劉素娜，姚 武，暴 磊，李 娟，張紅義，侯建勇，王 迪，陳慧婷，郝長付

（鄭州大學公共衛(wèi)生學院，河南 鄭州 450001）

采用ChIP-chip技術(shù)分析大鼠肺成纖維細胞轉(zhuǎn)分化前后全基因組蛋白H3K4三甲基化水平的改變

劉素娜，姚 武，暴 磊，李 娟，張紅義，侯建勇，王 迪，陳慧婷，郝長付

（鄭州大學公共衛(wèi)生學院，河南 鄭州 450001）

目的研究經(jīng)二氧化硅（SiO2）染毒的肺成纖維細胞（LF）轉(zhuǎn)分化前后全基因組蛋白H3賴氨酸4（H3K4）三甲基化（met3）水平的改變。方法原代培養(yǎng)大鼠肺泡巨噬細胞（AM）和LF，采用transwell共培養(yǎng)，建立共培養(yǎng)模型，用100 mg·L-1游離SiO2粉塵染毒AM 24 h，收集LF細胞，免疫組織化學法對轉(zhuǎn)分化后的LF進行表型鑒定。采用染色質(zhì)免疫共沉淀聯(lián)合芯片技術(shù)（ChIP-chip）對LF全基因組蛋白H3K4met3進行高通量篩選，采用染色質(zhì)免疫共沉淀-實時熒光定量聚合酶聯(lián)反應技術(shù)（ChIP-qPCR）驗證芯片結(jié)果，采用定量逆轉(zhuǎn)錄聚合酶聯(lián)反應技術(shù)（qRT-PCR）檢測H3K4出現(xiàn)顯著差異的mRNA表達水平。結(jié)果通過對經(jīng)SiO2染毒前后LF全基因組蛋白H3K4met3水平的對比，共篩選出1815個基因存在H3K4顯著性差異（Cy3/ Cy5比值>2.0或<0.5，NimbleScan V2.5軟件），其中518個基因出現(xiàn)H3K4met3程度增高，1297個基因H3K4met3程度降低。隨機挑選2個差異表達基因nfib和kpna3，以ChIP-qPCR和qRT-PCR方法驗證，取得與CpG島芯片一致的結(jié)果。結(jié)論經(jīng)SiO2染毒的LF轉(zhuǎn)分化前后全基因組蛋白H3K4met3水平存在顯著改變。ChIP-chip技術(shù)有利于進一步揭示矽肺纖維化發(fā)生的分子機制，有助于發(fā)現(xiàn)新的蛋白標志物和基因干預靶點。

成纖維細胞；二氧化硅；肺泡巨噬細胞；染色質(zhì)免疫共沉淀；組蛋白H3賴氨酸4；甲基化

目前，塵肺病仍是中國最嚴重的職業(yè)病，而矽肺是塵肺病中危害最嚴重的一種。長期吸入游離二氧化硅（SiO2）粉塵，導致肺成纖維細胞（lung fi?broblast，LF）轉(zhuǎn)分化為肌成纖維細胞（myofibro?blast，MF）是矽肺發(fā)病重要的細胞基礎［1］。細胞轉(zhuǎn)分化是指分化完全的細胞在某些因素的刺激下，丟失其原有的表型特點而轉(zhuǎn)變?yōu)槠渌愋图毎?，是一種特定的生理或病理過程［2］。

