王 卓,徐碧玉,賈彩紅,李健平,劉菊華,張建斌,苗紅霞,金志強,2*
(1 中國熱帶農(nóng)業(yè)科學院熱帶生物技術(shù)研究所/農(nóng)業(yè)部熱帶生物技術(shù)重點開放實驗室,海口571101;2 中國熱帶農(nóng)業(yè)科學院??趯嶒炚荆D鲜∠憬哆z傳改良重點實驗室,???70102)
木質(zhì)素是由苯丙烷類單體聚合而成的酚類多聚體,賦予植物機械強度和疏水性,在植物對環(huán)境適應中起著重要作用。研究發(fā)現(xiàn)在苔類地錢和紅藻等非維管植物中也存在木質(zhì)素[1]。在植物中木質(zhì)素以三維立體聚合物嵌入植物細胞壁,其木質(zhì)素單體主要分為3類:愈創(chuàng)木基木質(zhì)素(guaiacyl lignin,G-木質(zhì)素)、對-羥基苯基木質(zhì)素(hydroxy-phenyl lignin,H-木質(zhì)素)和紫丁香基木質(zhì)素(syringyl Lignin,S-木質(zhì)素)。這些單體在不同科的植物中其數(shù)量和比例不同[2-3]。肉桂 醇 脫 氫 酶(cinnamyl alcohol dehydrogenase,CAD)屬于依賴于NADPH 的酶類,在木質(zhì)素合成中有著重要作用,是木質(zhì)素單體合成途徑中的還原酶之一。CAD 主要在木質(zhì)素單體合成過程中最后一步起作用,其催化對-香豆酸、松柏醛及芥子酸還原成相應的醇。CAD 在木質(zhì)素種類和功能多樣性中起重要作用[1]。迄今,已從多種植物如煙草[4-5]、桉 樹[6-7]、草 莓[8]、擬 南 芥[9]、苜 蓿[10]、小麥[11]、小 立碗蘚[12]、蒿[13]和 茶[14]等中克 隆了CAD基因。在已完成全基因組測序的香蕉A 基因組中預測出7個CAD 基因[15]。但尚未見香蕉CAD 基因克隆及表達分析的相關(guān)報道。
香蕉是熱帶、亞熱帶發(fā)展中國家重要的農(nóng)作物之一。其果實由于富含蛋白質(zhì)和碳水化合物,是一些熱帶地區(qū)人民的主要糧食和國民收入的主要來源[16]。然而香蕉枯萎病嚴重威脅香蕉的正常生產(chǎn)[17]。木質(zhì)素在植物抗病中起著重要作用,木質(zhì)素快速沉積或木質(zhì)素類物質(zhì)的生成能限制病原菌的生長和侵染,進而起到抗病作用[18-20]。同樣作為木質(zhì)素合成的末端酶,CAD 基因的表達往往也伴隨著病原菌的侵染而增加[21-22],CAD 基因的表達與植物抗病性密切相關(guān)。因此,了解香蕉CAD 將有助于闡明木質(zhì)素合成的調(diào)控機理,為全面揭示香蕉木質(zhì)素代謝與香蕉枯萎病的密切關(guān)系奠定理論基礎(chǔ)。本研究首次從香蕉中分離并克隆一個MaCAD 基因,利用生物信息學網(wǎng)站分析該基因的結(jié)構(gòu)特性,采用熒光定量技術(shù)分析該基因的表達模式,探討MaCAD在枯萎病菌脅迫下香蕉根系中的表達調(diào)控,有助于進一步了解香蕉抗枯萎病的調(diào)控機理。
供試香蕉品種為‘巴西蕉’(cv.Cavendish)和‘農(nóng)科1號’(cv.Nongke No.1)購自中國熱帶農(nóng)業(yè)科學院組培中心,苗齡為移栽大棚后約60d的健康杯苗,其中‘巴西蕉’為枯萎病菌感病品種,‘農(nóng)科1號’為耐病品種。香蕉枯萎病菌4號生理小種[Fusarium oxysporumf specialis(f.Sp)cubense Tropical Race 4,F(xiàn)oc TR4],為中國熱帶農(nóng)業(yè)科學院環(huán)境與植物保護研究所張欣博士饋贈。
1.2.1 病原菌的培養(yǎng)收集及接種香蕉 將香蕉枯萎病生理4號小種孢子懸浮液接種于馬鈴薯葡萄糖瓊脂培養(yǎng)基(PDA)上,28 ℃培養(yǎng)7d,用無菌水將孢子洗下來,用2層Mirocloth膜過濾,濾液4 000r/min離心15min,棄上清,沉淀用50mL無菌水重懸,再4 000r/min離心15min,重復2次,收集Foc TR4孢子。
將‘巴西蕉’(cv.Cavendish AAA)和‘農(nóng)科1號’(cv.Nongke No.1)分為2組,每組60棵幼苗。以蘸根接菌法接種Foc TR4,接種濃度為每毫升1×106個孢子。接種后2、4和6d取樣,以未接種的為對照(0d)。液氮中速凍后,置于-80 ℃冰箱備用,重復3次。
