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基于GEO數(shù)據(jù)庫(kù)的胃癌耐藥基因表達(dá)譜分析及其對(duì)預(yù)后的影響

2018-03-08 01:22胡國(guó)興余曉茹
實(shí)用癌癥雜志 2018年1期
關(guān)鍵詞:明顯降低耐藥性生存率

胡國(guó)興 余曉茹

據(jù)統(tǒng)計(jì),胃癌是致死人數(shù)排名第三的惡性腫瘤[1]。由于胃癌早期癥狀不明顯,所以大部分患者在確診時(shí)已到晚期[2]。然而晚期胃癌多已發(fā)生轉(zhuǎn)移,且預(yù)后不良[3],因此,深入研究并闡明胃癌的轉(zhuǎn)移以及耐藥機(jī)制對(duì)胃癌的防治具有十分重要的意義。

惡性腫瘤實(shí)現(xiàn)轉(zhuǎn)移并且發(fā)展耐藥性涉及環(huán)節(jié)眾多[4-5]。上皮間質(zhì)轉(zhuǎn)化能使惡性腫瘤細(xì)胞失去上皮細(xì)胞的特性,使其易于發(fā)生浸潤(rùn)和轉(zhuǎn)移,同時(shí),產(chǎn)生對(duì)相關(guān)化療藥物的耐藥性[6-7]。眾多的研究證實(shí),EMT是啟動(dòng)惡性腫瘤細(xì)胞實(shí)現(xiàn)轉(zhuǎn)移的關(guān)鍵環(huán)節(jié)[8-9]。EMT是胃癌轉(zhuǎn)移過程中胃癌細(xì)胞所發(fā)生的重要表型變化[10],當(dāng)胃癌細(xì)胞受到微環(huán)境中多種信號(hào)的刺激時(shí),胃癌細(xì)胞由此獲得遷移和耐藥的能力[11]。

本研究通過對(duì)GEO數(shù)據(jù)庫(kù)中的胃癌患者組織表達(dá)譜數(shù)據(jù)的分析,旨在通過相關(guān)胃癌的耐藥基因的表達(dá)研究及相關(guān)樣本的預(yù)后情況,了解胃癌耐藥性基因表達(dá)的相關(guān)性,以及其異常表達(dá)對(duì)胃癌預(yù)后生存的影響,以期為臨床耐藥性胃癌患者的用藥和治療提供一個(gè)可靠的理論基礎(chǔ)。

1 材料與方法

1.1 研究材料

本研究所用到的材料均來自于NCBI的GEO數(shù)據(jù)庫(kù),具體信息見表1。

1.2 分析方法

1.2.1 表達(dá)量分析 基于數(shù)據(jù)庫(kù)特定研究樣本數(shù)據(jù)集中特定目標(biāo)基因的表達(dá)量的相對(duì)值進(jìn)行表達(dá)量的分析,所有數(shù)據(jù)都經(jīng)過對(duì)數(shù)轉(zhuǎn)換和中位數(shù)中心化處理。根據(jù)表達(dá)量處理后數(shù)據(jù)進(jìn)行聚類和差異分析。文中熱圖由HemI軟件制作,比較差異分析圖由GraphPad Prism 5軟件制作。

1.2.2 生存分析 基于數(shù)據(jù)庫(kù)特定研究樣本數(shù)據(jù)集中特定目標(biāo)基因的表達(dá)量的相對(duì)值及對(duì)應(yīng)樣本的總生存(OS)和無復(fù)發(fā)生存(RFS)信息進(jìn)行生存分析,所有數(shù)據(jù)都經(jīng)過對(duì)數(shù)轉(zhuǎn)換和中位數(shù)中心化處理,并采用Kaplan-Meier分析方法進(jìn)行分析。

1.2.3 相關(guān)性分析 基于數(shù)據(jù)庫(kù)特定研究樣本數(shù)據(jù)集中特定目標(biāo)基因的表達(dá)量的相對(duì)值進(jìn)行相關(guān)性分析,所有數(shù)據(jù)都經(jīng)過對(duì)數(shù)轉(zhuǎn)換和中位數(shù)中心化處理。

2 結(jié)果

2.1 相關(guān)耐藥基因在胃癌患者中的表達(dá)分析

為了評(píng)估胃癌耐藥基因的表達(dá)變化,選取了4個(gè)已有報(bào)道過的胃癌相關(guān)的耐藥基因,分別為ATP結(jié)合盒亞家族B成員1蛋白(ATP binding cassette subfamily B member 1,ABCB1)、肺耐藥蛋白(lung resistance protein,LRP)、葡糖神經(jīng)酰胺合成酶(glucosylceramide synthase,GCS)和谷胱甘肽轉(zhuǎn)移酶π(glutathione S transferase pi,GST-π),據(jù)以往的相關(guān)研究表明,這些基因在胃癌的耐藥性調(diào)控方面都起著非常重要的作用。據(jù)此,對(duì)不同數(shù)據(jù)集中的胃癌組織樣本和正常胃組織樣本的這些基因的表達(dá)進(jìn)行了表達(dá)譜的聚類分析,結(jié)果表明,不同耐藥相關(guān)基因在胃癌組織和正常胃組織間的表達(dá)存在差異,如ABCB1和LRP基因在胃癌組織中存在明顯的高表達(dá)。這些表明,耐藥基因的表達(dá)在胃癌組織間存在差異,可能與胃癌的耐藥性的不同有關(guān)。