LF在正常靜息狀態(tài)下不具有過度增殖和分泌能力，發(fā)生活化、功能改變是細胞轉(zhuǎn)分化的結(jié)果［3］。MF的一個關鍵的生物學標志是α-平滑肌肌動蛋白（α-smooth muscle actin，α-SMA）的表達［4］。在肺纖維化發(fā)生時，Ⅰ型膠原（collagenⅠ，ColⅠ）和ColⅢ蛋白的含量增加，成為反映細胞外基質(zhì)蛋白成分變化的主要指標［5］。因此，α-SMA，ColⅠ和ColⅢ的表達增多是LF轉(zhuǎn)化為MF，發(fā)生纖維化的標志。LF在肺泡巨噬細胞（alveolar macrophage，AM）分泌的多種細胞因子，尤其是成骨細胞轉(zhuǎn)化因子β1的誘導下轉(zhuǎn)分化為MF，其α-SMA及膠原蛋白的表達上調(diào)，且凋亡受到抑制，這一過程已得到研究者的共識［6-7］。以往對這一過程的研究，主要從遺傳學角度進行，如張海英等［3］從遺傳學角度探討了LF轉(zhuǎn)分化的基因表達變化，證實了游離SiO2刺激LF過程中，大量基因和蛋白改變，但以往傳統(tǒng)遺傳學研究尚不能解釋其確切機制。隨著表觀遺傳學研究的不斷深入，發(fā)現(xiàn)表觀遺傳學改變可能早于傳統(tǒng)遺傳學，且由于其改變的可逆性越來越受到關注。Sanders等［8］應用組蛋白修飾抑制劑，考察了大鼠LF的組蛋白修飾機制，并考察了Thy-1細胞表面抗原啟動子區(qū)高甲基化在肺纖維化中的調(diào)控機制［9］，發(fā)現(xiàn)表觀遺傳學機制在其中起到關鍵的調(diào)控作用，應用抑制劑干預可改變表觀遺傳學的調(diào)控效果。研究提示，表觀遺傳學調(diào)控在LF轉(zhuǎn)分化中可能發(fā)揮著重要作用，但相關報道仍較缺乏，因此有必要進一步研究LF轉(zhuǎn)分化過程中的表觀遺傳學機制。

組蛋白的共價修飾是表觀遺傳機制的重要內(nèi)容。許多研究提示組蛋白修飾可改變?nèi)旧w結(jié)構(gòu)、調(diào)控組蛋白與DNA及組蛋白與組蛋白間的相互作用，從而調(diào)控基因表達［10-11］。組蛋白修飾包括乙?；?、甲基化、磷酸化和ADP核糖基化等，這些類似于組蛋白的編碼子，調(diào)控染色體的功能［12］。在組蛋白共價修飾過程中研究較多的是賴氨酸甲基化，其修飾的位點有多個，如組蛋白H3賴氨酸4（his?tone H3 lysine 4，H3K4）、H3K9、H3K20和H3K27等。本研究采用染色質(zhì)免疫共沉淀-實時熒光定量聚合酶聯(lián)反應（chromatin co-immunoprecipitation linked to microarrays，ChIP-chip）技術(shù)檢測了染毒組和正常組的LF全基因組蛋白H3K4三甲基化（trimethylation，met3）水平，通過比較兩組細胞內(nèi)相同基因位點組蛋白H3K4met3水平的差異，進行基因篩選，采用ChIP-chip和定量逆轉(zhuǎn)錄聚合酶聯(lián)反應技術(shù)（quantitational real-time polymerase chain reaction，qRT-PCR）驗證芯片結(jié)果，為進一步揭示矽肺纖維化發(fā)生的分子機制，以及發(fā)現(xiàn)新的蛋白標志物和基因干預靶點提供參考。

1 材料與方法

1.1實驗動物

SPF級成年雄性Spraque-Dawley（SD）大鼠10只，體質(zhì)量160 ～200g，購自河南省實驗動物中心，許可證號為SCXK（豫）2010-0002。大鼠在溫度21 ～25°C、濕度50% ～70%的屏障系統(tǒng)內(nèi)進行常規(guī)飼養(yǎng)，所飼養(yǎng)飲用水、飼料及墊料均經(jīng)消毒滅菌處理。

1.2試劑和主要儀器

游離SiO2粉塵標準品（粒徑為1 ～5 μm）購自美國Sigma公司；胎牛血清，購自杭州四季青公司；DMEM培養(yǎng)液購自中國Solarbio公司；Trizol試劑購于上海英俊生物技術(shù)有限公司；逆轉(zhuǎn)錄試劑盒和RT-PCR試劑盒均購于大連寶生物生物技術(shù)有限公司；PCR引物由上海生工公司合成；抗α-SMA，ColⅠ和ColⅢ抗體均購自武漢博士德生物技術(shù)有限公司；兔抗小鼠辣根過氧化酶標記二抗購自北京中杉金橋生物技術(shù)有限公司；抗α-SMA，ColⅠ和ColⅢ抗體ELISA試劑盒購自美國BD公司；抗組蛋白H3K4met3抗體標記磁珠購于美國Santa公司；DNA純化試劑盒購自德國Qiagen公司；NimbleGen啟動子芯片和Cy3/Cy5 DNA雙標試劑盒購自美國Roche公司。GenePix 4000B芯片掃描儀（美國Axon公司）；ABI 7100 Real time PCR儀（美國ABI應用生物系統(tǒng)公司）；酶標儀（美國BioTek儀器有限公司）。

