08-23
- 構象限制策略在藥物設計中的應用
與蛋白結合的真實構象。此外，同一個藥物的不同構象可能會與不同的靶點分子相結合，導致選擇性降低，引起毒性和不良反應。藥物分子擁有太多的自由旋轉鍵不利于與靶蛋白的結合和口服吸收［1］。但是，在基于結構的藥物設計中，適當?shù)?span id="syggg00" class="hl">構象限制可用于控制配體構象，并使分子偏向所需的構象以進行結合［2］。因此，構象限制策略在先導化合物優(yōu)化中具有重要意義。對分子進行構象限制的方式有很多種，如柔性鍵可通過成環(huán)固定，柔性鏈可以通過引入大環(huán)、螺環(huán)、環(huán)丙基、橋環(huán)等結構進行構象限制，還可以
中國藥科大學學報 2020年3期2020-07-23
- 接觸圖輔助的過程重采樣蛋白質(zhì)構象空間優(yōu)化算法
資源難以在巨大的構象空間中搜索到能量最低的構象[5].針對蛋白質(zhì)構象空間優(yōu)化問題，研究者們提出了很多構象空間優(yōu)化算法，如進化算法[6-10]、蒙特卡洛算法[11-13]、副本交換算法[14-16]、構象空間退火[17]等方法.為了進一步減小構象搜索空間，基于片段組裝策略[18]的構象空間搜索在從頭預測中得到廣泛應用，其主要代表有Rosetta[19-21]，Quark[22]，STRATCH[23]，PROFESY[24]，F(xiàn)RAGFOLD[25]等一系列
小型微型計算機系統(tǒng) 2020年3期2020-05-12
- 形象化教學方法在構象概念等高分子物理教學中的應用
，其中高分子鏈的構象是貫穿整個高分子物理知識體系的一條主線，然而構象的理解較為困難?；诙嗄甑慕虒W經(jīng)驗，讓學生作為高分子鏈中的鏈段，形象化的講述高分子物理的構象概念，并通過多個實驗讓學生理解高分子中構象的異同點。按照構象的教學主線，介紹形象化教學的實施過程以及如何加強學生的自主學習能力。[關鍵詞] 高分子鏈;構象;形象化教學;主觀能動性高分子物理課程是高分子專業(yè)及相關材料專業(yè)的一門重要基礎課程，是學習聚合物共混改性、高分子成型加工等高分子專業(yè)課程的理論基礎
教育教學論壇 2020年18期2020-05-11
- 絲氨酸構象異構化機理的密度泛函理論研究
生物活性與分子的構象變化間存在密切關系，研究氨基酸的構象行為是理解蛋白質(zhì)、多肽分子動態(tài)特征的關鍵所在。甘氨酸和丙氨酸的結構較簡單，構象研究也較早[1,2]，工作較充分[3,4]。絲氨酸分子式為C3H7O3N，官能團除了氨基和羧基外，還有一個側鏈羥基；三個官能團均可作為氫鍵給體和受體，分子內(nèi)氫鍵形式多樣，構象較復雜，但它是認識構象氫鍵效應的一個好模型。2004 年Lambie B 等[5]采用B3LYP/6-31++G**理論方法得到了12 種絲氨酸穩(wěn)定構象
唐山師范學院學報 2020年6期2020-04-16
- 離子與分子碰撞的空間構象設計
對所有的碰撞空間構象進行理論模擬，會導致計算資源的巨大浪費，而且對提高計算結果的精度效果甚微.一般來說，半經(jīng)典理論處理離子與分子碰撞的核心思想是考慮若干有代表性的碰撞空間構象做近似截斷，碰撞反應結束后，某碰撞反應通道的截面近似等于各碰撞空間構象下截面的平均值，碰撞反應截面的精確程度，在一定程度上受到空間構象選取和設計的影響，因此，如何設計碰撞空間構象成為半經(jīng)典理論處理碰撞反應過程的關鍵問題之一.本文將以幾種典型的分子為例，根據(jù)分子的對稱性設計離子與分子碰撞
遼寧師范大學學報（自然科學版） 2020年1期2020-03-23