1.2.2 文庫的篩選 取2μL含文庫質(zhì)粒的大腸桿菌DH10B 菌液涂于氯霉素平板上,隨機挑取克隆進 行菌 落PCR 鑒 定,挑 取 大 于800bp 的 克 ?。?3]。使用96孔板進行堿裂解法提取質(zhì)粒DNA,測序委托北京華大基因技術(shù)公司完成。測出的DNA 序列經(jīng)過切除載體和接頭序列后在NCBI核酸數(shù)據(jù)庫BLASTn和蛋白數(shù)據(jù)庫BLASTx中進行同源核苷酸和蛋白序列檢索。應用DNAMAN、ProtParam和MEGA4等生物軟件分析獲得cDNA 序列及其編碼蛋白質(zhì)的結(jié)構(gòu)特點,并與NCBI數(shù)據(jù)庫(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/blast)和香蕉A 基因 組 數(shù) 據(jù) 庫(http://banana-genome.cirad.fr/tools.html)中已知核酸和蛋白序列進行比較分析。
1.2.3 MaCAD1在香蕉不同器官的表達分析 選取生長8個月的香蕉根、球莖、假莖、葉、花和果實按照Wan等[24]的方法提取RNA。每個樣品取4μg總RNA,用Invitrogen SuperScriptTMⅢReverse Transcriptase合成cDNA 第一鏈。以香蕉根、球莖、假莖、葉、花和果實的cDNA 為模板,以MaActin片段為內(nèi)參,采用RT-PCR 方法對其進行組織特異性表達分析。將MaCAD1在香蕉A 基因組數(shù)據(jù)庫(http://banana-genome.cirad.fr/tools.html)中進行比對,在序列5′端非保守區(qū)域設(shè)計MaCAD1基 因 表 達 引 物P1(5′-GAGAAGGGAGAACGGAGTC-3′)和P2(5′-TCCCACCTTGAAGTTGCT-3′)。MaActin1 引 物 為NP1(5′-CGAGGCTCAATCAAA-GA-3′)和NP2(5′-ACCAGCAAGGTCCAAAC-3′)。
1.2.4 香蕉接種Foc TR4后MaCAD1的表達 以接種后不同時間點的香蕉根系cDNA 第一鏈為模板,引物同1.2.3,以MaActin 片段為內(nèi)標,采用實時熒光定量PCR 檢測MaCAD1 的表達。PCR 反應程序為:95 ℃預變性3min;95 ℃變性7s,60 ℃退火15s,72 ℃延伸20s,循環(huán)40 次。實時定量PCR 采用TaRaKa 公司的試劑盒,染料為SYBR Green,在吉泰生物科技公司Mx 3005P 熒光定量PCR 儀上進行。
每個實驗組均做3次生物重復,利用SAS軟件(SAS 9.0for Windows)進行顯著性分析。結(jié)果用KyPlot軟件進行繪圖。
通過對香蕉根系cDNA 文庫克隆的隨機測序,獲得一個可能是香蕉肉桂醇脫氫酶基因的cDNA片段,將克隆測通后獲得完整的ORF(圖1)。測序后經(jīng)BLAST 比對發(fā)現(xiàn),該序列與其他植物CAD 基因序列具有較高一致性,表明該序列是香蕉CAD基因編碼框全長cDNA,命名為MaCAD1,GenBank登錄號為KF582533。MaCAD1序列全長為1 427 bp,其中5′非翻譯區(qū)168bp,3′非翻譯區(qū)182bp,含有一個1 077bp 的ORF,編碼358 個氨基酸殘基(圖2)。MaCAD1推導的氨基酸可編碼預期分子量為39.24kD,等電點為6.55。在GenBank 中對MaCAD1蛋白質(zhì)進行保守結(jié)構(gòu)域搜索和同源性分析,結(jié)果表明MaCAD1蛋白屬于CAD1家族成員。MaCAD1蛋白在N 端具有醇脫氧酶的典型保守結(jié)構(gòu)域:包括2個Zn2+結(jié)合位點和1個NAD(P)輔酶結(jié)合位點(圖3)。為了研究MaCAD1 與其它各物種 間 的 進 化 關(guān) 系,利 用 軟 件 MEGA 4.0 將MaCAD1基因的氨基酸序列和擬南芥、水稻的CAD 氨基酸序列利用軟件MEGA 4.0中的N-J的方法構(gòu)建系統(tǒng)進化樹。由圖4結(jié)果可知,所有CAD基因大致可以分為3 個類型。MaCAD1 分屬于ClassⅢ類,它與OsCAD6同源關(guān)系最近(圖4)。