1.3LF的分離和純化

選用成熟SPF級雄性SD大鼠，脫頸椎活殺后在75%乙醇中浸泡5 min，無菌環(huán)境下解剖取出大鼠肺臟，用胰蛋白酶消化法消化適量肺組織，分離LF細胞，制成單細胞懸液，用0.4%錐蟲藍（臺盼藍）染色并計數(shù)活細胞含量。補加新鮮的含10%血清的DMEM培養(yǎng)液，置于37℃，5%CO2培養(yǎng)箱中培養(yǎng)。將傳至4 ～8代的LF細胞用于實驗。

1.4大鼠AM的提取和純化

肺泡灌洗法提取大鼠AM。進行氣管插管術(shù)后，用注射器向插管內(nèi)注入PBS溶液5 mL，輕輕按摩胸腔，使細胞充分混入。反復抽推注射器5次，5 min后抽出肺內(nèi)液體，將其離心（250×g，4℃）10 min，收集下層細胞，用PBS溶液洗1次，用DMEM培養(yǎng)基懸起細胞，調(diào)整細胞濃度約5×108L-1。將細胞懸液置入培養(yǎng)瓶，37℃培養(yǎng)2 h后，吸棄上清，再加入新鮮的DMEM培養(yǎng)基，即得純化的AM，調(diào)整細胞濃度將其立即轉(zhuǎn)入上室transwell中（下室LF已生長至80% ～90%），培養(yǎng)24 h后進行SiO2剌激處理。

1.5CCK8法檢測AM存活

調(diào)整AM細胞濃度至1×109L-1，接種到96孔板中，每孔100 μL。培養(yǎng)2 h后吸棄培養(yǎng)液，更換新鮮的含20%胎牛血清的DMEM培養(yǎng)液。培養(yǎng)24 h后，實驗組分別加SiO220，40，60，80，100，120和140 mg·L-1，同時設空白對照孔，每個濃度均設6個復孔，轉(zhuǎn)移到培養(yǎng)箱中繼續(xù)培養(yǎng)24 h，每孔加入CCK8溶液10 μL，繼續(xù)培養(yǎng)4 h。振蕩混勻后，用酶聯(lián)免疫檢測儀在492 nm波長下檢測各孔的吸光度（absorbance，A）值，按以下公式計算細胞的存活率。細胞存活率（%）=實驗組平均A值/正常對照組平均A值×100%。

1.6矽肺纖維化體外細胞模型的建立

transwell（孔徑0.4 μm）只允許細胞因子通過，細胞和SiO2均不能通過，利用transwell建立大鼠LF和AM體外共培養(yǎng)模型來模擬體內(nèi)矽肺環(huán)境，研究SiO2作用下AM對LF轉(zhuǎn)分化的影響。取4 ～8代的LF，調(diào)整細胞濃度至約2×108L-1，接種于6孔板內(nèi)。細胞生長至80% ～90%融合狀態(tài)時，在transwell內(nèi)接種約3×105個AM，懸掛于6孔板的孔內(nèi)。分2組：空白組，在transwell內(nèi)加入無游離SiO2的培養(yǎng)基每孔2 mL；處理組在transwell內(nèi)加入100 mg·L-1游離SiO2粉塵懸液每孔2 mL，將此兩組細胞置于37℃，5%CO2培養(yǎng)箱中培養(yǎng)24 h。