- 基于密度泛函理論對冰毒分子不同構象拉曼光譜的研究
此可存在多種不同構象，考慮到分子不同的構象會對其拉曼光譜造成影響[12]，進而影響其現(xiàn)場檢測時的快速識別。本文采用Becke-3-Lee-Yang-Parr (B3LYP)雜化泛函方法在6-31G基組下分別以φ1，φ2和φ3三個二面角為變量，在0°～360°范圍內(nèi)，以10°為步長做了勢能面掃描，選取能量的極小值點從而獲得12個不同的冰毒分子穩(wěn)定構象。在此基礎上采用B3LYP方法，6-31G++(d, p)基組分別對不同的構象做進一步優(yōu)化和振動頻率計算，并分
光譜學與光譜分析 2020年3期2020-03-20
- MS分子模擬軟件在有機化學立體異構教學中的應用*
分子的構型異構與構象異構，是鋸架式，費歇爾投影式、紐曼式等有機物立體結構表達式的概念基礎。其教學目的是促進學生對有機物立體結構的認知，是從三維空間理解分子結構、反應行為及化學性質(zhì)相互關系，掌握有機立體化學反應機理的重要理論基礎[1]。然而，在前置教學章節(jié)中，關于有機化合物結構的特征僅從平面二維的角度(比如：路易斯構造式、短線構造式、鍵線構造式或縮簡構造式)使學生有了初步認識，并未涉及相關結構的三維空間立體呈現(xiàn)。在后續(xù)有機物立體異構的教學中，如果延續(xù)二維平面
廣州化工 2020年4期2020-03-12
- 構象概念主線在高分子物理課程中的實踐探討*
線，即高分子鏈的構象。高分子物理的每一章節(jié)幾乎都與構象概念緊密相關[4-5]。如何將構象這條珍珠串連在高分子物理的教學過程中使用好，學習在逐步的學習及最后的復習中認識清楚是高分子物理課程能否講好的關鍵點。1 構象概念及在高分子物理中的串聯(lián)作用構象概念來源于有機化學，其表示原子或原子基團由于圍繞單鍵不斷進行內(nèi)旋而產(chǎn)生的空間分布。小分子中分子的長度較小這種單鍵的內(nèi)旋轉不會對其性質(zhì)產(chǎn)生重要影響。而在高分子中分子量高達上萬甚至上百萬，這種構象的變化就會對高分子材料
廣州化工 2020年12期2020-03-07
- 基于非格點MonteCarlo方法模擬高分子在表面上吸附
鏈在表面上的吸附構象性質(zhì)與高分子鏈鏈內(nèi)作用力以及表面吸附作用強度有關。本論文采用非格點Monte Carlo模擬方法研究其在不同作用力下的吸附過程以及構象性質(zhì)。模型采用軟排斥表面，研究了高分子單鏈在均質(zhì)表面上的吸附行為，及其臨界吸附點。關鍵詞： Monte Carlo模擬; 非格點; 構象; 吸附中圖分類號：TP391 ? ? ? ? ?文獻標志碼：A ? ? 文章編號：1006-8228（2019）11-01-03Abstract： The resear
計算機時代 2019年11期2019-11-28
- 錐形構象含氟杯芳烴衍生物對銅離子的高選擇性識別
齊 琪 李 星(寧波大學材料科學與化學工程學院，浙江省光電探測材料及器件重點實驗室，寧波 315211)0 IntroductionDuring the past few years，the development of efficient sensors detecting metal ions has attracted wide attention.Some metal ions are strong toxic to the human body
無機化學學報 2019年7期2019-07-10
- 溫度對甘氨酸構象異構化反應的影響