采用半定量RT-PCR方法,以MaActin作為內(nèi)參,分別檢測香蕉不同部位MaCAD1mRNA 轉(zhuǎn)錄水平的變化。結(jié)果表明,MaCAD1在假莖中表達量最高,是根中的6.2倍。在葉和果實中表達量較高,其表達量分別是根系中相對表達量的3.2和2.6倍(圖5)。
圖1 MaCAD1的全長cDNA PCR 產(chǎn)物凝膠電泳檢測結(jié)果A.文庫質(zhì)??寺z測;B.MaCAD1ORF擴增;M.DL2000Fig.1 Identification of the PCR products of full-length cDNA sequence of MaCAD1 A.Plasmid cloning PCR product;B.MaCAD1 ORF PCR product;M.DL2000
圖2 MaCAD1編碼的核酸和氨基酸序列帶下劃線的堿基序列表示起始密碼子;*表示終止密碼子Fig.2 Nucleotide and deduce amino acid sequence of MaCAD1 The nucleotide sequence with underlined means initiator codon;* means terminator codon
香蕉枯萎病是一種典型的土傳病害,病菌從香蕉根系入侵,形成整株危害,在香蕉整個生長周期均可發(fā)病。接種3周后,感病品種‘巴西蕉’葉片明顯發(fā)黃、下垂,葉片周圍干枯,植株生長明顯減緩;耐病品種‘農(nóng)科1號’則沒有明顯的發(fā)病癥狀(圖6)。
在感病品種‘巴西蕉’中,MaCAD1的相對表達量在接種FocTR4后逐漸下降,且差異達到極顯著(P<0.01);在接種6d時MaCAD1的相對表達量達到最低,相對表達量值為0.29,僅為對照的三分之一(圖7)。在耐病品種‘農(nóng)科1 號’中MaCAD1的相對表達量在接種FocTR4 后顯著增加(P<0.01),在接種6d時MaCAD1的相對表達量達到最大,是對照的4.1倍(圖7)。因此,從相對表達量的變化上看MaCAD1在感病品種‘巴西蕉’中的表達被抑制,而在耐病品種‘農(nóng)科1號’中的表達被激活,表明該基因可能與香蕉的抗病反應密切相關(guān)。
圖3 MaCAD1和其他植物CAD 的序列比對分析圖中從上至下依次代表的是棗椰、油棕、中國蓮、木本棉、梅、甜菜、茶、煙草、蘋果中相應的CAD氨基酸序列;劃實線部分為Zn2+結(jié)合位點,虛線部分為NADPH 結(jié)合位點Fig.3 Alignment of amino acid sequences of MaCAD1and other plant CADs The amino acid sequences in the maps which from the top to the bottom represent are:Phoenix dactylifera,Elaeis guineensis,Nelumbo nucifera,Gossypium arboreum,Prunus mume,Beta vulgaris subsp.vulgaris,Camellia sinensis,Nicotiana tomentosiformis,Malus domestica.Zn2+binding motifs are underlined,and NADPH binding motif is dash underlined
圖4 MaCAD1蛋白與擬南芥和水稻CAD 蛋白的進化樹圖中分支點的數(shù)字表示Bootstrap驗證中基于1 000次重復該節(jié)點可信度的百分比;括號內(nèi)為氨基酸登錄號Fig.4 Phylogenetic relationship between the banana of CAD1and CAD proteins fromArabidopsis thaliana and Oryza sativa The number on the branches indicate the reliability percent of Bootstrap values based on 1 000replications;The accession No.was given in brackets
圖5 QRT-PCR檢測MaCAD1在香蕉不同部位中的表達情況R.根;Rh.球莖;P.假莖;L.葉;F.花;Fr.果實Fig.5 Quantitative RT-PCR analysis of the expression MaCAD1in banana tissues R.Root;Rh.Rhizome;P.Psedostem;L.Leaf;F.Flower;Fr.Fruit