1.7免疫組織化學法鑒定LF的轉(zhuǎn)分化

免疫組學法檢測共培養(yǎng)模型中的LF內(nèi)LF轉(zhuǎn)分化標志物：α-SMA，ColⅠ和ColⅢ蛋白的表達。細胞棕染為檢測蛋白陽性表達。利用Nikon NISElements AR4.0軟件對檢測結(jié)果進行光密度分析。實驗步驟按免疫組化檢測試劑盒說明書進行操作。

1.8ELISA法檢測細胞共培養(yǎng)上清液中 α-SMA，ColⅠ和ColⅢ蛋白的表達

LF向MF轉(zhuǎn)分化的過程中，細胞中α-SMA，ColⅠ和ColⅢ蛋白表達增高，同時一部分α-SMA，ColⅠ和ColⅢ蛋白分泌到培養(yǎng)上清中。收集transwell所建立的大鼠LF和AM共培養(yǎng)模型的上清液，采用雙抗體夾心ABC-ELISA法檢測上清液中α-SMA，ColⅠ和ColⅢ蛋白對LF轉(zhuǎn)分化進行進一步鑒定。ELISA試劑盒室溫放置平衡20 min待用，96孔反應板中每孔分別加入100 μL標本（樣品或標準品），37℃孵育90 min，吸出液體，洗板3次；加50 μL的HRP標記二抗，37℃孵育60 min，吸出液體，洗板3次；加入50 μL的顯色液，37℃孵育15 min，每孔加入50 μL的終止液。全自動酶標儀檢測450 nm波長下的A值，繪制標準曲線，計算各樣品目的蛋白的濃度。每個樣品平行測定6次。

1.9ChIP-chip法測定 LF全基因組蛋白H3K4met3水平

ChIP-chip步驟基本參照以前文獻中的描述進行［13］，并作了一些修改，即在37℃，1%甲醛處理LF 10 min，使組蛋白和DNA發(fā)生交聯(lián)，隨后甘氨酸0.125 mol·L-1在37℃下處理5 min終止交聯(lián)反應。PBS溶液清洗細胞后，用300 μL溶解緩沖液（0.1%SDS，0.5%TritonX-100，Tris-HCl 20 mmol·L-1pH 8.1，NaCl 150 mmol·L-1，蛋白酶抑制劑）重懸細胞，并在冰上孵育30 min，超聲處理細胞懸液，用稀釋緩沖液（1%SDS，NaHCO30.1 mol·L-1）進行溶解，同時設置內(nèi)參組（不經(jīng)免疫共沉淀的DNA片段）和陰性對照組（不經(jīng)Cy3和Cy5熒光基團標記的DNA片段），各組溶解液分別加入抗組蛋白H3K4met3抗體，置于4℃孵育過夜，加入50 μL磁珠（蛋白質(zhì)A/G）于4°C過夜，磁珠經(jīng)洗滌后加熱65℃過夜解交聯(lián)。用酚氯仿抽提DNA，進行DNA擴增，用DNA純化試劑盒對擴增的DNA進行純化。分別用Cy3和Cy5熒光基團標記ChIP DNA（經(jīng)免疫共沉淀的DNA片段）和input DNA，得到用于芯片雜交的熒光探針；將其與含有大鼠15 398個探針的CpG島芯片進行雜交，使用GenePix 4000B芯片掃描儀（Axon Instruments，F(xiàn)oster City，CA）進行掃描。用NimbleScan v2.5軟件讀取芯片原始信號值，過濾背景噪聲，提取基因表達的熒光信號強度值，并計算所有基因的Cy3/ Cy5比值，用Log2比值（log2 Cy5/Cy3）將芯片數(shù)據(jù)進行均一化處理，剔除兩組差異中的假陽性基因，最后兩組細胞之間Cy3/Cy5的差異：①Cy3/Cy5值>2.0或<0.5的顯著差異基因確定為H3K4met3差異候選基因，Cy3/Cy5>2的基因表達水平升高，Cy3/Cy5<0.5的基因表達水平降低；②t檢驗法分析兩組結(jié)果，篩選出的H3K4met3差異候選基因，利用Signalmap軟件將在對應的H3K4met3靶點圖譜中不存在的基因舍棄。