晗?溫度對甘氨酸構象異構化反應的影響宋 浩1，李子春2，鮑羽鶴3，王海光3，馬瑞紅1，宿秋晗1（1. 唐山師范學院 化學系，河北 唐山 063000；2. 唐山市第二中學，河北 唐山 063600；3. 承德技師學院電氣工程技術系，河北 承德 067000）采用M06/6-31++G**方法，研究溫度對甘氨酸構象異構化反應的影響，得到7個穩(wěn)定構象和9個過渡態(tài)。結果表明，甘氨酸分子內(nèi)C-C鍵、C-N鍵和C-O鍵的旋轉導致構象間的轉變。溫度升高，甘氨酸穩(wěn)定構象
唐山師范學院學報 2019年3期2019-06-18
- 碳納米管受限空間對共軛高分子聚(9,9-二辛基芴-2,7-二基)鏈段運動行為的影響*
減緩, 提高了β構象的熱穩(wěn)定性, 同時取向排列的碳納米管對PFO分子鏈取向排列分布具有明顯的誘導作用, 有利于獲得高性能的PFO晶體. 這種高密度取向排列的碳納米管陣列結構未來可以用于制備優(yōu)良發(fā)光性能及高穩(wěn)定性的PFO光電器件.1 引 言聚芴(polyfluorenes, PFs)是一類非常重要的共軛高分子光電材料, 由于其強藍光發(fā)射以及高光致發(fā)光量子產(chǎn)率已經(jīng)在聚合物發(fā)光二極管[1-4]、傳感器和診測裝置[5,6]上得到了廣泛的應用. 聚(9,9-二辛基芴
物理學報 2019年2期2019-03-11
- Cel48F產(chǎn)物排出過程中酶-底物相互作用及關鍵殘基的分子動力學模擬
部分1.1 初始構象獲得共模擬了4個酶-五糖復合物體系,4個體系的蛋白完全相同,其初始結構均來自蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫(Protein Data Bank, PDB,編號1FAE).在4個體系的初始復合物中,底物和產(chǎn)物分別被連接在不同的位置,其中初始復合物A中底物為纖維五糖,結合于-3～+2子位置,即水解未發(fā)生前的酶-底物復合物;初始復合物B中糖單元也結合于相同的-3～+2子位置,但在-1和+1間糖苷鍵被手動斷開,其中占據(jù)-3～-1子位置的是殘余底物,占據(jù)+1～+2
沈陽大學學報(自然科學版) 2019年1期2019-02-22
- 利用回歸模型篩選出近天然的抗原-抗體對接模擬結構
位 (尤其是空間構象性表位)的預測和輔助篩選方面具有特別的優(yōu)勢[1]，分子對接結果能夠提供對闡明抗體中和機制有價值的線索[2-3]。然而在對接產(chǎn)生的大量對接構象中，近天然結構占很小的比例，如何將這些結構篩選出來仍是一個具有挑戰(zhàn)性的問題[4]。相關工作有所進展[5-6]，但目前尚無一個普適性好、準確性高的打分函數(shù)可以實現(xiàn)這一篩選目的。本文將 QSAR的原理應用于抗原抗體對接模擬構象的篩選 (近天然結構預測)。即用數(shù)理統(tǒng)計方法抽提抗原-抗體復合物模擬構象的近天
生物工程學報 2018年6期2018-06-26
- 哌啶分子軸向和赤道構象的量子計算
啶分子軸向和赤道構象的量子計算邱學軍，潘林峰(中南民族大學 電子信息工程學院, 武漢 430074)利用Gaussian 03軟件對哌啶分子軸向構象和赤道構象進行了量子計算，首先，采用Hartree-Fock (HF)方法, 在6-311++G(d,p)高精度基組水平上獲得了兩種構象分子基態(tài)的優(yōu)化結構、紅外光譜和拉曼光譜，這些數(shù)據(jù)為預測分子結構提供重要的依據(jù)；其次，在分子基態(tài)穩(wěn)定構象的基礎上，利用Time-Dependent Density Functio