圖6 耐病品種‘農(nóng)科1號’(A)與感病品種‘巴西蕉’(B)接種Foc TR4后的癥狀Fig.6 Symptoms of resistant(A)and susceptible(B)varieties after inoculation Foc TR4
圖7 不同抗性香蕉品種接種FocTR4后MaCAD1的表達**代表接種前后差異達到0.01水平Fig.7 The expression of MaCAD1in banana varieties with different resistance after inoculation with FocTR4**refers to significant difference after inoculation at 0.01level
木質(zhì)素經(jīng)苯丙烷生物合成途徑合成,是植物中主要的代謝產(chǎn)物之一,其含量僅次于纖維素的大分子有機物質(zhì),在為植物提供機械力、運輸水分和抵抗外界逆境等方面起著重要作用[25-26]。CAD為催化木質(zhì)素單體生物合成的最后一個酶,在木質(zhì)素種類和功能多樣性中起著重要作用[1]。本研究獲得1個全長香蕉CAD1基因。在序列分析方面,該基因與其它植物的CAD 基因具有較高一致性。MaCAD1編碼氨基酸的分子量為39.24kD,等電點為6.55,這與已報道的其它植物CAD 蛋白特征相似[3,21]。MaCAD1推導氨基酸序列中包含完整的醇脫氧酶的典型保守結(jié)構(gòu)域,包括2 個Zn2+結(jié)合位點和1 個NAD(P)輔酶結(jié)合位點,因此MaCAD1為含Zn2+醇脫氫 酶[8-9];同 時,NAD(P)輔 酶 結(jié) 合 位 點 也 表 明MaCAD1屬于 典 型 的 植 物CAD 酶 類[4,7-8]。聚 類 分析結(jié)果表明MaCAD1與水稻OsCAD6親緣關(guān)系較近,同屬于ClassⅢ。在其它植物中,Ⅲ類CAD 編碼的酶不僅能與松柏醛、香豆醛、芥子醛等催化底物特異結(jié)合,同樣還能與脂肪醛、肉桂酰等物質(zhì)結(jié)合生成不同類型的木質(zhì)素[6]。這些結(jié)果均表明MaCAD1基因編碼的確實為香蕉Ⅲ類CAD 蛋白,可能在香蕉木質(zhì)素合成中起作用。
在其他植物中,CAD 基因在根、莖、葉和花等組織中均有表達[27]。本研究在根、球莖、假莖、葉、花和果實中均檢測到MaCAD1 表達,表明MaCAD1 在香蕉組織中屬于組成型表達,根據(jù)這一結(jié)果推出該基因可能在香蕉的生長和發(fā)育過程中起著重要作用。在植物與病原菌互作時,木質(zhì)素的含量、類型和積累速度在不同植物與病原菌互作時存在差異[28]。栓皮 櫟(Quercus variabilis Bl.)的QsCAD1 在 抗Phytophthora cinnamomi的過程中能失活該菌產(chǎn)生的毒素[22]。在香蕉與枯萎病菌互作時,抗病品種比感病品種能積累更多的木質(zhì)素,CAD 活性和木質(zhì)素的生物合及香蕉抗枯萎病能力成密切相關(guān)[29]。MaCAD1在感病品種‘巴西蕉’(cv.Cavendish)中的基因表達被抑制,而在耐病品種‘農(nóng)科1 號’(cv.Nongke No.1)中被激活,MaCAD1基因表達與香蕉抗病性正相關(guān),說明該基因可能參與香蕉響應Foc TR4侵染的過程。目前,香蕉抗病種質(zhì)的創(chuàng)制是解決香蕉枯萎病的有效方法之一,然而缺乏有效的抗病種質(zhì)的鑒定及篩選方法。利用標記基因在苗期篩選抗病苗能節(jié)約育種時間及效率。MaCAD1 在耐病品種中表達趨勢與感病品種相反且相對表達量的倍數(shù)高于感病品種,因此該基因可以當作一個新的抗枯萎病菌侵染的標記基因。
本試驗克隆了MaCAD1基因,并對其序列進行生物信息學分析,對其組織和接種Foc TR4的響應研究說明該基因參與了香蕉的生長發(fā)育及抗病反應。今后將繼續(xù)對該基因在香蕉抗枯萎中的作用機制進行進一步的研究,以期能揭示CAD 在香蕉抗枯萎病中的生理作用。
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