1.10ChIP-qPCR法和qRT-PCR法對CpG島芯片所測定為H3K4met3基因的驗證

ChIP操作步驟與1.9項下ChIP-chip免疫共沉淀DNA操作相同。用Trizol試劑分別提取兩組細胞總RNA，將提取的總RNA進行瓊脂糖凝膠電泳檢測。按照逆轉(zhuǎn)錄試劑盒說明將細胞總mRNA逆轉(zhuǎn)成cDNA。采用PCR儀對ChIP DNA、內(nèi)參組、陰性對照組和逆轉(zhuǎn)錄細胞cDNA進行擴增。任意挑選兩個經(jīng)CpG島芯片測定為H3K4met3的基因，擴增引物序列用Primer5.0軟件設計，引物序列見表1。測定標準曲線和熔解曲線，確保擴增的準確性和專一性，用Ct值表示樣品中模板的相對含量，采用2-△△Ct法進行分析。實時定量PCR擴增條件為：預變性95℃4 min，變性94℃15 s，退火60℃20 s，延伸72℃20 s，40個循環(huán)。

1.11統(tǒng)計學分析

實驗結(jié)果數(shù)據(jù)均用x±s表示。應用SPSS 17.0統(tǒng)計軟件進行單因素方差分析（one-way ANOVA），采用t檢驗進行組間兩兩比較，以P<0.05表示差異有統(tǒng)計學意義。

2 結(jié)果

2.1SiO2對大鼠AM存活的影響

SiO2對大鼠AM的生長具有明顯的抑制作用，且呈濃度依賴性（r=0.996）（圖1）。SiO220，40和60 mg·L-1染毒AM 24 h，細胞存活率與正常對照組（0 mg·L-1）無明顯差異；80，100，120和140 mg·L-1組細胞存活率均低于正常對照組（P<0.05）。SiO2100 mg·L-1引起>30%的AM死亡，此濃度既確保了對AM的細胞毒性，又保證了共培養(yǎng)體系中AM的存活率。基于以上實驗結(jié)果，確定SiO2100 mg·L-1為以下實驗染毒濃度。

Tab.1 PCR primers and annealing temperatures used for mRNA analysis ofnfib，kpna3andGAPDH

Fig.1 Effect of free SiO2on viability of alveolar macrophages（AM）.The cell viability was examined by CCK8 assay when the rat AM were incubated with SiO2for 24 h.x±s，n=6.*P<0.05，compared with normal control（SiO20 mg·L-1）group.

2.2SiO2對LF中 α-SMA，ColⅠ和ColⅢ蛋白的表達量的影響

免疫組化檢測結(jié)果如圖2所示，與正常對照組細胞相比，SiO2100 mg·L-1組LF細胞中α-SMA，ColⅠ和ColⅢ的蛋白水平增高（P<0.05）。

Fig.2 Effect of free SiO2on expression of collagenⅠ（ColⅠ），ColⅢand α-smooth muscle actin（ α-SMA）in lungfibroblasts（LF）by immunohistochemistry（×100）.The staining intensity of ColⅠ，ColⅢ and α-SMA was quantified by densitometric analysis.LF were cocultured with AM treated by SiO2100 mg·L-1for 24 h.x±s，n=6.*P<0.05，compared with normal control（SiO20 mg·L-1）group.

2.3SiO2對LF和AM細胞共培養(yǎng)上清中 α-SMA，ColⅠ和ColⅢ蛋白的表達水平的影響

ELISA檢測結(jié)果見表2，與正常對照組相比，SiO2100 mg·L-1組細胞共培養(yǎng)上清中α-SMA，ColⅠ和ColⅢ的蛋白表達水平升高（P<0.01）。

Tab.2 Effect of free SiO2on protein expression levels of ColⅠ，ColⅢand α-SMA in co-culture supernatant by ELISA

2.4CpG島芯片數(shù)據(jù)分析

超聲波處理細胞后，通過瓊脂糖凝膠電泳判斷超聲效果，確定基因組DNA片段在200 ～1000 bp范圍內(nèi)。正常對照組與SiO2100 mg·L-1染毒組之間對全基因組蛋白H3K4差異進行分析，共篩選出1815個基因存在H3K4顯著性差異（Cy3/Cy5比值>2.0或<0.5，NimbleScan V2.5軟件），其中518個基因H3K4met3水平增高，1297個基因H3K4met3水平降低。部分H3K4met3改變基因見表3。