中南民族大學學報（自然科學版） 2017年3期2017-10-18
- 液態(tài)聚乙二醇CH2剪切振動和扭轉振動
——拉曼光譜和密度泛函理論計算
效洞察液態(tài)中共存構象異構體對聚氧乙烯(PEO)實際振動光譜的貢獻。通過定義6種－(CH2CH2O)－重復單元構象，構建并優(yōu)化得到4種全同EO構象組合[(TGT)10、(TTT)10、(TTG)10和(GTG)10]和3種其它EO構象組合的構象異構體結構，并在PCM溶劑模型和B3LYP/6-31G(d)理論水平下，對結構進行了優(yōu)化和振動頻率計算。通過振動模式分析，提出描述PEO400各構象異構體的不同CH2剪切振動和CH2扭轉振動模式的統(tǒng)一標準，確定了4種C
物理化學學報 2017年5期2017-05-11
- “高分子鏈的構象”教學設計與實踐
要：“高分子鏈的構象”是高分子物理的重要知識點，是正確理解高分子鏈形態(tài)的基礎?！案叻肿渔湹?span id="syggg00" class="hl">構象”教學設計以構象為中心，將“鏈段”、高分子鏈的柔順性、構象統(tǒng)計以及等效自由連接鏈有機結合，建立直觀的高分子鏈的形態(tài)“圖像”，為后續(xù)高分子物理的學習奠定基礎。實踐證明，“高分子鏈的構象”教學設計提高高分子物理考試成績。關鍵詞：高分子物理；構象；構象統(tǒng)計；柔順性；教學設計中圖分類號：G642.0 文獻標志碼：A 文章編號：1674-9324（2017）14-0200-
教育教學論壇 2017年14期2017-04-20
- 柔性配體構筑的三個構象多樣的鑭系羧酸配位聚合物：合成，結構和熒光性質(zhì)
性配體構筑的三個構象多樣的鑭系羧酸配位聚合物：合成，結構和熒光性質(zhì)崔培培＊,1崔論峰2符愛云1(1德州學院生命科學學院，德州253023) (2濰坊市朱里中學，濰坊261111)利用2,2′-(1,4-亞苯基)二(亞苯基)二(硫基)苯二羧酸(H2L1)和2,2′-(2,3,5,6-四甲基-1,4-亞苯基)二(亞甲基)二(硫基)苯二甲酸(H2L2)2個柔性二羧酸分別與鑭系金屬鹽反應，通過溶劑熱方法合成了3個配位聚合物：{[(NH2(CH3)2][Nd(L1)
無機化學學報 2016年7期2016-12-05
- 良溶劑中接枝型聚兩性電解質(zhì)單鏈構象的布朗動力學模擬
聚兩性電解質(zhì)單鏈構象的布朗動力學模擬浦彬彬, 陳 濤, 王立權, 朱莎莎(華東理工大學材料科學與工程學院, 上海市先進聚合物材料重點實驗室, 上海 200237)采用布朗動力學研究了在良溶劑中荷電平衡的接枝聚兩性電解質(zhì)(GPA)的單鏈構象轉變行為, 討論了主鏈鏈長、 支鏈數(shù)及電荷密度對GPA分子鏈構象轉變的影響. 研究發(fā)現(xiàn), 隨著靜電相互作用的增強, GPA分子鏈構象轉變過程由線團、 主鏈與支鏈間的折疊、 鏈段塌縮和電荷配對形成偶極子與四極子等4個階段構成
高等學?；瘜W學報 2016年3期2016-12-02
- 基于量子化學計算的乙烷構象教學改革*
子化學計算的乙烷構象教學改革*李啟彭(昭通學院化學與生命科學學院，云南 昭通 657000)乙烷及乙烷衍生物的構象是有機化學教學中的一個重點和難點，且利用傳統(tǒng)的粉筆+黑板或者多媒體的教學手段很難形象的展示出其動態(tài)的平面結構和立體結構。本文利用量子化學Gaussian 09 Revision-D.01 軟件對乙烷及其衍生物的各種構象及能量等進行掃描計算，并用GaussView 5.0.9 軟件對其結果進行可視化分析并制作動畫。通過結合多種量化軟件和教學手段，