2.2 正常與胃癌組間耐藥基因的表達(dá)差異比較

與正常胃組織相比,ABCB1、LRP、GCS和GST-π基因在胃癌組織中存在明顯的高表達(dá)(ABCB1,P<0.0001;LRP,P<0.0001;GCS,P=0.0035;GST-π,P<0.0001)(圖1)。

圖1 正常組與胃癌組間耐藥相關(guān)基因的表達(dá)差異比較

2.3 耐藥基因表達(dá)間的相關(guān)性分析

在胃癌組織中ABCB1和LRP的表達(dá)呈正相關(guān)(P<0.0001,γ=0.6157);而且GCS與GST-π的表達(dá)同樣呈正相關(guān)性(P<0.0001,γ=0.6666)(圖2)。然而,ABCB1與GCS的表達(dá)呈負(fù)相關(guān)(P=0.032,γ=-0.02301)。說明在胃癌組織中,ABCB1與LRP以及GCS與GST-π可能存在協(xié)同高表達(dá)的情況,而ABCB1和GCS之間則可能是一種耐藥功能上的互補(bǔ)關(guān)系。綜上,即便是在同樣高表達(dá)胃癌組織中,各耐藥基因的高表達(dá)情況并不完全同步,且可能存在互補(bǔ)的現(xiàn)象。

圖2 胃癌組織中相關(guān)耐藥基因表達(dá)相關(guān)性分析

2.4 耐藥基因異常表達(dá)對(duì)胃癌患者生存及預(yù)后的影響

在胃癌患者中,ABCB1的高表達(dá)會(huì)導(dǎo)致肺癌患者的總生存率明顯降低(P=0.0037),并且它的高表達(dá)也同樣會(huì)導(dǎo)致肺癌患者的無復(fù)發(fā)生存率明顯降低(P=0.0007);與此類似,GCS的高表達(dá)也會(huì)導(dǎo)致肺癌患者的總生存率明顯降低(P=0.0223),并且它的高表達(dá)也同樣會(huì)導(dǎo)致肺癌患者的無復(fù)發(fā)生存率明顯降低(P=0.0175)(圖3)。

3 討論

在我國(guó),胃癌是發(fā)病率和死亡率排名第三的惡性腫瘤。雖然早期胃癌根治術(shù)后5年生存率可達(dá)90%以上,但胃癌早期癥狀不明顯,大部分患者就診時(shí)已到中晚期。胃癌的耐藥轉(zhuǎn)移是胃癌臨床治療失敗和危及患者生命的最主要原因,因此,深入探討胃癌耐藥相關(guān)基因在胃癌中的表達(dá)情況及其與胃癌患者預(yù)后生存的關(guān)系可以在一定程度上為解決胃癌防治提供一定的理論基礎(chǔ)。

我們的研究分析表明,ABCB1、LRP、GCS和GST-π基因在胃癌組織中存在不同程度的高表達(dá)現(xiàn)象。這一表達(dá)情況的分析證明了耐藥基因異常表達(dá)的情況存在于胃癌病例中,且有可能與胃癌的某些進(jìn)程相關(guān)。與此同時(shí),對(duì)胃癌組織與正常胃組織間耐藥基因的表達(dá)差異的分析顯示,部分耐藥相關(guān)基因在此之間存在差異表達(dá)。針對(duì)于此,進(jìn)一步的研究結(jié)果顯示,在胃癌組織中ABCB1和LRP及GCS和GST-π的表達(dá)情況均呈正相關(guān);而ABCB1和GCS的表達(dá)情況呈負(fù)相關(guān)。這就說明,在胃癌組織中,ABCB1和LRP以及GCS和GST-π可能存在協(xié)同高表達(dá)的情況,而ABCB1和GCS之間則可能是一種耐藥功能上的互補(bǔ)關(guān)系。所以即便是在同樣高表達(dá)胃癌組織中,各耐藥基因的高表達(dá)情況并不完全同步,且可能存在互補(bǔ)的現(xiàn)象。最終,我們對(duì)本研究分析篩選出的耐藥基因ABCB1和GCS進(jìn)行了生存分析,在胃癌患者中,ABCB1的高表達(dá)會(huì)導(dǎo)致肺癌患者的總生存率明顯降低,并且它的高表達(dá)也同樣會(huì)導(dǎo)致肺癌患者的無復(fù)發(fā)生存率明顯降低;同樣,GCS的高表達(dá)也會(huì)導(dǎo)致肺癌患者的總生存率明顯降低,并且它的高表達(dá)也同樣會(huì)導(dǎo)致肺癌患者的無復(fù)發(fā)生存率明顯降低。

圖3 ABCB1和GCS高表達(dá)對(duì)胃癌患者的生存分析

通過本研究對(duì)相關(guān)數(shù)據(jù)庫(kù)中胃癌樣本和正常胃組織樣本數(shù)據(jù)的分析和歸納,發(fā)現(xiàn)在胃癌中部分相關(guān)耐藥基因的存在差異表達(dá)的情況,尤其是高表達(dá)的耐藥基因之間還可能存在一種互補(bǔ)協(xié)同的關(guān)系,通過這樣的表達(dá)關(guān)系可以更大化地維持腫瘤的增殖和存活等功能,以進(jìn)一步增強(qiáng)腫瘤的耐藥性。這就與某些胃癌病例的不同耐藥性相關(guān)聯(lián)了,鑒于此,在今后的研究和臨床治療中,可以以這些差異表達(dá)的耐藥基因作為針對(duì)的依據(jù)及靶向治療的靶點(diǎn)。

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