2.5ChIP-qPCR和Q-PCR驗證結(jié)果

為證實CpG島芯片結(jié)果準確性，隨機挑選CpG島芯片測定的H3K4met3陽性基因nfib和kpna3，分別運用ChIP-qPCR和QRT-PCR對免疫沉淀的cDNA和細胞mRNA進行基因分析。ChIP-qPCR和QRT-PCR結(jié)果與芯片分析結(jié)果相一致（圖3）。

2.6差異基因分析

運用Cytoscape軟件對差異基因進行了聚類和相互作用分析，最終確定52個基因為下一步重點研究對象，其中H3K4met3上調(diào)基因22個，H3K4met3下調(diào)基因30個（圖4）。鑒定出的52個差異基因涉及細胞周期調(diào)控基因、離子通道蛋白、核轉(zhuǎn)錄蛋白、細胞信號轉(zhuǎn)導蛋白、組蛋白和鋅指蛋白。這些基因可能在LF轉(zhuǎn)分化的過程中起關鍵作用。

Tab.3 Enrichment of H3K4 trimethylation（H3K4met3）genes identified in ChIP-chip with LF co-cultured with AM treated by SiO2100 mg·L-1for 24 h

Fig.3 Trimethylation positive genenfibandkpnasdetected by CpG island microarrays were verified via ChIP-qPCR（B）and qRT-PCR（C）.A：H3K4met3 level ofnfibandkpna3in ChIP-chip by Signalmap.B：expressions ofnfibandkpna3cDNA were measured by ChIP-qPCR.C：expressions ofnfibandkpna3mRNA were measured by qRT-PCR.LF were cocul?tured with AM treated by SiO2100 mg·L-1for 24 h.

Fig.4 ChIP-chip analysis of multiple histone marks at promoters of repressed genes.See Fig.3 for cell treatment. A：expression profile of dynamically changed H3K4met3 genes over a period of 24 h after SiO2100 mg·L-1stimulation by using Cyto?scape software.52 genes，the expression of which changed significantly relative to the normal control group，are shown.Red，green and black denote increased，decreased and no change in gene expression.B：part network of interactions of the transcription factor target genes.Molecules are represented as nodes，and the biological relationship between two nodes is represented as a line.Red repre?sents regulatory genes of H3K4met3 genes and yellow represents H3K4met3 genes.

3 討論

本研究結(jié)果顯示，SiO2對大鼠AM的生長具有明顯的抑制作用且呈濃度依賴性。SiO2100 mg·L-1染毒AM 24 h，引起>30%AM死亡，此濃度既確保了對AM的細胞毒性，又保證了共培養(yǎng)體系中AM存活率，基于以上實驗結(jié)果，確定SiO2100 mg·L-1為共培養(yǎng)模型的AM染毒濃度。在本實驗建立的細胞共培養(yǎng)模型中，SiO2100 mg·L-1處理組LF的α-SMA、ColⅠ和ColⅢ的表達量明顯高于正常對照組，且隨游離SiO2濃度增高，LF的α-SMA、ColⅠ和ColⅢ的表達量也逐漸增多。處理組α-SMA、ColⅠ和ColⅢ的表達明顯升高，說明在SiO2100 mg·L-1作用24 h后LF已轉(zhuǎn)化為MF。