廣州化工 2016年20期2016-11-19
- 一種一枝黃花內(nèi)酯分子結構與構象的計算研究
花內(nèi)酯分子結構與構象的計算研究朱天文(云南大學化學科學與工程學院，云南昆明 650500)一枝黃花內(nèi)酯是一種從一枝黃花植物中提取到的克羅烷二萜類天然產(chǎn)物，對許多昆蟲具有拒食活性.構建了Solidagolactone (4)分子的4種不同的空間結構，利用密度泛函理論（DFT）計算各個構象的能量值，找到相對穩(wěn)定的兩種構象進行化學位移值計算.研究表明，支鏈的構象會影響分子的穩(wěn)定性；通過計算得到的化學位移值與實驗值存在的誤差，可引入校正因子對結果進行修正.一枝黃花
溫州大學學報（自然科學版） 2016年1期2016-10-27
- 胡椒生物堿提取、幾何結構以及紅外光譜的研究
椒脂堿)的64種構象的穩(wěn)定結構，并利用吉布斯自由能計算常溫(298.15 K)下四種構型分子體系穩(wěn)定構象的熱力學平衡分布。并對實驗紅外光譜與理論紅外光譜的特征峰進行了對比。結果表明，所提取的胡椒生物堿主要以構型Ⅰ中的構象1結構存在，即胡椒堿結構； 經(jīng)純化后得到胡椒堿含量為7%，純度達99%。經(jīng)分析建立的胡椒生物堿提取、分離和純化方法效果良好，建立的胡椒生物堿模型能與實驗結果相吻合。該研究對指導胡椒生物堿的提取、結構模型的建立、表征和應用有重大意義。胡椒生物
光譜學與光譜分析 2016年7期2016-07-12
- 兩個基于2，2′-聯(lián)吡啶-5，5′-二羧酸配體構筑的堿土金屬配合物的合成、晶體結構及其光致發(fā)光性質(zhì)
機配體的不同配位構象導致的。關鍵詞：堿土金屬配合物；溶劑熱合成；構象；光致發(fā)光國家自然科學基金(No.21401058)和廣東普通高校青年創(chuàng)新人才項目(No.2014KQNCX058)資助。＊通信聯(lián)系人。E-mail：ouyongcong@m.scnu.edu.cn；會員登記號：S06N6724M1506。Metal coordination polymers (MCPs) have been widely researched in recent yea
無機化學學報 2016年4期2016-05-03
- 氨基酸疏水性對蛋白質(zhì)結構的影響
質(zhì)折疊的最小能量構象的能量值相等；各疏水特征參考值求得的最小能量構象及能量值存在差異。從蛋白質(zhì)的序列出發(fā)研究蛋白質(zhì)的折疊結構，是現(xiàn)代生物信息學研究的一個重要的目標。生物體的遺傳信息是由DNA轉錄為RNA后，再有RNA翻譯而成為各種具有穩(wěn)定功能的蛋白質(zhì)，以完成各種生命活動。所以，研究蛋白質(zhì)折疊結構有助于我們了解蛋白質(zhì)空間結構與其功能的關系，幫助我們破譯遺傳信息這一生命之謎。蛋白質(zhì)的折疊結構決定蛋白質(zhì)的功能，錯誤的折疊會形成無活性的蛋白，從而引起阿爾茨默、帕金
中國科技信息 2015年22期2015-11-26
- EGFR-L861Q突變對TKI類藥物敏感性預測分析及病例報道
感，可能與其空間構象的改變密切相關[21]。為研究EGFR-L861Q突變對TKIs的敏感性，我們重建野生型EGFR、敏感突變型EGFR-L858R及突變型EGFR-L861Q蛋白質(zhì)的空間構象，分析不同空間構象對TKIs敏感性的差異。本文旨在探討晚期NSCLC伴EGFR-L861Q突變患者的最佳治療方案。1 材料與方法利用同源模建的方法構建并分析野生型EGFR、敏感突變型EGFR-L858R及突變型EGFR-L861Q蛋白質(zhì)的空間構象。野生型EGFR蛋白質(zhì)
中國肺癌雜志 2015年9期2015-08-27
- 分子內(nèi)氫鍵對屏蔽酚抗氧化活性的影響
屏蔽酚的最低能量構象的EBD與其抗氧化活性的關系分子的最低能量構象代表了其最穩(wěn)定的分子構象，因此EBD的計算首先考慮最低能量構象的EBD值。表2為不同分子結構屏蔽酚的最低能量構象EBD與其OITPDSC數(shù)據(jù)。出于對計算精度的考慮，計算了最典型屏蔽酚BHT分子的EBD，可以看出PW91/DNP水平上的DFT計算值略高于實驗值，偏差較小，精度較可靠。另外，BHT分子較小，其高溫熱揮發(fā)損失較大，故不考慮BHT的PDSC數(shù)據(jù)。表2 不同分子結構屏蔽酚的最低能量構象
石油學報（石油加工） 2014年5期2014-12-31
- 基于pose共享的蛋白質(zhì)-配體構象并行搜索算法
活性位點處的低能構象的過程。對接算法的性能依賴于兩個因素:能量函數(shù)的精度和復合物構象搜索算法的性能。分子對接所涉及的搜索空間非常巨大，即便對柔性小分子，粗略估計其搜索空間至少含1030個解，要從中找出低能構象必須借助于各種優(yōu)化算法。目前，已經(jīng)有許多優(yōu)化算法用來解決分子對接問題，典型的模擬退火算法、遺傳算法、禁忌搜索算法、蒙特卡羅方法以及這些算法的各種修正變種［4-6］。常用的分子對接模擬軟件有 AUTODOCK［10］，RosettaLigand［7］，G
生物信息學 2014年3期2014-11-14
- L-苯丙氨酸構象和電離能的理論研究
氨酸存在五種穩(wěn)定構象.2000年Simon小組［2］測量了L-苯丙氨酸的紫外和紅外R2PI譜，并運用從頭計算HF／6-31G （d）方法優(yōu)化了58種初始猜想構象，結果指認L-苯丙氨酸除了存在Levy［1］等人指出的五種構象外，還存在第六種穩(wěn)定構象.2002年Kim 小組［3］進一步測量R2PI譜，結合B3LYP／6-31+G （d）方法對L-苯丙氨酸最外殼層軌道的電離能做了研究，并分析電離能之間的差異是由于形成的分子內(nèi)氫鍵的緣故.Kim［4］又進一步用B3
原子與分子物理學報 2014年4期2014-03-20
- 蛋白質(zhì)的連接模型及機理研究
fit)［2］和構象選擇模型 (conformational selection)［3］(如圖1所示)。圖1 蛋白質(zhì)－配體連接模型此圖引用并修改于參考文獻［3］。1.1 鎖－鑰匙模型和誘導契合模型在鎖－鑰匙模型中，蛋白質(zhì)連接部位 (比喻為鎖)和配體 (比喻為鑰匙)的結構必須是高度互補的，而且蛋白質(zhì)和配體的結構是剛性的，以保證正確的匹配和連接 (如圖1A所示)。在誘導契合模型中，配體的結合能夠誘導蛋白質(zhì)連接部位構象發(fā)生變化，使連接部位甚至于整個蛋白質(zhì)的結構不
楚雄師范學院學報 2013年6期2013-09-13
- 再生天然絲蛋白的分子構象轉化特征與機理的研究現(xiàn)狀
。二級結構(分子構象)是決定再生天然絲蛋白材料性能的主要因素之一，除了蛋白質(zhì)本身的結構，如氨基酸片段的排列，絲蛋白二級結構還受許多因素的影響，如成絲過程［1］、pH 值、溫度、金屬離子、溶劑、絲蛋白濃度等。近年來，研究人員采用各種測試技術對再生天然絲蛋白材料制備過程中二級結構的轉變進行了探討。用紅外光譜(FTIR)和拉曼光譜分析不同構象絲蛋白的酰胺譜帶在光譜中的吸收位置;X-射線衍射光譜(XRD)是對β-折疊結晶結構進行測定;圓二色光譜(CD)是利用蛋白質(zhì)
絲綢 2013年7期2013-04-08