組蛋白共價修飾調(diào)控染色質(zhì)重塑與轉(zhuǎn)錄的發(fā)生［14］。組蛋白甲基化是表觀遺傳的一種主要修飾形式，組蛋白甲基化修飾具有類似密碼作用，能調(diào)控基因的表達［15-16］。研究發(fā)現(xiàn)，組蛋白H3K4甲基化可激活基因轉(zhuǎn)錄［17］，并且這種組蛋白修飾主要發(fā)生在轉(zhuǎn)錄起始部位附近。染色質(zhì)免疫沉淀技術(shù)是一種在體內(nèi)研究DNA和蛋白質(zhì)相互作用的方法。近年來此技術(shù)經(jīng)過不斷的發(fā)展和完善，可與DNA芯片和分子克隆技術(shù)相結(jié)合，衍生出染色質(zhì)ChIP-chip等技術(shù)，用于在基因組水平上對特定反式作用因子的順式作用元件進行高通量篩選。本研究鑒定出的H3K4met3的顯著差異基因涉及細胞周期調(diào)控基因、離子通道蛋白、核轉(zhuǎn)錄蛋白、細胞信號轉(zhuǎn)導蛋白、組蛋白、鋅指蛋白等。并應用ChIP-qPCR和qRT-PCR對芯片結(jié)果進行了驗證，最終證實該法所得數(shù)據(jù)的正確性。

本研究共篩選出1815個基因存在h3k4顯著性差異。通過對ChIP-cDNA和細胞mRNA進行熒光定量分析發(fā)現(xiàn)，nfib和kpna3基因的組蛋白H3K4met3水平與其cDNA和mRNA的表達直接相關且具有一致性，又一次驗證了之前研究證實的H3K4met3是基因激活的標志。通過基因的聚類和相互作用進一步對數(shù)據(jù)進行了分析和比較，最終共確定52個H3K4met3顯著變化基因，其中H3K4met3上調(diào)基因22個，下調(diào)基因30個。免疫組化實驗結(jié)果顯示SiO2染毒促進了LF向MF的轉(zhuǎn)化，說明H3K4met3陽性基因可能在LF轉(zhuǎn)分化的過程中起關鍵作用。下一步將驗證在動物實驗和人群中對篩選芯片檢測的陽性基因中的關鍵基因。

綜上所述，本研究檢測分析了在LF轉(zhuǎn)分化過程中相關基因的組蛋白H3K4met3水平，提示組蛋白H3K4met3修飾可加快LF向MF的轉(zhuǎn)化進程，它們可能參與肺組織纖維化的發(fā)生。所以，相關基因的組蛋白H3K4met3可為治療矽肺提供一個新的研究方向，并成為新的干預靶點。

［1］Phan SH.The myofibroblast in pulmonary fibrosis［J］.Chest，2002，122（5 Suppl）：286S-289S.

［2］Eberhard D，Tosh D.Transdifferentiation and metaplasia as a paradigm for understanding devel?opment and disease［J］.Cell Mol Life Sci，2008，65（1）：33-40.

［3］Usuki J，Matsuda K，Azuma A，Kudoh S，Gemma A. Sequential analysis of myofibroblast differentiation and transforming growth factor-β1/Smad pathway activation in murine pulmonary fibrosis［J］.J Nippon Med Sch，2012，79（1）：46-59.

［4］Gong LK，Ren J.Modulation of pulmonary fibrosis by renin-angiotensin system［J］.Chin J Pharmacol Toxicol（中國藥理學與毒理學雜志），2005，19（5）：396-400.

［5］Schones DE，Cui K，Cuddapah S，Roh TY，Barski A，Wang Z，et al.Dynamic regulation of nucleosome positioning in the human genome［J］.Cell，2008，132（5）：887-898.

［6］Cutroneo KR，White SL，Phan SH，Ehrlich HP. Therapies forbleomycin induced lung fibrosis through regulation of TGF-beta1 induced collagen gene expression［J］.J Cell Physiol，2007，211（3）：585-589.

［7］Zhao L，Xiao K，Wang H，Wang Z，Sun L，Zhang F，et al.Thalidomide has a therapeutic effect on interstitial lung fibrosis：evidence fromin vitroandin vivostudies［J］.Clin Exp Immunol，2009，157（2）：310-315.

［8］Sanders YY，Tollefsbol TO，Varisco BM，Hagood JS. Epigenetic regulation of Thy-1 by histone deacetylase inhibitor in rat lung fibroblasts［J］.Am J Respir Cell Mol Biol，2011，45（1）：16-23.

［9］Sanders YY，Pardo A，Selman M，Nuovo GJ，Tollefsbol TO，Siegal GP，et al.Thy-1 promoter hypermethylation：a novel epigenetic pathogenic mechanism in pulmonary fibrosis［J］.Am J Respir Cell Mol Biol，2008，39（5）：610-618.