- 1,3-交替構象杯[4]芳烴-香豆素衍生物的合成
1,3-交替四種構象。其中1,3-交替構象是用于構建具有特殊用途的復雜分子的優(yōu)良骨架，被譽為杯芳烴的“智能”構象[3]。金屬離子熒光識別試劑一般由識別基團和熒光基團兩部分組成。由于香豆素類熒光基團具有熒光量子產(chǎn)率高，Stokes位移大，光物理和光化學性質(zhì)可調(diào)、光穩(wěn)定性好等優(yōu)點，是熒光識別分子設計中的優(yōu)選的熒光基團[4]。將香豆素基團作為熒光基團引入杯芳烴得到的熒光分子具有很好的離子和分子識別性能[5,6]。本文以對叔丁基杯[4]芳烴(1)為原料，通過醚化、
合成化學 2012年6期2012-11-21
- 糖類化合物的端基效應
取代環(huán)己烷的優(yōu)勢構象分析的結果相矛盾，從而導致這方面的知識成為基礎有機化學教學中的一個難點。為此，本文就端基效應的產(chǎn)生、理論解釋及相關應用等進行簡要介紹，以期為相關教學和學生自學提供幫助。1 問題的提出許多有機化學教材在描述單取代環(huán)己烷穩(wěn)定構象時[1-3]，認為取代基處于平伏鍵(e鍵)的構象1是優(yōu)勢構象，而構象2由于存在兩個1,3-直立鍵(a鍵)位阻(1,3-直立鍵的排斥力)為非優(yōu)勢構象(圖1)。圖1 單取代環(huán)己烷的兩種構象1,3-直立鍵位阻的大小取決于基
大學化學 2012年2期2012-09-25
- 續(xù)隨子醇Ｌ７１３，２８３二萜類化合物溶液構象的分子模擬
仿溶液中更穩(wěn)定，構象波動幅度更小；續(xù)隨子醇Ｌ７１３，２８３二萜類化合物五元環(huán)和十一元環(huán)側鏈上的Ｏ７１及Ｏ１５與甲醇羥基所形成的較穩(wěn)定氫鍵是其易溶于含氧有機溶劑的重要驅(qū)動力。基于續(xù)隨子醇Ｌ７１３，２８３二萜類化合物在氯仿溶液中的３個代表性構象，用密度泛函理論優(yōu)化獲得它們的穩(wěn)定構象、靜電勢電荷及鍵參數(shù)。模擬結果與試驗吻合較好，為基于配體結構的藥物分子設計提供了理論基礎。關鍵詞：續(xù)隨子醇；構象；藥物設計；分子動力學模擬；密度泛函理論中圖分類號：Ｑ９４９．７５３．
湖北農(nóng)業(yè)科學 2012年16期2012-09-12
- 基于分子動力學模擬研究P53-DNA結合域單點突變對肽段的影響
白及其突變區(qū)域的構象如何變化？與腫瘤致病微觀機制有何聯(lián)系？尚沒見到有關報道。本文利用分子動力學模擬方法，研究R249S突變對P53-DNA結構的影響。分別對野生型wtP53肽段和單點突變P53-R249S進行獨立的分子動力學模擬，每組模擬300ns。該研究為從分子層次認識腫瘤的致病機制和設計新的治癌藥物奠定理論基礎。1 方法P53蛋白的R249殘基位于DBD保守Ⅳ區(qū)域（殘基234-255），選取殘基230-258肽段作為研究對象。分別對wtP53肽段和單點
科技視界 2012年7期2012-08-15
- 杯［4］芳烴衍生物的合成及其晶體結構
］芳烴的兩種主要構象：錐型和部分錐型.通過分析研究，把產(chǎn)生這種現(xiàn)象的原因歸結為：當下沿的保護基團具有適度大的尺寸時，就能夠阻止苯環(huán)的翻轉，并且提供足夠的空間.當杯芳烴從溶液中析出時，第四個苯環(huán)隨機地定位，從而使得兩種構象并存于同一晶體中.杯［4］芳烴；構象；晶體結構；構象異構體杯芳烴［1－2］（圖1）是由對位取代的苯酚與甲醛反應得到的齊聚物，被認為是繼冠醚、環(huán)糊精之后的新一代大環(huán)主體分子化合物的代表.杯芳烴具有多樣性的空間結構.與環(huán)糊精的剛性結構以及冠醚的