［10］ Wolffe AP，Hayes JJ.Chromatin disruption and modification［J］.Nucleic Acids Res，1999，27（3）：711-720.

［11］Shi YB，Matsuura K，F(xiàn)ujimoto K，Wen L，F(xiàn)u L.Thyroid hormone receptor actions on transcription in amphibia：the roles of histone modification and chromatin disruption［J］.Cell Biosci，2012，2（1）：42.

［12］Turner BM.Cellular memory and the histone code［J］.Cell，2002，111（3）：285-291.

［13］Singh P，Szabó PE.Chromatin immunoprecipitation to characterize the epigenetic profiles of imprinted domains［J］.Methods Mol Biol，2012，925：159-172.

［14］Mahgoub M， Monteggia LM.A role for histone deacetylases in the cellular and behavioral mecha?nisms underlying learning and memory［J］.Learn Mem，2014，21（10）：564-568.

［15］Estève PO，Chin HG，Benner J，F(xiàn)eehery GR，Samaranayake M，Horwitz GA，et al.Regulation of DNMT1 stability through SET7-mediated lysine methylation in mammalian cells［J］.Proc Natl Acad Sci USA，2009，106（13）：5076-5081.

［16］Chen Y，Jie W，Yan W，Zhou K，Xiao Y.Lysinespecific histone demethylase 1（LSD1）：A potential molecular target for tumor therapy［J］.Crit Rev Eukaryot Gene Expr，2012，22（1）：53-59.

［17］Shindo N.Histone modification：a new era of targeting epigenetics［J］.Rinsho Ketsueki，2009，50（4）：282-288.

Genome-wide analysis of histone H3 lysine 4 trimethylation by ChIP-chip in rat lung fibroblast transdifferentiation

LIU Su-na，YAO Wu，BAO Lei，LI Juan，ZHANG Hong-yi，HOU Jian-yong，WANG Di，CHEN Hui-ting，HAO Chang-fu
（College of Public Health，Zhengzhou University，Zhengzhou 450001，China）

OBJECTIVE To analyze trimethylation of genome-wide histone H3 lysine 4（H3K4met3）induced by silicon dioxide（SiO2）through chromatin immunoprecipitation linked to microarrays（ChIP-chip）in lung fibroblast（LF）of rats.METHODS A primary co-culture model of rat alveolar macrophages（AM）and LFin vitro.AM were exposed to 100 mg·L-1free SiO2for 24 h，before LF were collected and the phenotype of LF was determined after transdifferentiation by immunohistochemistry.ChIP-chip was used to profile the variations of trimethylation in H3K4 of lung fibroblasts in CpG island regions.ChIP-qPCR was used to validate the microarray results.The mRNA expression ofnfibandkpna3was analyzed by qRT-PCR.RESULTS Totally 1815（518 increased and 1297 decreased）genes of H3K4met3 displayed significant differences in SiO2100 mg·L-1group compared with control group（Cy3/ Cy5 value>2.0 or<0.5，NimbleScan V2.5 software）.The results of ChIP-qPCR were quite consistent with those of microarray.CONCLUSION There are significant differences in methylation of genomewide H3K4 between SiO2100 mg·L-1group and control group.These novel candidate genes may become potential biomarkers or new interfered targets.

fibroblast；silicon dioxide；alveolar macrophages；chromatin co-immunoprecipitation；histone H3 lysine 4；methylation

HAO Chang-fu，E-mail：haochangfu@126.com，Tel：（0371）67781241

R965.2

A

1000-3002-（2016）07-0728-08

10.3867/j.issn.1000-3002.2016.07.004

Foundation item：The project supported by National Natural Science Foundation of China（81102109）；and National Natural Science Foundation of China（81472954）

2015-12-15接受日期：2016-06-12）

（本文編輯：沈海南）

國家自然科學基金（81102109）；國家自然科學基金（81472954）

劉素娜，女，博士研究生，主要從事職業(yè)性肺病的研究，E-mail：liusuna2009@126.com

郝長付，E-mail：haochangfu@126.com，Tel：（0371）67781241