沈陽大學學報(自然科學版) 2012年2期2012-01-04
- 試論分子的構造類型、構造異構及其關系
機化合物的構型和構象就是描述分子的形象的，是指分子中各原子和基團在空間的相對位置。構型和構象是表征分子結構特征的混淆的兩個概念。分子幾何形象的細微差別對自然界及生命現(xiàn)象都起著難以估計的影響。絕大多數(shù)的生命及生理化學過程，是受分子幾何形象控制的，因此它不僅是有機化學而且是許多其它相關科學的研究對象。本文主要介紹分子的構造類型、構造異構及其關系。分子構造；構型；構象；關系1.分子的構造及其類型描述分子的結構(structure)是指分子中各原子間是如何相互結合
和田師范?？茖W校學報 2011年2期2011-10-27
- 從頭計算研究CH3C(O)OSSOC(O)CH3的構型和能量*
H3最穩(wěn)定的五種構象及其陽離子構型．理論計算了五種穩(wěn)定構象的轉動常數(shù)和偶極矩;運用電子傳播子理論P3近似方法計算穩(wěn)定構象外價殼層軌道的電離能，計算結果與光電子能譜實驗結果符合的較好．根據(jù)構象的相對能量以及理論模擬電離能譜和實驗光電子能譜之間的比較，說明在氣相光電子能譜實驗中至少存在兩種構象．與中性構型相比，電離后的五種陽離子構型均發(fā)生了明顯的結構弛豫，尤其是發(fā)現(xiàn)二面角C2O4S5S10和O4S5S10O9發(fā)生較大的轉動．構象，電離能，相對能量，光電子能譜P
物理學報 2011年7期2011-08-15
- 雞朊蛋白序列分析及結構特征探究*
級結構轉換機理和構象病的產(chǎn)生機制仍不清楚。雞是最早發(fā)現(xiàn)的含有PrP基因的鳥類〔2〕,然而關于雞(Ch)PrP序列及結構的相關研究很少。因此,本研究通過對羅曼雞PrP基因克隆測序,對所得的ChPrP基因序列和其它物種PrP基因比對分析,獲得基于PrP基因的物種遺傳信息,進而推導朊蛋白病種間屏障的形成機制。并參考已有的關于ChPrP高級結構的核磁共振(NMR)數(shù)據(jù),利用生物信息學軟件對ChPrP基因推導的氨基酸序列深入分析,獲得ChPrP結構特征,推測可能參與
中國人獸共患病學報 2010年6期2010-11-14
- 討論乙烷的穩(wěn)定構象
)討論乙烷的穩(wěn)定構象楊颙 梁翰清(安徽建筑工業(yè)學院材化學院 安徽合肥230601)利用Gaussian 98對乙烷的兩種典型構象——交叉式和重疊式進行結構幾何優(yōu)化、頻率分析和能量計算，通過計算結果的比較分析確定其穩(wěn)定構象;并對導致穩(wěn)定構象原因進行簡單討論。乙烷是烷烴中最簡單的含碳碳單鍵的化合物。如果使乙烷中一個甲基固定不動，而使另一個甲基繞碳碳鍵軸旋轉，則兩個甲基中的氫原子的相對位置將不斷改變，產(chǎn)生許多空間排列方式不同的構象。轉動的角度是無窮多的，排列方式
大學化學 2010年2期2010-07-02
- Ｆｉｓｈｃｈｅｒ投影式和Ｎｅｗｍａｎｎ投影式的互換方法及其應用
在立體化學中判斷構象間相互關系、理解反應機理等方面的應用。[關鍵詞]Fishcher投影式Newrmnn投影式轉換立體化學立體化學是有機化學的一個重要組成部分，在基礎有機化學教學中，立體化學是教學的重點和難點之一。在討論立體化學問題時，有時須兼及分子的構型和構象的兩個方面，要求學生能熟練地轉換Fishcher投影式和Newmann投影式。構象用Newmann投影式表示，而手性分子用Fishcher投影式即當Newmann投影式豎鍵垂直向上時。則前方向上的原
廣西教育·C版 2009年3期2009-05-25